2DYXA

Structure of the complex of lactoferrin c-lobe with melibiose at 2.0 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-lobe with melibiose at 2.0 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dyxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dyxA02
5CMMA 2F7BA 2XXWA 2Z22A 5L9SA 2OK2A 2FYIA 2X7QA 3MC2A 1JNFA 1LBBA 3BBRA 3W9VA 3C35A 3M3KA 3Q28A 1MQIA 5I58A 1ZU0A 2O7IA 2XX8A 5I56B 3KG2A 3O66A 3RQTA 5DYHA 3GLBA 1MXWA 3LSLA 3OEKA 3N26A 3V5AA 3MP1A 3Q25A 3G3JA 1POTA 1POY1 1SYIA 4MFIA 3SEVA 1GTKA 2DQVA 1ATGA 5I58B 1B1XA 2E1SA 2ZNSA 4G8HA 1N3XA 2DE3A 3LUYA 3PPNA 3H6UA 2Y7PA 1JW5A 1PB8A 3CSBA 1TXFA 4KYEA 3EHUA 5HPQA 4IB2A 2FNCA 4C1TA 1LAHE 4YB5A 2GHBA 3TCHA 3MW0A 1AL3A 4DXCA 1XVYA 4LATA 4NWCA 4FEBA 1MQJA 1D9YA 4IY6A 3QIMA 3BFTA 2QRYA 4GLIA 1JQFA 3KBRA 1UTHA 4X9TA 4LQ5A 3TKDA 4EF1A 2DE4A 4DCYA 1IITA 3PPPA 1GV8A 1TFDA 2RC9A 2Q8JA 3U92A 1M5EA 4R74A 1M5BA 1RYXA 3VVFA 2HFBA 5FHNA 3RT8A 4GXSB 1VFEA 4JBZA 3RPWA 1I6QA 4EF2A 3TYHA 4G4PA 5IAIA 4KI0E 2VP1A 3MP6A 2QSXA 4Q30B 5KCJA 5FTIA 2O51A 2R71A 1EZOA 4F39A 4H5GA 1OIBA 2PBWA 3N5LA 3UGWA 1GGGA 3E3KA 4OYVA 4YICA 1YAEA 3PUVE 3FJMA 3TDJA 4NF4B 1ZLQA 4F1YA 3FASA 2V3UA 1FTJA 1MM6A 3TUSA 3Q26A 2XXTA 4OVJA 3TODA 4N13A 1Y1MA 5AA2D 5DEXB 1MQHA 3HO7A 3C32A 3TTKA 2H99A 5DTBA 1O63A 2I6EA 2DWIA 5I57B 4TOZA 1B5IA 5JTYB 3CFZA 4O3BA 3K2DA 4H6DA 3D4CA 5IKBA 3H4ZA 3TCFA 4EUOA 3SESA 4MLVA 3UP9A 4H8JA 4GD5A 5FHMA 2DE2A 4KD5A 4ZEFA 4L17A 5TP9A 3FJ7A 3OENA 1MXYA 1DOTA 2B3FA 1DTGA 5CBSA 4E0XA 1SW4A 4YU0A 3THIA 1MY2A 1PB9A 4GL8A 3IOVA 4RY1A 1FTLA 3BKIB 1LB8A 3KSXA 2YJPA 5I2KA 4IO3A 2BJJX 3SEYA 4FE8A 2FA7A 2OZZA 4Z7EA 2P2AA 4YKJA 2NUVA 1SVXB 3W9WA 2ZYNA 5AA2B 1SI0A 3UN6A 2ZMBA 4YZZA 4IY5A 2UYFA 2OLBA 3MBPA 4X1DA 5TU0A 3B6TA 3HV1A 3K02A 1MDQA 3CG1A 1MY3A 4YKKA 3PD8A 3KN8A 4WXJA 1R6ZA 4G8NA 5H8NA 1Y3NA 4UACA 3QK6A 3VE1B 2HEUA 1PB7A 3IX1A 3OELA 4BDLA 1MXXA 2ONSA 3O6GA 4BDNA 3LSFB 2ZNUA 4BDRA 2Y7KA 2F36A 1FQCA 3KEIA 5HBCA 4U4SA 5H8NB 1LAGE 1IIWA 1O7TA 4JXIA 4U22A 1H76A 2RF1A 1AH5A 5ELVA 3QUJA 3U94A 1M5FA 2NWJA 3E4RA 4DXUA 1BIYA 2Q2CA 1B7UA 3IO4A 1QUKA 2O68A 2LAOA 1I69A 2QMXA 2O84X 1B3GA 1B7ZA 2HZKA 3VLUA 1QW0A 5EHSA 3MPKA 3RTFB 1ZKBA 4I62A 1EU8A 5BUUA 2F5XA 2OWSA 3JV9A 3MZ1A 1LSTA 4LUBA 3H06B 3O2AA 1PEBA 3IJOB 1WVJA 4XKQA 3KFMA 5H8SA 2Y7RA 4R9GA 4ECFA 4JB7A 2WKYA 3F11A 4PFTA 4ONYA 1UIUA 1S50A 2R6GE 3IK6B 2I0BA 1R9QA 1B51A 4F29A 2F7CA 1FQAA 5ISUA 4F18A 2E0SA 3PUWE 3FXRA 4G77A 2Q89A 4ZECA 3GBBA 1Z7ME 1VSOA 3C33A 1QJMA 2XXYA 1LFIA 3IORA 3T93B 1QKBA 4DCXA 3TAJA 2ONRA 2XXIA 5AA1A 5L8DA 2OBGA 1FTKA 3QYTA 4KFQA 4LONB 4Q8RA 3S2VA 3UORA 1B6HA 3OXNA 3VFJA 4TQUQ 3IAZA 4GRKA 2ESNA 2V25A 2X26A 2AIXA 1B46A 3FZVA 3MVZA 1P1WA 1B3FA 1IXHA 5JK4A 2O1MA 1VFDA 4YKPA 4POXA 4QFKA 2H5YA 1H3DA 2F34A 4KYDA 3FV2A 4GFRA 1TT1A 1P1NA 3PMXA 4IO6A 1N04A 1N7XA 4EQBA 2R9JA 4LQ2A 3K0VA 4NTLA 4OTEA 1Y3PA 3FVNA 4ELOA 1OMPA 1B7HA 4F3SA 4RNSA 2I49A 2UVHA 2RC7A 1A99A 5CMBA 2REJA 4NF5B 5H8QA 3EN3A 3KN7A 2XXHA 1VR5A 2NVUB 4O3CA 2OCUA 2UXAA 1CB6A 3W15C 1NKXA 3VXBA 3H7MA 5I56A 1SBPA 5CBRA 4H8IA 1OLAA 3EPEA 1FQFA 4H65A 5H8QB 1QKAA 2I3WA 1JW1A 2H4IA 2GRVA 1YPNA 4YKIA 4OWDA 1TWYA 3IB2A 4NEDA 3U1OA 3HHGA 3UIFA 2D21A 3A09A 5B7DA 3G3KA 4QFNA 5I2NA 2GH9A 1SYHA 2XXPA 4H5FA 2HQ0A 5DVFA 2D5WA 4THIA 1JEUA 2PT1A 4AB5A 2PMSA 4PE5B 5HM4B 5I2NB 2NXOA 1USYH 1MS7A 1GVCA 3CG3A 1QVSA 4EQ7A 1QUIA 3M3LA 3FXQA 3Q27A 3P7IA 4GVOA 5KZTA 2IEEA 3IOUA 3IOTA 2A5SA 3E9XA 3MP8A 3PV0E 3OO7A 3GXAA 3K1MA 2I3VA 4P11A 2F35A 4R2BA 2DWHA 1OVTA 3ONMA 3EQ1A 4GXAA 1HSEA 3BFUA 1WDNA 3O9PA 1DPPA 2ZYOA 3RY3A 2O1LA 4X1BA 2HAUA 1OVBA 4XXUA 2YPNA 4NF4A 4OMBA 4BDMA 3C31A 2ZNTA 4PFUA 1A8FA 2YLNA 2RINA 2XXUA 3ZKLA 4MH5A 1EH3A 3PPRA 5DEXA 2Y7IA 3C34A 5BWJA 2W7YA 4WKMA 5FTHA 4LZ8A 5I57A 2ONKE 2DVZA 1GR2A 3S4UA 1CE2A 3TPAA 3D4GA 5JTYA 2PT2A 1B2HA 1A8EA 1I6BA 3FJGA 2VD2A 3O29A 1ZJLA 4HCYA 3G3FA 2DWJA 1QULA 2PVUA 1Y20A 3U72A 5LOMA 1B4HA 4FATA 3ECRA 1MH3A 3SKPA 5DVIA 1HSLA 1II5A 4POWA 1XVXA 3MVXA 3I3VA 1FCKA 1LCTA 4KHZE 4Q5TA 4ZEIA 4FEDA 2P0SA 2F97A 2Z8DA 3FATA 4TLMB 5FHOA 3IB0A 4ZDMA 5AA2A 3IO6A 3K00A 2RC8A 2O6AA 3QUFA 1MH4A 4GIZA 2ZYMA 2F7AA 1B52A 1T0KA 3MQ9A 4U1ZA 5K2YA 3TMGA 3MVWA 3ZS6A 1Y4CA 2UYEA 4MBPA 2I0CA 4KQPA 2QS4A 2V3TA 1NMUA 1N3WA 1FW0A 1PBQA 3L6HA 4I9DA 3L6GA 2F6GA 1LGBC 1PC3A 3CSGA 2VHAA 4OEVA 1WODA 2QS1A 3PPQA 3OSQA 4RXLA 1F9BA 1AIVA 4ESWA 4RK2A 2RCBA 1US4A 5H8HB 4QHQA 1SQYA 4P0GA 2V93A 2XX7A 4ISUA 4JWOA 3EHSA 3O6IA 3O28A 4LA9A 4NMYA 3K01A 2OWTA 3QXMA 1NNPA 3TTRA 4PFYA 4EDPA 4F1VA 3CFLA 1OQGA 1H43A 3MAMA 4C1UA 3G3IA 3H6VA 3KSJA 1B3LA 4Z0IA 1MY4A 1UTBB 3DP8A 2G93A 3SERA 2Z8EA 2DS9A 3G7WA 1J1NA 1URGA 2GHAA 2RKMA 3SEUA 1NNTA 1Q35A 5KDTB 4OETA 2Q88A 3DP4A 2VOZA 1UQWA 3VVEA 4XIGQ 1FQDA 4JSDA 2F78A 3I5OA 4BLAA 3HPIA 1IZ1A 3HSTA 1MY0A 4U21A 3KOSA 1IEJA 3M3FA 1IQ7A 2Y84A 5DVJA 2VD3A 2PX1A 3MPLA 1YCJA 2QS3A 3GZGA 1TFAA 4G68C 1B5JA 5CM6A 1VE4A 4OZ9A 2A5TB 4ELRA 1B58A 2Z8FA 5F7VA 4F31B 3OOAA 4R6KA 2DOJA 4H1XA 2REGA 2HXWA 2XXRA 1ZIUA 2QJEA 3R26A 2UVIA 2I4BA 2ALUA 3QAXA 4OQOA 4TLLB 5JEIA 1L5TA 1B0LA 4M4GA 1LBCA 4ND9A 5K2XA 1MRPA 2THIA 2PYYA 4ZZEA 4U4XA 3OMBA 4DE8A 3TEPA 2H98A 4YMAA 1EZPA 4XKPA 1LCFA 3B6WA 4EQ9A 1JEVA 2UVGA 3UA8A 2O7UA 1EZ9A 1SD3A 4U1OA 4PP0A 1B1HA 3S9EA 3C36A 2Q2AA 3T22A 4H67A 3RGYA 3RTWB 1PBPA 2F6PA 3T9XB 3S9LC 1BLFA 1NH8A 3JZJA 5B70A 4F2QA 3OSRA 1URDA 3EHTA 3RN8A 4LZ5A 4NF5A 1XT8A 1MM7A 3O97A 3R7XA 3CI8A 3ZKKA 3VVDA 1Y9UA 3HN0A 4ZEBA 4DZ1A 5CI5A 3K6VA 3PD9A 3RT6B 1R1NA 1SW1A 1P1OA 2HZLA 4OFJA 1A7LA 1B5HA 4LVQA 1SDXA 3TTNA 4IGTA 5H8FB 1LAXA 4YAHX 4F19A 3EF7A 1B3EA 3A3UA 5EYFA 1QUJA 3PUZE 4QSDA 4F2OA 5ITOA 1Y3QA 4NF6B 1Z7NE 4GQOA 3U93A 4ZE9A 2NOOA 3G3GA 3LBSA 1S7YA 2DXRA 3A3CA 3CR9A 4RJZA 5ITPA 2P1SA 4NF8B 1I6AA 3U8QA 1SW5A 4PFWA 4G68B 4G8MA 2I58A 1LFHA 1ANFA 1IXCA 1M5CA 3B6QA 1N0TA 5AA4B 1S9TA 1OQHA 2CMOA 1XC1A 4ZE8A 2ZYKA 1N7WA 3TTMA 1FQBA 4YMBA 4R6YA 4C0RA 1Y4TA 3R6UA 1XHYA 1NL5A 2UVJA 2XD3A 2XXQA 4RK9A 4F3BA 3TCGA 1N84A 4QRZA 1BP5A 3T9UA 4JSOA 3S9MC 1USYE 1FTMA 5I84A 4N07A 4KCCA 1IUDA 4UA8A 2B65A 4R9FA 2AL4A 2HCAA 1SI1A 2H25A 3M8UA 3V89B 4K3FA 4KYSA 3DLNA 2QS2A 2V3QA 4XTCQ 5DT6A 4IO7A 4JWXA 5TPAA 3K4UA 1DPEA 1AOVA 1ELJA 4OXVA 3KJTA 2XHDA 5L9MA 4HW8A 4YB7A 4EXLA 2OJTA 3PUXE 1JW4A 4HCWA 5ICTA 5TPAB 3N6UA 4HS7A 1Q1KA 3SEXA 2XX9A 1IXGA 1UTHB 1MXZA 4OFLA 4P0IA 3MZ9A 4ESXA 1N76A 3C9HA 3TQLA 4MLQA 1OLCA 5AE4A 1URSA 1LLSA 4OEUA 1DMBA 2F8DA 3IR1A 2Z23A 3KGCA 3OD7A 5AA3A 4HTGA 3VV5A 4RA1A 3TTLA 3ILUB 5KCJB 3PPOA 4PQJA 3LSXA 2ABHA 3JYRA 3DELB 4R2FA 3FVOA 3PGFA 3FXUA 4RYAA 3FIRA 2GFEA 3S9NC 1US5A 2I48A 3AXFA 4BDOA 3V8XB 4GF8A 3LC8A 4LZ7A 1A40A 1B32A 4QFOA 3USDA 4RPNA 3DP6A 3ZSFA 3G3HA 2DVCA 3VDFA 3PMVA 4H0WA 2G29A 4NWDA 3ODBA 5TP9B 1MQGA 1NH7A 3HHFA 4OESA 4ZS9A 2VGQA 3MJNA 2QL3A 1RKMA 5H8HA 1XS5A 4KCDA 1B9JA 4QF9A 2D3IA 5I2KB 1MG1A 1BKAA 1MDP1 1B05A 4GOTA 4GWOA 1FTOA 1MY1A 2DP8A 4F22A 1DTZA 3RUMA 3C4MA 1H44A 3OO9A 3GBAA 5CMKA 1LFGA 3FV1A 4F1UA 4U23A 1UTBA 4ZZAA 2Y7WA 5J1DA 3OO8A 3WAEA 2M8CA 3FVKA 3K6WA 3TZAA 3MWBA 3Q29A 4FECA 4KPTA 5KDTA 5EHMA 3K6UA 2B3BA 1MPDA 4OERA 4M1VA 3T9HB 4X48A 1R9LA 2XXXA 3UK4A 4DIGA 1ZMGA 1B3HA 3MZBA 1H45A 4QSCA 3FUZA 2ZXTA 3CRBA 3IOWA 4JDFA 3WAFA 1UIVA 3KN3A 4IGRA 4O3AA 3MUQA 3O6HA 4WEDA 4I1DA 2Q9TA 2ANJA 4ELQA 3ILTB 4IO2A 3T96B 4ELPA 1BTJA 1NFTA 4DLDA 2A5TA 3CFXA 3PU5A 4DXBA 2I4CA 3VXCA 1NNFA 1B4ZA 3CIJA 4R73A 3IL1B 4KR5A 4IO5A 4N6PA 3LSWA 1M5DA 4PETA 4EXKA 1A55A 1HSJA 3TELA 3K1PA 3IJXB 1DSNA 1Y1ZA 3T66A 4FAJA 1LAFE 4XKRA 1SW2A 1PDAA 1XOCA 1ZBMA 4FORA 1MXVA 3MVYA 4GL0A 1JVYA 4XKNA 3E13X 3VLVA 3FD3A 4YB6A 5CC2A 4AB6A 2DWAA 2AYSA 4BDQA 4ZEDA 4NE4A 4R6HA 5L9OA 2XD2A 1ZTYA 1MXUA 5F1QA 1LB9A 4R75A 3N94A 4MF3A 3IB1A 2DSFA 1JVXA 3B7DA 1NNKA 2KLFA 1AMFA 1P1UA 3VLWA 3KJ7A 3I6VA 3H03A 1B40A 5ICQA 4U2RA 1KWHA 2CZLA 3TFLA 1JETA 2V84A 3PUYE 3RNNA 3OEMA 4OFOA 4F3GA 1D3KA 4WEPA 3T9VA 4G2ZA 3FGSA 1YTVA 1MPCA 4OENA 1B0HA 3LR1A 3PMWA 4R72A 3K6XA 5I59A 3KOTA 3DM0A 3QSLA 4Q0CA 3K1NA 3OO6A 1FQEA 4RPOA 4QSEA 3SEWA 2DXYA 2AL5A 1RYOA 1MQDA 4FJPA 4AQ4A 5I59B 2IA4A 1D4NA 1P99A 2HAVA 5CMCA 5H8FA 4QFLA 2H9BA 3H3GA 1O64A 3CVGA 4OHNA 5CRYA 2QPQA 4NF6A 3V83A 3N6TA 3TQWA 3H6WA 1A54A 4LP2B 4E0WA 3RLFE 3FVGA 2XXVA 1P1QA 5A5XA 2QMWA 4NF8A 1D9VA 4QFPA 5M2VA 2O69A 3H6TA 4ZEKA 2RCAA 4FIMA 3SDFA 3KZGA 4G68A 2X7PA 4F3PA 3SETA 4JWYA 4DDDA 1MPBA 1IXIA 3HCQA 2DYXA 4I8CA 5AA4A 5A5XB 4IO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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