2IEEA

Crystal structure of yckb_bacsu from bacillus subtilis. northeast structural genomics consortium target sr574.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
TGWEQIKDKGKIVVATSGTLYPTSYHDTDSGSDKLTGYEVEVVREAAKRLGLKVEFKEMGIDGMLTAVNSGQVDAAANDIDVTKDREEKFAFSTPYKYSYGTAIVRKDDLSGIKTLKDLKGKKAAGAATTVYMEVARKYGAKEVIYDNATNEQYLKDVANGRTDVILNDYYLQTLALAAFPDLNITIHPDIKYMPNKQALVMKKSNAALQKKMNEALKEMSKDGSLTKLSKQFFNKADVSKKIDADVQDVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB from Bacillus subtilis.
rcsb
molecule keywords Probable ABC transporter extracellular-binding protein yckB
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bacillus subtilis
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ieeA02
2V84A 4ZZAA 3PUVE 4G8MA 1FTJA 4NF8B 2XX7A 3H03A 3MQ9A 2P1SA 4ISUA 1IZ1A 1N3XA 1LBBA 1B1HA 4YKPA 4G2ZA 2V3UA 4PQJA 5JTYA 1VE4A 5F1QA 4OENA 1MM7A 1DPPA 4U4SA 3OMBA 4R6KA 1UTHB 3M3FA 4WKMA 1MM6A 1J1NA 2QL3A 3TQWA 4IB2A 4Q30B 1A55A 2OBGA 4ZECA 5KZTA 1OVTA 5JTYB 2NXOA 4U2RA 5ITOA 3N26A 1POTA 2QPQA 5TP9B 1ZBMA 1USYH 3K0VA 1ZJLA 1IITA 2I4BA 3MPKA 1L5TA 1NNTA 3K01A 4PFWA 4F2QA 1H3DA 2OCUA 2FNCA 1MY2A 2RC9A 4KYSA 3MC2A 3IB2A 3TCGA 2RC8A 5CMMA 2V3TA 4DE8A 5LOMA 4C0RA 4YB5A 1P1WA 3JZJA 1GVCA 4EDPA 4GVOA 2YJPA 3M3LA 1IXIA 2GH9A 5L9OA 1LFHA 3IX1A 3FATA 1D3KA 2HAVA 1BKAA 4U21A 3DM0A 1FTMA 2UXAA 2OWSA 4YU0A 5I56A 3HN0A 5FHMA 4OHNA 1Q1KA 2O51A 1TT1A 1PEBA 3OO6A 4F2OA 1MS7A 2ONSA 2QSXA 3K02A 1Y1MA 2Z22A 5H8QB 1JW1A 3MJNA 4ZDMA 3IO6A 1MY3A 4I62A 3RTWB 4KR5A 1DTGA 3VXBA 4ZE9A 2QMWA 5KDTA 1H44A 4IGTA 4ELOA 4ELRA 1LCTA 2AL5A 1FTOA 4RA1A 3M8UA 2H5YA 3FZVA 1Q35A 4O3AA 2RCBA 4F22A 2DWAA 3LSLA 4F31B 2I6EA 4G68C 5FHNA 1FQAA 3LSFB 2PT2A 4NF6B 1KWHA 1B40A 1DSNA 3TODA 1HSLA 4X1DA 3GBBA 2F7AA 3G3HA 5I2NA 3EN3A 1ANFA 1OQGA 3JV9A 3RLFE 4F19A 3QSLA 1LFIA 3H4ZA 5DYHA 1I69A 5H8HA 2OJTA 5DEXB 3WAEA 3RT6B 2H9BA 1S7YA 1N3WA 2FA7A 4F3BA 4F1UA 3MVXA 5A5XB 1Y4TA 3UN6A 4LQ2A 4POWA 1B58A 5K2YA 3O6IA 5H8HB 3TCHA 3TELA 1B5JA 2I0CA 4OFLA 3TFLA 1SQYA 4RY1A 1SDXA 1SW1A 4F39A 1XC1A 3TEPA 5CRYA 2XXXA 4HW8A 3OELA 1B7HA 4KYEA 1A7LA 1N76A 4QRZA 4JDFA 3OO9A 2P0SA 1JEUA 5I58A 2NVUB 2B3BA 4N07A 3GXAA 3VFJA 4YMAA 1N0TA 4JSOA 3MAMA 1H76A 5CI5A 3VVFA 1HSEA 1P99A 3ILUB 3PPPA 1NFTA 1D9YA 2DS9A 2Y7WA 4DIGA 4OQOA 3OXNA 3C31A 3RY3A 3DELB 3I6VA 2VD2A 4P0GA 3S2VA 3H06B 3ZSFA 2XHDA 4IY6A 3O6HA 4EQBA 5B7DA 1IUDA 5FHOA 4DXCA 3OEMA 2HEUA 2G29A 3K6VA 3CG3A 1M5EA 1P1QA 2GHAA 1IIWA 2F7CA 1JNFA 3S4UA 1ZTYA 3VVDA 4IO2A 5ELVA 2XXUA 3T66A 5EYFA 4X48A 3PUYE 4R6HA 2BJJX 2PT1A 1SI1A 2D21A 3HO7A 4R6YA 3V8XB 1MH3A 2DE4A 2DQVA 3IO4A 2Z8EA 4ZEFA 4H8IA 1QUKA 5ICQA 2F6PA 5CMBA 4EQ7A 3K00A 1FQEA 4TLLB 4YB6A 3RT8A 2RINA 1AIVA 3ZKKA 2Y84A 1NKXA 3OENA 2ZNUA 3FJMA 3BFTA 4QHQA 2UYFA 4H67A 1MDP1 2ONRA 3PUWE 3GZGA 5I2KB 4DZ1A 2DE2A 3TDJA 1P1OA 3G3IA 1MXXA 2A5TB 1TWYA 1F9BA 4TOZA 3R6UA 3LC8A 3K4UA 1O63A 1MDQA 4KYDA 3H6VA 2HXWA 5I57A 3A3UA 3EF7A 1QVSA 4THIA 3C33A 1SW5A 4YB7A 1I6QA 3PU5A 3PGFA 1B3GA 1QKAA 2F8DA 5AA4A 2W7YA 3U93A 4RJZA 1WDNA 3RN8A 3TKDA 3V83A 3CVGA 3FVKA 5DVIA 3QUJA 1OMPA 2GFEA 2F34A 2OWTA 5I59B 4FECA 3ODBA 4H65A 3TQLA 3CR9A 4YAHX 4GRKA 4G8HA 1BTJA 4PETA 4UA8A 4Z0IA 3SEWA 3S9LC 3HHFA 2CZLA 1VFEA 2DWIA 3OOAA 4NE4A 3B6QA 4PFYA 1LSTA 2Z8DA 4NF8A 3PD9A 5EHSA 3SKPA 4OVJA 3U92A 3O66A 3E4RA 1SW4A 4R2BA 3CFXA 3EHSA 4OEUA 2V25A 3E3KA 4G4PA 5CC2A 4HTGA 3PPOA 1UTHA 1EH3A 4OERA 2D5WA 1B52A 3KFMA 5JEIA 3QK6A 4RPOA 4QFKA 3FXUA 3S9NC 2RC7A 4FEBA 3FIRA 3PPRA 1O64A 1IEJA 3SEUA 2THIA 3OEKA 3GBAA 2V93A 5BWJA 3U72A 1XVXA 2ZYNA 4NEDA 2Y7PA 4IY5A 2I3WA 5TP9A 3W9WA 5M2VA 3OSQA 4IGRA 3FJ7A 2ZYKA 2F6GA 1BLFA 1NL5A 4YZZA 1MPBA 3S9MC 1B3LA 1D4NA 1SI0A 1URSA 4AB6A 3VXCA 3IOVA 2UYEA 3W9VA 3U1OA 2Q88A 2DOJA 4MLQA 4WXJA 4BDLA 3C32A 1R1NA 1B3EA 1MY1A 4TQUQ 4KHZE 2D3IA 4E0XA 3FD3A 3FV2A 3EHUA 3GLBA 3QAXA 3KSXA 4M4GA 5F7VA 4QFNA 3SEXA 5H8FB 1VR5A 1URDA 2R71A 1NNKA 1XHYA 4YKIA 4UACA 4DLDA 3KGCA 1B0LA 3EPEA 4PFTA 1PB9A 3QYTA 4DXUA 3ONMA 2VD3A 1Y1ZA 3SERA 5I84A 5H8QA 4H8JA 2DXYA 1WODA 1D9VA 1GR2A 5J1DA 5FTIA 2OZZA 2F7BA 3UK4A 4HS7A 4FJPA 1T0KA 4OYVA 1BIYA 1OLCA 2XXVA 2XXRA 3E13X 3W15C 1DOTA 3RTFB 4I1DA 4NMYA 1ZIUA 4IO6A 5BUUA 3PMVA 2PVUA 3TTLA 2Y7RA 1NMUA 3JYRA 3VLWA 2Q8JA 1SYIA 4WEDA 1QW0A 3QIMA 3TUSA 3RUMA 2XX8A 2H25A 4GF8A 3ECRA 4NF6A 1LGBC 4NWCA 2XXTA 4KD5A 2A5SA 4FEDA 4ESXA 5B70A 2UVIA 2VP1A 3MVZA 1FQBA 3KBRA 4MFIA 3MWBA 4RXLA 5L8DA 1YCJA 4QFPA 1IXCA 3C4MA 5DEXA 2DVCA 2HQ0A 4R75A 1A40A 5AA3A 4Q5TA 5A5XA 1B7UA 1LCFA 3N5LA 4EQ9A 2I3VA 3L6GA 4K3FA 4XKPA 1M5CA 3CG1A 4BDQA 5HBCA 5AA2B 1QKBA 1MRPA 1A54A 2E1SA 1AOVA 3FVNA 4EXLA 2FYIA 2O1LA 3G3FA 4XKQA 1AL3A 2IA4A 3ZKLA 3LR1A 3K1MA 3CFLA 3FVGA 1ZMGA 1RYOA 4YICA 3LSWA 1Y3QA 4IO4A 4MH5A 2WKYA 4QSEA 1EZOA 1LAXA 1SW2A 1SD3A 4R74A 4ELPA 2F97A 2XXPA 4LVQA 3DP6A 3A09A 2Z8FA 3DP8A 4OZ9A 2B3FA 4JWXA 3OSRA 4C1TA 3Q25A 4GLIA 3RPWA 4XIGQ 1QJMA 2B65A 4OMBA 3CSGA 4JWOA 1II5A 1H43A 3MPLA 2XXIA 4DDDA 4OWDA 3O97A 1B05A 1GV8A 3QXMA 1MQGA 4N13A 3L6HA 3N6TA 4I9DA 4ZZEA 3ZS6A 3PUXE 3IB0A 1MXVA 1P1UA 3HHGA 2I0BA 4LP2B 4U1ZA 2CMOA 3T9VA 4F1VA 4YKKA 3C35A 3VLVA 4OFJA 2AIXA 2OK2A 4OXVA 4GXSB 3N6UA 1US4A 1B7ZA 4F3SA 2Q89A 4U4XA 2DVZA 1CE2A 1XVYA 1XT8A 4GFRA 1Z7NE 4BLAA 4ZS9A 2REGA 4H5FA 1Y20A 3F11A 4KFQA 3IJOB 4E0WA 3O29A 1MY0A 1NH7A 4H0WA 1GTKA 1LB8A 3KOTA 2ZNTA 2XX9A 1ZU0A 2HFBA 1PC3A 4QSDA 4NTLA 4FAJA 2Q2AA 1OVBA 4FORA 2F5XA 5I2KA 5L9SA 5H8SA 4ONYA 1Y4CA 1XS5A 1EZ9A 4EF1A 1B32A 2VGQA 2A5TA 3KJTA 2ABHA 1SVXB 4Q8RA 1ELJA 2Y7IA 2F35A 3B7DA 4Z7EA 2HZKA 4XXUA 3Q26A 1LAHE 4M1VA 3T96B 5H8NB 3TYHA 4XKRA 2DXRA 2AYSA 4TLMB 4POXA 4ELQA 1B9JA 4LZ7A 3UA8A 1JW4A 4O3CA 3HV1A 3CFZA 2F78A 2ALUA 2GHBA 4JSDA 3SEYA 2KLFA 5I59A 2QS2A 2UVGA 4ECFA 2QJEA 2O6AA 2F36A 3TPAA 4KCDA 2ZXTA 3LBSA 1FCKA 2LAOA 5AA2D 4QFOA 4H5GA 2YPNA 5CM6A 3T9HB 3VLUA 2X7QA 3K2DA 3MP1A 3M3KA 1NNPA 1NH8A 5DT6A 3SESA 3UP9A 3C36A 3MP6A 4NWDA 3MUQA 1Y3NA 3DP4A 4LQ5A 3KN7A 1BP5A 4NF4B 4NF5B 4LZ5A 1URGA 3IL1B 2H98A 4C1UA 4YKJA 2ANJA 1OLAA 4RNSA 4KCCA 1B51A 3MVWA 1EZPA 4KPTA 4LUBA 1OQHA 3TZAA 2E0SA 5CBRA 4GXAA 1UTBB 2G93A 3H7MA 4LONB 1B46A 3A3CA 3EQ1A 1FQCA 3SDFA 1YPNA 4H6DA 3MZBA 3O2AA 4QFLA 4RPNA 2HCAA 5TPAB 2Q2CA 1MXZA 3G3GA 1Y9UA 2YLNA 4RK9A 2XXWA 4LZ8A 4U23A 4MF3A 4OESA 2PX1A 3RGYA 5HM4B 1A8EA 4KI0E 3FUZA 1DTZA 1VSOA 3BBRA 4JBZA 5DVJA 2ONKE 1FW0A 4ESWA 5H8FA 1RYXA 1MQJA 3PV0E 4X9TA 5IKBA 3Q29A 3IR1A 4ZEDA 1WVJA 3U8QA 2I48A 2PMSA 5DTBA 2OLBA 2M8CA 2PYYA 2DYXA 2QS4A 3C9HA 5AA1A 1M5BA 3MVYA 4R9FA 1HSJA 1SBPA 1IXGA 1LFGA 2H99A 2DSFA 4EXKA 1YTVA 1MH4A 4Q0CA 1B0HA 3K1PA 3T9XB 5IAIA 3IORA 4H1XA 1N7WA 4DXBA 3IOUA 3K6XA 2I58A 2GRVA 1FQDA 1Z7ME 3IB1A 4XTCQ 2HZLA 1O7TA 4AQ4A 3O6GA 5CBSA 1AH5A 2XD3A 3D4GA 4BDOA 3P7IA 3VDFA 1B5IA 3C34A 4GQOA 3VV5A 4BDRA 4IO5A 5KCJA 3UGWA 2NWJA 3KZGA 2Y7KA 4IO3A 3DLNA 3MZ9A 1B3HA 3B6TA 3LSXA 4FE8A 4AB5A 1JQFA 3FJGA 5I56B 3IK6B 3KSJA 4P0IA 4QF9A 5KCJB 4RK2A 1MXWA 3H6TA 5AA2A 1QUIA 1SYHA 2RKMA 1MQDA 2X7PA 3KN8A 3BFUA 5KDTB 3OD7A 1NNFA 1VFDA 3RQTA 2AL4A 4MLVA 1ZKBA 3O9PA 1I6BA 2ZNSA 2P2AA 3T9UA 2ZYOA 3IAZA 2ESNA 1CB6A 3FXQA 5K2XA 1TXFA 2ZMBA 2DP8A 3KJ7A 4GL0A 1B2HA 2I4CA 3IOTA 5L9MA 1A99A 4JXIA 1EU8A 5FTHA 1QUJA 4ZE8A 1RKMA 3R7XA 3ILTB 3H6WA 3TTNA 2IEEA 2O68A 5I2NB 4PP0A 3FASA 2QS3A 1TFDA 3MP8A 4U22A 3HPIA 3FXRA 1JEVA 4OTEA 3USDA 2Q9TA 1DPEA 3I3VA 1IQ7A 1S9TA 4HCWA 3G3JA 3PMXA 1N7XA 5ISUA 3FGSA 4HCYA 1JW5A 1B4HA 1AMFA 3SETA 4BDNA 1JVYA 2QMXA 2O1MA 3IOWA 4U1OA 1MQIA 1PDAA 2DWHA 1N04A 2HAUA 4G77A 2I49A 4ND9A 1OIBA 2DE3A 4I8CA 1B4ZA 3T93B 3KN3A 1ZLQA 3QUFA 1JETA 3PD8A 4O3BA 3WAFA 5CMKA 3PPNA 4P11A 3CI8A 1MY4A 5I58B 1QULA 3G3KA 1USYE 1UIUA 2PBWA 2VHAA 1YAEA 1UIVA 3TAJA 4F29A 4FIMA 4JWYA 4FATA 2DWJA 3I5OA 4OEVA 4ZEIA 3VE1B 2O84X 4GD5A 4GL8A 1R9QA 1PBQA 1TFAA 1MXUA 4XKNA 3KOSA 4EUOA 2VOZA 5HPQA 1MPCA 1IXHA 4GIZA 3HCQA 1ATGA 4BDMA 1PB8A 3TTMA 3LUYA 2XXQA 1MPDA 3FVOA 1N84A 3KG2A 1LBCA 1LLSA 4F3PA 5ITPA 3OO7A 1JVXA 1LAGE 3T22A 5H8NA 2V3QA 2ZYMA 4WEPA 5DVFA 4R73A 3O28A 3TTKA 4R72A 3BKIB 4KQPA 4ZEBA 2RF1A 4R2FA 3V89B 1FQFA 3SEVA 1H45A 1DMBA 2XD2A 3Q28A 1FTKA 3TCFA 3E9XA 3Q27A 3CSBA 4G8NA 3B6WA 3V5AA 3UIFA 4LATA 1Y3PA 1POY1 1R9LA 3PMWA 3CRBA 4N6PA 2O69A 3THIA 3RNNA 4JB7A 2NUVA 3H3GA 3FV1A 2H4IA 1XOCA 4MBPA 4LA9A 3K6UA 3S9EA 2X26A 1US5A 4PE5B 5JK4A 4F1YA 4PFUA 4RYAA 4DCXA 4OFOA 2XXYA 1M5FA 4DCYA 1P1NA 1PB7A 2UVHA 4QSCA 3TTRA 3D4CA 5CMCA 1MXYA 2Z23A 4L17A 4IO7A 3UORA 3CIJA 2NOOA 1M5DA 3N94A 1B6HA 3EHTA 4NF4A 4NF5A 1S50A 3R26A 1LAFE 1I6AA 2REJA 3KEIA 5I57B 2UVJA 4X1BA 1B1XA 2RCAA 3K6WA 3AXFA 1UTBA 1B5HA 1UQWA 3TMGA 1PBPA 3HSTA 4GOTA 4R9GA 5AA4B 4F3GA 2O7UA 2QS1A 3K1NA 3G7WA 3U94A 3PUZE 3OO8A 5TPAA 1A8FA 4OETA 3PPQA 2QRYA 4G68A 4EF2A 4YMBA 5AE4A 3MZ1A 2R6GE 1MG1A 4GWOA 1R6ZA 1FTLA 5ICTA 1B3FA 4ZEKA 3MW0A 3MBPA 2XXHA 1LB9A 1GGGA 2O7IA 5TU0A 5EHMA 2R9JA 3VVEA 3IJXB 1MQHA 3H6UA 4F18A 4G68B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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