2DOJA

Crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA02
5KZTA 3OXNA 3G3KA 1VFEA 4LONB 3N6UA 4ZEBA 1Y1MA 4NE4A 3T9HB 3K4UA 4OENA 3RGYA 3B6TA 2F36A 5I2NA 3QUJA 1MY0A 1M5EA 3B6WA 1OLCA 3FV1A 2V93A 5AE4A 4QFPA 3JYRA 4FAJA 2Y7PA 1IXCA 4X1DA 2B3FA 3FXQA 1WVJA 4FIMA 3O66A 4YMAA 4WXJA 1MQGA 3PGFA 5BWJA 3OELA 4JSOA 1B2HA 1LSTA 3TELA 4F3SA 3CSBA 1MQHA 3U93A 4LQ5A 4U21A 4OFJA 3K0VA 4GQOA 5IAIA 1B1XA 5CMMA 5I57B 3CVGA 5L8DA 4EDPA 1BTJA 3GXAA 3GZGA 3IOWA 1UQWA 1PEBA 2IA4A 3M8UA 5DEXA 4GXAA 1GR2A 1QVSA 4TOZA 1YPNA 1FQAA 3SETA 3FJGA 3FJ7A 1XVXA 1D9YA 2Y7RA 3HV1A 3TTMA 2YLNA 4RK9A 3GBBA 3UN6A 1MDP1 2DOJA 2Y7KA 2O7UA 3IO6A 1IEJA 1MXVA 4F22A 1H44A 3MQ9A 1QKBA 3VXCA 1LCTA 5I58B 2KLFA 1TXFA 3VFJA 2PT1A 3WAFA 3DP8A 2OWTA 3HN0A 5CMCA 2G29A 3VLWA 4LZ5A 1SDXA 3HPIA 3OO6A 3BFTA 1OIBA 3V5AA 1LAXA 2HAUA 4RJZA 1B58A 5KDTA 4FE8A 2NWJA 4ONYA 4OETA 4MF3A 2HCAA 2ALUA 5F7VA 5H8QA 3RT8A 2O6AA 3ONMA 1I69A 4NF5B 1FQEA 2H98A 4NTLA 4YKIA 1MS7A 3P7IA 2UYFA 2E1SA 2F8DA 1UTHA 2F97A 5I84A 1BKAA 1MM7A 4ESWA 1QULA 3FD3A 4OYVA 3O6IA 1LFIA 1O64A 2XX8A 3H7MA 3SEUA 3VV5A 1MXWA 2W7YA 1URGA 3ZS6A 1FTKA 1JETA 3FZVA 4ZDMA 2I3WA 3QYTA 3IJOB 3HHFA 1YTVA 1QW0A 1MXXA 3IJXB 4F1VA 1HSLA 5DYHA 1D4NA 4IO4A 4E0XA 1OVTA 1NMUA 4H5FA 2Q2CA 1LBBA 4GD5A 4Z0IA 3TQLA 4YKKA 5FHMA 1A8EA 2ANJA 2QRYA 3PPRA 1S7YA 2ONSA 2QJEA 4EXKA 3S9MC 5H8QB 3PPOA 3MZBA 3H03A 4L17A 1RYXA 3D4CA 2DXYA 3GBAA 1Z7ME 4JWYA 1II5A 5HM4B 1PB7A 3AXFA 3TMGA 4IO3A 1Y3QA 3O2AA 1UTHB 4PETA 1TT1A 1MH4A 4RY1A 1Q35A 5F1QA 1J1NA 4YMBA 1LCFA 4R6KA 3CR9A 1TFAA 5HPQA 1MRPA 4Q8RA 4KFQA 2Q9TA 1AOVA 4EF2A 3MVZA 2VGQA 2UVJA 3G3IA 3QSLA 2XD2A 3GLBA 4ELPA 3E9XA 5L9SA 4G8HA 1B32A 4DXUA 4POWA 1LLSA 3OOAA 2AYSA 2I6EA 4MFIA 5JTYA 2XHDA 2ZYNA 4ZEDA 2V25A 3I5OA 3K02A 4ND9A 2CZLA 4DLDA 3CSGA 4F2QA 1PBQA 4WKMA 5AA3A 4FECA 3W15C 3CFZA 1RKMA 4C0RA 2O68A 5EHSA 1CB6A 3O6HA 3CG1A 2V84A 1H76A 1N84A 2XXUA 1GTKA 1M5FA 3LR1A 4F29A 2Q89A 5CMKA 1NFTA 3Q26A 4I1DA 4R73A 1USYH 2QMWA 3IOVA 1P1NA 5H8NA 3ILTB 3OO7A 1VE4A 1N3WA 1Y3NA 1H3DA 2O51A 2OWSA 4KYEA 1OMPA 1LB9A 2F7BA 1H45A 1NNTA 1US4A 4LVQA 3H6TA 2VP1A 3MVXA 3CIJA 3V8XB 4OXVA 1H43A 1SW4A 4H65A 4OZ9A 2ZYOA 3S4UA 2F34A 4M1VA 1S50A 2P1SA 3A09A 2XXTA 3L6HA 1PBPA 1S9TA 3OENA 4ZECA 3FVOA 3K6XA 4F31B 1MQJA 1N0TA 1URDA 3MWBA 4YKJA 3RNNA 4TLLB 3TKDA 4KQPA 4YKPA 4HW8A 4BDQA 3TTKA 2ZMBA 1LAHE 4QFNA 3IX1A 3KJTA 2M8CA 3TFLA 1B5JA 4ZEIA 1ZMGA 1NH8A 3Q29A 5EHMA 3C4MA 4KHZE 2GH9A 1EZ9A 3R7XA 4U2RA 1MPCA 4OFOA 1I6QA 4EQ7A 2HQ0A 4NWDA 3FGSA 4KYDA 1SW1A 1RYOA 3K1MA 4DDDA 4BDRA 2XD3A 3BBRA 1ZLQA 4H8IA 1MQIA 1LAFE 3PD8A 1UIVA 5FHNA 3OSRA 2XX9A 3B7DA 3KGCA 3W9WA 3IO4A 4TQUQ 4ZEFA 4EQBA 1MY3A 3N94A 2ESNA 2XXIA 1CE2A 3C33A 2I49A 1GGGA 4GXSB 1MXZA 2DVZA 3UK4A 4KR5A 2NXOA 5LOMA 2GHAA 3PMWA 3MZ1A 4FEBA 1A55A 4EF1A 4XKQA 3T96B 2I0BA 4GLIA 4IO5A 3HO7A 4GVOA 4R9FA 4R6HA 3E3KA 4ZZEA 4RPNA 1L5TA 4OHNA 2HZLA 2R9JA 1QUKA 1SYHA 3M3LA 4OTEA 4G2ZA 2A5TA 2QSXA 4U23A 3DP4A 4I8CA 4HTGA 4ZEKA 3OEMA 1R9QA 5DT6A 3O28A 5AA2A 1YAEA 4IB2A 1DOTA 1EH3A 1ZKBA 3VLUA 2RC9A 4YZZA 4N6PA 3MP6A 3PPQA 3R26A 4KYSA 3LSXA 2H5YA 1MXUA 2GHBA 4R72A 3JV9A 4GL0A 1SYIA 3RQTA 4F1YA 1FCKA 3K2DA 4NF4A 4QFOA 4DE8A 3TCGA 3QUFA 1B51A 4F3BA 3S9EA 4GRKA 1MM6A 2ZNUA 1P1QA 3LSLA 4X48A 1MPBA 3SEVA 4NF8A 1SI1A 3TCHA 2XXXA 2RCAA 4XXUA 1QUIA 1MY4A 5I59A 3EHTA 1B7HA 1SQYA 1M5BA 3W9VA 2CMOA 3RTFB 1IQ7A 2VOZA 1N7WA 2NOOA 1IITA 4C1TA 3PUXE 4THIA 3OO9A 5EYFA 2A5TB 5K2XA 3N5LA 5I2NB 4ELQA 2DQVA 2XX7A 2F7AA 4NWCA 1Y4CA 1N76A 3H6UA 5ISUA 5AA4A 2XXQA 4YAHX 3PV0E 2Z8EA 2DXRA 2XXRA 4R74A 4ELRA 3EN3A 3V83A 3QK6A 2RF1A 3KFMA 4F19A 5B7DA 2DE2A 4KCDA 4QHQA 3HSTA 3DM0A 2O1MA 5CMBA 1B4ZA 5ELVA 2REGA 3O9PA 1B7UA 2F35A 2HFBA 2X7PA 1B46A 3IB0A 3T93B 3OEKA 1AL3A 1LAGE 3MVWA 4LP2B 2O1LA 5I59B 4NMYA 4HCWA 1P1UA 1POY1 1FQFA 5DEXB 3FJMA 2OK2A 3K6WA 3ZKKA 2DE3A 2I4CA 1ANFA 2DP8A 3MVYA 1NNKA 1B52A 4YB7A 4ZZAA 1MY2A 3TDJA 3MAMA 2ZNSA 2QS2A 4O3AA 3U8QA 5L9MA 1ZBMA 3O97A 3PD9A 4QSCA 5H8HA 2UYEA 2PBWA 5IKBA 1AIVA 3PU5A 5FTIA 1B0LA 5I56A 1P1OA 4AB6A 2BJJX 1B40A 3U1OA 3MPKA 1QKAA 1A8FA 2R71A 2AL5A 1BIYA 2B3BA 2D3IA 4G68A 3FVNA 3UGWA 2A5SA 2DVCA 4JXIA 5KDTB 3RN8A 5KCJA 3T9VA 3KBRA 1A99A 1NL5A 4P0GA 3C9HA 3THIA 4AB5A 3PPNA 3HCQA 1XOCA 3C32A 4QSEA 2HZKA 2X26A 4RXLA 1B1HA 1DTZA 1B3HA 3LUYA 4DXCA 4JSDA 4G8NA 2UVGA 1JEVA 4IY6A 1JW4A 4QFLA 1B0HA 5H8HB 4U1OA 3K1NA 5CRYA 2I58A 3CI8A 1M5DA 2ONKE 3CFLA 4R2FA 3KJ7A 4ZE8A 5I56B 4M4GA 4QRZA 3OO8A 3FVKA 3I3VA 2IEEA 1XVYA 3IL1B 3UP9A 1MPDA 1QUJA 3K6UA 2F6GA 3SERA 1TWYA 3N26A 4DCXA 4Q5TA 4G68B 3V89B 1F9BA 4FJPA 1B5IA 2O69A 2B65A 4X9TA 4U4XA 2G93A 2LAOA 5KCJB 1EZPA 4MBPA 5H8SA 4E0WA 2RINA 4XKPA 2NUVA 4KI0E 4ELOA 3KN3A 4LQ2A 4BDLA 5L9OA 4IY5A 3WAEA 2D5WA 1D9VA 3JZJA 4OVJA 2ZXTA 1SD3A 3TYHA 4I9DA 4IO7A 4XKNA 4H0WA 4XTCQ 4OESA 1R1NA 3TPAA 1ELJA 4G4PA 4O3CA 3LSFB 4UA8A 3KZGA 4U4SA 3TQWA 1MQDA 3BKIB 2Z8DA 4EXLA 5H8FA 4QFKA 2VD2A 3FV2A 3IK6B 4MH5A 4NF6A 2Z8FA 5FTHA 2V3QA 3KSJA 3CFXA 5JTYB 3SKPA 2OZZA 3S9LC 4OEUA 1JVXA 3KOTA 2ZYMA 4JB7A 3FATA 4FORA 2HXWA 3EF7A 1MDQA 5TPAA 2RKMA 4G8MA 5AA2D 2ZNTA 3VDFA 4P0IA 2ONRA 4PQJA 1I6AA 4YB6A 1B05A 4ISUA 2I3VA 3F11A 4XIGQ 4R6YA 1PB9A 5CC2A 1XC1A 1VSOA 1Y4TA 1US5A 3PUYE 2RC8A 3KN7A 3H4ZA 2XXWA 3C36A 5H8NB 5A5XA 5HBCA 1M5CA 3DLNA 2XXVA 4WEDA 1P1WA 3QXMA 3BFUA 1FTJA 5H8FB 4NF6B 1B6HA 1DTGA 5DVIA 1B3FA 4UACA 1UIUA 4ESXA 4IGRA 4U1ZA 4LZ7A 4DZ1A 1O63A 1OVBA 1NH7A 3IR1A 1SBPA 1B9JA 1IUDA 3SESA 3VLVA 3OSQA 3E4RA 3RLFE 3VVDA 2DE4A 5DVJA 1N7XA 3Q27A 2F7CA 3H3GA 5TP9A 1A40A 3KN8A 4LUBA 1JNFA 1PB8A 3N6TA 1EZOA 1KWHA 3QAXA 4OERA 4AQ4A 3C31A 3EHSA 2H25A 2VD3A 5I57A 2XXHA 2OLBA 5CM6A 4PFWA 1B3EA 3EHUA 5A5XB 5DTBA 1ZJLA 1OQGA 4GIZA 3VVFA 1FTLA 5TU0A 4KCCA 2VHAA 4KD5A 5ITPA 2DWIA 3IOUA 4JBZA 2YJPA 1URSA 4IGTA 4IO2A 2PX1A 4PFTA 2DS9A 4P11A 2Z23A 3TAJA 3MBPA 3SEWA 1Y20A 3T9UA 5I58A 4H5GA 4EUOA 3ECRA 5TP9B 1IXHA 2OJTA 4HS7A 2DYXA 4OFLA 3FIRA 3RUMA 1DMBA 4HCYA 3G3FA 4BDOA 3U92A 4NF5A 1O7TA 4RYAA 1ATGA 1ZIUA 3MPLA 3PPPA 5AA2B 2Y7WA 3KG2A 1ZTYA 3H6VA 2I48A 3LBSA 1GVCA 5DVFA 1XS5A 1QJMA 3K6VA 3SDFA 3MUQA 1NNFA 3VVEA 2QS4A 4H8JA 1JW5A 3KSXA 3I6VA 1DPPA 3IB2A 3TODA 4H6DA 1LFHA 4NF4B 1Z7NE 1POTA 4Q30B 1SVXB 1IXGA 2QMXA 4IO6A 3TUSA 1AMFA 2XXPA 4F3GA 4NF8B 2F78A 2FA7A 4G77A 3L6GA 3CRBA 2AL4A 1Y9UA 1PC3A 4GOTA 4GL8A 1LGBC 3C34A 1A54A 4QSDA 1LFGA 4X1BA 3K00A 3O6GA 1MG1A 1FQDA 3HHGA 5K2YA 2Y7IA 4LA9A 4RK2A 1DSNA 3UIFA 1MH3A 1NNPA 5FHOA 1B3GA 2NVUB 3G7WA 3E13X 1HSEA 4F39A 5AA4B 3D4GA 4PFYA 1SI0A 1JW1A 2E0SA 2PYYA 1N04A 2H9BA 2QS1A 4N07A 1VFDA 4ZE9A 4PFUA 4F3PA 2WKYA 3TZAA 4MLQA 1IXIA 3KOSA 3TCFA 1R6ZA 1NKXA 5BUUA 3OMBA 4N13A 2UVIA 4ECFA 3T66A 4F2OA 1XHYA 1BP5A 3VXBA 2OCUA 2AIXA 3S2VA 1FQBA 5JK4A 4QF9A 2XXYA 1B7ZA 3MZ9A 4JDFA 3SEXA 1HSJA 5J1DA 4NEDA 2FNCA 4LZ8A 4K3FA 1A7LA 3IB1A 4PP0A 3LSWA 2FYIA 1OLAA 2Q88A 3U94A 2QPQA 2V3UA 3LC8A 3EQ1A 2THIA 1YCJA 3H06B 3USDA 4DCYA 1LB8A 3PUVE 4OQOA 4RNSA 3RPWA 2ZYKA 1FTOA 2F5XA 2DWAA 1AH5A 4POXA 1USYE 3FVGA 3IORA 3PUWE 4OMBA 3UORA 3U72A 3FUZA 3MP8A 3ZKLA 1XT8A 1UTBA 4H1XA 2YPNA 2DWHA 2ABHA 2PT2A 5ITOA 3PMVA 2R6GE 3G3JA 3RY3A 2O84X 4BDMA 2Q8JA 3M3FA 4TLMB 1MY1A 3IOTA 1IIWA 4ZS9A 5CBRA 4WEPA 3A3CA 3H6WA 3MJNA 1WDNA 4JWOA 1R9LA 3Q28A 2DWJA 1FW0A 4R75A 3ILUB 2I0CA 4I62A 1Q1KA 1LBCA 1JEUA 2P2AA 1B5HA 1Y3PA 1I6BA 5JEIA 1ZU0A 2PMSA 3KEIA 3ODBA 4OWDA 4LATA 5I2KA 5M2VA 1SW5A 2O7IA 2Y84A 1FTMA 3C35A 4RPOA 1Y1ZA 5CI5A 3TTRA 2I4BA 3FASA 4FATA 1P99A 4O3BA 4GFRA 4BDNA 4OEVA 3S9NC 4RA1A 3RTWB 2H99A 1UTBB 2HAVA 1B4HA 4YICA 3PUZE 3CG3A 1GV8A 4XKRA 3G3GA 1OQHA 4R2BA 3T22A 2D21A 1TFDA 2F6PA 3PMXA 2QS3A 2UXAA 5ICTA 4BLAA 1VR5A 4GF8A 4DIGA 3B6QA 3SEYA 1MXYA 3ZSFA 2QL3A 4PE5B 4R9GA 4F1UA 1JVYA 1N3XA 1D3KA 5ICQA 4Q0CA 3DP6A 2GFEA 4Z7EA 4EQ9A 4G68C 3MC2A 2Q2AA 5I2KB 4MLVA 4H67A 3EPEA 4GWOA 3FXRA 4DXBA 5CBSA 2V3TA 1WODA 2RCBA 3MP1A 3IAZA 1SW2A 4F18A 1FQCA 4FEDA 3TTLA 3OD7A 3M3KA 4YB5A 3FXUA 3TEPA 2P0SA 3K01A 1IZ1A 4KPTA 2UVHA 3UA8A 2REJA 3RT6B 5AA1A 1B3LA 3R6UA 4U22A 3O29A 3TTNA 5TPAB 2Z22A 3VE1B 2DSFA 1T0KA 1BLFA 2H4IA 3MW0A 3K1PA 3Q25A 2RC7A 1DPEA 3A3UA 2OBGA 2PVUA 1EU8A 4JWXA 3T9XB 4YU0A 2GRVA 3G3HA 4C1UA 5B70A 3DELB 2HEUA 1JQFA 2X7QA 1PDAA 3QIMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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