2DOJA

Crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA02
3FV1A 3MAMA 1Y20A 2Y7IA 3PPQA 1UTBB 1IZ1A 1H43A 3EHTA 4WKMA 4GXSB 4EQ7A 3B7DA 3CSBA 1QUKA 4QRZA 3EF7A 1AOVA 3IOTA 2PX1A 3CIJA 2V84A 4F1VA 5AA2D 3C4MA 1OLCA 3QAXA 3ZSFA 4NTLA 4OFJA 3KBRA 4DZ1A 1B7UA 1FQBA 2IEEA 2OK2A 5FHOA 3TCFA 3PMXA 4ZE8A 1JEVA 3UIFA 4FECA 4BDMA 4QFNA 2DQVA 3KZGA 1ATGA 1B1HA 2ZNTA 4OQOA 3U72A 1B5HA 1US4A 2H98A 4LA9A 3B6QA 1B5JA 5H8HA 5JK4A 5AE4A 1PB7A 1DTGA 1EZOA 3S9NC 4Z7EA 4NMYA 1B5IA 3E9XA 1JVXA 3O29A 4O3AA 4JWXA 4QFOA 2HXWA 1R9QA 2QS2A 2UYFA 4YICA 4LATA 1B05A 3GBBA 2O68A 4E0WA 1N7WA 4Q5TA 2O7UA 2VD3A 1A8EA 5BUUA 3C36A 3FJGA 2NOOA 1Y1ZA 3O9PA 1WDNA 5H8FB 2PMSA 3E13X 2O1MA 3IK6B 3RPWA 4KI0E 1AH5A 1QKAA 3FVGA 5I59B 4KPTA 1PBQA 1SDXA 1SYIA 4DXCA 4POWA 1M5CA 5TPAB 3TPAA 1H45A 1PB9A 4F3BA 3VXBA 1JNFA 4F31B 4RNSA 5AA4A 3K4UA 1AMFA 4OZ9A 4R74A 1NMUA 1QKBA 3R26A 1JVYA 5CMCA 3W9VA 1ELJA 4PFWA 3GBAA 5AA3A 2D3IA 1MPBA 4KYSA 2DP8A 4XXUA 4ZS9A 3FZVA 4PFTA 3DP6A 4WXJA 1ZKBA 2IA4A 5A5XA 3U94A 4P0GA 1YTVA 2PYYA 4JSDA 1LSTA 4H8JA 3FXUA 5ICTA 3N6TA 3SDFA 3IOWA 4FE8A 1EZPA 1SW2A 1XVYA 1R9LA 3K02A 4RY1A 5EHMA 3G3IA 3KFMA 2UXAA 1IXHA 5KCJB 1IEJA 3G3JA 3KN7A 1SW5A 3VV5A 4AB5A 2VGQA 2XHDA 3VVDA 1XOCA 1EH3A 4YU0A 3FJ7A 3K1MA 4JXIA 1B51A 2F7CA 4DE8A 3MJNA 1B40A 1NH7A 2ESNA 2F6PA 3H6TA 2Q2AA 2XXHA 2Z22A 3LSFB 4R73A 3S2VA 1L5TA 3KJ7A 2I58A 3PUZE 2DYXA 3MZBA 5ISUA 3T96B 3RLFE 3FVNA 2GRVA 1B1XA 2CZLA 4GLIA 5H8FA 1O64A 3MWBA 5M2VA 4MH5A 4O3CA 1A8FA 2PT1A 1JW4A 2I3VA 4ELPA 4H1XA 4QHQA 4X9TA 1I69A 4H65A 5I59A 4KCCA 2HFBA 3V89B 4POXA 1FCKA 2ZNSA 2QMXA 1AL3A 1LFIA 3CR9A 1TFDA 5TPAA 3HO7A 4XKRA 4GXAA 4JB7A 3IAZA 3V8XB 3LC8A 2XXVA 3B6WA 3PPPA 1A99A 4MF3A 4BDQA 1NNTA 3SEXA 1D3KA 5L9SA 4M1VA 4F29A 1I6QA 2UVGA 1IXCA 3IJOB 1VSOA 4IO6A 2D5WA 3KEIA 3N26A 4ZEDA 1D9YA 1B3EA 2UVHA 2GHBA 4C1TA 1EZ9A 3L6GA 1OVBA 3GXAA 1GGGA 1QVSA 4OFOA 3ILUB 4F2QA 1N84A 3PUYE 5KCJA 3MUQA 5I56B 1MQJA 4R6HA 3VFJA 1OQHA 2F7AA 3DELB 4G68A 4KHZE 4YB7A 3I3VA 2ONKE 3MQ9A 3TEPA 3C33A 1SW1A 3VLUA 2DS9A 3H3GA 2GH9A 4YAHX 1MDQA 4GWOA 3T9VA 4RYAA 4P11A 3PGFA 3H03A 4H5GA 3SEWA 3EN3A 3B6TA 1OVTA 1JEUA 2XX7A 4F2OA 2Q8JA 2X7QA 1MXXA 4LZ7A 1B3LA 2QMWA 3CVGA 2QS3A 2XXTA 1TXFA 1LCTA 4OEUA 1LGBC 2OBGA 3M3KA 1LBCA 3MC2A 3OMBA 3IOUA 1QULA 5IKBA 1BTJA 2I6EA 1FQFA 4R6YA 3CG3A 3TQLA 3Q25A 2DVCA 1IXGA 5KDTB 2ABHA 4YMAA 1OLAA 2OJTA 3FXRA 3M8UA 1FTOA 4LUBA 4NF4B 2ZYMA 2XXWA 4N6PA 3ODBA 4PE5B 4FJPA 1B2HA 1CB6A 3JV9A 2Q89A 3CFLA 1N7XA 4K3FA 2H5YA 1H44A 1MY4A 4QFKA 4OHNA 2FYIA 4NF6B 1LFGA 3BFTA 5J1DA 4EXLA 4KQPA 2F6GA 4U22A 4YKJA 3TZAA 1KWHA 3TMGA 1P99A 1S9TA 1MRPA 5I2KB 3HN0A 4H8IA 2XXQA 1JQFA 3MZ9A 4G8HA 4BLAA 4EQBA 1H76A 2NVUB 5I56A 3LBSA 1B0LA 2HAUA 2G93A 1MQIA 3IORA 4ESWA 3BBRA 1SI1A 4UACA 1UIUA 4ELOA 1B3GA 3ILTB 3ZKKA 2P1SA 2Q88A 4ZZAA 5DVFA 2V25A 4FORA 1MPDA 1UTHB 4Z0IA 1ZJLA 2VD2A 5K2YA 4Q8RA 3OEKA 3G7WA 4O3BA 1URDA 5CM6A 1QUJA 3RUMA 1M5EA 1NFTA 5ELVA 5ITOA 1NL5A 2HQ0A 3W15C 4XIGQ 3SETA 2I3WA 4EF1A 2XX8A 2Y7RA 1POY1 1FTJA 4R2BA 1LAGE 1TFAA 2DWJA 1GTKA 5DEXB 4H5FA 1PDAA 5EHSA 1URSA 3OO6A 3UK4A 1WODA 4I1DA 5DYHA 4KYDA 5F1QA 3PUWE 2H25A 4LQ2A 1FTLA 5H8QB 3A3CA 4BDNA 4GRKA 3KG2A 2REGA 4IO5A 4MLQA 1PBPA 4UA8A 5I58A 3G3GA 4LVQA 2ALUA 3TTMA 3TELA 2ZYNA 2DXRA 1B4HA 2HCAA 5K2XA 4XKPA 4GL0A 1MXWA 3K2DA 1LB9A 5AA2B 4NF4A 3DP8A 3RTWB 3H7MA 1R6ZA 5I57B 1Z7ME 4IO4A 3WAFA 2A5TB 2YLNA 3LSWA 4I8CA 1LB8A 3R7XA 4NF6A 5DT6A 1MQHA 3MZ1A 2PT2A 1LAFE 2F78A 2XXUA 4F3GA 5I2KA 3HPIA 3OXNA 3KSXA 4F22A 2X26A 3KOTA 5DVJA 1UTBA 1NNKA 4OYVA 3H4ZA 4ZZEA 4IO3A 1VFEA 2Y84A 3HCQA 2P0SA 4EUOA 3F11A 1P1WA 1UTHA 2R6GE 3PV0E 4RJZA 5IAIA 4XTCQ 3QUJA 4EF2A 3PPRA 3C9HA 3MVYA 4EDPA 2Q9TA 3RQTA 3D4GA 2HAVA 4ZEFA 3IX1A 2B3FA 4GVOA 3RT8A 5I2NB 2AL4A 2R71A 3C35A 3U8QA 2RC7A 4QSDA 5HBCA 3TCGA 3HSTA 4FAJA 3IB2A 2FA7A 3PU5A 3UORA 3BFUA 2FNCA 1D4NA 5DEXA 5HPQA 3HV1A 4AB6A 3HHFA 3IOVA 1QUIA 3EQ1A 3EHSA 4G2ZA 4KR5A 3H6WA 3MPKA 3PMWA 4FATA 4F19A 5H8QA 3RGYA 1IUDA 3V5AA 4NF8B 5CI5A 1DPEA 5B70A 1RYXA 3IO6A 1B4ZA 3FUZA 2NWJA 4ZE9A 5AA2A 1USYE 1YCJA 2BJJX 5I57A 3SESA 2E1SA 5TP9B 2A5TA 5CRYA 1M5DA 1FQEA 3EHUA 4ZDMA 1FQDA 3KOSA 1N04A 3QXMA 1N76A 3VLVA 5DTBA 1Q35A 3M3FA 3PPNA 4RK2A 4L17A 4JWOA 3VVEA 3MP8A 2W7YA 3QSLA 2Y7PA 3QYTA 1B52A 4OESA 1Z7NE 4RPNA 4YB6A 2VP1A 3OO9A 3RY3A 3CG1A 1SD3A 1Y3NA 1ZIUA 4JBZA 3SERA 3TYHA 1Y4CA 1MPCA 1Y1MA 3MVZA 1RKMA 1MQDA 3C32A 4R9FA 3WAEA 1IITA 3OD7A 1B58A 4Q0CA 4LZ8A 4X1BA 2NUVA 4AQ4A 3K01A 1NNPA 2P2AA 2F36A 1BKAA 4U4XA 3PPOA 5I2NA 3FVOA 2I49A 3DP4A 1SBPA 2OWTA 4R9GA 1MXUA 3Q27A 1VR5A 4HS7A 3SEYA 3K6VA 3O6IA 1LLSA 3TTLA 5FHNA 5CBSA 4OXVA 4PQJA 3FV2A 2XXPA 2VOZA 4HW8A 2Z8DA 1CE2A 2I4BA 1Y3PA 1XT8A 2DXYA 3OOAA 5AA1A 1MM6A 2QJEA 3A3UA 1D9VA 3RTFB 2CMOA 1MS7A 1S50A 1P1NA 3TTRA 4P0IA 3PD9A 1P1OA 1MH4A 3K0VA 2RC8A 3PD8A 1OQGA 4TLMB 1PB8A 3KN8A 2XXYA 1A54A 3O2AA 1BP5A 1MY3A 2F8DA 2QS1A 3VVFA 1Y3QA 3LR1A 1QJMA 5TP9A 4G4PA 2DE4A 3LUYA 2I0CA 3JZJA 1FQAA 3ECRA 3KGCA 4LONB 2ONRA 3VE1B 2DWIA 3MVWA 3THIA 1USYH 3C31A 1URGA 4QF9A 3CRBA 1UIVA 3T93B 4OENA 3D4CA 3E3KA 4QSCA 2Z8EA 3PUXE 4RK9A 2RF1A 3TUSA 1MXYA 1T0KA 2F7BA 3G3FA 2YPNA 1B3HA 3FIRA 3O6GA 1US5A 2RKMA 2PVUA 1MH3A 4DIGA 5ICQA 1UQWA 3JYRA 4F3SA 2F5XA 5CMMA 3T66A 1BLFA 5H8NB 2R9JA 3MW0A 4U1ZA 1ZTYA 1MY1A 4YKIA 2UVIA 4DDDA 1SQYA 3E4RA 3V83A 1NH8A 4H6DA 1A40A 4OTEA 2VHAA 2G29A 4NWDA 2F34A 2XD3A 3H6UA 4JWYA 5CMKA 4X1DA 2Z23A 2NXOA 2XXRA 1MQGA 3CFXA 2OWSA 2UYEA 4R6KA 2DOJA 2O7IA 1SVXB 2O84X 5ITPA 5BWJA 1P1UA 5AA4B 1WVJA 4PETA 3AXFA 4H0WA 5B7DA 4F1UA 4LZ5A 3KSJA 2I0BA 3OSRA 1LAHE 4FIMA 1R1NA 4JSOA 1DTZA 2V93A 4LQ5A 4IY5A 3G3KA 5H8SA 1SW4A 4GD5A 3RN8A 2ZMBA 3O66A 4RPOA 4MBPA 4TLLB 5L9MA 4U21A 4U2RA 3UN6A 5A5XB 3A09A 3N6UA 1A55A 1M5BA 3S4UA 3T9HB 4KYEA 4IY6A 2DWHA 1AIVA 3Q26A 4GF8A 4HCYA 3KN3A 2OLBA 3ZKLA 4I9DA 1FTKA 1MXVA 2KLFA 3IL1B 4MFIA 4BDOA 3T9XB 2QSXA 4KD5A 1VE4A 4OMBA 5KDTA 4EQ9A 3LSXA 5JEIA 2XX9A 3TDJA 3MP1A 2AIXA 4N13A 2REJA 3OO7A 4NE4A 3K1PA 4R72A 3P7IA 4NWCA 3ZS6A 5H8NA 1MXZA 4TQUQ 4YZZA 3RNNA 3UA8A 2H99A 3IB0A 4OERA 3KJTA 4QFPA 3VXCA 3W9WA 4G8NA 4E0XA 4ESXA 3QIMA 1MG1A 4DCYA 1Y4TA 3CI8A 3RT6B 4MLVA 1F9BA 2OZZA 2E0SA 4I62A 4U23A 4GFRA 2H4IA 3TTKA 1Q1KA 4ZECA 3MBPA 3SKPA 2UVJA 1MY0A 4NF5B 5EYFA 2F97A 4PP0A 1LBBA 2Y7KA 4OVJA 1GR2A 2QPQA 2I48A 2O1LA 4FEDA 2DE2A 4OEVA 3SEVA 4M4GA 3U92A 3SEUA 3VDFA 5L8DA 2HEUA 3LSLA 4IGTA 4YKPA 2XXIA 1BIYA 5FTHA 4TOZA 1HSEA 2Q2CA 1VFDA 1JETA 1XC1A 2Z8FA 3USDA 3S9LC 2XXXA 3CSGA 3DLNA 2THIA 1I6BA 4IO7A 2QL3A 4IGRA 4IO2A 2ZYOA 4WEPA 4U4SA 1FTMA 3OENA 4PFUA 3IO4A 1DPPA 2DSFA 3FASA 5CC2A 1YAEA 2QS4A 2YJPA 3K6WA 1A7LA 1OIBA 4DXBA 4G68B 1O63A 1POTA 4JDFA 4KFQA 1RYOA 4N07A 2HZKA 2M8CA 4G8MA 1JW5A 2Y7WA 1HSJA 1N3XA 3DM0A 2QRYA 3Q28A 4F3PA 4QSEA 1XS5A 3OSQA 3FVKA 1PEBA 2H9BA 4Q30B 4F18A 2RC9A 1TT1A 1B6HA 4YB5A 2AYSA 3FJMA 1LFHA 1I6AA 5F7VA 5FHMA 2V3TA 1NKXA 3CFZA 3IJXB 3FXQA 1II5A 2I4CA 1O7TA 4X48A 1IIWA 4THIA 1N3WA 1EU8A 1SYHA 4IB2A 3TCHA 1DMBA 3U93A 3FD3A 4YMBA 1OMPA 1DOTA 5TU0A 3Q29A 1YPNA 3UP9A 4NF5A 1MM7A 3GZGA 1XVXA 2A5SA 4GQOA 4DLDA 4XKQA 3OO8A 3FATA 3PMVA 1ZU0A 3S9EA 2ONSA 2V3UA 1QW0A 5JTYB 2LAOA 3C34A 4GL8A 1FQCA 1J1NA 3S9MC 2X7PA 3MVXA 1MY2A 2O69A 1N0TA 4GIZA 4ELQA 1B9JA 4C1UA 2RCAA 4YKKA 3MPLA 3IR1A 3VLWA 4ELRA 1NNFA 3TFLA 3K00A 4ZEBA 4ECFA 4OFLA 4G77A 2WKYA 1P1QA 4R75A 2F35A 3I5OA 2DWAA 5CMBA 3H06B 1IXIA 3U1OA 4PFYA 3IB1A 3GLBA 3TAJA 3UGWA 4GOTA 2RCBA 4FEBA 1TWYA 2O51A 2DE3A 4NF8A 1B7ZA 3QUFA 4ZEIA 1MDP1 3QK6A 4LP2B 2B3BA 1H3DA 3I6VA 4EXKA 2PBWA 1ZLQA 5LOMA 4OWDA 4ONYA 5DVIA 1B3FA 2O6AA 2V3QA 1FW0A 1LAXA 3TODA 4F1YA 1S7YA 2B65A 2GHAA 3T22A 4ISUA 3MP6A 4G68C 5FTIA 4F39A 1JW1A 3PUVE 1B32A 2AL5A 2ZYKA 5H8HB 1B46A 3L6HA 4OETA 2ZXTA 5KZTA 2D21A 5HM4B 4HCWA 4KCDA 1ANFA 2ANJA 1LCFA 3HHGA 1ZBMA 3T9UA 4DCXA 2DVZA 4DXUA 3O28A 3ONMA 1HSLA 1B0HA 1IQ7A 4BDRA 4HTGA 3M3LA 4U1OA 4WEDA 4C0RA 1SI0A 3R6UA 4BDLA 3BKIB 4ND9A 4R2FA 5I58B 3EPEA 3FGSA 5JTYA 3H6VA 1GVCA 3N5LA 2RINA 4NEDA 4XKNA 1GV8A 4QFLA 5CBRA 2GFEA 5L9OA 3O97A 3N94A 3TKDA 1DSNA 3TTNA 3K6XA 2OCUA 3OELA 1XHYA 1B7HA 3K1NA 3O6HA 1M5FA 4ZEKA 4RA1A 4H67A 2XD2A 1ZMGA 3G3HA 1Y9UA 2ZNUA 5I84A 3TQWA 4RXLA 3K6UA 1PC3A 3OEMA 2HZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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