2HXWA

Crystal structure of peb3 from campylobacter jejuni
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
231
structure length
229
Chain Sequence
DVNLYGPGGPHTALKDIANKYSEKTGVKVNVNFGPQATWFEKAKKDADILFGASDQSALAIASDFGKDFNVSKIKPLYFREAIILTQKGNPLKIKGLKDLANKKVRIVVPEGAGKSNTSGTGVWEDMIGRTQDIKTIQNFRNNIVAFVPNSGSALFAQDQADAWITWIDWSKSNPDIGTAVAIEKDLVVYRTFNVIAKEGASKETQDFIAYLSSKEAKEIFKKYGWREH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural context for protein N-glycosylation in bacteria: The structure of PEB3, an adhesin from Campylobacter jejuni.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Major antigenic peptide PEB3
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Campylobacter jejuni
total genus 76
structure length 229
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA02
1JETA 4C1TA 1LCFA 4XKQA 1UTHA 1WVJA 4GOTA 1LFHA 3I6VA 3IB0A 4GVOA 3LUYA 5TPAB 3B6TA 2D3IA 4GD5A 1TFAA 3ECRA 4R2FA 1H3DA 4BDMA 1NFTA 1QVSA 4YAHX 4EUOA 1USYE 5F7VA 2O1MA 3PD8A 5HBCA 1MXWA 3KN3A 4I9DA 3O66A 4QFOA 1SQYA 1JEVA 2GRVA 3Q25A 4FECA 1WDNA 2HQ0A 4ELQA 1N3XA 2GFEA 2DXRA 1H44A 4OTEA 1XT8A 1S9TA 2H98A 4YKJA 1Y3NA 4OFOA 5CC2A 1ZKBA 1A40A 3L6HA 3N94A 3LSXA 4O3CA 4WEDA 3EF7A 3B6WA 3OEMA 2I48A 5KCJB 4QFPA 4H5GA 1FTMA 3L6GA 3DM0A 1B5JA 1DTZA 4F1VA 3HV1A 3RUMA 4G68B 2OLBA 4YB5A 5FHOA 3RLFE 4DCYA 1B32A 3W9VA 3OMBA 4DDDA 3WAFA 1OVBA 3DELB 1B1XA 1OQGA 2OK2A 2AIXA 1QUIA 2VD3A 4YICA 4EF2A 2VD2A 1MPDA 1QW0A 4GQOA 4HCWA 1N7WA 4NWDA 2LAOA 1URGA 4U4XA 3Q28A 2A5TA 1MXZA 3AXFA 5IAIA 5K2XA 3VVFA 2I58A 1Q1KA 4NTLA 1F9BA 1IITA 1I6BA 2CZLA 3IORA 1TFDA 4ND9A 2VP1A 1QUKA 5M2VA 3UORA 2NOOA 4EXKA 5DT6A 4JSDA 3VXCA 5B70A 4KR5A 1EH3A 3JYRA 2NWJA 1MDQA 1B6HA 4QF9A 1B1HA 2B3FA 2Q2AA 3QAXA 3MVXA 1B3FA 3HHGA 4QFNA 4PFUA 5FTIA 4G68C 3VVDA 3KG2A 4ISUA 2H4IA 2R9JA 2H99A 4P0IA 2REGA 2XX9A 4UACA 4LZ5A 1LGBC 2F34A 2O7IA 4ELPA 5IKBA 3U93A 1JW4A 5H8FB 3MWBA 1NNFA 1S7YA 3RGYA 4I1DA 1B7ZA 4H8IA 5H8HA 2Q89A 3ILUB 4ONYA 3KJTA 3MQ9A 1R1NA 2DSFA 4GRKA 2IA4A 2XXYA 4U23A 4NF5A 3O9PA 2XXPA 3FATA 4YB6A 1SYIA 3T9XB 3FXUA 4YMBA 4H8JA 2Y7IA 4PQJA 2D21A 2O69A 1PDAA 1FTLA 3QUFA 3ZS6A 4DXUA 4FAJA 3IB1A 3G3KA 1MQIA 2BJJX 1Y1MA 1QULA 2A5TB 5CI5A 4OEVA 4F2QA 2UXAA 4RK9A 1MQJA 3LSWA 4OQOA 3UP9A 3EHSA 3DP6A 1PEBA 3S2VA 2I3VA 1DPEA 2DWIA 5I2KA 1XVYA 1YAEA 1RKMA 3PD9A 3O97A 4PE5B 4LVQA 5JTYB 4LP2B 1URSA 3K1PA 3KOTA 4ELOA 3O6HA 3H03A 4I8CA 3O6GA 5CBSA 1QKAA 1NMUA 2VHAA 3IOUA 1MH3A 3A3CA 3OO9A 1EZ9A 1SD3A 3CSBA 1O63A 5J1DA 2QL3A 4U2RA 4YB7A 4XKPA 3IR1A 2V84A 2F7BA 1B3LA 3MZ9A 3FVOA 1P1OA 1ATGA 4IY5A 5H8SA 2CMOA 3PPRA 4YKKA 3EQ1A 3M3KA 1SI0A 3R6UA 4KD5A 3KEIA 3BFUA 3TTMA 2I6EA 4F3PA 2ZYNA 1NNKA 1KWHA 1UIVA 3USDA 1OMPA 1MY1A 4JWYA 4THIA 2DXYA 3PPNA 3RT8A 3QK6A 3TODA 2QS2A 5H8HB 1B7UA 3C34A 4OYVA 1LBCA 3E4RA 3TCFA 1JW5A 3T66A 1SW5A 2F5XA 3N6UA 5H8QB 3IL1B 4G8MA 1MPBA 4NF5B 3QUJA 3LBSA 5ITPA 1I6AA 1IXCA 4MF3A 4WXJA 2V3UA 2XD3A 3MBPA 4DZ1A 2AYSA 2XX7A 1FTKA 3OELA 2YPNA 2Z8FA 4R73A 1P1UA 2Q8JA 3PMXA 3UN6A 1MM7A 1N04A 1IQ7A 3CG3A 3PGFA 1B5HA 2O68A 4G8NA 5I57A 4POXA 5AA4B 3W9WA 4GIZA 2QMWA 2HXWA 4R2BA 5TP9A 2G93A 1BKAA 3G3HA 1FTOA 2Q9TA 2HFBA 3C33A 5AA2D 1PB7A 3EPEA 2I49A 2DVZA 4QSDA 1B7HA 3C36A 1M5DA 4C1UA 4KYDA 3C35A 3K00A 3E3KA 3T9VA 1US4A 1B3GA 3K1MA 3M3FA 4F19A 1YCJA 3TZAA 3FVKA 1POTA 3O28A 2UVJA 3N6TA 5I2NB 4ESXA 1L5TA 3IB2A 1IEJA 4ZEBA 2M8CA 1B52A 3O6IA 4H67A 3U1OA 3K1NA 3CVGA 4LATA 1N0TA 4EQBA 1LB8A 3TCHA 3VXBA 3FJ7A 1S50A 2WKYA 3TTKA 3HO7A 2OWSA 4IO7A 3IK6B 3KSXA 4PFWA 2VGQA 2Y7WA 5AA3A 3GXAA 2IEEA 1P1QA 4KYEA 1LLSA 2HZKA 1TWYA 4MFIA 3SEVA 3TTNA 3SKPA 3FXRA 4YMAA 2F6GA 3MVZA 3EN3A 2ONKE 3DP4A 3O2AA 1MXXA 2Y7KA 3TCGA 3K6WA 4H6DA 4PFYA 3ZKKA 5I56B 1PBPA 1AL3A 1LB9A 2QS1A 3CSGA 2E0SA 4JB7A 2THIA 4FATA 4GXAA 4F18A 1N7XA 3D4GA 5ITOA 2F8DA 1IIWA 5HM4B 2F97A 4ZEKA 4X1BA 3SEWA 4OWDA 5TP9B 1VFEA 3FJGA 4OFLA 3SEYA 3KZGA 5FHMA 4OXVA 3U94A 1RYXA 1OQHA 2XXQA 3Q29A 1EU8A 3K02A 3KN8A 3FGSA 5KDTB 1PBQA 4F1YA 1DMBA 1BIYA 1B5IA 4RA1A 4KPTA 1J1NA 2O84X 4XIGQ 1LAGE 3THIA 4XTCQ 5H8NB 1NH7A 3B7DA 1VR5A 1YTVA 3OSRA 1POY1 4LONB 4EF1A 4OHNA 4ESWA 4GLIA 2PMSA 4RPNA 3GBAA 4KFQA 1MXVA 1FQEA 5ICTA 3CFLA 1M5EA 5I58A 2NXOA 4LUBA 2QPQA 3T9HB 3QSLA 2AL5A 2DS9A 4GWOA 3PUZE 1SVXB 4G8HA 3IOVA 3RTFB 1WODA 4MLVA 3W15C 4NF8A 2F36A 3MAMA 3PPPA 1I6QA 3TQWA 1LSTA 2RC7A 1PC3A 4NF6A 3H6VA 3PUWE 1II5A 3CRBA 1UTHB 1XC1A 1UTBA 4R6KA 4IO2A 2VOZA 4EDPA 5DYHA 1MXYA 2I0CA 2HCAA 3MZ1A 4U1OA 3TQLA 1ANFA 2ESNA 4L17A 4OETA 4Q0CA 4GF8A 2Q88A 4GL0A 4YKIA 5JEIA 1A54A 1MS7A 2XX8A 4H1XA 1GR2A 4G2ZA 2ONRA 4H5FA 1TXFA 1MRPA 3LC8A 5ICQA 1ELJA 4JDFA 4BDRA 1NNTA 3FIRA 5A5XA 1T0KA 3RY3A 1MPCA 2XXRA 4JSOA 4R6YA 3QXMA 5I84A 1VE4A 5BWJA 3H7MA 1ZIUA 2ABHA 3IAZA 2F35A 1GVCA 3TKDA 3H6WA 1BP5A 2O6AA 4FJPA 1R9QA 2XXUA 3K6XA 2XXTA 2H25A 1H45A 4BLAA 3O29A 3PUVE 1YPNA 4E0WA 2DWAA 1B58A 3U92A 4Q8RA 3G3JA 5DVFA 5ISUA 4NF4A 1PB9A 1ZLQA 1Y3QA 1M5FA 4K3FA 2I0BA 1FW0A 1JEUA 2QSXA 4TOZA 3FVGA 3MPLA 3GLBA 2Z23A 2GH9A 3UA8A 2B65A 2V3TA 3CFZA 2XXIA 3SESA 3B6QA 5EHMA 3DP8A 4Q30B 3PU5A 2HZLA 1I69A 3TTLA 1SI1A 2REJA 4OFJA 1SW2A 2E1SA 1OVTA 3HHFA 4IO5A 1OLCA 3G3FA 3VLVA 4ZE8A 3U72A 1AMFA 2R6GE 4RY1A 4NF6B 5F1QA 3SERA 4F1UA 1B46A 4KCDA 1NKXA 2DWJA 3I5OA 1SBPA 3T96B 3UIFA 2YJPA 2DE2A 1SYHA 2V25A 1N3WA 1AOVA 4KYSA 4QHQA 4OENA 4XKRA 4ZDMA 3E9XA 4HCYA 1B9JA 3IX1A 4R72A 2DE3A 1D4NA 3T22A 5A5XB 3H6UA 3FD3A 2XXXA 3TDJA 2UVGA 2GHBA 2QJEA 3MC2A 2DOJA 4P0GA 2UVIA 4FEBA 4QRZA 4POWA 4LA9A 4NWCA 2Z22A 3OEKA 4ECFA 4MBPA 3T9UA 1HSEA 3MJNA 3S4UA 4IO6A 3KN7A 2RCAA 4QSCA 1MY3A 2RINA 1R9LA 2ZNTA 3H4ZA 5I59A 2Q2CA 4ZS9A 4PETA 1R6ZA 4XKNA 3RN8A 3OSQA 1B4HA 1JNFA 4C0RA 4F3SA 2OBGA 4ZEIA 1A7LA 4R9FA 5AA2A 3A09A 3SDFA 3OD7A 1RYOA 2PBWA 1ZMGA 4OEUA 3S9EA 3RQTA 2I4CA 4M1VA 1CB6A 3E13X 3H6TA 2XHDA 1DTGA 1B3HA 4TLMB 1A55A 4RXLA 4AB6A 4TQUQ 3SETA 2YLNA 2P0SA 5DVIA 1QKBA 2RKMA 3VDFA 1D3KA 4G4PA 3MP1A 3ONMA 1BTJA 5I2KB 1EZPA 1LFGA 3UK4A 3K6UA 1SW1A 4NE4A 4NMYA 5CRYA 3BFTA 2ZNSA 5L9MA 3G7WA 3ZKLA 3PV0E 2RF1A 4R74A 4F3GA 1JVYA 5DVJA 2OZZA 1FQAA 3PMVA 2Z8EA 4F39A 3DLNA 1QUJA 3MW0A 2OWTA 5ELVA 4EXLA 3CG1A 3M8UA 3IOWA 1PB8A 1US5A 2XXVA 2Y7PA 1MY2A 1D9YA 1B4ZA 1UIUA 1LAHE 4YKPA 1SDXA 3FZVA 4ZZEA 5BUUA 2ZXTA 2UVHA 5L8DA 2ANJA 2P2AA 3HN0A 4WEPA 1Q35A 3R7XA 2UYFA 5B7DA 1UQWA 1O7TA 3TEPA 3LSLA 4N07A 4QSEA 4HW8A 1O64A 2XD2A 3S9MC 4KI0E 3IOTA 2ZYMA 2F7CA 3KBRA 1Y4TA 4IO4A 4P11A 2Z8DA 3KSJA 5I57B 1LCTA 2HAVA 2Y7RA 3A3UA 4KQPA 3OO6A 4Z7EA 4LZ8A 1B40A 3C32A 3VVEA 1FQDA 4YU0A 5FHNA 1Y1ZA 1ZBMA 4ZEDA 2QMXA 2DE4A 4RJZA 4OZ9A 4BDQA 1MY0A 3UGWA 1A8EA 4KCCA 1Y4CA 4RYAA 2H9BA 3ILTB 1OLAA 2FYIA 4N13A 2V3QA 1P1WA 4GL8A 1Y9UA 4QFKA 3KOSA 2PT2A 3C4MA 4IGTA 1IXGA 2HAUA 3RT6B 3PUYE 1A8FA 4ZE9A 3VE1B 1IUDA 4HS7A 5H8FA 3G3GA 5DEXA 4U21A 4DE8A 2QRYA 5CMKA 1NNPA 3C9HA 4M4GA 2GHAA 3Q27A 4E0XA 1P99A 2ZMBA 3CI8A 5CMCA 3C31A 3OENA 4OERA 3ZSFA 1FCKA 3FV2A 2PX1A 3H3GA 4R75A 5L9SA 3IJXB 3TPAA 3VV5A 4KHZE 1ZJLA 3OO7A 4BDLA 3MP6A 3IJOB 4LZ7A 1IZ1A 4JBZA 5AA1A 4QFLA 1MQDA 4BDOA 2R71A 4XXUA 1Z7NE 2NVUB 1VFDA 1SW4A 3H06B 4RK2A 4HTGA 3V5AA 1OIBA 4AB5A 3V89B 3U8QA 2FNCA 1MG1A 4ZZAA 3MZBA 2I3WA 4I62A 1IXHA 2W7YA 1FQCA 5TU0A 5JTYA 2RCBA 4DXCA 3OOAA 2O7UA 3BBRA 3LR1A 1XOCA 4H65A 4BDNA 1D9VA 3GBBA 2DQVA 2PT1A 2O51A 2RC9A 1B51A 3FASA 1LAFE 5CMMA 3OXNA 1JQFA 5CM6A 3M3LA 1FQFA 3MUQA 1M5BA 3SEUA 1NH8A 2G29A 2XXWA 1URDA 3D4CA 3S9LC 4IY6A 3OO8A 3PUXE 3EHUA 4GXSB 2I4BA 4RPOA 5DEXB 2O1LA 5L9OA 3P7IA 1MQGA 5I58B 4U22A 5JK4A 4Z0IA 4R6HA 4DXBA 4JXIA 5LOMA 4MLQA 4TLLB 2PVUA 1DPPA 4IO3A 4FIMA 2V93A 5H8QA 2FA7A 5DTBA 3TFLA 1XS5A 5AE4A 3TELA 1GTKA 2Y84A 4NF8B 3FV1A 3MP8A 4DIGA 3I3VA 4GFRA 5CBRA 2ALUA 1AH5A 1B05A 4MH5A 4LQ5A 4DCXA 4FORA 1UTBB 3K2DA 4H0WA 3HSTA 3JZJA 1USYH 4EQ7A 2ZYKA 1IXIA 2P1SA 1B3EA 5AA4A 4O3BA 2DWHA 3VFJA 1JW1A 3K01A 2X7PA 1LBBA 3KGCA 1N76A 3QIMA 5KZTA 3PPOA 3V83A 4UA8A 3WAEA 4NEDA 1Z7ME 1Y20A 3K4UA 3RTWB 3EHTA 1HSLA 3N26A 3F11A 3Q26A 1LAXA 3QYTA 1VSOA 4F29A 1B0LA 5I2NA 4F22A 3KFMA 3SEXA 1LFIA 4R9GA 4DLDA 4X48A 1H76A 4NF4B 3RPWA 4FE8A 3N5LA 4X1DA 4AQ4A 4OESA 4ZEFA 4F3BA 1XVXA 2HEUA 4YZZA 3FXQA 3LSFB 1CE2A 4ELRA 1B2HA 1DSNA 1QJMA 3IO6A 3MVWA 1MH4A 1FTJA 4RNSA 3CIJA 3TMGA 3VLWA 4G77A 1M5CA 3HPIA 1TT1A 3HCQA 3IO4A 1NL5A 2RC8A 5TPAA 4OVJA 3TAJA 1A99A 5I56A 4JWXA 1JVXA 3KJ7A 1N84A 3PMWA 4OMBA 1H43A 3JV9A 1EZOA 1MM6A 3TYHA 3T93B 2QS4A 4WKMA 2XXHA 1GV8A 5HPQA 3VLUA 2KLFA 3CR9A 2PYYA 2DP8A 3R26A 1XHYA 3CFXA 4IB2A 4ZECA 4EQ9A 3S9NC 5FTHA 1MDP1 3FUZA 5KDTA 1HSJA 4Q5TA 2DVCA 4F31B 2DYXA 3FJMA 2ZNUA 4N6PA 2F7AA 1P1NA 5KCJA 5K2YA 4FEDA 1FQBA 3PPQA 1MY4A 5H8NA 4F2OA 3MVYA 2H5YA 5CMBA 3TTRA 2B3BA 3BKIB 4G68A 1GGGA 3K0VA 3TUSA 2D5WA 2X7QA 4PFTA 2F6PA 5I59B 2AL4A 1Y3PA 3V8XB 4PP0A 3K6VA 2X26A 4U1ZA 1ZTYA 2OCUA 1MXUA 2QS3A 2A5SA 2F78A 2OJTA 2UYEA 3MPKA 1AIVA 3FVNA 3GZGA 5EYFA 3RNNA 4U4SA 4X9TA 4JWOA 1BLFA 1B0HA 1DOTA 5AA2B 4LQ2A 4IGRA 2ONSA 2ZYOA 3ODBA 1MQHA 2NUVA 4O3AA 3G3IA 1ZU0A 5EHSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5IAI A;  5K2X A;  3VVF A;  2I58 A;  1Q1K A;  4NTL A;  1F9B A;  1IIT A;  1I6B A;  2CZL A;  3IOR A;  1TFD A;  4ND9 A;  2VP1 A;  1QUK A;  5M2V A;  3UOR A;  2NOO A;  4EXK A;  5DT6 A;  4JSD A;  3VXC A;  5B70 A;  4KR5 A;  1EH3 A;  3JYR A;  2NWJ A;  1MDQ A;  1B6H A;  4QF9 A;  1B1H A;  2B3F A;  2Q2A A;  3QAX A;  3MVX A;  1B3F A;  3HHG A;  4QFN A;  4PFU A;  5FTI A;  4G68 C;  3VVD A;  3KG2 A;  4ISU A;  2H4I A;  2R9J A;  2H99 A;  4P0I A;  2REG A;  2XX9 A;  4UAC A;  4LZ5 A;  1LGB C;  2F34 A;  2O7I A;  4ELP A;  5IKB A;  3U93 A;  1JW4 A;  5H8F B;  3MWB A;  1NNF A;  1S7Y A;  3RGY A;  4I1D A;  1B7Z A;  4H8I A;  5H8H A;  2Q89 A;  3ILU B;  4ONY A;  3KJT A;  3MQ9 A;  1R1N A;  2DSF A;  4GRK A;  2IA4 A;  2XXY A;  4U23 A;  4NF5 A;  3O9P A;  2XXP A;  3FAT A;  4YB6 A;  1SYI A;  3T9X B;  3FXU A;  4YMB A;  4H8J A;  2Y7I A;  4PQJ A;  2D21 A;  2O69 A;  1PDA A;  1FTL A;  3QUF A;  3ZS6 A;  4DXU A;  4FAJ A;  3IB1 A;  3G3K A;  1MQI A;  2BJJ X;  1Y1M A;  1QUL A;  2A5T B;  5CI5 A;  4OEV A;  4F2Q A;  2UXA A;  4RK9 A;  1MQJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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