2I48A

Crystal structure of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803 in complex with carbonic acid
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
MMPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bicarbonate transporter
molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
total genus 144
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A01
4YICA 3MP1A 4QRZA 3EHTA 4EQBA 4PP0A 5M2VA 1PDAA 2PX1A 4GL8A 2YLNA 4G8HA 1MH4A 4XKPA 1QUJA 3CRBA 1D9VA 2Q8JA 2O68A 2Z8DA 5DVFA 2F97A 1A55A 5K2XA 1MY2A 2DOJA 2F7CA 2REGA 5I58B 1ZBMA 4RA1A 2XXVA 3U1OA 5LOMA 2O1MA 4H5GA 3KN3A 3TDJA 1Z7ME 1B40A 3RY3A 3C34A 3PGFA 1B5JA 3M3FA 3PPQA 3K1NA 1MXWA 3K02A 3MPLA 3I5OA 3KG2A 4ELOA 4G8NA 2QS1A 3LSWA 1XOCA 5AA3A 1PB7A 3MW0A 3MAMA 2OLBA 1DPPA 4AQ4A 2A5SA 1HSJA 1P1UA 4MH5A 3S9LC 1SW2A 4QFOA 5FTHA 3OOAA 2DXYA 3BBRA 3RNNA 3O6GA 3K6VA 2GFEA 3IAZA 1II5A 2AL5A 1MS7A 4JXIA 3D4GA 1FTOA 4N13A 2GH9A 4JSDA 4BDNA 1LB8A 2ZYMA 1S50A 4GXAA 4KYSA 2F35A 4EQ9A 4IO2A 4EDPA 3B6WA 2Z8FA 4ZZAA 1DOTA 1N3WA 4OEUA 2V93A 4NF6B 4F19A 3MVZA 1GTKA 4LONB 4YKIA 1QKBA 4GXSB 4IO6A 4U22A 3K6UA 2O51A 1NKXA 2F6PA 1P1WA 3FJGA 4AB6A 4R73A 1TWYA 3MP6A 3A3UA 3IORA 4KD5A 2VP1A 3AXFA 3PPPA 1OIBA 2Q2AA 2Y7PA 1AH5A 3EN3A 3Q25A 5I84A 1XVYA 1B3FA 2I6EA 3RN8A 3JYRA 1USYH 4Q8RA 5TPAB 4FE8A 2H5YA 3BKIB 5L9SA 3LUYA 1M5EA 5I2KB 1YCJA 1BLFA 3I6VA 3TQLA 1QULA 5DTBA 3MJNA 1Y3QA 3Q27A 4THIA 4I9DA 5H8NB 3VVFA 3B6TA 5A5XA 3ILUB 3B6QA 4G8MA 2DWIA 1TXFA 4I8CA 1PBQA 4C0RA 2F7AA 4KR5A 5FHNA 4YB6A 3C36A 1LB9A 2Y84A 3T9XB 4YB5A 1BTJA 1HSLA 3TCHA 3SEUA 3I3VA 3ODBA 3UK4A 4JB7A 4C1UA 4TLMB 3O28A 1LCFA 4GL0A 2A5TA 5AA2D 4X1DA 1IXHA 3M3LA 3TODA 1SVXB 1H45A 5I59A 3ILTB 4BDMA 5CBRA 4PFTA 4GWOA 3IJOB 1OLCA 1MG1A 4R75A 3VDFA 1MDQA 2NOOA 1F9BA 3V5AA 4O3CA 3MQ9A 3IOVA 5CBSA 1LBBA 1AIVA 3ZSFA 3KSXA 4N6PA 2V25A 1XVXA 2VGQA 3T93B 4JWXA 1LBCA 3VLWA 1MPDA 4YMBA 4FATA 4M4GA 1D9YA 4NTLA 1NNTA 5IAIA 4F1YA 2H4IA 3RUMA 1N84A 4OQOA 1FTLA 4EXKA 1GV8A 1M5DA 3VLUA 2RKMA 1H43A 3L6GA 2UXAA 4KCCA 4X9TA 4BDQA 4L17A 4PE5B 2OWTA 3OO6A 4IO3A 2HQ0A 3VLVA 3BFUA 3UP9A 4OFOA 4KYDA 1MY1A 2OBGA 1MY0A 2G93A 3HO7A 2QS2A 4ESWA 3GZGA 4BLAA 2CMOA 2Q89A 2F36A 3PPRA 1MRPA 5I58A 1M5CA 2HCAA 1IXGA 4P0GA 1N7WA 1LFIA 1USYE 3C9HA 1SW5A 1Y1MA 3S9NC 3G3IA 4F2QA 1B2HA 1Q35A 4YKKA 3PUWE 1B9JA 1B0LA 1MQIA 1Y3NA 3EQ1A 2M8CA 3ECRA 5EYFA 3FZVA 4C1TA 2DP8A 1ZMGA 2AL4A 1MPCA 4U21A 3SETA 2D21A 4GVOA 4WEDA 2OZZA 4XXUA 1MY4A 3MZBA 2FA7A 3PPOA 2RC8A 2UVIA 4DZ1A 3CR9A 3HV1A 2YPNA 3IOWA 3TEPA 2I0CA 1A54A 1O63A 4FEBA 3FVNA 1DTZA 2ONRA 2KLFA 2A5TB 4ELQA 2O1LA 1N76A 1XS5A 4DXBA 1A8FA 2DE4A 3DLNA 4NF6A 3E4RA 3OMBA 3FD3A 4RY1A 4Q30B 1DMBA 2ZNUA 4RXLA 2DWAA 3IOUA 2XD2A 3KOSA 3EPEA 1OQHA 2ZYOA 5FHOA 4I62A 4OERA 2LAOA 2QPQA 3K6XA 2DQVA 1B1XA 3G3JA 3CG3A 2I49A 4H65A 5KZTA 3MBPA 1SQYA 1DTGA 4IY5A 1VR5A 4H8JA 1ZLQA 3TTLA 4EF1A 4MFIA 4WKMA 5HBCA 2XXIA 1RYXA 1P1NA 1LGBC 2Q88A 3LSLA 2D5WA 3C32A 3QAXA 5EHMA 4PETA 3VVEA 1B7HA 5L8DA 4U4SA 4JSOA 1SYIA 2E1SA 5H8NA 2HXWA 4H67A 2RCBA 3UN6A 4OFJA 4XKNA 3FASA 4R6KA 1N04A 4ZE8A 5CMBA 2ZXTA 3TCFA 2PT1A 2PYYA 1YPNA 3PPNA 4OXVA 1OLAA 3HHGA 4OTEA 2THIA 4OMBA 4GIZA 1B3LA 4FIMA 2XD3A 3FXQA 3PD9A 4R9FA 3LBSA 3K00A 3VFJA 4DIGA 4IO4A 1ATGA 3TYHA 4GOTA 3PUVE 1I6AA 3DP4A 1JEVA 4ESXA 5H8FB 3UGWA 4H1XA 3TZAA 1Z7NE 2O69A 3Q29A 3FUZA 4XKQA 1IXCA 4F31B 2O7UA 3A09A 4PFWA 2XXWA 1ZTYA 2Y7WA 1POY1 4R72A 1ZU0A 5FHMA 3WAEA 4F1UA 2R6GE 2P0SA 1UTHA 1PEBA 1NNFA 4F3PA 3FXRA 4KI0E 4R74A 2UYEA 3MVXA 3QIMA 1SW1A 1I6BA 4G2ZA 4YKPA 2NVUB 1S9TA 3KJTA 1QVSA 1FQDA 2REJA 1MXUA 4HTGA 1LAGE 2XXUA 2DWJA 2NXOA 5B7DA 3MVWA 3IB0A 1LCTA 4GD5A 4F3SA 1WVJA 4F1VA 1LLSA 3MWBA 3TKDA 2ALUA 4OENA 4K3FA 1FQCA 2Y7IA 4F29A 1URGA 1QJMA 4IO7A 3V83A 3EHUA 2Q2CA 2QMWA 3PMVA 5DVJA 3VXCA 2NWJA 2FNCA 1MQGA 4PFYA 3K6WA 1B0HA 2D3IA 1CB6A 1IUDA 1RYOA 2BJJX 3CFLA 1SYHA 3SEXA 2O7IA 4YKJA 4RPNA 1GGGA 3JZJA 5H8QB 1Y9UA 4YB7A 5F1QA 2YJPA 2PMSA 4F22A 5CRYA 3K0VA 3MUQA 1JW5A 2XXYA 3OEMA 4YMAA 4NMYA 1B4ZA 4LA9A 4NE4A 4RNSA 3IB2A 3S9MC 1JW4A 5CMKA 3G3HA 4JWYA 3VXBA 5ICTA 2DVZA 4BDOA 1NH7A 2XXXA 4ECFA 5L9MA 4R2BA 2HZKA 2F34A 3F11A 1US5A 1ZJLA 3IL1B 3K4UA 3HSTA 3LSFB 4KQPA 2QJEA 4X48A 3P7IA 3T96B 2Z23A 1A99A 3THIA 2CZLA 1TT1A 1IIWA 1P1QA 1S7YA 5ELVA 1FQEA 2E0SA 1EZOA 1TFDA 1MPBA 3K1MA 3OELA 4H6DA 5B70A 5KDTA 3FVKA 2QL3A 4IO5A 3SEVA 1UTHB 2ESNA 3H6WA 2X26A 1YAEA 4MF3A 3W9WA 4QSDA 4RK2A 3KEIA 1H44A 2HAUA 4IGRA 1NL5A 4GRKA 1MM6A 3ONMA 4IGTA 1J1NA 4XTCQ 3UORA 4OETA 4G77A 1L5TA 1OMPA 3MZ1A 3QUFA 4I1DA 5BWJA 3U8QA 4KYEA 4Z0IA 5KCJB 1XT8A 4RPOA 4O3AA 1D3KA 4BDLA 5AA4A 3H6TA 2ZYKA 1OQGA 4NF8A 3FV1A 3SERA 3O29A 3R7XA 5ITOA 3KFMA 5AA1A 4TLLB 2Y7RA 3SEWA 2I4CA 1R6ZA 4ZEIA 2DYXA 2ONSA 4ZE9A 1R9QA 3DP6A 1WDNA 4XKRA 2B3FA 2VHAA 2AIXA 3KBRA 1B3EA 4KHZE 3KOTA 3T22A 1FCKA 3FGSA 5CM6A 2ZMBA 3IR1A 4R2FA 5H8FA 1MQJA 3O97A 5AA2B 3G3FA 4U1ZA 2QS3A 4ELRA 4RYAA 1LAXA 1URSA 4NF5B 1UIUA 4LUBA 2ONKE 4ONYA 2HZLA 1B5IA 1TFAA 2DE2A 2ANJA 3R6UA 4NWCA 3FXUA 3TELA 3OEKA 3HN0A 4E0WA 3O6IA 2F78A 3MVYA 3RTFB 3R26A 1BP5A 4HS7A 3O2AA 4P11A 2XX7A 1B52A 3RGYA 3ZKLA 2XX8A 3VE1B 3D4CA 4NEDA 1JETA 5I57B 1FTMA 4X1BA 5AE4A 5K2YA 1LFGA 5JTYB 1IXIA 4R6HA 3H3GA 4H5FA 3B7DA 2H25A 3UA8A 3KGCA 3A3CA 3PMXA 3TAJA 1IQ7A 1MXZA 4QFNA 2DSFA 5EHSA 2IA4A 3U72A 2O6AA 3KSJA 2QSXA 5J1DA 1FQAA 4JBZA 4WXJA 3KN8A 1B1HA 3H7MA 1XC1A 3IO4A 4ZECA 4EUOA 4H8IA 4YAHX 2X7QA 4AB5A 5KDTB 2ABHA 3ZS6A 3O9PA 5F7VA 4MLQA 3TFLA 5DYHA 3H06B 4P0IA 1VE4A 1B7ZA 2RCAA 2ZYNA 3PV0E 1SI0A 1LFHA 1B3HA 4GLIA 3ZKKA 1MXXA 1VFEA 5H8QA 4FORA 3TCGA 3EHSA 3USDA 2P2AA 4FAJA 3C31A 4OEVA 5AA4B 3SESA 4NF8B 3OO7A 1B58A 3T9HB 3H03A 4OHNA 2DE3A 2W7YA 1EZ9A 4G4PA 2XXPA 2AYSA 2XXQA 4YU0A 4Q5TA 4OVJA 3OO8A 2FYIA 5CC2A 2V3QA 5JEIA 1SBPA 3TTMA 4F18A 4DXCA 1B32A 4ZEBA 2OCUA 3T66A 4QSCA 1MH3A 1HSEA 4TOZA 3S4UA 2VOZA 5HM4B 1O64A 4ELPA 3FJMA 4F39A 3RLFE 1H3DA 2OK2A 4RJZA 5ISUA 2X7PA 1KWHA 1SW4A 4G68B 3TPAA 4OWDA 1Y1ZA 5JK4A 1Y20A 4HCWA 1AOVA 3M3KA 4HW8A 1SDXA 1YTVA 4QF9A 5TU0A 4MBPA 1I69A 1FW0A 1GR2A 4N07A 1H76A 4OESA 5CI5A 1B5HA 3WAFA 1ELJA 1UIVA 1UQWA 2GHAA 1UTBA 1MQDA 2F5XA 4WEPA 1O7TA 3QYTA 4MLVA 1RKMA 4R6YA 4KFQA 3RQTA 1WODA 4HCYA 3LSXA 3QSLA 4U2RA 3DM0A 4F3BA 3BFTA 2Y7KA 2I4BA 1XHYA 3N6UA 2UVHA 1PC3A 1GVCA 4U23A 3TTRA 2DS9A 3G3KA 3C33A 2XXTA 3IB1A 4PFUA 3H4ZA 1B6HA 1ZKBA 2V3UA 4M1VA 1P99A 2XX9A 4H0WA 3G7WA 1NNKA 3FJ7A 4NF4A 2ZNTA 3LR1A 4KCDA 3E3KA 2H99A 1QUIA 5KCJA 2I48A 5HPQA 1MXVA 1PBPA 1A8EA 3IK6B 4DLDA 3RT6B 1B46A 3IO6A 2RF1A 4LP2B 4EQ7A 3FV2A 2OJTA 4FJPA 3KN7A 4LZ7A 3OXNA 1OVBA 1T0KA 2NUVA 4ZZEA 4GFRA 1AL3A 2V84A 3QXMA 2OWSA 4DCXA 3PUZE 1FTKA 1BKAA 1MQHA 4DDDA 3MC2A 3FIRA 1B7UA 3SKPA 1ZIUA 3T9UA 3Q26A 2GRVA 1IITA 4DE8A 4TQUQ 1IZ1A 4PQJA 3TQWA 1NH8A 5AA2A 3Q28A 3N26A 3W9VA 1JVXA 4NF5A 1MY3A 3G3GA 4IB2A 4ZEKA 3RPWA 5DEXB 3GLBA 3M8UA 1QW0A 4RK9A 2I3VA 5H8HA 3OSRA 1R1NA 4LQ5A 5DVIA 1P1OA 2VD2A 2B3BA 2XXHA 4R9GA 1SI1A 1N3XA 3QK6A 2DWHA 1DSNA 5I57A 1PB8A 2WKYA 3IOTA 4Q0CA 2HFBA 1Y4TA 4KPTA 5JTYA 3MP8A 5CMCA 5I56A 4LZ5A 1POTA 3HHFA 3OD7A 2XXRA 1QUKA 2G29A 1B4HA 4NWDA 1B51A 3T9VA 4XIGQ 3VV5A 1LSTA 3FVOA 3OO9A 1UTBB 1US4A 3PU5A 1QKAA 1AMFA 3V8XB 1EH3A 3QUJA 1B05A 4POXA 3O6HA 1JQFA 3IJXB 4F2OA 2QMXA 2I58A 1N0TA 3OENA 4LVQA 3GBBA 4FECA 3H6UA 3LC8A 4UACA 2VD3A 1B3GA 1VFDA 3K01A 1MDP1 5I2NA 3JV9A 2RINA 4EXLA 4POWA 1Y4CA 1VSOA 2IEEA 5TP9A 4OYVA 3PUXE 4NF4B 3V89B 3H6VA 1M5FA 1URDA 3O66A 1JVYA 2R71A 1Y3PA 1FTJA 4ZDMA 4DCYA 3U94A 4ISUA 1MM7A 3HCQA 3UIFA 2V3TA 2PBWA 1NNPA 1LAHE 4G68C 1IEJA 3TTKA 1R9LA 4OFLA 2R9JA 4ZEFA 4EF2A 3HPIA 1LAFE 4QSEA 3MPKA 2UVGA 2F6GA 5L9OA 1NMUA 2HAVA 1Q1KA 4G68A 3C4MA 2QRYA 4GF8A 4QFLA 3TMGA 3IX1A 1PB9A 1M5BA 2DVCA 4YZZA 3DELB 1N7XA 3GBAA 1A40A 3CIJA 4BDRA 4DXUA 3CSBA 2H98A 1FQBA 2H9BA 4LQ2A 5H8HB 3EF7A 3S2VA 1EZPA 2UYFA 2RC7A 3K2DA 4ZS9A 4Z7EA 3PD8A 3U92A 1NFTA 3CVGA 5BUUA 4JWOA 5A5XB 4UA8A 3L6HA 3N6TA 3CI8A 3E13X 2F7BA 2I3WA 2ZNSA 3VVDA 5ICQA 3SEYA 5IKBA 5I56B 3C35A 2UVJA 3CFXA 2I0BA 2Q9TA 4IY6A 3W15C 2HEUA 2Z8EA 2XHDA 4OZ9A 3E9XA 5H8SA 1MXYA 4LATA 3TUSA 5DT6A 3S9EA 1FQFA 3U93A 1DPEA 2B65A 4U4XA 2QS4A 2F8DA 3CFZA 3CSGA 2PT2A 3GXAA 2RC9A 1I6QA 3KZGA 5I59B 3FATA 4ZEDA 3OSQA 4F3GA 3FVGA 5ITPA 4U1OA 4ND9A 3RT8A 3TTNA 4E0XA 5I2NB 2DXRA 4O3BA 5CMMA 3KJ7A 5TP9B 2O84X 1A7LA 1JEUA 4QFKA 3PMWA 4QHQA 3RTWB 4GQOA 1BIYA 3DP8A 3SDFA 2Z22A 3MZ9A 5TPAA 1JNFA 3PUYE 1D4NA 3N5LA 2PVUA 3K1PA 5DEXA 1JW1A 4QFPA 1OVTA 2GHBA 5FTIA 1ANFA 4LZ8A 4JDFA 1CE2A 5I2KA 1SD3A 2P1SA 3N94A 4FEDA 3CG1A 1EU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YICA 3MP1A 2QVUA 4P9KA 4QRZA 3EHTA 4EQBA 4PP0A 5M2VA 1PDAA 2PX1A 4GL8A 2YLNA 4G8HA 1MH4A 4XKPA 1QUJA 3CRBA 1D9VA 4OVQA 2ZZVA 2Q8JA 2O68A 2Z8DA 5DVFA 2F97A 1A55A 5K2XA 1MY2A 2DOJA 2F7CA 2REGA 5I58B 1ZBMA 1KA1A 4RA1A 2XXVA 3U1OA 5LOMA 4N81A 2O1MA 4H5GA 1IMBA 3KN3A 3TDJA 1Z7ME 1B40A 3RY3A 3C34A 3PGFA 1B5JA 3M3FA 3PPQA 4PGNA 1NUZA 3K1NA 1MXWA 3T1BA 3K02A 2Q74A 3MPLA 3I5OA 3KG2A 4ELOA 4G8NA 2QS1A 3LSWA 1XOCA 3NOHA 4PAIA 5AA3A 4N17A 1PB7A 3MW0A 3MAMA 2OLBA 1DPPA 4AQ4A 2A5SA 3D1RA 1HSJA 1P1UA 1FPFA 4XEQA 4MH5A 3S9LC 3LUZA 1SW2A 4QFOA 5I3SA 5FTHA 2F3DA 3OOAA 2DXYA 3BBRA 3RNNA 3O6GA 3K6VA 2GFEA 3CHGA 3IAZA 1II5A 2AL5A 1MS7A 4JXIA 3D4GA 1FTOA 4N13A 2GH9A 4JSDA 4BDNA 5EYHA 1LB8A 2ZYMA 1S50A 4GXAA 4KYSA 1NV0A 2F35A 4EQ9A 4IO2A 4EDPA 4JVDA 3B6WA 2Z8FA 2WBBA 2XWOA 4ZZAA 1DOTA 1N3WA 4OEUA 2V93A 4NF6B 4F19A 3MVZA 1NUYA 1GTKA 4LONB 4YKIA 1YXIA 1QKBA 4GXSB 4IO6A 4U22A 3K6UA 2O51A 1NKXA 2F6PA 2XXKA 1P1WA 3FJGA 4AB6A 4R73A 1TWYA 3MP6A 3A3UA 3IORA 4KD5A 2VP1A 3AXFA 3PPPA 1OIBA 1DBZA 2Q2AA 2Y7PA 1AH5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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