2HZLA

Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its closed forms
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
VTWRLASSFPKSLDTIFGGAEVLSKMLSEATDGNFQIQVFSAGELVPGLQAADAVTEGTVECCHTVGYYYWGKDPTFALAAAVPFSLSARGINAWHYHGGGIDLYNEFLSQHNIVAFPGGNTGVQMGGWFRREINTVADMQGLKMRVGGFAGKVMERLGVVPQQIAGGDIYPALEKGTIDATEWVGPYDDEKLGFFKVAPYYYYPGWWEGGPTVHFMFNKSAYEGLTPTYQSLLRTACHAADANMLQLYDWKNPTAIKSLVAQGTQLRPFSPEILQACFEAANEVYAEMEASNPAFKKIWDSIKAFRSEHYTWAQIAEYNYDTFMMVQQNAGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic bin
molecule tags Ligand binding, transport protein
source organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hzlA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2hzlA01
2F34A 1MXZA 3VXCA 4NHBA 2HXWA 5CMCA 2HAUA 3HHFA 5HPQA 5L9SA 3U72A 3TPAA 1S50A 4G68B 4HTGA 1HSLA 2I48A 1P1NA 3QK6A 3TEPA 1YCJA 4F29A 2OLBA 1MY3A 4PETA 4U2RA 3H6VA 3B6WA 1LAXA 4PF6A 5H8QB 1SYIA 1TT1A 4RPNA 4H5GA 4LN5A 2Y7WA 2ESNA 3KFMA 3G3HA 1FTKA 2Y84A 4GL8A 5I7IA 4PFYA 1IITA 1PDAA 3D4CA 1PBQA 1JEUA 2Q88A 2I4CA 4GIZA 2VHAA 3S9LC 3RPWA 1FQBA 2OWSA 3IAZA 2ZMBA 3OENA 4MNPA 1IXHA 5B70A 4XKQA 4OVQA 2GFEA 1Y3PA 2D5WA 2V3UA 5AA2D 2RC9A 3TTRA 3VLVA 3DLNA 4H67A 2OWTA 3HV1A 4R2BA 1VR5A 2NUVA 5CMBA 1IEJA 5DT6A 1Y4TA 2I0BA 1SI1A 1B40A 3VXBA 1I69A 3UN6A 5CRYA 3U1OA 3K0VA 4U21A 3RLFE 1LCFA 3KOSA 2WYPA 2Y7RA 4F2QA 4I8CA 1MXXA 3KSXA 2UXAA 4R6KA 3K01A 3USDA 2D21A 1D4NA 2UYEA 2RINA 1TWYA 3ONMA 3O29A 5ITPA 1N3XA 2DXYA 1S7YA 1B9JA 1SW5A 5KCJB 4DXBA 4KI0E 1VFEA 2H4IA 3E13X 5AA3A 4YKPA 3R7XA 2ZYKA 4P1LA 4O3BA 2V3TA 3OO8A 3H3GA 4JSDA 4QRZA 4R73A 2F6GA 2P2AA 4FEBA 2RKMA 4IO2A 4F19A 2ZXTA 3O6HA 2ZYNA 4WXJA 2Q2CA 3EF7A 4E0WA 1SD3A 2P0SA 4G8HA 4GLIA 1SI0A 3PPRA 5DEXA 3EHTA 4L17A 1QJMA 3U92A 4JB7A 3V5AA 3TCHA 3KSJA 4ZEFA 2DOJA 3S9NC 4FAJA 4JSOA 1LLSA 1D9YA 1AL3A 1MRPA 1MDP1 5JTYB 2Z8EA 1A7LA 2XWVA 3VDFA 2KLFA 4H8JA 4RXLA 2O7UA 4KR5A 1PEBA 2QS4A 4OFJA 1B3HA 4PDHA 1M5FA 4ZZEA 3EHUA 3K6WA 5FHNA 4ZEDA 3WAFA 2VD3A 4MHFA 4NQ8A 1N7XA 2XXVA 5J1DA 4KCCA 1SQYA 4MFIA 4OVPA 4P1EA 4OMBA 1MXWA 4NN3A 1OIBA 2FNCA 3BBRA 3MVWA 3L6HA 3SERA 3G3GA 4EQBA 3A3CA 3WAEA 1FTJA 3CR9A 4IB2A 1A8EA 4OVSA 3LSFB 2HQ0A 4TLMB 4R6YA 3TTNA 3H03A 5M2VA 4NF0A 1FCKA 2Z22A 4OVJA 1EZOA 4RJZA 3O66A 3G3IA 4N07A 4JWOA 5H8NB 1JVYA 3QUFA 2Q9TA 1FTOA 2I3WA 1O7TA 2E1SA 3FJMA 2HCAA 3IX1A 4YKIA 3TKDA 2RCBA 3OO9A 4X9TA 1MQHA 5FHMA 5H8FB 4F3SA 4UABA 3IOVA 3OMBA 2DXRA 3LSLA 4MNCA 4LP2B 2ONKE 4TLLB 4XFEA 1WDNA 1PB7A 4QSEA 3TODA 3QSLA 3A09A 3UP9A 1EZPA 1OQHA 4EXKA 4O8MA 2HZKA 2XD3A 5HM4B 2DWIA 3MP6A 3Q28A 1DTGA 4PAKA 4G77A 4GRKA 1M5EA 4XEQA 3SESA 4U22A 3FXUA 4NF8B 5H8SA 5HBCA 5I84A 3N6UA 5I57B 3RTWB 1Y4CA 3ZKKA 3VVFA 5AA1A 1FW0A 1MXUA 3PPOA 3OO6A 4ZZAA 3FUZA 3TUSA 1PC3A 2XWKA 2XXRA 3IOWA 2THIA 3IO6A 4ZDMA 3G3JA 4X48A 4G8NA 3ODBA 3PPPA 1B5JA 4YU0A 3S9MC 2DVZA 4G68A 5CBRA 2XXUA 5K2YA 4NF5A 1BP5A 1RYXA 2VPOA 3O28A 3U8QA 2ALUA 1JW4A 3KJTA 1GTKA 2UYFA 4XXUA 3RGYA 3PMVA 1I6QA 4BDQA 4MX6A 1FQCA 3QAXA 5I58A 3OOAA 1R9LA 1JW5A 4IGTA 4XKNA 5H8QA 1DPPA 2NVUB 4OXVA 3TCGA 4P47A 3PGFA 4QSCA 5I59A 4R75A 1T0KA 3LR1A 1M5CA 1HSJA 4JXIA 2XXTA 4R2FA 4MNIA 2H9BA 4KYEA 1PB9A 4GXAA 4DE8A 2DE2A 1FTLA 1H43A 3PD9A 3LC8A 3C9HA 4GVOA 3W15C 2A5SA 1XVYA 1A54A 1GV8A 4RA1A 4PQJA 5DVIA 5K2XA 5I56A 1II5A 1EH3A 5KZTA 4RNSA 3DM0A 3MJNA 4YB6A 1ANFA 4K3FA 4YB5A 2A5TB 3FXRA 1MXVA 3LSXA 1FQAA 1FTMA 2O68A 4ZEBA 5IM2A 2F6PA 4GWOA 1Y20A 4OFOA 1Y3NA 4R9GA 3ECRA 2NXOA 2Z8FA 4DDDA 4FATA 3UIFA 4QHQA 3KN3A 4MMPA 4F18A 3T93B 1L5TA 1POTA 1LB8A 2OK2A 1OQGA 1MPCA 4LATA 4HCYA 1ELJA 4IO6A 2DWHA 1TFDA 3B6QA 3IOTA 5B7DA 3E3KA 3Q25A 2P1SA 1H44A 1ATGA 4EQ9A 4PAIA 4PFWA 5KCJA 4ND9A 4N4UA 1MY4A 4QFOA 3KGCA 3THIA 3TQWA 3R26A 4QFPA 5H8HA 3TFLA 3SDFA 1USYE 3ZS6A 4NWDA 3HCQA 3PD8A 1H3DA 3LSWA 2I3VA 4U23A 3HSTA 1BTJA 4O3CA 1VSOA 4R74A 3IOUA 3TTLA 4DI3D 1QKAA 3FJ7A 4IO7A 1Q1KA 1P1WA 4MCOA 5L9OA 2RC7A 3OEKA 3PMWA 4NWCA 1MPDA 1URSA 3L6GA 4LZ8A 4HCWA 2OZZA 3N94A 1Y1ZA 5KDTA 2ZNTA 3W9WA 1BKAA 5JTYA 5ITOA 4EF1A 1B3GA 5EHMA 1MQDA 5ELVA 1B3FA 3H7MA 2VP1A 2ZZVA 1FQEA 3C4MA 1RYOA 1JNFA 2YJPA 2AYSA 5I2NB 3B7DA 3MC2A 4OEUA 2CZLA 2W7YA 3SEVA 3CG3A 2PFZA 2ZZWA 3DP8A 3W9VA 3PUXE 1IXGA 5A5XB 4DCXA 1YTVA 3ZSFA 3SETA 4X1BA 1UTBB 3CSBA 3MZ1A 4U1OA 3OELA 3FASA 3MVZA 2DS9A 3MQ9A 4GXSB 4NEDA 1D9VA 2AL4A 3FV2A 3CVGA 1YPNA 2HAVA 3B6TA 4F3PA 2O69A 3RUMA 4R6HA 3DP6A 1XOCA 5H8NA 5DVJA 3IO4A 4WKMA 4NGUA 4RY1A 2H98A 3FVNA 1JVXA 4PGNA 2UVIA 4OENA 4NMYA 2H99A 3RY3A 5AA4B 2XD2A 5H8FA 4NF6B 3I5OA 3H6UA 5DVFA 3KJ7A 1XVXA 1QULA 2V3QA 4F1YA 1DPEA 4JWXA 2R6GE 4OERA 3SEYA 3GYYA 1MPBA 2GH9A 4OESA 1MY1A 4DCYA 1ZIUA 1N84A 4XKRA 1US5A 4PP0A 3O9PA 1O63A 5TP9B 3GBBA 4OQOA 4PBQA 2OCUA 5TPAB 1I6BA 4QSDA 1J1NA 5CI5A 4LA9A 4E0XA 4MBPA 2CEXA 2FA7A 1NNFA 3CRBA 3K4UA 1P1QA 1QUIA 4ELRA 4Z7EA 3M3KA 3S4UA 1MH4A 1ZU0A 3MW0A 2R71A 2B3FA 2LAOA 4WEPA 1NKXA 1URGA 3C34A 3FVGA 3H6TA 3I6VA 3F11A 2Z23A 4QFLA 1VFDA 1HSEA 3K1PA 5FTIA 4X8RA 1P99A 2WKYA 2X7PA 1B5IA 2HPGA 2G29A 2VPNA 4DIGA 4LZ5A 3SEXA 1BIYA 3T9HB 3TDJA 4OHNA 1LCTA 4H1XA 4QFNA 5EYFA 4RK2A 2HZLA 1NH8A 3FVOA 3H4ZA 3FXBA 1GR2A 3K2DA 2AIXA 3Q26A 3RQTA 1BLFA 4RK9A 1UIUA 2XXKA 1N76A 4KFQA 1OVBA 5DYHA 1WVJA 5CBSA 4BLAA 1NNPA 2PYYA 1EU8A 3IORA 3HN0A 4F1UA 4Q0CA 3SKPA 3Q29A 4X1DA 1B7UA 4OWDA 2RCAA 4U4SA 3C36A 4XIGQ 1ZLQA 1Y3QA 4YKKA 4IY6A 1IZ1A 3RT6B 3TTKA 2R9JA 1NMUA 4YAHX 3A3UA 2XXQA 1ZMGA 4POWA 3EN3A 4EF2A 2QMXA 5AA2A 4P11A 4H65A 4P9KA 1USYH 1TXFA 2PX1A 2QS2A 4DZ1A 3K00A 4H8IA 3SEWA 2Q89A 5F7VA 2GHAA 3MP8A 1MXYA 3G3KA 3B50A 2YPNA 1IQ7A 5LTCA 1SDXA 3CFZA 3R6UA 4N6KA 1UTHA 4ELOA 3UK4A 3N6TA 1MS7A 2XXHA 1IXCA 2XXIA 2B3BA 4F31B 2D3IA 4F1VA 3UGWA 1SYHA 2Y7IA 1DMBA 4N15A 4ZE9A 5IZZA 1LSTA 2H25A 2I4BA 4POXA 3RTFB 3C32A 1A8FA 4KCDA 5IGAA 3K1NA 3PUWE 1AMFA 1B32A 3PPNA 4P0GA 1Y1MA 2DWJA 5I2KB 3U94A 2ABHA 3MPKA 3PUZE 1N0TA 2DE3A 4LUBA 3M3FA 3P7IA 4PFTA 2DYXA 3FJGA 5FTHA 3RT8A 5CMKA 2RC8A 1N3WA 1QUKA 1IIWA 2UVJA 2XX9A 3OSQA 4G68C 2QJEA 2Q2AA 1LAGE 1IXIA 2F35A 1B0HA 2XX8A 4FORA 4ELQA 2CEYA 1MDQA 4WEDA 3KOTA 4KYDA 4EDPA 2QMWA 4N8YA 2XX7A 3T9XB 4IY5A 4NF4B 1B2HA 1B6HA 4NE4A 1ZBMA 3MUQA 1D3KA 1P1UA 5CM6A 2ZYMA 5FHOA 4UACA 3EPEA 3K6UA 1UTBA 5L8DA 1MH3A 5JEIA 2OJTA 5ICTA 1B05A 1N7WA 5JK4A 4PF8A 3KBRA 4G8MA 4GFRA 4LQ5A 2PT2A 4OETA 1NFTA 4DXCA 4C1TA 1OMPA 2F78A 2FYIA 3TELA 2I0CA 3GZGA 1MQIA 4QFKA 1UQWA 2WX9A 3QIMA 1US4A 4IGRA 3HPIA 1S9TA 3TQLA 4FJPA 2V84A 3EHSA 3FXQA 1B1XA 3VLWA 5AA4A 2O6AA 1P1OA 4NF6A 2REGA 3M8UA 2M8CA 3N5LA 2ZNUA 2PVUA 1MQGA 2AL5A 3HO7A 4HW8A 2Z8DA 4U1ZA 3CI8A 3T9UA 4ELPA 4FEDA 2GHBA 4P0IA 2X26A 1URDA 4Q30B 1CE2A 3MWBA 1IUDA 1CB6A 3FGSA 3GLBA 4I62A 5ISUA 4AQ4A 3N26A 3MBPA 3U93A 3IJXB 3PMXA 4M4GA 1YAEA 3KN8A 4KHZE 4N6PA 4ZEKA 3JZJA 4H0WA 2QRYA 4NF5B 2XXWA 4FECA 4FIMA 3IB0A 1B4HA 2DSFA 3OD7A 3D4GA 2V93A 1B0LA 3DELB 1Y9UA 1NL5A 5ICQA 2F7AA 4C0RA 4P56A 3OXNA 4PBHA 3ILTB 3IB2A 2I58A 2QS1A 4F22A 1LBBA 5I58B 4ISUA 3VE1B 1NNTA 1VE4A 3VV5A 3TAJA 5I59B 4ECFA 3IK6B 3VVDA 4XTCQ 4U4XA 1NNKA 3KG2A 3C35A 3TTMA 4PCDA 4DXUA 1B51A 2PMSA 2I6EA 5I56B 1AIVA 3PUVE 1FQFA 1R9QA 2YLNA 2XWIA 2Y7PA 1LAFE 1N04A 2HFBA 2ZYOA 4PFUA 4OZ9A 4YZZA 4LZ7A 4YMBA 3JYRA 4NX1A 2XA5A 1Z7ME 4GQOA 4LVQA 4KYSA 4ZE8A 2O1LA 1RKMA 3TCFA 2GRVA 1XHYA 1POY1 1GVCA 3K6VA 1EZ9A 4F2OA 4I1DA 2O1MA 1Z7NE 3PV0E 3MAMA 3G3FA 3FATA 1MY2A 4P8BA 3G7WA 5DTBA 3BFUA 3IR1A 3QUJA 4PAFA 4PE5B 2NOOA 3S2VA 4Z0IA 2F8DA 2Q8JA 1A40A 1LBCA 5AE4A 3C33A 2HEUA 1QUJA 4NF8A 3K02A 4N91A 3TMGA 3FIRA 4BDOA 3HHGA 5I57A 3TYHA 5H8HB 3S9EA 4IO3A 1SW4A 3PU5A 3KZGA 3IB1A 2O51A 2QL3A 4O94A 3Q27A 1JW1A 4OTEA 1SBPA 3QYTA 4TQUQ 3K6XA 3VLUA 1O64A 4PDDA 3MZ9A 4MF3A 1B58A 2F7BA 4LONB 3FVKA 2DVCA 2DE4A 5KDTB 1JETA 1JEVA 4OVRA 3RN8A 1MY0A 5CMMA 4YB7A 5I2KA 1A55A 5F1QA 4KD5A 5TU0A 2UVHA 4YMAA 4F39A 4ZS9A 4DI4B 4PC9A 4G4PA 1R6ZA 4PFIA 4ESXA 1B5HA 4ESWA 2UVGA 1Q35A 4NTLA 1B7HA 3MVXA 1QVSA 2DQVA 3U65A 1LB9A 3JV9A 4Q8RA 2F97A 4OYVA 1SVXB 2F36A 3EQ1A 1TFAA 4ZECA 4PE3A 3T66A 1AOVA 3LUYA 4BDRA 4NF4A 2ONSA 4PFRA 1LFHA 3BFTA 1XC1A 3UA8A 1XT8A 3AXFA 3ILUB 4JDFA 3H6WA 3K1MA 3RNNA 5LOMA 3CSGA 5IKBA 1MQJA 2A5TA 4O7MA 1ZTYA 4MLQA 3MP1A 3CFLA 4GF8A 2VGQA 3UORA 1LFIA 4YKJA 1DOTA 4I9DA 3T96B 1GGGA 3V8XB 4RPOA 1B3EA 3FZVA 1B4ZA 3KEIA 3O6GA 3FV1A 4M1VA 2ONRA 2Y7KA 1B1HA 4FE8A 2ZZXA 2H5YA 1H76A 4LQ2A 4Q5TA 1JQFA 1SW1A 4IO5A 2ZNSA 4THIA 2XWOA 1UIVA 3CIJA 4N13A 2QPQA 1LAHE 3PPQA 4PFBA 2X7QA 2F5XA 3E9XA 3VFJA 5DEXB 3GBAA 2F7CA 2V25A 1FQDA 3CG1A 4UA8A 1A99A 3MPLA 4OEVA 4JBZA 3O6IA 2REJA 4PGPA 5BUUA 5EHSA 1B7ZA 1XS5A 4TOZA 4HS7A 3OEMA 1WODA 4XF5A 4MIJA 4OA4A 3VVEA 5IAIA 3C31A 2V4CA 3O2AA 1M5DA 2RF1A 2QS3A 4F3BA 3T9VA 1SW2A 4AB5A 2O84X 3ZKLA 2XXXA 4R72A 1QW0A 4OFLA 1DTZA 4EQ7A 4KPTA 3FD3A 4EUOA 2CMOA 4P3LA 3TZAA 1LFGA 4KQPA 4AB6A 4N8GA 1OLCA 4BDLA 2B65A 2ANJA 3QXMA 4GD5A 1B52A 1M5BA 2E0SA 5I2NA 3H06B 3IL1B 2O7IA 2VD2A 3LBSA 2QSXA 3CFXA 3I3VA 2NWJA 1AH5A 2OBGA 4BDNA 3DP4A 5A5XA 4NAPA 1MG1A 1I6AA 4ONYA 2I49A 2G93A 2XHDA 3BKIB 1B3LA 2PBWA 4N6DA 2XXPA 4GL0A 5I5PA 1PB8A 3OO7A 5L9MA 4DLDA 1MM7A 1OVTA 4ZEIA 5BWJA 1QKBA 4MH5A 4JWYA 4R9FA 4XKPA 1OLAA 1LGBC 4H6DA 4QF9A 3T22A 2IA4A 4O3AA 1NH7A 4RYAA 4MAGA 3MZBA 1F9BA 3MVYA 2WYKA 3SEUA 3GXAA 3O97A 2IEEA 3V89B 4IO4A 3OSRA 5AA2B 4F3GA 2DWAA 1B46A 1ZJLA 3M3LA 1DSNA 2DP8A 2VOZA 3IJOB 4OVTA 2XXYA 3V83A 4NG7A 4OANA 4H5FA 3PUYE 1ZKBA 3KN7A 4MLVA 1H45A 1UTHB 2PFYA 4C1UA 5CC2A 1PBPA 4G2ZA 4YICA 5TP9A 2BJJX 1KWHA 3E4RA 4N17A 5TPAA 4X04A 4GOTA 1MM6A 1R1NA 4BDMA 4EXLA 4MEVA 2PT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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