2I49A

Crystal structure of apo form of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
MPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bicarbonate transporter
molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
total genus 140
structure length 398
sequence length 398
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i49A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i49A01
4FEBA 4ZDMA 4PFTA 3T93B 1MM7A 3PMWA 3HV1A 3BFUA 1H3DA 2ZNTA 4LZ8A 5H8QB 4NE4A 1B6HA 1BTJA 1B7ZA 1ATGA 5M2VA 2YJPA 4YU0A 4U23A 4DDDA 2B3FA 3L6HA 4IO6A 1N3XA 2DQVA 3C32A 3CIJA 2P2AA 4DLDA 2H9BA 1SDXA 1D9VA 4IY5A 1MH4A 5FHOA 3C9HA 1B0LA 3KN3A 3S9EA 2DXYA 4OTEA 1TFAA 2XD2A 1N76A 1Y4CA 1B5IA 2VGQA 4GXAA 3RTWB 2YLNA 3ZSFA 2QS3A 1IITA 3OSRA 1NNFA 4ZEFA 2GHAA 2ZYNA 4MFIA 1B51A 1MDP1 4YICA 1XC1A 5JTYA 4QFLA 2XXUA 1URDA 4F1UA 3HSTA 1POTA 3S9LC 1PB9A 1MM6A 3FVKA 4MF3A 3UORA 3K6WA 2XHDA 5ICQA 4KCDA 4ONYA 4QSEA 5AA2B 1PC3A 1WDNA 4RNSA 1MH3A 4XKPA 3VLWA 4ZEBA 1LLSA 2XXQA 1LBBA 2O1MA 3IO4A 1PB8A 2I3WA 3O2AA 4GQOA 5K2YA 4PFUA 3FIRA 3W15C 1M5FA 4ZECA 1T0KA 1Q35A 5DVJA 2PMSA 2ABHA 5I59A 5H8HB 1BP5A 2Q2CA 4LZ5A 1FCKA 2I4BA 3VFJA 3EF7A 1PB7A 2D3IA 3S2VA 4ZS9A 1OIBA 1P1NA 4ZE8A 4HS7A 5L9OA 5A5XA 3MUQA 4NF6B 2DVCA 4NWCA 4OESA 4U22A 4FEDA 1I6AA 2ALUA 1RKMA 3EPEA 4EDPA 4KYEA 4YB5A 3VVFA 1ZTYA 2A5TB 3BFTA 2WKYA 5H8NA 2QL3A 4I9DA 4WXJA 1I69A 2AL4A 3IB1A 4G2ZA 4JWXA 1EZOA 2XXVA 1Y1ZA 1ELJA 4TLLB 4OENA 1UTBA 1GV8A 3N6TA 4N6PA 2ONRA 1ZKBA 1SI0A 2O51A 3E4RA 1PBQA 3KFMA 3JZJA 4NF8B 4OYVA 2REGA 2XXIA 3Q28A 3CG1A 4MBPA 2F5XA 4BDRA 3QXMA 4NEDA 2DOJA 1CB6A 5I56A 4DIGA 1DPEA 2V3QA 1QULA 1M5CA 4NF4B 1JEVA 3H6WA 2Y7RA 1R9QA 4GRKA 4LQ2A 2UVHA 3C33A 2QS1A 1M5BA 2UYFA 2F78A 4THIA 3ILTB 4RJZA 3N5LA 1Y3PA 2B3BA 5H8FA 4G8MA 1AH5A 3H3GA 3LSXA 4YZZA 2O68A 4O3CA 3R7XA 3VE1B 4WEPA 3DP8A 3BKIB 5AA4B 2HEUA 4BDNA 2ZYMA 4R2FA 1B58A 3MBPA 1VE4A 4GOTA 2OZZA 3H7MA 1FQFA 2HZLA 1N7XA 5TPAA 3IO6A 3RY3A 3H06B 4AB5A 5KCJB 2X7QA 4M1VA 3IORA 5DVIA 3QYTA 5TP9B 2O6AA 3E9XA 3QAXA 3LR1A 5I2KB 3PPPA 3T66A 2O1LA 1IXHA 1H44A 4F2OA 4IB2A 3EQ1A 3PV0E 1YPNA 3K00A 2FNCA 3THIA 3KJTA 4OFLA 4UACA 3U72A 3CI8A 5KDTA 4K3FA 4QF9A 3TAJA 1H76A 2Y7PA 3RT6B 4F19A 2V84A 3CR9A 5I58B 1MY2A 1JEUA 3U1OA 2DP8A 1IIWA 2V93A 5DEXA 4EQBA 3MP6A 4ND9A 4F1YA 1B2HA 3G3JA 4DZ1A 1B52A 5BWJA 4O3AA 1FQBA 2GH9A 1AIVA 1YTVA 1DPPA 1A40A 4FJPA 1N84A 5IAIA 3OEMA 1LBCA 2QMXA 4H0WA 5ELVA 4H8IA 4POWA 2H98A 2D21A 1URSA 1MQJA 3A3UA 3ODBA 2OCUA 3HHGA 4OZ9A 1PDAA 2E1SA 3OO9A 4LZ7A 1SYHA 3K6VA 2Y84A 4KPTA 2F8DA 3USDA 3O66A 4X1BA 3C4MA 5EYFA 4GL0A 4Q0CA 4MLVA 3V5AA 3MQ9A 1B46A 3Q25A 2HCAA 5L9MA 1B4HA 4RPOA 2AIXA 1B3LA 1I6QA 3EHTA 1MQIA 1WVJA 4JB7A 4YAHX 1FTMA 4QRZA 2F6GA 3IOVA 2UVIA 4JWOA 1A99A 1LAHE 3PPOA 2PX1A 3U93A 3DLNA 1MXXA 1Z7NE 3O28A 5FHNA 4FIMA 1MPCA 1MY3A 2X26A 3G3IA 1HSLA 4H5FA 1AL3A 3MP1A 4IGTA 4UA8A 3LBSA 3PMVA 4RXLA 3MAMA 3RNNA 3Q26A 5HBCA 3LUYA 4GFRA 4BDQA 3FJ7A 2R9JA 3PD8A 2UVJA 1SW5A 3O6HA 1DSNA 3KGCA 2Q2AA 3OO6A 2G93A 2Z8DA 4RPNA 1IXIA 4C1UA 4XTCQ 1ZBMA 1MRPA 3MJNA 3EHUA 2HQ0A 3OO8A 3VXBA 4FECA 3MZ9A 4IY6A 1UTHB 3IX1A 5L9SA 3KG2A 4QFNA 1M5DA 3BBRA 2Y7IA 3H4ZA 3T9XB 3PUVE 5I2NB 1BKAA 3PPQA 3V83A 1XHYA 3PMXA 3TCFA 3A09A 1LGBC 2XXWA 4F31B 3RTFB 1NFTA 4G68B 1SW4A 2AYSA 2PVUA 1SQYA 3UGWA 2Y7WA 1OLAA 4NWDA 5TP9A 3H6VA 3CVGA 2VP1A 4ELRA 5B70A 1WODA 1LCFA 1IEJA 1TWYA 2G29A 4KCCA 3GLBA 3H03A 4E0XA 1ZLQA 1YCJA 3GZGA 4GF8A 4R9FA 5CMMA 5DYHA 3WAFA 3GXAA 4ELQA 4R72A 3S9MC 1S7YA 3MPKA 1TFDA 5ITPA 1MY4A 3VDFA 5ICTA 1FTLA 3K1PA 2H99A 3MPLA 1MY0A 4F18A 3TTRA 3PUZE 2XXPA 3GBBA 4OETA 2HAVA 4JDFA 2F7AA 3ZKLA 4RK2A 3PU5A 3TTMA 3QK6A 3CRBA 3CSBA 3PUYE 4C1TA 2IA4A 5CMCA 1B9JA 5I57A 2AL5A 4G68C 2DE2A 5JEIA 2XXYA 2ZNSA 3TQLA 4C0RA 4OXVA 4TLMB 4G4PA 4LP2B 1IUDA 1FTKA 1Y9UA 4EF2A 4HCYA 3KJ7A 2HXWA 2LAOA 4F22A 2DWIA 3K01A 5FTHA 1FQCA 2I6EA 1AOVA 2Q89A 1OQGA 3TELA 3IOWA 1QW0A 2NVUB 2H5YA 2ZNUA 3UA8A 2XXHA 1O7TA 2RC8A 3VVEA 2Z22A 1USYH 2OBGA 1B4ZA 3SERA 2HFBA 2QMWA 3FD3A 4EQ9A 3MZ1A 5B7DA 1Y20A 3TPAA 1MXYA 1DTZA 2ZYOA 1QVSA 2I4CA 4F3PA 3TFLA 3N94A 2UXAA 1B5JA 4Q8RA 2ESNA 4ESWA 3KOTA 2NWJA 2RCAA 4F3BA 3GBAA 2ZYKA 5ISUA 2QS4A 1SW1A 1ANFA 3FVOA 4GVOA 5J1DA 3TUSA 4IO4A 2NXOA 1TT1A 4GWOA 4R73A 2OJTA 1POY1 4FE8A 4FORA 1UIUA 2DYXA 4R6YA 5CM6A 2IEEA 4EF1A 4ELOA 1MG1A 2ONSA 4NF5A 2O69A 2I58A 2DE3A 2QJEA 1SW2A 1UQWA 1FQEA 2X7PA 1D3KA 3RUMA 1JW5A 3HN0A 3MVXA 4R6HA 4NMYA 2RC7A 1Y3QA 1PEBA 3KSJA 5TU0A 3PUWE 3ZKKA 3MVWA 4Z7EA 1R1NA 1OMPA 5LOMA 5H8QA 1D9YA 2QS2A 1LFHA 2XXTA 1P1WA 1B3EA 3OO7A 3SETA 3EN3A 2I0CA 2V25A 3K1NA 2OLBA 1IXCA 4PP0A 4DXUA 4X1DA 2DSFA 2NOOA 2PT1A 2I0BA 3FV2A 4DXCA 4KFQA 4OEVA 1II5A 1O63A 1SYIA 4YKKA 4F2QA 1CE2A 3MVZA 3LC8A 3S9NC 3FASA 4RY1A 4R74A 3FXQA 2Q9TA 3QUFA 1DOTA 3QSLA 5JTYB 1B5HA 1JNFA 4OERA 4X9TA 4AQ4A 2M8CA 2Q88A 4E0WA 3F11A 1VFDA 4HCWA 2VD2A 3TEPA 4ISUA 4F1VA 3IJXB 3MP8A 4OQOA 4I8CA 5CRYA 3SDFA 4QHQA 4PETA 4PE5B 1MPBA 3RT8A 5AA2A 3CFLA 3CSGA 3KSXA 4LQ5A 1QUJA 5DT6A 3IL1B 4P0IA 4R75A 3OXNA 3RGYA 3I6VA 4YB7A 3UN6A 3T96B 3DM0A 2FA7A 3O97A 3K2DA 3U8QA 5I59B 4OVJA 3UK4A 3KZGA 3MWBA 4U1OA 3UIFA 4POXA 3O6IA 2BJJX 1ZIUA 1XOCA 5FTIA 3G3FA 5H8HA 2OWTA 4N13A 4YMAA 3Q27A 3IK6B 3RQTA 3G7WA 3Q29A 5AA1A 2H25A 4ZEDA 1YAEA 4EQ7A 2O7UA 1R9LA 2Z23A 2R71A 2RINA 4GL8A 4NF6A 1AMFA 4TOZA 3OOAA 1MXWA 5H8NB 4R2BA 2XX7A 3SEWA 4JSOA 2ZXTA 1B7HA 4I1DA 2A5TA 1UTBB 1N0TA 1US5A 3U92A 2F6PA 5IKBA 1PBPA 4MLQA 1NNTA 1JW4A 1O64A 2RF1A 3S4UA 4KD5A 4YKIA 1A8FA 1US4A 4NF8A 5I56B 1B0HA 4F39A 1MY1A 1TXFA 1LSTA 3R6UA 2I3VA 4DCXA 4OEUA 2CZLA 1QKBA 1P1QA 1LB9A 1EH3A 2CMOA 3TKDA 3K6XA 1A8EA 1B3HA 1B32A 4NF4A 3C34A 1IQ7A 5DVFA 1FTOA 1Z7ME 1NH8A 2XD3A 3H6TA 1R6ZA 1OQHA 2GHBA 3FGSA 2VHAA 5BUUA 2QRYA 3I3VA 3I5OA 3OEKA 3T9VA 4ELPA 2F36A 3OSQA 1A54A 4IO7A 1JVXA 2E0SA 3VV5A 4P0GA 3FZVA 1MXUA 5AA4A 1B1HA 1DMBA 1VSOA 3TTLA 3V89B 4LA9A 4EUOA 5TPAB 3IJOB 4LONB 2OK2A 5CBRA 2UVGA 4H5GA 4XXUA 3A3CA 3OENA 4N07A 3JYRA 3FATA 5KCJA 3K1MA 2XXXA 1SD3A 4GD5A 2VD3A 3CFXA 3TMGA 1NNPA 5CMBA 3O29A 1SVXB 3ILUB 4KR5A 5I2KA 4IO3A 1A55A 2F7CA 3LSFB 1LB8A 3AXFA 1B05A 3HPIA 5KDTB 3QUJA 3TYHA 4XIGQ 3QIMA 3FVGA 3IOUA 2DS9A 1IZ1A 1HSJA 1HSEA 3CFZA 3O6GA 2PYYA 3TCGA 1UIVA 5DTBA 2OWSA 4H6DA 3SEXA 3M3LA 1B7UA 2P0SA 3FXRA 3PUXE 5DEXB 3IOTA 3M3FA 4RA1A 3K0VA 5I58A 3K02A 4IO5A 1S9TA 5F1QA 5K2XA 4JBZA 3T22A 2F97A 1LFGA 1MPDA 3RPWA 2F35A 1GTKA 3P7IA 1FQDA 4F29A 2GFEA 4OMBA 4KHZE 4ESXA 3OD7A 5L8DA 4XKRA 4QFOA 3ZS6A 3HO7A 1GGGA 4WKMA 1NKXA 3TDJA 1EU8A 2DWHA 3M8UA 2D5WA 4H1XA 4YB6A 4XKNA 2V3TA 4YKPA 4LUBA 3LSLA 5HM4B 2XX9A 4ZEKA 1F9BA 3IB0A 1FTJA 2FYIA 3OELA 3RLFE 2DWJA 1GVCA 3KOSA 3E13X 1OVBA 4IO2A 1FW0A 1LAGE 4WEDA 2QPQA 1VR5A 3G3HA 4ZZEA 1P99A 3MVYA 4DXBA 1URGA 1B3GA 1VFEA 1MXZA 3EHSA 2NUVA 2ONKE 1MQGA 2I49A 3U94A 3R26A 1MQDA 5FHMA 4DE8A 1EZ9A 4YMBA 4O3BA 2XXRA 3V8XB 3D4CA 1N7WA 3IR1A 4BDOA 2GRVA 3VVDA 3C35A 4H65A 1XVXA 3T9UA 1MDQA 3DP6A 1JW1A 1IXGA 4QSDA 4H8JA 4LVQA 3TCHA 1DTGA 1SBPA 1H43A 1LAXA 3T9HB 4GIZA 5ITOA 3FXUA 2DE4A 3WAEA 4PFWA 4KI0E 1P1UA 4AB6A 1EZPA 3HCQA 4JWYA 3CG3A 4MH5A 5AE4A 3VLVA 1QUIA 2W7YA 2Z8EA 1Y3NA 3K4UA 4GLIA 3VLUA 3FUZA 3DELB 3MC2A 1B3FA 4PQJA 3PD9A 3B6QA 5H8SA 1B40A 3SESA 3B6TA 5AA3A 5JK4A 1UTHA 3TZAA 4X48A 1SI1A 4ZEIA 4RYAA 2Y7KA 5F7VA 1LFIA 2RKMA 4F3SA 4R6KA 4I62A 3N6UA 1A7LA 2F34A 5I2NA 1L5TA 2YPNA 4RK9A 2I48A 5CI5A 4U2RA 2HZKA 4HW8A 2ANJA 1USYE 4G68A 2O84X 1RYOA 5EHSA 2VOZA 4L17A 1ZMGA 4KQPA 4U21A 3H6UA 2Z8FA 1LAFE 3G3GA 5I84A 2RC9A 4FATA 1MXVA 2H4IA 4QFPA 1XS5A 4JXIA 3MZBA 1I6BA 1Y4TA 2V3UA 1OLCA 1GR2A 1QUKA 3G3KA 4G77A 2DVZA 2RCBA 3B7DA 2A5SA 5CMKA 3TTNA 1JQFA 4U4SA 1N3WA 4KYDA 3O9PA 3MW0A 1Y1MA 2F7BA 1MS7A 3PPNA 4Z0IA 1NMUA 2HAUA 3N26A 5KZTA 3D4GA 1FQAA 2DXRA 3PPRA 1B1XA 3VXCA 2R6GE 4G8NA 2B65A 2KLFA 3OMBA 5I57B 3FJGA 5CC2A 2THIA 3SEVA 3K6UA 1ZU0A 3SEUA 3SKPA 4Q30B 4ECFA 1N04A 4OHNA 1QJMA 2P1SA 4R9GA 3JV9A 1RYXA 3IAZA 5EHMA 4LATA 3FVNA 4OFOA 3DP4A 3KN7A 4PFYA 3B6WA 3C36A 1D4NA 3RN8A 4Q5TA 1MQHA 2PBWA 4GXSB 4TQUQ 4DCYA 3TTKA 1P1OA 1BIYA 4OFJA 5A5XB 1JETA 2UYEA 4JSDA 2O7IA 4H67A 4XKQA 3ONMA 1LCTA 3SEYA 4QFKA 3L6GA 4M4GA 4HTGA 4ZE9A 5CBSA 4P11A 3TQWA 3KBRA 4ZZAA 1XVYA 4IGRA 1J1NA 3HHFA 1NH7A 4BDMA 1OVTA 4QSCA 1Q1KA 3PGFA 5HPQA 4U4XA 3IB2A 2REJA 2DWAA 4BDLA 2Q8JA 3FJMA 2PT2A 4U1ZA 4EXLA 3UP9A 4NTLA 3ECRA 3FV1A 3W9VA 2ZMBA 4F3GA 3TODA 3LSWA 3C31A 3KN8A 4YKJA 1BLFA 1JVYA 4EXKA 4FAJA 3E3KA 1NL5A 1QKAA 1XT8A 1NNKA 3KEIA 2XX8A 3M3KA 4OWDA 4G8HA 1H45A 1KWHA 1M5EA 4KYSA 3W9WA 1S50A 4BLAA 2QSXA 4NF5B 1ZJLA 5AA2D 5H8FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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