2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
4DCYA 1B3EA 5DYHA 3OO7A 1B5JA 4RK2A 4N07A 1MDP1 3T93B 3I3VA 3QUFA 4H65A 2B65A 2PMSA 3MQ9A 5L8DA 1JNFA 3O66A 5H8QB 1ZKBA 5FHNA 3U8QA 4QF9A 1MPCA 2REJA 2P1SA 2XXPA 2KLFA 4KHZE 3G3GA 1DTZA 2CMOA 4F3PA 1EZ9A 2Q2CA 4ZE9A 1B2HA 3LR1A 2R71A 5H8NB 1GVCA 4Q8RA 3V5AA 5CI5A 3Q28A 2QJEA 3OEMA 5CMCA 1MQGA 3I5OA 2Z23A 1MXUA 1XOCA 3GBBA 1LB9A 2UXAA 2NVUB 5ICTA 3S4UA 2XD2A 5LOMA 4RXLA 2YJPA 1ELJA 3MVWA 1ZMGA 3CSGA 4OEVA 2QMXA 3TKDA 3OSRA 2DVZA 2Y7IA 4XXUA 5FHMA 4BDQA 4OMBA 4AQ4A 1S50A 5H8FA 2OCUA 4GOTA 4GQOA 1LCTA 4KI0E 1FTOA 1DOTA 2A5SA 5AA2D 3V8XB 2HCAA 4G8NA 5KCJA 5M2VA 1BTJA 3G3JA 2G93A 2REGA 1PBPA 1B1HA 3PPRA 3C32A 1MXYA 3QYTA 1MY3A 1B4ZA 1TFAA 1MM7A 4DCXA 2QRYA 2ONSA 2O6AA 2GH9A 1M5BA 3SEVA 4OFLA 3Q27A 5AE4A 3E3KA 3O9PA 4PFWA 1OLAA 4KCCA 2Y7RA 3KOTA 2XX8A 1OVBA 1FQCA 1P1NA 2V25A 1NL5A 4EXKA 2O69A 2XHDA 2XX7A 4EQBA 4FECA 1F9BA 1B4HA 3RTFB 5EYFA 4R72A 2ZYMA 3CG3A 3OD7A 4R75A 3BBRA 3TTRA 2A5TB 1MXZA 2I48A 3OOAA 1TFDA 3QK6A 1B40A 3VLVA 4PE5B 2DYXA 3SESA 1B58A 3A09A 3IAZA 1QUIA 1IIWA 2RF1A 1XVXA 1PB9A 4PETA 1RYOA 5TP9A 5AA2A 3N26A 1US4A 4BLAA 1LSTA 1XT8A 4XKPA 4R9GA 3QXMA 5CMBA 4P0GA 4YMAA 4GFRA 3VE1B 1N04A 1B5IA 1B3GA 5AA4A 3K6UA 1EU8A 4MBPA 4H67A 4R74A 1USYH 3T66A 2GRVA 2PBWA 3CRBA 3IB0A 1AH5A 1MQJA 5I58B 3KZGA 2VP1A 1Y3QA 3ILUB 3VLWA 2I58A 4FEDA 3PV0E 3HCQA 2Q2AA 2V93A 3ONMA 1SI0A 1SDXA 3H4ZA 3M3KA 4RK9A 4O3CA 2H25A 5DT6A 5DVIA 4BDLA 3H7MA 2F35A 3VXCA 4UACA 5K2YA 4TLLB 4R6HA 2OWTA 2IEEA 1AL3A 2XX9A 2BJJX 4JSOA 3TTKA 4IO6A 3Q25A 2HEUA 2QS4A 4LATA 4ESXA 4F29A 3OELA 3K4UA 4G68C 3MAMA 2O84X 4BDMA 5HM4B 1Y20A 1B51A 4FAJA 4U22A 5AA3A 4NF6A 3MC2A 2H9BA 3SERA 2DWIA 4DE8A 2ZYKA 2V84A 3F11A 4LP2B 3FGSA 1B46A 1FQBA 3D4CA 1MPBA 1A55A 1Q1KA 3MVXA 1GTKA 1URGA 5H8FB 1N84A 1JW1A 2ANJA 4AB6A 4JWOA 2XXWA 5I2KA 3UP9A 4I9DA 1B3LA 3MVYA 1UTBA 4RNSA 2O1LA 5KCJB 1IUDA 1BIYA 3IR1A 2Y84A 4DXUA 5CMKA 1B6HA 4QRZA 3SEYA 4H8JA 2PX1A 2ONKE 3K1NA 4N6PA 3FVGA 1VR5A 4YMBA 2OJTA 4LQ2A 2Y7WA 3IB1A 4Q5TA 5JEIA 3G3FA 4QSDA 3FJGA 2F7CA 4JWYA 4ZEDA 1JVXA 1YPNA 4QFNA 4R6YA 4KYSA 1GR2A 2ZNSA 3MZ9A 4IB2A 1BKAA 2RCAA 1RKMA 3EPEA 1A7LA 5F1QA 1SW2A 1Q35A 3CFXA 2HZLA 4OEUA 1Z7ME 3TODA 3OO6A 3V83A 3K6VA 1ZIUA 3VVEA 3PPPA 5B70A 4OHNA 3FZVA 4TLMB 3KOSA 2XD3A 1LFGA 3CVGA 1WVJA 3PPNA 3C9HA 2DXYA 4GF8A 2HXWA 4ELPA 3E9XA 1R1NA 3IL1B 2QS3A 5TU0A 4IO3A 2UVIA 2QS2A 1FTKA 3PPOA 5TP9B 3RN8A 4G4PA 1XS5A 1GV8A 3T9UA 4DXBA 2DE4A 5AA2B 1ZLQA 1JETA 2XXRA 2DE2A 3VVDA 4HS7A 4EQ9A 4IGTA 3H6VA 3IO6A 5AA4B 4FATA 1MY0A 3LC8A 1MY2A 2F8DA 2DP8A 2NXOA 3KN7A 3W15C 4NE4A 4NMYA 3KN3A 2R9JA 1VFEA 4NF5A 2E1SA 3FXQA 3IX1A 2F7AA 1J1NA 3E4RA 4H1XA 3QAXA 3HHFA 1IXCA 3JZJA 1LFHA 1Y1MA 3D4GA 1YCJA 2XXXA 3OENA 3T9XB 5L9SA 1H76A 4BDNA 1MH3A 2DSFA 4RJZA 1PC3A 1P99A 3EHSA 2ZMBA 1I69A 4C1TA 3SEUA 1MQHA 2YLNA 2Y7PA 3VLUA 2FA7A 3UA8A 4F1UA 3EQ1A 2NUVA 4LZ7A 1SW4A 1II5A 4HW8A 2XXVA 4X1DA 4IGRA 1IZ1A 1NNFA 4WXJA 5IAIA 3P7IA 1IXGA 4EXLA 3RQTA 5DEXA 4NF6B 4JSDA 4QSEA 3EN3A 2H98A 1QULA 1H43A 4YB5A 3A3CA 4OZ9A 3SETA 1OVTA 4NWDA 2OZZA 4OESA 3V89B 3OMBA 3N5LA 4JBZA 1FW0A 1Y1ZA 4POXA 1MXVA 4KYEA 1R9QA 4KCDA 4ELOA 2RC9A 1POTA 4XKRA 3RLFE 5I2KB 1POY1 1B0HA 3FVNA 4PQJA 2PYYA 1UTBB 5JK4A 1IXIA 4ESWA 1CE2A 5I84A 4LA9A 1FQDA 3K00A 4LVQA 2I4CA 4I8CA 3UIFA 4RYAA 4MLQA 1QUKA 1P1QA 1URSA 4JWXA 4X1BA 4ZEKA 1B7HA 1MDQA 1D9YA 1A8FA 3K02A 1RYXA 1UIUA 3HSTA 2QSXA 5TPAA 2XXUA 1FQFA 2RKMA 4UA8A 5ITOA 2I3WA 4QFLA 2UVGA 2D3IA 4DIGA 3M8UA 3T9VA 1P1OA 4H6DA 2VHAA 2G29A 3OXNA 4HCWA 3BFTA 2AIXA 5CMMA 1PB7A 2NOOA 3KBRA 3WAEA 4F3GA 3LSFB 1DMBA 4IO4A 3IJOB 2XXYA 1DPPA 1OIBA 4H5GA 4ZEBA 3FXUA 4OFJA 5BWJA 3VVFA 3MP6A 3HPIA 4MF3A 4ZE8A 2DVCA 3U72A 3WAFA 2I4BA 2VGQA 4XKNA 4TQUQ 2I3VA 1ZBMA 4O3BA 2I0BA 2X7PA 1JW5A 4YICA 4U23A 1TWYA 3KSXA 4NF8A 2ZXTA 3N6TA 4C0RA 3O6IA 3SEWA 1OQHA 4QSCA 4LUBA 1SYHA 2AL4A 3ZKKA 4GRKA 4F31B 1O63A 4EF2A 3ZS6A 5F7VA 4MH5A 2UYEA 3EHTA 4PFYA 1A54A 2OK2A 4GVOA 1UTHB 3ZKLA 3FV2A 3T22A 4NF5B 5ISUA 1BP5A 2Q8JA 3C34A 3S9EA 1FQAA 2RCBA 3C31A 2PT2A 4THIA 1T0KA 4DLDA 4YKJA 3FVKA 3KG2A 4ZZEA 1R9LA 2XXIA 1SBPA 2WKYA 4RY1A 2LAOA 3TQLA 5ICQA 3IOTA 4YKPA 1LB8A 4KR5A 2DQVA 3CFLA 1MPDA 2Q88A 3H03A 5DVFA 1D9VA 4XKQA 2PVUA 4DXCA 3G3HA 4U1ZA 1B5HA 2W7YA 1IEJA 5J1DA 3L6GA 3HO7A 3L6HA 3PU5A 2HAUA 2I0CA 4R9FA 2F6PA 3R7XA 1URDA 3KN8A 1D4NA 1YAEA 1LGBC 3IK6B 5DEXB 3BFUA 3THIA 1MXXA 3PUVE 2VD2A 4E0WA 2FNCA 5CRYA 4M4GA 3UK4A 2F7BA 1Z7NE 4G8MA 5EHSA 4YAHX 2CZLA 2RC7A 1AIVA 4NTLA 4P11A 1A40A 1FTJA 3N94A 4ISUA 3LBSA 5DVJA 1HSEA 5K2XA 3SDFA 1SI1A 4YKIA 1M5CA 2ZNUA 2F6GA 3LSWA 3TTLA 3QIMA 5I2NA 1B52A 4U21A 4EDPA 3PMXA 2XXQA 4NWCA 3LSLA 1LBCA 2ONRA 1B0LA 3U92A 1LAFE 2UVHA 4LZ8A 3DELB 3ILTB 1NMUA 1NNTA 2RC8A 3O28A 4F39A 2R6GE 1QUJA 4AB5A 3TMGA 5TPAB 2H5YA 3FIRA 3TCGA 4IY5A 1GGGA 3Q26A 1AMFA 3TUSA 4ZEIA 4ONYA 3H6WA 4NF4A 2O51A 4ECFA 4JXIA 2V3UA 3QSLA 2F34A 4H0WA 4MFIA 3GZGA 2Z8EA 1ANFA 3FATA 4F19A 5ITPA 1P1UA 2ALUA 5CM6A 1JVYA 2NWJA 4TOZA 2THIA 3TTNA 2FYIA 3R6UA 2M8CA 1O7TA 1MH4A 1JEUA 3IO4A 1NFTA 2HQ0A 3S9NC 4OVJA 1QKBA 1MY4A 2QMWA 4MLVA 1MY1A 4GL0A 1ZJLA 3UN6A 3HV1A 4GL8A 2DWHA 4I62A 4NF8B 3IOUA 4IO5A 5I59A 4WEPA 4R2BA 1Y3PA 1IXHA 1UTHA 4IO7A 5JTYA 1XC1A 2DXRA 4WKMA 4GWOA 5CC2A 3TELA 4ELRA 1UIVA 4OTEA 3B7DA 3MP1A 3H6UA 1TXFA 3H6TA 2UVJA 2HZKA 3U93A 4N13A 2F5XA 4IY6A 3VDFA 4QHQA 3ZSFA 4DDDA 3OSQA 3R26A 3TQWA 3C33A 2IA4A 1LFIA 4G2ZA 2P2AA 4G8HA 2F97A 3DP6A 3HHGA 1JQFA 2Q9TA 3T9HB 1WDNA 1VFDA 5H8HA 2OWSA 2Y7KA 4OETA 3B6WA 4QFPA 3S9LC 4YB6A 4P0IA 1IITA 3MVZA 3K01A 3MJNA 3EHUA 3JYRA 5KZTA 1N76A 3UORA 3VXBA 3OO8A 5A5XA 4LZ5A 4LQ5A 1PB8A 2H99A 4FORA 2GHAA 4BDOA 4FE8A 3I6VA 4X48A 3KEIA 1YTVA 2V3TA 3EF7A 1N7XA 3ODBA 1L5TA 1DPEA 4FIMA 4G68A 4F2QA 4POWA 2YPNA 1B7UA 3N6UA 3PD9A 4Q30B 4KYDA 1M5DA 3S9MC 4JDFA 4GXAA 1M5EA 1PBQA 4F1VA 2Z8FA 1USYE 2P0SA 1PEBA 4GXSB 5BUUA 3CIJA 1KWHA 2I49A 2B3FA 3B6QA 3RT8A 4BDRA 1NNKA 1WODA 4ZS9A 1Y9UA 4OENA 2ESNA 3USDA 3H06B 1QVSA 3G3KA 4ZDMA 5I56A 4G77A 4XTCQ 4ZZAA 4FEBA 1R6ZA 2F36A 1EH3A 3H3GA 4EQ7A 1LAXA 3K6XA 3M3FA 2Z8DA 1DSNA 3PPQA 4R73A 5I2NB 1LCFA 4Q0CA 5DTBA 4GLIA 3RTWB 1SQYA 3CG1A 2X26A 1FQEA 2XXHA 3K1MA 4ND9A 3HN0A 3TZAA 1H44A 1P1WA 2AYSA 3UGWA 3QUJA 1QW0A 2AL5A 2XXTA 3RNNA 2ZYNA 1B3HA 4F3SA 3GXAA 3SKPA 3FV1A 3S2VA 2Q89A 5KDTA 2OLBA 3PD8A 1A8EA 4C1UA 3OO9A 1N3WA 1ATGA 1NKXA 3PUWE 4ZECA 1H3DA 4NF4B 1XHYA 3GBAA 4YU0A 2F78A 3VV5A 3PMWA 3O6HA 3W9VA 2QL3A 1ZTYA 1O64A 3LSXA 3FJMA 3AXFA 2O68A 5I57B 3M3LA 4DZ1A 5AA1A 3CR9A 3KGCA 5FHOA 1N7WA 4M1VA 1DTGA 5EHMA 2OBGA 1SW5A 3RUMA 4GD5A 1H45A 5CBSA 2DOJA 1S9TA 1QJMA 5FTIA 3MZBA 4FJPA 4YZZA 4U4SA 1D3KA 2HAVA 3FXRA 1AOVA 1MG1A 2H4IA 2DWAA 4XIGQ 1LAGE 1QKAA 1PDAA 4RA1A 3RPWA 3KJTA 4F22A 1SW1A 5I59B 4PFTA 3VFJA 4F3BA 2QS1A 4I1DA 5JTYB 4KD5A 3C4MA 1SD3A 3BKIB 3E13X 3MPLA 3DP8A 3IORA 4RPOA 1MQIA 2Z22A 4Z7EA 4RPNA 1OLCA 2HFBA 4X9TA 4L17A 3TTMA 4GIZA 3TYHA 3OEKA 2D5WA 1SVXB 4YKKA 5H8QA 1OMPA 3K0VA 1NH8A 5HBCA 1CB6A 1B05A 1N3XA 2GHBA 2D21A 2QPQA 4O3AA 1EZOA 5H8HB 4KQPA 5L9MA 3RGYA 5H8NA 3TCFA 1B32A 1VSOA 1JW4A 4OQOA 3G7WA 3B6TA 4EUOA 4F18A 1FTLA 5A5XB 3MBPA 3SEXA 4R6KA 1FCKA 3ECRA 3O6GA 1VE4A 1HSJA 2ZYOA 4OYVA 1B1XA 3TFLA 4U2RA 4HTGA 4F1YA 4NEDA 3IOVA 4G68B 5CBRA 4OXVA 3CSBA 3K1PA 2ZNTA 1US5A 3C36A 4PP0A 4WEDA 3DM0A 2V3QA 4YB7A 1B9JA 3LUYA 2DS9A 1B7ZA 1OQGA 3KSJA 3MW0A 4PFUA 2B3BA 4HCYA 3GLBA 1IQ7A 3O2AA 5ELVA 5I56B 2GFEA 1MM6A 1NH7A 1MXWA 3CI8A 2I6EA 2E0SA 2DWJA 2O1MA 3G3IA 3A3UA 3Q29A 3K2DA 2RINA 1ZU0A 4H5FA 5L9OA 1TT1A 3O29A 1I6QA 1BLFA 5HPQA 1Y3NA 2PT1A 4KFQA 3FUZA 2DE3A 2VOZA 1A99A 4F2OA 3FASA 4IO2A 1HSLA 3W9WA 1Y4CA 4QFKA 3IB2A 4E0XA 3PUYE 3DLNA 3PMVA 4ELQA 3PUXE 1SYIA 4KPTA 3PUZE 3DP4A 1I6BA 3RY3A 1EZPA 1I6AA 1M5FA 2A5TA 5KDTB 3MZ1A 3U1OA 3TPAA 5FTHA 3MWBA 4EF1A 4U1OA 3U94A 4OWDA 3C35A 5B7DA 3FVOA 1B3FA 5I57A 4QFOA 3O97A 3MP8A 2ABHA 3TDJA 3IOWA 3MUQA 3CFZA 3KFMA 3JV9A 3TEPA 1LBBA 1UQWA 3KJ7A 4OERA 3IJXB 3T96B 3MPKA 3TAJA 1MS7A 1XVYA 4JB7A 3FD3A 3TCHA 1NNPA 3K6WA 1S7YA 3FJ7A 1N0TA 2O7IA 5H8SA 4H8IA 1Y4TA 3PGFA 3RT6B 4K3FA 4LONB 4Z0IA 2VD3A 2X7QA 4R2FA 1LLSA 5I58A 4OFOA 1MQDA 5IKBA 4ZEFA 2UYFA 1JEVA 1LAHE 2O7UA 4U4XA 1FTMA 1MRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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