2DWAA

Structure of the complex of lactoferrin c-terminal half with fucose at 2.07 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-terminal half with fucose at 2.07 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA02
2PYYA 2ONSA 2QRYA 2I48A 1DTGA 1R9QA 1ZTYA 3FV2A 4EQ7A 5CBSA 3VE1B 5I58A 2P1SA 2ABHA 3CI8A 1XVXA 2PVUA 3U1OA 2WKYA 4IO7A 2V93A 5L8DA 1POTA 1PEBA 3T93B 1PBPA 4KYEA 4R6KA 4F3GA 4YMBA 2DWIA 3RNNA 2O51A 3B6QA 4DCXA 4PP0A 2XXUA 2VD3A 3CSGA 1B3LA 4NF6B 4ZEKA 3HV1A 4GOTA 2HCAA 4NF6A 3HN0A 5I57A 1B0HA 4KQPA 1O7TA 4EXKA 3ZS6A 1B0LA 1MM7A 4R9FA 3ONMA 4GIZA 1AH5A 4F1UA 3PUVE 1LLSA 4U1OA 4LQ5A 2D5WA 1ZLQA 2I4CA 2Q88A 3TZAA 3S9MC 1Y3PA 2QL3A 3UIFA 3PPRA 5CMMA 3R26A 3VVEA 1OVTA 3W9WA 4F2OA 1AL3A 1VFEA 4UA8A 5F7VA 2PT2A 3RTFB 4PFWA 1B3GA 1JQFA 3KOTA 3DM0A 3O6HA 4ZE9A 2HFBA 4U2RA 3SDFA 1OQHA 4R9GA 1JNFA 1JW5A 1UQWA 3H7MA 1I6BA 1SW4A 2DXRA 1FW0A 1Z7ME 4IGRA 2GRVA 2Z22A 3OEKA 4RJZA 3U8QA 3RTWB 1R9LA 4F39A 4KCCA 1LAHE 4LZ5A 4TOZA 1NH7A 2XX8A 4QFOA 1H45A 2XXIA 2DQVA 3CIJA 4YMAA 2V25A 3OO8A 1BIYA 4M1VA 2QMXA 3UP9A 3ZSFA 3MP8A 1FTOA 1FQBA 1P1OA 3PUYE 3T66A 2OLBA 3SESA 4ELPA 4HW8A 1P1WA 3Q29A 3TCGA 5H8NB 2ESNA 2G93A 3MBPA 3T9XB 1M5FA 1BP5A 2UVHA 3VLVA 5ELVA 3M3LA 2DYXA 4ELQA 3EQ1A 4H8IA 1Q1KA 4I62A 1I6AA 2O84X 3IK6B 1RYOA 3T96B 1EH3A 4YKKA 5AA1A 2XXTA 3WAFA 3GBAA 2XXYA 1N04A 4JSDA 1DOTA 4FEDA 4NF5B 3KGCA 1B9JA 3K6WA 2YLNA 3LSLA 4NF5A 3UA8A 4NWDA 3A3UA 3MUQA 1I69A 3N94A 4QRZA 3LUYA 4OYVA 4N6PA 4H5GA 1ZJLA 3FV1A 2I4BA 1EZ9A 2DWJA 2X7QA 1H43A 1NMUA 1LCFA 4QSCA 1GV8A 2RCAA 4PFUA 2UVGA 3C9HA 1MXXA 3MW0A 3OENA 3UK4A 1POY1 4LA9A 1MM6A 1MY0A 2V84A 2O7UA 4EQBA 2ZNTA 4FE8A 4JWOA 4IY6A 3KSJA 5I59A 5L9OA 3PPPA 3K6UA 2I3VA 1P1QA 4THIA 1WODA 5DVIA 2ZNUA 4FORA 4PQJA 3R7XA 4M4GA 2DVCA 2HZLA 2VD2A 2KLFA 4LVQA 2ANJA 3PMXA 3CRBA 1DSNA 1MXYA 3FXRA 1FTJA 3I3VA 3ZKKA 1QJMA 4POXA 3RLFE 3C33A 4IO4A 4ZDMA 3EF7A 5CBRA 4OZ9A 4LQ2A 1MH3A 2XD3A 5B7DA 3LSFB 3GLBA 2PX1A 1IXGA 1MDP1 3TAJA 5ITOA 3THIA 5ISUA 1DPPA 3LSWA 3KJTA 1CB6A 1QVSA 1VSOA 3TKDA 4DZ1A 1VR5A 3QYTA 1SYIA 2D3IA 5DT6A 2Q89A 1JVYA 1XT8A 2AIXA 2H98A 2O7IA 4G2ZA 3TQWA 3RN8A 1H76A 5IAIA 3R6UA 1M5DA 1XVYA 3K1MA 3H6WA 1B4ZA 3IOUA 1T0KA 1D9YA 1IIWA 3TDJA 5KDTB 5J1DA 3OD7A 1PBQA 5KDTA 2OJTA 3TTLA 4OQOA 4H67A 2VOZA 4YKPA 4YB6A 1NNTA 5FTHA 1PB8A 2CZLA 1YAEA 3PD9A 5I84A 3RQTA 3M8UA 1BTJA 1B58A 4U4XA 3G3KA 4GFRA 4X1BA 2Z8FA 3OSRA 2XXVA 1QUIA 2VGQA 3ECRA 4X48A 3VXBA 4QFPA 1MXVA 1SD3A 2Y7PA 5TP9B 3V89B 4KYSA 2G29A 1FQAA 5L9MA 5TP9A 4PFTA 4GVOA 2UVJA 4F22A 4TLMB 1P1UA 1BKAA 1Y4TA 1MPBA 3O66A 2XXWA 3EN3A 2YJPA 5I2KB 1B51A 3G3GA 1TXFA 3MPKA 5I2KA 3GXAA 3QSLA 4OXVA 3HCQA 2B65A 3PMWA 3CFXA 2XXRA 1URGA 4YB7A 1CE2A 2NOOA 1A8EA 3FXQA 1JEVA 2VP1A 2DE3A 2X7PA 4C1TA 1NL5A 3UGWA 3G3JA 3HO7A 3MZ9A 2THIA 4I8CA 5DEXB 3U93A 1MXWA 5AA3A 3DP8A 4F3BA 1IXHA 4U4SA 1GR2A 4N13A 5DEXA 2QJEA 1Q35A 3Q28A 4IY5A 3RPWA 1YPNA 2PMSA 3T9UA 1SYHA 3U72A 3KN8A 1A8FA 3K0VA 3KSXA 3RGYA 5AE4A 4NE4A 4JXIA 3G3IA 4L17A 2UYEA 2F7CA 1MY4A 1H44A 2FA7A 2V3QA 4F1VA 5CMKA 1MDQA 4ECFA 4C0RA 3ILTB 1Z7NE 1NH8A 1MPCA 2Q2AA 1OQGA 3C35A 4XIGQ 1L5TA 1QUKA 1ZKBA 3FJGA 4RNSA 4U22A 1QUJA 1SW2A 1A55A 1US5A 1LBBA 1QULA 2DSFA 1B4HA 5AA2B 1P99A 4DIGA 1MY1A 3OOAA 4LZ7A 4G8HA 4OEUA 4ELRA 1TFAA 3N6TA 1GGGA 1MG1A 5CI5A 2LAOA 2O6AA 2I0BA 4R72A 3F11A 3H6TA 4OERA 1MS7A 3PUWE 4KHZE 1Y20A 3IB0A 1LCTA 1MXZA 3V8XB 4KPTA 2ZMBA 3KZGA 2V3TA 4HCYA 3JYRA 1XHYA 1PC3A 3IB2A 3FVGA 3FVOA 3TYHA 5K2YA 3OSQA 3C36A 3M3KA 1IUDA 4IGTA 1URSA 4Q0CA 3PUZE 4X1DA 3TELA 4QSDA 3CSBA 2GHAA 1UTBB 3H03A 2Y7WA 4QHQA 4RYAA 4ZEIA 2IEEA 3TCFA 3KEIA 1WVJA 1UTBA 3PD8A 2Y7KA 4R75A 1R6ZA 4ZEDA 4OWDA 2P0SA 1B7ZA 4ESXA 4F1YA 3MVYA 3C4MA 1A7LA 3W15C 3VVFA 1LFGA 5HM4B 3T22A 4Q8RA 3Q26A 4AB6A 4NF8B 3S4UA 2I0CA 4MH5A 2FYIA 1JVXA 4NF8A 2Y7IA 1B46A 4KI0E 1DPEA 2AYSA 1FQCA 2HZKA 2Z8DA 4Q5TA 3H6UA 1NKXA 3QIMA 4EQ9A 3IOWA 3C31A 4F18A 3T9HB 3K00A 3KG2A 1B05A 5JTYB 4KR5A 2OZZA 1Y3QA 4JB7A 5H8NA 5JTYA 3L6HA 5F1QA 1SBPA 3TFLA 2ZYNA 3D4GA 2PBWA 1B1HA 4TQUQ 3IORA 4AQ4A 5BWJA 1YCJA 1JW4A 4X9TA 3BFUA 1S50A 1JEUA 3QUFA 3MZBA 3O6IA 3MVXA 4WKMA 2HAVA 4Z7EA 2UXAA 4GLIA 4YB5A 4OMBA 1SW1A 1I6QA 1B40A 4P0IA 4ZE8A 1IXCA 3E9XA 3S9LC 5H8SA 3MVWA 4WXJA 2DWAA 1B2HA 3B7DA 1MQHA 2NXOA 3FATA 3FZVA 1FTMA 3MQ9A 1JW1A 3KN7A 2X26A 4GRKA 2Y84A 3O29A 5DVFA 3TEPA 5HPQA 4EUOA 4NTLA 1AOVA 2QS1A 3V5AA 4MF3A 4RPNA 3PU5A 3K6VA 1GTKA 1N7WA 4HTGA 4G68B 2DE2A 4U21A 2Z8EA 1UTHB 4G4PA 1Y4CA 1IXIA 2UVIA 4G68A 3M3FA 1UTHA 4RA1A 1MY3A 5EYFA 3MP1A 1MQIA 3EHTA 4BDRA 1TT1A 4IO5A 1MH4A 4OENA 2OK2A 2B3FA 2FNCA 3FJMA 4LZ8A 3SEVA 3KBRA 2I49A 3KJ7A 3T9VA 4EF1A 1N3XA 2QS2A 4BDMA 2QMWA 3GZGA 4H8JA 5ICTA 1LAXA 4RXLA 2R6GE 2F78A 4BDOA 5TU0A 1ZMGA 3K2DA 3PMVA 5JEIA 1USYH 1USYE 3O6GA 3O28A 4HCWA 1Y1MA 3A09A 1FQEA 1ATGA 3RT6B 3MPLA 4P11A 1ANFA 4R2BA 3IB1A 2R71A 4NMYA 4QFNA 3O9PA 3C34A 5ICQA 2RC8A 1D4NA 1A54A 3Q27A 2HEUA 4PE5B 3FIRA 2ONKE 3FVNA 4DXUA 3N6UA 3JV9A 3KFMA 2O1LA 3VFJA 5CMCA 3IAZA 2V3UA 4K3FA 3LC8A 2H5YA 4LONB 2Q8JA 4JWXA 1SI0A 5IKBA 2I6EA 1FTKA 4O3CA 2REGA 2IA4A 2R9JA 3CG1A 4OETA 4RPOA 1B7UA 4QF9A 5H8QB 2DS9A 4WEPA 2F35A 1M5CA 5H8QA 4OESA 1DMBA 1P1NA 2REJA 4F19A 3VV5A 3AXFA 4E0XA 2H99A 2ZYMA 2D21A 3K1NA 2XXHA 4I1DA 4AB5A 3TODA 1OLCA 2DVZA 1B3FA 1F9BA 3FUZA 4ZZEA 3IR1A 4EXLA 4BDNA 1LFIA 1AMFA 3Q25A 1N84A 5FHOA 1NNKA 4OFLA 3MZ1A 1RKMA 2HQ0A 3H4ZA 3SEXA 3TTKA 1MRPA 3E13X 1HSEA 2DE4A 3QAXA 2ALUA 4ZEBA 1S9TA 3O2AA 1B7HA 3USDA 2RKMA 1AIVA 3VDFA 3VXCA 4GQOA 1N0TA 4G77A 3K1PA 1UIVA 2I58A 4U1ZA 2QPQA 4LP2B 3TQLA 1ELJA 1DTZA 4F2QA 1B3EA 1XOCA 1B6HA 4F31B 4POWA 2F6GA 2DXYA 1FCKA 1MXUA 3BBRA 3KOSA 1US4A 3FXUA 3N5LA 3TCHA 3IL1B 1TWYA 4GXAA 2I3WA 4ZECA 3SETA 1URDA 4XTCQ 3BKIB 3IX1A 5L9SA 2XXXA 2ZXTA 1KWHA 5BUUA 2A5SA 5FTIA 4F29A 3TTRA 3G3FA 4ESWA 5I58B 5M2VA 3SEYA 3U92A 3SEUA 4F3PA 2HXWA 2Z23A 4OVJA 2QS4A 4FAJA 1NNPA 3RUMA 2RCBA 1IEJA 5H8FB 4NWCA 3IO6A 4H5FA 5I56B 5AA2A 1LGBC 3D4CA 5H8FA 5I56A 3VLUA 3TTNA 4PETA 3SEWA 2F6PA 5I57B 4IO6A 2F34A 4GF8A 4ONYA 4GL8A 2B3BA 2ZYKA 3DLNA 4KCDA 4Q30B 3UORA 3CR9A 2XX9A 2RC9A 4O3BA 4JBZA 4FJPA 3EHUA 2RC7A 1QW0A 4H6DA 1GVCA 4NEDA 5KCJB 5DTBA 1O64A 3MWBA 1PB7A 4ZS9A 5KCJA 1B1XA 5EHMA 3IO4A 3MC2A 3TMGA 2GH9A 2A5TB 5EHSA 3ILUB 1PDAA 2A5TA 1LB9A 2XX7A 4QFKA 3K02A 1LB8A 4XKNA 4E0WA 1R1NA 3K6XA 3E3KA 4KD5A 4QFLA 3H06B 4C1UA 4BDQA 2ZNSA 3DP6A 4MLQA 5I2NB 1TFDA 1JETA 2F97A 1OVBA 5I2NA 2AL5A 1Y3NA 1MQJA 5K2XA 2E0SA 1VE4A 2GFEA 4O3AA 2AL4A 3UN6A 4IO3A 1QKBA 4G8MA 2QS3A 1Y1ZA 4UACA 3WAEA 2NUVA 4RK9A 1B5HA 1FQFA 3LR1A 1EZOA 1B5IA 5CRYA 3RY3A 3C32A 1YTVA 3V83A 4OFJA 1ZBMA 3OO7A 3PPQA 4ELOA 2CMOA 4DE8A 3FD3A 3FASA 2BJJX 1M5EA 4EF2A 1OIBA 3N26A 3DP4A 4GL0A 4H0WA 1B32A 4JWYA 3VVDA 4KYDA 4YICA 1LAGE 4XKQA 1Y9UA 1S7YA 4YZZA 1H3DA 3PV0E 4DLDA 2ONRA 2O1MA 1BLFA 1B52A 3OXNA 4ND9A 4RK2A 4JSOA 2Y7RA 4XKPA 3IOVA 2OCUA 3O97A 1D9VA 4QSEA 1B3HA 3I5OA 4Z0IA 3OO9A 4ISUA 4FATA 3H6VA 4YKJA 1LAFE 2F5XA 5AA4B 3TPAA 2ZYOA 1OLAA 3SERA 2F7BA 3IJOB 5AA4A 1MPDA 3PUXE 1N3WA 1LFHA 5HBCA 2Q2CA 1NNFA 3E4RA 4R6HA 1UIUA 3MAMA 3ODBA 2VHAA 4JDFA 4I9DA 3CVGA 1SQYA 4PFYA 2F36A 4XKRA 4IB2A 1QKAA 5H8HB 3G3HA 5I59B 4G8NA 2Q9TA 1A40A 5H8HA 4FIMA 4TLLB 4MBPA 3OEMA 3B6WA 2F7AA 1II5A 4GWOA 3MVZA 1SW5A 1MY2A 1M5BA 3LSXA 4LUBA 1IQ7A 4OEVA 3ZKLA 4EDPA 3S2VA 3S9NC 4DCYA 3IJXB 2QSXA 4YAHX 1O63A 3QXMA 3A3CA 3EHSA 2O68A 3CG3A 3HPIA 1J1NA 2XD2A 3TTMA 4BDLA 1EZPA 5AA2D 4HS7A 3HHGA 1A99A 3LBSA 3DELB 1LSTA 5CC2A 3HHFA 5DVJA 1SVXB 2NVUB 2O69A 2XXPA 2NWJA 5A5XB 3GBBA 3PPNA 3L6GA 2W7YA 3OO6A 5KZTA 5DYHA 5A5XA 3CFZA 3B6TA 3OELA 2E1SA 1B5JA 3EPEA 1RYXA 3MP6A 1XC1A 3TUSA 2F8DA 1FQDA 2XXQA 3HSTA 3IOTA 1IITA 4BLAA 5CM6A 3FJ7A 3CFLA 5CMBA 4OTEA 4FEBA 1PB9A 4R73A 5B70A 4F3SA 2P2AA 3PGFA 4DXCA 4GD5A 5FHNA 2DP8A 3K01A 1SI1A 3RT8A 3S9EA 2XHDA 2PT1A 4RY1A 1IZ1A 5ITPA 4KFQA 4ZZAA 1ZU0A 3FGSA 5FHMA 1N7XA 4P0GA 3QK6A 4IO2A 5TPAB 4DDDA 4XXUA 3G7WA 4DXBA 3P7IA 4G68C 4YU0A 1MQGA 5TPAA 1MQDA 2HAUA 1ZIUA 4NF4B 1WDNA 4FECA 5JK4A 2H4IA 3SKPA 1NFTA 4LATA 4OFOA 4H1XA 4NF4A 2RF1A 4OHNA 2RINA 3I6VA 1FTLA 2OBGA 3KN3A 2OWTA 3VLWA 2H25A 1N76A 1EU8A 3BFTA 4U23A 3U94A 3FVKA 2OWSA 4R2FA 4H65A 1HSLA 3H3GA 1OMPA 1XS5A 1VFDA 1D3KA 2YPNA 3OMBA 4WEDA 4R74A 3MJNA 4N07A 4YKIA 3PPOA 2DOJA 4ZEFA 3QUJA 4MFIA 3JZJA 1LBCA 2H9BA 2UYFA 2GHBA 4MLVA 2DWHA 2M8CA 4GXSB 3K4UA 4R6YA 1HSJA 1SDXA 3W9VA 5LOMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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