2DWHA

Crystal structure of n-acetylglucosamine complex of bovine lactoferrin c-lobe at 2.8 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of N-acetylglucosamine complex of bovine lactoferrin C-lobe at 2.8 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 108
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwhA02
1URGA 2I4BA 1DPPA 1A55A 1VFDA 3H6VA 3JZJA 4NWCA 4POXA 1GR2A 4F2QA 2UYFA 5FHOA 3L6GA 5I2NB 2F78A 1DOTA 5TPAA 2XXRA 3FV2A 2F7BA 3MPKA 3PV0E 4XKNA 1D9YA 4UACA 3EQ1A 1FQEA 4YZZA 1O63A 3GBBA 4G8MA 2FNCA 4PQJA 4GFRA 4NF5A 4R6HA 3T9HB 2PT2A 3MZ1A 2I49A 2ONKE 5HBCA 4XIGQ 2RC9A 1XVXA 4RJZA 4ZE8A 4X9TA 1QULA 4OHNA 3MWBA 1Z7ME 1US4A 4F39A 1LBCA 4XKQA 2V3TA 4KYSA 4GF8A 5AA4B 4OWDA 1LLSA 4OTEA 2Q88A 2NXOA 3FGSA 3CR9A 5IKBA 4DLDA 2ZYNA 4PETA 3PD9A 5L9SA 1P1NA 3H3GA 2DE2A 4PFWA 3OO6A 4POWA 2D21A 3QAXA 1Z7NE 1MG1A 3SERA 1VE4A 1YCJA 4JB7A 3CI8A 4ZZEA 3IK6B 4FIMA 5DEXB 1UTHB 2GFEA 3MUQA 1QW0A 1B32A 4THIA 3PUYE 3Q28A 2XXTA 3HHGA 2PMSA 4KFQA 3IB0A 3TAJA 1B9JA 1EZ9A 5M2VA 3KJTA 5ICTA 4WEPA 5AA1A 2O69A 3OSQA 1JQFA 3KBRA 5ELVA 1QKBA 4ND9A 4H5FA 5JTYB 3T9XB 2XX8A 1PB8A 3U94A 3EHTA 4KR5A 4H5GA 3FD3A 4Z0IA 1HSLA 4OZ9A 1GVCA 3OO8A 2ZMBA 1M5DA 3IB1A 3M3KA 1B3FA 2BJJX 2PX1A 2UVJA 3HN0A 3MW0A 2CMOA 3FASA 4RNSA 4HTGA 2RF1A 1LGBC 3PUXE 4JXIA 3QUFA 1FTKA 3T9UA 2H99A 1Y4TA 1POTA 2XXWA 4FORA 4BLAA 2UXAA 3FATA 2DYXA 5AE4A 2UYEA 4ELRA 5ITPA 1RYXA 1IUDA 5H8NA 2H25A 2PT1A 4Q8RA 4YB6A 4DXBA 1MXZA 1A8FA 4DCYA 4KYDA 4P11A 1FTMA 4EF2A 1AL3A 4PP0A 1POY1 5TP9B 2CZLA 4N07A 4GXSB 2AL5A 5HPQA 2ZNSA 3JYRA 2HAVA 5K2XA 2RCAA 2Z23A 3LBSA 4MH5A 4DZ1A 3G3IA 4RXLA 4XTCQ 5KCJB 1BP5A 1NL5A 4X1BA 3MAMA 2IA4A 3KJ7A 2A5SA 3EPEA 4KI0E 1CB6A 2PYYA 4QFKA 3D4GA 5CMKA 2QMWA 4F1YA 3MVZA 3MQ9A 4PFTA 3IL1B 3O28A 1OLCA 4AB5A 4LVQA 4MFIA 4PFUA 3F11A 5DYHA 1B3EA 5H8FA 4NF8B 4IO4A 3KFMA 5DVFA 1B6HA 1I6AA 4TLMB 3WAEA 1SW4A 4DE8A 4JSDA 4DIGA 4RPOA 1EH3A 4GWOA 4ESWA 4H8IA 2P2AA 4MLQA 2O7IA 3EHUA 4JWOA 4AB6A 1I6BA 3SEYA 1FQDA 1IQ7A 3MP8A 1JW1A 1JEUA 4ZECA 3KZGA 3K1PA 2B3BA 3OD7A 1MY4A 3VVDA 2YJPA 1MM7A 3RTFB 4E0XA 3QUJA 3W9WA 3IO6A 4O3AA 4F3GA 1FTLA 1NNTA 3HO7A 4IO2A 1SW2A 2FYIA 4EDPA 1P99A 2VD3A 4E0WA 3CRBA 3SESA 4FEDA 4F3PA 2RC7A 3S9EA 4ECFA 5I2NA 3MBPA 3CFLA 1PEBA 4U4XA 5H8HB 5I58B 1PBPA 4F29A 2DVZA 3CVGA 4F18A 4U1ZA 2UVIA 3T66A 3N6TA 3E3KA 3PUWE 3U72A 2Z22A 5A5XB 3ZS6A 5CRYA 2QSXA 3KSXA 3P7IA 5CI5A 2DXRA 3QIMA 1UIVA 2LAOA 1II5A 2ANJA 4KHZE 1H3DA 4R2FA 3VLUA 4ZEIA 4U1OA 3PUZE 5AA4A 3V5AA 2V93A 2O51A 1Y3PA 2Y84A 4YB7A 2X26A 3BBRA 3PU5A 4RA1A 3MP6A 1VSOA 4MBPA 3TUSA 3CFZA 1XOCA 3VVFA 1ANFA 4QSEA 5JK4A 2XXHA 3FXRA 4DXUA 1D9VA 2IEEA 4MLVA 2ALUA 2A5TB 3TQLA 2F36A 4LZ7A 1IXCA 4NF6B 1LAHE 4I9DA 5DEXA 1UTHA 4OYVA 5ICQA 4ZEBA 1B40A 1ZIUA 2ZYKA 3G3JA 2V3QA 4GVOA 4QSCA 3HV1A 4NTLA 1N84A 1LSTA 3R7XA 2GRVA 5BWJA 5FHMA 3C31A 2KLFA 1O64A 1B51A 1ZBMA 2VOZA 5JTYA 3RTWB 4F22A 2I4CA 3MVYA 1B7UA 2DS9A 1JVXA 1IITA 1A40A 3THIA 4IO7A 4K3FA 3OO7A 2Q9TA 2QRYA 2O1LA 5EHMA 1N76A 1NNKA 2F34A 2XXUA 1MDP1 3CFXA 3QK6A 3GBAA 3UIFA 3TDJA 1NNFA 1JNFA 3T96B 4NF4B 1IZ1A 1B7HA 2RINA 2I3VA 4KQPA 1B3GA 3RQTA 3FVKA 3N26A 4OESA 1R6ZA 3R26A 5I57B 1N7WA 3H6WA 3TTKA 5FHNA 1F9BA 1MXUA 1EZOA 5CMMA 4OQOA 2Q89A 1Y3QA 1MRPA 4JSOA 4EF1A 4H8JA 4QHQA 5TP9A 5I2KB 2QS1A 1SBPA 3RPWA 3IORA 4KPTA 3O29A 2ESNA 1RYOA 3VV5A 1O7TA 3H7MA 4EUOA 1L5TA 1B05A 3M8UA 1BKAA 1SYHA 5KCJA 1TFDA 3CG1A 3U1OA 5HM4B 3TTMA 1ZU0A 4KYEA 5J1DA 1SYIA 4OETA 2PVUA 4JWYA 3S9LC 2W7YA 1J1NA 3G3KA 1N7XA 2AIXA 1VR5A 1H76A 4YU0A 4U22A 1GV8A 3EN3A 4F1VA 2F6PA 1S50A 3ODBA 3UA8A 5DTBA 1SVXB 1MPDA 4NF8A 3KG2A 1IEJA 3B6QA 4Z7EA 4GD5A 3S9NC 2OCUA 1AIVA 3LUYA 1LAXA 1DPEA 1GTKA 2ZNTA 1HSEA 4NWDA 1MXVA 4Q30B 2XXVA 3R6UA 3UN6A 1B2HA 4QFOA 2HZLA 1FTOA 1MY0A 2RKMA 5B70A 2O68A 1Y1ZA 3FXQA 4H0WA 4LQ2A 3OENA 2P1SA 3K6UA 4EQBA 1LB8A 4YKPA 1S9TA 2Q8JA 2DOJA 3GZGA 1LAGE 4O3CA 2I58A 1PC3A 4IY5A 1EZPA 5DVJA 3SEUA 3H6TA 4DXCA 3I6VA 1FCKA 3ILUB 5EYFA 4ZEDA 5BUUA 4KCCA 2DWJA 4LP2B 5H8HA 5I58A 2F7CA 1B1XA 1LAFE 2REGA 4RK2A 4EXLA 4IY6A 5A5XA 2YPNA 4O3BA 1WODA 1B3LA 4R72A 2G93A 2XX7A 2O7UA 4F3SA 1B5HA 3FZVA 3PMWA 4QF9A 2OWSA 3M3FA 3K01A 1A7LA 1MY2A 1QUJA 4FEBA 1Y20A 4GL0A 5LOMA 5L9OA 1AOVA 3SEWA 3C4MA 4ZS9A 2Y7RA 4RK9A 1OVBA 1MDQA 5DT6A 2HEUA 3FUZA 1ZMGA 4LUBA 4OMBA 2Y7KA 1M5EA 2R71A 1MQDA 5FTIA 1ATGA 1R1NA 3B6WA 3SDFA 4HCYA 5L9MA 2DWIA 4BDRA 2A5TA 1B52A 4ISUA 2F8DA 3MZBA 4NF6A 2O1MA 3FV1A 1AH5A 2YLNA 2Y7WA 1N0TA 2UVHA 2DE3A 1P1UA 4G2ZA 3K1MA 1B5IA 4OXVA 2G29A 3RNNA 1ELJA 1HSJA 3QYTA 4OFLA 1MQIA 2ONSA 3U8QA 1XS5A 1MS7A 1H43A 3KOTA 4MF3A 3OEMA 2B3FA 3E4RA 1Y3NA 3H06B 4WEDA 3TPAA 4QFPA 3MJNA 1MQHA 3U93A 5CBRA 4HS7A 1LBBA 1JEVA 3G3FA 3HPIA 3T93B 4R74A 3O6HA 1M5BA 1SW1A 3LC8A 3GLBA 1YAEA 4NF4A 1Y9UA 3K2DA 1NH7A 4N13A 2DE4A 1LFHA 1TXFA 2REJA 3O9PA 4G8NA 5ITOA 1FQCA 1H45A 1EU8A 5ISUA 2E0SA 1MXXA 5I57A 1WVJA 2V25A 1H44A 4QFNA 4GL8A 3PGFA 4NMYA 1MY3A 4FECA 1FW0A 1B7ZA 1UQWA 4F19A 1LFGA 4N6PA 3QXMA 3O66A 3RLFE 1D4NA 2B65A 3Q27A 5I2KA 3BFUA 4BDOA 2Q2CA 3UORA 4LA9A 4R2BA 3E13X 4OVJA 3KGCA 1USYE 3IR1A 2HXWA 3LSLA 2Z8FA 1B0LA 1QJMA 4QFLA 3TCFA 3OMBA 2OK2A 4G68B 2I0CA 3QSLA 2OBGA 4YKKA 3CSBA 3VXCA 2DQVA 3TKDA 1MQJA 4KCDA 4DDDA 2HFBA 1ZKBA 5AA2B 4XKPA 3MC2A 2XXYA 2HAUA 1BLFA 4LQ5A 2H4IA 1Q35A 1ZTYA 4G8HA 2X7QA 3G3GA 3D4CA 2OLBA 1BIYA 3OOAA 4NE4A 3MVXA 1MXYA 3B7DA 3KN3A 3UGWA 3PPRA 1MPCA 1MQGA 4ELQA 1IXHA 2XD2A 1JETA 4U2RA 3DP8A 3KN8A 1UTBB 1MY1A 1URSA 4U23A 3TELA 3C9HA 4ZDMA 3BFTA 1WDNA 1XVYA 4TLLB 3O6GA 1P1OA 4ELOA 5H8QB 3DLNA 2Z8EA 5EHSA 1VFEA 1MXWA 5KZTA 4Q5TA 4ZZAA 3A09A 4ESXA 2E1SA 3FJMA 3V83A 1QKAA 2H9BA 1Y4CA 3HHFA 4H6DA 3PPOA 4GRKA 4GQOA 3TCHA 4R75A 3AXFA 3G3HA 4R73A 4GOTA 5KDTB 4M1VA 1RKMA 1XT8A 3TEPA 3VVEA 4I1DA 3K6XA 2NUVA 1NFTA 3IJXB 2H98A 3HSTA 2AYSA 5DVIA 1FQFA 4GLIA 1FQBA 1JW5A 5CM6A 2GH9A 1YTVA 4EQ9A 5H8SA 2Z8DA 3S4UA 3K1NA 1N3WA 4U21A 4H65A 1JVYA 3Q29A 3TTLA 1B3HA 3JV9A 1PB7A 1A99A 3PMXA 1PB9A 1Q1KA 3IAZA 1A54A 2GHAA 3VFJA 2XXXA 4ELPA 1QUKA 4FJPA 1B4HA 2HQ0A 4H1XA 3O2AA 3PPNA 1R9LA 5IAIA 4QSDA 4OFJA 3N6UA 4ZEFA 5CBSA 5JEIA 5TU0A 3KSJA 1B1HA 2ABHA 4R6KA 3FJGA 4XKRA 3VXBA 3K6VA 4I8CA 3WAFA 2QS3A 3C35A 5CMBA 3B6TA 2M8CA 2OWTA 4X1DA 3FVGA 4YMAA 1JW4A 1A8EA 2XXPA 4R9FA 1IIWA 4R9GA 3VE1B 3SEVA 4YICA 1LCFA 3SETA 4BDQA 1SDXA 3IOWA 3CIJA 3FXUA 3DP4A 3IX1A 1USYH 2QMXA 1N3XA 2VD2A 1SQYA 1PDAA 3PUVE 3RT8A 3FVNA 2V3UA 4L17A 3PD8A 1US5A 5AA3A 4DCXA 4PFYA 1OQHA 3TYHA 1NNPA 3OSRA 3ILTB 1MH3A 4BDNA 3K02A 2XHDA 3T9VA 3HCQA 4IO5A 5I59B 4ONYA 5AA2D 2NWJA 4YKJA 3A3CA 5F1QA 1MPBA 2QS4A 1GGGA 3C33A 1TFAA 3VLWA 5I56B 3EHSA 2F35A 3O97A 2ZYOA 4YKIA 2DVCA 4OERA 2RC8A 3V8XB 4FE8A 4F31B 2XD3A 4G68A 2OJTA 4KD5A 5CC2A 3FIRA 3OXNA 2O6AA 4LONB 1FQAA 1KWHA 3DELB 5AA2A 3BKIB 1TWYA 4F1UA 4BDLA 1SI1A 1DTGA 3N5LA 3OEKA 1NH8A 3MZ9A 1T0KA 1M5FA 3CG3A 2Y7PA 3PPPA 5TPAB 4P0GA 1DSNA 2XXQA 3OELA 4FAJA 5FTHA 2DSFA 2WKYA 4I62A 3V89B 2I0BA 3S9MC 3TMGA 1N04A 3RY3A 2ZNUA 3S2VA 2V84A 3IO4A 3RT6B 4AQ4A 4NF5B 2HCAA 3SEXA 1OLAA 1MH4A 3LSWA 5F7VA 2QJEA 3G7WA 1UTBA 4WXJA 2P0SA 3ZKLA 3FVOA 4YB5A 1S7YA 4NEDA 3N94A 3LSXA 1M5CA 2PBWA 3CSGA 2O84X 3H03A 3L6HA 5H8QA 3OO9A 1UIUA 3TTRA 2OZZA 1QUIA 4GIZA 2AL4A 4H67A 4JBZA 2I3WA 1URDA 2NOOA 2H5YA 3MVWA 3KN7A 2DXYA 3IJOB 3RGYA 3IOVA 5B7DA 3ZKKA 1B0HA 3ZSFA 4OEVA 3Q25A 1NKXA 3K00A 1D3KA 3MPLA 1ZLQA 5KDTA 1Y1MA 2QL3A 3Q26A 4R6YA 3IOTA 3ONMA 4C1TA 4JWXA 2ONRA 1OQGA 3O6IA 1BTJA 1FTJA 2I48A 3USDA 2RCBA 1IXGA 3SKPA 1B46A 4RPNA 1NMUA 1SW5A 4EXKA 3C34A 3UP9A 2VP1A 3H4ZA 4M4GA 3C32A 4LZ8A 1PBQA 3A3UA 2GHBA 3K0VA 4OENA 1B5JA 1P1QA 4LZ5A 3K4UA 4C0RA 4RY1A 1SI0A 4JDFA 3T22A 2D5WA 2VGQA 1LCTA 4YAHX 2QPQA 3ECRA 3TCGA 3C36A 4OEUA 4ZEKA 3TZAA 3TFLA 3DP6A 1OIBA 4IO6A 2X7PA 3K6WA 3MP1A 2F5XA 3IOUA 4F2OA 4C1UA 4IB2A 3RN8A 4WKMA 5H8NB 2ZXTA 3PPQA 3VLVA 1P1WA 1SD3A 5L8DA 4P0IA 4IGTA 4G68C 4IGRA 2ZYMA 3EF7A 1DMBA 4HW8A 2DWAA 2D3IA 3DM0A 3LR1A 1LB9A 4U4SA 1CE2A 4QRZA 2XXIA 3FJ7A 2THIA 2F97A 3M3LA 2I6EA 1I69A 2QS2A 3UK4A 1IXIA 2DWHA 4EQ7A 2XX9A 1I6QA 2NVUB 1XHYA 4LATA 4BDMA 4TQUQ 1AMFA 2F7AA 2R9JA 4FATA 4X48A 3LSFB 1YPNA 3E9XA 2VHAA 3H6UA 3I3VA 4PE5B 3W9VA 3GXAA 3TQWA 1LFIA 2Q2AA 1OVTA 3KOSA 3IB2A 2R6GE 2DP8A 2F6GA 5H8FB 1DTZA 3VDFA 5I59A 1ZJLA 2Y7IA 4HCWA 4XXUA 4OFOA 2HZKA 2UVGA 5K2YA 5I56A 4G4PA 3PMVA 5CMCA 3TODA 4ZE9A 5I84A 3KEIA 4RYAA 4F3BA 4Q0CA 1QVSA 1B58A 3I5OA 1OMPA 1TT1A 2FA7A 3TTNA 3W15C 4YMBA 4GXAA 3U92A 4UA8A 1R9QA 1XC1A 3RUMA 4IO3A 4TOZA 1B4ZA 4G77A 1MM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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