1Y4TA

Ferric binding protein from campylobacter jejuni
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SELNIYSARHYNADFEIIKKFEEKTGIKVNHTQAKASELIKRLSLEGSNSPADIFITADISNLTEAKNLGLLSPVSSKYLEEFIPAHLRDKDKEWFAITKRARIIAYNKNTNIDISKMKNYEDLAKAEFKGEIVMRSATAPYSKTLLASIIANDGNKEAKAWAKGVLENLATNPKGGDRDQARQVFAGEAKFAVMNTYYIGLLKNSKNPKDVEVGNSLGIIFPNQDNRGTHINISGIAMTKSSKNQDAAKKFMEFMLSPEIQKILTDSNYEFPIRNDVELSQTVKDFGTFKEDQIPVSKIAENIKEAVKIYDEVGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anion-independent iron coordination by the Campylobacter jejuni ferric binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Campylobacter jejuni
molecule keywords putative iron-uptake ABC transport system periplasmic iron-b
total genus 123
structure length 317
sequence length 317
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4tA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4tA02
3M3LA 1WODA 3FXUA 1SVXB 1LAGE 3VV5A 3IB2A 2I48A 4RPOA 1YPNA 4R72A 2F6GA 1I6QA 4ZEKA 1P1QA 2ZYNA 1M5FA 2AYSA 1Y4CA 3A3CA 4ECFA 2H4IA 1LCFA 3MC2A 1RYOA 2F5XA 1NNTA 1ZTYA 3MPKA 3VFJA 4QFNA 2Q2CA 1MH3A 4YZZA 2PMSA 4QFLA 1PBQA 1MXZA 3UK4A 4DE8A 1N7WA 3FUZA 1QUIA 4XTCQ 1H43A 2W7YA 3OXNA 5K2YA 2ZNUA 4ONYA 1JEVA 5CMCA 1TXFA 2HZKA 5TP9B 1MXUA 1N3WA 5BWJA 3JV9A 1VFDA 1ZKBA 4ESWA 5AA4A 4JWXA 1SW4A 1UQWA 3TODA 2GH9A 4QHQA 2Z8FA 4TLLB 3MVZA 4U1ZA 4LATA 1PDAA 3PPQA 5H8NA 5AA2A 4R9FA 4WKMA 5AA3A 3PMVA 3UP9A 5I56A 3U72A 1LCTA 5L9SA 4GL8A 3O9PA 1IIWA 3G3IA 1FTKA 4NEDA 4R6HA 1P1NA 4GWOA 1Q35A 1LAHE 1MY4A 3MVYA 2OZZA 4N6PA 3TKDA 3M3FA 1B1HA 1MXYA 1JW1A 1XVYA 1P1UA 1XHYA 5EYFA 4I8CA 3KEIA 1IEJA 3IL1B 3KOTA 4MLQA 4NF6B 1B7ZA 2RF1A 1S9TA 2QPQA 1MY0A 3PUXE 4PFYA 2O84X 3ZS6A 3LC8A 1T0KA 4DCYA 4FECA 4OWDA 2O68A 3K1MA 1FQFA 2OK2A 1IXHA 1B2HA 5CMKA 1IZ1A 4IO5A 4IO3A 3VXBA 4GIZA 4X1BA 4ZZEA 3Q26A 2Y7PA 5TU0A 1SQYA 2I6EA 1VSOA 2UVGA 1URGA 4LVQA 3KJTA 1ATGA 2R6GE 1D9VA 5EHMA 4Z0IA 3KGCA 3O28A 4FEBA 1B7HA 1URSA 5TPAA 3Q28A 2GFEA 3FXRA 4KCCA 1FQDA 5I58B 3D4CA 2OLBA 3FJ7A 2OWTA 3UIFA 5ICTA 4EXKA 3MJNA 4ZECA 1BP5A 1JVYA 2FNCA 3PPNA 2F36A 1UIVA 4QFOA 4EUOA 4IGRA 4Z7EA 4KHZE 3T93B 3RQTA 5KZTA 1B1XA 3TYHA 2XXXA 1N84A 1TFDA 4GVOA 2UXAA 4P0GA 4U4XA 4H5GA 3MWBA 1CB6A 2OCUA 4OMBA 4P0IA 4F1YA 4NWCA 2DWAA 5HBCA 4PQJA 4RK2A 1JETA 3B6TA 4LONB 1P99A 3C34A 4JXIA 4GXAA 1P1OA 4DZ1A 3RT8A 2THIA 1N76A 1VR5A 3TCFA 2ABHA 2I0CA 2F6PA 3PPOA 1UIUA 4JWYA 3KSXA 2IA4A 3IB0A 4ELQA 1B32A 1FQAA 2D3IA 3PGFA 3B7DA 1USYE 3FV2A 5A5XA 3FZVA 4N07A 2H98A 3SKPA 4JWOA 1N3XA 3TTRA 4IY6A 2QRYA 2XHDA 1NL5A 3SETA 2NOOA 1QKAA 3P7IA 1OIBA 2GRVA 3K6VA 1SW2A 1B3LA 1B3EA 1MG1A 4ND9A 5FHNA 1OQHA 1H3DA 2XD3A 1VE4A 4LUBA 3LR1A 3PV0E 3H06B 1IXCA 1FTMA 1M5CA 5DVFA 3E13X 3MZBA 3RTFB 1JEUA 4GL0A 1EH3A 3LSXA 3ILTB 1ELJA 4OEUA 3R7XA 5DEXA 2O6AA 1B5IA 4FE8A 2V93A 3IOTA 1LAFE 4THIA 3QXMA 2Y7KA 4XKPA 4ZDMA 4PP0A 1MXXA 1DTGA 1N04A 1I6AA 2XXIA 1XOCA 2RC8A 1MQIA 4H0WA 3VE1B 3RNNA 1A8FA 1MS7A 1NNFA 1LSTA 1UTBA 1D9YA 5AA4B 3N94A 5B7DA 3QYTA 5L9MA 1NNKA 1PB9A 3HN0A 2BJJX 1SDXA 3A09A 2Q2AA 1FQEA 4EF2A 2ZYKA 1S7YA 3IO4A 4XKQA 3S9NC 4KYDA 1HSLA 5H8NB 4PFUA 5AA2B 1SBPA 2YPNA 2O69A 3KSJA 5CC2A 3DM0A 5I56B 3H7MA 2B3BA 4JSOA 4PETA 2Y84A 3BFUA 4G8HA 3DP8A 4LQ5A 1B3FA 1TFAA 2X26A 1WDNA 4XKRA 4UACA 1GTKA 4OFOA 3KFMA 1I69A 5ICQA 4AQ4A 3KBRA 2VHAA 3MBPA 4KQPA 2ONRA 1QVSA 4BDNA 4R6KA 4F3PA 4Q0CA 3SEUA 3RUMA 5J1DA 4QRZA 2DWJA 5CI5A 1DOTA 1S50A 1MRPA 4X48A 5B70A 4U22A 1B4HA 1B58A 3IR1A 4OETA 3SEWA 4JB7A 3BBRA 4M4GA 1A8EA 3S9MC 4F22A 1SW1A 3K6WA 4ZEIA 3RTWB 2A5TA 4UA8A 2RCAA 2H25A 3N5LA 2NVUB 4ELRA 1AMFA 4KI0E 3OENA 3V83A 1FTJA 5TPAB 4NE4A 2A5SA 2PVUA 4KYEA 3IOVA 3MP8A 3N26A 3TTNA 5H8HA 3S2VA 4WEDA 2XXYA 4N13A 2QMXA 3T66A 2O7UA 1OQGA 3MW0A 3S4UA 4HCYA 1RKMA 3PMXA 4WXJA 1MPCA 1OLCA 5KDTA 2I49A 2O51A 3A3UA 1B0HA 1MQHA 3CFZA 1LGBC 2REJA 2Q89A 3OO7A 2X7PA 4I9DA 1MQGA 3IO6A 3PD8A 3RGYA 3SEYA 2D21A 1SYIA 3UA8A 4XXUA 4M1VA 4GOTA 3LSFB 1LBCA 3FATA 2Y7WA 2OWSA 3Q25A 1NH8A 3CFXA 2V3QA 1B3HA 1Y4TA 2XXVA 3M3KA 3VDFA 3O66A 4HTGA 5H8SA 3DELB 2O1LA 4YB5A 1XC1A 2F8DA 2P0SA 3E4RA 3E9XA 3GBAA 2I3WA 3PU5A 2VD3A 3CG1A 2ONKE 3F11A 1US4A 2VP1A 3HHGA 3HCQA 5A5XB 4OVJA 3O2AA 3PPPA 4ZEFA 4YMBA 1OVTA 1L5TA 2F34A 1Y9UA 1MY3A 4OXVA 3OEMA 1GR2A 5CBRA 3VLVA 3LUYA 5AA1A 3H6TA 4RY1A 4IO2A 2HAUA 1B3GA 4DXCA 3C36A 4TLMB 1B52A 3CG3A 1N7XA 4YB6A 1FQCA 3WAFA 5DEXB 3LSLA 5H8QB 4JSDA 4G4PA 3N6TA 3T9VA 1YCJA 4MLVA 3DLNA 2UYFA 1UTBB 3IJOB 2CZLA 3RT6B 3IB1A 4QSEA 2UYEA 1LFHA 2RC7A 1GGGA 2M8CA 3IX1A 3QSLA 2H99A 4FATA 1Y1ZA 2Q88A 3L6GA 1NH7A 2Z22A 4YICA 3FVGA 4TOZA 2AIXA 1SI1A 4RXLA 5DT6A 1MDQA 3O29A 2DVCA 4F2QA 3UGWA 3TFLA 2XXWA 3CRBA 3B6QA 2NWJA 3V5AA 3ZKKA 4DCXA 3SEXA 3I6VA 3MZ9A 3VLWA 4GFRA 4OESA 4G68A 2HCAA 2NXOA 4G8NA 3EF7A 4EXLA 1UTHA 1H45A 1MQJA 2P2AA 4GF8A 1XVXA 1B51A 4FIMA 1AOVA 4LQ2A 3U8QA 3OO6A 2Z23A 5KCJB 4GRKA 3PPRA 2E1SA 3JZJA 1P1WA 4R9GA 3IK6B 4YMAA 2IEEA 1DSNA 2OBGA 1A55A 3H6VA 1FTLA 3TQWA 3FJMA 3C4MA 4LZ7A 3HHFA 2G29A 3HO7A 2A5TB 2Y7RA 4R6YA 4R2FA 3PUYE 3CSGA 1DPEA 3K02A 4NTLA 3H6WA 3V8XB 3I3VA 2B3FA 2QS1A 3EPEA 4ZE8A 4H1XA 4EF1A 1FCKA 5H8HB 2XD2A 4RK9A 1NKXA 3OSRA 2H9BA 4R75A 3ZSFA 4IY5A 3K2DA 2NUVA 3KN8A 1Q1KA 3ODBA 4KCDA 4OERA 4MBPA 2DE4A 2F7AA 3SEVA 5KDTB 3M8UA 3FGSA 2DVZA 1B4ZA 3FVKA 1URDA 3HPIA 4I62A 3G3GA 2H5YA 1GV8A 1ZMGA 3DP6A 1O64A 1POY1 3L6HA 4F18A 5LOMA 5L8DA 3FVOA 2QMWA 5DTBA 4ESXA 4GQOA 1MY1A 1IXIA 4POWA 5IAIA 3OOAA 5CMBA 2RCBA 3KN7A 2XXRA 5HM4B 3TTMA 4PFTA 1HSJA 1MPBA 1BLFA 5BUUA 4MH5A 5JK4A 1A99A 2DOJA 3FVNA 4XKNA 5I2NA 4YKIA 4YU0A 3VVFA 1QKBA 4NF5A 3RN8A 3JYRA 5I2KA 3EN3A 2R9JA 2RC9A 4EQ7A 1FTOA 3W9VA 2ALUA 3MP1A 4BLAA 1R1NA 2PT2A 2ZYOA 4PFWA 4QF9A 2F35A 3GXAA 3U94A 1F9BA 2LAOA 4F31B 2PYYA 3TCGA 3EHTA 1EZPA 2D5WA 4ZS9A 1SD3A 4Q5TA 1NFTA 1B9JA 1Y1MA 5I57A 3LBSA 2DE2A 4IB2A 4IO6A 2YLNA 3G3FA 1N0TA 4HW8A 1LLSA 1OLAA 1MPDA 3UORA 4LA9A 4Q8RA 4O3CA 2HXWA 4XIGQ 4GXSB 2I0BA 4C0RA 1B5HA 2VGQA 2AL5A 4DDDA 4OHNA 3H03A 4FORA 3MAMA 2F97A 3T96B 4YKPA 2O7IA 3ECRA 3KZGA 5AE4A 3O6GA 3TEPA 3TCHA 3I5OA 3CSBA 2GHBA 1Z7ME 2DSFA 3TTLA 4MFIA 1BTJA 1AIVA 3R26A 4ELPA 2HFBA 5ITOA 2KLFA 4NWDA 5F1QA 2QJEA 5IKBA 3EHUA 4RYAA 1TWYA 1O7TA 2RKMA 4BDLA 4EQ9A 1HSEA 1USYH 3U93A 4NMYA 1IITA 3W9WA 4F2OA 1M5BA 3UN6A 1ZBMA 4Q30B 4JBZA 4ZEBA 1II5A 4KPTA 4G68B 4YAHX 5DYHA 2GHAA 1H44A 5FTHA 4DXUA 1UTHB 4OTEA 3KG2A 1MM6A 4FEDA 2F7BA 3ILUB 4KFQA 4GLIA 4U23A 4POXA 1A40A 4F3SA 2ANJA 1ZJLA 4O3BA 1B05A 5H8FA 3Q29A 4ISUA 1Z7NE 2I58A 1POTA 2QS3A 3OO9A 5CM6A 4H8JA 1SI0A 1BIYA 2P1SA 2XXPA 4BDQA 2DP8A 1TT1A 2AL4A 3C31A 4H6DA 4OFLA 2DQVA 1PC3A 4HCWA 1EZOA 2WKYA 4EQBA 3SESA 2X7QA 1RYXA 3RY3A 3O6IA 1NNPA 3HSTA 3MQ9A 4ZEDA 2HQ0A 3U92A 2O1MA 5HPQA 2ONSA 4U4SA 1WVJA 5FHMA 2UVIA 4OQOA 3G3HA 3T9HB 5L9OA 3B6WA 4BDMA 4OENA 1ZIUA 1PB7A 5M2VA 2I4CA 4C1TA 1JVXA 3RPWA 4F1VA 1J1NA 3K6XA 2UVJA 4GD5A 3S9EA 3FV1A 1D3KA 2XXUA 1IQ7A 3PUVE 3C35A 5JTYA 2XX7A 1B46A 4YKKA 3FASA 2CMOA 4YB7A 3FD3A 1MY2A 4ELOA 4FJPA 3CR9A 4NF4A 3QUFA 3OSQA 4H65A 3H3GA 5DVIA 1XS5A 3C9HA 3USDA 4RNSA 1B6HA 2ESNA 2R71A 4R2BA 3WAEA 3K01A 5FHOA 5I2NB 1A7LA 1M5EA 4BDRA 4LZ8A 4NF5B 3W15C 5I2KB 1R9LA 3T9UA 4JDFA 1IXGA 3D4GA 1MDP1 3C33A 4DXBA 4LZ5A 3TMGA 2QSXA 3VVEA 2V3TA 4IO4A 2QS4A 4U21A 1B5JA 1SYHA 4KD5A 4KR5A 5I57B 5I59A 3KN3A 3C32A 1B0LA 1QULA 4RJZA 3AXFA 3R6UA 1JNFA 2QS2A 4BDOA 4EDPA 5JEIA 4QFKA 4F39A 1QUJA 2G93A 1AH5A 2DWIA 2DS9A 2Q8JA 1US5A 4R74A 4H67A 3QAXA 2F78A 3T9XB 3HV1A 3LSWA 2DXYA 1A54A 4NF8A 4LP2B 2V84A 2Z8DA 4RA1A 3QUJA 2DE3A 4H5FA 3G7WA 2XXQA 1EZ9A 1DMBA 3K00A 3IOWA 2HAVA 4QFPA 3FJGA 2F7CA 5ELVA 3S9LC 1LAXA 3K1PA 5F7VA 4RPNA 2I4BA 4ZZAA 4E0XA 3MUQA 1BKAA 2VOZA 4AB6A 1SW5A 3TTKA 1GVCA 4ZE9A 1ANFA 3SDFA 4G68C 4FAJA 3RLFE 1Y3PA 4E0WA 4P11A 3ONMA 4U2RA 3G3KA 5EHSA 1QW0A 4KYSA 3SERA 4IO7A 4H8IA 2FYIA 1B7UA 3MPLA 3DP4A 3IAZA 3E3KA 3KOSA 4R73A 2YJPA 4AB5A 2RINA 3EQ1A 4OFJA 4F19A 5FTIA 5TP9A 1Y3QA 3V89B 5H8FB 1XT8A 3CI8A 1IUDA 2DYXA 1M5DA 4QSDA 2PT1A 3TDJA 3VXCA 1B40A 1QJMA 1QUKA 4PE5B 3MVWA 1AL3A 4F1UA 3VVDA 3KJ7A 3TUSA 3U1OA 4WEPA 3K0VA 3OO8A 4IGTA 4F3BA 3OD7A 3IJXB 2V3UA 3OEKA 3PUZE 1Y20A 3K4UA 2Q9TA 5K2XA 3PD9A 3CIJA 1MM7A 1PB8A 1MH4A 1ZLQA 4DLDA 3PMWA 1Y3NA 3EHSA 2HEUA 2I3VA 5H8QA 2UVHA 1LB8A 3PUWE 2Z8EA 2ZMBA 1JW4A 1I6BA 3QIMA 3CVGA 3VLUA 4U1OA 5ITPA 4QSCA 3IORA 2XXHA 3FIRA 1FQBA 1PEBA 3OMBA 3QK6A 1H76A 4NF6A 2FA7A 5ISUA 5JTYB 3BFTA 2ZYMA 3H6UA 1JQFA 2V25A 5CRYA 1NMUA 1OMPA 3Q27A 4MF3A 3TELA 3T22A 4C1UA 2XX9A 4NF4B 1FW0A 2ZNTA 1KWHA 4G2ZA 3GZGA 2DXRA 1LFGA 2ZXTA 3O6HA 3GBBA 3K6UA 3THIA 3TAJA 3IOUA 4OEVA 1ZU0A 3BKIB 3G3JA 1R9QA 4G8MA 1EU8A 4I1DA 1LB9A 3K1NA 1MXVA 2VD2A 1MQDA 2HZLA 3TPAA 2PBWA 4OYVA 2OJTA 5I58A 1VFEA 3CFLA 1CE2A 4O3AA 2ZNSA 4TQUQ 3MVXA 5KCJA 2PX1A 2QL3A 5CMMA 2REGA 2E0SA 4K3FA 3ZKLA 4DIGA 1JW5A 1LFIA 2DWHA 2B65A 1PBPA 3TQLA 4G77A 4HS7A 5I59B 2XXTA 4F29A 1YAEA 1O63A 5CBSA 3GLBA 2Y7IA 3H4ZA 3MP6A 4L17A 4YKJA 5I84A 3TZAA 3OELA 1DPPA 3FXQA 4X9TA 1D4NA 4F3GA 3O97A 2XX8A 5DVJA 5AA2D 4OZ9A 3MZ1A 4NF8B 1YTVA 1LBBA 1OVBA 1MXWA 3N6UA 1R6ZA 4X1DA 1DTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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