2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
4LP2B 1SD3A 3D4CA 4U1OA 3QYTA 2HQ0A 4NMYA 3C31A 3EQ1A 2IA4A 2ZMBA 3FJ7A 3PPOA 3KGCA 3SERA 3RQTA 2Y7KA 4GFRA 3KBRA 3S4UA 3TKDA 3N26A 1LBBA 2ONKE 2F97A 1HSJA 1JQFA 5I58B 3G3KA 1Y3PA 3MZBA 3O9PA 2B3FA 4HCYA 3E13X 5EHSA 1SVXB 1USYH 2RC8A 1MXXA 1N3XA 4IY6A 3LR1A 2P2AA 5DT6A 4LONB 1TXFA 2XXVA 3IO4A 3VLUA 2M8CA 2V3UA 5A5XA 3ZKKA 3DP4A 5H8QA 3KG2A 2PT1A 2V93A 4NF8B 3MP1A 1BIYA 2YPNA 3E3KA 3MAMA 2XXWA 2LAOA 3RUMA 4U4SA 2AIXA 2HFBA 2O68A 2DYXA 3GZGA 4OERA 4F3GA 3PPQA 3KSXA 2QMWA 1B9JA 1SYHA 1QUKA 4KCDA 4TLLB 4EQBA 3VE1B 3H03A 2PYYA 2A5SA 2OCUA 3IO6A 1B2HA 2V25A 4KQPA 5L8DA 4R72A 4PE5B 1NFTA 4XTCQ 1H76A 1JEUA 4POWA 4IO2A 2VOZA 3RN8A 1FQFA 4EXKA 4MH5A 3PMWA 3RTFB 3M3LA 1Y4CA 4DIGA 2XXQA 4RK9A 4TQUQ 3IR1A 1OMPA 3ILUB 3FATA 4NF5B 2P1SA 4OVJA 1R1NA 2D3IA 4GLIA 2QRYA 3UORA 2XXXA 2RCAA 2V3TA 1MQDA 3MVWA 1URGA 1PC3A 1S9TA 3FJMA 5AA4B 5EYFA 5KCJA 4XKRA 2OWTA 4YB5A 5AA2D 2Z8FA 4JBZA 2VHAA 1WDNA 3KFMA 1AOVA 4KCCA 1IXHA 2GRVA 3HSTA 1O63A 1MPDA 4M4GA 1B6HA 3EHSA 5CBSA 1I69A 1JW4A 4PFYA 4QFOA 1SBPA 1AH5A 3PD9A 2QL3A 3W9WA 2Q2AA 4R75A 5I58A 3ONMA 1ZU0A 2UYEA 2WKYA 1OLAA 4OETA 1LFGA 3CG1A 4ND9A 2UVJA 3FVOA 4C0RA 4YU0A 3GBBA 4AQ4A 4P0IA 3PMXA 5CMBA 1VFDA 5I2KB 2ZNSA 1A8FA 3FGSA 1MQGA 2HZLA 2F36A 3B6WA 3C33A 3OO6A 4GWOA 1A99A 1BP5A 2I0BA 5HBCA 2DS9A 3TPAA 4QSEA 3VVDA 4F3BA 1VSOA 3PV0E 5HM4B 4OFLA 5IKBA 4BDOA 4NF8A 4BDQA 3TMGA 4JWYA 3K6VA 1MS7A 1UTHB 1SYIA 3IJXB 4ELRA 1NNTA 2DOJA 2E0SA 1MXZA 2ZNTA 1MPBA 3O28A 4NF6B 4JSOA 4LZ7A 2I3VA 2O7IA 3MQ9A 2X26A 4PFTA 1MY1A 1XC1A 3H6WA 4N6PA 5B70A 4G77A 4RXLA 2XD2A 1I6AA 3VDFA 4H65A 1Y3NA 4DXCA 4U22A 3TCHA 5ITOA 3OOAA 1MQHA 3GBAA 3TCFA 3G3GA 3VFJA 3QXMA 5AA3A 1FTOA 4THIA 3QIMA 2ESNA 4MFIA 4JWXA 3HHFA 3QUFA 4C1TA 4XKQA 5JTYB 5ISUA 4Q5TA 3FV1A 3CRBA 2Y7WA 4R6HA 3U93A 3M8UA 4LZ8A 3O6GA 4G8MA 1XT8A 2Q2CA 3V83A 4NF5A 1YPNA 1KWHA 3O66A 4H8IA 4EQ9A 4RYAA 3G7WA 4NWCA 5H8FB 1MXUA 3HV1A 3G3JA 3G3FA 3N6UA 5AA4A 3IOVA 4JSDA 4OQOA 3K02A 3V5AA 3V89B 4LATA 3TELA 3CVGA 4KYSA 5K2YA 1US4A 3TCGA 4ZZAA 5TP9B 1B32A 2G29A 5ICQA 2ONRA 3EHTA 2O1MA 3THIA 1II5A 1MDQA 2VGQA 1IUDA 4X1BA 3MP6A 1FQCA 4ZDMA 5J1DA 4XKNA 2RF1A 3W15C 4IO6A 4QF9A 4RA1A 1PEBA 1MG1A 3G3HA 1B7HA 3FXUA 5TPAB 2OWSA 4I1DA 2OZZA 1IXGA 4ISUA 5AE4A 4FORA 1O64A 2B65A 5I2KA 3KN8A 2R9JA 1PB8A 1IQ7A 4F39A 2PBWA 4Q0CA 3F11A 1M5CA 1MH4A 3PU5A 3S9EA 5I56B 2VD2A 1OIBA 1EH3A 2H25A 3C4MA 4FEDA 4HW8A 2ANJA 1OQHA 1NH7A 5ITPA 3T22A 4E0XA 4GD5A 3OO7A 1UTHA 1FTLA 1LAGE 2Y7PA 3N5LA 4R9GA 3BBRA 3EPEA 2GHBA 4GQOA 4NF6A 2I3WA 4NF4B 1BKAA 1B5IA 4X9TA 3H3GA 3K6XA 3S9MC 3TUSA 5FHOA 4OEVA 3OELA 1MXWA 2F7AA 2ZYMA 4R6KA 1WODA 4U4XA 2Q89A 4H67A 3R6UA 5CM6A 1GGGA 3IJOB 4GRKA 1B51A 5JEIA 1ZMGA 3A09A 1S7YA 1ZTYA 1NH8A 3KOSA 4F19A 2RC7A 1LB9A 1T0KA 4WEDA 4BDRA 4R6YA 3T96B 1A55A 1R6ZA 5JTYA 4WKMA 4QFPA 3RT8A 4YKIA 3PPRA 2DWAA 1TWYA 3PPNA 2DP8A 1XS5A 3UIFA 1LGBC 3HHGA 2RKMA 1R9QA 4O3BA 1LFIA 1MY3A 1NL5A 2D21A 4BLAA 1Z7NE 3U8QA 3OSRA 2RCBA 4XKPA 4F29A 5H8FA 4K3FA 2V84A 5L9OA 2HCAA 4ELQA 1XHYA 2F5XA 3KJTA 5CBRA 1QKAA 2THIA 3EF7A 4RPOA 3T9UA 4LQ5A 1B3EA 1JEVA 5L9MA 1B4HA 1HSLA 1LBCA 3ZSFA 3MC2A 3VLVA 4KFQA 5TP9A 2UVGA 1MQJA 1LLSA 3VLWA 1Z7ME 4U1ZA 4ZECA 3IOUA 1PB9A 2H4IA 2Y7IA 2DWHA 3SEVA 5TU0A 2QS3A 1PDAA 3CSGA 2F6PA 4H5GA 5TPAA 3PUVE 5DVFA 1IEJA 4EQ7A 3Q28A 2P0SA 2NUVA 4RY1A 3KN3A 2ONSA 2O7UA 3A3CA 1QKBA 1NKXA 3OEMA 5I56A 4MLVA 5EHMA 4YAHX 5L9SA 2IEEA 4GL8A 1VE4A 2DE2A 4DDDA 1B5HA 3QAXA 5AA1A 4G68C 1B7ZA 2F7CA 5FHNA 1H44A 4ZEKA 5F7VA 2OK2A 1YAEA 3IX1A 3Q27A 5I2NB 4NF4A 3SEWA 1B05A 3PUWE 2OLBA 3QSLA 2FNCA 3G3IA 2YJPA 3SETA 1LAFE 3U92A 1M5BA 4RPNA 4FE8A 2ALUA 3O97A 4OEUA 3RY3A 5FTHA 5CMKA 4JDFA 3PUYE 5FHMA 3UN6A 2BJJX 2H98A 2E1SA 4LA9A 2CZLA 3EHUA 3PUXE 2XHDA 1B52A 3B6QA 2QPQA 3PMVA 2UXAA 1ATGA 4DZ1A 2I4CA 3IK6B 2AL5A 2Q8JA 4GXSB 3JZJA 2QJEA 2XXYA 4KYDA 1MXYA 4P0GA 4KR5A 1JVXA 4ZEBA 4OYVA 3K6UA 3CFLA 3FD3A 3FIRA 3MJNA 3A3UA 3LUYA 4X48A 1UIVA 3H6UA 3I5OA 3UA8A 4C1UA 3LSWA 1AMFA 4F1UA 4YB6A 5DEXB 4H0WA 4R2BA 3BKIB 3ZS6A 3RTWB 2OJTA 3L6HA 5K2XA 3TTNA 4OHNA 2Z8EA 2R71A 1FTMA 3IOWA 1UIUA 1OVTA 3VV5A 4OESA 1P1QA 2XXTA 5B7DA 2I49A 1IXIA 1DPPA 1GR2A 5CMCA 4Z0IA 4QSDA 3OXNA 1N7WA 1SW1A 3TYHA 3CR9A 3HCQA 2HAUA 1H45A 2NWJA 1MY0A 1B0HA 1JW5A 1EZPA 3FUZA 2V3QA 4QHQA 1H43A 2PVUA 3IOTA 2DWJA 1Y4TA 4KD5A 1QULA 2I58A 4OFJA 4RNSA 1QUIA 1QUJA 1A54A 4U21A 4DCXA 1LCTA 2PX1A 2NVUB 4OWDA 3MW0A 2FYIA 3CSBA 5KDTB 4R74A 3FVNA 2QMXA 1O7TA 5I2NA 1B3FA 2OBGA 1TFAA 4FAJA 1H3DA 4FIMA 4LQ2A 2F6GA 3LSLA 4PETA 2A5TB 1ZIUA 3O6HA 4NE4A 1Q35A 4DE8A 1LB8A 1B1XA 3W9VA 1ZKBA 3TTKA 3USDA 4AB5A 2REGA 5CI5A 4EUOA 4ZEFA 4BDLA 1TFDA 4Q8RA 3H7MA 4ELPA 4F2QA 3VXBA 4NEDA 2REJA 4EF2A 4OFOA 1IIWA 1I6BA 3EN3A 4N07A 4OMBA 4YKKA 1XVYA 1I6QA 3TDJA 1DTZA 1ZLQA 4OENA 3H6TA 3RT6B 2QS2A 1P1NA 5I57A 2D5WA 4ESWA 1MQIA 1P1UA 4KI0E 4LUBA 4R2FA 3HPIA 3IB1A 4X1DA 3LSFB 4IO4A 3FASA 3SEXA 5LOMA 4Q30B 5BWJA 4FJPA 2H9BA 4DXBA 3B6TA 4WEPA 4QFNA 1M5DA 5DEXA 3CG3A 2YLNA 1JW1A 5JK4A 4I9DA 4XIGQ 3SEYA 3S9LC 3M3FA 1B46A 1MH3A 3OO8A 4WXJA 2ZNUA 4ZEDA 4GVOA 1UQWA 3H4ZA 4E0WA 2DVZA 4F2OA 3TTLA 3H06B 4G68B 4GOTA 2GH9A 1JETA 1A7LA 4IGRA 1D9VA 3B7DA 1B7UA 2R6GE 4YMBA 4R9FA 2PMSA 4KHZE 5CMMA 3TTMA 3FJGA 5I84A 4YKJA 3U94A 4RJZA 4F3PA 4IO7A 2Z23A 1D3KA 1PBQA 1B3GA 3DLNA 3OEKA 2VP1A 2X7PA 3DP6A 2QSXA 2F7BA 3K6WA 1PBPA 3T93B 1US5A 4LZ5A 3V8XB 3C35A 5KDTA 2I48A 3CIJA 4QRZA 1EZOA 1NNKA 3E9XA 4DCYA 2Y84A 4F1YA 2A5TA 2QS4A 4H6DA 3T66A 1SW4A 3SEUA 4FECA 3SDFA 2XXRA 3JV9A 4HCWA 3MPLA 2ZYOA 3SESA 4ESXA 1PB7A 4BDNA 1LAHE 2DXRA 4MF3A 1USYE 2Y7RA 3L6GA 4F3SA 2UYFA 3VVEA 3MWBA 4ZZEA 3DP8A 1A8EA 1DPEA 3PD8A 5IAIA 2XD3A 3Q26A 1Y9UA 5H8HB 1SDXA 3SKPA 1Y20A 1B3HA 4JWOA 2O51A 2RC9A 1EU8A 3KOTA 3ODBA 5DYHA 1FQDA 4G8NA 4KYEA 2Q88A 1MY4A 1RYOA 3K1MA 1LFHA 4F1VA 3ECRA 1IXCA 4PFUA 5H8SA 5HPQA 1LAXA 1SI1A 2B3BA 1UTBB 1OQGA 2HAVA 3RPWA 2VD3A 1L5TA 4L17A 3E4RA 1RKMA 1B58A 1SW2A 4HTGA 2NOOA 1AL3A 4G68A 1GV8A 4IO3A 3TTRA 4YB7A 3D4GA 2DE3A 4O3CA 3R7XA 4XXUA 3HO7A 4TOZA 1NMUA 3UK4A 1FQAA 4ECFA 3QUJA 3LC8A 2ZYNA 4NTLA 1N0TA 1A40A 4FATA 5BUUA 2F34A 4EF1A 2O1LA 1EZ9A 3ILTB 1P99A 2HXWA 4ZS9A 3K0VA 1QW0A 2Z22A 1VR5A 4IGTA 3N6TA 4PQJA 3N94A 1POY1 3C34A 2O84X 2QS1A 4GXAA 3S2VA 3H6VA 3QK6A 3VVFA 5I59B 4U23A 3MVYA 4ZE8A 3IORA 4GIZA 1MY2A 5H8NB 4YZZA 4GF8A 2XXUA 3C9HA 4MLQA 5DTBA 2GFEA 3K00A 4QFKA 1SW5A 4OZ9A 1NNPA 4F22A 3Q29A 4BDMA 3CFZA 3TAJA 2I0CA 3T9HB 1FTJA 4Z7EA 1B1HA 4QSCA 5I57B 3BFUA 2DXYA 4GL0A 3MVZA 2UVIA 3GLBA 3AXFA 5CC2A 5H8HA 3UP9A 1Y3QA 1FW0A 5KZTA 3KEIA 3MZ1A 3K2DA 3RLFE 5ICTA 1SI0A 4H8JA 1Y1ZA 2DE4A 4UA8A 1FTKA 1D9YA 3PGFA 3OD7A 1J1NA 5DVJA 4F18A 2I6EA 1B0LA 2HZKA 4O3AA 4POXA 1P1WA 4DXUA 2HEUA 2FA7A 1N3WA 1MPCA 2KLFA 4KPTA 1UTBA 1M5FA 4UACA 1MRPA 5ELVA 2GHAA 3UGWA 5DVIA 1QVSA 2UVHA 2H5YA 1S50A 1SQYA 3I6VA 1POTA 2ABHA 3LSXA 3TEPA 5FTIA 4ONYA 2I4BA 1JNFA 1BTJA 1DOTA 4R73A 1ZJLA 4ZEIA 1N7XA 1RYXA 1GTKA 1ANFA 3TQWA 3P7IA 3IB2A 1D4NA 4PP0A 1LCFA 1FCKA 4P11A 2Z8DA 3OMBA 1CB6A 1B3LA 3M3KA 2O6AA 1R9LA 4ZE9A 3KZGA 5M2VA 3C32A 3T9XB 1AIVA 1LSTA 2W7YA 3KSJA 1QJMA 3MUQA 3ZKLA 1URSA 1IZ1A 2DWIA 4H1XA 1IITA 3MP8A 3O2AA 3OO9A 2DVCA 3FXQA 4M1VA 5F1QA 4HS7A 1YCJA 5CRYA 4FEBA 3WAEA 4I62A 5AA2B 3U1OA 2XX7A 3CFXA 4YICA 2F8DA 1MM6A 4AB6A 3S9NC 5I59A 1JVYA 1FQEA 1FQBA 3TQLA 3U72A 2ZXTA 5H8NA 3WAFA 4N13A 3CI8A 2H99A 4ELOA 4LVQA 1CE2A 1HSEA 1MXVA 2PT2A 1OVBA 1Y1MA 2Q9TA 3Q25A 3O29A 1B40A 1M5EA 4H5FA 4RK2A 3MBPA 1B5JA 3MVXA 3KJ7A 4G2ZA 4JXIA 4JB7A 3HN0A 4IY5A 4YKPA 3FVGA 4OTEA 3I3VA 3FXRA 2XXPA 3FZVA 3GXAA 3MPKA 2XXHA 4EDPA 3K4UA 1DMBA 2DQVA 3FVKA 3BFTA 2AYSA 1XOCA 2ZYKA 2O69A 3O6IA 3TODA 4NWDA 5A5XB 1N76A 1B4ZA 1TT1A 1Q1KA 5H8QB 3R26A 1GVCA 3DM0A 2NXOA 3TZAA 3K1PA 1BLFA 2DSFA 3T9VA 1ELJA 3RNNA 4IB2A 4TLMB 1DTGA 4U2RA 4MBPA 4F31B 3OENA 4PFWA 3PUZE 1NNFA 1VFEA 4EXLA 3DELB 2XXIA 1WVJA 3C36A 2AL4A 1N84A 1N04A 4G8HA 3IB0A 3IAZA 4DLDA 4IO5A 3LBSA 4OXVA 4I8CA 3FV2A 3OSQA 1DSNA 4G4PA 2F78A 1MDP1 3MZ9A 1URDA 3RGYA 1YTVA 3JYRA 3TFLA 3KN7A 2F35A 1ZBMA 4QFLA 1OLCA 2X7QA 3IL1B 2RINA 1P1OA 3K01A 5AA2A 2XX8A 2CMOA 2XX9A 3K1NA 5KCJB 3VXCA 2G93A 1F9BA 1MM7A 1XVXA 4YMAA 3PPPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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