2NXOA

Crystal structure of protein sco4506 from streptomyces coelicolor, pfam duf178
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
277
structure length
272
Chain Sequence
TRPRVGHIQFLNCLPLYWGLARTGTLLDFELTKDTPEKLSEQLVRGDLDIGPVTLVEFLKNADDLVAFPDIAVGCDGPVMSCVIVSQVPLDRLDGARVALGSTSRTSVRLAQLLLSERFGVQPDYYTCPPDLSLMAAVLIGDAALRANMIDGPRYGLDVHDLGALWKEWTGLPFVFAVWAARRDYAEREPVITRKVHEAFLASRNLSLEEVEKVAEQAARWEAFDEDTLAKYFTTLDFRFGAPQLEAVTEFARRVGPTTGFPADVKVELLKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a hypothetical protein SCO4506 (gene ID: Q9L0T8) from Streptomyces coelicolor to 2.04 Angstrom resolution
rcsb
molecule keywords Hypothetical protein SCO4506
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Streptomyces coelicolor
total genus 91
structure length 272
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.151: Chorismate dehydratase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nxoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2nxoA02
3ECRA 4EXKA 2O1MA 1FQDA 1JW1A 1FCKA 1PB8A 3KG2A 4X1DA 4R9FA 3PMVA 4KCCA 4PQJA 4FEBA 2W7YA 4MLVA 3IR1A 4YZZA 2RC9A 1MY2A 3BKIB 4DCXA 2UVJA 3Q25A 3C33A 4F1YA 2GH9A 3Q27A 4GIZA 3HHFA 2GHAA 3K1MA 3WAFA 5KDTA 1PBQA 5KDTB 3W15C 3V89B 4RA1A 4G8MA 3MP6A 1PBPA 3KN3A 5DVIA 4NF4B 1MPCA 1MY1A 4Q0CA 1M5FA 1VE4A 2F7BA 1B05A 3A3UA 2O6AA 1UTBA 1LFIA 3C36A 1UTBB 5H8HA 3TTNA 5H8HB 4N6PA 3O6HA 1OMPA 5J1DA 1RYOA 2O7UA 1VR5A 1OQGA 4OFJA 2XX9A 1FTLA 4OMBA 3A3CA 1B46A 4PFYA 3I3VA 4GFRA 3FVNA 1ZJLA 3HCQA 4BDQA 2XXWA 1UQWA 1A8EA 1SDXA 2I4CA 5CBSA 4JSDA 1R6ZA 1H45A 4NF5A 4MLQA 4G68A 4NF5B 4G68B 3LSWA 4ND9A 3CFZA 4F19A 2Q88A 1XHYA 1SYIA 1B7HA 4YB6A 2OJTA 3OEMA 4EF1A 1WDNA 2GFEA 1FQEA 5ICQA 3IO6A 1ZU0A 3MC2A 5DEXA 4KR5A 1LBBA 5DEXB 1PC3A 3OOAA 2G29A 4WEDA 2PMSA 4H65A 4JSOA 4YKPA 3T22A 3IK6B 3MZ1A 4RPNA 1SW1A 2HCAA 4GRKA 3SERA 2THIA 3M8UA 4QSCA 3T9VA 2A5TA 2CMOA 1P1QA 4N07A 3DP8A 2A5TB 4H8IA 3FUZA 3VLVA 3MJNA 3PUYE 3T9XB 1P99A 1II5A 3H6UA 5I57B 2F36A 4EUOA 4YICA 4F22A 4JDFA 4PFTA 3RPWA 3S9MC 3VV5A 1SYHA 4ESWA 1OVTA 1Y3NA 3VDFA 3PMWA 5DVFA 5FTHA 1MQIA 1M5EA 5FHNA 1R1NA 3HPIA 1Y9UA 3LSLA 1FTOA 3R6UA 1DPEA 5I59A 1LCFA 4U21A 4DIGA 1Y4CA 4Q30B 1MDP1 4GQOA 2HXWA 2I0CA 3ILUB 3PMXA 1URGA 1BLFA 3TFLA 3OO7A 3RGYA 4GL0A 2I3WA 2I48A 1LGBC 2V84A 4P11A 4O3BA 4JXIA 4KYEA 4DZ1A 3EN3A 3SETA 1QUJA 1QKBA 2Z8DA 3N6TA 2UYEA 4F3PA 4M4GA 1XOCA 4WXJA 3H7MA 3OXNA 2O51A 2XXVA 4HTGA 2AL5A 2XXHA 1OIBA 3EF7A 4AB5A 1N0TA 1GGGA 3U72A 1LAGE 1HSLA 4RXLA 4OFLA 1B3GA 4DDDA 4GF8A 2ABHA 3QK6A 4U4SA 1XVYA 3DLNA 4QFNA 4H0WA 4ZEFA 4GVOA 3OO6A 3E9XA 4HCYA 4R2FA 2VD3A 2HQ0A 2X26A 1MH3A 5ISUA 2VOZA 3PD9A 4NMYA 1B32A 3PPQA 2ZNTA 4ZEBA 5ELVA 4GXAA 3VXBA 1MXYA 2D5WA 2Z8FA 3MPLA 3P7IA 4ELOA 1QUIA 1FTJA 1Y1ZA 3Q26A 3O6GA 1QJMA 3KBRA 3KJTA 3OD7A 4X9TA 1ZKBA 4IO6A 2O7IA 1QVSA 1EZPA 3G3KA 4P0IA 3MPKA 4YB7A 1GVCA 3HO7A 3SEUA 2QRYA 4YKIA 3EQ1A 3KOTA 3I6VA 2XXUA 1JQFA 3L6GA 5I2NA 5I2NB 3R26A 3LC8A 2ZYOA 1XT8A 2I49A 3MVXA 1AIVA 3HV1A 1P1UA 4H8JA 4ELRA 4XTCQ 3TTRA 3TODA 1MY0A 2F34A 3U8QA 3G7WA 4ZEKA 4IB2A 4U23A 3T96B 4FE8A 4C0RA 4ZECA 5ITPA 3FV2A 2R71A 3B6TA 2DWIA 3W9WA 3N5LA 2VD2A 2FNCA 4KYSA 5DVJA 2B3BA 2VGQA 1NNPA 1PEBA 5CMCA 1IXHA 1EZ9A 3N6UA 4QF9A 4IGTA 3QYTA 1UIUA 3QXMA 5AA3A 2F78A 3TZAA 1O7TA 3MZ9A 3K6UA 4F2OA 2RC8A 1D4NA 2DE2A 4GL8A 1B9JA 2Q2AA 4OEUA 4U4XA 4EQ7A 3KSXA 4ZDMA 1D9YA 2Y84A 3C4MA 3LSXA 4Z7EA 1SW2A 1EU8A 3TTKA 5TPAA 4I1DA 5TPAB 4KI0E 3TUSA 5AA1A 3O9PA 3MZBA 4C1TA 3T9UA 1LAHE 1FW0A 3ODBA 4RK9A 1VFEA 1DTZA 1F9BA 3RTWB 3PPRA 2M8CA 1D9VA 2CZLA 1GTKA 2ZNUA 1DPPA 4NF8A 2X7PA 5AA2D 1EH3A 4NF8B 3I5OA 4AB6A 3IB0A 3SEYA 1IEJA 1URDA 1B0LA 3M3LA 3U1OA 1SI0A 1NMUA 1EZOA 2ALUA 1JVXA 3R7XA 1POY1 3CSGA 3N94A 2QMWA 3OO9A 4IGRA 3W9VA 4LVQA 2WKYA 2DXRA 4KPTA 2DYXA 1NNTA 3FXUA 1JVYA 4F3GA 3O29A 5JTYA 3FVOA 1MG1A 3OMBA 1US4A 4MFIA 1QULA 2Z22A 5FHOA 5BUUA 4OHNA 4FEDA 1MM6A 4ZZAA 1USYE 2H98A 3E13X 2HFBA 2Y7KA 1Y20A 1MPBA 2PVUA 3U93A 3LR1A 4PFUA 2VP1A 3VLUA 1I6QA 4QFKA 3SESA 1ZTYA 4WEPA 2XXPA 3A09A 2LAOA 5K2XA 2B3FA 3PUZE 1B4ZA 2I58A 3IOUA 4LONB 2DVCA 3RQTA 3RT8A 3S9EA 4G8HA 1R9LA 1XC1A 3JYRA 3QUFA 3PU5A 3VVFA 2PT2A 3E3KA 2UVHA 4C1UA 1L5TA 1JEVA 3ZKLA 3SEVA 4IY6A 3FVGA 5L9SA 4YU0A 1MXVA 4XIGQ 1IITA 4XKQA 5AA4A 4IO4A 1HSJA 4OXVA 5AA4B 4JBZA 2OWTA 3GBAA 1P1NA 4LATA 1Y3QA 3G3IA 4OESA 4OENA 4YMAA 4LP2B 4WKMA 4U1OA 4LZ5A 3IAZA 3K0VA 4FECA 2H4IA 3Q28A 2OWSA 1GR2A 5K2YA 1MQDA 2PYYA 2OK2A 1B2HA 4MH5A 3TELA 2QPQA 3OO8A 4DE8A 3SDFA 5CBRA 3BFUA 4ELQA 1H3DA 2ZNSA 2DQVA 4RNSA 4ONYA 1P1OA 2HZLA 1J1NA 4QFLA 1I6BA 5L9OA 2Y7RA 1XVXA 3TKDA 4QSDA 4F39A 4LQ5A 1BIYA 1LAXA 4DXUA 3C35A 1N84A 1QKAA 3Q29A 4R73A 1LLSA 4G2ZA 5CMBA 1O63A 5M2VA 4FJPA 4O3CA 4LQ2A 4GXSB 1SQYA 2F7AA 1GV8A 4POWA 1UIVA 2XXIA 4X48A 2HZKA 5H8NA 3UORA 2H5YA 3CG1A 4QRZA 1LFGA 1Z7NE 3VXCA 2Y7WA 1PB7A 4R74A 5I59B 3JZJA 1FQBA 1SW4A 2XD3A 4I8CA 2V3QA 3VVEA 3TPAA 3T93B 1AH5A 3UK4A 2HAUA 3TCHA 3LSFB 2YLNA 4THIA 2DE4A 1N76A 4RYAA 3G3GA 3EHTA 2HEUA 4ESXA 2KLFA 3KN7A 4KFQA 2P2AA 4XKRA 1MDQA 2D3IA 1MXUA 2XXTA 4ZEIA 4E0WA 3MW0A 4FAJA 2HAVA 4YMBA 5I84A 3HN0A 3THIA 1M5DA 4OEVA 3UIFA 1MM7A 2ONSA 1NL5A 1LSTA 2REGA 2XXXA 3FZVA 3EPEA 3CIJA 1ELJA 1UTHA 1ZMGA 1QUKA 2NVUB 2QMXA 4ISUA 3C31A 2YPNA 4FIMA 3O2AA 2P0SA 3IOWA 1B1XA 2ZMBA 4XXUA 2IEEA 5CMMA 4F29A 3O97A 2QS2A 4TOZA 5L9MA 4F18A 4E0XA 2DXYA 2DE3A 3FJ7A 2O1LA 2O69A 1MY3A 1LBCA 3FATA 2DOJA 3OENA 3DM0A 1IXGA 2R6GE 4OQOA 4HCWA 3FGSA 3T9HB 3MUQA 3K4UA 3ONMA 5B7DA 4PE5B 1BP5A 3UGWA 3MAMA 2OCUA 2FA7A 5I2KA 4AQ4A 1B0HA 2F7CA 1N7XA 5DYHA 1Z7ME 3GXAA 2IA4A 1POTA 3U92A 4KYDA 5DTBA 2RKMA 1JNFA 3KSJA 2I6EA 3B6WA 4R6YA 3FJMA 2H9BA 1B4HA 2X7QA 4O3AA 2B65A 4RPOA 3TAJA 4TLLB 5DT6A 4XKPA 1N3WA 3AXFA 3GLBA 1FTKA 2Q89A 3V83A 3PUVE 2O84X 3KN8A 4DCYA 5EHMA 1A55A 1T0KA 5HM4B 3TCFA 2F6GA 2PT1A 4ECFA 3MVWA 3PGFA 4EF2A 4ZE8A 1VSOA 4YAHX 3CR9A 3ZSFA 2QS1A 4EQBA 4QFOA 2UYFA 5CI5A 1ZIUA 2D21A 5CM6A 4DLDA 2AL4A 1A54A 2DSFA 4X1BA 2V3TA 3JV9A 4GLIA 4H5FA 1LFHA 2PX1A 4XKNA 5AA2A 3KOSA 5AA2B 3S2VA 3IJOB 3K00A 5TP9A 3MBPA 1HSEA 2XD2A 3PV0E 2P1SA 4KD5A 4IY5A 2QS3A 2OZZA 2XX7A 2F5XA 1N7WA 4R6HA 2NOOA 5F1QA 3RN8A 3B7DA 1MRPA 3S9NC 1MXXA 3TTLA 3MP8A 3IO4A 2PBWA 4G68C 4YKJA 3VFJA 3G3JA 1B5IA 1DTGA 3F11A 3PPOA 2DWAA 1B40A 2ONRA 1LB8A 3SKPA 3IJXB 1H43A 1AOVA 3ZKKA 4ZE9A 3IL1B 4RY1A 4OERA 2DP8A 3B6QA 1BKAA 4OVJA 4QSEA 1VFDA 3G3HA 5KCJA 5KCJB 2E1SA 3CI8A 4U1ZA 2REJA 2ZYKA 1OVBA 5CC2A 1FQFA 4NE4A 3TEPA 4HW8A 1MH4A 2Y7PA 3V8XB 2XHDA 3DP4A 2BJJX 3WAEA 4RJZA 2QJEA 5I56A 1ANFA 5I56B 1A8FA 4QFPA 2ZYNA 4FORA 5H8FA 4F1UA 5H8FB 4UA8A 5LOMA 4Z0IA 5JTYB 4U22A 3PPPA 1KWHA 1MQGA 3EHUA 4U2RA 5H8SA 2DWJA 2QL3A 3VLWA 5IKBA 3FD3A 3TTMA 1B6HA 3MVYA 4R72A 3S4UA 1MQJA 2ZYMA 3OEKA 4NF4A 1PB9A 1NH7A 3E4RA 4KQPA 4MF3A 5L8DA 1IXCA 1IIWA 1TFDA 2Q9TA 3K6VA 1A99A 1NFTA 1Y1MA 3IX1A 3MVZA 3MQ9A 1I69A 3S9LC 4H5GA 3K1NA 3RUMA 4F3SA 4BDRA 5AE4A 2XXQA 2YJPA 3PUXE 4KHZE 4IO5A 1SD3A 4YB5A 3OSQA 1B3FA 1S9TA 4NWCA 1RKMA 1Y4TA 2DS9A 2NWJA 2RCAA 1RYXA 3FASA 4YKKA 3CG3A 3KEIA 5IAIA 1A7LA 1LAFE 5ITOA 2I3VA 4TQUQ 3RLFE 3U94A 3C32A 2DVZA 3LBSA 3TDJA 5A5XA 1B5HA 1SVXB 3CFLA 3KZGA 2OBGA 5A5XB 4OZ9A 3O28A 2Z8EA 1Y3PA 2QS4A 4R6KA 1B7ZA 4LA9A 3IB1A 4BDOA 3K1PA 1DSNA 2F97A 1SW5A 3RT6B 1B1HA 1URSA 2RF1A 4I62A 4HS7A 1DOTA 3N26A 1TFAA 3FXRA 4IO3A 3IORA 2UXAA 4OWDA 3HSTA 1ZLQA 4F1VA 4I9DA 2V3UA 1CE2A 1B3LA 4JWOA 1CB6A 4LZ8A 1B3HA 3K2DA 5JK4A 2FYIA 3DP6A 2I4BA 1JETA 1MY4A 4ELPA 2NXOA 3RNNA 4ZEDA 2Q2CA 3H3GA 5FTIA 3TQLA 3C34A 1ZBMA 5I57A 5B70A 3H06B 3CFXA 4GWOA 2R9JA 2ONKE 5H8NB 5CMKA 4QHQA 4H67A 1MXWA 1B5JA 1D3KA 3H6VA 2UVGA 3FVKA 4UACA 3OELA 4BDNA 3T66A 4IO7A 3H03A 2RC7A 1LCTA 3PPNA 1LB9A 4NTLA 3MWBA 3M3FA 1FTMA 3EHSA 5BWJA 3G3FA 1SI1A 2F8DA 4OFOA 2Z23A 4KCDA 4N13A 3O66A 5H8QA 4EQ9A 5H8QB 2GRVA 1B58A 3FXQA 4NF6A 4EXLA 4OETA 2XXRA 4NF6B 4L17A 1IQ7A 1M5CA 3K6WA 3UN6A 4R2BA 4RK2A 1M5BA 3ILTB 1MQHA 4G8NA 1MXZA 1UTHB 1USYH 4JB7A 1NKXA 3TQWA 5FHMA 4Q8RA 2ZXTA 4IO2A 4F31B 1JW4A 2G93A 4DXCA 3H6TA 2AIXA 1B52A 4R9GA 1IZ1A 1QW0A 2ESNA 4BDLA 3RY3A 3UA8A 3BBRA 3KJ7A 4P0GA 1XS5A 1NNFA 1YCJA 1NNKA 4NWDA 1IUDA 4PP0A 1TWYA 4K3FA 3CRBA 1DMBA 3FV1A 1B3EA 5EYFA 2XXYA 3D4GA 3UP9A 5I2KB 4PETA 1JW5A 3KGCA 2ANJA 1I6AA 1WVJA 3FJGA 3O6IA 3H6WA 4DXBA 3KFMA 4H1XA 2UVIA 3FIRA 4R75A 3CVGA 5JEIA 5EHSA 3GBBA 2E0SA 1N3XA 1OLCA 2Y7IA 3C9HA 3TMGA 3IOTA 4M1VA 4F3BA 3QSLA 1AL3A 1BTJA 1AMFA 2V93A 3K6XA 3TYHA 4OYVA 1TXFA 1NH8A 3H4ZA 2O68A 2I0BA 3K02A 2VHAA 2XX8A 3DELB 2DWHA 4NEDA 4ZS9A 1MS7A 1S7YA 4BDMA 2RINA 4MBPA 4TLMB 1H44A 5I58A 1H76A 5I58B 4Q5TA 4OTEA 3SEXA 3GZGA 4JWXA 5F7VA 3K01A 3HHGA 3PUWE 4H6DA 3QIMA 4LUBA 1R9QA 4GOTA 2Q8JA 4JWYA 4PFWA 1FQAA 4POXA 5TU0A 1WODA 1N04A 1YPNA 1TT1A 1B51A 5KZTA 4BLAA 5TP9B 3OSRA 3RTFB 3IOVA 1S50A 3V5AA 5ICTA 1JEUA 2H99A 4FATA 3USDA 3VVDA 3CSBA 1YAEA 2AYSA 2F35A 3VE1B 2A5SA 2GHBA 3D4CA 2F6PA 2NUVA 4LZ7A 4G77A 3PD8A 1OLAA 1SBPA 1MPDA 3TCGA 5CRYA 1PDAA 1O64A 3L6HA 3M3KA 2OLBA 4ZZEA 1IXIA 4EDPA 1ATGA 3IB2A 3LUYA 1B7UA 1Q1KA 3QUJA 2V25A 1OQHA 1Q35A 4GD5A 2QSXA 3QAXA 2H25A 1YTVA 4G4PA 2RCBA 1FQCA 1US5A 3MP1A 1P1WA 5HPQA 3ZS6A 5HBCA 3SEWA 3BFTA 4F2QA 1A40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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