2HXWA

Crystal structure of peb3 from campylobacter jejuni
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
231
structure length
229
Chain Sequence
DVNLYGPGGPHTALKDIANKYSEKTGVKVNVNFGPQATWFEKAKKDADILFGASDQSALAIASDFGKDFNVSKIKPLYFREAIILTQKGNPLKIKGLKDLANKKVRIVVPEGAGKSNTSGTGVWEDMIGRTQDIKTIQNFRNNIVAFVPNSGSALFAQDQADAWITWIDWSKSNPDIGTAVAIEKDLVVYRTFNVIAKEGASKETQDFIAYLSSKEAKEIFKKYGWREH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural context for protein N-glycosylation in bacteria: The structure of PEB3, an adhesin from Campylobacter jejuni.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Major antigenic peptide PEB3
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Campylobacter jejuni
total genus 76
structure length 229
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA02
3TQLA 4EF1A 1B0LA 5I57B 4F18A 3KEIA 3H6UA 2R71A 3OO6A 1NH7A 1VFEA 2IA4A 3TTKA 3M8UA 2Q2CA 2V93A 4X48A 4KYDA 4QFLA 1MQJA 4BDMA 4DXBA 3CFXA 4G8NA 4XKRA 1XOCA 2Q9TA 3Q26A 3VLWA 3LBSA 3K1NA 3PUVE 2XXIA 1PB7A 5ISUA 1QKAA 2H4IA 4U2RA 3IL1B 4YB5A 4I8CA 2HZKA 3JZJA 4ELPA 4BDNA 3P7IA 1H3DA 2QS3A 3G3JA 5I59B 3OEMA 3OSQA 3O97A 1URSA 5JTYA 1Y1ZA 3FGSA 3QSLA 1DMBA 2A5TB 3TMGA 1BP5A 5BWJA 3UORA 2ONSA 2WKYA 5AA2B 1D9VA 2P2AA 3KOTA 2F5XA 3FV2A 2NOOA 4XXUA 3PMVA 4FORA 4IO6A 1A8EA 4OFJA 3VVEA 3IK6B 3W9VA 3SEYA 4NMYA 3B6QA 3MPKA 3Q28A 2HEUA 4H5GA 1XT8A 4QRZA 1ZMGA 4G2ZA 4YKJA 1B05A 5EHSA 3OO7A 3USDA 3H7MA 4KYEA 1IXGA 1B3FA 2UVGA 4QFKA 5DVJA 1SW4A 5DEXA 3GBAA 4GRKA 5I58B 3UN6A 3W9WA 4TLMB 1KWHA 4R2BA 2HXWA 2CZLA 2ANJA 4YB7A 1UIVA 3O6GA 2HAVA 1IQ7A 1QJMA 2QL3A 3R7XA 4PFWA 2Z8DA 5J1DA 5FHMA 1MS7A 3L6HA 3S9NC 3DP6A 3C34A 4WXJA 5LOMA 5I2KA 4ESXA 2UVHA 4U21A 1FTOA 2NVUB 1MPCA 3SKPA 3G3KA 1B3HA 2XXHA 3CR9A 1NNTA 1N0TA 1JW4A 3FD3A 2HZLA 3TODA 2B3BA 4GOTA 4XKNA 1UTBB 2GRVA 4RXLA 5KCJB 2P1SA 1LCTA 1OLAA 3OXNA 2I3VA 4XIGQ 4DCYA 5M2VA 3C32A 3LSWA 2I6EA 4OZ9A 4H8JA 4O3BA 4RJZA 4EQ9A 3E9XA 1URGA 4U22A 2QMWA 5HBCA 1USYH 3MVYA 4G68C 4LVQA 2RINA 2THIA 1A40A 5CI5A 5H8NA 2HQ0A 4LQ5A 2QSXA 4E0XA 2O6AA 1OVTA 4PP0A 1B7UA 4ZEDA 4UA8A 3CSGA 4QSDA 3Q25A 1Y9UA 1JVXA 1JNFA 2PVUA 3MW0A 4RPOA 4GF8A 2V3QA 4YAHX 1LAGE 4YZZA 1FTMA 3IO6A 1Y3PA 3UK4A 2F34A 3TTNA 2AL5A 4F2OA 1SVXB 4OEVA 1RYXA 3K6XA 2D5WA 1XHYA 4JWYA 4KYSA 1A99A 1MXXA 1ATGA 4Z0IA 3QIMA 2UVJA 4U1OA 4KD5A 3O66A 1FTLA 1UQWA 4LUBA 2H25A 4C1UA 1N7XA 4RA1A 5F7VA 1P1NA 4HW8A 4KI0E 5ICQA 4IO3A 3ZSFA 4H8IA 4F39A 3ODBA 4IGTA 3U1OA 1TXFA 3AXFA 3MC2A 3CG1A 2RKMA 2Q89A 2Y7PA 3PPNA 4N6PA 4ELQA 1M5DA 3GZGA 1A55A 1EH3A 2E1SA 4GXSB 4DCXA 3FV1A 1GVCA 3S9EA 3CFLA 4JSDA 4OQOA 3B6WA 4Q0CA 4NF4B 4PETA 4NEDA 1WODA 4HCYA 2OLBA 3MP8A 5I56A 1AH5A 1J1NA 3CVGA 1FQEA 3SEWA 2XHDA 2HAUA 4XKQA 1XC1A 3BFTA 1PC3A 2RC8A 3FJ7A 4P11A 2QJEA 3FIRA 1MQDA 1H45A 1M5CA 2LAOA 1B5IA 2FNCA 5DYHA 2I0BA 1WDNA 3CSBA 2GHAA 1SYIA 3M3LA 2ABHA 3TELA 2ESNA 5DVFA 3M3KA 5I59A 2W7YA 1ZLQA 4F2QA 2HFBA 1BKAA 4MLQA 3QAXA 1IXIA 3T9VA 5TPAB 4AQ4A 1AMFA 3IAZA 2F7BA 2H5YA 3OENA 3KOSA 4PFUA 3RTFB 3BBRA 3G3GA 3LSLA 4OENA 1JQFA 1NFTA 3IORA 1UIUA 1NMUA 4R73A 1D3KA 1DTGA 4JDFA 1LB9A 4R6HA 3DM0A 3GXAA 1TFDA 1N84A 5EHMA 1RKMA 1M5FA 1FQFA 5CM6A 3UA8A 4ZZAA 4ND9A 4EQBA 2Q2AA 1A8FA 1SQYA 2X26A 2F7AA 5HM4B 3QYTA 3HHGA 3RN8A 4X9TA 1O7TA 3N94A 1I69A 3V8XB 5B7DA 4ELRA 1URDA 4U4XA 5CBRA 5H8SA 3SEXA 3OO9A 3MUQA 4Q8RA 3MZ1A 3N26A 4TQUQ 3TUSA 2I49A 1H44A 4GD5A 3MBPA 4DXCA 3OEKA 1VE4A 4O3AA 1ZKBA 3ONMA 2ZNUA 5A5XA 1EZ9A 1SYHA 3U92A 2F97A 4NF8B 1H43A 3EHTA 4N13A 5TP9B 3ZS6A 3BFUA 1M5EA 3KFMA 1EZOA 4I9DA 3PPPA 2Y7RA 1H76A 3H6TA 3TTMA 3CG3A 2O51A 1MQIA 2O1LA 3I3VA 3C9HA 2B65A 1R1NA 1LFIA 1MY0A 3O29A 3DELB 2OCUA 4NWCA 2DYXA 2Z8EA 1FQDA 4NWDA 3MZ9A 1EU8A 4C1TA 2O84X 3TEPA 3PD9A 4ECFA 4G8HA 3RUMA 1MY1A 4F31B 1AIVA 3DP8A 1JW1A 1MXZA 2QMXA 4OERA 5H8HB 4KFQA 4U23A 1NNFA 4XTCQ 4BDOA 2O69A 2RC9A 4YKKA 2UXAA 4Q5TA 4DZ1A 4H5FA 3VV5A 1MXYA 4OMBA 3VLUA 2XXQA 4L17A 4LZ5A 2Y84A 4NF6B 4ONYA 3THIA 3FVGA 3OD7A 2XXYA 3MVXA 1MH3A 1JEUA 1B0HA 1FQCA 3B6TA 3K01A 4IY6A 5CC2A 4E0WA 4HS7A 2PBWA 2B3FA 4GFRA 1PB9A 3K1MA 4MBPA 1MY3A 4EF2A 2ZYNA 1JEVA 1BIYA 4F1UA 3V5AA 4RY1A 1GR2A 3KN8A 5JEIA 2AL4A 1VR5A 4GL8A 1N76A 2F8DA 5AA3A 4K3FA 5AA4A 1NKXA 3HCQA 1UTHB 3UGWA 1B1HA 4YKPA 4ESWA 2RCBA 3G7WA 4OEUA 3A3UA 4P0GA 1MQGA 1O63A 1USYE 5H8QB 4MF3A 1QUIA 3IB1A 2ONRA 4OWDA 3MJNA 3O6IA 4R75A 1HSLA 2YLNA 3ECRA 3JV9A 4H65A 5FTIA 1MXWA 1BTJA 1B58A 3RY3A 3GBBA 3VLVA 4THIA 4KQPA 5EYFA 1MPBA 1ZIUA 3H6WA 4Q30B 5KZTA 4ZEIA 3TFLA 1DPEA 2Z23A 1XS5A 4GXAA 1NH8A 1MXUA 3KGCA 3SERA 4BDRA 2UYFA 3IOTA 3R6UA 2F35A 3G3HA 2DP8A 4OESA 2DXRA 5L9SA 2I4CA 5I2NA 4JB7A 1OMPA 4BDQA 1T0KA 3PUXE 1MY4A 2DE3A 2ONKE 1POTA 1LSTA 3TTRA 3EHSA 4NF5B 2OWSA 1O64A 5HPQA 4IO2A 5FHOA 1GGGA 3K6WA 5JTYB 1XVYA 4WKMA 4GVOA 4DDDA 3WAFA 1L5TA 1GTKA 2YJPA 4PFYA 3C33A 1P1OA 1SW5A 4GLIA 1LAFE 1PDAA 1FQBA 2I58A 3CIJA 4LP2B 2Y7WA 2DVZA 1QW0A 1ELJA 1CE2A 1LGBC 5IKBA 4IO5A 1OLCA 4EXLA 4P0IA 3TCGA 3HO7A 1B3GA 2XX7A 3JYRA 3IX1A 2H9BA 3E3KA 1FCKA 3R26A 4G68A 4IO7A 3L6GA 3ILTB 1B9JA 1SDXA 3U94A 4OXVA 2I3WA 2V25A 5H8FA 2OZZA 1LAHE 4QFPA 3PPQA 3N6TA 4IO4A 5DEXB 2Z22A 3QUFA 1YAEA 2ZYKA 1I6BA 1ZJLA 3RLFE 2QPQA 4FE8A 4M1VA 3HHFA 3FJMA 1B40A 1LBBA 5KDTA 1ZBMA 3TDJA 3ZKLA 3EF7A 3G3FA 3C36A 3PPOA 5I57A 4QF9A 3K0VA 4OFOA 3H06B 4NTLA 2DVCA 3LR1A 3N5LA 2GH9A 2XD3A 3S9MC 2ZYOA 3FUZA 1B52A 3KJ7A 5I2KB 3KZGA 1A54A 4BLAA 4FJPA 1B46A 1EZPA 4WEPA 1SI1A 2OJTA 3GLBA 4ZDMA 2X7QA 2YPNA 3FXUA 4NE4A 1VSOA 3TZAA 4EXKA 3KN3A 3EHUA 2GFEA 2XX8A 4YKIA 1PBPA 3PGFA 3SESA 3VE1B 4YB6A 3TPAA 2PT1A 2OWTA 4R6KA 4WEDA 2D3IA 4R6YA 1P1WA 3KSJA 2Q88A 4QSEA 3PU5A 3HN0A 1IIWA 4KHZE 3BKIB 1ZU0A 2H98A 2A5TA 4F3PA 5AA2A 3T66A 1LB8A 3PD8A 1R9QA 2O68A 4MFIA 4YU0A 3F11A 4EQ7A 3PMXA 1VFDA 3V89B 3ZKKA 1MDQA 5AA2D 5H8NB 4F29A 1MDP1 5TU0A 4MLVA 1YTVA 3OSRA 1XVXA 1MQHA 2VHAA 1IITA 5FTHA 4R74A 3QK6A 1B6HA 1FW0A 3MQ9A 1AOVA 4H67A 1ZTYA 1LCFA 3O2AA 4EUOA 2F6GA 2DWAA 2XXRA 2O1MA 3OELA 1CB6A 4QFNA 3PUYE 5BUUA 1N3WA 4LZ7A 5I58A 1US4A 2RC7A 3FXRA 1SBPA 4LZ8A 3HPIA 4KCCA 1DPPA 3DP4A 4OYVA 2V3UA 3T9UA 1DOTA 3T22A 3IJOB 2DSFA 4FECA 4JSOA 3TAJA 1RYOA 3S9LC 3RPWA 4ZE8A 3W15C 3PUWE 2ZXTA 4EDPA 1S9TA 1YPNA 3MAMA 4DIGA 3QXMA 3D4CA 3B7DA 4IGRA 3T93B 1UTBA 2REJA 3FXQA 3TCHA 5KCJA 1B5JA 4R9FA 4ZZEA 1N7WA 3IJXB 3I6VA 1QUKA 4YICA 5I56B 1PBQA 2F7CA 3KBRA 4OTEA 3O9PA 1MH4A 1B4ZA 2RF1A 5L8DA 4JBZA 2ZNSA 3C31A 3RT8A 4GIZA 2E0SA 5L9OA 3PUZE 2KLFA 2XXUA 2I4BA 2FA7A 1IXHA 4TOZA 1US5A 1JW5A 3IR1A 2XXWA 2XXPA 3MP1A 4NF5A 1YCJA 4X1BA 1MM6A 2Y7KA 3D4GA 3HV1A 2R9JA 3H03A 1II5A 4OVJA 4TLLB 3RGYA 4YMBA 2G29A 1SW1A 2F78A 1HSJA 4AB6A 3DLNA 3G3IA 2I48A 4DE8A 3TYHA 1N04A 1IXCA 4IY5A 2I0CA 2Z8FA 4ELOA 3KN7A 4LATA 3MWBA 5ITPA 1MM7A 3VVFA 1FTJA 3SDFA 4QHQA 2NUVA 2V3TA 3SEUA 2QRYA 2XXVA 3ILUB 3K1PA 3IO4A 1MXVA 3N6UA 4GWOA 4AB5A 2FYIA 4GQOA 1S50A 4QSCA 5DTBA 3CI8A 3T9XB 3K6VA 2DWIA 1OVBA 3UP9A 4ZEFA 5AE4A 3H6VA 1QVSA 3E13X 3CRBA 4H0WA 5CRYA 1B3EA 5DVIA 3K02A 1LFGA 1PB8A 4NF4A 3MZBA 2VD2A 3RQTA 1LLSA 1B7HA 2DE4A 1SW2A 2M8CA 4F19A 4ZS9A 3IOUA 1MPDA 2IEEA 4H6DA 4KPTA 2VD3A 4RNSA 2VGQA 2P0SA 1NL5A 4FATA 4R9GA 2PT2A 4U4SA 2XX9A 4PQJA 1Y3NA 3VXBA 4OHNA 1B3LA 3SEVA 1B51A 5A5XB 4OETA 2ZNTA 3FVNA 1LBCA 1LAXA 1POY1 2AYSA 2CMOA 1FQAA 5DT6A 2HCAA 4ZEKA 5CMKA 2F36A 1IEJA 1SD3A 2QS1A 3O28A 3IOVA 3PV0E 2V84A 3Q27A 2PX1A 3VDFA 3I5OA 1Q35A 3V83A 1DSNA 1HSEA 1Y1MA 5TPAA 4ZEBA 4JXIA 1B5HA 3A3CA 1MY2A 3OOAA 1Y20A 1R6ZA 2O7UA 3H3GA 4R2FA 4O3CA 1D4NA 1OIBA 4BDLA 4ZECA 2PMSA 4LONB 1P1UA 3Q29A 1Q1KA 3KG2A 3U93A 4KR5A 4G4PA 4JWOA 1Z7ME 2OK2A 2G93A 1PEBA 4OFLA 4YMAA 1TFAA 3IB0A 1IZ1A 1Y4TA 4IB2A 3FJGA 5CMBA 3LUYA 3RTWB 3C4MA 2VOZA 5F1QA 1B2HA 2D21A 3C35A 1NNPA 2PYYA 3OMBA 4HTGA 1QKBA 4I1DA 2UVIA 5ELVA 3LC8A 4G8MA 4DLDA 1LFHA 2R6GE 1OQHA 4POXA 3OO8A 4C0RA 2A5SA 2DQVA 4UACA 5AA4B 1SI0A 5CMMA 4F3BA 2NWJA 1D9YA 1OQGA 3IB2A 3VXCA 2QS2A 3MVZA 3RNNA 2DOJA 4M4GA 2H99A 4GL0A 4DXUA 3E4RA 1AL3A 4NF8A 5TP9A 3VFJA 3O6HA 1WVJA 2REGA 4R72A 4ZE9A 3FVKA 5ITOA 2BJJX 3MPLA 1M5BA 1NNKA 4Z7EA 1BLFA 3T96B 2ZYMA 5K2XA 3UIFA 4XKPA 1S7YA 1JETA 1I6QA 2GHBA 3K00A 5CMCA 5JK4A 1QULA 2DS9A 2O7IA 1B32A 5ICTA 1JVYA 3MVWA 1R9LA 1Z7NE 2DWHA 3A09A 2QS4A 4KCDA 4RK9A 1MG1A 3PMWA 5H8HA 2OBGA 2DE2A 4FIMA 3S4UA 1TT1A 4POWA 3LSXA 4X1DA 4F1VA 1P99A 4PFTA 4RPNA 5I2NB 1DTZA 1F9BA 1GV8A 4JWXA 3U72A 4N07A 3FVOA 5L9MA 4NF6A 2Q8JA 4H1XA 3K4UA 3EN3A 2X7PA 4ISUA 4PE5B 3RT6B 3IOWA 2RCAA 1Y4CA 4FAJA 2ZMBA 1A7LA 3KJTA 3TKDA 1MRPA 4FEBA 2F6PA 3FASA 1B1XA 4RK2A 5I84A 1B7ZA 3FATA 2XD2A 4F22A 3QUJA 3WAEA 4LQ2A 4FEDA 1B4HA 4U1ZA 4G77A 1QUJA 3MP6A 3S2VA 3T9HB 3M3FA 4MH5A 3U8QA 1IUDA 3TCFA 4I62A 3LSFB 2UYEA 3K6UA 4F3GA 2DWJA 4LA9A 2NXOA 1Y3QA 3EPEA 2ALUA 5AA1A 4F1YA 5FHNA 3HSTA 1FTKA 1UTHA 1TWYA 1N3XA 3TTLA 4G68B 5CBSA 2VP1A 5H8FB 5B70A 5K2YA 3CFZA 3H4ZA 3TQWA 1ANFA 1I6AA 2DXYA 2XXTA 5H8QA 3K2DA 2AIXA 4F3SA 2XXXA 2Y7IA 3SETA 3VVDA 3EQ1A 4QFOA 3PPRA 4RYAA 3KSXA 5KDTB 3FZVA 1P1QA 5IAIA 4HCWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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