2AYSA

A conserved non-metallic binding site in the c-terminal lobe of lactoferrin: structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with n-acetyl galactosamine at 1.86 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conserved non-metallic binding site in the C-terminal lobe of lactoferrin: Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with N-acetyl galactosamine at 1.86 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 111
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA02
4NE4A 1M5DA 3WAEA 1JQFA 1SVXB 1TWYA 4LA9A 2Z8EA 5B7DA 1B46A 3TQWA 3LSWA 2Z8FA 4NWCA 1A8EA 1UTHA 4KQPA 4X1DA 3IOTA 3CFZA 3KN3A 2ZYNA 4R73A 2DSFA 2LAOA 2ZYMA 3EN3A 1P1NA 4ZEFA 4QFKA 2XXTA 1FTOA 3OD7A 1SYIA 5CC2A 4PE5B 4G2ZA 4Q30B 4KYSA 4R6KA 2I3VA 5TP9B 1B3LA 1MDQA 3I6VA 4OFLA 1DOTA 1LBCA 2I0BA 2FNCA 2CMOA 3ODBA 4AB5A 1Y1ZA 1JVYA 4Q5TA 3D4GA 4KHZE 3TZAA 3K6XA 1QKBA 5DEXB 1RYXA 4IO7A 1VE4A 4U4XA 1GVCA 4DXBA 3LSLA 2XXHA 4HTGA 5AE4A 4F1VA 4FIMA 1MY3A 3A3CA 2F7BA 3ZS6A 3U1OA 3IOUA 4E0XA 3MVZA 1FQBA 3KOSA 4JWOA 3N5LA 3PUZE 4GD5A 3RNNA 2H9BA 4NF6A 1MH4A 4IO5A 4THIA 2H98A 3LR1A 2H4IA 2ZYOA 4R6YA 3V89B 5J1DA 4MH5A 4XKRA 3L6GA 4Z0IA 4JDFA 4LUBA 1I6AA 2F6GA 1PEBA 1H45A 4U22A 4IO2A 1L5TA 5DTBA 2Z22A 2XXVA 5CM6A 3VVFA 2ZYKA 3LSFB 2Y7IA 5HBCA 2UVGA 1ANFA 1B1HA 2HEUA 4DXUA 2XXWA 3VLVA 3S9EA 3N6TA 1A40A 2XXPA 2RKMA 4YKIA 3SEWA 4R74A 2Q89A 4RY1A 1MPDA 2F8DA 2ONKE 4F2OA 2F35A 5H8FB 4YKPA 4ZS9A 4RPOA 4EF2A 2DOJA 5I84A 3DP4A 3L6HA 1SBPA 4LQ5A 4DZ1A 2UYEA 5HPQA 4O3CA 3IOVA 1WODA 4YICA 1SW4A 2F36A 3E3KA 4H5GA 3TMGA 2PX1A 4LZ7A 1GTKA 5I58B 4PETA 4BDQA 4NTLA 4F29A 1LCFA 1MPBA 4RPNA 3H6UA 3HSTA 5AA2A 2QJEA 4U2RA 3O6GA 4NWDA 1ZKBA 3EHSA 3FATA 2ABHA 1EZ9A 2UVJA 3PD9A 1GV8A 5ITOA 1SDXA 4RK2A 3K4UA 1DTZA 2KLFA 3M3LA 4H5FA 2RC7A 4OERA 2X7PA 4FEBA 1AIVA 3TCGA 3TODA 1AL3A 2R6GE 4I9DA 3T22A 1TFDA 3C9HA 3O66A 3MVXA 4KYEA 1PBQA 4E0WA 1BLFA 4GWOA 5TU0A 3IOWA 4OFOA 4U1ZA 1KWHA 3ILTB 3SKPA 5L9SA 2OZZA 3HHFA 4GFRA 5ITPA 1POTA 1NH7A 3P7IA 5K2YA 1MXZA 5LOMA 4TOZA 3CFLA 4ELQA 1QULA 4HS7A 4IY6A 1AOVA 1DSNA 1HSLA 4ECFA 1CE2A 2XXRA 3QYTA 3W9VA 2ANJA 3UA8A 3JYRA 4FECA 3F11A 2NUVA 3O6HA 2DXYA 4FATA 3T9XB 4IO4A 1MPCA 1QW0A 4BDLA 1MXYA 1LAXA 2VP1A 2OK2A 2XX9A 4C0RA 1B3GA 2P1SA 3UP9A 3TAJA 1JW1A 5KCJB 3H3GA 3O9PA 5DVIA 4MBPA 1LAGE 3OENA 4ZECA 3G3HA 3MVYA 1A99A 1MXUA 5DEXA 1Y4CA 2HCAA 5F1QA 3PMWA 3V83A 3SESA 2V93A 1AH5A 2Z23A 1Y3PA 4OFJA 2O1MA 1NNPA 2GHBA 1B7ZA 3FXRA 1S7YA 4G68C 1MG1A 2I49A 3SEVA 2UVIA 2I58A 3GXAA 1D3KA 4F31B 4EQ9A 1MQJA 1P1QA 1USYH 3G3KA 4F2QA 5ELVA 4U4SA 3H6WA 3S4UA 1LSTA 3FVNA 3QSLA 3CR9A 1B4ZA 3U94A 4EXKA 3OOAA 3FGSA 5I2NB 2I48A 2O69A 3Q28A 4ZEIA 2NOOA 3KG2A 2RC8A 1B3EA 3FVOA 2P2AA 5AA1A 1JW5A 3VLUA 1B58A 3PPPA 1LBBA 4KYDA 3IJXB 2Y7PA 4NEDA 1MXWA 5F7VA 1EZOA 4C1UA 2AL5A 1NNFA 2NXOA 4JBZA 3VDFA 3FZVA 3HN0A 3MP1A 1IXIA 5H8FA 2THIA 4F1UA 4ND9A 3H6TA 1R6ZA 5AA2B 4H67A 1Y3QA 1UIUA 1M5BA 4OZ9A 3T9UA 1Y20A 3AXFA 4ZZAA 3FV1A 4OENA 1URGA 1AMFA 1M5FA 3PPRA 2BJJX 3SEXA 4EXLA 5I58A 4GRKA 1ATGA 1N04A 2Z8DA 3H7MA 3THIA 4QRZA 4BDOA 5CMBA 5CMCA 2UVHA 3Q26A 4R9GA 1IZ1A 4RA1A 3S9NC 3T9HB 1FW0A 4P0GA 1WVJA 3QUJA 4ELPA 1N7WA 3U93A 3PUYE 4TQUQ 3BKIB 1B7HA 1YTVA 3V5AA 4QFOA 3FJGA 4OESA 4U21A 3UK4A 1LAHE 4ESXA 1SQYA 3ILUB 1JEUA 1UTBB 1N7XA 4YB5A 1NNTA 3S2VA 1GGGA 3C33A 4R6HA 3OO9A 4ELOA 2XD2A 3K6UA 4U23A 2F5XA 3HV1A 3MZ1A 1MH3A 5DT6A 4N07A 3V8XB 2F7AA 5EHMA 3FXUA 3HO7A 3K6VA 1POY1 3K1NA 3MZ9A 4EUOA 4MLVA 4IO6A 1BP5A 2Q88A 4POXA 4R2BA 4UA8A 5CMMA 4JSOA 2IEEA 5DVFA 1UQWA 4M1VA 1B0LA 5L8DA 2E1SA 3VE1B 1YCJA 3DP6A 4R75A 4G68B 5KZTA 1ZLQA 2WKYA 2AYSA 4ZDMA 2UXAA 5A5XB 1OLCA 4ZEDA 1M5EA 1B4HA 2B3BA 2ZXTA 4YMBA 1MXVA 5I57B 4KI0E 3TTLA 3MAMA 2I4CA 2Q8JA 5CBRA 2QSXA 3JV9A 1SI1A 4OXVA 3ONMA 1O7TA 4LZ5A 2AL4A 4QF9A 1FTLA 1YPNA 1II5A 2B65A 3N94A 5L9OA 3K01A 1FQCA 1A54A 5KCJA 3FXQA 1PB9A 3CRBA 2RC9A 2XX7A 3R7XA 3JZJA 3G3JA 4HCYA 1Y3NA 3E4RA 2UYFA 3A09A 3USDA 4U1OA 4X9TA 4F1YA 4POWA 4YB6A 3C31A 4LQ2A 2GHAA 3VXCA 3EF7A 5H8SA 4AB6A 3LBSA 3OXNA 3KZGA 3LC8A 3RN8A 3KN7A 1NNKA 1H44A 4KCDA 1TFAA 3TFLA 4GL8A 3OSQA 4NF8A 5I2NA 4LZ8A 3MQ9A 3T9VA 2OLBA 4NF4B 4G77A 5FHNA 1N76A 3PUXE 5AA3A 4F22A 4GXAA 2AIXA 4OHNA 1IITA 3R26A 4GF8A 1BKAA 3K2DA 4F18A 4BDRA 3KN8A 5CMKA 4ELRA 3CFXA 4GVOA 2QS1A 5DVJA 2DQVA 2FA7A 3OO8A 1HSJA 3O6IA 2Q2CA 2PYYA 4IB2A 4ZEBA 4LATA 1PB7A 1FQAA 4OEUA 1D9VA 3FVGA 3C35A 4FAJA 1EZPA 4QSEA 3MUQA 3O28A 2B3FA 3T93B 3G7WA 4GLIA 1B6HA 3MP6A 3CVGA 1B0HA 4GQOA 1FTKA 1RKMA 1S50A 3TPAA 4H65A 2OJTA 4X1BA 4I8CA 4OMBA 4KD5A 3MW0A 1ZU0A 5K2XA 3RTFB 2F34A 2Y7RA 3FASA 4F19A 1URDA 2HZKA 4H8IA 4AQ4A 2VGQA 3WAFA 1UTBA 3SETA 2DWHA 3PU5A 4I1DA 3RLFE 3OSRA 1IQ7A 3PMXA 1OQGA 4UACA 3RPWA 2H5YA 4G8NA 5FTHA 1M5CA 1MQIA 1R1NA 1R9QA 1TXFA 1HSEA 2DVCA 3B6WA 3OO7A 5FHOA 1URSA 4IGTA 5H8NB 4WXJA 4XKNA 3TCHA 3PPOA 4DCXA 3FUZA 4OYVA 1MS7A 3CG3A 3VVEA 5HM4B 1B7UA 2O84X 4TLLB 1OQHA 2R71A 3IO4A 3FV2A 2ZNTA 4G68A 4Z7EA 4DDDA 2DE4A 2D3IA 2ONSA 3QUFA 2PT2A 3VV5A 4YKJA 5A5XA 4QFLA 1EU8A 3T96B 1F9BA 3Q25A 5AA4B 4GL0A 3O2AA 5I57A 1H76A 5JTYB 2Y7KA 1OLAA 4ONYA 1JNFA 3GBAA 2HZLA 1I6QA 5ISUA 3QK6A 4YAHX 1USYE 4TLMB 2GFEA 1BIYA 2O68A 4OQOA 3HPIA 2I0CA 2W7YA 3K0VA 3N6UA 4IY5A 2XX8A 1QKAA 1MDP1 4H0WA 5I2KB 4JWXA 1FTMA 4NF8B 3FIRA 4EQ7A 3I3VA 4OWDA 3Q27A 1DMBA 4QFPA 4WKMA 4ZE8A 1SW1A 3RUMA 3ZSFA 4NMYA 4PFYA 2Q2AA 3PPNA 4WEPA 3IB0A 1QUIA 1XC1A 4LONB 4BDMA 5IAIA 3RTWB 5M2VA 4K3FA 2YPNA 4HCWA 3C34A 3IR1A 3OMBA 4NF4A 3TDJA 3TCFA 1B1XA 3IB1A 1MY4A 2DE3A 3IB2A 3N26A 1OMPA 3IX1A 2RINA 4OVJA 2I6EA 3M3FA 4GXSB 4OTEA 3LUYA 4NF5A 3VLWA 1D4NA 4O3AA 4YZZA 2XXIA 2GRVA 5EHSA 1ZIUA 3CI8A 2O7UA 4M4GA 4LP2B 3DELB 2G29A 1NKXA 4RYAA 1XHYA 1QVSA 3KOTA 3TQLA 3IK6B 3W15C 3FJMA 2X7QA 1XT8A 2Q9TA 1US5A 3MP8A 3KFMA 2ALUA 4PFTA 5KDTB 5TPAB 3B7DA 4XKQA 4R2FA 4FJPA 1PDAA 2R9JA 4PP0A 1RYOA 3DP8A 4ESWA 1B2HA 4PFUA 1IUDA 1XVYA 3M3KA 1CB6A 1D9YA 1LGBC 4LVQA 1PB8A 3ZKLA 3EHUA 1DPEA 2F6PA 3FD3A 5FHMA 1TT1A 1LFHA 1ZJLA 1B3HA 1SYHA 2REGA 1H3DA 1B5JA 2ESNA 4ISUA 1QUJA 2A5TB 1N3WA 4YKKA 1ZTYA 5I59B 2V25A 1I6BA 4PFWA 3T66A 5BWJA 3FVKA 1MY1A 1B5HA 1VSOA 4QSDA 4R9FA 2DE2A 4EDPA 4IO3A 5B70A 4QFNA 3Q29A 1VFEA 5CI5A 1LB8A 3UN6A 3S9LC 1O63A 1P1OA 1J1NA 2QMWA 1A8FA 4H6DA 3ECRA 3U8QA 2E0SA 5H8NA 3B6QA 3GZGA 1O64A 4YMAA 2DVZA 3O29A 3PPQA 2V3TA 2D21A 4YU0A 1P1UA 3FJ7A 4F3GA 3PMVA 1ELJA 1IXHA 3UORA 3C32A 3DM0A 3SDFA 4JWYA 2OWTA 2I3WA 1ZMGA 4XXUA 3PGFA 5AA4A 1JEVA 3UGWA 5ICTA 3MZBA 1ZBMA 5JTYA 3HHGA 2XHDA 2X26A 3OEMA 1LAFE 2DP8A 4XTCQ 5CRYA 4G8HA 2H99A 3I5OA 1PBPA 3CIJA 1MY2A 1DTGA 1IXGA 3DLNA 4O3BA 2PVUA 1VFDA 3ZKKA 1I69A 3BFUA 3GLBA 5I56B 2VOZA 5H8QB 4MLQA 3MVWA 5I2KA 4P0IA 1S9TA 1FQDA 4ZEKA 3TYHA 3H4ZA 2ONRA 4Q0CA 5AA2D 2DYXA 1XOCA 1FTJA 4EF1A 3IJOB 3KSJA 2G93A 1N84A 1SW5A 1IXCA 3MBPA 1FQFA 2RF1A 4EQBA 4PQJA 4NF5B 3PV0E 5FTIA 2XXYA 5H8HB 3KSXA 5CBSA 1Y4TA 3E9XA 2V3UA 1MRPA 2NVUB 4C1TA 1B52A 4G8MA 4DLDA 4N6PA 4ZE9A 3K00A 1SI0A 2XXUA 5BUUA 2QS4A 2QS3A 1Z7ME 1IIWA 3SEUA 3LSXA 1NH8A 1NMUA 4KFQA 3MPKA 1DPPA 2H25A 4DXCA 2D5WA 1JETA 4G4PA 4R72A 1N0TA 1QUKA 1JVXA 2ZNSA 2M8CA 2ZMBA 2FYIA 4BDNA 1T0KA 3TELA 3PUVE 4F3BA 2OBGA 5KDTA 3TTKA 5TPAA 1P1WA 4QHQA 4XKPA 4X48A 1B32A 3TKDA 2IA4A 4JXIA 3MJNA 3IORA 2HQ0A 2QPQA 3H06B 2QS2A 1UTHB 3RY3A 3EHTA 3IO6A 4ZZEA 3MPLA 1JW4A 2DWAA 3BBRA 1UIVA 4KPTA 2A5TA 1FCKA 1GR2A 2YLNA 1Y1MA 2F78A 3CSBA 4RNSA 1MM6A 3UIFA 1US4A 2F97A 4RJZA 3PD8A 3E13X 1YAEA 5I59A 1VR5A 4H1XA 2O1LA 2HAUA 3HCQA 1Z7NE 2YJPA 2XXXA 3K1PA 4XIGQ 2O6AA 1B51A 2OWSA 3TTRA 3H6VA 1B40A 2CZLA 3RGYA 1Q35A 3PUWE 5TP9A 4FORA 3KJTA 4DE8A 1MQDA 2DWIA 3TUSA 2NWJA 5JK4A 1LLSA 4MF3A 1R9LA 3K6WA 4RK9A 1MXXA 3KJ7A 3M8UA 3D4CA 4HW8A 1WDNA 2I4BA 1FQEA 1Y9UA 1PC3A 1H43A 3RT6B 5JEIA 3W9WA 1N3XA 4NF6B 1MQHA 4MFIA 2O7IA 3K02A 4BLAA 4F39A 3GBBA 3S9MC 4N13A 4JB7A 2PBWA 2QRYA 4Q8RA 4KR5A 3KGCA 2PMSA 1OVTA 1NL5A 3A3UA 4QSCA 4DCYA 1BTJA 4KCCA 3VVDA 1B05A 1A55A 2HAVA 4P11A 3TTNA 1B3FA 5L9MA 2RCAA 2GH9A 2VHAA 2ZNUA 5ICQA 2V3QA 3SEYA 5I56A 5H8QA 2A5SA 3G3GA 4GOTA 4L17A 3G3FA 3SERA 1B5IA 2OCUA 2DWJA 2XD3A 1B9JA 4IGRA 4RXLA 3OELA 1NFTA 3MC2A 2F7CA 3EQ1A 3H03A 3U72A 1XVXA 2O51A 2DS9A 1LFIA 3K1MA 3BFTA 3IL1B 3QAXA 4GIZA 4F3PA 3VXBA 2DXRA 1MQGA 2VD3A 3R6UA 1LB9A 5H8HA 1SD3A 2V84A 3O97A 4H8JA 3OEKA 3B6TA 1P99A 1Q1KA 1OIBA 4JSDA 1EH3A 3C4MA 4OEVA 2QL3A 3TTMA 3OO6A 5IKBA 3C36A 1LCTA 1MM7A 3EPEA 3QXMA 2P0SA 3RT8A 4I62A 4F3SA 1MY0A 1OVBA 4DIGA 4YB7A 3IAZA 3CSGA 2VD2A 3QIMA 4FEDA 4WEDA 2RCBA 1A7LA 2HXWA 3G3IA 4FE8A 2Y7WA 2XXQA 5EYFA 1SW2A 2HFBA 1LFGA 4OETA 3RQTA 2QMXA 1QJMA 2PT1A 3CG1A 3KBRA 3VFJA 3U92A 2REJA 3MWBA 3TEPA 1XS5A 3KEIA 1IEJA 2Y84A 5DYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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