The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
91
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sequence length |
277
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structure length |
272
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Chain Sequence |
TRPRVGHIQFLNCLPLYWGLARTGTLLDFELTKDTPEKLSEQLVRGDLDIGPVTLVEFLKNADDLVAFPDIAVGCDGPVMSCVIVSQVPLDRLDGARVALGSTSRTSVRLAQLLLSERFGVQPDYYTCPPDLSLMAAVLIGDAALRANMIDGPRYGLDVHDLGALWKEWTGLPFVFAVWAARRDYAEREPVITRKVHEAFLASRNLSLEEVEKVAEQAARWEAFDEDTLAKYFTTLDFRFGAPQLEAVTEFARRVGPTTGFPADVKVELLKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The crystal structure of a hypothetical protein SCO4506 (gene ID: Q9L0T8) from Streptomyces coelicolor to 2.04 Angstrom resolution
rcsb |
molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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source organism |
Streptomyces coelicolor
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molecule keywords |
Hypothetical protein SCO4506
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total genus |
91
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structure length |
272
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sequence length |
277
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chains with identical sequence |
B, C, D
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ec nomenclature |
ec
4.2.1.151: Chorismate dehydratase. |
pdb deposition date | 2006-11-17 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02621 | VitK2_biosynth | Menaquinone biosynthesis |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M5E A; 2HEU A; 2P1S A; 4BDQ A; 3IR1 A; 3FXQ A; 2O51 A; 5HM4 B; 1YTV A; 2BJJ X; 1NH7 A; 4ZE8 A; 3UGW A; 1T0K A; 1UTH B; 4F2O A; 1QKA A; 3QSL A; 3TTN A; 3C4M A; 1FQF A; 2DXY A; 2VGQ A; 3QYT A; 3OSR A; 4LUB A; 3MUQ A; 2Y7K A; 3THI A; 1PB7 A; 2RCA A; 1ZTY A; 4G8M A; 2A5S A; 1PC3 A; 4OMB A; 3PPP A; 5CRY A; 1N3W A; 2DXR A; 2XXH A; 4BDL A; 1MY2 A; 1YAE A; 3MPL A; 1O63 A; 4EXL A; 4ZS9 A; 2XD3 A; 2XXP A; 1PB8 A; 1SDX A; 2XX8 A; 5FHM A; 3JZJ A; 3MQ9 A; 4F31 B; 2NVU B; 5CMB A; 1SVX B; 4H1X A; 3Q25 A; 1VR5 A; 1B4Z A; 4U4X A; 1OIB A; 2O6A A; 1FW0 A; 1B58 A; 4HW8 A; 3TKD A; 1WVJ A; 2HAU A; 3PMX A; 4NWD A; 3KN7 A; 1ZIU A; 2M8C A; 4BDM A; 4JDF A; 4IY6 A; 4DDD A; 2ZNS A; 3CFZ A; 1B4H A; 3OO8 A; 2VP1 A; 1D9V A; 4LZ7 A; 4NF8 B; 5JTY B; 3K4U A; 3S9N C; 4FEC A; 4IO7 A; 1B0L A; 4XKR A; 1B05 A; 4G77 A; 3O6H A; 3H6V A; 1R9L A; 1Y9U A; 4ZDM A; 3MC2 A; 4KPT A; 2ZYO A; 3FAT A; 1POY 1; 4F18 A; 3TTM A; 2X7Q A; 4F39 A; 2UVJ A; 1B2H A; 4G8N A; 1BIY A; 3H7M A; 3TCG A; 3FJM A; 1JVX A; 3FXR A; 3CFX A; 3O66 A; 2FNC A; 3V8X B; 2RKM A; 4BDO A; 3A09 A; 5L8D A; 3K1P A; 4RPN A; 2LAO A; 1MH4 A; 1IXH A; 4G4P A; 4BDR A; 4QSD A; 4NED A; 4YKJ A; 3U92 A; 4Q30 B; 1TT1 A; 1GTK A; 2O1L A; 3VXB A; 1MXV A; 3KBR A; 4R2B A; 1EZP A; 2GH9 A; 3JYR A; 3KN8 A; 4LA9 A; 4F1U A; 2E1S A; 1CE2 A; 3UIF A; 4GWO A; 4O3A A; 3FV2 A; 1MQH A; 4RK2 A; 4AB6 A; 3FUZ A; 3KJ7 A; 1N84 A; 3PV0 E; 3MVZ A; 2VD2 A; 1MQG A; 4F3P A; 4I62 A; 4ZEC A; 1H44 A; 4EQB A; 3U8Q A; 1IIW A; 1SYH A; 3R26 A; 1FTJ A; 1Z7M E; 1EH3 A; 4YMB A; 3C34 A; 2QJE A; 2QMW A; 4XIG Q; 5I57 B; 4H0W A; 1B40 A; 5I2N A; 5H8Q B; 4MBP A; 4NWC A; 3BBR A; 3K6X A; 1HSE A; 1MS7 A; 2D3I A; 4QFK A; 2HCA A; 5CM6 A; 1MH3 A; 3HHG A; 2Q2A A; 3TDJ A; 2ZXT A; 3BFU A; 3CRB A; 2F6G A; 4FOR A; 4F1V A; 4OEN A; 4PFU A; 2PBW A; 2Q8J A; 3EN3 A; 4FAT A; 5AA1 A; 3I3V A; 2XXQ A; 1I6A A; 2F36 A; 3WAE A; 4OQO A; 2A5T B; 5DEX A; 2B65 A; 2KLF A; 3O9P A; 1PEB A; 1A54 A; 4I8C A; 1D9Y A; 1LFI A; 2O7U A; 1SI0 A; 1ZBM A; 1H45 A; 3N94 A; 3VVE A; 4ELQ A; 1ATG A; 1ELJ A; 3IOU A; 4KYS A; 4ZEK A; 3IJO B; 2QSX A; 4LZ5 A; 5AA2 D; 2ZNU A; 4GLI A; 2OJT A; 3CI8 A; 2O84 X; 3RLF E; 3RPW A; 1A7L A; 4EUO A; 3N26 A; 4YAH X; 4YKI A; 4G68 A; 4MLV A; 2ZYN A; 4OZ9 A; 3IO6 A; 4NF4 A; 2I4B A; 1GGG A; 1LBC A; 3OEK A; 2DSF A; 4JSD A; 1LAH E; 1MDQ A; 1H3D A; 1XT8 A; 5TPA B; 4I9D A; 1SI1 A; 3T96 B; 1HSJ A; 1N3X A; 1YCJ A; 3W15 C; 1FTO A; 1UTB A; 2UYF A; 1HSL A; 1US4 A; 1MRP A; 3ZSF A; 3KOS A; 4QFN A; 4R73 A; 3FVN A; 4GL8 A; 4K3F A; 3C33 A; 1B5I A; 1KWH A; 3VLW A; 2NXO A; 3IB2 A; 2ONR A; 3G3J A; 4N13 A; 2O68 A; 4KCC A; 5B70 A; 4NTL A; 3S9E A; 1DOT A; 4XKP A; 2I0B A; 4C1T A; 4R74 A; 2GHB A; 1S9T A; 3USD A; 5I59 B; 4R75 A; 1H43 A; 4FAJ A; 2I4C A; 1PBP A; 2PT2 A; 1MPD A; 4H65 A; 4LQ2 A; 5CI5 A; 2AIX A; 5K2Y A; 2UVG A; 2F97 A; 1N7X A; 3SKP A; 3DP6 A; 2GHA A; 3FAS A; 5AA2 A; 3MZ9 A; 5ITO A; 3MVW A; 1IUD A; 1ANF A; 1I6B A; 4KFQ A; 1XOC A; 5L9S A; 2I48 A; 3H3G A; 2XXW A; 2R71 A; 1MXY A; 1EZO A; 4POX A; 2HFB A; 3K1M A; 3IL1 B; 4ZEF A; 2NWJ A; 3SER A; 2HZK A; 4UA8 A; 1QUI A; 1MY1 A; 2F8D A; 4JWY A; 3G3K A; 3ODB A; 2QS3 A; 4LP2 B; 4MFI A; 2HXW A; 2ESN A; 3T9H B; 2Z23 A; 1IXI A; 5ITP A; 1Y20 A; 5DT6 A; 5H8S A; 2DWH A; 2GRV A; 2OZZ A; 4U4S A; 1URD A; 2P2A A; 3FIR A; 2ZMB A; 4HS7 A; 4GQO A; 3N6T A; 4MLQ A; 3E9X A; 2D5W A; 3ZKL A; 2QPQ A; 1D4N A; 3TQW A; 4F2Q A; 4ESX A; 1OLA A; 3PU5 A; 5AA4 A; 1IEJ A; 4JBZ A; 4U2R A; 4ZE9 A; 3EHT A; 2R9J A; 4G8H A; 5BUU A; 1FTL A; 3H6T A; 4IO4 A; 3N6U A; 2H99 A; 3M8U A; 3HCQ A; 3L6G A; 5DEX B; 1TWY A; 2DVZ A; 2REG A; 5J1D A; 5ELV A; 3PMV A; 4QFP A; 4IO3 A; 5B7D A; 3Q26 A; 2RC9 A; 5EYF A; 4XXU A; 1SD3 A; 3C31 A; 2X26 A; 2YPN A; 4DZ1 A; 4Q5T A; 1PDA A; 4OVJ A; 3K1N A; 3T66 A; 2XXX A; 2E0S A; 2F6P A; 3VV5 A; 3PGF A; 1SBP A; 4OES A; 4NF6 A; 3QAX A; 4F19 A; 3TTL A; 4GXA A; 4RY1 A; 4XKQ A; 4G68 B; 5KDT A; 1JEV A; 1IXG A; 4LON B; 3PMW A; 3T9X B; 3K0V A; 3UA8 A; 1Y3P A; 3IK6 B; 1B3E A; 4WXJ A; 3U94 A; 3H06 B; 1JW5 A; 1Q35 A; 2RC8 A; 1OVT A; 5H8F B; 4DE8 A; 4ELO A; 2OCU A; 2XX7 A; 2DWA A; 3ILT B; 1SW4 A; 1LB8 A; 5FTH A; 1BLF A; 4H6D A; 1IIT A; 1Y3Q A; 3M3K A; 1JNF A; 5I58 B; 1R9Q A; 1PBQ A; 4RA1 A; 2F5X A; 3B7D A; 3SEU A; 2Z22 A; 3ONM A; 3CFL A; 3H4Z A; 4GXS B; 2AL5 A; 3C9H A; 4G68 C; 5K2X A; 1P1Q A; 3MVY A; 1B1H A; 2I6E A; 1A8E A; 3KGC A; 3KEI A; 1QKB A; 3O29 A; 4IY5 A; 2OWT A; 4O3C A; 4F1Y A; 3L6H A; 4U1O A; 3QUF A; 3SEY A; 4EXK A; 4ZZA A; 1OMP A; 1XHY A; 2Y7I A; 4N6P A; 5I2K A; 3V5A A; 2HAV A; 4X9T A; 5EHM A; 3KG2 A; 3H03 A; 2DWJ A; 4OFJ A; 1B5H A; 4RYA A; 2F7C A; 2I0C A; 3TEP A; 2OBG A; 5I56 A; 2GFE A; 5TU0 A; 3TYH A; 3W9V A; 2PMS A; 3T22 A; 1NMU A; 3VXC A; 2QS2 A; 4QRZ A; 2VOZ A; 4WED A; 3PUY E; 4FIM A; 3OXN A; 2Y84 A; 1MQJ A; 1JQF A; 5TP9 A; 1B0H A; 1JW1 A; 3P7I A; 4HCW A; 4PE5 B; 3PPQ A; 4PFY A; 5CBS A; 1NH8 A; 2Y7P A; 1XS5 A; 4QHQ A; 1P1N A; 1QVS A; 2ALU A; 5BWJ A; 1URS A; 3N5L A; 4JB7 A; 4KYD A; 4QF9 A; 4TOZ A; 3VLV A; 4Q8R A; 4NF5 B; 1RYX A; 2XXR A; 4JWO A; 3IJX B; 1D3K A; 2Q89 A; 1YPN A; 1B52 A; 1DTZ A; 4Q0C A; 4BDN A; 4H8J A; 3FJG A; 3MP1 A; 3FGS A; 3IOW A; 5AA4 B; 5L9O A; 2V25 A; 4JXI A; 4GVO A; 3O28 A; 3M3F A; 5H8H A; 2H4I A; 3TTR A; 4OEV A; 4YKK A; 3E3K A; 3SES A; 2H25 A; 2Z8F A; 4THI A; 5EHS A; 3CSB A; 4BLA A; 2DYX A; 2RC7 A; 4R9F A; 1AMF A; 2Y7R A; 3IOV A; 4KI0 E; 4POW A; 4DXU A; 5F7V A; 2ONS A; 3K2D A; 1IQ7 A; 1LFG A; 3VVD A; 3HPI A; 1DPE A; 3SEW A; 1BTJ A; 2ONK E; 2DE4 A; 3K02 A; 3EPE A; 1QUJ A; 4YMA A; 1EZ9 A; 2I3W A; 1P99 A; 3VE1 B; 1VE4 A; 3TEL A; 3RUM A; 2P0S A; 3QXM A; 4RPO A; 3VFJ A; 3R6U A; 3A3C A; 2NOO A; 5KDT B; 4PFW A; 4IO5 A; 1FCK A; 3RT8 A; 1ZMG A; 3C35 A; 4ZED A; 1JEU A; 2DQV A; 4KCD A; 4OER A; 3RQT A; 3RNN A; 1I69 A; 4FJP A; 3K00 A; 3PUX E; 1NFT A; 3C36 A; 4H67 A; 3G3F A; 3CSG A; 4HCY A; 4F29 A; 5IKB A; 4RK9 A; 1FTM A; 1Z7N E; 1J1N A; 3O6I A; 3LSX A; 4PQJ A; 3IO4 A; 4QFL A; 2PX1 A; 1CB6 A; 3D4C A; 4KD5 A; 3QIM A; 3IB1 A; 5FHO A; 1USY E; 1S7Y A; 4YZZ A; 4F3G A; 4TQU Q; 5CMC A; 1MM7 A; 1GV8 A; 3OOA A; 2OLB A; 1FQE A; 5F1Q A; 1N0T A; 3IAZ A; 3Q28 A; 3EHU A; 3M3L A; 3TOD A; 3KFM A; 4I1D A; 1Q1K A; 2NUV A; 2RF1 A; 4H8I A; 1ZU0 A; 2DVC A; 4IB2 A; 5I2K B; 3OMB A; 4WEP A; 4AB5 A; 2UVH A; 3KN3 A; 2DOJ A; 3GXA A; 4IGR A; 4QFO A; 2F78 A; 3EF7 A; 3VVF A; 3MZB A; 4KYE A; 4EDP A; 3IOT A; 1WDN A; 3LC8 A; 3B6Q A; 3A3U A; 5CMM A; 5HPQ A; 3PUZ E; 1B51 A; 2W7Y A; 4NE4 A; 2XX9 A; 5ISU A; 4MH5 A; 5IAI A; 1SW2 A; 4RXL A; 1TFD A; 1RKM A; 1R6Z A; 3IX1 A; 3T9V A; 5LOM A; 2IA4 A; 1MPB A; 2X7P A; 4DXB A; 4EQ7 A; 2QRY A; 5M2V A; 4PFT A; 1IZ1 A; 3KOT A; 4E0W A; 4NF8 A; 4YB6 A; 4DCX A; 5JTY A; 2O1M A; 4QSC A; 5FHN A; 1LAF E; 3WAF A; 1LBB A; 1ZJL A; 3TFL A; 2QMX A; 3SET A; 2CZL A; 3LBS A; 2UYE A; 1NNF A; 1WOD A; 2H5Y A; 3E4R A; 4HTG A; 3T9U A; 3GBA A; 4YB7 A; 1MG1 A; 4LVQ A; 4ZEI A; 3RGY A; 1NL5 A; 5DVF A; 3EQ1 A; 3TPA A; 2QS4 A; 2Y7W A; 2F34 A; 1O64 A; 1S50 A; 3RTW B; 4R2F A; 2H98 A; 2I3V A; 5I2N B; 1VFE A; 3MW0 A; 5H8H B; 4JWX A; 5KZT A; 5A5X A; 3PD9 A; 2XXT A; 2UVI A; 1LFH A; 3HO7 A; 4P0G A; 3JV9 A; 3GZG A; 4JSO A; 4O3B A; 3Q27 A; 4U1Z A; 4FED A; 3TUS A; 4TLL B; 1B3L A; 1NNP A; 1FQC A; 4IO2 A; 3MAM A; 3MP6 A; 1FTK A; 3IB0 A; 5FTI A; 1M5D A; 1AH5 A; 1QUL A; 3KSX A; 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