1YAEA

Structure of the kainate receptor subunit glur6 agonist binding domain complexed with domoic acid
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
289
structure length
261
Chain Sequence
PANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the kainate receptor subunit GluR6 agonist-binding domain complexed with domoic acid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
total genus 73
structure length 261
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1yaeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1yaeA02
5L8DA 4R9FA 4ZDMA 2QSXA 4NWDA 4RNSA 5KCJA 4NF6B 1B4ZA 3UK4A 3HHGA 5F7VA 3G3HA 4KD5A 5DYHA 4RY1A 2O7UA 1IQ7A 1PBPA 4NF5B 4IO6A 3K6WA 2H9BA 3TDJA 4BLAA 4GD5A 4NF6A 4KYSA 5ISUA 3MP1A 4BDNA 3Q25A 4DIGA 2D3IA 4NEDA 5I2KB 4F1YA 3OSQA 2REJA 2B3BA 2RC7A 4F39A 3TTKA 5H8HB 3FXQA 2HXWA 1LFIA 2H25A 2DQVA 4NF4B 3MVZA 2AL5A 5I2KA 3UN6A 1I6QA 5H8HA 5H8QB 1LAGE 4NF4A 3FV2A 4X9TA 1L5TA 1CE2A 2RF1A 5H8QA 4L17A 3KFMA 4AB5A 2YJPA 2ALUA 4PETA 4YB7A 3O6GA 4U23A 3RUMA 5CBRA 4QSCA 4FEDA 1B7ZA 5DT6A 4AQ4A 4GL8A 1LBCA 1Y9UA 1MQDA 2THIA 3O9PA 3H4ZA 4OHNA 1NNPA 3C32A 2F7AA 3KSXA 3TCGA 4KI0E 1D9YA 3MWBA 2I0BA 3G3KA 3WAFA 3W9VA 2ZYOA 2VD2A 3HCQA 3VLWA 1VE4A 4F3BA 1NH8A 1B3FA 4O3BA 1A55A 1I6BA 2V3UA 4QF9A 3IOUA 4TQUQ 2O6AA 3GXAA 3TAJA 4MH5A 3I6VA 4YMBA 2AL4A 4R6HA 4GFRA 4PFWA 2NVUB 3KZGA 3IOTA 4IGRA 3K6VA 2E1SA 3BKIB 4FEBA 4XKQA 1PB8A 3M3KA 3CIJA 3CR9A 4MLQA 3FUZA 1B4HA 1IXCA 1ANFA 2LAOA 4BDQA 1GGGA 2HQ0A 5I2NA 1LCTA 4EXKA 3H06B 4U21A 4WKMA 1POY1 3K6UA 4LONB 5CM6A 5HBCA 2UXAA 1DMBA 2D21A 3S4UA 1Y3QA 2HAUA 4BDMA 1R9LA 4RJZA 1B5IA 4GQOA 4OTEA 3WAEA 3PUXE 2P1SA 4YB6A 1S7YA 4DZ1A 3PUWE 3THIA 2R6GE 4F2QA 4G8HA 5CI5A 2F7CA 4KFQA 2RC8A 1VFEA 2V3QA 5DVFA 3LC8A 3SERA 1JQFA 1USYE 1DSNA 3KJ7A 1P1NA 1XVYA 3LSXA 5TP9B 3R6UA 2Q2AA 1TFAA 1ZTYA 2I58A 3QIMA 1XC1A 3O28A 5TP9A 3ZKLA 3CRBA 4JWXA 3F11A 5K2XA 4IY6A 4IB2A 3T22A 3MVXA 3R7XA 2DVCA 2QS3A 1B0LA 3DLNA 2E0SA 3B6TA 2Z8FA 4FECA 3DP8A 3VVDA 1B1XA 3HV1A 4H65A 4FAJA 1SW4A 2DSFA 2ZNUA 5FTHA 1UIVA 4H1XA 4DXCA 1LFHA 2I4BA 4JSOA 3V89B 4TLLB 2VHAA 3FIRA 2F78A 3IX1A 1MXZA 3LSFB 3TZAA 2Q88A 3B6QA 3PMXA 1SW2A 4HCYA 4QFNA 2XXYA 1J1NA 1ZMGA 3IOWA 3SEXA 2PX1A 1MQHA 3FVNA 3FXUA 3LR1A 3USDA 4OFJA 3S9NC 3VDFA 4IO2A 2RCAA 5H8NB 4EDPA 2V84A 4KCDA 4OERA 1JW4A 1A7LA 1BP5A 3G3IA 1JETA 3IO4A 5H8NA 3N6UA 1NKXA 1B2HA 4HCWA 5JTYB 4LZ8A 2UVHA 3OD7A 5ITOA 5JTYA 1RYXA 3T9VA 4NTLA 4GXSB 1ZKBA 4GVOA 1PEBA 3TPAA 1F9BA 3E9XA 3SEWA 4G68B 4EUOA 1IZ1A 3LUYA 1Y20A 4G77A 4WEPA 3KG2A 1MRPA 1QUIA 3I5OA 4G68A 2ZYNA 3U1OA 4RA1A 1B46A 4ZE9A 1H45A 4P0GA 3ZS6A 2GHAA 1MXVA 4C1TA 2ONRA 3O97A 4U2RA 3Q27A 4RPOA 3O6HA 1VR5A 3S2VA 1JNFA 1M5FA 4GOTA 3E3KA 5K2YA 2I49A 2I4CA 2GRVA 3BFUA 2XXTA 2PT1A 3RQTA 3RN8A 3SETA 3M3LA 1M5CA 2I3VA 1B52A 3AXFA 4H67A 1O7TA 5FTIA 4MF3A 1MQIA 4XIGQ 1UQWA 3PGFA 5EYFA 1QUJA 2XXPA 4ELPA 2WKYA 2REGA 1II5A 4Z0IA 5TPAB 1HSEA 3TTNA 4P11A 1YTVA 1Q35A 2IEEA 3KJTA 3OO8A 3QAXA 3SEVA 1SI0A 1YPNA 2H99A 5TPAA 5KZTA 4JBZA 2F35A 1US5A 3B6WA 4FE8A 4N07A 3MPLA 2R71A 1YAEA 3P7IA 2H98A 1M5DA 4JWYA 2QPQA 3C9HA 1B51A 3IORA 4NE4A 3M8UA 4ZEFA 3HN0A 1R1NA 2NWJA 2QMWA 5I56B 2IA4A 2Y7PA 1M5BA 2XXUA 3VE1B 1N7XA 3M3FA 4ECFA 3DP6A 3G3GA 2XXWA 3ILTB 4F3SA 2GHBA 2DYXA 3OEKA 3V8XB 1R9QA 3C33A 1QJMA 4OETA 1XOCA 1A99A 4HTGA 3C34A 5I56A 3TYHA 1FQEA 5CMKA 1FCKA 3PPQA 1FW0A 3HO7A 4NWCA 3VXCA 3SESA 2QRYA 3Q28A 4K3FA 1QKAA 1B0HA 4PE5B 1MXYA 1B32A 3CI8A 3IB2A 2Z8EA 3K1MA 1VSOA 2Y7KA 5HM4B 1B5HA 1DPPA 4KYDA 4H6DA 1IEJA 4LUBA 3K0VA 3TTLA 1B3GA 3OEMA 3IB1A 5AA4A 3K01A 1ZU0A 4MBPA 3JYRA 3KN7A 3TODA 1QUKA 3SEUA 1FQDA 4YKJA 2D5WA 1LAFE 1MXWA 1B1HA 2G29A 3IK6B 1OIBA 4NF8B 3TQWA 1USYH 2DE3A 4LZ7A 1ATGA 4UA8A 3PUVE 4F3GA 3IAZA 4H8IA 4NF8A 3JZJA 5B7DA 1MY0A 4R72A 2ZNTA 2XXQA 3FJMA 3RLFE 4XKNA 2Y7WA 1SBPA 2Z22A 3U72A 3VLVA 1WODA 3V5AA 3L6GA 1LBBA 1ELJA 3OENA 4LATA 1NL5A 2NUVA 1MDQA 4U1OA 4YICA 1I6AA 5I84A 3MQ9A 2XD2A 2DE4A 3FJ7A 1NNKA 3OO9A 3TTMA 3CG3A 4I9DA 4PFYA 4LQ2A 4LZ5A 4DXUA 4YKIA 5I2NB 3C35A 2Y84A 4F18A 5ICQA 4JXIA 2DVZA 2HEUA 4TOZA 5CMBA 1HSLA 2NOOA 3O6IA 1PC3A 3U8QA 2OWTA 4GRKA 1OQGA 3PMVA 2UVIA 4ESWA 3JV9A 3MC2A 1BTJA 4FORA 3T96B 2PVUA 3PPPA 4EXLA 1QW0A 2PT2A 1FQFA 1JVYA 4I8CA 4EQ9A 4POXA 4U22A 1AMFA 4DE8A 4RK9A 2PBWA 3RPWA 3HSTA 3K02A 1MY2A 2ZNSA 1Q1KA 5LOMA 1OLAA 1WDNA 2I48A 1QULA 2P2AA 3U94A 2QMXA 3IB0A 4ZEKA 1CB6A 5AA1A 3FVKA 3VV5A 1XT8A 2X26A 3IL1B 1LSTA 1ZLQA 1MY3A 3DELB 3FVGA 3OO7A 3TEPA 5B70A 1OQHA 1N84A 1B9JA 1MDP1 1H3DA 3FVOA 3K1NA 3CFZA 3B7DA 1WVJA 4YKKA 1SQYA 5L9SA 1A40A 3OXNA 3FD3A 4QFPA 1P1UA 1MG1A 1MM6A 4PQJA 3RY3A 1EU8A 3O66A 1RKMA 5EHSA 4O3CA 3L6HA 4G2ZA 3C36A 4ZZEA 1LAXA 1XS5A 2ANJA 5ICTA 3SDFA 5FHOA 4QSDA 4KYEA 3IR1A 3MVWA 3DP4A 4IO3A 1LLSA 5CMCA 1IXGA 1URDA 4X48A 5DVIA 1P1QA 4R9GA 3TCFA 1TWYA 1SVXB 2M8CA 4ZEDA 4OFOA 1O64A 3K2DA 4LQ5A 1MXUA 3ZKKA 2V25A 4ELOA 4OQOA 3EPEA 4ND9A 1O63A 3ZSFA 1OMPA 2FNCA 4QSEA 1RYOA 3H6TA 2V3TA 3OOAA 4ISUA 3DM0A 5I58B 1URSA 4ESXA 1EZOA 4OFLA 4MFIA 2O1MA 2O68A 3EN3A 4R6YA 1GR2A 5I58A 1UTHB 3W9WA 3S9EA 4JSDA 4F31B 1B3LA 1GV8A 2DWIA 1UTHA 3EHTA 4Z7EA 1XHYA 1IIWA 1Y3NA 2OBGA 3G7WA 4QFOA 2A5SA 3H6UA 1DPEA 4GXAA 3QUFA 1KWHA 2F6GA 4MLVA 5BUUA 5L9OA 2DE2A 3KN8A 3QXMA 1MXXA 3PV0E 4QHQA 1NNTA 5BWJA 1ZJLA 1MS7A 3R26A 3CFLA 5DTBA 4OVJA 4ELRA 2CZLA 1MM7A 1EZ9A 1MH4A 1B3HA 2FYIA 2NXOA 1B7HA 2RINA 3VLUA 3GBBA 1LAHE 2OZZA 3QUJA 4M1VA 5JEIA 2PYYA 1MY4A 5A5XB 5HPQA 2O69A 5IKBA 2QS2A 3GLBA 5TU0A 1S9TA 1SI1A 5A5XA 4X1BA 1IXIA 4P0IA 1AL3A 1A8EA 3MZBA 1FTMA 4TLMB 1AH5A 1LB8A 3PPRA 1QKBA 3K1PA 4F1VA 4KHZE 4YZZA 4GF8A 2PMSA 3A09A 2XD3A 2QS4A 4EF2A 4U4SA 4Q0CA 1VFDA 3RT6B 3RT8A 3OELA 4KR5A 4PFTA 4LP2B 1B6HA 2Q9TA 1S50A 4POWA 4JWOA 1N04A 1OVBA 3TFLA 1BKAA 3VXBA 1AOVA 3RTFB 4ONYA 2B65A 3N5LA 2ZYKA 3N94A 2H4IA 1FTKA 1QVSA 3A3CA 1SYIA 3TELA 3FATA 2VP1A 1GVCA 1JEUA 4XKRA 1A8FA 4OZ9A 4RXLA 1MPCA 2UVGA 1NH7A 3RGYA 1HSJA 5AA4B 3CFXA 2G93A 4YKPA 5CBSA 4FATA 1POTA 1MH3A 4U4XA 3G3JA 4NF5A 4Q8RA 1BLFA 4WEDA 3N26A 3BBRA 4OMBA 4IO5A 3LSLA 5CMMA 4M4GA 4KPTA 3PUYE 1D9VA 4EF1A 3KOSA 4Q5TA 4G4PA 3E4RA 4LA9A 1A54A 1MQGA 4OEVA 3VVFA 4BDLA 1FQAA 4G68C 4ZE8A 4G8NA 4KCCA 1LGBC 4ZEIA 3KN3A 4ELQA 2YPNA 5EHMA 1H44A 4E0XA 4RPNA 3EHSA 2ABHA 4C1UA 5J1DA 1JVXA 4RK2A 3QK6A 2O1LA 1NNFA 4U1ZA 2RCBA 4DXBA 3O29A 4LVQA 3HPIA 1Y1ZA 1B40A 1P1OA 2O84X 2DWAA 3MAMA 4GLIA 1Y4CA 2X7PA 2VOZA 2I6EA 1N3WA 4IO7A 2OLBA 3MBPA 3GBAA 1ZBMA 3TQLA 4BDRA 3OSRA 3UIFA 4N13A 3UORA 1US4A 1PBQA 3MP6A 2F34A 3QYTA 3RTWB 4QFLA 1B05A 5H8SA 5L9MA 1MY1A 3LBSA 1D4NA 4UACA 1OVTA 3FXRA 1FTLA 1UTBB 1YCJA 1H76A 3U93A 3VVEA 1Y3PA 2DXRA 2ZXTA 2RKMA 3K00A 2FA7A 1P99A 4GWOA 4YMAA 1FQBA 1UTBA 3PMWA 5KDTB 2XX8A 1N0TA 3TMGA 1SD3A 3ONMA 5ITPA 3BFTA 3IJXB 3KSJA 1SDXA 3N6TA 4Q30B 5KDTA 3A3UA 4QFKA 4I1DA 3KBRA 4OESA 2Q89A 4R75A 4YB5A 4THIA 2R9JA 1JW1A 3IJOB 5I57B 3FASA 1P1WA 1Z7NE 3VFJA 4DLDA 5I57A 5DVJA 4H5FA 1DTGA 4ZS9A 3UA8A 5DEXB 2O51A 4NMYA 3EQ1A 1UIUA 3C31A 2DWJA 2QS1A 3TTRA 2YLNA 3PD9A 5DEXA 3T9UA 3UP9A 4AB6A 2GH9A 4IO4A 1XVXA 2I3WA 4DCYA 4RYAA 2O7IA 2ZMBA 2ZYMA 1PB7A 1NMUA 3T93B 4R6KA 1Z7ME 4N6PA 3CSGA 4JB7A 4OEUA 4EQBA 1PDAA 1EZPA 1BIYA 3H3GA 5FHNA 3TUSA 4R2BA 2HCAA 4E0WA 4HS7A 4F19A 4IGTA 4R74A 4OXVA 2Y7IA 3HHFA 2ONSA 1LFGA 4GIZA 1MPBA 1N76A 2V93A 1Y1MA 1FTJA 4XKPA 5I59B 4F29A 1N3XA 1LCFA 2F8DA 4F1UA 3CSBA 2I0CA 3MJNA 3TCHA 5I59A 1B3EA 3ECRA 4O3AA 3PUZE 5H8FB 2GFEA 3SKPA 2F6PA 1IITA 2B3FA 3CVGA 4PFUA 3C4MA 1IXHA 1N7WA 5FHMA 3K6XA 2DOJA 1TXFA 1MPDA 2UYEA 5H8FA 1B7UA 3Q26A 5IAIA 2XXXA 4FJPA 1I69A 3KOTA 2X7QA 1DOTA 3TKDA 1H43A 4PP0A 3T9HB 2XX7A 1URGA 3MPKA 4JDFA 2UYFA 2OWSA 3EHUA 3MW0A 1R6ZA 3MUQA 4I62A 3PD8A 3FJGA 1B58A 2HAVA 3PU5A 2Q2CA 2Y7RA 3ODBA 4YAHX 2CMOA 3W15C 3S9MC 3MP8A 3E13X 3O2AA 1AIVA 1DTZA 3D4GA 4R2FA 4WXJA 1OLCA 3PPOA 3S9LC 2RC9A 3H03A 1D3KA 2F5XA 4BDOA 2HZLA 5CRYA 4F2OA 4GL0A 4DDDA 5JK4A 1TFDA 4G8MA 4DCXA 3QSLA 4OYVA 3K4UA 3OO6A 4H0WA 3V83A 1M5EA 4KQPA 3PPNA 4X1DA 3OMBA 3Q29A 1ZIUA 3H6VA 5AA3A 1NFTA 5ELVA 3T66A 4XTCQ 1JEVA 1LB9A 3U92A 3H6WA 3G3FA 2ONKE 5AA2D 2HZKA 1SYHA 4OWDA 1FTOA 5AA2B 3T9XB 4FIMA 2KLFA 4C0RA 2BJJX 1GTKA 4QRZA 4XXUA 3FV1A 2DS9A 5AA2A 2HFBA 2P0SA 2VD3A 1FQCA 1PB9A 4IY5A 2QJEA 4H5GA 2XXHA 3FGSA 3H7MA 1SW1A 1B5JA 1EH3A 2XHDA 3MVYA 3LSWA 2F7BA 4ZEBA 2OJTA 2Z23A 3CG1A 2W7YA 2OCUA 1TT1A 2ESNA 2XXIA 4OENA 4H8JA 3I3VA 4ZZAA 5AE4A 3RNNA 3ILUB 3MZ9A 3MZ1A 4F3PA 3KGCA 2DWHA 2XXRA 3FZVA 4YU0A 1IUDA 2AYSA 2Z8DA 2H5YA 2XX9A 4HW8A 3EF7A 2UVJA 1Y4TA 2OK2A 3KEIA 1MQJA 4R73A 2DP8A 4F22A 3IOVA 2A5TB 1SW5A 5CC2A 2QL3A 4ZECA 2AIXA 2F97A 2Q8JA 5F1QA 3SEYA 4EQ7A 5KCJB 3IO6A 3UGWA 2A5TA 5M2VA 1JW5A 3GZGA 2VGQA 3D4CA 1T0KA 2XXVA 2DXYA 2F36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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