2G29A

Crystal structure of the periplasmic nitrate-binding protein nrta from synechocystis pcc 6803
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
NAPEVTTAKLGFIALTDAAPLIIAKEKGFYAKYGMPDVEVLKQASWGTTRDNLVLGSASGGIDGAHILTPMPYLITMGTVTDGKPTPMYILARLNVNGQGIQLGNNYKDLKVGTDAAPLKEAFAKVTDPKVAMTFPGGTHDMWIRYWLAAGGMEPGKDFSTIVVPPAQMVANVKVNAMESFCVGEPWPLQTVNQGVGYQALTTGQLWKDHPEKAFGMRADWVDQNPKAAKALLMAVMEAQQWCDQAENKEEMCQILSKREWFKVPFEDIIDRSKGIYNFGNGQETFEDQEIMQKYWVDNASYPYKSHDQWFLTENIRWGYLPASTDTKAIVDKVNREDLWREAAQALEVPADQIPSSPSRGIETFFDGITFDPENPQAYLDSLKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic structure of a nitrate-binding protein crucial for photosynthetic productivity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nitrate transport protein nrtA
molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
total genus 135
structure length 385
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g29A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g29A01
4KCDA 1PB8A 1LCFA 5J1DA 3TMGA 1URSA 1Y20A 1QKAA 4H65A 4GF8A 2G29A 5I56A 4EUOA 2I0CA 1I6AA 1MXZA 3PPQA 2PT1A 2D3IA 3VXBA 2Z22A 3K02A 5HBCA 2XXIA 3K00A 4FAJA 3ODBA 4ZZAA 1LB9A 2THIA 1QUJA 5DEXB 4DXCA 1UTHB 2QJEA 4MH5A 1IIWA 4YKJA 3PV0E 1NMUA 1B52A 4DZ1A 4R6KA 2UYFA 3BFTA 1SBPA 3PMVA 2I3VA 3PPRA 5CI5A 4PFUA 2F5XA 3PPPA 2DE4A 1IITA 4LQ2A 1B51A 5CBRA 1SVXB 1Z7NE 2UVGA 3MWBA 3ZKKA 4ZE8A 4YB6A 3Q25A 5L9SA 2H4IA 2YJPA 1B1XA 3PUZE 4JWYA 1I69A 4I8CA 1IEJA 4IGRA 2B3FA 1ANFA 1OLAA 3H03A 3H4ZA 4KI0E 1LAHE 1JQFA 4GD5A 1O64A 1ATGA 4KYEA 4WKMA 3KN8A 5CRYA 4TLLB 3OXNA 2PYYA 1B4HA 3C35A 3MW0A 4M4GA 3TDJA 4RJZA 3MQ9A 2HZKA 1M5EA 5H8FA 2O7UA 3W9WA 4MLVA 4FEBA 1IQ7A 2Y7RA 3IORA 1R6ZA 5ISUA 2I3WA 4Q0CA 1RKMA 1SW5A 3OEMA 1OQGA 5JK4A 3FUZA 5ICTA 4FJPA 3EHTA 4X9TA 5TPAB 2DVCA 3ILTB 3KBRA 4HCWA 3K6UA 3M8UA 4I9DA 1OVTA 1D9VA 3TODA 4F2QA 1SDXA 5A5XB 4ZS9A 2XHDA 2XXXA 1DPPA 3C36A 4ISUA 3IB1A 3FD3A 1B1HA 3WAFA 3I6VA 3S2VA 3EPEA 1QKBA 1Y1MA 3C4MA 4MF3A 4JB7A 4R9FA 1B2HA 4XIGQ 4IB2A 3SEXA 5EYFA 1SW2A 4NF6A 1JETA 3TPAA 3CFXA 2GH9A 4DCXA 1B40A 5H8NA 1M5DA 4EQ9A 3RGYA 4XKQA 2QS1A 4N6PA 4F1YA 2Z8DA 4ZDMA 1N76A 2D5WA 4QFPA 1L5TA 3KSJA 4YKPA 4Q5TA 3O66A 3U8QA 3ILUB 5KCJB 1ZTYA 3D4CA 3TTRA 2RC9A 2F35A 4RA1A 3UA8A 4F1UA 3VE1B 1DSNA 3KG2A 4ZE9A 2F34A 1Y3QA 1PEBA 3KN7A 4QHQA 2QSXA 1LAGE 3V83A 2F97A 3MC2A 4H8IA 3FXRA 3FVOA 5TP9A 3G3GA 3EN3A 4WEDA 3OOAA 4QFLA 1MG1A 4G77A 1A99A 4U21A 2H99A 3E3KA 1GV8A 3TELA 2CMOA 4OFOA 1ZBMA 2VP1A 3IL1B 4G4PA 3PUXE 3VV5A 3G3KA 3ZS6A 4KYDA 3OEKA 3Q27A 1IXIA 1UQWA 3FJGA 2B3BA 3UN6A 4POXA 4G8HA 1SYIA 1US4A 5JTYA 3QIMA 3O6IA 5I2NB 4DXUA 1URGA 5AE4A 3KOSA 4H6DA 4FEDA 2FA7A 4KHZE 3P7IA 3S9NC 5AA4A 2F7CA 1B05A 4QSCA 3GBBA 3UIFA 1D9YA 1EZ9A 1PC3A 1QULA 1OLCA 1WDNA 1UIUA 2A5TB 4JDFA 1EZOA 1BTJA 1WODA 3GZGA 4RPNA 3E9XA 3MBPA 4IY6A 1FQFA 1FW0A 1N7XA 3USDA 1FQAA 3FATA 4OWDA 3O28A 1LBCA 2RKMA 2Y84A 2V25A 4R72A 3T9UA 3RTWB 3UGWA 2DWHA 2P1SA 3K01A 4H67A 2OZZA 4F31B 4KYSA 3O9PA 4X1BA 2AL5A 4UACA 4ZEKA 4KFQA 3M3LA 5H8SA 2RC8A 4PFWA 2DS9A 3T66A 4ELQA 2XXUA 3O6GA 1GTKA 5F7VA 3TTLA 3IJXB 3K0VA 4KQPA 5I59A 1B32A 3S9LC 2ABHA 3C32A 1DTZA 3QYTA 3OO6A 4LA9A 1TFAA 1B4ZA 4R2BA 3TYHA 3SESA 4OESA 1A54A 3MAMA 2AIXA 5H8QB 3OENA 3K1PA 3SKPA 4R75A 4BDRA 1VR5A 4XKNA 1Y3NA 3FXQA 1S9TA 3CFZA 1RYXA 1AL3A 4QSDA 2Z8EA 5AA2B 1IZ1A 2DXYA 3LSFB 1BP5A 3R26A 4RNSA 2Z8FA 3RTFB 2DE2A 3U72A 4IO3A 2HQ0A 3FV2A 1N0TA 4BDQA 4PQJA 1MQIA 1S50A 3T9HB 2ONSA 3DLNA 3LSLA 3IX1A 4F3GA 4ZEIA 4G68A 2XXVA 3R7XA 1MXWA 2Q9TA 4YMBA 3H6TA 2XD3A 1S7YA 3VDFA 5I57B 2NOOA 2H9BA 3Q29A 1ZIUA 4AQ4A 4EDPA 2F7AA 5DVJA 3TFLA 4Z0IA 2QPQA 4P0IA 3UK4A 1MQGA 3OELA 3U94A 1MH4A 4QFKA 3RN8A 1DMBA 5I2KA 4GVOA 3LSXA 1NH8A 1SI1A 4DE8A 3PU5A 3G3IA 3DP4A 1LGBC 4ND9A 1B3FA 4ELPA 3MPKA 4X48A 1SI0A 1LFGA 3FV1A 3RPWA 1YPNA 3VLWA 2PX1A 5I56B 2DWAA 1B3HA 4YAHX 2WKYA 1NNPA 3CSGA 4QFOA 1CE2A 4HCYA 1MXUA 2ESNA 2ZYKA 4F3BA 4GXSB 2ZYNA 1XVYA 4DLDA 1LB8A 3UORA 3CG3A 4QSEA 4U1ZA 3TCHA 1FCKA 4F39A 3S9MC 1ZU0A 3FGSA 3V89B 3Q26A 3CRBA 2E1SA 3FVKA 2ONKE 3VLUA 1AIVA 2OK2A 4QFNA 1M5BA 2OLBA 3HCQA 1EZPA 1A40A 2I6EA 5L9MA 2I58A 4OFLA 3CR9A 1FTMA 1B6HA 2M8CA 4FATA 2DYXA 3CIJA 3G3HA 3N26A 4N07A 5L8DA 3IOTA 2B65A 3PD9A 5DT6A 1N04A 1R1NA 1O7TA 3EQ1A 2GHBA 4ESWA 3PGFA 2NUVA 4NWCA 5EHSA 2P0SA 3IO4A 2QRYA 4KD5A 2O51A 5K2YA 3MJNA 2I4BA 3BFUA 2H25A 2RINA 5L9OA 1B5JA 2DWJA 3C31A 1QUKA 1SD3A 5CMMA 4LONB 1P1NA 1MXVA 3I3VA 3MVZA 3HO7A 1ELJA 4I1DA 3TUSA 4NF8B 2REGA 4R6HA 3T9XB 2VD2A 3CG1A 1POY1 4Q30B 5CMBA 2RCBA 1Y1ZA 3GLBA 5CMCA 4YB7A 5H8FB 2ZNTA 4O3CA 1QW0A 3FIRA 5CBSA 4BLAA 2IEEA 3PD8A 1O63A 5CMKA 2OBGA 2VHAA 1IXHA 4KR5A 4G68C 1B5IA 3LC8A 4H0WA 1XT8A 1AMFA 3RNNA 2O6AA 1P1WA 1KWHA 3C9HA 2DXRA 5ITOA 2DWIA 4NEDA 1SW1A 3OMBA 1TFDA 4XTCQ 4BDOA 1GGGA 3FVGA 4RPOA 3R6UA 3HN0A 1B7ZA 4NF5B 4H8JA 3C34A 2QMXA 4AB6A 2V84A 1QUIA 3CFLA 4NMYA 3VLVA 4NF6B 5A5XA 3RQTA 3ECRA 3N94A 4ZECA 2I4CA 1M5CA 1BIYA 1P99A 5H8NB 4YZZA 5AA3A 2V3TA 2DVZA 2Q89A 4OVJA 2ALUA 2UVJA 4ELRA 3V5AA 2ONRA 3H6UA 3TTKA 4TOZA 1SQYA 4OEUA 4GLIA 2VOZA 2DQVA 1M5FA 4MLQA 1HSEA 4G2ZA 4O3AA 3B7DA 4ZZEA 1YTVA 3K6XA 2VD3A 5TP9B 3EHSA 1FQDA 3MVXA 2KLFA 5KCJA 2QS3A 2XXQA 3TCFA 1II5A 4ELOA 1DTGA 5KDTB 1IXCA 4ZEFA 5CC2A 3TTMA 1EH3A 1JVYA 3TQLA 4EXLA 2A5SA 3RT6B 3QXMA 1PB9A 2R6GE 1H76A 4PP0A 5JTYB 1MM6A 3A3CA 1YAEA 2Y7IA 1B3EA 4LZ8A 2Q2AA 1NNTA 4E0WA 1POTA 2X26A 2GFEA 4H5GA 3TTNA 3OSRA 2OCUA 3SEYA 3A3UA 2XXWA 1Y4TA 1MPDA 2XX9A 1H44A 4N13A 2UVIA 3H3GA 4GQOA 3HHFA 2ZXTA 5I58A 1UTBA 2PVUA 4ONYA 3TQWA 2XXTA 1XHYA 1GR2A 4QRZA 4JBZA 1WVJA 4GFRA 1OMPA 5FTHA 2FYIA 1LAXA 1HSLA 4R9GA 2X7PA 2OWSA 3K1NA 3O97A 3SETA 3IAZA 2HEUA 1N7WA 2A5TA 3B6WA 2Q8JA 2R71A 3DP8A 4K3FA 1B5HA 4U4SA 2CZLA 1DOTA 1MDP1 5F1QA 4GL0A 3H6VA 3RUMA 3KJ7A 2FNCA 2F78A 2R9JA 1SYHA 3MZ1A 5I59B 1B7UA 3IO6A 3IB2A 3VVFA 2O84X 4JSOA 5FHMA 3PUYE 3SDFA 3OO7A 5H8HA 2GRVA 1UIVA 5DTBA 3VVEA 3K6VA 4UA8A 4NE4A 1N3XA 2QMWA 1PBQA 4F1VA 3QUFA 4YICA 5CM6A 5TU0A 1B0HA 1AOVA 2XXRA 3Q28A 2G93A 4F22A 1MQDA 1P1QA 5FHNA 3QAXA 4U22A 1MPBA 4GWOA 1D4NA 1ZLQA 3SERA 3KGCA 4XKPA 3FXUA 2HAVA 2O68A 4FORA 3THIA 3MP1A 1B3GA 5IKBA 4JSDA 1Y4CA 5DVFA 1OVBA 1H43A 2I48A 2HZLA 1ZJLA 3DM0A 4H5FA 3S4UA 3QSLA 2AYSA 4GXAA 2Y7PA 4G68B 4H1XA 1CB6A 3ZSFA 2YPNA 1B0LA 4EF1A 3MZ9A 1Y3PA 2Q88A 2ZNSA 4RYAA 4LVQA 1MDQA 1ZKBA 2F36A 3FZVA 1NFTA 4HW8A 1QJMA 4FE8A 4XKRA 4NF4A 3TEPA 1R9LA 4X1DA 5BUUA 5I2KB 1AH5A 3M3KA 3HSTA 1P1OA 4HS7A 3N6TA 4F29A 1BLFA 4U4XA 3MVYA 4U1OA 1USYE 2UYEA 4PETA 4EQBA 4LQ5A 4IY5A 4OQOA 4RY1A 4F2OA 1MS7A 1VSOA 4R2FA 4LZ7A 4R73A 3LSWA 1MXXA 1XC1A 1MM7A 5I84A 2XXYA 4LZ5A 1ZMGA 2O7IA 1LCTA 3V8XB 4DXBA 3FASA 3N6UA 2Y7KA 3B6QA 4POWA 4BDMA 1TT1A 3TKDA 5ICQA 5DYHA 3PUWE 4ECFA 1FQEA 1LFIA 1DPEA 4E0XA 1LFHA 1LAFE 3UP9A 1MY0A 3W9VA 5BWJA 4U23A 3U93A 4OHNA 3IOWA 3G7WA 3CSBA 4IO5A 1A8FA 2PMSA 3OD7A 4YU0A 2IA4A 4OTEA 2Y7WA 5DEXA 1UTHA 3JYRA 1T0KA 3W15C 4DIGA 4OFJA 3MZBA 1I6QA 3U1OA 5HPQA 1F9BA 2OWTA 1JW5A 1I6BA 3GXAA 2NXOA 1VE4A 4OETA 3U92A 1TWYA 1JNFA 3O29A 4M1VA 4YB5A 4OYVA 1OQHA 2RF1A 1Y9UA 1JW1A 2ANJA 2DOJA 1LLSA 2Q2CA 2GHAA 2I49A 5IAIA 1NH7A 3E13X 4L17A 2F6PA 1B9JA 2QL3A 1PBPA 3VFJA 3CI8A 3F11A 3VVDA 1JW4A 1PDAA 3LR1A 4LUBA 4EF2A 1MH3A 4NF8A 3TZAA 5B70A 4TLMB 1HSJA 1B58A 3EHUA 2BJJX 1A8EA 1EU8A 2RC7A 1MXYA 4QF9A 2RCAA 1MY2A 4LATA 2H98A 4DCYA 5EHMA 2Z23A 1N84A 3H7MA 4OMBA 4EXKA 1GVCA 1FTLA 1XOCA 3EF7A 4FECA 2QS2A 2I0BA 4EQ7A 1P1UA 3D4GA 2REJA 1XS5A 2ZNUA 1RYOA 1USYH 4LP2B 1QVSA 3H6WA 2OJTA 2H5YA 2XX7A 5LOMA 3KOTA 4YKIA 5TPAA 4OENA 3T9VA 4YMAA 4R74A 3K6WA 2ZYMA 3A09A 4WEPA 3VXCA 1YCJA 3C33A 4TQUQ 2V3QA 4U2RA 4Q8RA 3RLFE 2E0SA 5AA2D 5HM4B 3M3FA 4NF5A 5ITPA 4R6YA 2O69A 1H3DA 1A7LA 2QS4A 4HTGA 2O1LA 3G3JA 2ZYOA 5KZTA 3ZKLA 3SEWA 4BDNA 1A55A 1N3WA 4IO2A 2XXPA 3KEIA 3KJTA 1IUDA 4FIMA 1NNKA 3B6TA 3IOVA 2O1MA 3MP6A 1MRPA 3TAJA 3RT8A 4GOTA 5DVIA 2F8DA 2W7YA 3BKIB 3MP8A 5B7DA 2UVHA 1B3LA 1IXGA 1NL5A 4THIA 1TXFA 3KN3A 4F3SA 2F6GA 3JZJA 4XXUA 4AB5A 3OO8A 5FTIA 4C1TA 5ELVA 4OZ9A 3PPOA 3O6HA 5FHOA 5KDTA 2VGQA 3PUVE 2F7BA 4JXIA 1B46A 5AA4B 3GBAA 1J1NA 2HXWA 4GIZA 3H06B 1MQHA 2LAOA 2HAUA 5I58B 1UTBB 3FJ7A 1JVXA 3MUQA 3LUYA 2V3UA 1US5A 5I2NA 4RK9A 1XVXA 4OERA 4OEVA 5K2XA 3G3FA 1MY3A 2UXAA 3DP6A 2YLNA 1URDA 1D3KA 1R9QA 5JEIA 4F19A 3QK6A 4O3BA 3RY3A 1Q35A 3L6GA 1Q1KA 2DSFA 3MPLA 2XXHA 4YKKA 2HFBA 3T93B 4C0RA 4P0GA 3FVNA 2DE3A 1MY1A 3KZGA 2NVUB 1PB7A 5H8HB 4IO4A 4NTLA 4P11A 2PT2A 4ZEDA 3HV1A 1Z7ME 2X7QA 3IR1A 3K4UA 2PBWA 3IB0A 3LBSA 3IK6B 3JV9A 1FTKA 4MBPA 4PFYA 2P2AA 4DDDA 1LBBA 3N5LA 1MY4A 4KCCA 3O2AA 3E4RA 4IO6A 4F18A 4NWDA 3KSXA 3ONMA 3HPIA 4IGTA 4KPTA 3IOUA 4PFTA 3TCGA 4C1UA 1SW4A 5H8QA 2ZMBA 2XX8A 3T22A 3PMXA 4I62A 1VFEA 2XD2A 4G8NA 1MQJA 3CVGA 4RXLA 2AL4A 3K2DA 2NWJA 2DP8A 4GL8A 1VFDA 4OXVA 3MVWA 3PMWA 3SEUA 5AA2A 4ESXA 4WXJA 3K1MA 3OO9A 1H45A 1MPCA 3L6HA 3HHGA 1BKAA 4PE5B 4MFIA 1NKXA 1JEUA 4ZEBA 4GRKA 3KFMA 1FTOA 4IO7A 4NF4B 3BBRA 4F3PA 3I5OA 2V93A 4Z7EA 1NNFA 3DELB 4G8MA 2HCAA 5M2VA 5I57A 3S9EA 1FQBA 1FQCA 1JEVA 4JWXA 4BDLA 3IJOB 1FTJA 4JWOA 3PPNA 3FJMA 3OSQA 2D21A 4RK2A 3WAEA 5AA1A 3AXFA 1OIBA 3T96B 1B7HA 1LSTA 3SEVA 3QUJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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