2AYSA

A conserved non-metallic binding site in the c-terminal lobe of lactoferrin: structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with n-acetyl galactosamine at 1.86 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conserved non-metallic binding site in the C-terminal lobe of lactoferrin: Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with N-acetyl galactosamine at 1.86 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 111
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA02
1M5EA 2O84X 3O6GA 3UORA 1MPDA 3H06B 3L6GA 1UIUA 4G8MA 5KDTB 3S9NC 2VD3A 1MS7A 5DT6A 3GBBA 3T9UA 2V25A 1UQWA 3MQ9A 3PMWA 4BDRA 4P11A 2ONSA 3CG1A 5I56B 3C34A 3RGYA 4U23A 1IXHA 2F7CA 1B40A 1LAFE 4FATA 3E13X 1LBCA 4GXAA 2UYFA 3OO7A 3LSXA 4H65A 2NWJA 3ONMA 4IB2A 1TT1A 4U2RA 4H1XA 5AA4A 4NE4A 4F1VA 4DZ1A 2ANJA 1EZPA 5EHMA 4XXUA 5JEIA 5ITPA 4ELRA 4GRKA 4RK9A 1I6QA 3K6VA 3CSGA 2HQ0A 1SD3A 4F3GA 5DEXA 3RT8A 3PUYE 1I6BA 3N5LA 1VSOA 4KFQA 4OYVA 2DVZA 3TODA 1B7HA 2QMWA 2XX8A 4ZE9A 2PVUA 4IY6A 1TWYA 3K6WA 3MUQA 1BTJA 1II5A 2O1MA 3HHGA 2CMOA 1A99A 1AL3A 1M5BA 3KBRA 4NF4A 1UTHA 3ZKLA 4QFNA 1I6AA 5DYHA 3MP1A 3R26A 4OFLA 1USYE 1BIYA 4QFKA 1Z7ME 3OMBA 1YAEA 4YB5A 3TDJA 4U4XA 2I4CA 4R9FA 1MDQA 2F5XA 1POY1 3V83A 3PD9A 3CSBA 4JWXA 5I56A 4WXJA 3ILTB 5I57A 4FE8A 5JK4A 4AB5A 1MY0A 1P1NA 1FQFA 2DVCA 2R9JA 4JWYA 3BBRA 3HSTA 4KYDA 1CB6A 1MQJA 3C32A 3QXMA 3MVYA 1Z7NE 1JW5A 2AL5A 1B05A 5L8DA 1ZU0A 3DP4A 1UTBB 2O7IA 1N7XA 3RY3A 3S9EA 4I1DA 1EZ9A 1ATGA 1ZBMA 1JEVA 1H44A 1SYIA 1LSTA 4DXCA 3SEUA 1FTMA 5L9SA 4F39A 2IA4A 5FHNA 5KCJA 4XKQA 5ITOA 4IGRA 1H76A 2Z8DA 2UVIA 4MLVA 1IXCA 2UVHA 4XKRA 4H8IA 4NWCA 5H8HA 4H5GA 1H45A 4X1BA 5EHSA 3RN8A 4IO7A 1Y9UA 2OWSA 4EF1A 1JVXA 4QFLA 2F97A 4EQ7A 3RNNA 3VXBA 1T0KA 3S2VA 4NF6B 2ALUA 3G7WA 4YKPA 1B46A 1DTZA 4LUBA 2ZNSA 3O6IA 4ZZAA 3FGSA 1XVXA 2Y7RA 2HXWA 3PUWE 1AIVA 1LLSA 4GFRA 1LFHA 3CI8A 4Q30B 1FQCA 3OO8A 4JDFA 2ONRA 4RA1A 1FTLA 4ZDMA 4EXLA 3N94A 4OEVA 3BFUA 5TP9B 4O3BA 3FJMA 1PDAA 3K0VA 4GD5A 1WVJA 4GOTA 4KYEA 3VE1B 3R7XA 1KWHA 3FASA 3PUVE 4TOZA 2RKMA 5H8FB 2NUVA 1PBPA 3IB0A 3KG2A 3KOTA 1H3DA 1OLAA 3M8UA 3B7DA 4TLLB 2AYSA 1MY1A 1MXWA 4YB6A 1SW2A 3KN3A 3OEKA 1JETA 5IKBA 1B9JA 5F7VA 4NEDA 4UA8A 3WAFA 4Q8RA 3HV1A 3EPEA 2F78A 4HCYA 4PFWA 3PMVA 1IXGA 1MY4A 3KSJA 5CRYA 4NF5B 2X7PA 1QKAA 1DTGA 5FTHA 1MXYA 3D4GA 3IR1A 4EF2A 5HM4B 2FYIA 3UN6A 2I49A 4OFOA 5I84A 5BUUA 5TPAB 5I2KB 3U92A 1D9YA 1NNPA 2NVUB 5HPQA 4GWOA 2QJEA 2F6GA 2HZLA 2G29A 5I59A 3C31A 1Y4TA 1DSNA 2DSFA 4HCWA 4KHZE 4H67A 3N26A 3TKDA 4JWOA 1B52A 4O3AA 3TTLA 2AIXA 3DP6A 3IJXB 2I3WA 4R73A 4F1YA 3Q28A 4ELOA 1DMBA 4P0GA 2Q2CA 1JW4A 3GZGA 1SVXB 4XKPA 2GHAA 5J1DA 2THIA 4IO6A 5B7DA 4GQOA 3H03A 2DXRA 4H5FA 5L9OA 1N84A 4OZ9A 1PEBA 3SEWA 5CM6A 3N6UA 2VGQA 3T93B 2PMSA 3C4MA 4R6HA 3IO6A 2X7QA 3GBAA 4AB6A 1MDP1 3UIFA 3WAEA 2A5TB 4NF8A 2XXYA 4F2QA 4F29A 4G68C 4NF5A 2DP8A 4FEBA 1POTA 1XHYA 2XXTA 1LCFA 4WKMA 1P99A 2GHBA 1SYHA 2Y7KA 2GRVA 4QFPA 5TPAA 2H4IA 2QS1A 4KD5A 4MH5A 3QK6A 2R6GE 3IK6B 1GTKA 4MF3A 4E0WA 1R1NA 2CZLA 3G3IA 3PPRA 1Y3PA 2H98A 2V93A 1SW4A 3VVEA 2H9BA 4WEDA 4F22A 4MBPA 2O69A 2ZYNA 2I3VA 3CVGA 1XC1A 3PPQA 3PGFA 2E1SA 1B2HA 3VV5A 2XXRA 4PQJA 1N3XA 3EQ1A 3FD3A 4ZZEA 2PX1A 3QIMA 4G77A 4KI0E 5M2VA 5JTYB 2Z22A 3CR9A 4DCXA 3S9LC 2H99A 2Y7IA 1H43A 2DYXA 5CI5A 2YLNA 4BDNA 3OXNA 4ZEKA 1YPNA 3TTKA 3SEXA 2B3BA 3SEYA 2XXPA 4RPNA 4EDPA 3H6VA 2A5TA 4R6YA 1B0HA 3M3FA 3KZGA 3K00A 3MPLA 4F1UA 1MQDA 4THIA 1QKBA 4BLAA 4DXUA 2QRYA 1A54A 3MP8A 4H6DA 4ND9A 3OD7A 1NKXA 1Y1MA 2HCAA 3IL1B 3HPIA 2ZYKA 1MXZA 1A55A 4E0XA 3TTNA 1MQIA 2I0BA 4DXBA 3I5OA 1MH4A 3ZS6A 1R9LA 1OIBA 3KN8A 4GL0A 3LSFB 3OOAA 2I58A 3JYRA 3LSLA 4EUOA 1B3LA 3W9WA 2GFEA 3PMXA 2HAVA 2QL3A 1Q35A 3QUFA 4WEPA 4G68B 3RTFB 3C33A 5H8NB 4GVOA 1FTKA 3K6XA 4YAHX 4IO2A 4RPOA 4RY1A 2DE2A 1QUJA 1B5HA 2REGA 4RK2A 3FVNA 1NH8A 1XVYA 5KDTA 3V8XB 3K4UA 3KJ7A 5DVFA 4ZEFA 3GXAA 2IEEA 2XX7A 1I69A 4G2ZA 4ZECA 1PB7A 1WDNA 4YICA 3EHTA 5I2NB 4U21A 1PBQA 3ILUB 4LZ7A 1DOTA 2F6PA 4KCDA 2O1LA 3FZVA 1AMFA 3LC8A 3QUJA 4GL8A 1B3FA 1TFAA 3CFLA 2DWHA 1AOVA 1DPPA 4ESXA 3T66A 2M8CA 3L6HA 4LA9A 2DWJA 3PU5A 3KOSA 1MPBA 4R6KA 1SDXA 3IX1A 2DXYA 3IOVA 4R2BA 4LQ5A 4GIZA 1F9BA 4BDMA 4HTGA 1B4HA 3T9XB 4TQUQ 4EXKA 1A7LA 4FAJA 5IAIA 4KCCA 1URDA 1O7TA 1JW1A 4QF9A 2E0SA 4UACA 3QAXA 2OK2A 2O68A 3FVKA 3MJNA 5H8NA 2RC7A 4ISUA 4R72A 3TTRA 3QSLA 4YKJA 3FJ7A 4XIGQ 2XXUA 1BLFA 3C36A 1OLCA 4JB7A 1A8FA 1Y3QA 3O97A 3TCFA 3ZKKA 3TCHA 4P0IA 4PE5B 4ZE8A 1B58A 2PT1A 2V3QA 5FTIA 3G3GA 2W7YA 1FQBA 5I2NA 4OXVA 1XT8A 2HZKA 3IJOB 4X48A 3MZBA 4OERA 3VXCA 3S9MC 4O3CA 2OJTA 2ZYOA 2DWAA 3O2AA 4N07A 3PD8A 1MM7A 2H25A 4YKIA 4KR5A 4YB7A 1JVYA 3BKIB 1UTBA 3PPPA 3TZAA 5CBRA 2PBWA 4JSOA 3RT6B 4N6PA 1QJMA 3K1PA 4I9DA 3EHSA 3FV1A 4ZEIA 4QFOA 2UYEA 4Q0CA 1M5CA 3KGCA 3UGWA 3K1NA 4F31B 3SESA 4H0WA 2Q88A 3TEPA 3FV2A 1DPEA 3CIJA 2F35A 2B3FA 2D3IA 2P1SA 5H8SA 4OMBA 4I62A 3FVOA 3TMGA 1ZJLA 4NMYA 3MC2A 3KSXA 2PYYA 4Q5TA 3SETA 3VLUA 5H8QB 4RNSA 5AA1A 2P2AA 1MQGA 1B5JA 2D21A 4KPTA 4NF6A 3TFLA 4LQ2A 4FEDA 5CMBA 4G8HA 1OVBA 3KEIA 5ICTA 1IQ7A 2LAOA 3U72A 4X1DA 4N13A 4OESA 2PT2A 2OWTA 4RYAA 4QHQA 1US5A 2QMXA 4ECFA 5TP9A 3A09A 1B7ZA 4JBZA 1IIWA 1N04A 3G3KA 4F3SA 3T9HB 3O6HA 1B1XA 4DE8A 2Y7WA 3USDA 3F11A 2D5WA 2FA7A 5H8FA 3VVDA 4R75A 4OWDA 5TU0A 3FXUA 1BP5A 2XHDA 3CG3A 5DVIA 3DM0A 1QUKA 2RCAA 3VLWA 5KZTA 2H5YA 3FXQA 2F8DA 1MY3A 1ZTYA 4POWA 5I58B 4OVJA 1OVTA 1OQGA 2A5SA 1RYXA 1XOCA 3MVXA 1LAXA 1A40A 3MWBA 4M1VA 4U1OA 4PFTA 3U1OA 3SDFA 4BDOA 1B3HA 3T9VA 4FIMA 2XD2A 3Q29A 1YTVA 2I48A 3VLVA 3I3VA 3UA8A 4LVQA 3K1MA 4POXA 2GH9A 2QSXA 2VD2A 4OEUA 3RPWA 3B6QA 3ODBA 5I2KA 1US4A 1GVCA 3FVGA 5AA4B 4LP2B 1N3WA 3O28A 4R74A 1O63A 3TQLA 4OQOA 1EH3A 4YMBA 1ZKBA 3M3KA 3VVFA 4G8NA 3EF7A 1Y20A 2QS3A 1LFGA 1VR5A 3O66A 1LAHE 3U94A 1VFEA 2AL4A 2RF1A 3N6TA 1BKAA 1P1UA 3CRBA 3DP8A 1QVSA 2F36A 1OMPA 2UXAA 2I6EA 3PPOA 2VP1A 1FQEA 4HS7A 1S7YA 3HN0A 3G3FA 1MPCA 3G3HA 5DVJA 1PC3A 5ISUA 3OSRA 3TELA 1OQHA 1R6ZA 1UTHB 3IOWA 5K2XA 1NNTA 4R2FA 1ANFA 5HBCA 1MY2A 2ZXTA 1MRPA 2O7UA 4ZEDA 2Q8JA 3KN7A 4K3FA 3UK4A 3SKPA 4JXIA 2ZMBA 4QRZA 3V5AA 3TQWA 4U1ZA 1EZOA 1CE2A 3Q27A 3RUMA 5I57B 2NXOA 3FATA 1ZLQA 1B0LA 1PB9A 5B70A 1IZ1A 2DE4A 3W9VA 2B65A 3H3GA 2RCBA 2XXIA 1JEUA 1RKMA 1M5DA 4BDQA 4LZ5A 1LB9A 1B32A 1S9TA 1EU8A 3TTMA 3I6VA 3ECRA 3MVWA 1NL5A 2XXVA 5CBSA 1FW0A 1N0TA 3CFXA 1NMUA 3MAMA 3OO6A 3U8QA 3LUYA 1Q1KA 4PFYA 1LBBA 3LR1A 5KCJB 3V89B 3HHFA 4IGTA 1MXVA 4C0RA 1URGA 1Y1ZA 4U22A 5JTYA 3VFJA 4OETA 4Z7EA 3MBPA 5H8HB 4L17A 1IUDA 3KFMA 4LZ8A 4ELPA 4JSDA 2KLFA 3UP9A 5EYFA 2Z8FA 3H6WA 1MXXA 4PFUA 1P1QA 3MPKA 3SERA 1MM6A 1J1NA 1USYH 4DLDA 5FHMA 3P7IA 3FUZA 4ONYA 2UVGA 3TUSA 4FJPA 4OTEA 4DDDA 1SQYA 4X9TA 4F3PA 1B7UA 3O29A 1O64A 4FORA 3FXRA 4NTLA 5L9MA 4ZEBA 2X26A 1R9QA 3FJGA 1FCKA 2QS4A 5LOMA 1P1WA 3SEVA 1SBPA 3H7MA 2XX9A 4OHNA 4QSEA 2QPQA 3IOUA 3QYTA 3T22A 3MP6A 2V3TA 1IEJA 1LCTA 2Z8EA 3S4UA 1FTOA 5CMMA 1S50A 2HEUA 4RXLA 4G4PA 3ZSFA 1NFTA 2V3UA 4LONB 4Z0IA 3IAZA 2R71A 2Q2AA 2QS2A 1M5FA 3OO9A 1MH3A 3IO4A 2DOJA 4G68A 3KJTA 2DWIA 5AA2D 3GLBA 3H4ZA 3IORA 3HO7A 1VFDA 2OBGA 3C35A 3EHUA 1D4NA 3TYHA 4YZZA 3OENA 1SW1A 2DQVA 1LGBC 1ZIUA 3PUXE 3BFTA 4QSDA 1VE4A 2XD3A 1IXIA 1XS5A 3M3LA 3MVZA 2ZYMA 3K02A 1NNKA 5AA3A 3K2DA 1FTJA 4HW8A 1D9VA 2G93A 2XXQA 1LFIA 2FNCA 2ZNTA 4PP0A 2RC8A 3E4RA 2ESNA 5K2YA 1MG1A 4YMAA 5F1QA 3IB2A 4ZS9A 2VHAA 3PV0E 3E3KA 1Y3NA 2F7BA 1SW5A 1WODA 5AE4A 2F7AA 3MZ1A 3H6TA 1TFDA 1B3GA 1GV8A 2ZNUA 4H8JA 5I59B 3LSWA 1B1HA 2HFBA 1D3KA 1GGGA 2YJPA 4F2OA 1JQFA 1UIVA 4F3BA 2OCUA 1GR2A 1YCJA 2WKYA 3A3CA 3O9PA 4FECA 1ELJA 5AA2B 3W15C 4PETA 3OELA 3Q25A 2ABHA 4DIGA 4XKNA 4M4GA 3AXFA 3RLFE 3THIA 5A5XB 2DE3A 1A8EA 2Y7PA 3DELB 2O6AA 2RINA 4ELQA 2O51A 4NF8B 1N76A 4EQBA 4IO3A 3PPNA 1TXFA 2DS9A 3EN3A 3K6UA 4NWDA 4C1UA 4LATA 4C1TA 2Y84A 1NNFA 4KYSA 1HSJA 3G3JA 1HSLA 4EQ9A 4BDLA 2XXHA 1ZMGA 3JZJA 4GLIA 3TCGA 1FQDA 3CFZA 3MW0A 4MLQA 3H6UA 4DCYA 2P0SA 3R6UA 2I4BA 2OLBA 2VOZA 2V84A 2Z23A 5DTBA 5FHOA 2XXWA 3K01A 2I0CA 3HCQA 3TAJA 3PUZE 2UVJA 2Q9TA 3VDFA 5CC2A 3IOTA 5BWJA 1N7WA 1B4ZA 4OENA 1P1OA 1LAGE 3DLNA 1Y4CA 5AA2A 3IB1A 2YPNA 2NOOA 3T96B 5H8QA 5ICQA 4F19A 5A5XA 5CMCA 4AQ4A 2F34A 4MFIA 1L5TA 5CMKA 3Q26A 1URSA 3E9XA 4I8CA 3B6TA 2ONKE 3D4CA 2Q89A 4YKKA 1RYOA 1JNFA 4YU0A 1IITA 1QUIA 1HSEA 1SI0A 3LBSA 2REJA 3FIRA 3RQTA 3A3UA 4IY5A 1NH7A 5ELVA 1MXUA 3JV9A 4KQPA 1QW0A 2RC9A 2OZZA 4GXSB 3OEMA 1QULA 2HAUA 5DEXB 1B5IA 3C9HA 3B6WA 1MQHA 4XTCQ 3RTWB 1LB8A 1AH5A 3U93A 4GF8A 1PB8A 1B3EA 4RJZA 4IO5A 1B6HA 4QSCA 4TLMB 1SI1A 2XXXA 3OSQA 4IO4A 1FQAA 4OFJA 4ESWA 2BJJX 1B51A 4F18A 4R9GA 5I58A 4U4SA 4NF4B 3TPAA 3MZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M5EA 2O84X 3O6GA 4MHFA 3UORA 1MPDA 4PAKA 3H06B 3L6GA 1UIUA 4G8MA 5KDTB 3S9NC 1LBXA 2VD3A 1MS7A 5ET8A 5DT6A 3GBBA 4P1LA 3T9UA 2V25A 1UQWA 3MQ9A 3PMWA 4BDRA 4P11A 2ONSA 3CG1A 5I56B 3C34A 5IZZA 3RGYA 4U23A 1IXHA 2CZHA 2F7CA 1B40A 1LAFE 4FATA 3E13X 1LBCA 4GXAA 2UYFA 3OO7A 3LSXA 4H65A 4MNPA 2NWJA 3ONMA 4IB2A 1TT1A 4U2RA 1JP4A 4H1XA 5AA4A 5IZ3A 4NE4A 4F1VA 4DZ1A 4MEVA 2ANJA 1EZPA 4MX6A 4NQ8A 5EHMA 4XXUA 5JEIA 5ITPA 4ELRA 4GRKA 4RK9A 1I6QA 3K6VA 3CSGA 4OVTA 2HQ0A 2QVRA 4PBQA 1SD3A 4F3GA 5DEXA 3RT8A 3PUYE 2B4MA 4PFBA 5A5LA 5I3SA 1I6BA 3N5LA 3E78A 5LTCA 1VSOA 4KFQA 1NV4A 4OYVA 2DVZA 3TODA 1B7HA 2QMWA 2XX8A 4ZE9A 2PVUA 4IY6A 1TWYA 3K6WA 3MUQA 1BTJA 1II5A 2O1MA 3HHGA 5IM2A 2CMOA 1A99A 4AS5A 1AL3A 1M5BA 3KBRA 4NF4A 1UTHA 3ZKLA 4QFNA 1I6AA 2WEFA 5DYHA 3MP1A 3R26A 4OFLA 1USYE 1BIYA 4QFKA 1Z7ME 3OMBA 1YAEA 4YB5A 3TDJA 4U4XA 2I4CA 4R9FA 1EYJA 1MDQA 2F5XA 1POY1 3V83A 3PD9A 3CSBA 4JWXA 5I56A 4WXJA 3ILTB 5I57A 1FTAA 4FE8A 5JK4A 4AB5A 1MY0A 4P47A 1P1NA 3IFCA 1FQFA 2DVCA 2R9JA 4JWYA 3BBRA 3HSTA 5ET6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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