2F97A

Effector binding domain of benm (crystals generated from high ph conditions)
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
total genus 72
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f97A02
4NEDA 3ZKLA 4JWXA 4ZZAA 3T9XB 1S50A 1VR5A 3I6VA 3IOWA 4RNSA 4LZ7A 4OFJA 4EUOA 2ZYOA 2QS3A 4GFRA 1TFAA 4G77A 1N76A 2XHDA 2H25A 3R26A 1OLCA 4G8HA 3CSBA 5ICQA 2E0SA 1LAXA 1UIUA 1A8EA 3CR9A 1D9YA 3PUWE 1DTZA 4H8IA 3MUQA 2GHBA 3KOTA 4P11A 4F31B 2RC7A 4ECFA 1II5A 1Y3PA 4QFOA 4ZEDA 4YMAA 1AOVA 1IIWA 2QL3A 3OELA 3VXCA 4QFKA 2VOZA 2H98A 3TUSA 4OMBA 3HCQA 4R75A 3M8UA 2XX9A 2UXAA 3BFTA 4PFWA 4KFQA 3FVOA 4RXLA 4LZ5A 5H8FB 1YTVA 3PMXA 1FTOA 4R72A 2PVUA 4RA1A 3MVXA 2ONKE 1I69A 5H8FA 1I6AA 5I2KA 3EPEA 2XXIA 5M2VA 1JNFA 2XXWA 4RYAA 3EQ1A 3OEKA 4IO3A 3V83A 1LGBC 3O6GA 1QJMA 1B5IA 3TTRA 4YKIA 2DWJA 3KJ7A 2UYEA 5IKBA 1D3KA 1Y20A 1YPNA 2DVCA 2Q2AA 2I58A 3O28A 3KG2A 2I3WA 3PPQA 1NFTA 2VHAA 5DVFA 3LBSA 3FIRA 4O3CA 3W9VA 4WEDA 5KZTA 3PUYE 4H67A 3E4RA 4F3BA 2F7BA 1QUIA 3MVYA 2R6GE 2Q8JA 3LR1A 1GTKA 4WEPA 4OETA 4JWYA 1USYH 4QSDA 2F34A 4GIZA 4WXJA 3MPKA 4N07A 3EHUA 1VE4A 3UORA 1A54A 2X26A 2ZYKA 2LAOA 3C9HA 4IB2A 3K0VA 3PPNA 3T96B 1WODA 4XKNA 4ELPA 5AA2D 1B1XA 3O66A 4ELRA 1PDAA 3DP4A 1FQFA 3DM0A 2AL5A 4Q8RA 4R73A 2Z8DA 1MM6A 5HM4B 3DELB 1R9QA 4NF4A 4G8NA 3GBBA 3TKDA 1MQGA 3RGYA 2HZLA 3CRBA 1BIYA 1MY1A 2UVHA 3HV1A 4IO4A 5DYHA 1EZPA 1XS5A 1ZTYA 4DCXA 2OK2A 4DLDA 3MVZA 2B65A 3PPRA 3VDFA 3H06B 3FXQA 3OEMA 3LSWA 4LUBA 1EZ9A 1B05A 2G29A 1JQFA 4GQOA 3KEIA 4HTGA 1MPDA 5CMKA 5FTIA 4DXUA 4DIGA 2I0BA 5DTBA 1FW0A 1O7TA 3WAEA 2QS1A 1ZKBA 2DE4A 3TTMA 4R2FA 3OENA 1IEJA 3V8XB 4QFPA 1H45A 4MLQA 1QW0A 2XX7A 4QSEA 1MY0A 4TLMB 1MPCA 1LAFE 1Y3NA 3SDFA 3H4ZA 4KD5A 4HCYA 4FECA 2V25A 4GRKA 1N7WA 4F3PA 1LCTA 1F9BA 5F7VA 4OXVA 5F1QA 1DPEA 5I57B 5H8NA 1B7UA 3IO4A 4GXAA 4O3BA 4GOTA 5I57A 1TWYA 5KDTA 4KCDA 2GHAA 4OERA 3H03A 3SKPA 2F36A 1LBBA 1FTJA 2I6EA 3LUYA 4BDQA 1SVXB 2XXXA 2VD2A 3N26A 5JK4A 2XD3A 1Q1KA 3G3FA 4IO2A 1MY4A 5L9MA 1LB8A 1TFDA 1OQGA 3VLUA 5AE4A 3TMGA 1Z7ME 1US5A 4AB5A 3PUVE 1BP5A 2ABHA 2FA7A 2XX8A 3HHGA 1RYOA 2ZYNA 3EF7A 4K3FA 5FHOA 1VSOA 2O1MA 2GRVA 1B0LA 5B7DA 1OQHA 1B5HA 3E9XA 2O7UA 3TCHA 3IJXB 4X48A 2O6AA 2Z8EA 3CIJA 3H6VA 3IORA 1B3EA 4U22A 3KN3A 4GLIA 3CG1A 4P0IA 1XC1A 1DTGA 3QAXA 4HW8A 2AL4A 2DXYA 1NNKA 1ZIUA 3EN3A 5BWJA 2DYXA 4RY1A 5LOMA 1QUKA 5KCJA 2RCBA 1ELJA 3N6TA 3FXRA 1H44A 3H6TA 1SDXA 4DXBA 1I6BA 3FUZA 2ZXTA 2I3VA 2FNCA 1JW1A 1MS7A 3SEWA 4POWA 3N94A 3W9WA 3PPPA 3K2DA 1URSA 4FJPA 1JETA 4N13A 3QUFA 2D3IA 1KWHA 2Z22A 3ZSFA 1Y9UA 5EHMA 3PV0E 2V3QA 4QHQA 1QVSA 4YKJA 1DSNA 1SYIA 1CB6A 1NH8A 3C35A 3RNNA 4OHNA 3QXMA 5AA1A 2GFEA 3VFJA 3QK6A 3G3GA 2R9JA 3HPIA 1MG1A 2AYSA 4C0RA 4ZE9A 4UACA 1R6ZA 4N6PA 4NWDA 3RT6B 2H5YA 2NXOA 3D4GA 2HAVA 4AB6A 5TPAB 2QPQA 3H3GA 4E0WA 1MXYA 2IEEA 2DQVA 4KR5A 5TPAA 3TQLA 4E0XA 3K1MA 3MZ9A 1ZU0A 1IITA 1XVXA 1Y1ZA 1UTHB 1BLFA 1MXVA 2XXQA 3ZS6A 1UTHA 1MDP1 1PEBA 1AH5A 4EDPA 3MW0A 3CI8A 5IAIA 3UK4A 5HPQA 2OJTA 3I3VA 3C34A 1N3XA 4X1DA 1P1WA 4YMBA 2Q89A 2V3TA 4THIA 2Y7WA 2P0SA 3RTFB 3T9VA 2PBWA 2RF1A 2HQ0A 2F97A 1PB8A 4Q30B 2F8DA 3EHTA 1NL5A 4FEDA 4LATA 3FJMA 2IA4A 3FD3A 2I49A 3GLBA 3S9NC 4TQUQ 5CI5A 3K6UA 4PFTA 4G8MA 1P1OA 5CMBA 3DP6A 3IB0A 4TLLB 1D9VA 3S9EA 1AIVA 2QS2A 1NNTA 4GD5A 5CM6A 2V93A 1A55A 5H8QB 4IO7A 5DVIA 4KYEA 3SEXA 3T66A 4H5FA 2UVIA 2DWHA 5H8QA 3IOUA 3VE1B 4R6YA 2Y7RA 4Q5TA 3RPWA 3ECRA 4IO5A 4XKRA 4NF8B 1I6QA 1MXZA 2OLBA 4FE8A 3ZKKA 3ILTB 3TCFA 4I9DA 4IY5A 4NF8A 3DP8A 3RQTA 1UQWA 3U1OA 1PC3A 1A7LA 4XKPA 4F3SA 4BLAA 3SERA 4Z7EA 3RTWB 4JSDA 2P1SA 4C1TA 1HSEA 3LSFB 3N5LA 1L5TA 3S2VA 2Z23A 1PB7A 2B3BA 3S9MC 1LBCA 3VVDA 3OSRA 3PGFA 2P2AA 1S7YA 4MF3A 3MBPA 1UTBB 2D21A 2V84A 3TFLA 3CSGA 5BUUA 1BKAA 1DOTA 2NOOA 4M1VA 3PUZE 3IJOB 3VVFA 2QRYA 4QF9A 3IK6B 2XXUA 1Q35A 3G3JA 3KZGA 1N7XA 3MZ1A 1JEUA 2HAUA 4DDDA 4LONB 1R1NA 2F6PA 4RPOA 2PYYA 3PUXE 4ZEKA 3UIFA 3A09A 2Y7KA 3FV2A 3C4MA 3MPLA 4NMYA 4U23A 2HFBA 3K1NA 2CZLA 3G3HA 3B6TA 4NF6B 1URGA 4EF1A 1FQBA 1MPBA 2Y84A 2AIXA 3K6XA 4OVJA 3S4UA 1JVYA 3TEPA 5CMMA 4RK2A 1FQDA 3UGWA 4H5GA 4ZZEA 4TOZA 4EQBA 1SI1A 1LCFA 1N04A 3KFMA 3ODBA 1P99A 1S9TA 5ITPA 4R74A 3SESA 4NWCA 3D4CA 3IOVA 1URDA 2UVJA 4XIGQ 4PFYA 5CC2A 1PB9A 3IOTA 2UVGA 1FQAA 1GGGA 4U4SA 1LAHE 1O64A 1MQHA 4PP0A 1JEVA 4ESWA 3F11A 3G3KA 4I8CA 1VFEA 4NE4A 4WKMA 3C32A 1LLSA 1B7HA 2DE2A 1BTJA 2WKYA 1SBPA 5B70A 2PX1A 2PT2A 2R71A 4MBPA 1EZOA 1EH3A 3SEVA 2PT1A 3T22A 1GV8A 2HXWA 4U1OA 1MXWA 1TT1A 3TCGA 2OBGA 1WDNA 2O84X 2RC8A 3HHFA 3Q27A 1IXCA 3R7XA 3MP6A 3V89B 2OWTA 2ALUA 2DVZA 4R2BA 3K1PA 1B3LA 1NNPA 2W7YA 3BBRA 3K00A 1A8FA 3BFUA 1SW1A 1FCKA 4OQOA 2DP8A 4OFLA 3PPOA 4YB7A 3OO7A 3MVWA 4F3GA 2ESNA 5CRYA 3M3LA 1QKBA 3PU5A 4F1UA 1MDQA 4YKKA 3TPAA 1PBQA 1LSTA 4PE5B 1B3HA 1EU8A 3ONMA 2Q88A 1B5JA 3VXBA 3MP8A 3ILUB 2DSFA 4ZECA 3GXAA 3IX1A 4F18A 1OIBA 1USYE 3IB2A 2X7QA 2ONRA 2HZKA 1Z7NE 4BDNA 3MC2A 5I2NB 2KLFA 4QSCA 3TZAA 2QMWA 3CFXA 1OLAA 3OD7A 2O1LA 3FV1A 1SW5A 5I2NA 1SD3A 3FATA 4ZEBA 1MM7A 3TDJA 2F6GA 2RC9A 5I56B 3TYHA 5K2YA 1P1QA 4MFIA 3GZGA 5I56A 2BJJX 1M5EA 4QRZA 4H0WA 1T0KA 4OTEA 1B7ZA 1B4ZA 1JVXA 1FTMA 2Z8FA 4PQJA 1B52A 4U1ZA 1M5DA 4ELOA 4GXSB 3CFLA 2B3FA 1XHYA 3MWBA 1ANFA 5K2XA 3KN8A 4GVOA 4JB7A 3UP9A 4XKQA 3Q28A 4OZ9A 1MXXA 4GF8A 4FATA 4JXIA 4ISUA 5ICTA 2F5XA 2DE3A 3TTNA 3I5OA 4F1VA 1Y4TA 3FVNA 1B1HA 4OFOA 5ELVA 3UN6A 1AMFA 2I48A 1MQJA 4OYVA 4JDFA 5JTYB 2DS9A 3HSTA 1LFIA 4KYSA 2ZMBA 4I62A 3PD9A 5ISUA 5A5XB 4FIMA 3DLNA 2NWJA 3VLWA 1ZJLA 3KGCA 5TP9B 4M4GA 5CBRA 5A5XA 2O68A 4OEVA 1ZLQA 2NVUB 3B6WA 4G68C 1YCJA 4HS7A 3TTLA 1IUDA 4L17A 2I0CA 4XTCQ 4DZ1A 4F39A 4YB5A 1B58A 3CVGA 5DEXB 1NKXA 2H4IA 4IGTA 4YICA 3JV9A 1SQYA 3JYRA 5DEXA 2DXRA 3C36A 1DPPA 4KI0E 1B6HA 1JW5A 1XOCA 4NF5B 3V5AA 1B46A 4F29A 2H9BA 4KPTA 4EQ9A 3O97A 1PBPA 2REJA 4NF5A 4G68B 3U93A 4YZZA 1HSJA 3SEYA 4EXLA 4JWOA 4G68A 3RY3A 4RK9A 5ITOA 3LSXA 1SI0A 2I4BA 2XXRA 1Y4CA 2F7AA 3MJNA 3JZJA 2O69A 4DCYA 2VP1A 1NMUA 3VLVA 3A3UA 4ZEIA 4DE8A 2XXTA 1IQ7A 2O7IA 3IAZA 4ELQA 4OEUA 2GH9A 2O51A 3MAMA 1A99A 3FJGA 5CMCA 1SW2A 3PMVA 3RN8A 3TODA 4P0GA 3O9PA 1B3FA 1M5BA 3TAJA 3K02A 1FQCA 2Y7PA 3U94A 1SYHA 3R6UA 4H8JA 2Q2CA 5I2KB 4R9FA 1RKMA 3QUJA 1HSLA 3AXFA 3OO8A 4XXUA 4POXA 3Q26A 4GL0A 2X7PA 2OZZA 2QS4A 2ZNSA 4G2ZA 4PFUA 2NUVA 4H1XA 3U72A 2VD3A 1US4A 4QFLA 1FTKA 3T9HB 4UA8A 2XXPA 1POTA 2XD2A 5L9OA 2F7CA 3M3FA 5FTHA 1MXUA 3FXUA 2OCUA 4OESA 3MP1A 2YJPA 2M8CA 2RKMA 5DVJA 5AA2B 3GBAA 1LFGA 4EXKA 2RCAA 4OENA 4BDLA 2XXYA 5AA2A 3TTKA 3RUMA 1J1NA 2REGA 4G4PA 3VV5A 1UTBA 4ND9A 1QKAA 4ESXA 2G93A 1FQEA 4YAHX 5CBSA 5H8SA 3CFZA 4Q0CA 3M3KA 1M5FA 5H8HB 3KSJA 1AL3A 3K6WA 1B4HA 4GWOA 2I4CA 4C1UA 1LAGE 1MY2A 5H8HA 3TELA 1OVTA 1XVYA 2Q9TA 1WVJA 1MY3A 2RINA 1QUJA 4FORA 1UIVA 2A5TB 3THIA 1D4NA 4PETA 3HO7A 1NNFA 2A5TA 1MH4A 1POY1 4X9TA 4LVQA 4R6KA 3PD8A 2HCAA 1XT8A 4NF6A 5I84A 3Q29A 4NF4B 2F78A 2OWSA 3FVGA 3G3IA 3FJ7A 2D5WA 2UYFA 1B2HA 3Q25A 3LC8A 1P1UA 1GR2A 3VVEA 4FAJA 4LQ2A 1B3GA 2YPNA 2PMSA 3EHSA 1OMPA 4IGRA 3IL1B 5I58B 2ONSA 5AA4B 4R9GA 3KSXA 1MRPA 3OMBA 2QMXA 5I58A 3RT8A 5AA4A 3KBRA 3T93B 4ONYA 3B6QA 1Y3QA 2DWAA 4BDMA 1LB9A 3KJTA 1QULA 3USDA 1TXFA 2E1SA 1H43A 3O6HA 3G7WA 4U21A 1B9JA 3P7IA 3IO6A 5TU0A 2HEUA 4YKPA 3OXNA 4MH5A 3FGSA 4ZDMA 2YLNA 5JEIA 5H8NB 5HBCA 3A3CA 1H76A 1IXHA 4ZS9A 3FASA 5KDTB 2DWIA 5I59B 1MH3A 4RJZA 2ZYMA 4RPNA 4X1BA 3MQ9A 2V3UA 5I59A 3BKIB 3IB1A 3O29A 4KCCA 1N0TA 1ATGA 1JW4A 1LFHA 1OVBA 1ZBMA 3W15C 3E13X 3U8QA 3IR1A 4IY6A 3HN0A 4YU0A 5DT6A 3O2AA 1B51A 1SW4A 2CMOA 2QSXA 4ZE8A 3TQWA 3MZBA 3WAFA 1IZ1A 1ZMGA 5FHMA 4KHZE 1MQIA 4O3AA 4DXCA 3K4UA 4F19A 4HCWA 4MLVA 3KN7A 1B40A 3K01A 5L8DA 5AA3A 1M5CA 4U4XA 4YB6A 3C33A 4QFNA 4OWDA 4H6DA 1NH7A 3O6IA 4EQ7A 3H6WA 2A5SA 2ZNTA 3QSLA 3PMWA 2XXVA 3K6VA 1N3WA 4JSOA 3B7DA 4FEBA 5KCJB 3FVKA 2XXHA 1FTLA 1Y1MA 5FHNA 2THIA 4KYDA 3QIMA 3OOAA 1IXIA 3H6UA 1CE2A 3QYTA 3N6UA 2VGQA 4LP2B 3SETA 3E3KA 4LQ5A 5EHSA 4KQPA 3LSLA 1RYXA 4F2QA 3CG3A 3U92A 2QJEA 1GVCA 2F35A 4F2OA 4Z0IA 4JBZA 2FYIA 1B0HA 3OO9A 3FZVA 4BDOA 4LZ8A 2H99A 4AQ4A 5J1DA 5EYFA 4LA9A 1N84A 3C31A 3RLFE 1DMBA 4EF2A 4NTLA 4F22A 5JTYA 4GL8A 5L9SA 3H7MA 3L6GA 2DOJA 1B32A 4U2RA 4ZEFA 2ANJA 3UA8A 1A40A 1P1NA 1VFDA 1R9LA 1IXGA 3KOSA 3OSQA 5TP9A 1YAEA 4BDRA 2Y7IA 3SEUA 4IO6A 3S9LC 4F1YA 2ZNUA 4R6HA 1O63A 4I1DA 3L6HA 3T9UA 1H3DA 1MQDA 4H65A 3OO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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