1Y9UA

Bordetella ferric binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
318
structure length
314
Chain Sequence
DEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anion-independent iron coordination by the Campylobacter jejuni ferric binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
molecule keywords putative iron binding protein
total genus 112
structure length 314
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA02
1CB6A 3HN0A 4TLLB 1SW4A 2ZNUA 4JWOA 1WVJA 3PPOA 1XHYA 4I1DA 1BKAA 1SYHA 2Q2AA 2UVHA 3L6HA 4NF8B 4RPNA 4Z0IA 5ICQA 3GXAA 3G7WA 2Y7IA 3AXFA 3C9HA 4HS7A 3H7MA 4F3SA 1ZMGA 2ESNA 4G68A 4E0XA 3H03A 3PPPA 3LSLA 3QK6A 2I4CA 1OQGA 1UQWA 4H8IA 3DELB 2OWSA 2Z23A 4OFOA 3FATA 3EQ1A 2ZYKA 3RTFB 4H0WA 1B05A 4H65A 1YCJA 5TP9B 3B6TA 4IO6A 1P1UA 3HV1A 4U4XA 4YICA 1UTHB 3ZSFA 3KBRA 4Q0CA 5L9SA 4EQ9A 4FE8A 2QMWA 4EF2A 2DWHA 3MBPA 1TXFA 4BLAA 4WEDA 3O6GA 3CI8A 3TAJA 1MY1A 5I2KB 2HAUA 3IX1A 2XXIA 5I57A 3PPQA 3MVXA 5TU0A 4R9FA 1BIYA 4P0IA 3D4GA 3EN3A 4IY5A 4MF3A 3GBBA 2RC7A 3TCHA 2F6GA 2QS1A 3QIMA 2DSFA 1N3XA 3Q27A 2H25A 1JW1A 2REGA 1ZBMA 4O3AA 2ONRA 4QSCA 3QUFA 4F19A 4ZS9A 2AL4A 1XS5A 3T9VA 3KEIA 3VLWA 2HEUA 1LFGA 4F1UA 3PD8A 4KHZE 2UVJA 1UTBB 2HZKA 4EQBA 3UN6A 1TWYA 2NXOA 3MZ9A 1XOCA 2ZNSA 4KPTA 4ZEIA 5CI5A 1NNFA 4TQUQ 4RXLA 1ZIUA 4DCXA 1IXCA 1M5DA 4OERA 4LZ8A 1US4A 2R9JA 3O2AA 3TDJA 1ZKBA 1LAGE 2ZYMA 1YAEA 2DVZA 1FW0A 2PT1A 3IAZA 3G3IA 1P99A 1M5CA 2XXUA 1IZ1A 2ZNTA 1B0HA 4GWOA 4G68C 1H3DA 3MVZA 4C0RA 2RINA 3FV2A 4PE5B 1RYXA 1YPNA 1B1XA 2OK2A 3KOTA 5FTHA 1P1OA 5EHMA 4GLIA 4XKQA 1VE4A 1VFDA 4NTLA 2RKMA 4POWA 2I0CA 5JEIA 1MXZA 4LATA 4KYSA 3BFUA 2Y7RA 1Z7NE 3K6XA 3U72A 4XXUA 5AE4A 4YAHX 3CFXA 3IR1A 4QFLA 4ELPA 3DP4A 4RY1A 3ILUB 4LP2B 5I59B 3B6WA 1POTA 1QUKA 4DXUA 4U1ZA 1N04A 3U92A 1EU8A 3EHTA 2F78A 3SDFA 4RK9A 2O68A 1LLSA 1B3FA 4KD5A 2I0BA 2QRYA 3I5OA 3W15C 4GF8A 3FVNA 3VVEA 4AB6A 1B46A 4JSOA 3P7IA 1MH3A 3TODA 3MQ9A 3PUXE 1MRPA 1P1QA 5B7DA 3O9PA 4ZE9A 3FASA 3H3GA 3H06B 2O7IA 3HSTA 2QS4A 3LUYA 3LSFB 4DXCA 4KQPA 4OESA 4HW8A 4RNSA 2X7QA 3MVWA 1B7HA 3U8QA 1QKAA 3JZJA 2IEEA 2AL5A 3BKIB 1MQJA 3VFJA 3M8UA 3O28A 4U4SA 3DM0A 2OJTA 3S2VA 3FZVA 1PB9A 2F7CA 3C36A 4F3GA 3SEUA 4R73A 3MP6A 1EH3A 3CG1A 4OXVA 4G8MA 4F22A 3E9XA 2V25A 3L6GA 2DYXA 2HAVA 3RT8A 2QJEA 1D4NA 3A3CA 2Z22A 1SI1A 3RNNA 4EUOA 3UORA 2BJJX 2REJA 4N07A 2ONSA 3BFTA 3MP8A 1JEUA 1FTKA 2F8DA 4OTEA 3TTKA 2DWAA 3OENA 2I49A 4WKMA 3ILTB 1URSA 3EPEA 2HFBA 4Q30B 3S9EA 4RPOA 1NNTA 3VVFA 5J1DA 3WAFA 4F29A 4JWYA 3K00A 2ABHA 4DXBA 2RCBA 1OIBA 4GRKA 3C4MA 4DIGA 4OEVA 3KSJA 2KLFA 4H6DA 4R6YA 4ISUA 4FEBA 2DQVA 3HHGA 1UIUA 3C32A 2FYIA 1BLFA 1UIVA 2VGQA 2O1MA 5BWJA 1O64A 2NWJA 3W9VA 1USYE 3DP8A 3G3KA 3TTNA 4NF8A 1AOVA 2DS9A 2G93A 2ZYNA 4GXSB 4H1XA 1NFTA 2HCAA 1NH8A 5DYHA 3VE1B 3V83A 5CMMA 3SEWA 3Q28A 1MY4A 2F36A 4QHQA 2Q8JA 5CC2A 4AQ4A 5L8DA 4GL0A 3FVOA 2UYEA 5CMKA 4NF5A 2F35A 2GFEA 3T9UA 4YKJA 2VOZA 2F34A 4RK2A 1DPEA 2LAOA 4U2RA 3SERA 2F7BA 4NWDA 5TP9A 3VLUA 5I84A 4WXJA 3V8XB 4OEUA 3PV0E 1UTHA 1JVYA 1URDA 3ECRA 2O6AA 2E0SA 3C33A 5EHSA 2Z8DA 1GV8A 3EF7A 3N6UA 3EHUA 5I2KA 3MC2A 3N94A 1D9YA 2Q2CA 3C34A 4UA8A 2X7PA 2XXWA 1A8EA 4FECA 4NF6A 3M3LA 4X9TA 3VLVA 1FTJA 4ONYA 4G8NA 1PC3A 3TZAA 4P0GA 1MG1A 1MDQA 3IB0A 2DXYA 2UVIA 3EHSA 3OELA 1UTBA 3WAEA 3SEVA 3TTRA 2I3WA 2DWIA 2H99A 3U1OA 5H8FB 4NF5B 4F18A 4H5FA 2Z8FA 3MWBA 3K4UA 2DVCA 1N76A 3OEMA 1VFEA 1J1NA 3TQWA 1ZJLA 3VXCA 1PBPA 1B4HA 1OVBA 5HPQA 5ITOA 4BDRA 4BDMA 5I58B 1MXWA 4LQ2A 2PVUA 3LBSA 2THIA 3IL1B 3LR1A 2H9BA 2QMXA 3IO6A 2I58A 2I48A 3RY3A 5FHMA 4FEDA 3KN8A 1TFDA 3JV9A 3IOWA 1XT8A 2PT2A 2VHAA 4R9GA 2F6PA 2FNCA 2UVGA 1YTVA 4OFJA 3Q25A 5CMCA 3IOUA 1LAXA 3N26A 1GTKA 1PBQA 4NF6B 4JBZA 3BBRA 3MP1A 5BUUA 2PX1A 3A3UA 1NNPA 4UACA 4QFKA 3IORA 5HBCA 1S7YA 3KSXA 4KI0E 5AA4B 4QF9A 2OCUA 5F7VA 3FVKA 3A09A 1B3GA 2ALUA 4FORA 1IEJA 5I59A 4OWDA 1VR5A 3K1PA 2O51A 4PFTA 4ZE8A 1LFIA 1I6QA 4LZ7A 4BDNA 2UXAA 3FJMA 2DWJA 4JSDA 2ANJA 2A5SA 1O63A 4KCCA 3TUSA 2XXHA 3OSRA 2DXRA 5KCJA 3I6VA 3PD9A 4JXIA 3VXBA 5H8NB 5FHOA 3B6QA 3C35A 3KOSA 1A8FA 4RJZA 4IGRA 1ZU0A 3CR9A 2DE2A 1Y9UA 3MPKA 2XD2A 5DVJA 3QAXA 1FTOA 1M5EA 4U23A 2IA4A 4KYDA 1MQHA 1LSTA 5HM4B 2P2AA 1PB7A 1Y1ZA 4FATA 4JWXA 2Q88A 1L5TA 3HO7A 1MQIA 2ONKE 3MVYA 1B9JA 5F1QA 4DZ1A 2O69A 5TPAB 4R75A 2QL3A 4GD5A 3RTWB 5DT6A 1FQAA 4ESWA 3KZGA 1JNFA 4IB2A 3IB1A 4F2QA 3V89B 4YB5A 3RQTA 1SW2A 4R6HA 5JK4A 4ELRA 1MXUA 3TYHA 1O7TA 2V3TA 1A40A 1Y3PA 1MXYA 5KCJB 2RC9A 4Q5TA 3KN3A 3FXRA 1SW5A 2ZXTA 4JDFA 1MXXA 3TTMA 4NWCA 4ELOA 2NUVA 5LOMA 3IK6B 2F97A 2GHAA 3CSBA 4P11A 5A5XA 4HCYA 2Q9TA 1CE2A 2QPQA 2XD3A 1RKMA 3IB2A 1A7LA 2PMSA 5I2NB 1LAHE 1LB9A 4HTGA 5I56B 2A5TA 1DOTA 3TCFA 2O84X 3RPWA 4DCYA 3KG2A 1S50A 3O97A 1Z7ME 2XXQA 4XKNA 3Q29A 4XKPA 4G77A 4IO4A 3HPIA 4H8JA 5KDTB 3K0VA 3PMVA 1QULA 2XX7A 4TLMB 3SEXA 4N6PA 2AIXA 4YU0A 2QS2A 3FD3A 4R2FA 3PPRA 1LGBC 4YMBA 1QVSA 4AB5A 1LBCA 1AIVA 3K01A 1WODA 2HXWA 2HZLA 3S9LC 1QUJA 1B40A 5AA2B 3MUQA 4OQOA 3FIRA 1M5BA 4FIMA 4E0WA 4G4PA 2YJPA 4ESXA 3GLBA 3OO8A 5B70A 5L9OA 3K1NA 4PP0A 2I6EA 1DPPA 3FXQA 4EXKA 2E1SA 1LBBA 1JEVA 1B5JA 1Q35A 1MH4A 5A5XB 5JTYB 1PDAA 2R6GE 3PPNA 4MFIA 1FQBA 1MM6A 1AH5A 4LA9A 4I62A 1FTLA 3T22A 1JW5A 2F7AA 3UP9A 2A5TB 4TOZA 4M4GA 1ANFA 2NVUB 2V3UA 2YPNA 2CZLA 4OENA 4ZDMA 3K1MA 3TEPA 3KGCA 3FJ7A 4NF4A 3RT6B 2VD2A 5CBSA 2PYYA 2D21A 3R26A 5CRYA 5H8HB 1D3KA 4GL8A 4KFQA 3K6WA 5ISUA 2D3IA 1B2HA 1USYH 5H8QB 4DDDA 2V84A 4F31B 4JB7A 1POY1 1B4ZA 2VP1A 5H8FA 2Y7PA 3OD7A 5DVIA 5AA1A 1OMPA 4BDLA 1QKBA 1SW1A 3KJTA 2XX8A 3KJ7A 1VSOA 2OWTA 4XTCQ 4KYEA 3CFLA 3W9WA 5I58A 1TT1A 2GRVA 1H76A 5DVFA 4FAJA 1FQEA 3FVGA 2HQ0A 3ODBA 1ZTYA 2DP8A 1PEBA 2OZZA 3R7XA 2XXXA 4EXLA 2FA7A 3QUJA 3TQLA 4YKPA 1SVXB 5CBRA 1WDNA 2NOOA 1NMUA 4OYVA 3UIFA 3CIJA 4KCDA 4NF4B 3OEKA 3V5AA 1OLCA 1LB8A 4HCWA 3O29A 5IKBA 1S9TA 3TMGA 5AA4A 3K2DA 4F3PA 4L17A 1OQHA 4DLDA 2R71A 3H6TA 1QW0A 1NL5A 2O7UA 1B3EA 1Y4TA 1OLAA 1N84A 1MM7A 1IITA 4DE8A 4LUBA 1Y1MA 2Y7KA 4GFRA 3ZS6A 2WKYA 4XKRA 3F11A 2V3QA 3T93B 3OSQA 1BTJA 4BDQA 2XXYA 3E4RA 1SDXA 4ND9A 3HCQA 4THIA 2XXTA 3ONMA 5H8NA 2H4IA 3IOTA 1FCKA 2XX9A 1IQ7A 5K2YA 4QRZA 3G3FA 1IXIA 5KZTA 1N3WA 3PUWE 3TCGA 2XXRA 3VVDA 5FTIA 3T66A 1ZLQA 2DE3A 1B6HA 2GHBA 3PMWA 3IJOB 4Z7EA 4ZZEA 1XVXA 1QUIA 4IO3A 2DOJA 3TELA 4GQOA 3TPAA 1Y20A 2D5WA 3TFLA 2I4BA 1P1NA 1NH7A 5DEXB 4X1BA 3LSWA 4GXAA 1MY0A 3RN8A 3RGYA 3OO6A 1MQDA 5TPAA 1I69A 2QSXA 3PGFA 3M3FA 3IOVA 3OO9A 3TTLA 1DMBA 4C1TA 4OMBA 2XXPA 2H98A 3KN7A 2ZMBA 1MQGA 3ZKLA 4G68B 1D9VA 4YZZA 3QXMA 4R74A 4Q8RA 3CVGA 4H5GA 4PFUA 3R6UA 3CFZA 5M2VA 2G29A 1N0TA 1Q1KA 1SQYA 2QS3A 2PBWA 1HSJA 3FJGA 3C31A 3H6UA 4ZECA 3DP6A 2RF1A 4GIZA 1NNKA 4NMYA 2GH9A 5L9MA 2V93A 3E3KA 2M8CA 1B51A 5I2NA 4YKKA 2OBGA 3T9XB 5I56A 1B58A 5ITPA 2DE4A 4IO7A 1URGA 4MH5A 3VDFA 4LONB 3UA8A 1KWHA 3TKDA 3O66A 2Y7WA 5I57B 4QSEA 5AA3A 2Z8EA 1US5A 3IJXB 3N6TA 3JYRA 5KDTA 4PFYA 1FQCA 4MLVA 3G3JA 1T0KA 2RC8A 1B7ZA 4IO2A 4YKIA 1FQFA 4G8HA 3LSXA 4QFOA 1JQFA 4U21A 4M1VA 3H6VA 4PQJA 3ZKKA 1F9BA 4ECFA 5AA2A 3RUMA 1ELJA 1SYIA 3OOAA 5H8SA 3K6VA 3LC8A 1LCFA 3QYTA 3H6WA 1A54A 4ZEFA 3T9HB 4I9DA 3U93A 4MLQA 4R2BA 4OFLA 3B7DA 3CG3A 1B52A 2XXVA 4O3CA 1IIWA 4F1VA 1B3LA 1R9QA 1B1HA 1IUDA 1IXGA 1MPBA 3HHFA 4WEPA 1SBPA 1XVYA 3FXUA 3FGSA 3K02A 2OLBA 4O3BA 3KFMA 5JTYA 4IO5A 1IXHA 2VD3A 5FHNA 3THIA 5ICTA 1QJMA 4FJPA 2Y84A 1GVCA 1BP5A 1B0LA 2H5YA 1GR2A 1A99A 5IAIA 4EF1A 1B5IA 4IGTA 3OXNA 4MBPA 3N5LA 3UGWA 4N13A 2P1SA 2UYFA 5CMBA 3G3HA 3G3GA 3USDA 1AL3A 1MPCA 2O1LA 3MPLA 4LVQA 5H8HA 2P0SA 5K2XA 1P1WA 4F3BA 3U94A 4RYAA 4KR5A 1B7UA 3CRBA 1MXVA 4ZEDA 4QFPA 4EQ7A 1DTGA 3RLFE 2XHDA 3PUVE 3FV1A 4H67A 3OMBA 1HSLA 3T96B 3D4CA 5H8QA 3S4UA 4OETA 3UK4A 1HSEA 1Y3NA 4GOTA 4LQ5A 3OO7A 1R1NA 3SEYA 1H45A 2B3BA 5CM6A 3K6UA 4K3FA 3O6HA 2Q89A 5AA2D 1DTZA 3PUZE 1Y3QA 4YMAA 1LFHA 3O6IA 1EZPA 4X48A 4C1UA 1RYOA 3GZGA 1JW4A 1GGGA 3I3VA 3PUYE 5DTBA 3SESA 1AMFA 1R6ZA 4ELQA 3QSLA 3MAMA 4OZ9A 1MS7A 1N7XA 1FQDA 1H43A 3MZ1A 4GVOA 4POXA 1JETA 4F2OA 2I3VA 3GBAA 1OVTA 2CMOA 3MW0A 4ZZAA 2W7YA 4IY6A 4G2ZA 1II5A 1MY3A 4ZEKA 2B65A 1MDP1 1I6AA 1A55A 1DSNA 4F39A 1NKXA 1B32A 3M3KA 4QFNA 3H4ZA 2RCAA 1M5FA 1MY2A 1TFAA 2AYSA 4OVJA 1R9LA 3E13X 4R72A 1I6BA 1Y4CA 5EYFA 2X26A 4QSDA 3VV5A 1EZOA 3S9MC 1SI0A 4PETA 3Q26A 1H44A 3PMXA 3PU5A 3MZBA 3DLNA 4F1YA 4NE4A 4EDPA 3CSGA 4RA1A 1XC1A 1MPDA 2B3FA 1SD3A 5ELVA 4I8CA 3IO4A 1ATGA 4LZ5A 3SKPA 4OHNA 1JVXA 1N7WA 3MJNA 4YB7A 4XIGQ 4YB6A 4U1OA 1EZ9A 1FTMA 2ZYOA 4PFWA 1PB8A 1LAFE 3FUZA 4R6KA 1B3HA 2YLNA 3SETA 1B5HA 2F5XA 4X1DA 4NEDA 3S9NC 4ZEBA 1LCTA 4U22A 5DEXA 4BDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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