2B3BA

Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
MKLEIFSWWAGDEGPALEALIRLYKQKYPGVEVINATVTGGAGVNARAVLKTRMLGGDPPDTFQVHAGMELIGTWVVANRMEDLSALFRQEGWLQAFPKGLIDLISYKGGIWSVPVNIHRSNVMWYLPAKLKGWGVNPPRTWDKFLATCQTLKQKGLEAPLALGENWTQQHLWESVALAVLGPDDWNNLWNGKLKFTDPKAVRAWEVFGRVLDCANKDAAGLSWQQAVDRVVQGKAAFNIMGDWAAGYMTTTLKLKPGTDFAWAPSPGTQGVFMMLSDSFGLPKGAKNRQNAINWLRLVGSKEGQDTSNPLKGSIAARLDSDPSKYNAYGQSAMRDWRSNRIVGSLVHGAVAPESFMSQFGTVMEIFLQTRNPQAAANAAQAIADQVGLGRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a thermophilic glucose binding protein reveals adaptations that interconvert mono and di-saccharide binding sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords glucose-binding protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermus thermophilus hb27
total genus 155
structure length 392
sequence length 392
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3bA02
1LAHE 5CI5A 4Z0IA 2P2AA 2Q2AA 2O7UA 3PPQA 1FQCA 1NKXA 3KJTA 3KZGA 5EYFA 3IB2A 2AL4A 3Q29A 1URDA 1MQJA 4IY5A 4NF4A 1MXXA 3OMBA 2WKYA 3QYTA 4N07A 4RJZA 4LQ5A 3LR1A 3K6VA 3RUMA 3O28A 1HSJA 4Q5TA 1VSOA 1ANFA 1SYIA 4BDMA 3FATA 5DTBA 2I49A 1OQGA 1B5HA 4R6HA 4QFNA 3OEKA 1D9VA 1VR5A 4KYDA 3H6UA 4JWOA 3VDFA 1ZTYA 2P0SA 4NF8B 4G8MA 3PUWE 4GOTA 1N7XA 3VV5A 3N6TA 4X1BA 1SVXB 4OFLA 4DE8A 2REJA 2RC9A 3UA8A 4H0WA 4ONYA 1S7YA 1N04A 5I84A 3PPNA 1H45A 1N84A 3FXUA 3OSRA 4DIGA 3B6QA 4GVOA 4G68C 3RTWB 4LATA 3UN6A 2V84A 4E0XA 1L5TA 4RK9A 5DEXB 1Y4CA 5I58B 2NWJA 1P1UA 4NF5B 1DOTA 1IXGA 3DELB 1SD3A 1JW1A 3MVXA 3G3FA 1LGBC 3CIJA 3C35A 1UTBA 2DE2A 3E4RA 4GIZA 4C1TA 4F3BA 3C32A 3FVKA 4HCWA 4BDNA 1MDQA 3IX1A 1Y9UA 3P7IA 3C36A 1B3FA 2F5XA 3PU5A 2Z22A 5HBCA 1TT1A 3RTFB 3FJMA 2DVCA 3OENA 3FGSA 3E3KA 1LCTA 4KCDA 2O84X 1B1XA 3KN7A 3OO6A 2RKMA 2XXQA 1UTHB 1LLSA 4NWDA 5JK4A 1B0LA 4G68A 2ESNA 4O3BA 2E1SA 1N76A 1LFGA 1US5A 2HZKA 3MP1A 1MY3A 2HZLA 4YMBA 2XX8A 4QSCA 4OERA 3MBPA 3HHGA 3H7MA 1RYOA 1M5EA 2UYFA 1R6ZA 3PUXE 4C1UA 3OD7A 3IB1A 2UVIA 1Z7ME 4C0RA 4F1YA 4PFYA 1O63A 4M1VA 1MY0A 3TEPA 2XXVA 4DXCA 2DYXA 4JSOA 1AH5A 5CMMA 3H4ZA 4GXAA 3C9HA 4Q30B 2UXAA 3VLVA 3CRBA 4IO3A 4N13A 4G8HA 4U22A 4EUOA 2F8DA 4POXA 4U21A 3SEYA 3TMGA 5K2YA 4DCYA 1M5BA 3HV1A 4LZ5A 2F34A 5FTHA 2HAUA 4FORA 1Y3QA 1B9JA 3KJ7A 4XIGQ 2DWJA 1MXVA 3H6WA 3MP6A 4KYEA 3QK6A 3S9NC 2OLBA 2DWIA 3K1MA 3FV2A 1MXUA 2F7BA 3GZGA 2YJPA 2QJEA 2V3QA 3ODBA 4R6KA 2F7AA 2ONRA 2GHAA 1LB9A 4JWXA 2ONKE 3K01A 1YPNA 1SI1A 1D3KA 4EXLA 3TAJA 1POTA 4DDDA 3VE1B 1GVCA 1N3XA 4R9FA 1JW5A 2I48A 4BDLA 4YB6A 1SQYA 3T66A 3H6VA 2Y7IA 3MWBA 1SI0A 2PYYA 2F97A 5H8FA 3K1NA 5F7VA 2DWHA 5CMCA 2ALUA 3IR1A 3Q27A 1N3WA 1URSA 4ND9A 4QHQA 1FTJA 3S9LC 3SETA 1F9BA 3FV1A 3HPIA 3L6GA 3UK4A 4P0IA 1NMUA 5CM6A 1XVYA 2NOOA 4QF9A 3TPAA 4ZZAA 3TUSA 1FCKA 4EQBA 1B5JA 3IO6A 4EDPA 1JEVA 2QSXA 4G4PA 5I2KA 5L8DA 4OVJA 4I8CA 2DOJA 5H8HA 5FHMA 2I0BA 3B6TA 2V3UA 4Z7EA 3OO7A 4ZS9A 1DMBA 3CSGA 1PB7A 1LFHA 4E0WA 3UORA 2RCBA 2A5TB 3TTKA 4RPNA 2Y84A 2RINA 4LVQA 3G7WA 4TLLB 4MF3A 3MVZA 1QULA 2PVUA 5M2VA 3ILUB 3VLUA 1PDAA 1B51A 4P0GA 1OLCA 3FD3A 1LAXA 1WODA 4PFWA 4GFRA 4ESWA 2DXRA 3CG3A 2I4CA 4R75A 1Y3PA 4M4GA 3KOTA 2E0SA 3O66A 4LUBA 1PB8A 4F2OA 4NF6A 2NUVA 3FIRA 4ISUA 4BDRA 4OZ9A 3SEVA 3KGCA 1QKAA 3AXFA 3KN8A 2O1MA 3ILTB 1JVXA 1MDP1 1LCFA 2VD3A 4H65A 4I62A 3U8QA 4QFOA 4OETA 1DPPA 4LP2B 2OK2A 4WXJA 1FQBA 4YKIA 2ZNUA 1BLFA 4OHNA 5A5XA 4GRKA 4ZECA 1H44A 3MPKA 3K4UA 4BDQA 1B3HA 1ZLQA 3SEUA 3T22A 4BLAA 2XX9A 1MXYA 4G8NA 1R9QA 3CFXA 3RPWA 4R9GA 2NXOA 5KCJA 3JZJA 3M3FA 2G93A 3U94A 1B7HA 4L17A 2F6PA 4PFTA 5JTYA 3OELA 5TPAA 2GH9A 3QIMA 3O97A 2DP8A 4I1DA 3VXCA 5TP9A 1FQFA 3TZAA 4KD5A 2F7CA 4RPOA 3PUVE 3C31A 4ZZEA 1XT8A 4U23A 1LBCA 4BDOA 1ZKBA 3MZ9A 1O7TA 1SW2A 4MLVA 3KSJA 3K0VA 3BBRA 3FVGA 2ZYMA 3O9PA 5JEIA 3DP8A 5CBSA 5TU0A 2DWAA 4H67A 1MY1A 2XHDA 4YKJA 4NWCA 4HTGA 3Q25A 3OEMA 4KR5A 3RLFE 4EXKA 4DCXA 3MZ1A 1MRPA 4XKPA 1MY2A 5DT6A 4IO6A 5H8QB 1FTMA 2GRVA 2H5YA 3L6HA 4GL0A 5FTIA 1EZ9A 3TCHA 5I59A 5I2NB 4IO5A 1OQHA 3FVNA 5EHSA 4H1XA 1IXCA 1VFEA 2PBWA 3LUYA 3K2DA 2YPNA 3KBRA 1HSLA 4G2ZA 3KG2A 3T96B 4U1ZA 3QAXA 1B3EA 2I4BA 2B65A 5FHNA 2ZYOA 2CMOA 1PB9A 4RYAA 1MS7A 1LSTA 1T0KA 3QSLA 3A09A 2XD2A 2ONSA 1TFDA 4LZ8A 4PFUA 2R71A 2OCUA 3O6IA 4GL8A 3MUQA 4QSEA 2OBGA 1SBPA 2AYSA 3DP6A 3JV9A 2BJJX 4MLQA 4FAJA 1A40A 3O6GA 1NNPA 3K02A 3RT8A 5H8NA 2R9JA 3TCGA 1YCJA 1KWHA 4OENA 1MPCA 3PUZE 2AIXA 1OLAA 3GLBA 3TQLA 3ZKLA 5IAIA 1O64A 3Q28A 3W15C 1JEUA 1AMFA 4FATA 2F6GA 1P1WA 1Y3NA 3I3VA 2H4IA 2VGQA 4ZEIA 4GLIA 2XD3A 1MM6A 4MBPA 1AIVA 3D4CA 1XS5A 3IOVA 3LSFB 3TODA 2THIA 1IXIA 5DYHA 2F35A 3IK6B 3HCQA 5AA2B 2XXYA 1BP5A 1QUKA 3GBBA 4ZDMA 2O68A 5DVJA 2HQ0A 2Q88A 2W7YA 5AA4B 1IZ1A 4KHZE 1OVBA 4DXBA 4X9TA 3FVOA 3SEWA 5KDTB 4WEDA 4I9DA 4F29A 1Y1ZA 3I6VA 3G3GA 4P11A 3PD8A 3FXQA 1B6HA 3T9VA 4NF8A 1A54A 2XXPA 4POWA 3V8XB 3UIFA 5AE4A 2ABHA 3MQ9A 3BFUA 3CR9A 4G77A 1P1NA 1ZU0A 1SW1A 1BKAA 3EHSA 4ELQA 3PV0E 1FQDA 2H98A 5I56B 4JDFA 3EN3A 2XXIA 3RN8A 4QFKA 3TKDA 2Y7RA 3PPRA 1YAEA 4U4SA 5DEXA 2ZMBA 1D9YA 4FIMA 1FQEA 5L9SA 1IXHA 3A3CA 3R7XA 1NH7A 3FJGA 2AL5A 3EF7A 3UP9A 1PC3A 3G3HA 4OEUA 4FEBA 1B4ZA 2B3BA 3I5OA 4NF5A 3N94A 4KPTA 2I6EA 1QVSA 4AB6A 3VVFA 1JETA 5AA1A 2P1SA 4IB2A 4Q8RA 1US4A 4UA8A 2ZYNA 3MP8A 4AQ4A 2DSFA 3K6WA 2I0CA 1A8FA 4UACA 1B52A 3GXAA 3M3LA 2REGA 4YICA 3FJ7A 3RNNA 1A55A 1B0HA 1IQ7A 1P1QA 2XXUA 1GTKA 1N0TA 4DZ1A 3MPLA 4JBZA 3FASA 4NF4B 3C33A 4OTEA 3Q26A 1B05A 4JXIA 4ELOA 1ZIUA 4X1DA 3C34A 4EF1A 3IOWA 4F19A 2KLFA 2X7PA 1UTHA 2PT2A 3U72A 1II5A 4PP0A 2Y7WA 4F3GA 3K1PA 1VE4A 2F36A 3OSQA 3T9UA 4F1VA 4YU0A 3O2AA 4KFQA 1OVTA 3N26A 1DTGA 1FQAA 2R6GE 3KOSA 5IKBA 4TQUQ 4U1OA 3B7DA 3U92A 4TLMB 4IO2A 3KSXA 3TELA 5BUUA 3TDJA 3BFTA 4Q0CA 4EF2A 5ICQA 1MG1A 3MZBA 3CG1A 2QS3A 4RK2A 3LBSA 5AA2D 4FECA 1J1NA 5CRYA 2O51A 3MJNA 3PMWA 2XXWA 2RCAA 4XKRA 4ZEDA 4IGRA 4XXUA 1EZOA 1EZPA 2I3VA 4F3SA 2H25A 2QMXA 5HPQA 5I57A 4NTLA 1JVYA 3MAMA 1CE2A 4N6PA 2Z8FA 2X7QA 2IEEA 3S2VA 1QUJA 1AOVA 4OYVA 1A99A 3GBAA 3ZKKA 1H76A 4OMBA 5ISUA 1YTVA 1UTBB 1JNFA 1B58A 1LAGE 3T93B 2FA7A 2RF1A 1MM7A 4FE8A 4HW8A 3IL1B 4WEPA 4IO4A 1GR2A 1LAFE 3IOUA 5DVFA 4F18A 2D3IA 5K2XA 3VFJA 3OO8A 2I58A 2QL3A 2DE4A 1B3GA 4ELRA 1NH8A 4K3FA 4R6YA 3IOTA 1GGGA 3LSLA 3VLWA 4QRZA 5H8NB 3V89B 1SW4A 2VP1A 4O3AA 1AL3A 1MH4A 3OOAA 4X48A 1IUDA 2ZNSA 2V3TA 3PD9A 3FZVA 3JYRA 3C4MA 1MY4A 4G68B 1Q35A 2XX7A 3THIA 4YB5A 1MXZA 1H43A 4OEVA 1TXFA 4RXLA 2ZXTA 2GFEA 4U2RA 4JB7A 1NNFA 1B3LA 1Y1MA 3IAZA 1ZBMA 4LA9A 4XKNA 2XXTA 1CB6A 3F11A 1SDXA 1QJMA 2D21A 4YKKA 2ANJA 2UVJA 4LQ2A 2PMSA 4JSDA 3MVYA 3K6XA 1PBPA 4TOZA 3R26A 2Q9TA 1MQDA 3RQTA 3K00A 4FJPA 1LBBA 4LZ7A 4PE5B 1D4NA 2O1LA 4DLDA 4THIA 3TFLA 3S9MC 1SYHA 2V25A 1TWYA 4IGTA 3TQWA 3SEXA 4DXUA 1B2HA 3SERA 1B46A 1NL5A 2QPQA 4ECFA 2A5TA 4H6DA 3TTMA 1R1NA 4PQJA 3HN0A 3O29A 3OXNA 4YKPA 3FXRA 1H3DA 5ITOA 3CSBA 1BIYA 4KCCA 3B6WA 3IB0A 1Q1KA 1RYXA 1MQHA 3LSXA 1ELJA 1NNKA 2NVUB 1OMPA 4YZZA 1S50A 2RC8A 3KFMA 3N6UA 1QKBA 3MVWA 1UQWA 2LAOA 3QUJA 1DSNA 4HCYA 3CFLA 4QSDA 3T9XB 5CMKA 1NFTA 1MPDA 4ESXA 1LB8A 5L9OA 3CI8A 1DTZA 3SESA 5ELVA 1Y4TA 4XKQA 5CMBA 4U4XA 3UGWA 5H8FB 4JWYA 1I6BA 5B7DA 3W9VA 3DP4A 3CFZA 3RT6B 2QS4A 4F3PA 2IA4A 4OQOA 2QMWA 3M8UA 4MH5A 1R9LA 2UVGA 1UIVA 3HO7A 3D4GA 3TCFA 4R74A 1UIUA 4F31B 4R73A 1PEBA 1ZMGA 3N5LA 4PETA 4IY6A 5I2KB 1I69A 3W9WA 5H8HB 5B70A 1Y20A 5H8SA 1MPBA 4H5GA 4NEDA 1RKMA 3QXMA 4GF8A 2Y7KA 1QUIA 3EQ1A 1PBQA 3SDFA 1URGA 1XHYA 2X26A 3QUFA 2Q89A 2XXRA 4R72A 3PGFA 3E13X 2O7IA 4H5FA 2OJTA 3IJXB 2VD2A 5KZTA 3CVGA 4ZEFA 4OESA 2XXHA 3G3IA 3PPPA 4YB7A 5FHOA 4ELPA 5CBRA 2FYIA 1XOCA 4WKMA 1WVJA 2PX1A 5HM4B 4YMAA 3ZS6A 3G3JA 1DPEA 1JW4A 3HHFA 1FTKA 3WAEA 2DQVA 3BKIB 1MQGA 5I57B 4LONB 3HSTA 4RY1A 3IO4A 3R6UA 4F2QA 1M5FA 1OIBA 5H8QA 1N7WA 2OWSA 2ZYKA 1FTLA 3H3GA 3S9EA 1VFDA 4OFJA 3U93A 4ZE9A 5I2NA 4NF6B 5I58A 2HXWA 3H6TA 1I6AA 1XVXA 5F1QA 2A5SA 5AA3A 1ATGA 4AB5A 2G29A 2Z23A 1USYH 1A7LA 3K6UA 3PMXA 4QFLA 5ICTA 3LC8A 3G3KA 4OXVA 3ECRA 3WAFA 1S9TA 3KEIA 1IIWA 1TFAA 2HFBA 1NNTA 3SKPA 5CC2A 4NMYA 5A5XB 1Z7NE 1XC1A 4RNSA 1A8EA 4YAHX 2H9BA 2QRYA 3IORA 3KN3A 1IITA 4OFOA 2VHAA 5BWJA 5KCJB 1B32A 3EPEA 1M5DA 3USDA 2VOZA 5JTYB 4GQOA 2Q2CA 5TPAB 1B7UA 1HSEA 2Z8EA 1P1OA 5TP9B 3VVDA 3FUZA 4QFPA 4GD5A 1SW5A 1IEJA 3PUYE 4EQ7A 3E9XA 1MXWA 5EHMA 3PMVA 2QS1A 3ONMA 2FNCA 4EQ9A 2O69A 3PPOA 2UYEA 3ZSFA 2V93A 2B3FA 3VXBA 4H8JA 2DS9A 3S4UA 1USYE 2RC7A 1M5CA 2DE3A 1FW0A 1B7ZA 4F22A 3EHTA 4NE4A 4IO7A 3U1OA 5AA2A 3H06B 2HEUA 3OO9A 2M8CA 1B40A 3RY3A 4KYSA 5AA4A 1EU8A 4ZE8A 2DVZA 3MC2A 3TYHA 5I59B 2HAVA 5KDTA 5LOMA 4GXSB 3TTNA 4OWDA 3V83A 3T9HB 2QS2A 3DLNA 2Y7PA 3IJOB 2D5WA 3DM0A 3M3KA 1B1HA 3TTLA 5L9MA 3RGYA 2OZZA 1MQIA 2PT1A 2YLNA 3H03A 1ZJLA 1BTJA 2XXXA 2ZNTA 1P99A 1GV8A 1B4HA 4F39A 1LFIA 1FTOA 5I56A 1EH3A 4F1UA 2OWTA 4KQPA 5ITPA 4ZEKA 1POY1 2O6AA 2UVHA 4KI0E 2HCAA 4HS7A 2GHBA 1JQFA 2DXYA 2Z8DA 4GWOA 1I6QA 2I3WA 3VVEA 2CZLA 3V5AA 1WDNA 1QW0A 1MH3A 3LSWA 4ZEBA 4R2FA 4FEDA 2H99A 4RA1A 3O6HA 4O3CA 5J1DA 1B5IA 3A3UA 3EHUA 3MW0A 2F78A 4H8IA 4XTCQ 4R2BA 2Q8JA 5DVIA 4MFIA 3TTRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAHE 5CI5A 5ET6A 4Z0IA 5I3SA 2P2AA 2Q2AA 2O7UA 3PPQA 1FQCA 1NKXA 1DCUA 3KJTA 3KZGA 5EYFA 2QVRA 3IB2A 2AL4A 3Q29A 1URDA 1MQJA 4IY5A 4NF4A 1MXXA 3OMBA 2WKYA 3QYTA 4N07A 4RJZA 4LQ5A 3LR1A 3K6VA 3RUMA 3O28A 1HSJA 4MJOA 4MCOA 4Q5TA 1VSOA 1ANFA 1SYIA 4BDMA 3FATA 1FPBA 5DTBA 2I49A 1OQGA 1B5HA 4R6HA 4QFNA 3ROJA 4NF0A 5T3JA 3OEKA 1D9VA 1VR5A 5ET8A 4KYDA 3H6UA 1FBDA 4JWOA 3VDFA 1ZTYA 2FHYA 2P0SA 4NF8B 4G8MA 3PUWE 4GOTA 1N7XA 3VV5A 3N6TA 1YYZA 4X1BA 1SVXB 4OFLA 4DE8A 2REJA 2RC9A 3UA8A 4H0WA 4ONYA 1S7YA 1N04A 5I84A 3PPNA 1H45A 1N84A 3FXUA 1IMCA 3OSRA 5EQ9A 4DIGA 3B6QA 4GVOA 4G68C 4LATA 3RTWB 4P56A 3U65A 3UN6A 2V84A 4E0XA 1L5TA 4PDHA 4RK9A 4HE2A 5DEXB 1Y4CA 5I58B 2NWJA 1P1UA 4PDDA 4NF5B 2GQ1A 2CZIA 1DOTA 2XWVA 1IXGA 3DELB 1SD3A 1JW1A 3MVXA 3G3FA 1LGBC 1NV6A 3CIJA 3C35A 1UTBA 2DE2A 3E4RA 4MIJA 4GIZA 2WBBA 1FJ9A 4C1TA 4F3BA 3C32A 3FVKA 4HCWA 2VPOA 4BDNA 1MDQA 3IX1A 4PAFA 1Y9UA 3P7IA 3C36A 1B3FA 2F5XA 3PU5A 4MNPA 2Z22A 5HBCA 1TT1A 3RTFB 3FJMA 2DVCA 3OENA 3FGSA 3E3KA 1LCTA 2WYPA 4OVQA 4KCDA 1FBCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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