2DSFA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA02
4HCWA 1B58A 1ZU0A 3PGFA 4GL0A 1MXYA 1MY2A 4JWXA 1LSTA 3FXUA 4XXUA 4BLAA 1MPDA 2QSXA 2NXOA 3S9NC 3RGYA 5DTBA 1GVCA 1D4NA 4R72A 1B3LA 1RYXA 5A5XA 1B2HA 4WEPA 1H3DA 2PYYA 4IO3A 3MZ9A 1YAEA 1IXIA 4FEDA 1H43A 4YKPA 2E0SA 5I59A 1OIBA 2UYEA 1XT8A 3OENA 4RNSA 1SYIA 1Y4CA 4U4SA 4DDDA 5A5XB 4OMBA 3VLUA 4RK2A 1B0LA 3CFXA 3PPPA 5I59B 3TPAA 4KPTA 1RKMA 3M3KA 4KD5A 3E13X 2H25A 4NF4A 2QS4A 2DXRA 3IO4A 3U92A 1UIVA 1ANFA 1A55A 4GXAA 1B52A 2QPQA 3K4UA 4G68A 4NF4B 1NL5A 1FTLA 2RF1A 3S9MC 4RPOA 4RY1A 4QFNA 3MP1A 4JXIA 3MP6A 2FYIA 4EXKA 3MPKA 4G68B 4ZDMA 2DSFA 4Z0IA 2XXTA 2Q88A 3VVDA 1JNFA 1Y4TA 3HSTA 5TP9A 1B1XA 3O6GA 2OBGA 3QXMA 1AH5A 3CFLA 4RPNA 2Q8JA 1Q1KA 3R26A 3FVGA 3FJGA 5FHNA 1MXXA 2NOOA 2ZNTA 5TP9B 5CC2A 3PUVE 2VD2A 5CRYA 1FCKA 4G2ZA 4C0RA 2V25A 2XXPA 2O1LA 2XXUA 1N0TA 3M8UA 5AA4B 1LFHA 3H6TA 2NWJA 3L6GA 3PPRA 3FGSA 2O51A 1WDNA 3CG3A 5L9SA 2B3FA 4MH5A 3I6VA 4OQOA 1R6ZA 2DWAA 2QRYA 2I0CA 3HHFA 2Z22A 3FUZA 4LP2B 4U2RA 1MDP1 2R6GE 2HXWA 3G3JA 4L17A 2ZNUA 3Q28A 3SEYA 5KCJA 4BDOA 3HCQA 4F19A 3Q26A 3IOUA 4YKIA 4NWCA 1SBPA 4E0XA 5ELVA 2ANJA 1XHYA 3RT6B 5KCJB 2I4CA 1NH7A 3AXFA 2D5WA 2OLBA 4RA1A 1B51A 4QSCA 1VFEA 4EF1A 3USDA 5KZTA 1B46A 4ECFA 3SEWA 2HAUA 2R71A 3TYHA 2GHBA 1POY1 1ATGA 3K6UA 3SEXA 1N76A 1SD3A 2XX7A 1WVJA 3TELA 1Y20A 4QSEA 3U8QA 1SQYA 2NUVA 1MS7A 2VD3A 5ICQA 5AA2D 4POWA 1NNPA 4M1VA 4PETA 3DP4A 3FVKA 3V89B 3KZGA 3N5LA 4P0IA 3ILUB 1QVSA 2RCAA 4F1UA 1Y3NA 3TUSA 4JDFA 5EHMA 4POXA 1OVBA 2DWJA 3O66A 2O6AA 3Q27A 3TEPA 4EF2A 4O3BA 4PFTA 4OWDA 1B7UA 3PV0E 1UIUA 1HSLA 1URSA 1P1QA 2H4IA 3DP6A 3UA8A 2VP1A 3IB1A 1KWHA 3ZKKA 4F3SA 4KYEA 2DYXA 4MF3A 4OEUA 3OEKA 3KN8A 4YZZA 1QKBA 1HSEA 2Q89A 5TU0A 4ND9A 5HBCA 1JVXA 3FIRA 3GXAA 2DOJA 1JEUA 5I56B 2VOZA 1EU8A 2I49A 4X1DA 4LQ2A 3TDJA 3PUWE 4ZEIA 1SW4A 3UK4A 1A8FA 2DQVA 3CSGA 1LLSA 2THIA 2WKYA 2HFBA 4NE4A 4BDLA 5ITPA 4AQ4A 1QUIA 3MC2A 1P1UA 3KSJA 2A5TA 4ZE9A 1LFIA 3ODBA 4Z7EA 2F7BA 3S9EA 2Y7RA 3T93B 1AMFA 4LA9A 3B7DA 4I8CA 4H8JA 5EYFA 2A5TB 2IA4A 3VFJA 1EZ9A 5ICTA 1B3EA 4JB7A 1B3FA 4ZS9A 3GBBA 3C31A 4EUOA 3K1NA 3W9WA 2X7QA 3KN7A 3LR1A 5ISUA 1MPCA 1JW5A 2E1SA 2XD2A 4DXUA 3T9VA 4FATA 1P1NA 1H76A 1UTHA 1BIYA 4GQOA 3S2VA 1US4A 3T66A 1OLCA 1MQHA 2Q2CA 1NMUA 3SKPA 1MY4A 4FAJA 2XHDA 1FQAA 4H8IA 4U22A 4R9GA 4GD5A 4Q0CA 1I6BA 4P11A 1PB8A 2YPNA 3MBPA 4YAHX 3HV1A 3P7IA 5FHOA 3IR1A 1ZIUA 2X26A 3OSQA 1N7XA 3MVXA 5H8SA 3QUFA 3FJMA 2Z8FA 4OETA 1AIVA 3H6UA 3RTWB 1LCFA 2F5XA 1MPBA 2O7IA 5IAIA 4ELPA 1S7YA 1JVYA 3SEVA 1P1WA 5F1QA 3E3KA 3BFTA 3TQLA 2W7YA 3ILTB 5H8QA 5FTIA 3O9PA 1B6HA 4F2OA 5L9OA 5B70A 3FZVA 4ESXA 3D4GA 4QF9A 1Y9UA 4DE8A 5H8QB 2REGA 4ZECA 3I5OA 4NF6A 3OO8A 4KCDA 2G29A 2I6EA 3W9VA 3EHTA 3MJNA 1M5EA 2VHAA 2PBWA 3IJOB 4R6HA 3DM0A 1M5DA 3O2AA 3VLWA 2H99A 3H6WA 3FXRA 3K1MA 4O3AA 1HSJA 1OQHA 3JZJA 3K1PA 4NTLA 3T96B 5L9MA 3W15C 4X48A 2RCBA 3GZGA 4TLLB 3MVWA 5DT6A 3K02A 4R73A 1B9JA 4GF8A 1DSNA 3GBAA 5CBRA 1LB9A 4I62A 4O3CA 4EXLA 1IITA 1XOCA 3ONMA 1IUDA 1JETA 1LB8A 1POTA 2OZZA 4ZE8A 1CE2A 3DELB 2HCAA 3T9UA 5H8FA 3UIFA 3B6WA 4I1DA 4FECA 1D9YA 4YB6A 1R1NA 4XKPA 5I2KA 2DE4A 5H8FB 3IX1A 2I4BA 1Y3PA 2HZKA 1ELJA 4R6YA 3KOTA 4LQ5A 4GL8A 1IXCA 3EF7A 5CBSA 3N6UA 5I2KB 4KR5A 2P0SA 1CB6A 4IO2A 4FEBA 1QKAA 4RYAA 3IOWA 2HQ0A 4EQ9A 4LZ7A 4FJPA 4IGRA 5JK4A 1B1HA 1RYOA 1O7TA 1A8EA 3C33A 1IXHA 1O64A 3IOVA 4EQ7A 1MY1A 1PDAA 4OZ9A 2ESNA 1MXZA 1H45A 3WAFA 4DIGA 4WEDA 1WODA 3C34A 4HW8A 1L5TA 4K3FA 4XKNA 3H06B 3CI8A 1ZBMA 1LAFE 3CFZA 3TAJA 3TKDA 4ZEKA 3D4CA 1TFDA 2H9BA 5LOMA 1BTJA 1FQFA 1FQBA 3B6TA 1DPEA 4XKRA 5AA4A 2QMXA 4KQPA 4N07A 4H5FA 2GRVA 4U1OA 1Y1MA 4DXCA 3UN6A 3KG2A 2DWIA 1N84A 3FV2A 1ZLQA 4C1UA 1MH3A 2QS3A 4ELQA 3MZ1A 2Y7PA 5EHSA 2OWTA 4R6KA 1B3HA 4DCXA 4G8MA 4YKKA 5JEIA 1B3GA 3GLBA 5DYHA 4H0WA 4U23A 3ZSFA 2UXAA 3QUJA 1XC1A 3G7WA 2UYFA 4DLDA 4KHZE 1LFGA 2ONKE 1D9VA 4GIZA 3FASA 4RK9A 3EQ1A 3THIA 4KYDA 2P1SA 4ZZEA 3TTMA 1S9TA 1OQGA 3LSXA 2O7UA 1MQJA 3WAEA 1Q35A 2DXYA 4ELRA 1N3XA 2PT2A 3CIJA 3RLFE 1Y1ZA 5H8NB 4KCCA 4QRZA 4THIA 3IB0A 1MG1A 2QL3A 4PFWA 4F29A 1B7ZA 4QHQA 4F1YA 2F8DA 1MH4A 4LZ8A 1PBPA 4Q30B 2G93A 4G68C 1D3KA 3OEMA 4TOZA 4MBPA 2RC9A 1EH3A 1URDA 3S9LC 1SDXA 2F36A 4MLVA 1GV8A 2DVCA 4JSDA 4MLQA 3I3VA 4G4PA 3FJ7A 4P0GA 2OK2A 4QFPA 4GRKA 4GOTA 1IZ1A 1NNFA 5B7DA 1UTBA 5CM6A 2ZXTA 4TQUQ 2V3TA 5TPAA 3KJ7A 1UTBB 3PUYE 3PMXA 5I57B 1A40A 1UQWA 5I56A 5JTYA 2F7CA 5FHMA 5TPAB 5DVJA 1FTOA 4U1ZA 1B32A 1B7HA 1QUKA 1I6QA 3QYTA 2BJJX 4H5GA 4I9DA 3VLVA 3PUZE 4IO6A 5JTYB 4PE5B 3IOTA 3PMVA 2PX1A 2XXRA 3PPNA 3PUXE 2P2AA 4YKJA 3MVYA 1QULA 2ZYOA 2UVIA 4NF8B 1JW1A 1OMPA 2DP8A 4EQBA 1NFTA 1DMBA 1MRPA 3RY3A 3QIMA 1TT1A 1P1OA 3RN8A 3OO6A 3RNNA 4LUBA 1TWYA 1USYH 3RTFB 3DP8A 2QJEA 3K6VA 2F7AA 3FVOA 2Q9TA 3O6IA 1YTVA 2GH9A 2HEUA 3VDFA 3QAXA 2ZYMA 3O29A 3CRBA 4F31B 1M5CA 3TMGA 5KDTB 4DXBA 3HN0A 4G77A 4OENA 2YJPA 2XD3A 4PP0A 4F3BA 3SETA 5AE4A 4JBZA 3SERA 4E0WA 2O1MA 3V8XB 3IO6A 2Y7IA 4BDRA 4H6DA 1B4HA 4H65A 3A09A 2Y7WA 2M8CA 2KLFA 4IO5A 2OCUA 4GLIA 2B3BA 3TODA 4UACA 1LAXA 2AIXA 3N94A 1IXGA 4QFOA 3N26A 1MQIA 2O69A 3OELA 3SEUA 3K6XA 3MPLA 1ZJLA 4OXVA 5I84A 3JV9A 1R9QA 2UVJA 4R2FA 4FIMA 3MP8A 3OMBA 3VXBA 3L6HA 4M4GA 5CMMA 4HS7A 3H03A 3OO9A 2RINA 5IKBA 2DE2A 1SW5A 3VV5A 1GTKA 3MAMA 3KEIA 3KJTA 4F3GA 2X7PA 3KSXA 3Q29A 1J1NA 4FORA 4OFLA 1EZOA 3O28A 4JSOA 2F78A 1LBBA 2DWHA 1VE4A 5DVIA 1MM7A 4KFQA 3TTNA 4IY6A 3MWBA 4WKMA 2QMWA 1MY0A 1IEJA 4OESA 1Y3QA 2Z8DA 3QSLA 2AL4A 1LAGE 2O84X 3V5AA 4F18A 4YICA 1LGBC 4BDQA 4HTGA 3K6WA 2I58A 3CVGA 1FQEA 2FA7A 4RXLA 3V83A 1SYHA 4Q5TA 4ISUA 3RQTA 3G3IA 3TCHA 4ZEBA 1USYE 3A3CA 4YB5A 4N13A 4UA8A 3HO7A 1T0KA 3OD7A 2I0BA 3S4UA 3FV1A 3PPQA 1MDQA 2Z8EA 3KBRA 5BUUA 3SDFA 3C35A 4ONYA 3KN3A 2V84A 4F39A 1ZTYA 4F22A 3VE1B 3G3FA 3RUMA 4FE8A 2D21A 1FQCA 3BBRA 2F34A 5F7VA 4OTEA 4F1VA 1M5FA 1Z7NE 2ZYKA 2ZYNA 5CI5A 1FW0A 3K01A 3LSFB 5AA2A 2XX8A 2GHAA 5CMBA 3DLNA 1XVXA 4R2BA 1AL3A 4OEVA 2CZLA 2NVUB 1S50A 1XVYA 1BLFA 2XXIA 2O68A 1A7LA 5K2XA 4PQJA 5CMCA 5AA2B 1SI1A 4DCYA 3FXQA 3IB2A 4ESWA 4U21A 2ZMBA 2R9JA 1DPPA 4ZEFA 1NNTA 5BWJA 3F11A 3H6VA 3G3HA 3CG1A 1DTZA 1MXWA 2F35A 4QFKA 5M2VA 1PC3A 2OWSA 4XKQA 1MQDA 4ZZAA 3ECRA 1MQGA 1A99A 3TZAA 1YPNA 2DE3A 1N04A 4X1BA 5I2NA 4GVOA 2QS1A 4HCYA 2AYSA 1EZPA 1LAHE 2I3VA 2RKMA 3KOSA 1B0HA 2I3WA 5I2NB 2ZNSA 3JYRA 5K2YA 5CMKA 3KFMA 3O6HA 1NKXA 3OO7A 5J1DA 1II5A 4LZ5A 3SESA 4OVJA 1VSOA 3HPIA 1YCJA 4GXSB 3B6QA 3T9XB 1PBQA 5H8NA 3N6TA 1VFDA 3FVNA 3OXNA 3TQWA 4KI0E 2LAOA 1M5BA 1NH8A 4R9FA 5AA1A 4IY5A 1B5HA 2Z23A 2Y84A 1JW4A 4PFUA 4DZ1A 4AB5A 1QUJA 3KGCA 1I6AA 3LC8A 3U72A 2F6PA 4OERA 3EN3A 3LBSA 2DVZA 1R9LA 2A5SA 1BKAA 3IK6B 1NNKA 4YU0A 4NEDA 3LSLA 3G3KA 3EPEA 3BFUA 5ITOA 1URGA 1IQ7A 3UP9A 4IO4A 4OFJA 3EHSA 3IJXB 5DVFA 4LONB 3H3GA 2DS9A 3U1OA 1OLAA 1TFAA 4G8NA 4LVQA 1ZMGA 3CR9A 2OJTA 1B4ZA 4N6PA 2YLNA 1QW0A 4JWYA 5I57A 3R6UA 1B5JA 4KYSA 1PB7A 3C9HA 4EDPA 1TXFA 3RPWA 3IL1B 2ABHA 4BDMA 4XTCQ 3M3LA 3C4MA 3VVFA 4NF8A 4QFLA 4IO7A 4OHNA 2ONRA 2H98A 1XS5A 2XX9A 3C32A 2PT1A 2Y7KA 4RJZA 1PEBA 4Q8RA 4G8HA 3IORA 4NF5A 4R74A 2UVHA 1OVTA 4YB7A 3U93A 2UVGA 3UGWA 2AL5A 1A54A 2V3QA 3UORA 4H67A 4MFIA 1GR2A 1B40A 2V3UA 4BDNA 4NF5B 4R75A 3ZKLA 4QSDA 4YMAA 1MXUA 2Q2AA 3QK6A 2I48A 5KDTA 3LUYA 3VVEA 1DOTA 2ALUA 2D3IA 4OFOA 2ONSA 2RC8A 4IB2A 3TTKA 3RT8A 2XXHA 2XXWA 5FTHA 3E9XA 1F9BA 1QJMA 3PU5A 2RC7A 2HZLA 4GWOA 5DEXA 3U94A 4U4XA 4ZEDA 3K00A 5L8DA 3K2DA 4JWOA 3T9HB 1SI0A 1LBCA 1FQDA 5DEXB 3OOAA 1MM6A 1FTMA 1H44A 3EHUA 3FATA 3O97A 4F2QA 4LATA 1PB9A 1Z7ME 3MUQA 2B65A 2XXYA 1US5A 3OSRA 3VXCA 3H4ZA 1JQFA 1UTHB 1VR5A 3FD3A 3MW0A 2F6GA 3TTLA 3IAZA 1FTKA 3PD9A 2VGQA 3H7MA 3PD8A 5I58A 2XXXA 3ZS6A 2REJA 3A3UA 3Q25A 2PMSA 3TCGA 4OYVA 1ZKBA 3M3FA 1SW1A 5I58B 1GGGA 3MVZA 3HHGA 1AOVA 4TLMB 4GFRA 2PVUA 1LCTA 3PMWA 4PFYA 5H8HA 4IGTA 1P99A 2HAVA 1B05A 1BP5A 1MY3A 3TTRA 2GFEA 2F97A 4XIGQ 5HM4B 3MZBA 5H8HB 4AB6A 2FNCA 3CSBA 3R7XA 3PPOA 5AA3A 3E4RA 1B5IA 3T22A 1N7WA 2XXQA 5HPQA 3G3GA 2H5YA 3MQ9A 1I69A 3BKIB 4H1XA 4ELOA 1SVXB 2XXVA 4YMBA 3TFLA 2V93A 2QS2A 4F3PA 3LSWA 4WXJA 1IIWA 1MXVA 4NMYA 1SW2A 3C36A 4NWDA 1O63A 3TCFA 4C1TA 2CMOA 4X9TA 1FTJA 1DTGA 3K0VA 1N3WA 4NF6B 2IEEA 1JEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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