2F7CA

Catm effector binding domain with its effector cis,cis-muconate
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
SQTLRIGYVSSLLYGLLPEIIYLFRQQNPEIHIELIECGTKDQINALKQGKIDLGFGRLKITDPAIRRIVLHKEQLKLAIHKHHHPNQFAATGVHLSQIIDEPMLLYPVSQKPNFATFIQSLFTELGLVPSKLTEIREIQLALGLVAAGEGVCIVPASAMDIGVKNLLYIPILDDDAYSPISLAVRNMDHSNYIPKILACVQEVFATHHIRPLIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator catM
total genus 61
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7cA02
4NF6B 4O3CA 4RNSA 2I0BA 4OFLA 1B2HA 4MLQA 5KCJB 2ZYKA 5K2YA 2XXXA 4THIA 3R26A 1RKMA 4EQBA 4FAJA 1B7HA 2F97A 4U4SA 4X9TA 1SW2A 4WKMA 3ILUB 1AMFA 4EXLA 1I69A 4R9FA 2V25A 4IO3A 2HEUA 1P1UA 1DTGA 2O1LA 3MC2A 3O29A 5ITOA 4XXUA 3U94A 1MQDA 1IXCA 3RPWA 2Q2AA 2RKMA 4C1UA 2ZNUA 3QYTA 2Y7PA 1SI1A 5CM6A 2Y7RA 3HO7A 3ECRA 3TDJA 1AL3A 1LGBC 3MVZA 2PX1A 1MXUA 4TOZA 4X1BA 3VLWA 2QRYA 5IAIA 1BTJA 4NMYA 1I6AA 1QW0A 2UYEA 2QJEA 3PPPA 3T9HB 3Q29A 4NE4A 1XT8A 3MZ9A 1FQBA 3VVFA 3K0VA 2QPQA 3H6WA 3O66A 3EHSA 3KSJA 2R6GE 4JBZA 2A5TB 3I3VA 1HSLA 4H8IA 4F3BA 4F3SA 3MP8A 4NF5A 3C9HA 1URDA 4YKPA 4XKQA 3O28A 4RA1A 3RT6B 1MS7A 1SYIA 3RTWB 1MXZA 4QSEA 4DZ1A 1MY3A 1OMPA 4U21A 3TAJA 1MRPA 5I2NB 4YMAA 4FECA 3K6UA 3FGSA 2NVUB 3SKPA 1GVCA 1FQAA 1MXVA 1TT1A 1MPDA 5CBRA 1USYE 2ZYMA 1NH7A 2BJJX 2ESNA 2I6EA 5B7DA 5H8FB 3K1NA 2V3QA 4ND9A 2XHDA 2XD2A 4GL8A 3D4GA 1OLAA 4F1UA 2XXQA 2B3FA 1IXGA 4FEDA 1XVYA 2RC8A 4ZEFA 4H67A 3HV1A 3PUYE 5M2VA 3AXFA 1B6HA 4ZEDA 1MH4A 4LP2B 3K6WA 3MZ1A 4ZE9A 4PE5B 3MUQA 4EF1A 2GH9A 1ZU0A 1JVXA 2DS9A 1S7YA 3RY3A 3HHGA 3H6VA 5TPAA 1SYHA 4GQOA 3CG3A 3CFXA 1B0HA 3SESA 2Q9TA 2B65A 5DVIA 5HBCA 4OENA 1MDP1 1TWYA 1LFGA 1B58A 2QMXA 2V84A 4IGTA 1VR5A 4NF8B 5ICTA 1PB7A 1UQWA 4Z0IA 3PU5A 5LOMA 5AA2D 2NUVA 5CMMA 4JWOA 4GVOA 3KZGA 1GR2A 2HAVA 2HCAA 3IL1B 2H9BA 5ITPA 3W15C 3B6QA 3O2AA 1LB9A 3CFLA 2F7BA 4RK2A 2PMSA 1VSOA 2DE4A 1II5A 3QK6A 3H6TA 1OQGA 1MXXA 5EYFA 3RT8A 5I2KA 1IXIA 4YKIA 1JQFA 3C4MA 4KCDA 5JEIA 1A54A 2DVZA 4IO6A 4PFTA 4G2ZA 1KWHA 4OEVA 5I59A 4R72A 1LFIA 3OO8A 2ONKE 2A5SA 4OERA 4I1DA 1SVXB 5FHMA 4F22A 4QFOA 3RN8A 4NF5B 3DP4A 1WODA 5IKBA 4G8MA 2FA7A 1PBPA 4DIGA 3V5AA 2Y7KA 1JVYA 4JSDA 1DPEA 3QUJA 4FIMA 1BKAA 3KN3A 4YAHX 4NWDA 4HCYA 3IO4A 1IXHA 2QS4A 4GLIA 5EHMA 3N26A 3MZBA 1LLSA 3OSQA 1B7ZA 2H5YA 3U72A 3MAMA 1CB6A 2ZNTA 5AE4A 2ANJA 3KSXA 4H1XA 2Q2CA 4MLVA 5H8NB 1MXYA 4GWOA 1A8EA 4F39A 1N84A 3JZJA 3HCQA 3U92A 4OETA 1JETA 5JTYA 2THIA 4FORA 4QFKA 3B6WA 4YKKA 3T66A 3KOSA 3SETA 3H06B 1IZ1A 1MQGA 4POXA 3JV9A 3PPNA 3PV0E 4RPOA 1FCKA 3H4ZA 1VFEA 4IO4A 5FHNA 3ZKKA 2DP8A 2XXVA 4BDRA 3M3FA 2PT1A 1LCFA 2I3VA 3BFUA 3A3CA 4DCXA 2D3IA 1MPBA 4TLMB 3G3IA 2VGQA 4POWA 4BDNA 3VXCA 4EF2A 4G8HA 4IO7A 4UACA 4PQJA 1N7WA 4C1TA 3MVXA 4R2FA 4BDLA 1YPNA 1FTLA 4H65A 4HS7A 4RXLA 2H99A 1OVBA 4ZZAA 5L9MA 4F3PA 1JW4A 3MVWA 5L8DA 1OIBA 1ZMGA 1JW5A 3EPEA 1OQHA 3VDFA 3CR9A 5BWJA 2PBWA 3QUFA 4YKJA 3T9XB 4HTGA 2XXHA 4IGRA 3VXBA 3W9VA 3FJMA 1Z7NE 4EUOA 3TPAA 2O69A 1MY1A 3FD3A 5H8QB 3TKDA 4HCWA 4WXJA 5AA2B 3FVKA 3N6TA 1OVTA 4PETA 3K4UA 4IB2A 3KFMA 1D9YA 1N3WA 1FQFA 4F1YA 4EQ7A 3KGCA 1JEUA 2QS3A 3MBPA 4YB7A 4E0XA 4OHNA 3PUXE 3PPQA 2HXWA 1QUIA 3IJOB 2O68A 1SD3A 4OQOA 1BIYA 4OEUA 2AIXA 3MJNA 1US4A 4EQ9A 4JSOA 4LA9A 4H8JA 4ONYA 4ZEIA 3CFZA 4ZEKA 1B40A 2DE3A 4GXAA 1XOCA 1NH8A 2OWSA 3LBSA 3LC8A 4QFPA 3IB1A 3FATA 2XXUA 4XKNA 1VFDA 1B32A 3TTRA 4PP0A 2O7IA 1Z7ME 5AA4B 3O97A 2O1MA 2XXRA 4LQ5A 4DCYA 4KI0E 4GRKA 3MP1A 4JWXA 3L6HA 1B3FA 3MQ9A 1PC3A 3CVGA 1B3GA 4QHQA 3EHUA 1N04A 3CSGA 4TLLB 4KCCA 2H25A 1ZBMA 1B5IA 1DOTA 2WKYA 1B52A 3IO6A 4DXUA 4EXKA 1Y1ZA 3IJXB 1P1WA 4Q5TA 4OESA 4FATA 2IA4A 1B5HA 5A5XA 1SQYA 2Y84A 2I3WA 3WAEA 1MQHA 1US5A 5DVJA 1LCTA 1NL5A 1PEBA 1B5JA 5HM4B 3HPIA 1LAFE 2FYIA 4G4PA 4KFQA 2X7QA 4NF4A 1GGGA 5L9OA 2ZYOA 2ZMBA 3PUZE 1FTJA 5I56B 4P0IA 4G68B 1H43A 4U4XA 1A40A 1OLCA 4R6YA 1MG1A 3K01A 2CZLA 5CMBA 4PFWA 4OWDA 2XXTA 2CMOA 3VLUA 3TCHA 1AH5A 3H3GA 2AYSA 4OMBA 1TFAA 1I6BA 1FQDA 1DPPA 1R9LA 5H8HB 2GHBA 1SW1A 2VD3A 1CE2A 5DEXB 1DSNA 1J1NA 4LQ2A 1MPCA 3DLNA 4GIZA 3IB2A 1UTHA 4ZEBA 3Q27A 4OXVA 1QJMA 2G29A 3T9UA 2UYFA 3IAZA 2X7PA 3V8XB 1ZLQA 4Q8RA 4IY6A 3FV2A 3G3JA 3PUVE 4LONB 4GL0A 1EZPA 3UIFA 1FQCA 5AA3A 4LATA 2D5WA 2R9JA 5K2XA 2XXYA 1FQEA 2F78A 3SERA 3ZKLA 1B0LA 4TQUQ 2YJPA 1YCJA 1T0KA 2Q8JA 3K02A 4U1OA 1D9VA 4KPTA 4I8CA 2V3TA 3H7MA 3S9LC 1Y20A 1S50A 3TMGA 1O7TA 1LAHE 4R6HA 4AB6A 1URGA 2M8CA 5TP9A 4ESXA 2XD3A 1SBPA 1XHYA 1PB9A 1NNKA 1LAGE 1Y3QA 3PMWA 5FTIA 4AB5A 3ONMA 2E1SA 4MBPA 2Y7IA 2R71A 5I57A 3RLFE 4F1VA 1JNFA 1F9BA 4KD5A 3ZS6A 2XX7A 4N07A 4ZE8A 1GV8A 3OELA 1WDNA 5DTBA 2QSXA 1D4NA 3TELA 3MWBA 3FXUA 2RC7A 5FTHA 3S9MC 2NXOA 3H6UA 3U1OA 3M3KA 1O63A 1FW0A 1B9JA 3G7WA 1LAXA 1MM7A 4LZ7A 2FNCA 3CRBA 1B3LA 3IB0A 3S4UA 5B70A 1XVXA 3RGYA 1LSTA 3G3FA 3IR1A 5DVFA 4OTEA 2OLBA 3L6GA 3TTKA 5KDTA 3QSLA 3PGFA 4H0WA 4YB5A 1QULA 1UTBA 3U93A 4YB6A 4KYEA 4M1VA 2GHAA 3VV5A 5I84A 5KCJA 2Z8EA 2NOOA 3VVEA 2ONSA 4R6KA 5ELVA 2I58A 4C0RA 3KJTA 2DWIA 1QUJA 3B7DA 1B4HA 3OO7A 3FASA 3PMVA 1ZJLA 3TEPA 2QS2A 2O7UA 1ANFA 1BLFA 4JWYA 4ZECA 2V3UA 2AL4A 3OEMA 4U2RA 1H76A 4I62A 1D3KA 3C31A 3KOTA 2HFBA 4XIGQ 2DQVA 3E13X 3RUMA 3CI8A 4GD5A 1VE4A 1QKBA 2ABHA 4QFLA 1S9TA 1IIWA 1A99A 3HSTA 4YMBA 3DM0A 1PBQA 3T9VA 4KYDA 4BLAA 3WAFA 1PDAA 3LSFB 3VFJA 2O84X 1HSEA 3K1MA 4FE8A 4R73A 1H3DA 2Q88A 4WEPA 4ELQA 2Y7WA 3LUYA 4MF3A 4BDMA 5TPAB 5HPQA 4XTCQ 4ISUA 3TTLA 2DXYA 1B3EA 2RCAA 1MH3A 2V93A 2A5TA 3VVDA 4G77A 4U23A 2NWJA 1MM6A 3B6TA 3TCFA 1XS5A 1R9QA 4BDQA 4GFRA 3RNNA 4UA8A 3T93B 3TFLA 3G3KA 1JEVA 2F8DA 4QSDA 3ZSFA 3TCGA 3FXRA 3R6UA 3PPRA 4RYAA 1RYXA 5I2NA 3IK6B 2HZLA 4U1ZA 5F7VA 5I57B 3A3UA 1Y4TA 1M5FA 1USYH 2E0SA 1P1NA 4QRZA 2OCUA 4F2QA 3JYRA 5I2KB 2P2AA 3TTMA 1EU8A 2UVJA 4RY1A 2OK2A 2X26A 2Z23A 5H8FA 4F19A 5I59B 3E4RA 5CRYA 4P11A 4H5GA 4R74A 1M5EA 4ZZEA 1B3HA 3LSXA 3O9PA 3PMXA 1P1QA 3Q25A 4L17A 2D21A 2DYXA 5TU0A 4ELPA 3TZAA 3IOTA 2F7CA 1NKXA 4G68C 2DSFA 4X48A 2I4CA 3VLVA 3CG1A 1UIVA 2G93A 4F18A 4MFIA 2QL3A 3Q26A 1PB8A 3IOUA 4DLDA 3K1PA 3FVNA 1IQ7A 1LBBA 1H44A 2I48A 2KLFA 4QSCA 3OO6A 1FTOA 3EF7A 4ZS9A 4KHZE 1SDXA 4GXSB 3IORA 4I9DA 3GXAA 3SDFA 1MY4A 1POTA 1ZKBA 2I4BA 2LAOA 4NF8A 2ZYNA 5JTYB 1NNPA 1A8FA 3USDA 2QMWA 2ZNSA 1QKAA 3OEKA 4HW8A 3OD7A 1BP5A 4N13A 1SW4A 2UVGA 3P7IA 3V83A 4F29A 3TYHA 1SW5A 4MH5A 1Q35A 3F11A 5CC2A 2XX9A 3OOAA 1RYOA 2H4IA 4IO5A 5H8SA 1N7XA 1TFDA 4OYVA 2DWJA 2IEEA 4F3GA 1P1OA 2VP1A 4R9GA 3SEYA 4XKPA 1MY2A 1MXWA 3FVGA 4KQPA 1IITA 3KN7A 4LZ8A 3BFTA 4ZDMA 3KG2A 3MVYA 3I6VA 3E9XA 1UIUA 3Q28A 2DWAA 2F36A 3RQTA 2RC9A 3OMBA 5CI5A 4IO2A 3TUSA 2HAUA 3CIJA 1QVSA 4BDOA 2Z22A 4IY5A 3SEWA 4O3BA 1B1XA 2F5XA 4ESWA 1B4ZA 1M5DA 3DP8A 3QXMA 3FVOA 5J1DA 3FXQA 3K00A 3GLBA 1DTZA 5JK4A 2XXIA 1Y1MA 1MDQA 3OENA 2ZXTA 4KYSA 3MPKA 1B1HA 1L5TA 2OZZA 3KN8A 2ALUA 1NMUA 2QS1A 2PVUA 2PYYA 5H8NA 5BUUA 1LFHA 1EH3A 1Y9UA 3HN0A 1B46A 3TQWA 3S9NC 1O64A 4GOTA 2ONRA 1ZIUA 4G8NA 1EZOA 1YAEA 2W7YA 4LUBA 2DWHA 4LZ5A 3K6XA 5I58A 3TQLA 3G3GA 4QF9A 3IOVA 3FIRA 3TTNA 5DYHA 2YPNA 3VE1B 1NNFA 1HSJA 1Y3NA 3M8UA 3U8QA 3DP6A 3MW0A 3FJ7A 4RJZA 4OFJA 4XKRA 4FJPA 3UGWA 1WVJA 2Q89A 3PD8A 2PT2A 2OJTA 3W9WA 2YLNA 3SEXA 4LVQA 2F35A 2F6PA 2GRVA 4P0GA 3QIMA 2AL5A 3FZVA 4F2OA 4DXBA 3K2DA 3H03A 3S2VA 2VOZA 5KZTA 1FTMA 3ILTB 1SI0A 2UXAA 4O3AA 4JDFA 3GBAA 2XXPA 3G3HA 1Y3PA 3SEVA 1NFTA 2OBGA 3SEUA 3KEIA 5CMKA 1R6ZA 3D4CA 3O6GA 4ECFA 3C35A 1A7LA 4X1DA 2DE2A 5EHSA 5FHOA 4Q0CA 1B7UA 4DXCA 4K3FA 2GFEA 1N3XA 5H8QA 2UVIA 5A5XB 1TXFA 2DVCA 3UP9A 2I49A 1B05A 1A55A 5AA2A 1EZ9A 1URSA 1FTKA 5DT6A 1MQIA 4RK9A 3T22A 3PD9A 1POY1 3IOWA 3UN6A 4NF4B 2P1SA 3K6VA 1IUDA 3FJGA 1JW1A 3OSRA 3EN3A 1XC1A 3MP6A 2F7AA 1GTKA 3C36A 4NF6A 4R75A 1B51A 3LR1A 4PFYA 2B3BA 3TODA 1LBCA 4NEDA 3N94A 2REGA 4ELOA 3RTFB 3C34A 3I5OA 1MQJA 2RINA 3BBRA 2I0CA 4U22A 4H5FA 2HZKA 3PUWE 3OXNA 4YICA 5F1QA 1ELJA 3O6IA 2RCBA 1UTHB 3EHTA 2RF1A 5AA4A 1H45A 2REJA 2VHAA 4RPNA 2O6AA 4F31B 3C32A 3KBRA 3S9EA 2Z8DA 3THIA 4Z7EA 5AA1A 3MPLA 1M5BA 3DELB 4WEDA 4NTLA 2OWTA 4OFOA 5CBSA 1I6QA 3GZGA 1R1NA 4OVJA 3ODBA 4GF8A 4YU0A 5I58B 2F6GA 4OZ9A 3LSLA 3HHFA 4EDPA 1YTVA 4NWCA 2VD2A 3O6HA 4DDDA 3V89B 3UK4A 2DOJA 4YZZA 1QUKA 1ZTYA 3CSBA 3PPOA 2Z8FA 4M4GA 1AIVA 2O51A 3FUZA 4JB7A 2F34A 5I56A 4G68A 3GBBA 5TP9B 3UORA 5ISUA 2DXRA 4JXIA 3LSWA 3N6UA 4H6DA 3M3LA 1AOVA 2XX8A 4AQ4A 4DE8A 3FV1A 1M5CA 3OO9A 3BKIB 3QAXA 5L9SA 1P99A 1DMBA 1N76A 3KJ7A 4N6PA 3C33A 4Q30B 1IEJA 1ATGA 1Y4CA 5H8HA 4R2BA 3IX1A 2UVHA 5DEXA 5CMCA 2XXWA 3E3KA 3T96B 3R7XA 3UA8A 3N5LA 1N0TA 2H98A 4QFNA 2P0SA 2HQ0A 1NNTA 1LB8A 1Q1KA 3EQ1A 3A09A 5ICQA 5KDTB 4E0WA 4PFUA 4FEBA 4KR5A 1UTBB 1MY0A 4ELRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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