1Y1ZA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with acbc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
282
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
total genus 84
structure length 282
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1zA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1zA02
4PFYA 3E4RA 3K1PA 3O6GA 1B7UA 3PPRA 4F22A 3Q26A 5KCJA 2ZYKA 1WVJA 2DSFA 3WAEA 1LB9A 2HAVA 5KZTA 3I6VA 1NNKA 1M5FA 2PMSA 1RKMA 2GRVA 3N6TA 1ZU0A 3RPWA 1MPBA 4YKPA 1B1XA 5B7DA 1DTGA 2FYIA 3H4ZA 3VE1B 3QAXA 1JW1A 3OMBA 3TFLA 4ECFA 3FXRA 5ICQA 4POXA 3EPEA 1WDNA 3LBSA 1ANFA 1B4HA 3M3FA 1JVXA 1ZBMA 4KQPA 3TTMA 1LCFA 4EXKA 2Y84A 4FAJA 1N84A 4HCWA 4DDDA 1M5CA 3HHFA 3BFUA 4XIGQ 3MW0A 4F29A 2F7AA 1PB9A 1FQAA 2ZNUA 4F1YA 5CRYA 3A3CA 1OVBA 2DWHA 4MLVA 2F6PA 4F1VA 1SI1A 1TWYA 3BFTA 4Z7EA 1NKXA 3FATA 4H8IA 1QULA 2V3QA 2Q8JA 5JK4A 1NL5A 1QUKA 1MXUA 4AB5A 2ONSA 1ELJA 1FW0A 3N6UA 5ISUA 4F2QA 2XXVA 1BLFA 3WAFA 4IO6A 3QK6A 1QW0A 3V89B 2XXQA 4IGTA 4ZEFA 2E0SA 5TU0A 3K0VA 1MY4A 3ILUB 3VXCA 5HM4B 1A40A 1PBPA 3IORA 4WEPA 1PB7A 1B3EA 3K02A 2I58A 3OO8A 3SEXA 4ESWA 3UP9A 5CC2A 3P7IA 2DS9A 1VFDA 3RT6B 4BDNA 3I5OA 3R6UA 3U8QA 2QS4A 2XXYA 4HS7A 3K6VA 1LFHA 1LFGA 2OCUA 3SEVA 3MAMA 2KLFA 5H8FA 3FUZA 1J1NA 3CIJA 2R9JA 3SETA 3HV1A 1SW4A 2RINA 3N5LA 4MBPA 5L9SA 1SYHA 4ZEDA 4R9FA 2HCAA 3C32A 4PFTA 3VXBA 1B0LA 1XHYA 2QMXA 3B7DA 3G3HA 3HCQA 3MP1A 4PE5B 3K2DA 1D9YA 2O6AA 3DLNA 2IA4A 3TYHA 1B3GA 4QFKA 2FA7A 4DXCA 4ESXA 3K4UA 5TPAB 3DM0A 4GIZA 3FVNA 1SVXB 1FQBA 2I49A 3OOAA 3I3VA 4F3SA 2P0SA 1B05A 4OFLA 4GF8A 5H8HA 3G7WA 4GL0A 5AA4A 3H6UA 1EZ9A 3IOUA 4GL8A 2FNCA 1VE4A 4OTEA 4I8CA 4DIGA 4NEDA 1Y3PA 1GTKA 3H3GA 3FV2A 1MQIA 3R26A 1MPCA 4G68B 2GFEA 4U23A 5L9OA 3MUQA 4U22A 3C35A 3UA8A 1N7XA 3CG1A 2R71A 2Z22A 1H43A 4H6DA 4G8HA 2HAUA 2B3FA 5AE4A 4NF8A 1D4NA 4KPTA 1MPDA 4R9GA 4THIA 3CI8A 2QRYA 5I84A 4RJZA 4KR5A 4MF3A 2B3BA 4R6YA 2A5TB 1JEVA 5FHOA 3K01A 3MPLA 2ZNTA 1NNPA 4XKRA 2LAOA 3H7MA 4RK2A 2ZYOA 1JW5A 1URDA 3DP6A 1MH3A 1TFDA 3KJTA 3IOVA 4GXSB 1S9TA 3EHUA 2RCBA 2I3VA 3TELA 3VLVA 4RNSA 1YCJA 3THIA 2Z23A 4ZDMA 4JWYA 1US4A 3KN3A 1DPEA 2Q9TA 3TTRA 5B70A 1B0HA 1I6QA 1ZJLA 3AXFA 3FJMA 3C33A 2Q2CA 2HEUA 3ONMA 4PQJA 5TP9A 4EUOA 4ZZAA 5M2VA 5CBSA 2ZMBA 3LC8A 4YU0A 3PD9A 4GD5A 3ZKLA 3CVGA 5CM6A 5CMCA 4EF2A 1SYIA 3KOSA 3HPIA 2DOJA 2XHDA 1SW1A 2Y7WA 3S4UA 4XTCQ 5KDTA 3ILTB 3T66A 4G77A 3MP6A 2M8CA 5KCJB 2B65A 3UGWA 1RYXA 3W15C 3K6UA 4ELRA 3T9UA 1PB8A 1OLCA 3QUFA 1H76A 4YKJA 2QS3A 5H8QA 1R9LA 1XVYA 2DWJA 2REGA 3TUSA 2QMWA 1MY0A 1MY3A 3K1MA 4ND9A 1MY2A 1XOCA 1N04A 1Y3NA 3S9MC 1IXIA 1UTHB 4C1UA 1UQWA 4I62A 2VHAA 3A3UA 1FTKA 3D4GA 3W9VA 2OWTA 4OFOA 4ZECA 1AMFA 3LUYA 4OESA 1OQGA 3N94A 1IUDA 4UACA 4F3BA 3O97A 4LUBA 1M5EA 2ZXTA 3FV1A 3FGSA 3KJ7A 2PVUA 3H6VA 4QSDA 4G2ZA 2ESNA 2PT1A 5L8DA 1NMUA 1P1OA 3HHGA 4LZ5A 3ODBA 4OFJA 5I2NA 2HZLA 1LAFE 1HSJA 1SD3A 1VFEA 4AB6A 3GLBA 3TQWA 3SERA 3PMWA 4FIMA 4OQOA 3TTLA 5ITPA 4JWXA 4YB7A 5DYHA 1LAGE 2P2AA 2X7PA 3PPQA 4YKIA 3FVOA 2O7IA 4QFPA 5DTBA 2BJJX 3VVDA 4AQ4A 4IY5A 5HPQA 1L5TA 2VGQA 3JYRA 1DOTA 4P11A 3S9NC 1BIYA 4LONB 4LVQA 2H99A 2D5WA 5H8FB 2ALUA 3QUJA 3EF7A 3T93B 3T9HB 3TZAA 4NF6A 2YPNA 3IL1B 2RC9A 3MQ9A 4Q5TA 4R74A 5I56A 4WEDA 1YAEA 3O9PA 1MH4A 3LSWA 3H6WA 1TFAA 1EZPA 4KCDA 4EQ9A 2UYEA 1T0KA 1P1NA 2AL5A 5L9MA 1FTOA 4XKNA 4OXVA 3L6GA 1MXYA 4BDRA 3G3JA 4U4XA 2DE2A 3FJGA 5H8HB 1JQFA 4ZS9A 2F97A 3U1OA 5AA4B 4IO3A 2DYXA 2F35A 1MM7A 3PMXA 1NH7A 4KYSA 4LZ8A 3RY3A 3SEWA 3TDJA 1JNFA 4H5GA 1N0TA 1UTBA 5BUUA 3CG3A 3O2AA 1Z7ME 1I6BA 2NXOA 5BWJA 2H25A 4XKQA 4E0XA 3U92A 3VVFA 1MXWA 1MXXA 4H5FA 2XXUA 4GXAA 5DT6A 1N3XA 1SW5A 4KYDA 4OVJA 3M8UA 1SBPA 3KZGA 3PUWE 1DMBA 2F6GA 2ONKE 1A7LA 2V93A 3FVKA 2QSXA 3PUXE 3VVEA 3U93A 2ONRA 4ZEBA 2Y7IA 2V3TA 3E9XA 3IK6B 3OO9A 4FE8A 5A5XA 3V5AA 4EF1A 2AIXA 2I0CA 2ZYNA 5AA2A 2DE3A 3MZ9A 2REJA 2F78A 4F31B 1A55A 3T9VA 2O7UA 3TODA 4TQUQ 3MC2A 3EQ1A 3PPNA 2NWJA 1N3WA 5EHMA 3UORA 2RC7A 1LLSA 2P1SA 1FTLA 1S50A 4LQ2A 5TP9B 2RKMA 1P1UA 3R7XA 1OVTA 2OJTA 1LAXA 4LZ7A 1LSTA 4GQOA 5FHNA 1B46A 4JBZA 3TCHA 2O68A 1FCKA 3KOTA 5I58A 2V84A 1B4ZA 2UVJA 3MVWA 4R73A 1BKAA 1TT1A 2DVZA 4XKPA 3TCFA 3RTWB 4RY1A 4OHNA 1KWHA 3O28A 5KDTB 5IAIA 1MXVA 1B32A 2OBGA 1NFTA 2A5SA 4O3CA 4R6KA 4OMBA 3G3FA 2YJPA 2QS2A 3KEIA 3C9HA 4RA1A 3IO6A 3S9LC 1NNFA 4LQ5A 1P99A 1HSLA 3RTFB 5DVFA 5H8QB 4RK9A 1SI0A 4GFRA 4NTLA 2UVGA 4FJPA 4HCYA 3CSGA 1M5BA 3PPPA 3BBRA 3VFJA 1LBCA 5CBRA 3IB2A 3O66A 1B5IA 4F39A 2DVCA 4G8MA 1VR5A 1P1WA 3IB0A 4GWOA 2F5XA 3Q25A 4NWDA 2Y7PA 4IY6A 1XVXA 4OYVA 1B2HA 3UN6A 2RCAA 1IITA 1B40A 2XXWA 1CE2A 4YICA 2NVUB 1JEUA 3PGFA 4OEVA 4KCCA 4PETA 4RYAA 4FORA 3T9XB 2VD3A 4TLMB 2I3WA 2AYSA 3RN8A 1I69A 4KHZE 5FTIA 2XX9A 3IJXB 5DEXB 2ANJA 5K2YA 3JV9A 4N6PA 2GH9A 2X7QA 5I2NB 3FZVA 2OZZA 1EZOA 2HFBA 1FTJA 4TLLB 2DXRA 1FQCA 4F1UA 4U4SA 5AA2D 2QPQA 2VOZA 4O3BA 4IO5A 1IZ1A 3PPOA 4BDQA 1XC1A 3C36A 2O84X 5I57A 4YKKA 3QYTA 4JSOA 1Y20A 2UXAA 3MJNA 5HBCA 1O63A 1ZKBA 4H67A 2O51A 1USYE 4EQBA 2OLBA 5H8SA 1CB6A 4BDLA 4YZZA 1N76A 2DP8A 3MZ1A 3USDA 2QL3A 1R6ZA 4NF6B 1B3HA 4GRKA 4P0IA 4N07A 4KI0E 5FTHA 4BDOA 4NWCA 5I56B 4NF4A 4P0GA 3PD8A 1S7YA 1QJMA 2WKYA 4G4PA 3H03A 3VLWA 3C31A 4R72A 4GLIA 5EYFA 3FJ7A 4Q0CA 1ATGA 4ELPA 2ABHA 3FIRA 3VLUA 1MQHA 3GBBA 4RPNA 1HSEA 2H9BA 4F18A 1FQDA 1IQ7A 4EDPA 4LA9A 4PFWA 3B6QA 1MG1A 3GBAA 4YMBA 1GV8A 3PUYE 3KBRA 2Y7RA 3ZSFA 1LBBA 3CSBA 5DVJA 3VDFA 3IB1A 1IXCA 1VSOA 4U1OA 1JVYA 1MQGA 3LSLA 2Q2AA 3U94A 3D4CA 3H06B 4WKMA 4PP0A 2I4BA 3MVXA 4JSDA 5LOMA 5I59A 1ZMGA 1AH5A 2E1SA 3Q29A 3TKDA 1ZLQA 1GR2A 3UIFA 4NMYA 2GHBA 4QSCA 1ZTYA 3PUZE 1GVCA 1AIVA 1URGA 4X9TA 1D9VA 1XT8A 4DLDA 2XXHA 3O6HA 3TMGA 2I0BA 2HQ0A 2PBWA 1MDP1 1OQHA 4ZEIA 3MVZA 5A5XB 3GXAA 4G8NA 1B58A 4NF5A 4X48A 3OEKA 4U2RA 2AL4A 3UK4A 1JW4A 3CFLA 4FECA 3G3GA 4HTGA 2GHAA 3TCGA 5DVIA 3V83A 3OXNA 4WXJA 2G29A 1PEBA 3B6WA 1WODA 4JB7A 2Q88A 5I58B 1Y4CA 4LP2B 2VP1A 4HW8A 1Y3QA 5I2KA 4C0RA 4KD5A 1UTHA 2H98A 3HN0A 3IOTA 4I1DA 4Z0IA 3SDFA 3FD3A 1Z7NE 3KG2A 5IKBA 1LAHE 1D3KA 1NNTA 4C1TA 1P1QA 4KFQA 3K00A 5AA3A 3QIMA 3O29A 2YLNA 3LSFB 3PV0E 5H8NA 5JEIA 3DELB 1BTJA 1N7WA 2W7YA 1OLAA 3IX1A 4F3PA 1SDXA 4Q30B 2ZNSA 1YPNA 3U72A 4I9DA 3S2VA 1UIUA 2DWAA 1IIWA 2DXYA 4LATA 1B9JA 4OEUA 4MFIA 4JWOA 3F11A 1H3DA 3G3KA 2QJEA 3OSQA 2HXWA 1H45A 1POY1 3MVYA 3OSRA 3MZBA 2QS1A 1A8EA 1NH8A 3KN8A 1A54A 1US5A 4NF8B 3ZKKA 2O1MA 1Q1KA 3DP8A 1A99A 3HSTA 4QRZA 4GVOA 3S9EA 3KGCA 3E3KA 4XXUA 1O64A 1FQEA 1POTA 5JTYA 5FHMA 1FTMA 1LFIA 1SW2A 1B5HA 4F2OA 5ICTA 1DTZA 3C4MA 4M1VA 3KSXA 1MQJA 4E0WA 1DPPA 4QSEA 3FASA 4IO4A 2Q89A 4L17A 4DCXA 2PT2A 3Q28A 3ZS6A 1LCTA 3MP8A 3C34A 2THIA 2VD2A 1B3LA 3SEUA 3HO7A 1OMPA 1DSNA 1UIVA 2I4CA 2Z8EA 2V3UA 4DCYA 3TEPA 4OZ9A 1II5A 2OK2A 3QXMA 2NUVA 1MM6A 1Y4TA 3OENA 3FVGA 3O6IA 1B52A 2F7BA 4U1ZA 2DWIA 1R1NA 5I57B 2XXTA 3L6HA 4R6HA 3CRBA 4H65A 4PFUA 3KFMA 4BDMA 2XXPA 4DXBA 4TOZA 3OELA 4F19A 2F36A 3IR1A 4YB5A 3RGYA 2OWSA 1B7ZA 5ELVA 4ELOA 3OO7A 3RUMA 3E13X 2V25A 2XD2A 4KYEA 1SQYA 4ZE8A 1Y1MA 3CR9A 4NF4B 4QF9A 4POWA 2F8DA 1A8FA 2XD3A 5F1QA 3SESA 3H6TA 1B5JA 1IXGA 1B51A 1RYOA 3OO6A 4EXLA 2R6GE 2HZKA 1BP5A 3K1NA 4F3GA 4YMAA 3M3LA 2Z8FA 2CZLA 1F9BA 2IEEA 3TTNA 3TQLA 1MXZA 3KN7A 1MY1A 3LSXA 2F34A 3FXQA 3MWBA 3EHSA 4RXLA 3W9WA 4IO7A 3RLFE 3OEMA 5EHSA 4DXUA 3VV5A 1MDQA 3CFZA 3K6WA 2F7CA 4M4GA 3G3IA 2DQVA 2G93A 3QSLA 1PBQA 3TPAA 1QKBA 4ZZEA 1B3FA 3IJOB 2RF1A 1QUJA 2Z8DA 1B6HA 4MH5A 4FEDA 4ELQA 2CMOA 2I48A 1IEJA 4QHQA 2UYFA 5K2XA 1O7TA 4OWDA 3BKIB 5I59B 3EHTA 1EU8A 2PX1A 4Q8RA 4JDFA 1IXHA 4G68C 3IOWA 3IAZA 3LR1A 3Q27A 3RQTA 3N26A 4FATA 2NOOA 3RNNA 4H0WA 1Y1ZA 4IB2A 5CMMA 2RC8A 1Q35A 1ZIUA 1EH3A 2X26A 2XXRA 4YAHX 1JETA 5CMKA 3M3KA 2O69A 3IO4A 3OD7A 4ZEKA 4NF5B 3FXUA 2D3IA 3PMVA 2XXIA 1R9QA 1LB8A 3GZGA 1GGGA 3V8XB 5AA1A 5TPAA 4DZ1A 4JXIA 3EN3A 4FEBA 5CI5A 1I6AA 2D21A 2XX7A 4GOTA 4K3FA 4H8JA 3SEYA 1QKAA 1XS5A 1B1HA 4QFOA 2XX8A 5I2KB 1OIBA 4U21A 1MS7A 3PUVE 4G68A 4QFNA 4BLAA 3B6TA 1TXFA 1M5DA 1FQFA 2H4IA 3MPKA 4MLQA 4ZE9A 3RT8A 3TAJA 3T22A 4ONYA 5H8NB 4DE8A 2UVHA 4UA8A 2I6EA 4N13A 4R2BA 1AL3A 4R75A 2PYYA 2A5TA 2XXXA 1PC3A 3KSJA 5ITOA 3MBPA 3ECRA 1YTVA 2UVIA 4OENA 1UTBB 3A09A 4O3AA 1PDAA 1AOVA 4NE4A 5CMBA 4ISUA 2H5YA 1B7HA 4YB6A 1MQDA 2O1LA 5DEXA 3JZJA 4X1DA 4EQ7A 2Y7KA 1USYH 1Y9UA 4H1XA 3PU5A 4OERA 1H44A 4IO2A 5F7VA 4R2FA 5J1DA 5JTYB 4RPOA 2DE4A 4IGRA 1LGBC 4X1BA 1MRPA 3TTKA 4OETA 3T96B 3SKPA 3CFXA 1URSA 4QFLA 2ZYMA 3DP4A 1QUIA 3K6XA 5AA2B 1QVSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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