2BJJX

Structure of recombinant human lactoferrin produced in the milk of transgenic cows
Total Genus 228
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
228
sequence length
692
structure length
692
Chain Sequence
GRRRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNDAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Protein Structure of Recombinant Human Lactoferrin Produced in the Milk of Transgenic Cows Closely Matches the Structure of Human Milk-Derived Lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACTOTRANSFERRIN
molecule tags Metal binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 228
structure length 692
sequence length 692
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2bjjX01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2bjjX02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2bjjX04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2bjjX03
2HFBA 4KYDA 4C1TA 1FCKA 5AA4B 1B58A 5CI5A 4R6YA 1OLAA 3ZS6A 3Q28A 1LFGA 2V3TA 1R1NA 4DCXA 4GL8A 4NTLA 1ZU0A 1JEVA 2F5XA 1N04A 1VFEA 3IX1A 5CC2A 4ESWA 4JB7A 3EHTA 4NWCA 1WODA 5H8QB 4FAJA 4ZEBA 3FVNA 4X1BA 4E0WA 4NF8B 1MDP1 4Z0IA 4GXAA 1CB6A 1DPPA 1IEJA 2ONSA 1XVXA 5DVJA 3O66A 3UORA 1US5A 4E0XA 3CFXA 4I9DA 2XXRA 3SETA 4ZEIA 3KN8A 3PUXE 3R6UA 3THIA 3R26A 5AA3A 3HN0A 4LQ5A 3H6WA 4MLQA 4H5GA 4GD5A 4F31B 5I57A 3QIMA 3E13X 2F36A 4Q30B 3QYTA 1LFIA 1MG1A 1HSJA 4IO3A 1H3DA 3FVOA 1VR5A 1HSLA 3LR1A 3CG3A 4GRKA 1MQHA 4XKQA 3EN3A 4MLVA 1MQJA 5LOMA 5TP9A 2Q2AA 3KEIA 4YB6A 3EF7A 5CMMA 2XX9A 3MVYA 2ZYMA 3TKDA 3FV1A 4N13A 1VFDA 1ATGA 2ZXTA 1LCTA 2RC7A 1TWYA 2XXUA 5B7DA 2GH9A 1A7LA 1H44A 3RTFB 3G3GA 4DIGA 1XOCA 1I6QA 2FYIA 5K2XA 1JEUA 3GBAA 3FJ7A 4XKRA 2A5TA 2H4IA 4F1UA 4KPTA 2F97A 4G8HA 1I6BA 1MY3A 4ND9A 5H8FA 3L6HA 1JVYA 1B3FA 4H65A 2XXQA 5CMBA 4F39A 2AL5A 5EYFA 1M5EA 4LONB 3TTMA 3FXUA 4WEDA 1USYE 4OWDA 3FUZA 4AB5A 4OMBA 1PDAA 4ECFA 4ZE9A 3V8XB 3W9WA 4JWOA 3MVZA 1MY4A 3H6UA 1L5TA 5A5XA 2V25A 2VP1A 4GOTA 4NF4A 4U2RA 3K1PA 2QMWA 5ICTA 4ZEDA 4P11A 3G3FA 2ANJA 1QUIA 1GV8A 3S2VA 4M1VA 3DM0A 4IY6A 4FATA 3S9NC 1AH5A 4HS7A 2XX7A 4HW8A 3MW0A 4YAHX 3VDFA 4FEBA 3IB1A 1AOVA 5I2NB 3MZ9A 1MXUA 1FTLA 5I2KA 3K2DA 5ITPA 4NF6B 3V89B 1OQGA 2UYFA 4RXLA 3EPEA 1B9JA 1LAXA 2HXWA 4YB5A 2I49A 1Z7NE 1DMBA 4YKPA 1MQGA 2O7UA 3U72A 3P7IA 3VLWA 4I62A 3HV1A 4PP0A 1ZIUA 2DVCA 1Y20A 4EF1A 3OMBA 2QS1A 3VLUA 3B6QA 2O69A 2B65A 4N07A 1B7HA 3UK4A 2V93A 2XHDA 1XC1A 2I4BA 2NUVA 1IZ1A 5DT6A 2PYYA 1H76A 4H8IA 2GHAA 3MUQA 1JW4A 3N6UA 1SDXA 1XVYA 3SESA 4FEDA 3H03A 3CSGA 4R2BA 3FXRA 1IXIA 2QSXA 3IL1B 2ZMBA 3O6IA 4KYEA 1B4HA 1QJMA 4RJZA 3DLNA 2W7YA 3O97A 5HM4B 1MS7A 1CE2A 5FTHA 1IUDA 4RK9A 1PC3A 2DXYA 4QFPA 4PFYA 2X7QA 1MXVA 2I4CA 1B5JA 4OETA 2THIA 3FJMA 3PPPA 3K6VA 4KHZE 2PT1A 3L6GA 5FHMA 1SVXB 4RPOA 2HAVA 1OQHA 2Q89A 3SEYA 3IJOB 1YCJA 4LZ8A 2FNCA 5F1QA 2QL3A 4WXJA 3IJXB 4QFKA 4PETA 5DVIA 5I58A 2D21A 3O6HA 1R9QA 4H6DA 4IY5A 1MQDA 3MWBA 4GL0A 2A5SA 3PPRA 1MY0A 4F18A 3ODBA 1GR2A 1PB8A 4YKKA 1NNTA 1BP5A 3C34A 3CFZA 4C1UA 3VVFA 5DEXB 2P2AA 2QMXA 3VXCA 3HO7A 1ZMGA 1AMFA 1TFDA 3OD7A 1A8EA 3MBPA 5FTIA 1MXYA 1PB7A 4MBPA 4TLMB 1Y3NA 1NNKA 3LBSA 4THIA 5AA4A 1LGBC 4MH5A 2Z8FA 4DE8A 4H0WA 3PPNA 3MAMA 2NWJA 5ICQA 4C0RA 3OO7A 3B6TA 3CG1A 3T9HB 4XKNA 3KSXA 3OELA 2RC9A 2B3BA 5M2VA 4HCYA 1MQIA 2DWIA 1M5DA 4NF8A 4Q8RA 1N7XA 4ZDMA 1Y1ZA 4LATA 4WKMA 1IXCA 3Q26A 3MC2A 2O51A 4DXUA 2ZYKA 1B2HA 1FTOA 4RA1A 1UTHA 3IK6B 2DVZA 1T0KA 4X48A 4H8JA 4F22A 2KLFA 3G3HA 4ELRA 4FE8A 4XTCQ 4G68C 2XD3A 3C4MA 5EHMA 1TT1A 2G29A 3IR1A 3H6TA 1RKMA 4QRZA 3MVWA 3QXMA 2QS2A 3PD8A 1A40A 4R9GA 3PMXA 3EHSA 2DE2A 2D5WA 2XX8A 2RKMA 4NEDA 3KN7A 5I56A 1Q1KA 2GHBA 1DPEA 4UACA 1JQFA 3KG2A 3BFUA 4ELPA 1KWHA 3IOVA 3N94A 2QRYA 2F7CA 4LQ2A 2DE3A 3CSBA 3E4RA 3A09A 3H4ZA 3D4CA 3CFLA 4QFNA 2Z8EA 2FA7A 1JVXA 3F11A 3TCGA 4QSDA 1O63A 3FVGA 3MP6A 4G4PA 5ISUA 5JK4A 1LCFA 3IOUA 5H8HB 4U4SA 3UA8A 1NNPA 1A54A 1SYIA 2DQVA 3M3KA 5JTYB 3AXFA 4RNSA 3IORA 4ELQA 3G7WA 3RT8A 4PFTA 3S9MC 1YTVA 5IKBA 4NWDA 2OJTA 3FD3A 1SI1A 5CMKA 4YKIA 3H3GA 2IA4A 1B0LA 4I1DA 3C31A 4Q5TA 3WAFA 2QS3A 1PEBA 2DSFA 4RYAA 1ZJLA 3IOTA 1BTJA 4YB7A 3W15C 3VFJA 5L9MA 2QJEA 3V5AA 4OZ9A 1EZ9A 1LFHA 1FTMA 2XXIA 3RUMA 1QKBA 2WKYA 3I3VA 1RYXA 4P0GA 5CMCA 1N7WA 4R74A 3V83A 1URSA 1DOTA 3TMGA 2F6PA 1S50A 1NNFA 3Q27A 5I57B 1MM6A 3S4UA 4JSDA 1IQ7A 1LBBA 1QW0A 3KGCA 1Y4TA 5TPAA 3TDJA 2ZNSA 3DP6A 2OBGA 1P1NA 2RINA 4IO2A 4GFRA 3SEWA 4LA9A 5FHOA 1QKAA 4POWA 4Z7EA 4NF6A 3W9VA 3A3CA 3FV2A 1MPBA 4QSCA 2D3IA 1Y4CA 2XXTA 4JWXA 4GQOA 4X9TA 3RGYA 3U1OA 4G8NA 1B3EA 1DTZA 2XXWA 2I48A 4FIMA 1O64A 1Q35A 4FECA 5CRYA 3PPQA 4H67A 1M5FA 2UVGA 2E0SA 2F8DA 3IO6A 2Q8JA 1OVTA 2X7PA 3GZGA 2B3FA 3TUSA 4OERA 4YMAA 3B6WA 3TFLA 4IB2A 3SKPA 1UIUA 3SDFA 4UA8A 3IO4A 1ANFA 3SERA 3PPOA 4BDNA 3QUJA 3RLFE 4RK2A 1B7UA 1LAHE 1LLSA 5H8SA 1LSTA 4YMBA 4EXKA 4QF9A 4YZZA 1PBQA 1IXHA 4R72A 4EDPA 1B5HA 1SW4A 1MXZA 2Q2CA 3ILUB 4ELOA 1YAEA 4G2ZA 2UXAA 4OFOA 4ESXA 3C9HA 2Q9TA 3O2AA 3Q29A 5I59A 2VHAA 1GGGA 3K6XA 1FW0A 2H98A 5BUUA 3C35A 1NFTA 3FZVA 3PGFA 1GVCA 1QVSA 4X1DA 3RPWA 3PUYE 4F3SA 1BIYA 3ECRA 1UTBB 3U94A 3FGSA 3HHGA 4ZEKA 1QUJA 3O28A 1IXGA 1URDA 3IOWA 2XD2A 1MRPA 1IITA 4ZE8A 1YPNA 5F7VA 1MY2A 2PBWA 3N6TA 1NH7A 1P1UA 4LP2B 1O7TA 2XXVA 3H7MA 4DZ1A 3MQ9A 2ONKE 4N6PA 3BKIB 3K1NA 2RC8A 3LSXA 1IIWA 4BLAA 5H8NB 1SW5A 1DSNA 2O68A 5I2KB 1FQAA 4R73A 2Q88A 1Y3QA 4OEVA 3K1MA 5DEXA 4O3AA 3TTRA 2AYSA 4IGRA 4PE5B 3FIRA 1F9BA 3RQTA 1B40A 4F2OA 1MPDA 3JYRA 2XXPA 1SD3A 1B3HA 3FJGA 1B52A 3GLBA 2Z22A 2YPNA 4O3BA 3TCFA 4IO6A 4TOZA 1LAGE 5DTBA 3UIFA 4WEPA 4GVOA 1LB9A 5KDTA 2H25A 5AA2D 4R9FA 4TLLB 4EQ9A 1ZLQA 5KCJB 3RY3A 4OENA 3HCQA 5L9SA 5I84A 3OSRA 5HPQA 2Z8DA 2DYXA 2DXRA 4F2QA 3K4UA 1FQCA 2CZLA 3OEKA 1SW1A 1UQWA 2V3QA 5IAIA 3G3IA 3OO6A 2ZYOA 1MPCA 4R2FA 2OZZA 4KCDA 1OMPA 1JW1A 1SW2A 5ITOA 2I3VA 4BDOA 4PFUA 4OHNA 5TU0A 1LAFE 4ONYA 1B3LA 2OWTA 4U1OA 3VVDA 2M8CA 4EF2A 4GWOA 1B7ZA 2H99A 3HHFA 2R71A 2RCBA 1SQYA 3DP8A 2CMOA 5I58B 4FORA 5H8QA 1AL3A 1N76A 1P1WA 3PUZE 2DOJA 3BFTA 1JETA 3KN3A 4BDMA 4L17A 1A99A 4G68B 3QSLA 2Y84A 3T22A 1MH4A 5L9OA 4PQJA 3I5OA 2Y7WA 1US4A 4DXCA 2H9BA 1BLFA 3OEMA 1RYOA 3USDA 3M3LA 4R6HA 4BDLA 2F7AA 2LAOA 1XT8A 4LZ7A 4H1XA 5DVFA 1LBCA 4ZS9A 5JEIA 3MP8A 2HZLA 1FQDA 2DWJA 3QAXA 1HSEA 3FVKA 5H8HA 1SI0A 5AE4A 5FHNA 4FJPA 1D3KA 2AIXA 4HTGA 3MZ1A 3TQLA 1NMUA 1XHYA 5JTYA 2VGQA 1B32A 3KFMA 1M5CA 1A55A 2PVUA 2V3UA 1NH8A 4LVQA 4IGTA 3FXQA 2OK2A 1FQEA 4U23A 1POY1 1POTA 1TXFA 4KR5A 1B1XA 3K0VA 4OEUA 2X26A 5L8DA 3TTLA 2E1SA 1UIVA 4KQPA 3VV5A 1R9LA 4HCWA 4JBZA 4KD5A 1NKXA 1UTHB 4R75A 3GBBA 3CIJA 5AA2B 3KOTA 2Y7PA 2GFEA 4OXVA 4NF5B 4YKJA 2QS4A 1N3WA 3KBRA 3IAZA 3M8UA 1MXXA 3JZJA 3U8QA 2ALUA 4P0IA 4NE4A 3O9PA 4JSOA 1OIBA 1URGA 1DTGA 3ONMA 1B1HA 1R6ZA 4DXBA 1MH3A 3U93A 5CBSA 4QHQA 3DELB 1ELJA 3KZGA 2REGA 1MXWA 3PUWE 4ZECA 3OO9A 3HPIA 3T9VA 1P99A 2UVHA 3ILTB 1FQBA 1B6HA 5I56B 1ZBMA 2F78A 1MY1A 2ZYNA 4ISUA 3S9EA 3CVGA 2V84A 2HQ0A 2I6EA 1WVJA 5CBRA 1Z7ME 3SEXA 3G3JA 2R6GE 3OO8A 2R9JA 1N84A 2F6GA 2DP8A 1D9VA 4EQBA 4MF3A 3K02A 3UP9A 1EZOA 2O1MA 4F3PA 2DWAA 4KFQA 2ABHA 4YICA 1EZPA 3PUVE 3DP4A 5I2NA 3HSTA 5HBCA 3N26A 4H5FA 1II5A 3BBRA 1OLCA 2VOZA 1MDQA 1N0TA 4QSEA 5TP9B 1QULA 4F1VA 3TELA 1ZTYA 3U92A 1J1NA 4AB6A 1MM7A 2UVIA 5CM6A 3JV9A 3O29A 3CR9A 3PV0E 3H6VA 4GLIA 4EUOA 3E9XA 4OQOA 4F3BA 3H06B 3TQWA 3T93B 3MVXA 1UTBA 1I6AA 3OENA 4DDDA 1I69A 1B51A 3TCHA 1Y3PA 2O6AA 4KCCA 2RF1A 2HEUA 1FTKA 2A5TB 3OSQA 2ZNTA 3C36A 4M4GA 4OVJA 3I6VA 3TTNA 4JDFA 4ZZAA 1SYHA 1B5IA 5TPAB 2UVJA 3MPKA 3RN8A 1BKAA 5H8FB 2BJJX 4XIGQ 3T9UA 4GIZA 1NL5A 3S9LC 5J1DA 3KJ7A 2G93A 3FASA 5H8NA 4U21A 3Q25A 5AA1A 4IO5A 1FTJA 3EQ1A 4KI0E 4OTEA 2OCUA 4QFOA 1ZKBA 4G8MA 4OFLA 3T96B 2NXOA 5A5XB 4XXUA 3PMWA 1B05A 3FATA 1PB9A 2F35A 3SEVA 1D4NA 1OVBA 4U22A 3QK6A 2PX1A 4NF4B 2ZNUA 3G3KA 3PU5A 1Y1MA 4BDRA 3VE1B 3TODA 3ZKKA 1AIVA 3RTWB 1EH3A 3RT6B 3UN6A 2Y7RA 4MFIA 2NVUB 3ZKLA 2F34A 5KCJA 3TAJA 3K01A 1SBPA 3TEPA 3RNNA 2QPQA 4ZZEA 1B0HA 3IB2A 5EHSA 3OXNA 1JW5A 1PBPA 2YJPA 3C33A 4PFWA 4OFJA 3E3KA 3T9XB 4G77A 3B7DA 4U1ZA 2VD3A 4R6KA 3PD9A 2Y7IA 2VD2A 4Q0CA 5BWJA 2REJA 4I8CA 2DWHA 1VE4A 3OOAA 3K6WA 5I59B 1M5BA 4LZ5A 3LSFB 3WAEA 2XXYA 3CRBA 4EQ7A 2O1LA 1EU8A 4XKPA 3LSLA 2RCAA 3MJNA 3TZAA 4BDQA 2XXHA 5B70A 4OESA 1A8FA 1FQFA 2ESNA 2PMSA 4F3GA 2PT2A 4DLDA 3IB0A 3TYHA 4U4XA 3O6GA 4K3FA 3LC8A 1N3XA 1H43A 2P0SA 3N5LA 2I3WA 4DCYA 5KZTA 3LUYA 1B46A 3CI8A 3A3UA 5K2YA 2ONRA 3QUFA 3LSWA 5ELVA 3TTKA 4F29A 1LB8A 4O3CA 4G68A 5DYHA 2O84X 3ZSFA 2O7IA 2XXXA 1TFAA 1XS5A 3EHUA 2UYEA 1H45A 3VXBA 1VSOA 1GTKA 2GRVA 2Z23A 3K6UA 2OLBA 4JWYA 4GF8A 3MP1A 3K00A 2I58A 3C32A 3M3FA 1USYH 3GXAA 4JXIA 5KDTB 1B3GA 4NMYA 2IEEA 3KOSA 4IO4A 2I0BA 3TPAA 1QUKA 3UGWA 4KYSA 4F19A 2NOOA 1B4ZA 2HCAA 4EXLA 1S7YA 2YLNA 2DS9A 2OWSA 3D4GA 4LUBA 1D9YA 3R7XA 2HZKA 2I0CA 4POXA 1S9TA 2F7BA 4TQUQ 1WDNA 3PMVA 4AQ4A 4OYVA 2H5YA 3KJTA 1JNFA 2AL4A 2DE4A 2HAUA 3VLVA 4GXSB 4ZEFA 3KSJA 4RY1A 4IO7A 1Y9UA 4YU0A 3VVEA 4RPNA 1P1QA 3SEUA 5AA2A 2P1SA 4F1YA 1P1OA 3MZBA 2Y7KA 4NF5A 3MPLA 4QFLA 3T66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JVDA 2HFBA 4KYDA 4C1TA 1FCKA 5AA4B 3BIHA 1B58A 4P3LA 5CI5A 4R6YA 1OLAA 5IZZA 3ZS6A 3Q28A 1LFGA 2V3TA 1R1NA 4DCXA 4GL8A 4NTLA 1ZU0A 1JEVA 2F5XA 1N04A 1VFEA 3IX1A 5CC2A 2JJKA 4ESWA 4JB7A 1IMCA 3EHTA 4NWCA 1WODA 5H8QB 2XWVA 4FAJA 4ZEBA 3FVNA 4X1BA 4E0WA 4NF8B 1MDP1 4Z0IA 4MEVA 4GXAA 1CB6A 1DPPA 1IEJA 2ONSA 1XVXA 5DVJA 3O66A 1FPLA 3UORA 1NUWA 1US5A 4E0XA 3CFXA 4I9DA 2XXRA 3SETA 1FBHA 4ZEIA 3KN8A 3PUXE 3R6UA 1NV2A 2WBBA 3THIA 3R26A 5AA3A 3HN0A 4LQ5A 4PFIA 3H6WA 4MLQA 4H5GA 4GD5A 4F31B 4PE3A 5I57A 3QIMA 2PFYA 3E13X 2F36A 1FPIA 4Q30B 3QYTA 1LFIA 1MG1A 5ET5A 1BK4A 1HSJA 2XXKA 4IO3A 1FSAA 1H3DA 3FVOA 1VR5A 1HSLA 3LR1A 3CG3A 4GRKA 1MQHA 4XKQA 5I5PA 3EN3A 4MLVA 1MQJA 5LOMA 5TP9A 2Q2AA 3KEIA 4YB6A 3EF7A 5CMMA 4GWWA 4G61A 5I3SA 2XX9A 3MVYA 2ZYMA 1NV3A 3TKDA 3FV1A 4N91A 4N13A 1VFDA 5I7IA 1ATGA 2ZXTA 1LCTA 2RC7A 1TWYA 3QMFA 2XXUA 5B7DA 2GH9A 3PTYA 1A7LA 1H44A 3RTFB 3G3GA 4DIGA 1I6QA 1XOCA 2FYIA 3GBAA 1JEUA 5K2XA 3FJ7A 4HE0A 3KC1A 4XKRA 2A5TA 5ESYA 2H4IA 4F1UA 1LBXA 4KPTA 4PF6A 1LBYA 4I3YA 2F97A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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