2HFBA

Crystal structure of selenomethionine-labelled rafe from streptococcus pneumoniae
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
383
structure length
383
Chain Sequence
TVTIEYFNQKKEMTKTLEEITRDFEKENPKIKVKVVNVPNAGEVLKTRVLAGDVPDVVNIYPQSIELQEWAKAGVFEDLSNKDYLKRVKNGYAEKYAVNEKVYNVPFTANAYGIYYNKDKFEELGLKVPETWDEFEQLVKDIVAKGQTPFGIAGADAWTLNGYNQLAFATATGGGKEANQYLRYSQPNAIKLSDPIMKDDIKVMDILRINGSKQKNWEGAGYTDVIGAFARGDVLMTPNGSWAITAINEQKPNFKIGTFMIPGKEKGQSLTVGAGDLAWSISATTKHPKEANAFVEYMTRPEVMQKYYDVDGSPTAIEGVKQAGEDSPLAGMTEYAFTDRHLVWLQQYWTSEADFHTLTMNYVLTGDKQGMVNDLNAFFNPMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of selenomethionine-labelled RafE from Streptococcus pneumoniae
rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 119
structure length 383
sequence length 383
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hfbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hfbA02
4X48A 3H6WA 2QL3A 4OYVA 4XXUA 4LUBA 2F97A 2F7BA 5I2KB 4OEUA 4ZS9A 5DTBA 5FHNA 3ODBA 4O3BA 3H4ZA 3FXUA 4ZEIA 2ZYKA 1GTKA 5HM4B 1PEBA 2OWSA 4JWYA 1LLSA 3VLUA 3PD9A 1S7YA 1EZOA 2FYIA 4YB7A 3DP8A 1OLAA 3VDFA 3SETA 4FECA 1T0KA 2HAUA 4ECFA 2Z8EA 5I2NA 2R9JA 1A99A 1DTZA 1AIVA 3DM0A 2D5WA 3OO9A 1QULA 3OO6A 5CMCA 4OWDA 1H3DA 1USYH 1B5JA 1SYIA 4R6KA 3QAXA 5KCJA 3IB1A 3TELA 4TQUQ 2PBWA 3QUJA 3OEMA 5F1QA 2AL4A 2PT2A 4BDQA 1R9QA 2E0SA 1Y1MA 3UN6A 5CI5A 2RINA 4N07A 4UA8A 3JZJA 1JW5A 4IGTA 3O6GA 4ELQA 1PB8A 2UVGA 4R9FA 1F9BA 2O51A 1MY2A 3RPWA 3PD8A 1D9VA 2VP1A 1MXZA 1N7XA 3HHGA 1DOTA 3BFUA 2G93A 4NF5B 2QJEA 4XKPA 4EQ9A 1B46A 1MQIA 3CFZA 1MY0A 2VHAA 3TTLA 4Q8RA 1LBBA 4RY1A 3KN3A 4N13A 1NNFA 2F6GA 2OLBA 1OQHA 4EXKA 4U23A 3DELB 2Z8DA 3LSWA 3EQ1A 3PPNA 1IXCA 5K2YA 4ZDMA 4JWOA 3R26A 1SW1A 5AA2A 3KJ7A 1UTBA 3HN0A 3TTNA 2ABHA 4YZZA 4MH5A 4MLQA 2ALUA 4DZ1A 5JEIA 5IAIA 1B3LA 1II5A 3G3KA 1US4A 4ZZAA 3OXNA 1EH3A 4OESA 1M5DA 3IB0A 2B3FA 4OERA 2UVHA 3PUYE 4XTCQ 4ELPA 4AB6A 2OWTA 1MM7A 3TKDA 4ND9A 5JK4A 3N6UA 4H5FA 3PPPA 2I58A 4MLVA 2Z8FA 4F1VA 4EXLA 2O6AA 5H8HA 1N84A 2DVCA 3B7DA 1MG1A 3C35A 2ONSA 2V3QA 1FTJA 3C34A 3O2AA 3HPIA 2XXVA 4I62A 2CMOA 5TP9A 4BLAA 5L9OA 3KZGA 4EF2A 1IUDA 3C9HA 1P1NA 3V8XB 1URDA 1NKXA 1ZBMA 1N76A 1XC1A 3G7WA 2A5TB 3THIA 3FJ7A 2UVIA 1MQGA 1MH3A 4ONYA 4R9GA 1OVTA 4F3SA 2ONRA 3UP9A 4NMYA 2XXRA 4FATA 1MXWA 2F7AA 3HHFA 1FTMA 1KWHA 1SBPA 3G3GA 3FV2A 4G8NA 5JTYB 2OCUA 4EQBA 4F3GA 3MJNA 3T9HB 1LFIA 4FORA 4LZ8A 1PDAA 2O7UA 4G68C 4F3BA 4GVOA 4OFJA 2OZZA 4ESWA 1MQJA 3SEXA 1XHYA 3U1OA 1JEUA 2XXIA 1LSTA 3FVGA 2HCAA 4NF6A 4GD5A 2XX9A 4OFLA 1LFHA 1WDNA 1DTGA 1ZLQA 4C1TA 3M3KA 1NFTA 3WAEA 1URSA 2ZYNA 4JB7A 3K02A 2QS1A 1GGGA 5H8QA 3TDJA 3LSXA 4MBPA 5ITOA 3B6TA 1ZU0A 3K00A 3BBRA 1B3EA 4RJZA 4R6YA 3IORA 4DCYA 2O1LA 4FE8A 1DSNA 2YLNA 3V5AA 4R72A 5I56A 1MPDA 3LR1A 4JSOA 4PP0A 3RT8A 1MY4A 2LAOA 5AA1A 4L17A 5B7DA 1Y4CA 2Q2AA 5H8FA 3C33A 4MFIA 3QXMA 1MXYA 3CI8A 2F7CA 4PQJA 1O7TA 2OJTA 5BUUA 3MQ9A 2XXPA 1P1QA 3QSLA 4LP2B 3U92A 3H6VA 2O1MA 4G2ZA 5CM6A 1H76A 2BJJX 3BFTA 3IX1A 3I5OA 1O63A 1L5TA 5AA2D 3SEWA 3L6HA 4ZEKA 1Y3NA 1UIVA 4I1DA 5A5XB 4NF8B 5ELVA 4R74A 2F34A 2DQVA 1Y3QA 3MVXA 2GH9A 4OENA 1N04A 3KN8A 2Y7KA 2O7IA 1NH7A 2A5SA 4WEPA 3VXCA 3C32A 1Y9UA 4G68A 3ECRA 1SD3A 2ZNSA 3IJXB 3ZS6A 4F22A 3EF7A 4YB5A 1ZMGA 5EHMA 2DWHA 4YICA 1LCTA 4YKIA 2Y84A 2ANJA 1R6ZA 1QUIA 4F1UA 4DIGA 1SYHA 3EPEA 4Z7EA 4WEDA 4LQ5A 2DYXA 1FQCA 3Q28A 3VLWA 3KSXA 3FATA 4NWCA 4IO3A 5I58A 3CG3A 5L9SA 4OHNA 2Y7PA 1HSEA 1N3XA 5AA3A 4GIZA 3KSJA 3RGYA 4F3PA 4C0RA 3JV9A 2HQ0A 2W7YA 2I4CA 2VGQA 2H99A 3CFLA 3USDA 4GXSB 4LZ7A 2DSFA 5AE4A 1XVXA 1A7LA 3OSQA 4PFWA 1FQDA 1B7ZA 3OOAA 1NNTA 4KPTA 2O84X 2ESNA 3MZ1A 4NEDA 3TUSA 4EUOA 3K4UA 4DXUA 4F19A 5BWJA 1B0LA 3IL1B 1RYXA 1OIBA 4TLLB 2ZYMA 2AL5A 5DEXB 5L8DA 2Y7WA 1MQDA 3AXFA 2YPNA 1Q35A 4FEBA 4ELRA 5EHSA 3ZKLA 4YKPA 1OLCA 1URGA 4H0WA 1DPPA 4U4SA 1ZIUA 2Z23A 2XXXA 4OQOA 3IR1A 3TQWA 3MAMA 2R71A 3VLVA 2B65A 4MF3A 4TOZA 2DWAA 4IY6A 2XXUA 2QMWA 3RTFB 1JQFA 1ELJA 3FXRA 4OFOA 4R6HA 3TPAA 3TYHA 3MP8A 2REJA 4M4GA 5H8NB 1POY1 2Y7IA 3VVEA 4XKRA 1B2HA 3VV5A 2DWIA 2DE4A 1NNKA 2R6GE 4PFYA 1DMBA 4BDMA 4IO2A 2XX7A 1NMUA 5ISUA 3GBBA 3K0VA 4ELOA 2VD3A 3CVGA 4DDDA 1VSOA 2I48A 4Q5TA 1H43A 3G3IA 1A40A 3PUZE 3S9EA 4THIA 1SW5A 3M3FA 3CSBA 2RCAA 4YB6A 4QFKA 4BDLA 3G3FA 4OXVA 3GBAA 2V84A 3BKIB 3PUWE 3E3KA 4H6DA 3MVYA 4GWOA 3Q26A 1YPNA 2V3UA 1MRPA 2GHAA 4F2OA 3K6VA 1WVJA 3K1NA 5HBCA 2X26A 1YTVA 3T9VA 3MBPA 4LONB 5CC2A 2PMSA 2F8DA 2F35A 3Q29A 3TAJA 3RLFE 4XKQA 3MUQA 3VVDA 3KFMA 5TPAA 5I2NB 3Q25A 3IOVA 4GLIA 2DVZA 4IB2A 3MW0A 4UACA 1D4NA 3OMBA 1QVSA 4FEDA 3IOUA 3L6GA 4YKJA 1I69A 5AA4A 1VFDA 3EHTA 4IY5A 3VE1B 1EZ9A 1MPBA 1H45A 4DXCA 3OEKA 4RK9A 4XIGQ 1I6AA 1HSJA 3UIFA 4LVQA 3R7XA 1B1HA 3N6TA 4H8IA 3A3CA 2H5YA 4ZZEA 4R73A 4Q0CA 3DP6A 1VE4A 4HCWA 1JVYA 3T9UA 3H03A 4H8JA 4WXJA 3FVOA 2KLFA 4BDOA 1J1NA 1M5EA 4U4XA 1UTHA 1TT1A 1FQFA 4QSDA 1A55A 4QFLA 4DLDA 3N5LA 2XHDA 2UYFA 1B52A 4ZEFA 5I57A 2Q8JA 3VXBA 5DYHA 1P99A 3QUFA 4QHQA 2DE3A 1P1WA 2I4BA 3V89B 5AA2B 1WODA 1VFEA 5DT6A 4ESXA 4NF4A 1UTBB 4JBZA 4G4PA 4NE4A 5KDTA 3RN8A 3I3VA 4ZEBA 1JVXA 3M8UA 4BDRA 3CG1A 3C31A 3LUYA 5DVIA 3MP1A 2PYYA 3KJTA 3FJGA 3SERA 1MDQA 1IXHA 2RF1A 2UVJA 1Y1ZA 3G3JA 1Q1KA 4G8MA 2G29A 3PMXA 3IAZA 1POTA 1B6HA 3WAFA 4F1YA 4QSCA 3EHUA 1RKMA 3K6XA 2DWJA 1TFAA 5I2KA 4OEVA 3FGSA 5KZTA 5H8HB 1HSLA 3MC2A 3SDFA 4LA9A 4KHZE 2Y7RA 4KYSA 4IGRA 2D3IA 3PU5A 4QFPA 3MZBA 1YCJA 1IEJA 3M3LA 3LSLA 1B7HA 5TP9B 3S9NC 1M5CA 4RYAA 1ANFA 1Z7NE 1JNFA 5TU0A 3H7MA 3U8QA 3O97A 1MY3A 3RY3A 1CB6A 3TZAA 3W9VA 4Z0IA 1LFGA 3T22A 3IK6B 1USYE 1JETA 3ILUB 5B70A 5F7VA 3PV0E 4H67A 1QUKA 3FXQA 3W15C 4POWA 2NVUB 2OBGA 1AL3A 2HEUA 3QK6A 4YU0A 1LGBC 3OO7A 2DXRA 1XT8A 2ZMBA 3T66A 5ITPA 3ZKKA 2F36A 1B58A 1S9TA 4NTLA 1QKAA 2IA4A 3V83A 1B9JA 1GVCA 1Y20A 4NF6B 1IITA 4F2QA 3CFXA 1MM6A 1JW4A 1Z7ME 4R2BA 4OZ9A 2Q88A 3D4CA 1OMPA 4JDFA 3PPOA 3DP4A 2Q89A 4OVJA 1YAEA 2NOOA 2NWJA 3E4RA 2H25A 3PMVA 3W9WA 4O3AA 3HSTA 2M8CA 3CR9A 2XD2A 1LB9A 3O6HA 4NF5A 1SI1A 1PC3A 5CBSA 4I8CA 4YMBA 5H8QB 4KR5A 4H65A 1GV8A 4YKKA 1NL5A 4IO5A 2ZNTA 1A54A 5I56B 4R2FA 4E0WA 1OVBA 1P1UA 4GXAA 2XD3A 1FTLA 3UK4A 1BTJA 1PB9A 3N26A 4ZEDA 3K6WA 4GRKA 4EQ7A 5H8FB 1Y3PA 4KI0E 1MPCA 1PBQA 3ZSFA 1H44A 2O69A 3FZVA 5L9MA 3TEPA 5I59B 3O6IA 4N6PA 2D21A 3IJOB 3MWBA 3H3GA 1US5A 1IXGA 1MY1A 4HCYA 4P0IA 3TMGA 4U21A 4PFTA 5FHMA 1FQAA 3KN7A 3H6UA 4IO7A 2QMXA 3T93B 2F6PA 3CIJA 3SEVA 1LAHE 1QJMA 2DS9A 3R6UA 5CMKA 3E9XA 4I9DA 1MXXA 3FV1A 3GLBA 5IKBA 1LCFA 3K6UA 2PVUA 1ZKBA 1MDP1 1XVYA 3OSRA 1SQYA 4H1XA 1MQHA 2DP8A 3MP6A 4RNSA 3RUMA 3IOWA 3GZGA 4G68B 2NUVA 1AMFA 1B51A 4NWDA 1GR2A 3B6QA 4PETA 3EN3A 2FA7A 2A5TA 3MVZA 4KD5A 4F31B 3MVWA 1CE2A 4GL0A 1B3GA 1SDXA 1N7WA 3OD7A 3IOTA 1LAFE 3PUVE 2H4IA 3T96B 5I58B 5JTYA 1B7UA 3SESA 1DPEA 3P7IA 3FUZA 3G3HA 3VVFA 4K3FA 4ZE9A 3U72A 4EF1A 2YJPA 2QRYA 1IXIA 4M1VA 3HV1A 1B05A 2ZXTA 2X7QA 2O68A 4KFQA 4QRZA 3GXAA 1B4HA 3KGCA 1IQ7A 1Y4TA 2QS2A 4G8HA 4O3CA 4FAJA 4BDNA 3UORA 4Q30B 3SEUA 4RPOA 3U93A 2F78A 2HFBA 4GFRA 3LBSA 2GRVA 2X7PA 2F5XA 3PGFA 2IEEA 3QIMA 3FVKA 4QF9A 1JW1A 4H5GA 5HPQA 1QUJA 2V3TA 1PB7A 5I84A 1EU8A 4QFOA 4ZE8A 4U1OA 3O29A 4ISUA 4GL8A 1QW0A 1IZ1A 2VD2A 5FTHA 3TTKA 4DCXA 4KCCA 2V25A 4KYDA 3SEYA 2QS4A 3FD3A 2HZKA 3KG2A 1R1NA 3RTWB 4AB5A 3C4MA 4HS7A 1SW4A 5KCJB 3RQTA 4QFNA 4DXBA 2RC8A 1UQWA 4G77A 2PX1A 1B0HA 3UGWA 2P1SA 3IO4A 1P1OA 2RCBA 3OO8A 2I6EA 4DE8A 2QSXA 1N0TA 3FJMA 3TCFA 1ATGA 4U2RA 1NNPA 2HXWA 3O9PA 2OK2A 4YAHX 3K2DA 2REGA 4X1BA 5CMBA 3FVNA 2HZLA 3TCGA 2I49A 3LSFB 1SW2A 5A5XA 4NF8A 3IO6A 4TLMB 3S4UA 2UYEA 2RKMA 4LZ5A 2AYSA 3ONMA 1AOVA 3VFJA 1NH8A 5FHOA 1BKAA 2Q2CA 3CSGA 4GF8A 1PBPA 2QPQA 2NXOA 4JSDA 5CRYA 4KYEA 2ZNUA 3S2VA 1D9YA 1OQGA 5H8SA 2CZLA 2P0SA 3QYTA 1LBCA 3OELA 2XX8A 3U94A 3MZ9A 3K1PA 1B5HA 2I0BA 5ICQA 3PPRA 1TFDA 4WKMA 4HTGA 1FQEA 2V93A 1VR5A 1ZJLA 3MPLA 1B3HA 4POXA 2PT1A 1TWYA 3RNNA 2Q9TA 3S9MC 4U22A 2I3WA 3E13X 3MPKA 3TFLA 1LAGE 1EZPA 3KBRA 3PPQA 1FTKA 1M5BA 2DXYA 3PMWA 1O64A 3EHSA 2Z22A 1AH5A 3UA8A 3A3UA 1N3WA 3N94A 3DLNA 1BP5A 3LC8A 4E0XA 4F39A 3TTRA 5DVFA 2FNCA 1UIUA 1M5FA 1B5IA 5J1DA 5K2XA 1MXVA 4JXIA 2H9BA 5TPAB 2QS3A 4QSEA 4R75A 4P11A 5DVJA 4KQPA 2B3BA 1FCKA 3ILTB 2DOJA 1FW0A 2XXHA 5CBRA 2XXQA 3FASA 3SKPA 5ICTA 2XXYA 3OENA 5AA4B 2WKYA 1TXFA 1B1XA 2RC7A 5M2VA 1MS7A 3O66A 3HCQA 3K01A 4RA1A 1B4ZA 4FJPA 4KCDA 5I59A 3KOSA 4IO6A 2XXTA 3TCHA 5FTIA 5DEXA 1MH4A 3IB2A 3C36A 2P2AA 1B3FA 2HAVA 2I3VA 4YMAA 2GFEA 3TODA 3RT6B 3TTMA 1A8FA 4JWXA 4GOTA 1SI0A 5CMMA 3F11A 3TQLA 5LOMA 4RPNA 1QKBA 3A09A 2H98A 3I6VA 1JEVA 3HO7A 4RXLA 2DE2A 1BLFA 2I0CA 2UXAA 1UTHB 1ZTYA 1LAXA 4LATA 4OMBA 1FQBA 1RYOA 4HW8A 3T9XB 1A8EA 2GHBA 4LQ2A 3PUXE 4PE5B 2THIA 4U1ZA 1B40A 1R9LA 3S9LC 5I57B 3KOTA 4F29A 5H8NA 3K1MA 1XOCA 3D4GA 3H6TA 1FTOA 4NF4B 3O28A 2E1SA 1IIWA 5KDTB 4PFUA 1LB8A 1B32A 1XS5A 2ONKE 1MXUA 1SVXB 4P0GA 4XKNA 2AIXA 2RC9A 4F18A 4IO4A 3FIRA 1BIYA 3B6WA 1D3KA 2XXWA 4OETA 4X1DA 4AQ4A 4C1UA 4RK2A 2ZYOA 4EDPA 4GQOA 4OTEA 3KEIA 4X9TA 3JYRA 1S50A 3H06B 3CRBA 2VOZA 1I6BA 3Q27A 4ZECA 4FIMA 1I6QA 5EYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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