2FYIA

Crystal structure of the cofactor-binding domain of the cbl transcriptional regulator
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
SHMTNDTSGVLTIATTHTQARYSLPEVIKAFRELFPEVRLELIQGTPQEIATLLQNGEADIGIASERLSNDPQLVAFPWFRWHHSLLVPHDHPLTQISPLTLESIAKWPLITYRQGITGRSRIDDAFARKGLLADIVLSAQDSDVIKTYVALGLGIGLVAEQSSGEQEEENLIRLDTRHLFDANTVWLGLKRGQLQRNYVWRFLELCNAGLSVEDIKRQVMES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Escherichia coli k12
publication title Structural Basis of the Sulphate Starvation Response in E. coli: Crystal Structure and Mutational Analysis of the Cofactor-binding Domain of the Cbl Transcriptional Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator cbl
total genus 63
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fyiA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fyiA02
3E4RA 4IO6A 4NF8A 3KZGA 5KDTA 3G3JA 1LAGE 2RINA 2XX8A 4OETA 3TTMA 4F3GA 3L6HA 2F97A 1PDAA 1LFHA 2Z8FA 1B4ZA 3DP6A 3H4ZA 5CM6A 4DXBA 5I84A 4IY5A 5DEXB 3GBAA 3T9XB 4OVJA 4JDFA 3MPKA 3VLWA 1B46A 4QSCA 1MPBA 3MW0A 1SDXA 1URGA 2NXOA 4BDOA 3KOTA 1B3EA 4YB7A 3BBRA 1WVJA 3GLBA 1MXYA 2DOJA 5I2NA 1SI0A 4U2RA 3HN0A 3HSTA 2VHAA 3C32A 1LSTA 3QXMA 4JWXA 2R9JA 3OMBA 2V25A 5I58B 3FJ7A 3K1PA 2OZZA 5ISUA 1A8FA 1N7WA 4F2QA 4F18A 1IXGA 4QSDA 2XXTA 4R2BA 3T9UA 4NEDA 4F3SA 5DEXA 4ZE9A 1TT1A 1O64A 3B7DA 5K2YA 4KCCA 4U23A 5FTIA 4DCXA 3EPEA 4RY1A 3IX1A 1H44A 3V89B 1Q1KA 1Y3QA 3FASA 3FVKA 4WXJA 2AYSA 4LQ5A 4GXAA 2ZXTA 1ANFA 5TP9A 3S4UA 1GTKA 2I58A 1J1NA 4OFJA 3K02A 1SYHA 2FA7A 3T93B 1ZLQA 2F5XA 4LA9A 1Q35A 3OXNA 4QRZA 4R73A 3USDA 1D3KA 1DMBA 1FQBA 1RKMA 3RGYA 1BKAA 1N84A 3MZ1A 4LATA 4MH5A 2XXYA 3FZVA 2O69A 2ZNTA 5HBCA 1YCJA 3UIFA 4NE4A 5H8QB 3PD8A 3VE1B 1MPDA 3IORA 3VXCA 3BKIB 4U22A 2RKMA 3KEIA 3QAXA 3QSLA 1QKBA 4QF9A 4LZ5A 5FHNA 3VV5A 5ITPA 1FQFA 4KPTA 4TLMB 4OZ9A 2DWIA 2Q2AA 4I1DA 2OK2A 4PQJA 4OWDA 2QMWA 3IOTA 1F9BA 1OIBA 3Q27A 4FECA 3PUVE 3TELA 3R26A 3V83A 1LLSA 3LSFB 5DVFA 3EHSA 4HS7A 3SEYA 4DDDA 2PVUA 5EYFA 4BDMA 4RPOA 3ZSFA 2NWJA 3OELA 2H5YA 2M8CA 1O7TA 3B6QA 3MWBA 3SKPA 1NNFA 3A3CA 4ECFA 2REJA 1EZPA 3PPNA 4KHZE 4PFUA 3SEVA 3UP9A 3SEWA 3K6UA 2QRYA 3FVOA 3PUYE 1A7LA 1OVTA 2DYXA 2XXQA 4I62A 3CSGA 1XOCA 2OWTA 3OO6A 3THIA 3V5AA 3OO9A 2UVHA 5H8SA 3SETA 2QS1A 2P2AA 2VD2A 5I2KB 2ABHA 3OEMA 4ZEDA 2B3FA 3A09A 4ZDMA 3LUYA 1BLFA 2HQ0A 2DXYA 3MP6A 3DP4A 2NUVA 4FJPA 4KD5A 4LVQA 4ZECA 1B0HA 2XXHA 3MC2A 1FQEA 4RYAA 3CSBA 4G2ZA 1B58A 2VD3A 2RF1A 1B52A 1MXVA 1XVYA 5DTBA 2D21A 1MS7A 3IO4A 1I69A 3E13X 4F2OA 4XKRA 1LAFE 3H06B 3N94A 1Z7NE 4R74A 3C35A 1MY2A 4L17A 3O6IA 3K4UA 1P1UA 3T22A 3H3GA 1O63A 3RTFB 1N7XA 4QFOA 4YAHX 1SBPA 4OEVA 3VLUA 1NMUA 3G3FA 1IZ1A 1LFIA 4OYVA 4FEBA 3M3KA 5KZTA 4WKMA 1IUDA 5TU0A 3O28A 4GFRA 2XXXA 2DVZA 1PBQA 4GWOA 4MLVA 4RNSA 4KYSA 4NF4B 5L9MA 1H3DA 5FTHA 3VDFA 4ZS9A 5CMCA 3RLFE 4KI0E 4Q30B 4YB5A 4EQBA 4JB7A 4Z0IA 3SESA 2OCUA 3T96B 4PFTA 3R7XA 4NMYA 3SEUA 4EQ7A 3KFMA 4F1VA 1MQJA 3SDFA 2R6GE 4ELOA 4QHQA 3IOWA 3B6TA 3UN6A 5CMBA 2Y84A 3FJGA 1DTZA 3KSXA 1XS5A 1QVSA 4QSEA 4NF4A 3CIJA 3QYTA 5CC2A 1MM6A 2LAOA 4AQ4A 3TMGA 3WAFA 4Z7EA 4ZZAA 2XXRA 4POXA 4ELPA 4DIGA 1XC1A 3S2VA 5JEIA 4ZE8A 1UTHA 1WODA 4NWCA 4IO3A 2RC8A 5EHSA 5H8FB 1SW5A 1R9QA 3QUFA 1Y1MA 3RTWB 1ELJA 4H65A 2Z22A 1GV8A 5AA4B 3HV1A 4BDRA 1Y4CA 2H9BA 1B3GA 1MY3A 4MF3A 4NWDA 2O51A 3FV2A 3U72A 1ZMGA 3I3VA 4GQOA 1CE2A 4MBPA 1FTKA 4F3PA 1JETA 2XD3A 3KG2A 2QS3A 2P1SA 3RT8A 3CR9A 2V3TA 1IQ7A 4G68C 5FHOA 1EU8A 2Z8EA 3ECRA 2NOOA 3MVWA 3KJTA 1L5TA 1B9JA 2I0BA 3HHGA 4ISUA 3E3KA 1SW2A 1MM7A 5H8FA 3G3HA 3FIRA 3TTNA 2PMSA 1DPPA 1VE4A 4YB6A 4F29A 1Z7ME 1MQIA 1B5JA 3GBBA 4C1UA 3W15C 4Q8RA 1OLAA 4X1DA 2UXAA 3CFXA 3G3IA 2H98A 2RC9A 2F35A 3RN8A 4C1TA 2DSFA 3IB1A 3VFJA 3SERA 1D9YA 2IEEA 3C33A 2OWSA 2UYEA 4BDLA 1JW5A 3FJMA 3S9EA 3TUSA 4THIA 4H6DA 3KOSA 5IKBA 3U1OA 4OTEA 4JWYA 1QJMA 1XT8A 2ZYOA 3M3FA 1NKXA 1Y4TA 2QS2A 4IGRA 4TOZA 5BWJA 1A55A 4M4GA 1P99A 4DLDA 3MUQA 3CG3A 3GXAA 4OEUA 3MPLA 3TQWA 4POWA 2XHDA 1PEBA 4WEDA 2KLFA 4C0RA 1NFTA 4QFLA 1B3HA 1JEVA 3DELB 3MZ9A 2D3IA 2QJEA 5I58A 4F19A 2QS4A 1XHYA 2OBGA 3K01A 1FQAA 1OLCA 1Y1ZA 1JVXA 3LC8A 4LONB 4UACA 4DCYA 1B1XA 4XIGQ 4DXCA 1OMPA 2F8DA 2AIXA 2ONSA 1B4HA 2UVJA 3C34A 2THIA 4GF8A 1GVCA 2QSXA 3PPRA 4GL0A 3IO6A 4IGTA 1EH3A 4EXLA 5CRYA 4GIZA 5FHMA 3H03A 4OERA 4R6KA 1M5DA 3KGCA 3K2DA 2CZLA 4TQUQ 5A5XB 3VVEA 1RYXA 4GRKA 4ZEKA 2I0CA 5ITOA 4RK2A 5BUUA 1B5IA 1POY1 1MDP1 3N6UA 3QUJA 1NL5A 1TXFA 2Q8JA 4G68B 4LP2B 4R6HA 2AL4A 2GFEA 1D4NA 1LCTA 4OFOA 4ESWA 1LBBA 3UGWA 5KCJB 3G3GA 2ZMBA 2RCBA 5H8QA 2F36A 2OJTA 3TYHA 2HZKA 3FUZA 4JBZA 3LBSA 5DT6A 2RCAA 3I6VA 3UA8A 2XXPA 4KFQA 4R6YA 4EF2A 1A8EA 4Q5TA 1NH8A 3N5LA 1MQDA 5EHMA 3PUXE 3MJNA 1B3LA 2ZYMA 3IL1B 1GR2A 3TAJA 3O97A 4O3BA 1YTVA 4G77A 3MVXA 4FAJA 3TEPA 4G68A 1IEJA 3VVFA 2A5TB 1QUKA 2HXWA 1YAEA 5B70A 3M3LA 3KJ7A 2I4CA 5HM4B 4G4PA 3ILUB 4IO4A 1N3XA 3JV9A 4K3FA 4BDNA 3FGSA 1FTLA 2I6EA 3TTRA 1M5FA 3UORA 1ATGA 5TPAB 3U92A 1JW4A 2DE2A 1EZOA 4F1YA 1MY1A 1ZKBA 2X7QA 3CRBA 1LAHE 2ONKE 1II5A 2IA4A 1MQGA 1MPCA 1ZU0A 4HTGA 2F6PA 1VFDA 2ESNA 3MBPA 3WAEA 3KN8A 2G29A 3RPWA 1ZIUA 4X48A 3OD7A 1SI1A 1MXZA 2Z23A 4HW8A 3TTKA 1SW4A 3R6UA 2A5TA 4H5GA 3ZS6A 1MY4A 1NNKA 4ZEFA 4N07A 5I2KA 5AE4A 4H1XA 3IOVA 1AOVA 2Y7KA 1B5HA 1Y9UA 1LCFA 2DWHA 4QFNA 3D4CA 1H43A 5JTYB 5TPAA 3Q29A 2Y7IA 3ONMA 3HPIA 2F7BA 5L8DA 1AH5A 2Z8DA 3LR1A 3FD3A 4QFPA 2WKYA 3BFUA 4PETA 1HSJA 4LUBA 5K2XA 2V93A 3HHFA 2AL5A 2E0SA 1FCKA 2F7CA 3MP8A 3H6TA 2V3UA 1S7YA 4FIMA 2DXRA 1OVBA 1BP5A 4IY6A 5H8HB 1IIWA 4NF5B 1QULA 4F31B 1I6AA 1KWHA 2PYYA 5CI5A 1URSA 4OESA 2W7YA 1R9LA 3Q25A 3ZKKA 1A40A 3LSXA 1M5BA 2Q88A 1PB8A 4XKNA 3H6UA 5I56B 3TFLA 4E0WA 1B3FA 4P0GA 5JTYA 4U4SA 1SQYA 3TDJA 5CBSA 4RK9A 1EZ9A 1UIVA 2VP1A 2YPNA 1T0KA 2HAVA 2UVIA 3K6XA 1Y3PA 4R72A 1H45A 1UTBB 2DVCA 5CMMA 1MQHA 5IAIA 2ZNUA 1JQFA 4JSDA 5LOMA 4YU0A 4X9TA 3RQTA 5I57B 1UQWA 1SYIA 2ANJA 1JVYA 1FTJA 4KCDA 1RYOA 5H8HA 5B7DA 3CFLA 4NF5A 2XX9A 2XXIA 5F1QA 1ZTYA 3H7MA 3VLVA 4YICA 3EQ1A 3O6HA 4IB2A 4N6PA 3OEKA 5I56A 4NF8B 4O3CA 5KDTB 5ELVA 2HCAA 3VXBA 1MXUA 1HSEA 3C36A 1A54A 4EUOA 4GOTA 4H5FA 4GXSB 1DTGA 4ESXA 1UTBA 1MH3A 2B65A 4RA1A 1US5A 2O7UA 5I57A 5AA2D 2F6GA 3KN3A 4MFIA 3IAZA 1PBPA 1TWYA 1FTMA 2GH9A 1FQDA 1LGBC 1R6ZA 2PBWA 4ONYA 1AIVA 2Y7WA 3S9LC 5I2NB 1N04A 2XX7A 2REGA 4U1ZA 1B2HA 3UK4A 3U8QA 4I8CA 4RJZA 4OENA 1MXXA 3FVNA 3FXQA 3LSLA 1P1OA 3MP1A 3TCHA 5AA4A 3Q28A 4P0IA 3W9WA 3M8UA 1LBCA 4YMAA 4TLLB 3KSJA 3CVGA 4BLAA 2H99A 2ZYNA 3RNNA 2PX1A 2Q2CA 1MDQA 2HAUA 2UVGA 3MAMA 4ELRA 3TCGA 2Q9TA 4U4XA 3IB2A 4G8NA 1R1NA 3IJOB 4GL8A 1I6QA 2P0SA 4AB5A 3U93A 5TP9B 3F11A 1JNFA 4PP0A 3BFTA 2F34A 3CFZA 4ZZEA 1M5CA 1XVXA 3MVZA 3I5OA 2QL3A 1QUIA 3EF7A 3IJXB 1B7HA 3RUMA 1N0TA 3TKDA 4RPNA 1MG1A 3B6WA 1S9TA 4G8MA 4BDQA 1NNTA 1LB9A 3MQ9A 4EQ9A 2DE3A 3EHTA 3PGFA 2X7PA 3PPOA 3LSWA 3IR1A 5DVJA 5M2VA 1H76A 3Q26A 4GVOA 2Y7PA 2A5SA 2FNCA 1B7UA 3OOAA 1S50A 1DPEA 4WEPA 4XTCQ 1JW1A 4DXUA 3PV0E 1I6BA 3G3KA 2HFBA 3DLNA 1B32A 3TZAA 2DP8A 4HCWA 3OO7A 1QW0A 3N26A 2QMXA 4JSOA 4R2FA 1P1QA 4DZ1A 1QKAA 1B6HA 1SW1A 2Q89A 3QK6A 2B3BA 4Q0CA 2CMOA 2UYFA 2ALUA 4EF1A 2I3WA 4KYDA 4QFKA 1USYH 4IO7A 2DWAA 1GGGA 2Y7RA 4YKIA 1POTA 1DOTA 3C9HA 1B40A 3IB0A 4ELQA 5J1DA 2RC7A 1BTJA 1PB9A 3QIMA 4FEDA 5JK4A 1LFGA 1TFDA 4H67A 5CMKA 1N3WA 1IXCA 2YLNA 3S9MC 3OO8A 2DE4A 1AL3A 1IXIA 3JYRA 2ONRA 1VR5A 4X1BA 5ICQA 1IITA 2DQVA 4IO2A 1HSLA 5AA3A 3T9VA 1PC3A 3IK6B 1FTOA 3KBRA 4FORA 4XKPA 3O2AA 3C31A 3PMWA 3E9XA 2V84A 5A5XA 1B7ZA 2O7IA 2D5WA 1B51A 4F3BA 4R75A 1QUJA 1Y20A 3K0VA 1VFEA 2GRVA 3TCFA 3MVYA 4NTLA 4U21A 1USYE 5DYHA 1B05A 3H6WA 4OXVA 2O1MA 5KCJA 3PU5A 5H8NB 2X26A 2VGQA 3K1MA 3A3UA 2NVUB 4YMBA 2I49A 4DE8A 2XXVA 1A99A 4HCYA 4ND9A 4RXLA 2G93A 3SEXA 1YPNA 2GHAA 3DP8A 2O68A 2I4BA 2E1SA 3OSRA 4ZEBA 3K00A 3O66A 2O84X 5AA1A 4GLIA 1D9VA 3HCQA 1ZBMA 1P1WA 2QPQA 2DWJA 2VOZA 1NNPA 4PFYA 5L9OA 3PMVA 1MH4A 4H0WA 2F7AA 1OQHA 1LAXA 1DSNA 4YKPA 5H8NA 1MRPA 2DS9A 1UIUA 5I59B 1M5EA 3IOUA 4U1OA 4F39A 1US4A 3FXRA 1NH7A 1Y3NA 3K6WA 5AA2B 5L9SA 3FV1A 3O6GA 3G7WA 2OLBA 4H8JA 3PUZE 4H8IA 5HPQA 3GZGA 3HO7A 2XXWA 4I9DA 4KYEA 3MZBA 2GHBA 1WDNA 4YKKA 3FXUA 2R71A 4ZEIA 2HZLA 1N76A 4O3AA 4F1UA 1LB8A 3CI8A 2XXUA 2HEUA 2ZNSA 3VVDA 2PT1A 4N13A 5I59A 3O9PA 3N6TA 4UA8A 3V8XB 1P1NA 1CB6A 2ZYKA 4P11A 2YJPA 5AA2A 3PUWE 4YZZA 3H6VA 5DVIA 3JZJA 2I48A 2I3VA 2XD2A 5CBRA 1UTHB 4FE8A 1OQGA 3FATA 1PB7A 3T9HB 3TQLA 2F78A 4KQPA 4NF6B 3O29A 2BJJX 4EXKA 1IXHA 5ICTA 2H25A 4R9GA 3D4GA 3S9NC 1FW0A 4YKJA 3TODA 1B0LA 4MLQA 4PFWA 4R9FA 3U94A 2FYIA 1ZJLA 3FVGA 5F7VA 3AXFA 1AMFA 4M1VA 3DM0A 3ZKLA 4KR5A 4PE5B 4F22A 3PPQA 4G8HA 3W9VA 3CG1A 1BIYA 3ILTB 3L6GA 4JWOA 2V3QA 3PPPA 3PMXA 1B1HA 4LZ7A 4IO5A 4OMBA 4OQOA 4XKQA 3ODBA 1JEUA 3OENA 2O1LA 1URDA 4NF6A 3T66A 3KN7A 2O6AA 4JXIA 4LQ2A 1MXWA 4AB6A 2PT2A 3OSQA 3PD9A 1TFAA 3RT6B 3TTLA 1MY0A 3EN3A 3EHUA 2H4IA 3P7IA 1FQCA 3K1NA 3TPAA 4XXUA 4LZ8A 4E0XA 1SD3A 1VSOA 4OHNA 1SVXB 3C4MA 4EDPA 3RY3A 4OFLA 3K6VA 4GD5A 4FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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