2H99A

Crystal structure of the effector binding domain of a benm variant (r156h,t157s)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHSLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 71
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h99A02
4ELOA 1OVTA 3FXQA 4Z0IA 4DE8A 4GOTA 1MY3A 5EHSA 3Q25A 3E4RA 1CE2A 2XXVA 1OQGA 3FXUA 3U8QA 4KR5A 1WDNA 5K2YA 3MVXA 2OJTA 4FEBA 3TKDA 1Y4CA 4QSDA 4H5GA 3D4GA 2XXIA 5CMMA 2V3TA 3LSFB 3L6HA 2G93A 2VHAA 4IGRA 2GHAA 3FVOA 3QIMA 3IB1A 4IGTA 2OK2A 1B51A 5H8QB 1TXFA 4R9GA 3ONMA 2QL3A 2W7YA 3FVKA 5H8SA 2BJJX 4F1VA 1P1WA 3K6WA 1LAGE 1Y1ZA 4NF5A 2RC7A 2ABHA 1URSA 5CBRA 1FTLA 4ELPA 4POXA 4TLMB 3M8UA 2XD2A 2DP8A 1Z7NE 1I6QA 1ZBMA 3MBPA 2X7PA 3FGSA 1FQEA 4NF8A 1SDXA 4GXAA 4EXLA 1B5JA 1I69A 4OFJA 5JTYA 4KHZE 4ESWA 3TMGA 1MM6A 3K02A 1Y3NA 1O64A 1RKMA 4TQUQ 4KPTA 1GVCA 3VE1B 1DSNA 4PETA 5I2KB 4EF1A 5KCJB 4OWDA 3OMBA 1JETA 3G3IA 5H8HB 3CFZA 3TTKA 3FUZA 3TODA 3H03A 4EQBA 3TTNA 4DLDA 1PDAA 3SDFA 2HEUA 3TZAA 4G8MA 1JVYA 3B6WA 2IA4A 3OELA 4F19A 4F3PA 1N0TA 3ECRA 3C4MA 3TEPA 2PBWA 2HXWA 5A5XB 2DE4A 1SW2A 1MQIA 1NFTA 1A40A 2ALUA 4PE5B 3DM0A 1D9YA 1P1NA 2I49A 4DIGA 5B70A 5J1DA 3KG2A 3T96B 4Z7EA 3KOSA 4BDMA 1Y3PA 3OEKA 4GQOA 4C1UA 3CFXA 1AOVA 4OZ9A 1MXUA 1DTGA 1URGA 4F2OA 4OESA 1XVXA 1LCTA 3C32A 3VLVA 3K00A 4OFOA 1XVYA 5L9OA 4O3AA 4XKRA 1GR2A 1UIVA 3USDA 5JEIA 4U4SA 2DOJA 3OENA 4OEVA 1A55A 5BWJA 2ZYNA 4YKIA 3HHGA 1B40A 1USYE 2H25A 4RK2A 2H4IA 1OVBA 1LFIA 3VVFA 1EZPA 4LA9A 1M5EA 1EU8A 3K1NA 4KCCA 3PD8A 4F31B 3MAMA 1NNFA 3UGWA 1P1OA 3IO6A 4K3FA 2DWHA 1JQFA 3PV0E 5DEXB 3FATA 2HAUA 1AMFA 3RGYA 3HV1A 2D5WA 3PUXE 3H6TA 4U1OA 3G7WA 3HCQA 1YTVA 2D3IA 2FA7A 2Y84A 3C36A 3RNNA 2X7QA 4GL8A 1N3XA 2Q88A 4GXSB 4AB5A 1QUKA 2GFEA 4I8CA 4F22A 1IXIA 2G29A 3O97A 3Q27A 3Q26A 1US4A 4OETA 1P1QA 3CSBA 5I59A 5M2VA 1IXGA 2Y7IA 2H9BA 3F11A 2Q2CA 5FTHA 1POY1 1WVJA 3MZ1A 1MG1A 3V83A 3N94A 1VSOA 4LQ5A 1VE4A 3BFUA 1H76A 4ZZAA 4BLAA 1Y1MA 4EF2A 4YB7A 4JSOA 1B05A 3VXBA 1SYIA 1CB6A 4G77A 4R2BA 1B7ZA 4JWYA 4ESXA 1SW5A 3LSLA 3DP4A 2NXOA 1FTJA 1Z7ME 4F1UA 4OEUA 3UIFA 1MQGA 5ITPA 1FCKA 3PMWA 5TU0A 1O63A 4F1YA 1ANFA 3OO9A 1F9BA 3O2AA 3SEXA 3RN8A 5CBSA 2P0SA 3RQTA 3G3KA 2XXTA 1T0KA 1B58A 5CRYA 4GVOA 4ZEIA 2ONSA 2I58A 5I56A 2ONKE 4HCWA 3TYHA 2XXXA 2QSXA 3SESA 4OERA 4FE8A 3TUSA 4X48A 1B0LA 3OEMA 3O6HA 2LAOA 5EHMA 3SETA 5TP9A 3CRBA 3IX1A 2ZYMA 3PPNA 4AQ4A 1BP5A 4IO7A 1A54A 1B7UA 3EHUA 1H43A 4GD5A 3H6VA 1ELJA 2XX9A 3FIRA 1P99A 4WKMA 3C35A 1MY1A 4THIA 2O6AA 3IORA 3I5OA 4ZEKA 1VFEA 1MXZA 4YAHX 5AA2D 1RYXA 2XHDA 1M5DA 3WAEA 4KYSA 2XXPA 1MPDA 4EQ9A 3PU5A 4G68C 3PUYE 3FJMA 2O1MA 3OOAA 3FJGA 4F18A 1B2HA 1D4NA 5H8NA 2F97A 2ESNA 1LSTA 3KJTA 4KCDA 2F7AA 3W9WA 4ONYA 1ZMGA 3TTMA 2V3UA 4RPOA 1M5BA 1BTJA 3PPRA 1EZ9A 4F29A 1LBBA 2WKYA 4NF5B 1LGBC 5DT6A 3TTRA 4GF8A 3I3VA 5CMBA 3WAFA 2ZMBA 5KDTA 2UVHA 3B6TA 1QULA 3M3FA 3PUWE 4NEDA 2Z8FA 5HBCA 2QS1A 4NF8B 1M5FA 1B3EA 4JXIA 3IJXB 3MJNA 2GHBA 3O66A 1LFHA 2F34A 4MH5A 5HM4B 1IXHA 5JTYB 1JW5A 4JWOA 3TQLA 1SW4A 3R6UA 3FJ7A 1ZIUA 2UVIA 1S9TA 5I84A 2B3FA 1PB7A 1QJMA 2PT1A 4XXUA 1FQBA 1LAFE 4F3GA 4WXJA 1MXVA 3OXNA 3SEWA 3LR1A 4WEDA 4QFLA 1OIBA 2AL4A 1AH5A 2B3BA 1MXWA 1GGGA 4EQ7A 2M8CA 2XX8A 1B4HA 3PMVA 2F8DA 1EH3A 4U4XA 2Z22A 4BDNA 4DZ1A 3U93A 4GIZA 1Y20A 4G68A 4QFNA 4Q5TA 3H6UA 3G3GA 5CM6A 1B1XA 4ZZEA 4N13A 3RLFE 3H3GA 2OZZA 3QUJA 1UTBA 3K0VA 2Y7RA 1JW4A 1N3WA 2KLFA 3Q28A 4OFLA 3MC2A 5CI5A 2ZYKA 1R6ZA 5I57A 4C0RA 2V3QA 2Z8DA 4YB5A 4BDRA 3KFMA 1JNFA 3B7DA 3MPLA 4P0IA 4LZ5A 4ZE8A 3KEIA 2D21A 3EHTA 2RKMA 4HS7A 1QUIA 4H0WA 3A3UA 3O6IA 4H67A 3GXAA 1PC3A 3LSWA 1A99A 3HSTA 3DP8A 4P11A 1MS7A 3OD7A 4BDOA 2I4BA 4G4PA 5CC2A 4ISUA 1B3HA 3QK6A 3KOTA 4HW8A 2FYIA 4H8IA 1MPBA 4BDLA 2NUVA 3R7XA 2GH9A 3TQWA 2OCUA 2I0BA 4ZECA 5DYHA 4MF3A 3N6UA 4OVJA 3VVEA 4PFYA 2HAVA 3JYRA 1MH4A 1Y9UA 1MDQA 3S2VA 3GLBA 1XOCA 2PT2A 5BUUA 4YZZA 2NWJA 3MW0A 4ND9A 2F7BA 5H8FA 3MUQA 1QW0A 1B7HA 5ITOA 1B1HA 4AB6A 3EN3A 2F35A 2F5XA 1LBCA 5FHOA 4FATA 4L17A 2CMOA 3KN8A 3HPIA 2HFBA 3ILTB 4OMBA 1IUDA 4IY6A 3ZKKA 5ICQA 4IY5A 3MP1A 2ZNSA 4HCYA 2DQVA 5I59B 2DWIA 3H6WA 2UXAA 1N04A 4PQJA 1OMPA 4YMBA 1N7XA 1B4ZA 3T9HB 1FTOA 3LBSA 4RY1A 1SD3A 4U23A 2DWAA 3K2DA 4OHNA 2ANJA 5B7DA 2DE2A 4GWOA 4OXVA 1SQYA 3ODBA 1B6HA 1I6AA 5K2XA 3TTLA 4G8NA 4QFPA 3K4UA 4N07A 1R9QA 2RCAA 3U72A 4O3CA 5FTIA 5AA4A 4DDDA 1UIUA 2YJPA 2QRYA 1S7YA 5EYFA 3IOTA 3PD9A 3CG3A 4IO4A 1IEJA 1RYOA 2NVUB 4HTGA 3IK6B 5I56B 4ELQA 3C9HA 3H4ZA 1SW1A 3VVDA 2ZNUA 1L5TA 3FVGA 3FV2A 5TP9B 4Q8RA 3JV9A 1POTA 1DOTA 3IJOB 3DLNA 4RNSA 4YMAA 3IL1B 4JWXA 2OLBA 3C31A 2QPQA 4QF9A 4RK9A 2O68A 2CZLA 4QFOA 4R73A 1H44A 4MLVA 1LAXA 4XKPA 4ZDMA 4FIMA 4LZ7A 5FHMA 2VP1A 3CIJA 4UACA 3TAJA 3RPWA 1MY2A 1MRPA 1XS5A 1IITA 2QS2A 4DXUA 5H8NB 5CMCA 3IB2A 1B3GA 2V84A 3VDFA 4BDQA 3U1OA 2V25A 3EHSA 1QUJA 3UA8A 5ISUA 3UP9A 1ZU0A 3KSXA 2OWTA 3FVNA 4GL0A 1FQDA 4YKKA 4X9TA 3PPPA 4JB7A 5I58A 3SEVA 4JDFA 3Q29A 3UN6A 1DPPA 3CSGA 4ZEDA 3RT8A 1PBQA 1HSLA 1OLAA 2F7CA 3C33A 3A3CA 3TCGA 5KDTB 2ONRA 5LOMA 3VXCA 4I62A 4U1ZA 1R9LA 4YKPA 4ZEFA 2ZYOA 3M3LA 1YPNA 1IIWA 1LB9A 4QSCA 1NH8A 2O69A 2P2AA 4UA8A 2P1SA 4O3BA 2HQ0A 4PP0A 3TFLA 1MQJA 3CI8A 4G8HA 2DWJA 2H98A 4I1DA 2XXHA 1OLCA 2R71A 1TWYA 5CMKA 4TOZA 1FQFA 4KFQA 4ECFA 3VLWA 1Q1KA 5IAIA 3E3KA 4RXLA 2QMXA 2HZKA 2FNCA 3W15C 2HCAA 3G3JA 3EQ1A 2UYFA 2XXQA 3PGFA 3G3HA 2DS9A 3TDJA 1AIVA 1A8EA 3RTWB 3FASA 3M3KA 5DVJA 4DCYA 2DYXA 3SEUA 4R72A 1UTHA 3OO7A 4JBZA 4ELRA 1PEBA 1VR5A 2RF1A 2QS4A 2I6EA 2PX1A 4G68B 1GTKA 5AE4A 4H1XA 3V5AA 2XXRA 1DTZA 2E1SA 3T9VA 4MLQA 4KQPA 2Z23A 3BKIB 1UTBB 5L9SA 3R26A 2A5TA 3K6XA 4M1VA 3SEYA 5I57B 1UQWA 3E13X 2REGA 5I2NA 1JEVA 4IO6A 4ZEBA 4NF6A 2F6GA 3P7IA 3RUMA 4QFKA 4YB6A 2VGQA 1S50A 4DCXA 2UVGA 3KJ7A 1LB8A 2PVUA 1IXCA 4NF4A 1TT1A 4IO3A 2GRVA 2QMWA 4FJPA 3IO4A 1B46A 3FXRA 3IOUA 4GRKA 1EZOA 1KWHA 5F7VA 4OTEA 3T66A 3QXMA 3FV1A 2Q89A 4U21A 4OQOA 3RTFB 3OO8A 3HO7A 3FD3A 3K6UA 1ZKBA 1FTKA 4PFUA 5DTBA 2NOOA 5TPAA 1WODA 4F3SA 3GBAA 2VD3A 1JVXA 3ILUB 1Y4TA 2X26A 3B6QA 2O1LA 1N7WA 4YKJA 4H8JA 2XXWA 2RCBA 3MZBA 4JSDA 2RC9A 5H8FB 4NWCA 1JEUA 2I0CA 3DP6A 3W9VA 1N84A 1XT8A 3IOVA 3S9LC 1I6BA 1MXYA 3TCFA 1NKXA 1ZTYA 1SYHA 2DE3A 3V89B 4XTCQ 4U22A 4OENA 3S4UA 1SI1A 5AA2A 2DVZA 4OYVA 2RINA 4GLIA 2UVJA 3PUZE 2YPNA 3LUYA 3KSJA 3QAXA 1H3DA 3OSQA 3RT6B 4RYAA 5IKBA 2THIA 4H6DA 2O84X 4KD5A 5DVFA 3CFLA 1B5IA 3IR1A 4X1BA 1XC1A 1J1NA 3EPEA 1IQ7A 1LFGA 1PB8A 1MDP1 2XXUA 3CR9A 2F6PA 2AYSA 1NNTA 3CVGA 1FQAA 4R6YA 2Y7WA 4R9FA 3CG1A 2RC8A 3LC8A 1R1NA 1BLFA 4DXBA 4H65A 1AL3A 2ZXTA 4LQ2A 1MY0A 3VLUA 4YICA 2O7IA 2O51A 2O7UA 3PPQA 3VV5A 1LCFA 3GBBA 5AA4B 4LVQA 2REJA 4H5FA 3E9XA 5H8QA 5F1QA 1PB9A 3K01A 1YAEA 2AL5A 4F39A 3FZVA 3BFTA 1SI0A 2XX7A 3U94A 1D3KA 3MVWA 1YCJA 4X1DA 5FHNA 3QSLA 4TLLB 2A5SA 4FEDA 5DVIA 3MVZA 1SBPA 1A8FA 3MVYA 3TELA 5AA1A 3IOWA 4XKNA 3DELB 1MM7A 2Z8EA 4NWDA 4QRZA 3PMXA 1PBPA 1SVXB 4R6KA 1NL5A 2DSFA 3OSRA 4Q0CA 5ELVA 4LP2B 1Y3QA 3N26A 3IB0A 2AIXA 4FAJA 1O7TA 3VFJA 2Y7KA 2IEEA 5I2KA 1MPCA 5KCJA 1BKAA 1N76A 4IB2A 1MQDA 5H8HA 1NMUA 2VOZA 3HHFA 3OO6A 1MY4A 1B9JA 3G3FA 1MH3A 3UK4A 2OWSA 1MQHA 1LAHE 3T93B 4IO5A 2H5YA 5I58B 3IAZA 3MQ9A 4LUBA 5A5XA 3T9UA 4P0GA 5ICTA 3H06B 4FORA 2F36A 3K6VA 1US5A 3T22A 4QHQA 4RPNA 1HSJA 3QUFA 4KYEA 2Q9TA 1FW0A 4MBPA 3MWBA 3ZS6A 3GZGA 4R75A 2PYYA 4LONB 1FQCA 1H45A 3UORA 1ZJLA 3K1PA 2XXYA 3K1MA 3D4CA 1USYH 3ZSFA 1ZLQA 5L8DA 1B52A 3MP8A 4YU0A 2R6GE 4R6HA 3KN7A 3A09A 1B32A 4F2QA 3N5LA 4ZE9A 4XIGQ 4U2RA 3I6VA 1B3LA 1ATGA 4G2ZA 3TPAA 4LATA 4Q30B 5HPQA 5AA3A 4NE4A 3QYTA 4EUOA 5JK4A 3HN0A 2Y7PA 2E0SA 1TFDA 4DXCA 1UTHB 3S9EA 2B65A 4XKQA 3C34A 4EDPA 3V8XB 3ZKLA 4E0WA 1OQHA 5DEXA 3KGCA 4RJZA 3MP6A 3O6GA 4GFRA 4PFWA 3SERA 3N6TA 4C1TA 2A5TB 1FTMA 4ZS9A 3RY3A 2H99A 1GV8A 3H7MA 2I4CA 5I2NB 4NF6B 4PFTA 2Q2AA 4N6PA 4NMYA 3THIA 1QVSA 4KI0E 3S9MC 1Q35A 2OBGA 1IZ1A 3MZ9A 4NF4B 1A7LA 3JZJA 2V93A 3PUVE 2XD3A 3BBRA 2VD2A 2ZNTA 3EF7A 1DMBA 2DXYA 2Q8JA 2QJEA 4MFIA 4IO2A 4R2FA 1NNKA 3O9PA 3AXFA 1D9VA 1B0HA 3T9XB 5KZTA 2QS3A 4POWA 5L9MA 1QKAA 3KN3A 1VFDA 1B3FA 1QKBA 1DPEA 2DXRA 3MPKA 1URDA 2I48A 4FECA 4NTLA 3PPOA 4KYDA 5TPAB 4WEPA 1NNPA 1M5CA 1II5A 2R9JA 3U92A 4M4GA 2F78A 2UYEA 1HSEA 3L6GA 3SKPA 1NH7A 1TFAA 3O29A 3TCHA 1LLSA 2DVCA 1BIYA 2I3WA 2YLNA 4RA1A 3LSXA 1MXXA 4EXKA 2HZLA 1JW1A 4I9DA 2I3VA 4E0XA 1P1UA 4QSEA 3KBRA 3S9NC 3KZGA 4LZ8A 5AA2B 1XHYA 1B5HA 3O28A 4F3BA 4R74A 2PMSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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