2AYSA

A conserved non-metallic binding site in the c-terminal lobe of lactoferrin: structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with n-acetyl galactosamine at 1.86 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conserved non-metallic binding site in the C-terminal lobe of lactoferrin: Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with N-acetyl galactosamine at 1.86 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 111
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA02
4GXAA 4LVQA 4IY6A 2DWJA 4XKNA 2DWIA 3K01A 1MY0A 5TP9B 5TPAA 3K1PA 4C1UA 1JQFA 5TU0A 1MXVA 4DDDA 4ND9A 3MP8A 4OWDA 2R71A 2E1SA 3JZJA 4Q0CA 4OQOA 4HTGA 4NEDA 2UVJA 3H06B 3K6XA 3MC2A 3HHGA 2YLNA 4R9GA 5H8SA 3HV1A 3DP4A 3PU5A 4BDMA 3B6QA 2O1MA 3FXUA 3BFUA 4I62A 2OJTA 1YPNA 3U92A 3H7MA 3O97A 1B46A 1URGA 4YKKA 4KFQA 1VR5A 4F2OA 3C36A 1MM6A 3PPPA 1P1UA 3KJTA 4GXSB 2GHAA 1LB8A 3IR1A 4F2QA 1ELJA 4F1UA 4R6KA 3EQ1A 2QRYA 4ONYA 2NVUB 1UTHA 4EQ9A 1RYXA 4QHQA 4E0WA 2QMWA 4F31B 1M5BA 5HM4B 4NF8A 3TCHA 3U8QA 5I59A 2XX9A 2A5TA 4YMBA 1A40A 3EHSA 3O2AA 2ALUA 3TYHA 4PETA 3SEVA 1O63A 4KQPA 2OK2A 4BLAA 4G68A 1B7HA 1B3EA 4PFWA 2ZNTA 1S9TA 2QSXA 4XTCQ 2ABHA 1QULA 2Z23A 4NWCA 1IXGA 5AA2B 2F6GA 3ZKLA 3W9VA 4ZZAA 3K6VA 3GBAA 1IXIA 1B1HA 3G3FA 5H8HA 4KYDA 4QFOA 3GLBA 3FV2A 4PP0A 2DXRA 2Z8FA 4H8JA 2VD2A 3RN8A 3FGSA 3RY3A 4I9DA 3MQ9A 1LAGE 3B7DA 4EQBA 3TZAA 4RA1A 3C34A 4GLIA 3N6TA 3OD7A 3PV0E 4ZEKA 4E0XA 1Q35A 2OBGA 3CVGA 4ZZEA 4C0RA 3T96B 5KCJB 4ZDMA 4EXKA 3R26A 1MQJA 1URDA 5AA3A 1WVJA 2Y7WA 5IAIA 2DVZA 1ANFA 4UA8A 4U2RA 1SW1A 2RKMA 2XXXA 1LSTA 4BDQA 4DXUA 3E13X 2VGQA 1QUIA 2H4IA 2HCAA 2QS2A 1MXXA 3L6GA 1PC3A 3SDFA 1ZBMA 3SEUA 5AA1A 2F5XA 3T9HB 2HQ0A 1DMBA 2PMSA 4PQJA 2W7YA 3CSGA 4NE4A 3OEMA 4GQOA 3LBSA 2P0SA 1IIWA 3Q29A 4JSOA 3OENA 2DWHA 3OMBA 4G4PA 5I58B 3C35A 2THIA 3C32A 1MXYA 3MAMA 1SW4A 4R9FA 3DLNA 4OETA 1BIYA 2AL5A 5EYFA 3IX1A 3TCGA 4NWDA 1UQWA 1QKAA 4XKPA 3RT6B 4EQ7A 4OEUA 3FJMA 4PFYA 4TQUQ 2BJJX 1AOVA 3FJ7A 1XS5A 5TPAB 1R9QA 4MLVA 3OO8A 4FEDA 2H25A 5ICQA 3DP8A 4P11A 4ZS9A 3QK6A 2HFBA 1OQHA 4KHZE 3K2DA 3U93A 3HO7A 1GVCA 1JW1A 1A8EA 4GFRA 3K4UA 3HSTA 4QFNA 1BLFA 1B05A 4RPNA 1AMFA 3IOVA 4H8IA 1JW4A 3KN8A 1GV8A 4O3CA 2H98A 1N84A 1O64A 4QSDA 1UTBA 1N7XA 4JWXA 3O29A 1N76A 1VFEA 4NF5A 2P1SA 2UVIA 3KZGA 3Q25A 4JWYA 4RK9A 2RC9A 1UTHB 1LAXA 3PUWE 1B40A 1XT8A 3TTKA 5JK4A 5JEIA 4GIZA 4DE8A 3PUZE 1MG1A 1OVTA 4BDOA 5I59B 2A5TB 1LCTA 4TOZA 1SW2A 2Q2AA 2Z22A 3MJNA 1H45A 1BKAA 2I49A 4FE8A 4Z7EA 4G68B 4ECFA 2ANJA 1B58A 4FECA 4U1OA 4U22A 5JTYA 3RTWB 3TPAA 5DVFA 3KGCA 3SERA 3FJGA 2Y7KA 3BBRA 3A09A 4PFUA 5F7VA 3ODBA 3BFTA 4TLLB 5B70A 2F7CA 3CG1A 3FVNA 4U23A 3VVEA 4DZ1A 1B5JA 1MY3A 5H8HB 1F9BA 1B3GA 1NH7A 3HCQA 2FA7A 4F3BA 3MPLA 1EZPA 2I4BA 1AIVA 1T0KA 3MPKA 1Y4TA 3D4GA 4AB5A 1POTA 4IO7A 1VFDA 1SVXB 4Q5TA 2QS1A 2VOZA 4OYVA 4DCXA 1IUDA 3T9XB 4P0IA 4F3GA 4LP2B 3OSRA 4O3BA 3T9UA 1R6ZA 1B9JA 2E0SA 1XVYA 4RY1A 1B7UA 4X1BA 3CRBA 4RK2A 5DEXA 2DWAA 3USDA 2B3BA 3O6GA 5M2VA 3UORA 3OEKA 2FNCA 5KDTA 3IB2A 3Q28A 4YKJA 5H8NB 5DYHA 1DPPA 3O28A 4LQ2A 1N7WA 2XD3A 2DE3A 4DIGA 5CMBA 5H8FA 1B0LA 3KG2A 5I57A 2Z8EA 1PB7A 4H0WA 5AA2D 4OHNA 4DCYA 1ZIUA 3TCFA 1EZ9A 3K00A 3KEIA 4ZE8A 5HBCA 3T93B 2PBWA 4OFOA 1IITA 3SESA 5I56A 3D4CA 4IO2A 3IOWA 2R9JA 2B3FA 2F6PA 3MVYA 4OERA 3V89B 3ZKKA 1FTKA 2I0BA 3U1OA 1P1OA 4MH5A 4QSEA 1H76A 3FXQA 5LOMA 1URSA 3TODA 5CMCA 1I6BA 4NF6A 1D9VA 1FTLA 4UACA 2Q2CA 2PYYA 3C33A 3KFMA 5CMKA 2XXPA 4YICA 1OLAA 3IO4A 5CRYA 4ISUA 3PUYE 2IEEA 3M8UA 2AIXA 1P1WA 4G8NA 2ZNSA 2O7IA 4OMBA 4OEVA 2QS3A 1PBQA 1Y3PA 2HAUA 4EF2A 4ZECA 5L9SA 2V84A 3TTRA 3MBPA 1LCFA 1NNFA 5FTIA 1UTBB 1D9YA 2I3VA 4RNSA 2DP8A 1PEBA 2O51A 4NF5B 4ELRA 1NKXA 1JEVA 3PPQA 4LQ5A 3DELB 2ZYKA 2HAVA 3QAXA 3FVGA 4TLMB 1PDAA 2DE2A 2D3IA 3MZ9A 4H5FA 1NNKA 2I0CA 1N3XA 4LA9A 4QFPA 2YJPA 2B65A 3ILTB 5CC2A 4U4SA 3CI8A 1MRPA 5CI5A 5EHSA 5JTYB 3LR1A 1QKBA 4L17A 1GTKA 2VP1A 1Y3QA 1FQEA 3FATA 3N5LA 1BTJA 3N6UA 3ECRA 3C9HA 1ZLQA 1B7ZA 2HXWA 1MQIA 2Q9TA 1MXUA 1XC1A 4GD5A 4R72A 4ZEDA 3TQWA 4Q30B 4IO4A 4IB2A 3CR9A 5FHNA 1HSLA 1Q1KA 4R75A 5ELVA 3K02A 1B1XA 4YU0A 2RC8A 2I6EA 3CG3A 3P7IA 3M3LA 1MDQA 2F35A 4YMAA 1B2HA 1FW0A 3E9XA 3MVZA 3SEXA 4WXJA 4KYEA 4WEPA 2ZNUA 5H8NA 2I3WA 2DVCA 3R6UA 5DEXB 4C1TA 4BDRA 3MP1A 3H03A 2OZZA 3C4MA 2PT2A 4DXCA 5KDTB 3MVWA 1FTMA 2XX8A 5HPQA 1USYH 1A8FA 5H8FB 5I57B 4N6PA 3CFXA 2ZMBA 1B0HA 4R2FA 2Z8DA 3OELA 4GVOA 4X9TA 3O6IA 1MY4A 2NWJA 5I56B 3I6VA 3QUJA 5IKBA 1LGBC 3M3KA 3TKDA 4IO6A 2G93A 3S9LC 5ITOA 5K2YA 5CMMA 1SI0A 1TFAA 3PUXE 1Z7NE 3S2VA 3KN3A 3Q27A 3SETA 3LUYA 3S9EA 4JBZA 4M4GA 3G3KA 5DVJA 1FQDA 3VFJA 3FVOA 4U4XA 1SYHA 4NF6B 1MQGA 1XVXA 1SI1A 4G8MA 3TDJA 3UIFA 3W15C 4QFLA 1NFTA 2DXYA 1MPDA 1R1NA 4EF1A 2O6AA 3IAZA 4MBPA 5DVIA 3SEWA 3U72A 5ITPA 4I1DA 4MF3A 4THIA 1OQGA 2F8DA 3K6WA 4EXLA 2UVHA 3T22A 3H3GA 2O84X 4LONB 2XXTA 3AXFA 5BWJA 3G3GA 1B51A 4IO5A 2DSFA 4RPOA 2XXQA 2XXUA 4QFKA 3TMGA 3LSXA 1US5A 3WAEA 1Z7ME 1IXHA 2NUVA 4HS7A 2HZKA 4FIMA 2HZLA 4H1XA 1DOTA 4M1VA 3JYRA 1M5EA 4KPTA 4AB6A 3S9MC 3IK6B 3FUZA 3OO7A 5DTBA 1H43A 2FYIA 4U1ZA 2XHDA 2H9BA 2ZYOA 1II5A 3UA8A 2ZXTA 1TT1A 4ZE9A 4R73A 5L9OA 1QVSA 2RCAA 3MW0A 1B4HA 2V3TA 3RT8A 1RKMA 1LAHE 3SEYA 5CBSA 4YB7A 3VDFA 1N3WA 3UK4A 1JEUA 4OFLA 3RLFE 4H6DA 3JV9A 3OXNA 3DM0A 2GFEA 3E3KA 3KOSA 3PD8A 4XIGQ 2RC7A 1PB9A 3ONMA 1TXFA 3PPRA 4G8HA 2F7BA 3TAJA 5AA4B 3OO6A 2O1LA 4ESWA 2Q89A 1OLCA 3IOTA 3UGWA 4YKPA 2KLFA 1R9LA 4NTLA 1WODA 1GGGA 2PX1A 2YPNA 3N26A 1A7LA 3H6VA 4LUBA 3O9PA 4QSCA 4NMYA 4OENA 2PT1A 2ONSA 4JXIA 2H5YA 3U94A 1B32A 3EPEA 1MQHA 1NL5A 4OZ9A 4KYSA 2A5SA 4R6YA 4YZZA 2V25A 3KBRA 4PFTA 3EHTA 4QF9A 1MQDA 3O66A 2Y7RA 3RNNA 4F39A 4IO3A 4R74A 4R6HA 4FJPA 4GL8A 4I8CA 4KCCA 2NXOA 1IEJA 1M5FA 4G77A 1DSNA 3FASA 1MM7A 4EUOA 1M5DA 1OMPA 2ONKE 1LBBA 1BP5A 1P1QA 5K2XA 3CFLA 3BKIB 3KN7A 3IB0A 5L9MA 1KWHA 2R6GE 1M5CA 2QS4A 2OWTA 1IQ7A 3KOTA 2V93A 2G29A 4WEDA 1ZKBA 4FATA 3PMWA 1FTJA 2GRVA 3OO9A 2D5WA 3A3CA 1MY1A 5AE4A 2GHBA 4YAHX 1FCKA 4H67A 2XXVA 4GL0A 1B6HA 3GZGA 4GWOA 4PE5B 2OCUA 3S9NC 2I4CA 1B3HA 3G3HA 2REJA 3H6WA 3G3JA 1MS7A 3MVXA 1SYIA 1XHYA 1OIBA 2WKYA 3TELA 3V5AA 4ZEFA 4LATA 1CE2A 1B3FA 3TTLA 4NF4B 1LFHA 2AL4A 4WKMA 2RINA 2O7UA 3FZVA 1HSEA 3GBBA 1JVYA 2O68A 1B5HA 4FAJA 5I84A 5CM6A 3IJOB 1H3DA 1TWYA 3HHFA 1ATGA 1DTZA 3IO6A 3TTNA 3CIJA 1EH3A 5F1QA 4U21A 3CFZA 5A5XA 4ELOA 4LZ7A 4QRZA 1HSJA 3TFLA 3UP9A 1LFGA 2Y7IA 3OOAA 3PUVE 3EF7A 2XXYA 2DE4A 1Y1MA 3MWBA 4F3SA 4K3FA 5L8DA 4LZ8A 4N07A 3KSJA 1ZMGA 1FQCA 3H4ZA 4OXVA 1QUJA 2AYSA 3E4RA 1I69A 5I2KB 2XXHA 5EHMA 3VXCA 1B5IA 3THIA 4JDFA 1MH3A 3FXRA 3G7WA 1Y4CA 1L5TA 4ELQA 2DYXA 3VV5A 1D4NA 3PMXA 2OWSA 2UXAA 4HW8A 1MXZA 1LB9A 1SD3A 4JWOA 3PGFA 1UIUA 3F11A 2XXWA 5I2NB 1J1NA 1SW5A 3FD3A 1AL3A 1D3KA 1QW0A 5AA4A 3VVFA 5J1DA 5H8QB 2REGA 1FTOA 1IXCA 1SQYA 4G68C 4X48A 1MDP1 3EHUA 2H99A 5ISUA 2RCBA 4KCDA 4POWA 1TFDA 3VVDA 4OVJA 3IORA 5KZTA 4GF8A 4MFIA 1PBPA 4O3AA 2X7PA 1FQAA 1ZU0A 3I3VA 3IOUA 2UVGA 3W9WA 1VSOA 2F34A 4RYAA 1MXWA 4HCYA 1NMUA 5FHOA 2DOJA 4YB6A 1GR2A 2P2AA 4F22A 2GH9A 3GXAA 2IA4A 5B7DA 4P0GA 4ESXA 1YTVA 4RXLA 2X26A 4OFJA 1I6AA 2D21A 1MH4A 4F18A 3S4UA 2VHAA 3K0VA 1RYOA 1NH8A 3OSQA 1LAFE 1LBCA 2VD3A 3KJ7A 3K1NA 3MZBA 1Y1ZA 3IL1B 2DS9A 3M3FA 4KR5A 1YCJA 4IGTA 2V3UA 1YAEA 2UYFA 1H44A 3V8XB 4EDPA 4F1VA 2XX7A 3DP6A 2QPQA 3C31A 5TP9A 3TEPA 3SKPA 5BUUA 3T9VA 2F36A 1QJMA 1SBPA 4ZEBA 1S7YA 4NF4A 1LFIA 2ZYNA 2F78A 4F1YA 3TTMA 3TUSA 2I58A 2I48A 1I6QA 3VXBA 3QIMA 3B6WA 2ONRA 4H65A 4XKRA 2XXIA 3ILUB 4AQ4A 1UIVA 2DQVA 4IY5A 4XXUA 1IZ1A 4GOTA 3FVKA 1Y20A 5ICTA 3T66A 2QMXA 3QXMA 3L6HA 3FV1A 2XXRA 2O69A 2QJEA 2Q8JA 3PD9A 4X1DA 3H6TA 3IB1A 3CSBA 1MY2A 5A5XB 1US4A 1ZTYA 4ELPA 1FQFA 4GRKA 1Y9UA 1OVBA 4G2ZA 1MPBA 3QUFA 1P1NA 5CBRA 2CZLA 3MZ1A 3RTFB 4YKIA 1Y3NA 5I2KA 1EZOA 4MLQA 1USYE 2RF1A 4OTEA 1SDXA 2OLBA 1O7TA 4F19A 1N0TA 1JVXA 3KSXA 4JSDA 4NF8B 1JNFA 3HPIA 1POY1 3RQTA 1VE4A 4YB5A 3B6TA 1A54A 2CMOA 3VLVA 3LSWA 5AA2A 4XKQA 5I2NA 2F7AA 3RGYA 3QSLA 1A55A 2M8CA 4DXBA 3LC8A 1LLSA 3WAFA 2NOOA 1A99A 1CB6A 4KD5A 3R7XA 1FQBA 5H8QA 2XD2A 3LSFB 3Q26A 4Q8RA 4POXA 3N94A 1AH5A 4IGRA 3HN0A 1B4ZA 1WDNA 1S50A 5DT6A 4JB7A 2ESNA 1JW5A 4F3PA 3ZS6A 1MPCA 3I5OA 1DPEA 4HCWA 3VLUA 3G3IA 3UN6A 4F29A 5FTHA 4FORA 4BDNA 2UYEA 4FEBA 1JETA 3ZSFA 1N04A 5KCJA 4RJZA 1B52A 2V3QA 3H6UA 3RPWA 2LAOA 2X7QA 1XOCA 3IJXB 5FHMA 3MUQA 2QL3A 1NNTA 3K1MA 4BDLA 1DTGA 3VLWA 4H5GA 3TQLA 3QYTA 3LSLA 1EU8A 3O6HA 3PPNA 3PMVA 3EN3A 4OESA 1P99A 4Z0IA 3K6UA 3V83A 1ZJLA 1NNPA 1QUKA 2F97A 3MP6A 3VE1B 2ZYMA 1PB8A 5I58A 4ZEIA 3PPOA 2HEUA 2Y84A 2Q88A 4LZ5A 3FIRA 2Y7PA 2PVUA 3RUMA 4KI0E 4DLDA 1B3LA 3A3UA 4N13A 4R2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GXAA 4LVQA 4IY6A 2F3DA 2DWJA 4XKNA 2DWIA 3K01A 1MY0A 5TP9B 5TPAA 3K1PA 4C1UA 1JQFA 5TU0A 1MXVA 4DDDA 4ND9A 5EQ8A 3MP8A 4OWDA 2R71A 2E1SA 3JZJA 4Q0CA 4OQOA 4HTGA 4NEDA 2UVJA 3H06B 3K6XA 3MC2A 3HHGA 2YLNA 4R9GA 5ET7A 5H8SA 3HV1A 3DP4A 3PU5A 4BDMA 3B6QA 2O1MA 4GX6A 3FXUA 3BFUA 4I62A 2OJTA 1YPNA 3U92A 3H7MA 4PGPA 3O97A 4DI4B 1B46A 5ESYA 1LEVA 1IMCA 1URGA 4YKKA 4KFQA 1VR5A 2KR0A 4F2OA 3C36A 1MM6A 3PPPA 2P3VA 1P1UA 3KJTA 2P3NA 4GXSB 2GHAA 1LB8A 3IR1A 4F2QA 1ELJA 1FBGA 4F1UA 4R6KA 3EQ1A 2QRYA 4ONYA 2NVUB 1UTHA 4EQ9A 1RYXA 4QHQA 4E0WA 2QMWA 4F31B 1M5BA 5HM4B 2XWVA 4NF8A 3TCHA 3U8QA 4IR8A 5I59A 2XX9A 2A5TA 4YMBA 2XWKA 4OVPA 1A40A 3EHSA 4PBQA 3O2AA 2ALUA 3TYHA 4PETA 3SEVA 1O63A 1FPJA 4KQPA 2OK2A 4BLAA 4G68A 1B7HA 1B3EA 4PFWA 2ZNTA 1S9TA 2QSXA 4XTCQ 2ABHA 4XFEA 1QULA 2Z23A 3RPLA 4NWCA 1IXGA 5AA2B 2F6GA 3NOHA 3ZKLA 3W9VA 4ZZAA 3K6VA 3GBAA 1IXIA 1B1HA 4X8RA 3G3FA 5H8HA 2CZIA 4KYDA 4QFOA 3GLBA 3FV2A 4PP0A 2DXRA 2Z8FA 4H8JA 2VD2A 3RN8A 2PFYA 3KBZA 3FGSA 3RY3A 4I9DA 4N81A 3MQ9A 1LAGE 3B7DA 4PTKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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