2I49A

Crystal structure of apo form of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803
Total Genus 140
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
MPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
50100150200250300350300200100
020406080100120140Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTVIII1 (56-59)S1 (60-65)S7 (218-221)TI5 (214-217)3H1 (69-71)O1 (66-68)S4 (141-149)AH1 (72-80)AH12 (307-315)S12 (344-345)AH2 (82-86)TI1 (88-91)AH7 (224-233)3H7 (347-349)S2 (90-95)AH11 (284-302)AH3 (99-108)S3 (117-121)3H2 (110-112)AH6 (197-209)AH4 (124-130)TIV1 (121-124)TIV2 (132-135)TVIII2 (166-169)TI4 (213-216)3H3 (158-160)AH15 (389-399)TII1 (160-163)S6 (188-191)AH10 (277-282)TII2 (193-196)TI3 (212-215)AH14 (366-379)TIV6 (356-359)S8 (238-242)AH8 (244-252)S9 (256-260)TII3 (265-268)3H5 (304-306)TIV5 (352-355)TI6 (316-319)TIV3 (317-320)TIV4 (318-321)AH13 (324-328)3H6 (329-332)S11 (334-335)TI7 (360-363)TIV7 (380-383)TI8 (382-385)TI9 (383-386)TVIII3 (384-387)AH5 (173-183)TI2 (131-134)TI'1 (134-137)S5 (152-156)AH9 (261-264)TI'2 (338-341)3H4 (170-172)S10 (269-276)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bicarbonate transporter
total genus 140
structure length 398
sequence length 398
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i49A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i49A01
3H03A 5H8SA 3FXQA 4R9FA 2NOOA 1Y4TA 2OBGA 3TCGA 1MQHA 3S4UA 5ITOA 4JXIA 3IB1A 5HM4B 4OYVA 4GD5A 4ZE9A 1NNKA 2QS3A 1L5TA 4O3CA 4F22A 3A09A 3UGWA 5KCJB 3KFMA 3RGYA 2Z8FA 2DXYA 3MWBA 1I69A 3U92A 3M3FA 3TQWA 4PP0A 1LLSA 2D3IA 4R9GA 4N07A 3U94A 5AA3A 1BP5A 1ZU0A 1OLCA 3L6HA 2UYEA 4BDOA 4M1VA 2Z23A 3TDJA 2I49A 1FQCA 1OMPA 1FQBA 1LAFE 2DVZA 2P0SA 3RLFE 2H5YA 3QXMA 4YKIA 4GRKA 3C36A 1YCJA 1MQJA 5EHSA 3FATA 1A8FA 3S2VA 3KOTA 4JWOA 3TQLA 3QYTA 4OXVA 3W9VA 3S9LC 1ZIUA 5I59A 2ZYNA 4U1OA 3VVEA 4OHNA 3TTLA 4U4XA 2PBWA 1SW2A 4U4SA 1N7XA 3O2AA 4QSDA 4ZECA 3K02A 5CMBA 3GBAA 1FTOA 2D5WA 2E0SA 2Q8JA 1O7TA 3RPWA 1XHYA 3MPKA 3HHFA 1B7ZA 4UA8A 2FNCA 1VSOA 2Q89A 3SEWA 2PMSA 2UVGA 1SI1A 1B40A 4EXLA 1IXCA 5EYFA 1MPCA 1AOVA 2P1SA 3LSWA 3DELB 1FTLA 4JSDA 4RPNA 1LFIA 2RF1A 4FE8A 4NF8A 5CMMA 1B5IA 3IO6A 2DVCA 2H98A 1DPPA 3C33A 2REGA 4QFPA 2F6GA 2F7AA 4IO4A 5I59B 5CMKA 2I58A 3M8UA 3QSLA 4OMBA 3S9EA 3MVZA 2UXAA 4YKPA 5I56A 3RT8A 3IOVA 1NNPA 2F34A 4R75A 1M5EA 3C4MA 2CMOA 4NWCA 4O3BA 3IK6B 3MP8A 2HZKA 1NNTA 4OVJA 4FIMA 4XTCQ 1P1WA 3PMWA 1MXWA 5FTIA 1H44A 4ZDMA 1GR2A 1SVXB 2X7QA 1DOTA 1LFGA 3KG2A 1ANFA 3O9PA 4RPOA 4FECA 1JETA 4ESWA 2XX9A 2XD2A 3MPLA 2BJJX 3TTMA 3FGSA 3R7XA 1HSJA 4BDRA 4R6KA 2F78A 3WAFA 3FZVA 3S9NC 4NE4A 3R26A 1DTZA 4MF3A 4PQJA 4QSEA 5F7VA 2XD3A 3T9VA 2I0CA 1AMFA 3T9UA 4NF4A 1SW4A 1XT8A 2H99A 1FCKA 3OMBA 1M5CA 4ZEKA 2O84X 4LZ8A 1MXXA 4ESXA 1OLAA 5DYHA 3I6VA 4ZE8A 2A5TA 1Y4CA 2Q88A 3K6UA 1A55A 2GHAA 4RY1A 3IOTA 3HO7A 3SEXA 4F3BA 4G77A 2B3BA 2O7IA 4LUBA 3OO7A 1A99A 5I56B 2HQ0A 4ONYA 2RINA 4WKMA 4H1XA 2RC9A 3A3CA 4HCYA 1JW5A 4IO5A 2CZLA 1ZJLA 4OZ9A 1B1HA 3UN6A 2H9BA 4OWDA 4PETA 1B51A 1US5A 1MH4A 3OO8A 1Y9UA 4R6HA 3BBRA 2RCBA 2ZXTA 3JZJA 4KHZE 5FTHA 3T93B 1FTJA 4AB5A 3PUXE 3RY3A 2AL4A 5CBRA 2ZYMA 3RTFB 1IXGA 1B46A 1PB9A 4H8IA 4N13A 1QKBA 1ZLQA 1Y3QA 3T9XB 3HHGA 2F7BA 4NF4B 4DDDA 3KN8A 3E3KA 2Q9TA 5K2YA 1Y20A 4K3FA 1FQAA 4AB6A 4KD5A 3K2DA 4G8MA 3DP8A 4H5GA 4YB5A 4QFLA 2A5TB 2B65A 3FJ7A 4YU0A 4KQPA 3K00A 5B7DA 4GVOA 4EQBA 2I6EA 4EXKA 2F35A 1H76A 1PEBA 4BDQA 3VVDA 1WODA 2ABHA 4P0GA 2X26A 1FW0A 2H4IA 4NMYA 4RNSA 3K0VA 3SEYA 1R6ZA 3TMGA 3E4RA 1KWHA 1D3KA 1MM6A 3M3LA 3MAMA 1POY1 3QK6A 2VP1A 4QRZA 4F1YA 1B6HA 4PFWA 5AA4A 3KSJA 3N6UA 3PGFA 4YMAA 2DE4A 1N04A 3FXRA 1IXHA 1USYE 1LCFA 2DSFA 2QPQA 2IEEA 1USYH 3O6HA 2Y7PA 5JTYA 1LB9A 2G29A 4DIGA 2QS4A 1PBPA 1LCTA 1QW0A 3JYRA 5AE4A 2UVJA 4KI0E 3FVKA 3V8XB 4IO2A 4I8CA 2W7YA 2IA4A 4OETA 1BIYA 3ECRA 5M2VA 3EF7A 4IGTA 4PFUA 4PE5B 5DVJA 1DPEA 2R9JA 4WEPA 4Q5TA 4ISUA 1MXUA 3PUWE 3EPEA 2DWHA 2VD2A 4XKPA 2DXRA 3FUZA 3IB0A 3VE1B 1CE2A 4QSCA 2DWIA 2XXQA 2XXIA 3T22A 1OQHA 3C32A 4NF5A 5L9SA 4YZZA 1NFTA 4IGRA 3OO6A 4F19A 4O3AA 4I62A 3PD9A 1DSNA 5FHOA 3CR9A 3M3KA 2Y7RA 5H8HA 2Q2CA 2OWTA 4JB7A 1EZ9A 4GFRA 4F18A 5JTYB 3FD3A 3VFJA 1B7HA 1MY3A 1MRPA 5TP9A 3MJNA 2XX7A 1IIWA 2V3UA 3TEPA 3MBPA 4C0RA 3CG1A 4F3GA 1NMUA 1Y1ZA 3P7IA 4HCWA 3IL1B 3H6VA 4WXJA 3BFUA 1I6QA 1URSA 4NF6A 4PFTA 1FQFA 5KZTA 1FQDA 2ZMBA 2ANJA 4PFYA 1JW1A 3PV0E 1MG1A 3PMXA 1Y3PA 2YPNA 3PPPA 4RXLA 4Z0IA 4F3SA 3A3UA 3HCQA 4G8NA 3SERA 3IB2A 4IO7A 3T9HB 3V5AA 5H8HB 3FIRA 4LP2B 1MPDA 3RN8A 1IUDA 2Y7IA 5CC2A 5ICQA 4E0WA 4POXA 1WDNA 3OEKA 5TP9B 2QMXA 1UTBA 1B0HA 1NH8A 2NWJA 3Q28A 1PB7A 3K1NA 2PX1A 2O68A 1T0KA 4DE8A 4EF2A 3PPNA 2I3WA 3RT6B 4GOTA 3Q25A 4BDMA 4ELRA 4G68A 5H8NA 3B6QA 4E0XA 5ICTA 2DWJA 1R1NA 5AA2A 2B3FA 1B2HA 5KDTA 2X7PA 1XOCA 3T96B 2RKMA 5J1DA 2PT2A 4ECFA 3Q29A 1SD3A 5DEXA 5B70A 3QUJA 1B9JA 2OK2A 3V83A 1XVXA 1R9LA 2DP8A 3TTNA 3K6VA 1SYIA 3PPRA 2ZYOA 2V84A 3KJ7A 3LSFB 3OSRA 3PUVE 4F3PA 3S9MC 2GHBA 3H7MA 2PYYA 3N5LA 3DP4A 1YPNA 2ONKE 3OXNA 1FTKA 1VFEA 3TFLA 3IX1A 2XXTA 4QF9A 3R6UA 1N84A 1UTBB 2ESNA 4GXSB 2GRVA 4QHQA 1JQFA 4U22A 2XXYA 2Z8EA 4I9DA 1RYOA 4XKRA 5IAIA 2HCAA 1QJMA 1JW4A 1S50A 1URGA 4G68B 5H8NB 3TCHA 4RA1A 3H6WA 4DXBA 1EZOA 1ELJA 1MQIA 1Q35A 3LR1A 2NVUB 5KDTB 1TXFA 4OQOA 4ZEDA 1EZPA 3BFTA 2HZLA 4KCDA 3LC8A 1N7WA 4DXCA 2DYXA 4GQOA 5DEXB 3B7DA 3GLBA 2OZZA 4GL8A 3TODA 1B3LA 2XXUA 4YICA 3G3HA 3FASA 4NF8B 4C1TA 4MFIA 4U2RA 1ZTYA 3DP6A 1QKAA 4IO3A 1B3HA 4N6PA 3W9WA 1OQGA 4OESA 1IITA 1FTMA 1H45A 4X1BA 4OTEA 1NL5A 1PDAA 2QRYA 5DTBA 5AA2D 1PB8A 2FA7A 4JBZA 4U1ZA 4YMBA 3CI8A 4OFOA 1MDP1 4FJPA 5BUUA 4EQ7A 5L9MA 5I2KA 1S7YA 2ZNTA 3C35A 2DOJA 2Y84A 1LB8A 5H8FA 2PT1A 1O63A 4P0IA 2Q2AA 2A5SA 1AIVA 5AA1A 1LGBC 3PMVA 3FJGA 4LATA 3RQTA 1XS5A 4OFJA 3SDFA 4BDLA 3MZ1A 3D4GA 1Z7NE 4RK2A 3SEVA 5K2XA 3CVGA 1GV8A 1EU8A 2HFBA 4DLDA 3O28A 4G8HA 3N26A 1GTKA 1F9BA 1MS7A 2O1LA 3G3FA 3UA8A 3G3GA 2Y7WA 3EHTA 3MQ9A 1MH3A 2ONSA 1ZMGA 2G93A 4TLLB 4GLIA 1D4NA 1N0TA 3FXUA 4OEVA 1LAHE 3TTKA 2XXVA 4HTGA 3VXCA 3TAJA 4OEUA 3O6IA 2XHDA 1MQDA 1M5DA 3G7WA 1Z7ME 3C31A 5I2KB 4LA9A 1P1OA 5H8FB 3KJTA 3IO4A 1UIVA 4ZEBA 4YB6A 1QULA 3LSXA 2XXPA 2R6GE 3UK4A 4IY5A 4U23A 4ZS9A 2FYIA 1JNFA 2QJEA 5CRYA 3MZBA 2F36A 2OCUA 4FORA 1LAGE 4YKKA 1YAEA 3FV2A 1CB6A 1VFDA 3U1OA 4H5FA 3W15C 3I5OA 2HEUA 3V89B 1TWYA 4IB2A 3TKDA 3ZKKA 5JK4A 4F29A 5DVIA 3GZGA 1B0LA 1DTGA 1DMBA 2F5XA 3ZS6A 4IY6A 3TPAA 3MW0A 2I3VA 1OVBA 4QFKA 4R72A 3CIJA 1BKAA 3D4CA 3KN7A 4KR5A 1QVSA 3CG3A 3OD7A 3H4ZA 3SESA 2GFEA 1B58A 1NH7A 3PPQA 3CFXA 1TFDA 3WAEA 5I57A 3VV5A 1AH5A 2VGQA 5HBCA 3RUMA 5FHMA 4DXUA 1M5BA 1XC1A 1RKMA 1LAXA 5AA4B 4MLQA 1J1NA 3HN0A 1MY1A 3QAXA 2XX8A 1WVJA 2WKYA 3H3GA 3U72A 3VDFA 1ATGA 1NKXA 1BTJA 1N3WA 2YLNA 4LVQA 4LZ5A 4LZ7A 2QL3A 2XXWA 1I6BA 1A8EA 3LBSA 4AQ4A 3ZKLA 4DCXA 3CFZA 3IR1A 4F2OA 3N6TA 1YTVA 4TLMB 4HW8A 5CM6A 3EN3A 4NWDA 3FVGA 3RNNA 5L8DA 1II5A 4MBPA 4GL0A 3O6GA 4JDFA 2RC7A 1MY0A 5I58A 1D9YA 2F6PA 3ILTB 1JVXA 5I57B 2E1SA 3C9HA 2OWSA 5CI5A 3CSBA 1AL3A 4NF5B 3OOAA 1PBQA 4XKNA 1I6AA 4OFLA 1GGGA 1B4HA 4LQ5A 3G3IA 1TT1A 3UIFA 3FVOA 4KCCA 3IAZA 2YJPA 2XXRA 2H25A 4Q0CA 4LQ2A 3OSQA 3F11A 2O1MA 1URDA 4FATA 3H6TA 3U93A 3PU5A 4ZZEA 1Y1MA 2O69A 2QS1A 3MVXA 4I1DA 3MZ9A 4YKJA 4H8JA 4DZ1A 3PPOA 4EUOA 4XXUA 1LSTA 2I48A 3DM0A 2DE3A 1B32A 4FEDA 1D9VA 3EHSA 4QFOA 4NF6B 3ILUB 1QUJA 1PC3A 4M4GA 4BDNA 3TCFA 4ELQA 3HV1A 3OELA 3TZAA 2HXWA 3CRBA 4C1UA 4KFQA 5I84A 3GXAA 4P11A 1EH3A 3VLUA 1MQGA 5I58B 1B3FA 4X9TA 1LFHA 2F7CA 5HPQA 1XVYA 2Z22A 1QUKA 4UACA 2V3TA 1H3DA 3IJOB 3ZSFA 2KLFA 4KYEA 3SKPA 4DCYA 4R74A 5DVFA 4H65A 3FVNA 4HS7A 3TYHA 3B6TA 4ZEIA 3MP6A 3UP9A 3JV9A 3HSTA 1SYHA 1H43A 2OLBA 2VHAA 3B6WA 3USDA 3OENA 2AIXA 4R6YA 2I4CA 1HSLA 1R9QA 4L17A 4EF1A 3MVYA 2GH9A 3KSXA 4GXAA 3KBRA 3LUYA 3Q27A 4THIA 3OO9A 3O66A 3C34A 3EQ1A 2OJTA 2AYSA 1LBCA 4H0WA 1P1QA 2O7UA 4POWA 3ONMA 4JWYA 3T66A 4R2BA 2V93A 1B05A 4ND9A 1MM7A 4RK9A 4NTLA 3O97A 4FAJA 5AA2B 1M5FA 2D21A 2DE2A 2UVHA 1MY2A 3KZGA 1B4ZA 1O64A 4RYAA 1MPBA 1NNFA 3KEIA 1B1XA 4XIGQ 2V25A 3E13X 2ALUA 1VE4A 2O51A 2O6AA 4H6DA 2PVUA 1SW5A 3AXFA 3IOWA 4GWOA 2QSXA 1Y3NA 3DLNA 2LAOA 4MH5A 1ZBMA 2DS9A 3TUSA 1B3EA 1P1UA 4EDPA 4ELPA 4H67A 4YAHX 1SQYA 2V3QA 2AL5A 5I2NA 2ZNSA 1IQ7A 3VLVA 1US4A 3SETA 4FEBA 3K01A 3KN3A 5H8QA 3TTRA 3ODBA 4R2FA 3GBBA 1A7LA 4U21A 4KYDA 1SW1A 5ISUA 1UTHA 1BLFA 4F31B 1VR5A 4MLVA 1UIUA 2UVIA 4JWXA 1UQWA 4WEDA 5A5XA 3UORA 3TELA 3MVWA 5DT6A 1Q1KA 3CSGA 1OIBA 2UYFA 3Q26A 1MY4A 2QS2A 3U8QA 3E9XA 4G4PA 1IEJA 2Z8DA 2ZYKA 4KYSA 2VOZA 3K1PA 3MC2A 3HPIA 4EQ9A 1N3XA 4X1DA 1B3GA 3MUQA 1N76A 4Z7EA 2HAVA 3IOUA 5BWJA 2NUVA 2DQVA 2ZNUA 1A54A 4G2ZA 4JSOA 2M8CA 1TFAA 1FQEA 5I2NB 1JEVA 3G3KA 3K1MA 1SI0A 5F1QA 4OERA 4NEDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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