2HXWA

Crystal structure of peb3 from campylobacter jejuni
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
231
structure length
229
Chain Sequence
DVNLYGPGGPHTALKDIANKYSEKTGVKVNVNFGPQATWFEKAKKDADILFGASDQSALAIASDFGKDFNVSKIKPLYFREAIILTQKGNPLKIKGLKDLANKKVRIVVPEGAGKSNTSGTGVWEDMIGRTQDIKTIQNFRNNIVAFVPNSGSALFAQDQADAWITWIDWSKSNPDIGTAVAIEKDLVVYRTFNVIAKEGASKETQDFIAYLSSKEAKEIFKKYGWREH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Campylobacter jejuni
publication title Structural context for protein N-glycosylation in bacteria: The structure of PEB3, an adhesin from Campylobacter jejuni.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Major antigenic peptide PEB3
total genus 76
structure length 229
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA02
1IXGA 2HAUA 4RK2A 4KI0E 3H6VA 4NWCA 3RLFE 3OENA 4HTGA 3OO8A 1FQFA 2GH9A 2CZLA 4F2QA 3T96B 4U23A 4F19A 3SERA 1B1HA 4XKNA 4ZZAA 3M3LA 1BIYA 3O6HA 3TAJA 4GWOA 3U1OA 4F2OA 1UTBB 2XX7A 3OELA 5TP9A 2ZNSA 3HHGA 1N3XA 3IOWA 1QUJA 1P1QA 4TQUQ 4UACA 3FJMA 2V93A 1US4A 4G68A 4ELPA 1URSA 3OEKA 4LQ5A 4KFQA 3FXRA 3U72A 1NKXA 4EDPA 3UIFA 3AXFA 3QYTA 1P1NA 4KYSA 1CB6A 4EF2A 3O6GA 1T0KA 4DXUA 1CE2A 4U4XA 3FJ7A 4P0IA 3PMWA 4PP0A 4UA8A 3O28A 3EN3A 4NF5A 3TTKA 1MDQA 3TCHA 3FXUA 4H0WA 1VFDA 3GBAA 3EHTA 4ESWA 1B6HA 1LFIA 3K01A 3UGWA 1NL5A 5I59B 5DVJA 5F1QA 3RY3A 5CMCA 3GXAA 3QIMA 1ZBMA 2DE3A 3CIJA 4H6DA 3O2AA 3KJ7A 3PGFA 4RNSA 4G2ZA 2DYXA 4GFRA 1B9JA 3TUSA 4O3CA 5AA4B 3MZBA 1A7LA 1ELJA 5FTHA 4P0GA 3V89B 3DLNA 1ZTYA 2PYYA 4YB7A 2DVZA 4Q30B 4IB2A 2VP1A 3O6IA 4N6PA 3EPEA 1B0LA 1B5IA 1MXUA 4XKPA 4LZ8A 2XXXA 3WAEA 2DWIA 5ICQA 3GZGA 5FHNA 5H8FA 3TKDA 4IO5A 3U8QA 3HO7A 4YKJA 2UVJA 1YPNA 3V8XB 3DELB 1Y4TA 4Q0CA 4GIZA 2E1SA 4NEDA 3I6VA 2H4IA 1YTVA 4RA1A 3T22A 2UVHA 5I84A 1PBQA 4YAHX 1MY4A 1S9TA 3ZKLA 3G3IA 2UYEA 4AQ4A 1SW5A 5AA2B 1VSOA 4U21A 3PUWE 3ODBA 3S4UA 3CFXA 4OZ9A 4XTCQ 4QSCA 4NF6B 2AL4A 2F7CA 2RCBA 1D4NA 1R6ZA 1N0TA 2R9JA 2Z8EA 2PT2A 4YKKA 5ISUA 1LBBA 4GXAA 2Z23A 3GBBA 4FIMA 1M5DA 4POWA 2ZYKA 1MQDA 1MY1A 3VXCA 5L8DA 2ZNTA 3FD3A 3HCQA 3IJOB 4F1YA 2DWJA 4H1XA 4PFUA 4R74A 2XX8A 1PB7A 3RT8A 1M5FA 1MXWA 3LSLA 5I59A 3VDFA 4JDFA 4PFTA 2X26A 4ECFA 1DOTA 4IO6A 2REGA 4GL8A 3OO6A 1Y1MA 1B51A 3C9HA 1XS5A 2UVIA 5ITOA 3DP6A 5IKBA 4EQ9A 4JWXA 1XHYA 4NF8B 3MZ1A 2NOOA 4X9TA 1LB9A 2OBGA 4RY1A 4G8HA 1TXFA 5AA4A 2RF1A 1Y20A 3BFTA 3MP8A 1FTKA 2E0SA 4IY6A 4QSDA 3H06B 4LQ2A 1URDA 1GR2A 3QXMA 2HEUA 3KEIA 4G8MA 4OWDA 3MPKA 3SEWA 4OETA 1UIVA 3IL1B 5CBRA 3PU5A 5H8HA 1TFDA 4ND9A 4X48A 3WAFA 1BP5A 3B7DA 2G29A 5I58B 3MW0A 1IEJA 1MRPA 1B1XA 1FTLA 1B58A 4WKMA 2OJTA 4P11A 4BDLA 2UXAA 5TPAA 2XXHA 4YMBA 1NNFA 4RYAA 3RN8A 3EHUA 4XXUA 2XHDA 4ZECA 4OTEA 5AA2A 3UP9A 4PQJA 3E13X 3FV2A 2V84A 1XVYA 1SYHA 3KGCA 1TWYA 3THIA 3TQLA 1O64A 1IZ1A 2DVCA 3UK4A 3CI8A 2PX1A 3K02A 3KOSA 1DMBA 3IO4A 2DWHA 3P7IA 2IEEA 4ELOA 1QKBA 3I3VA 3ONMA 3C33A 4LUBA 2XXQA 3G3HA 1I6BA 2PVUA 1IXIA 4XKQA 4POXA 5L9OA 3CSBA 4JSDA 1NNTA 2A5TB 5EYFA 2F34A 1N76A 4MFIA 2O1LA 2ABHA 3TDJA 4WXJA 4H8JA 2HZLA 2Z22A 4R6KA 4GOTA 4BDMA 5H8QA 4TOZA 2XXPA 3R26A 3IB0A 4OQOA 2OWSA 3BBRA 4PFYA 1USYH 4EUOA 2B3BA 4NF8A 3SEVA 2ZYOA 1ZIUA 5CC2A 1H45A 2AIXA 1A99A 4EQBA 2DSFA 3K6WA 4Q8RA 3MP6A 3U94A 3SESA 2P2AA 3C31A 4R73A 2QS2A 1UTHA 5KZTA 3U92A 4BDRA 2XD3A 2NXOA 2QSXA 3F11A 1OQGA 1FQCA 1FTMA 1ZJLA 4ZE8A 3HPIA 3VV5A 1EZPA 1NMUA 4DXBA 5I58A 1Q1KA 2YLNA 3K0VA 2DXYA 1KWHA 1M5CA 4R6HA 2B65A 3EHSA 1N3WA 1B3LA 3DP8A 3OSRA 5HBCA 5IAIA 3TQWA 1YCJA 1VR5A 5EHSA 5CRYA 1HSEA 4RXLA 3OXNA 3LSXA 3FVKA 1MXYA 3EQ1A 2DE4A 3HSTA 4G8NA 2QS4A 4F29A 3QUFA 4F1UA 1DTGA 1DPEA 2DS9A 3L6HA 1B05A 5HM4B 1B0HA 4DE8A 1B7HA 1B40A 2DWAA 3Q28A 2DXRA 1NH8A 4MLQA 1MXXA 3BFUA 3SDFA 3A3CA 4X1BA 2PBWA 3H03A 5KDTB 2W7YA 2F78A 2ZYNA 4LATA 1LFHA 2A5TA 3LR1A 2GHAA 3S9LC 1BLFA 5I2NB 2RCAA 3MQ9A 1N04A 4YB6A 2VGQA 2O68A 2PT1A 4DCYA 3RPWA 2A5SA 2HZKA 5DVFA 2H9BA 2NUVA 5CI5A 3PUZE 2ONSA 2F36A 1IXHA 1RKMA 2DP8A 3PV0E 5JK4A 2P0SA 4LZ5A 1PB9A 1ZKBA 2HAVA 3FVGA 5J1DA 4RPOA 2VOZA 2I3VA 4OXVA 3KN7A 4FAJA 2I0CA 3VE1B 1ZU0A 1XC1A 4NE4A 2O1MA 2X7PA 2F5XA 3MVYA 3KOTA 2OK2A 4FATA 1SI1A 3MVXA 1B7UA 2D21A 1M5EA 5JTYB 1OMPA 1SD3A 4F3GA 3RTFB 1HSJA 1IQ7A 3TPAA 3H6WA 1ANFA 4BLAA 3IK6B 1JVXA 3KZGA 3A3UA 4YKPA 3TYHA 3PPPA 3T66A 3E9XA 4IGTA 2DOJA 5AA3A 3QAXA 1MPBA 5ICTA 3CR9A 1LAHE 3CG1A 5CM6A 4LVQA 5LOMA 2V3QA 5ITPA 1B52A 4KCDA 3IO6A 1UTBA 5B7DA 3N94A 3C4MA 1B4HA 4RK9A 2Z8FA 3RT6B 3K6UA 1SQYA 2O7IA 3FJGA 5KDTA 2G93A 4XKRA 2RKMA 1B4ZA 4H67A 2I58A 5KCJB 2Y7KA 5I2NA 2QMWA 1D3KA 1D9YA 3VLVA 3MP1A 3SEYA 4MLVA 4ESXA 4AB5A 2O7UA 4KYEA 2Y7IA 4IO3A 3G3FA 3FXQA 3HHFA 3MWBA 2PMSA 3T93B 2X7QA 3FIRA 2Z8DA 2Y7PA 3USDA 1SYIA 3OOAA 3CRBA 1A55A 1N7XA 1MQIA 4JWOA 4NF4B 3T9UA 3VLWA 1PBPA 4GD5A 4C1UA 3OD7A 3MC2A 5H8NB 3K1MA 1M5BA 2VD2A 4DZ1A 1PDAA 3FGSA 1RYOA 1N7WA 2YPNA 1OVBA 1XOCA 4MH5A 2I48A 3KFMA 2QS1A 5JTYA 1Y3NA 3C35A 4I62A 2F35A 3QUJA 4GLIA 4ONYA 3B6TA 4M1VA 1FTOA 4ZE9A 3C36A 1I6QA 1BTJA 1L5TA 5DEXB 3G3JA 4ZEFA 2FNCA 3KG2A 1USYE 4JXIA 3LUYA 4N13A 5DTBA 2HQ0A 1DPPA 4NMYA 1ZMGA 4JBZA 1J1NA 4OYVA 3D4CA 3TCFA 3JV9A 4DCXA 4YMAA 1POY1 4OMBA 1GGGA 4F3PA 5DYHA 2HFBA 2QL3A 3TTLA 4K3FA 1OLAA 5DT6A 4OHNA 5HPQA 3RNNA 2I4BA 3B6QA 4U1ZA 2RINA 2Q88A 4H8IA 3V83A 4E0WA 4ZS9A 5CMBA 4R72A 4ISUA 1S50A 3PPRA 4NF6A 4OEUA 3SKPA 3TELA 4F39A 2DQVA 4KPTA 4EF1A 3ILUB 4AB6A 2D5WA 1OQHA 1LLSA 2XXIA 1MH4A 3G7WA 3O9PA 4JWYA 1QJMA 3IB2A 3TODA 5I2KB 4ZZEA 4DDDA 5TP9B 2ONKE 1GTKA 1N84A 3OO9A 1AMFA 3IOTA 2Y7RA 1O7TA 3PPOA 3TTNA 4PETA 1SI0A 1FTJA 2F8DA 3K6VA 2IA4A 3TEPA 3ZKKA 3CFZA 1OIBA 4GL0A 3PMVA 1GVCA 3M3FA 4QRZA 5H8NA 5K2XA 2XX9A 2XXRA 2I6EA 1OLCA 2ALUA 1JNFA 4H65A 2V3UA 3FVNA 2H25A 5CMKA 4THIA 3Q25A 5CMMA 2XXYA 3OO7A 3SETA 3N6UA 2H98A 4NF5B 1JW4A 1EZOA 5BUUA 3KN3A 4KHZE 2F7BA 3IOUA 3N6TA 4U1OA 4NTLA 1Y4CA 5CBSA 3PPQA 1I6AA 2XXVA 1MM6A 2DE2A 1LAFE 1H3DA 3KJTA 2XXUA 4KQPA 1FW0A 1R1NA 4FECA 1LCTA 2Q2AA 4LP2B 5DVIA 3IX1A 4OESA 4OERA 1FQAA 3B6WA 1B46A 4YU0A 1GV8A 1B5JA 2NWJA 4O3AA 5EHMA 2Y7WA 4E0XA 5AE4A 3MPLA 4F18A 3KSXA 2M8CA 1B5HA 4PE5B 1EH3A 3IAZA 5L9SA 4YKIA 3H3GA 3G3GA 2VHAA 2B3FA 3M3KA 3V5AA 3UORA 2O6AA 3I5OA 4WEPA 1LCFA 4HS7A 2R6GE 4GF8A 4I1DA 4DLDA 1TT1A 4Z7EA 3RTWB 1QKAA 3H7MA 3JZJA 2RC8A 5H8FB 3CFLA 3PUVE 3VLUA 5A5XB 3UN6A 4IY5A 1PB8A 1FQBA 1AL3A 1SVXB 3IB1A 5FHMA 2VD3A 3LBSA 4M4GA 3W9WA 3H6TA 5I2KA 2ZXTA 4H5GA 3HV1A 4C1TA 1QUKA 3C32A 2F7AA 4IO7A 3SEUA 3FVOA 4DXCA 2FA7A 2YJPA 3LSWA 4ZEBA 3RGYA 2XXTA 3TMGA 4IO4A 3EF7A 1PEBA 2I49A 1LB8A 1MQGA 1B3FA 3K6XA 4C0RA 1NNKA 3Q29A 1SDXA 1O63A 4PFWA 3VVEA 2RC9A 2I0BA 4L17A 1F9BA 2QMXA 5TU0A 4I8CA 3R6UA 4G68C 4U22A 1FQDA 2QJEA 3O66A 1IIWA 2ONRA 1B7ZA 3S9MC 3MZ9A 4JB7A 3W9VA 4MBPA 4GXSB 3C34A 1S7YA 3H6UA 3M8UA 5H8SA 2V25A 3IJXB 5FTIA 4FJPA 1Y3PA 1Z7NE 1B2HA 3T9VA 4GVOA 3OMBA 5B70A 1DSNA 1LSTA 5I56B 2THIA 4G4PA 1A8EA 3KN8A 1MXVA 1IUDA 3TTMA 3K4UA 1AH5A 1EU8A 3HN0A 4F3BA 2WKYA 4FE8A 4TLLB 3CVGA 2GRVA 1QVSA 3Q26A 4R2FA 4OEVA 5H8HB 3N5LA 4FEDA 3DM0A 5AA1A 3FZVA 3PD9A 1Q35A 2Q89A 1A8FA 1Z7ME 4BDQA 4QFOA 3MVWA 3JYRA 3T9HB 3VFJA 3PUXE 5A5XA 4WEDA 4EXKA 1Y3QA 1LGBC 1LBCA 3FUZA 4YZZA 2AYSA 2HCAA 2Q8JA 5TPAB 1URGA 4ELQA 1JEUA 2QRYA 2D3IA 1B3EA 4FEBA 3CSGA 4QHQA 3K00A 2O84X 2I4CA 3SEXA 1P99A 3H4ZA 4FORA 1IXCA 1MY3A 1MG1A 5AA2D 1OVTA 4I9DA 1MM7A 3KBRA 1MPCA 4Q5TA 2H99A 3QK6A 3D4GA 4F31B 4JSOA 2KLFA 4QF9A 3E4RA 1A40A 2XXWA 3VVFA 5ELVA 2ESNA 1MH3A 1SW2A 3E3KA 4BDOA 2BJJX 3PPNA 4KR5A 4GQOA 3O29A 1MXZA 4EXLA 1H76A 1Y9UA 5H8QB 3PUYE 1JW1A 3Q27A 1MS7A 1I69A 2R71A 1MY0A 1B3GA 1R9QA 5I56A 1LFGA 4RPNA 3IORA 3FATA 3UA8A 3RQTA 1MPDA 1H44A 1UTHB 4LONB 2RC7A 1P1UA 2OCUA 2F6GA 3VXBA 4ZEDA 2ZYMA 3S2VA 3G3KA 3FASA 3MVZA 4MF3A 5FHOA 4R75A 5I57B 3K1PA 3IOVA 4KYDA 4F22A 4OENA 1ZLQA 1FQEA 2I3WA 1TFAA 4QFKA 4HCYA 1YAEA 3BKIB 4U2RA 2OLBA 2O51A 4R9FA 4TLMB 2UVGA 2XD2A 3TTRA 4GRKA 4NWDA 2H5YA 1HSLA 1II5A 3K2DA 5BWJA 2ANJA 1SBPA 3TZAA 3MUQA 1B32A 5KCJA 1SW4A 1RYXA 3L6GA 2V3TA 4ZEKA 1US5A 1UQWA 3PD8A 4R2BA 3TFLA 2QS3A 2F6PA 1ATGA 4LZ7A 1VFEA 1QW0A 1WDNA 4HW8A 1EZ9A 1MY2A 4HCWA 4QFLA 1LAXA 3ECRA 3QSLA 3N26A 4IO2A 2Q9TA 2AL5A 4U4SA 5M2VA 4XIGQ 4ZDMA 3LC8A 4N07A 1IITA 4OFLA 3A09A 1JVYA 4NF4A 1POTA 4KCCA 3KSJA 4F3SA 1XVXA 4IGRA 4G68B 4Z0IA 3CG3A 3O97A 4EQ7A 3K1NA 4ELRA 1MDP1 1H43A 3T9XB 2HXWA 2F97A 3FV1A 3TCGA 1AOVA 2OZZA 3MBPA 1MQHA 2GFEA 1QUIA 2ZMBA 3S9EA 2NVUB 4OFJA 1FCKA 2REJA 2GHBA 5L9MA 5F7VA 1VE4A 1B3HA 1MQJA 3VVDA 1DTZA 1R9LA 1JETA 1JW5A 5DEXA 1NH7A 3OSQA 3LSFB 1AIVA 4ZEIA 1P1OA 3W15C 4YICA 4RJZA 2FYIA 3S9NC 4H5FA 4QSEA 1P1WA 4R6YA 4YB5A 3DP4A 4DIGA 1XT8A 5K2YA 3IR1A 3ILTB 1Y1ZA 1UIUA 4LA9A 1A54A 1BKAA 3R7XA 4QFPA 2Y84A 1JQFA 1WVJA 5I57A 3GLBA 1PC3A 2CMOA 3PMXA 1NNPA 2QPQA 3MJNA 4R9GA 1LAGE 4OFOA 1JEVA 4O3BA 5JEIA 3ZSFA 1D9VA 1QULA 3OEMA 1NFTA 3U93A 3RUMA 2OWTA 2P1SA 4F1VA 2O69A 1WODA 1SW1A 3MAMA 2LAOA 2Q2CA 2UYFA 2ZNUA 4OVJA 4G77A 3ZS6A 4QFNA 4KD5A 4BDNA 4X1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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