2DSFA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA02
1N76A 1B2HA 2AIXA 1MY1A 4I1DA 2H4IA 4DXUA 5FHNA 1Y3NA 4R2BA 1PBQA 3DP8A 4ELQA 2OJTA 3EF7A 3FV2A 4ZE8A 3EQ1A 1MXVA 3H6TA 4FEBA 4EXKA 3GXAA 2Y7PA 1UIVA 5DEXA 2XXRA 2XX9A 4JWYA 3PPOA 2GFEA 3KFMA 2FA7A 2UVIA 3RTFB 2P2AA 3LUYA 5I58A 5KDTB 2V3UA 2A5TB 1H43A 4FEDA 1IZ1A 1S7YA 1Z7NE 2F36A 3C4MA 3G3JA 3IX1A 2UYEA 2DXYA 1B7UA 1IITA 4YAHX 3QAXA 4QFPA 1I6AA 5KCJB 4ELRA 5ICQA 2R71A 4R72A 1MY0A 1S50A 1ZU0A 2DVZA 3Q28A 4NF5B 1B52A 1LFHA 4GRKA 4DDDA 3FZVA 1EU8A 1A8FA 2VHAA 4EXLA 3EHUA 5FHMA 1AOVA 1LSTA 4AB6A 3MUQA 1MG1A 3V89B 2UYFA 4AQ4A 3VXBA 3SKPA 1N84A 5H8QB 4GVOA 3IAZA 4E0XA 4NF6B 4OVJA 1MS7A 2B65A 3K4UA 1QULA 1NH7A 1SW4A 4RPNA 4THIA 3CFXA 4EQ7A 5CRYA 3K1MA 4XIGQ 2D21A 2V25A 1FTJA 4ZZEA 4YKJA 3TCHA 4IGRA 3W15C 1USYH 1XC1A 1NNFA 4G8HA 3TMGA 4U21A 1DPPA 2XX8A 3C34A 1QUIA 1RYXA 4FATA 4F2QA 1ZIUA 5JK4A 3PPNA 3SESA 1N7WA 2H99A 3CSGA 2PT1A 4U1OA 4ND9A 4DCXA 4KCDA 3QK6A 3HHGA 4WEDA 3MJNA 3N6UA 1Y4TA 3Q27A 4R9FA 2O1LA 5TP9B 1PB7A 1TT1A 3KOTA 2PBWA 4IO5A 5ITOA 3EPEA 2R9JA 1R1NA 1FTMA 2QS4A 1BKAA 4MF3A 3BKIB 2I0BA 4RK2A 2HEUA 4OFJA 2Z23A 4F3PA 1QVSA 1MQHA 1FQFA 3FJMA 3QYTA 4KYEA 2PVUA 4C1TA 3HV1A 3H06B 3UP9A 3IOWA 4RK9A 3VDFA 1DOTA 3B6TA 4Q0CA 3I5OA 2XXTA 3VE1B 1UTHB 4LZ5A 3PGFA 3PUWE 1MH3A 1LB8A 3OO9A 3ZKKA 1QKBA 2H5YA 1LLSA 4YZZA 5I84A 1B4ZA 4YB7A 3TQWA 1D9VA 4Z0IA 1PB9A 3UA8A 4G8MA 1MM6A 4PQJA 2F8DA 2RINA 4GF8A 3B6QA 1EZ9A 5DT6A 1NFTA 1DPEA 1Y9UA 2DSFA 2ANJA 2GHAA 4RA1A 2Z8FA 3W9VA 3VVFA 2HQ0A 2XXUA 3MBPA 1PB8A 1SVXB 4C0RA 1OMPA 1IUDA 1JETA 2P0SA 1SDXA 1USYE 1GV8A 3SETA 3U92A 1B05A 2H98A 1Q1KA 1M5EA 1Q35A 1NMUA 2PMSA 4R2FA 4U4XA 1OLAA 4OWDA 4O3BA 1VE4A 2G93A 1XVYA 4KFQA 1LFGA 2I48A 2DE3A 1SW2A 3SEXA 3IJXB 2HAUA 3HPIA 4TQUQ 2QSXA 2YJPA 4K3FA 1PC3A 3A09A 4NEDA 3S9NC 3QUJA 2KLFA 2V84A 4OESA 1ZBMA 1XVXA 5IKBA 5I57B 4IO7A 3TYHA 2V93A 1H44A 3K01A 1B6HA 4IO6A 2UVGA 3O29A 5I2KA 1LAGE 4XKRA 5DTBA 2CZLA 4QHQA 3SERA 1JW4A 4HS7A 1NNTA 3OENA 4OQOA 5H8NA 4DLDA 1Y1MA 4HTGA 3O2AA 4O3AA 1B0HA 2QS1A 3T9VA 2HXWA 3K2DA 3ZS6A 1EZOA 2ZNTA 4M1VA 4ZE9A 1IQ7A 3TUSA 1N7XA 4U2RA 4LQ2A 3IOTA 4GWOA 4BDMA 3A3CA 4QSCA 4NTLA 3R6UA 4BDRA 3LSFB 3ILUB 4F39A 2NUVA 4P0GA 3SDFA 1D9YA 4R9GA 4I62A 3O97A 1GR2A 4HCYA 2DOJA 3N94A 3M3FA 5K2YA 5AA2A 3LC8A 5BUUA 1MDP1 4YB6A 3UN6A 3IR1A 1LFIA 1B3LA 1FTKA 4L17A 2NWJA 3QXMA 5LOMA 4PETA 1US5A 4MFIA 1GVCA 3UIFA 1FQEA 3PUXE 1B7ZA 1QKAA 1VFEA 3MWBA 3WAEA 3I3VA 1MXXA 3BFTA 1BTJA 3IO4A 4N07A 2REJA 4F3SA 4R74A 1BIYA 1PBPA 2O51A 3QSLA 4LUBA 2O84X 3RLFE 4UA8A 2O69A 2RKMA 4NF4A 3SEYA 2ZXTA 2P1SA 3V83A 4OZ9A 5AE4A 5EHMA 3V5AA 2M8CA 3HHFA 1YAEA 2DP8A 1MXYA 3IO6A 3K1NA 4EF1A 3IL1B 4UACA 4GL0A 3G3HA 3N26A 3TFLA 3CG1A 1JVYA 3C9HA 3PD8A 1Y3PA 4JSOA 1URSA 2IA4A 5CC2A 1JW1A 3IOVA 1B3HA 1SBPA 1M5DA 4KQPA 2F6GA 2Q88A 4NWDA 5H8HA 3GLBA 4G68A 1NH8A 3K6WA 4LQ5A 3D4GA 2F7BA 3B6WA 3MZBA 4FECA 3TKDA 4OEVA 3MZ9A 4H0WA 4R6YA 2X26A 1GTKA 3OOAA 2D5WA 1MH4A 1OQHA 3RN8A 1AH5A 1AMFA 2DE4A 2DWAA 2YPNA 3SEWA 3MQ9A 2OCUA 1OVBA 4G2ZA 1JW5A 1O63A 1O7TA 1IXIA 3E9XA 3TDJA 1DMBA 5A5XA 2HFBA 4ZECA 5EHSA 2R6GE 1B1XA 3FVKA 3M3KA 2AL5A 2QS2A 1H3DA 3UK4A 3KJ7A 2HZLA 5TPAA 2Q9TA 1UQWA 4PP0A 4WKMA 4LATA 3HCQA 2AYSA 1LAFE 3FJGA 2FYIA 5ITPA 2VD2A 3ZSFA 4WXJA 2E1SA 3GBAA 4WEPA 3TTKA 1H76A 5BWJA 3K0VA 3LSLA 4HCWA 1H45A 3EN3A 3FD3A 2O68A 4X9TA 1P1OA 2ZYNA 2REGA 1N3XA 1B5IA 2XXIA 4H5FA 4LZ8A 3MW0A 1FQAA 1FCKA 4P11A 1NNPA 3PPPA 1URGA 4BDQA 2ZNUA 1A99A 3OEMA 5DVFA 1NKXA 4LZ7A 4EF2A 4YU0A 1POY1 5H8SA 1BP5A 1A8EA 2V3TA 1B1HA 1ANFA 1ZJLA 1VFDA 3Q26A 5HBCA 3EHTA 3F11A 2HZKA 3P7IA 3H6VA 2I6EA 3IORA 1Y4CA 3HSTA 4Q8RA 4FJPA 2I49A 3G3KA 3N5LA 3H7MA 2THIA 4GL8A 4GOTA 4NF5A 4KI0E 3C36A 4N6PA 3IB0A 4GLIA 4XXUA 1N04A 2YLNA 1DSNA 4H1XA 1OVTA 4XKQA 4BLAA 1T0KA 3OELA 1RKMA 5CBSA 3C35A 1SYIA 1GGGA 2B3BA 1P99A 3DLNA 3K02A 2RC8A 5TU0A 4QF9A 2D3IA 1AIVA 5H8QA 1POTA 2O1MA 3KG2A 1R9LA 4YMAA 2QMXA 1B5JA 1US4A 3O28A 4X48A 4LONB 1LGBC 5I56A 3O9PA 4IB2A 4QFLA 4IO3A 5CBRA 1S9TA 2A5SA 2B3FA 4G4PA 2I0CA 5M2VA 3PMVA 1SW5A 4ESWA 3IB2A 3UGWA 1B58A 1I69A 1B9JA 1LCTA 1MPCA 2F97A 3VVEA 4F3BA 1MQDA 3DELB 4BDLA 5I59A 3TTNA 3L6HA 3PMXA 3DM0A 1ATGA 3OEKA 4QSEA 2RF1A 4DIGA 3DP4A 3FXUA 3KSJA 2QL3A 4KPTA 3MP8A 1Y20A 3H03A 3H6WA 1MY3A 1Y3QA 4YICA 3PPQA 4XKPA 1B3FA 2DWJA 4JDFA 5AA4B 3FV1A 3RY3A 3CVGA 3OSRA 3SEVA 5K2XA 2DQVA 1PDAA 3KN7A 2XX7A 4G68C 4IY6A 2OWSA 5DYHA 5AA2B 1MQGA 4KYSA 3V8XB 4KD5A 3BFUA 4RPOA 3T9HB 4JXIA 1YTVA 3E3KA 3S9EA 3TCGA 3OMBA 2Z22A 3T22A 4ELOA 4OYVA 2F78A 4JWOA 4U22A 2XXPA 2V3QA 3GZGA 2ZYOA 1O64A 2GH9A 1II5A 1B7HA 2W7YA 5JEIA 4RYAA 5HPQA 5AA1A 1SD3A 1DTGA 1B46A 1HSJA 4H5GA 4I8CA 3FXRA 4NMYA 2DWHA 3TAJA 3RQTA 4JB7A 2XHDA 4KR5A 2ALUA 3L6GA 4EDPA 4N13A 3C33A 1MXZA 1JQFA 3AXFA 1F9BA 2ZYMA 5DEXB 2XXYA 3SEUA 2QJEA 2I4CA 1P1QA 2XD3A 5CMBA 4R73A 3MP1A 5IAIA 3MPLA 3K6UA 3FATA 3MZ1A 5I58B 1ZKBA 4PE5B 4ESXA 4F1UA 1NL5A 1M5CA 3JZJA 1QUKA 4DZ1A 4ONYA 1FQBA 4OTEA 3M3LA 2VP1A 4H6DA 3ILTB 4XKNA 4G68B 4F1YA 2QS3A 4NE4A 3MVZA 2ONRA 1UTBA 4F3GA 4X1BA 3TTLA 1MQIA 1P1WA 2QMWA 3TTRA 3I6VA 1A40A 5DVJA 1B40A 3KN3A 5KZTA 3PMWA 3S4UA 3LR1A 3RPWA 5A5XB 3T96B 4C1UA 2AL4A 1MY2A 3C32A 4GQOA 4QFOA 1IIWA 3ODBA 1Y1ZA 5I2NA 5H8FA 2ONKE 4YMBA 3TCFA 1HSEA 1EZPA 5TPAB 1FQCA 2HCAA 3GBBA 4PFUA 3LSWA 2NXOA 3H4ZA 1TWYA 3ZKLA 3MAMA 3VFJA 1B3GA 3JV9A 2CMOA 2OBGA 4OHNA 3FASA 2Y7IA 3IB1A 3T9XB 3C31A 4LVQA 1YPNA 1N0TA 3CG3A 2XXVA 1SI1A 3D4CA 4JBZA 1B5HA 3IJOB 1YCJA 2DVCA 4RXLA 4R6KA 4U4SA 4OFOA 3CFLA 3FGSA 2HAVA 4KYDA 4OXVA 1PEBA 2ZNSA 1XHYA 2ONSA 2OWTA 1N3WA 5L9OA 4IGTA 4F29A 1I6QA 1FQDA 2OK2A 2F34A 4QFKA 4OFLA 2DS9A 2X7PA 1MDQA 3DP6A 4ELPA 1TXFA 3FVOA 4ZEIA 1OLCA 4NF8A 4POWA 5DVIA 4KCCA 3OSQA 4LA9A 3VLUA 1B4HA 5FHOA 3THIA 1SQYA 3JYRA 2DE2A 3TODA 1MXWA 3IOUA 3ONMA 3U1OA 4F22A 4OENA 5CM6A 3R26A 2O6AA 2OLBA 1QW0A 3A3UA 4F19A 5ELVA 2XXQA 4FE8A 3R7XA 2VGQA 3KGCA 3OO7A 2ZYKA 4ZEBA 2Q2AA 1SYHA 2ESNA 4MLVA 4EQ9A 3FXQA 4JWXA 1LBBA 4F2OA 2G29A 2LAOA 5JTYA 4PFWA 3TTMA 2XXWA 3USDA 5B7DA 4H65A 3ECRA 1JVXA 4Z7EA 3VXCA 2VD3A 4ZEDA 4M4GA 3IK6B 2Z8DA 3PD9A 5HM4B 3KEIA 4BDOA 5I56B 2GRVA 5L9SA 2Q2CA 1JEVA 1ZLQA 1B3EA 3CSBA 3T66A 4MLQA 4F18A 5F7VA 1DTZA 3G7WA 4ZDMA 3PUZE 3O6HA 1FW0A 2XXXA 2F6PA 4TOZA 3E13X 2RCBA 1FTOA 1RYOA 3MC2A 2F5XA 1WDNA 3S2VA 5CMMA 3PUYE 5ISUA 5I59B 4NWCA 3MP6A 4QSDA 5B70A 5KDTA 4GD5A 2O7UA 5CMKA 2A5TA 4AB5A 5FTIA 4LP2B 5AA3A 3RT8A 3QIMA 3S9MC 3T93B 1FTLA 1CE2A 1URDA 3K00A 4QRZA 4TLMB 3PPRA 5KCJA 2GHBA 3FUZA 3K6XA 1B32A 1P1UA 4GIZA 3TZAA 1XOCA 1MY4A 3RGYA 1LAHE 4JSDA 4ZEFA 2Y7WA 1A7LA 4G8NA 1XS5A 4TLLB 1JNFA 3TQLA 1LBCA 4GXAA 3KSXA 4YB5A 3U94A 1XT8A 5CI5A 1L5TA 3KZGA 2DXRA 3BBRA 4POXA 4Q5TA 5CMCA 3E4RA 4DE8A 1NNKA 2F7AA 2XD2A 2UVJA 3G3IA 4NF6A 5J1DA 3KN8A 3H6UA 3FJ7A 1M5BA 4BDNA 4H8JA 4H8IA 2Y7KA 1D3KA 3U8QA 4DCYA 2BJJX 3M8UA 3O6IA 4IY5A 1SW1A 3KBRA 4GFRA 1B0LA 2QRYA 3N6TA 5I2KB 4E0WA 4YKKA 2FNCA 3EHSA 2I58A 4ZS9A 2NOOA 4DXBA 4XTCQ 5H8NB 3OO8A 1IXHA 3RTWB 3O6GA 1JEUA 3W9WA 3G3FA 3WAFA 4PFTA 2XXHA 1QJMA 3TELA 1OQGA 3KOSA 3S9LC 2PX1A 4RY1A 5TP9A 2E0SA 1SI0A 1MQJA 2Q8JA 2RCAA 3LSXA 3MPKA 3LBSA 3FIRA 1LB9A 3PUVE 2I3WA 4IO4A 5ICTA 1A54A 3CIJA 2X7QA 1CB6A 3MVYA 4YKIA 4Q30B 3K6VA 1UTBB 2PT2A 3O66A 4PFYA 3TPAA 1MPBA 3VVDA 3UORA 4ZZAA 1AL3A 3CR9A 1VR5A 4IO2A 2Y84A 2IEEA 2RC9A 3KJTA 1HSLA 1B51A 2F7CA 2O7IA 1WVJA 2UVHA 3PV0E 4RNSA 4U23A 5I2NB 1UTHA 5H8FB 3HN0A 4OEUA 4FIMA 1KWHA 1ZTYA 2UXAA 2H9BA 2Y7RA 4OETA 3B7DA 3CI8A 2OZZA 1M5FA 1IEJA 2QPQA 4NF4B 3Q29A 2I4BA 4KHZE 3MVWA 3T9UA 1UIUA 3RUMA 3VLVA 1QUJA 4YKPA 4OERA 3PU5A 4I9DA 1OIBA 2Z8EA 4O3CA 3TEPA 4RJZA 2PYYA 1BLFA 1LCFA 3U72A 1LAXA 1Z7ME 3U93A 4EUOA 1MM7A 5F1QA 1IXCA 3VV5A 1WODA 4ZEKA 1IXGA 1VSOA 2DYXA 3Q25A 2I3VA 2ZMBA 3FVGA 1EH3A 3CRBA 4X1DA 5FTHA 5H8HB 3G3GA 4P0IA 2RC7A 1R9QA 1TFDA 1P1NA 3HO7A 1A55A 4HW8A 5L9MA 4MH5A 3RNNA 3VLWA 1J1NA 5AA4A 2ABHA 4F1VA 4GXSB 4QFNA 2F35A 4U1ZA 1TFAA 3MVXA 5L8DA 2H25A 2Q89A 4NF8B 3OD7A 5AA2D 3K1PA 4MBPA 3FVNA 5EYFA 1MPDA 4F31B 4ECFA 4R75A 4DXCA 1R6ZA 3RT6B 3QUFA 3OO6A 4R6HA 4G77A 2WKYA 4OMBA 1I6BA 4FORA 2VOZA 3H3GA 2DWIA 1ZMGA 4ISUA 4H67A 3CFZA 4FAJA 5I57A 1D4NA 5JTYB 4EQBA 1ELJA 2NVUB 1MRPA 1MXUA 3OXNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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