2DXRA

Crystal structure of the complex formed between c-terminal half of bovine lactoferrin and sorbitol at 2.85 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex formed between C-terminal half of bovine lactoferrin and sorbitol at 2.85 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 107
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dxrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dxrA02
3M3LA 4FATA 5CMBA 4WEDA 2QMWA 2DSFA 3K6VA 3A09A 1O64A 1B51A 3PMVA 5DEXB 4HCWA 1S50A 1B32A 3Q26A 1XHYA 1B46A 2XD2A 3PPQA 3HV1A 4LQ2A 3MUQA 1A8EA 3LSLA 4GL0A 5IKBA 3UORA 3TCHA 2R9JA 3GLBA 1MXYA 5ITPA 3H03A 4ELQA 2P0SA 5HPQA 2GHAA 4RPOA 3PU5A 2UVIA 1B40A 3N6TA 4IO7A 3EQ1A 5L9OA 2VP1A 4R6KA 3CRBA 1B58A 1Y4TA 1M5FA 4N13A 1B5HA 5BUUA 3IJOB 1NNTA 3TCGA 5EHSA 2V3UA 4GRKA 2ZYNA 3JV9A 2QJEA 1M5BA 3QIMA 4R6YA 3B6TA 1ZU0A 5I58A 1EH3A 3TCFA 3G3FA 1DOTA 3FJGA 2O7IA 5JTYB 3ZSFA 2HQ0A 3DP6A 1LFIA 1FQAA 3U1OA 2ONKE 1DTGA 3G7WA 1RKMA 3JZJA 4IB2A 4PFTA 3OSQA 1LAFE 3C4MA 5BWJA 5FHMA 4XTCQ 2OLBA 4KHZE 5DTBA 4OFOA 1D9YA 5JK4A 3KFMA 2Q9TA 3K02A 1M5EA 3TQLA 3WAEA 3QSLA 3BKIB 3U72A 3G3KA 4U4XA 1JNFA 2Y7IA 4L17A 2AL4A 1P1NA 1I6BA 3T9XB 1HSJA 4YB5A 5ITOA 4MF3A 3GXAA 1POTA 3F11A 2YJPA 1JW5A 3FV2A 1IXIA 1MH3A 1YAEA 1XVXA 1MXXA 4UACA 5I84A 2XXWA 2NVUB 1R6ZA 4XKPA 2GFEA 1B3LA 4IO3A 4BLAA 5CBRA 3T66A 3LSFB 4G4PA 1VSOA 1N76A 2AIXA 3OMBA 2VGQA 2XXUA 1I6AA 1SQYA 1XS5A 4XKQA 1R9QA 2Y7RA 3FVGA 2NWJA 4YKKA 5M2VA 3O28A 3CIJA 1SVXB 2RF1A 3OO8A 3EHSA 4OERA 2DE4A 5J1DA 2O6AA 3VE1B 3FGSA 1I6QA 2FA7A 5I56A 4I9DA 3KN7A 2XXRA 3PPRA 1XT8A 3PUXE 1XVYA 5F1QA 1Y4CA 2HEUA 3U94A 2HAVA 3HSTA 2Z22A 1FW0A 3JYRA 4QFKA 1Y9UA 5CI5A 2O7UA 3G3HA 3K6WA 4BDQA 2XXXA 4H1XA 2QRYA 2ZYMA 3H6VA 1A55A 1Y3QA 2G29A 4F3BA 3KJTA 2PT1A 3TKDA 4R75A 1N3WA 3Q25A 1RYOA 2ALUA 5ICQA 4FEDA 5H8FB 4OTEA 1QULA 3RT8A 3H4ZA 3T93B 3C33A 3C34A 5I57B 2B3BA 3SESA 3V83A 1GVCA 5TP9B 4OVJA 4LQ5A 4ISUA 4TLLB 4F29A 4X1DA 3LR1A 5DT6A 3FASA 1NNKA 2QS1A 4P11A 5DVFA 4DCXA 1MPCA 4EDPA 1ZLQA 2V93A 4ECFA 4ZEIA 4X1BA 3VXCA 2ESNA 2A5SA 1MXZA 4ZE9A 1PEBA 1N0TA 4FE8A 3PUVE 5CMMA 1B3GA 1P1QA 2RINA 3RGYA 5CMKA 3M3KA 3P7IA 4NWCA 3EF7A 1MY4A 4DCYA 5F7VA 4NF4A 2RC8A 4MH5A 5L9MA 3OO9A 3FXRA 4PFWA 3O2AA 4IGTA 1YTVA 1MM7A 1IEJA 1URGA 2H5YA 2IEEA 1L5TA 2DS9A 4NEDA 3KOTA 5CRYA 3B6QA 3MPLA 2Z8DA 4IO6A 3MW0A 3L6GA 4WKMA 5KDTA 4OESA 5CM6A 1QKBA 1MXUA 4F1UA 3EHTA 4MLQA 1H43A 1N3XA 4U21A 3MZBA 3BBRA 1LAHE 4C1UA 4H5FA 2OJTA 5HBCA 4DZ1A 4KI0E 5I2NA 4EQBA 4Q30B 2X26A 2QSXA 5B70A 3R26A 3VFJA 4FEBA 1PDAA 5CC2A 2H25A 3PUWE 4FJPA 5FTHA 5I58B 3IO4A 3CSGA 3RY3A 3MC2A 2I3WA 4MBPA 2DWHA 3K4UA 4QSDA 5FTIA 4POWA 2Y7PA 4RJZA 2UVHA 1XC1A 3FV1A 4YMBA 1QUKA 4RA1A 4R2FA 4GVOA 2DYXA 3H6UA 2REGA 1Z7NE 3B6WA 1YCJA 2O68A 2THIA 3RT6B 1AH5A 4QSEA 3TELA 2NXOA 2Y7WA 2HZLA 2XXVA 1I69A 1PB7A 3CFXA 2PMSA 1NH8A 2Z23A 3K6XA 3TTMA 3G3JA 4EF1A 4ZE8A 1ANFA 4I62A 1B5IA 2UVJA 1D9VA 4KQPA 2RC9A 3D4CA 3PUZE 4KD5A 4ZEDA 4G8MA 3U8QA 3N6UA 5H8QA 1MY1A 4MLVA 5H8HA 3R7XA 1NFTA 1OVTA 2X7PA 4TOZA 1SW1A 1F9BA 4QF9A 1JEVA 4ZECA 2XXQA 3HHGA 3W15C 1GR2A 5HM4B 3THIA 2F34A 2F6GA 4NMYA 4K3FA 3RN8A 2O69A 1LFGA 2DE3A 2DXYA 2XXHA 2OZZA 1AOVA 1FQCA 3KG2A 3LSXA 1EZ9A 1UIUA 1FQBA 2PT2A 1FCKA 3IOUA 3IK6B 1URDA 3MWBA 3K01A 2NOOA 3SDFA 3RLFE 2DWIA 1B4HA 5I56B 3HN0A 4EQ9A 3CR9A 4XXUA 4G8NA 2Y84A 3MAMA 3CG3A 3O97A 4BDMA 3O6HA 1S9TA 1ELJA 2DWAA 3RNNA 2I3VA 4OEUA 4H67A 4ELRA 1B4ZA 2F8DA 2DXRA 3FIRA 1B3HA 3K1NA 2H98A 3VVDA 2R71A 4KPTA 3RUMA 3WAFA 1TXFA 3QUFA 5DYHA 1OQHA 5AA2A 4BDLA 3TDJA 3UIFA 2DE2A 2B65A 1AIVA 3T9HB 4FIMA 2B3FA 4RK9A 2DQVA 4QFNA 1SW4A 1NNFA 4F3PA 1MQGA 1UQWA 4F1VA 3BFUA 4RXLA 4LATA 4GXAA 1CB6A 1KWHA 2H9BA 2XXPA 1WDNA 3RPWA 3G3IA 1JETA 4NF8A 4KCCA 4DXCA 2ANJA 1P1WA 3CG1A 4G68A 1GTKA 3C36A 3H06B 3PV0E 3M3FA 3UP9A 3PPOA 3TZAA 4OFLA 4MFIA 4C0RA 3OEMA 1QVSA 4P0GA 1FTLA 2XX8A 2ZMBA 1ZJLA 1LB8A 4EXLA 2VOZA 2QS3A 1JW1A 2RCBA 3G3GA 4ELPA 4EQ7A 5LOMA 3IAZA 4NF4B 3PPPA 1USYE 4JWOA 1Z7ME 4ZEBA 2D21A 1N04A 4IO4A 2ONSA 4X9TA 3KN8A 2XXYA 3K1PA 2QS2A 1BKAA 2OWTA 1B3EA 2Z8FA 1WVJA 5A5XB 1TFDA 4NF5A 1B05A 4O3CA 3Q27A 5B7DA 4OZ9A 5CBSA 4YKPA 1MS7A 1MY0A 3IB1A 5KDTB 4O3BA 1BP5A 2H99A 1FQDA 2QL3A 3T9UA 1IUDA 3OO6A 1MY2A 4LUBA 1BIYA 1PBPA 1USYH 3MVXA 2RCAA 1MQDA 1B6HA 2A5TA 2O51A 3TEPA 4RNSA 1T0KA 4KFQA 2ONRA 4JBZA 3CSBA 3U92A 2ABHA 4R74A 3DP8A 3S2VA 3VLWA 2KLFA 1GGGA 1FTKA 1A54A 1WODA 2XXIA 1M5DA 1UTHA 3IB0A 4OEVA 2QPQA 3ONMA 3MZ1A 1Y20A 4Q0CA 4OXVA 1VFEA 1QJMA 3ODBA 4OMBA 5DVJA 1UTBA 3K2DA 3OOAA 1JQFA 2I0CA 4O3AA 3SEUA 3OD7A 1LFHA 4JDFA 3H7MA 4HW8A 4NF6A 3TFLA 1BLFA 4ZS9A 1FQFA 5AA4A 3Q28A 3GZGA 1US4A 4WEPA 4X48A 1Y1ZA 4R9GA 1VR5A 4LP2B 2WKYA 4EUOA 2F6PA 3VXBA 4LA9A 4YZZA 1A40A 1R1NA 1HSEA 5KCJA 3V8XB 2NUVA 3N26A 1B7ZA 1LBCA 1R9LA 4GXSB 1MG1A 1O63A 3FVKA 1B0LA 4LVQA 2R6GE 3UA8A 1OVBA 4AB6A 4R9FA 1II5A 4F31B 1LBBA 4FECA 4PP0A 1DMBA 3CFZA 3IOTA 5JEIA 5H8QB 4OETA 3USDA 3PPNA 5H8HB 1P99A 1PBQA 1H76A 2UYFA 2V84A 4R2BA 4F22A 2F36A 3VVEA 4RPNA 4N07A 3HHFA 4RK2A 3I5OA 4Q8RA 3I3VA 1SD3A 3SETA 1SBPA 4F19A 1SW5A 1NMUA 1A7LA 2ZNTA 3E9XA 3MQ9A 1URSA 3D4GA 3KBRA 4NTLA 1Y3PA 2PYYA 5TPAA 1BTJA 4H8JA 4GL8A 4HS7A 1IZ1A 1NNPA 1MM6A 1OLCA 4BDRA 4ZZEA 4XKNA 3TAJA 3RTFB 4H0WA 3MVZA 3TTLA 3DM0A 2O1LA 1Q35A 1LCFA 4LZ8A 1TFAA 3IORA 2UVGA 4FAJA 4XKRA 1MPBA 2H4IA 3KSXA 2IA4A 5AA2B 3B7DA 4ZDMA 4F3GA 1H45A 4PFUA 2FYIA 1CE2A 2F7CA 2XX9A 1MXWA 5I2KA 3H3GA 3KEIA 4UA8A 5K2YA 3IL1B 1OQGA 3PD9A 1B9JA 4ND9A 3PMXA 2Q8JA 4YAHX 3TODA 4ELOA 1JEUA 3C9HA 3T9VA 3E4RA 4IY6A 5FHNA 3DLNA 2FNCA 3R6UA 3FD3A 2Q2AA 1JVXA 4YB6A 3O6IA 4NF8B 3KOSA 2GHBA 4JB7A 1QKAA 3VV5A 3IOWA 1MY3A 4G68B 2DVZA 3W9WA 2E1SA 3O29A 3FVOA 1US5A 3TTKA 1MDP1 3MZ9A 3MP8A 1LAGE 3ZKKA 3PGFA 4R6HA 4HTGA 3VLUA 1SDXA 2XHDA 1DSNA 1N7WA 5ISUA 3FUZA 2VHAA 3SERA 2XD3A 3S4UA 4ESXA 1TWYA 4C1TA 3UK4A 2PX1A 3MP1A 3K00A 1B3FA 1VE4A 3IOVA 5KZTA 2Q88A 5H8NA 1ZMGA 2F7AA 3ZS6A 2DWJA 4F18A 2I4CA 4QHQA 5I59A 5L9SA 2I58A 4IO2A 2F97A 1A8FA 3OELA 1IXHA 3FXUA 2P2AA 3TPAA 4NF5B 3EPEA 3KZGA 3IB2A 4R72A 2Z8EA 1FQEA 3SKPA 4POXA 4H6DA 4QFOA 2F7BA 1B7HA 3FJ7A 2AL5A 1LLSA 2UXAA 5EHMA 3UGWA 5CMCA 1MH4A 3SEYA 4ZEKA 1B5JA 4DXBA 5IAIA 3L6HA 4QSCA 3H6TA 1AMFA 2A5TB 2ZYOA 2XXTA 1QUIA 3QK6A 1B0HA 3QYTA 1POY1 3DELB 4M1VA 3MVYA 4OYVA 3H6WA 3Q29A 2LAOA 4IY5A 3PMWA 2X7QA 1UTHB 4GOTA 1NH7A 3T22A 1SYIA 4JSOA 1UTBB 1FTOA 4NWDA 1O7TA 4LZ5A 1ZIUA 1FTJA 1YPNA 3MVWA 3CI8A 4NF6B 4P0IA 4Z7EA 1IQ7A 5AA4B 2DOJA 3HPIA 3FXQA 4PQJA 3T96B 1ZBMA 1ZKBA 2CZLA 2BJJX 4GWOA 3CVGA 4KCDA 1D3KA 1B1HA 1MPDA 3ILTB 1RYXA 4TLMB 4DDDA 2O84X 5KCJB 3IX1A 5EYFA 4Q5TA 3EN3A 3S9EA 4KR5A 3MJNA 4H8IA 4GF8A 2HXWA 3FVNA 1Y1MA 4YMAA 4U22A 3IJXB 4THIA 3ECRA 2HAUA 2GRVA 2DVCA 1JVYA 1UIVA 2ZXTA 2V3QA 4QFPA 3M8UA 3MBPA 4RY1A 5DEXA 5AA2D 3V5AA 4R73A 2GH9A 1OIBA 1OLAA 1IXGA 1MRPA 4AB5A 2I49A 4KYEA 1MQJA 2PBWA 4PETA 2F35A 1IITA 1B52A 4U2RA 4GIZA 4G77A 1FTMA 4OENA 3V89B 3KJ7A 3EHUA 3LC8A 1DTZA 2F78A 4I8CA 4TQUQ 1B1XA 1P1OA 2P1SA 2VD2A 3FJMA 3IO6A 4OQOA 1LSTA 3LBSA 5TPAB 3ZKLA 2AYSA 4HCYA 3FATA 4WXJA 4BDOA 2HCAA 1MQIA 4OWDA 4OFJA 1H3DA 2QS4A 5K2XA 1QW0A 4ONYA 2I48A 4QRZA 4IGRA 5I2NB 1H44A 5TU0A 1GV8A 4PFYA 1N84A 3OSRA 4DXUA 3ILUB 1S7YA 4NE4A 1DPPA 1Y3NA 4XIGQ 4F39A 3LSWA 5JTYA 1DPEA 2HFBA 2V25A 1MXVA 3KGCA 1JW4A 2OK2A 1A99A 3VLVA 5I2KB 2XX7A 4FORA 4U1OA 4F2QA 3SEWA 2F5XA 4G68C 3TMGA 1MQHA 4AQ4A 1LAXA 2PVUA 1LGBC 4IO5A 4GQOA 3S9LC 5AA1A 2YLNA 2I4BA 4I1DA 5L8DA 4YKJA 3O6GA 1P1UA 4KYDA 1LB9A 1NKXA 3O9PA 3VVFA 1XOCA 3K0VA 4G8HA 1B2HA 3O66A 4OHNA 3KN3A 4JWXA 4JWYA 3N94A 1EU8A 4ZZAA 3CFLA 2M8CA 1AL3A 3OXNA 4EXKA 4ZEFA 3HO7A 1MDQA 4YICA 3TTRA 3TQWA 3OEKA 1TT1A 1SW2A 1N7XA 3I6VA 4E0XA 3QXMA 5H8NB 2ZNUA 3QUJA 4H65A 4JSDA 3MPKA 1J1NA 2I6EA 2V3TA 5I59B 3QAXA 2UYEA 2Q2CA 3N5LA 2RKMA 5DVIA 3C31A 2OCUA 1ZTYA 1EZPA 5A5XA 2RC7A 2E0SA 3DP4A 1IIWA 3LUYA 2D3IA 2G93A 1PB9A 3E13X 1QUJA 2Y7KA 2W7YA 4U4SA 1B7UA 3S9MC 4LONB 4DE8A 4EF2A 1PB8A 2VD3A 5AA3A 3UN6A 2ZYKA 3K1MA 3C32A 2CMOA 4JXIA 3S9NC 4H5GA 3AXFA 3SEVA 2QMXA 3GBAA 1PC3A 2DP8A 3U93A 4N6PA 1IXCA 3BFTA 4YU0A 4F3SA 3RQTA 4DLDA 3C35A 3RTWB 2O1MA 4M4GA 3TYHA 4U23A 4YB7A 5H8FA 5H8SA 3TUSA 4GD5A 1Q1KA 4PE5B 1SI1A 5FHOA 3VDFA 1SYHA 2REJA 5I57A 4ESWA 3IR1A 5TP9A 4Z0IA 1NL5A 4E0WA 2OBGA 2D5WA 2OWSA 4DIGA 2Q89A 3K6UA 3W9VA 3PUYE 1EZOA 1OMPA 3MP6A 2HZKA 4G2ZA 3KSJA 4U1ZA 3SEXA 3A3CA 3OO7A 4F1YA 4GFRA 5ICTA 5AE4A 5ELVA 3GBBA 1M5CA 4KYSA 4RYAA 3FZVA 2I0BA 2YPNA 4YKIA 1D4NA 2ZNSA 3TTNA 3HCQA 1LCTA 3A3UA 3OENA 1SI0A 1ATGA 3E3KA 1HSLA 1VFDA 4GLIA 3PD8A 4BDNA 4LZ7A 4F2OA 4QFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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