2P0SA

Structural genomics, the crystal structure of a putative abc transporter domain from porphyromonas gingivalis w83
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
136
structure length
130
Chain Sequence
DMKTIAIADRTGEYEQLFKENDEFRFVHAEKTAEEYRKMGADKSGIDAVLEIRQDLLEDPNAVAIYGYKQLPASVSNHISRILSDYLSDKKIASYNIPDIKQILADSKIELSVHTYKWSETSGELASGIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Porphyromonas gingivalis
publication title The crystal structure of a putative ABC transporter domain from Porphyromonas gingivalis W83
rcsb
molecule keywords ABC transporter, permease protein, putative
total genus 31
structure length 130
sequence length 136
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p0sA01
3HHGA 3PPPA 1EU8A 3TODA 4DCXA 4ZE9A 1ZKBA 3I6VA 1ZU0A 1CB6A 1PDAA 1QW0A 3KN8A 4F3SA 2HZKA 3WAFA 3S9NC 3GBAA 5TPAA 3VXCA 1NH8A 4LVQA 1PBPA 1NNTA 1MY0A 1Y3NA 3VLVA 4NF6B 4R6KA 5EHMA 3MP6A 1B05A 2PT1A 1B51A 5B70A 1JNFA 4RXLA 1A8FA 1Z7ME 3QSLA 5ITOA 3MPKA 4OHNA 4OZ9A 1Z7NE 3N26A 3G3FA 4QFOA 4G8HA 3QYTA 3PGFA 4F29A 3UA8A 4DCYA 4YKKA 5EYFA 3UGWA 3HCQA 4WXJA 1FTMA 4JSDA 3FUZA 3VLWA 2Y7RA 1XT8A 4O3BA 4H8IA 1AIVA 4LZ8A 4H5FA 3O6GA 3G3IA 1B0HA 4U1ZA 3N94A 1QKBA 4DXUA 1MY2A 3C9HA 1B7HA 4F22A 4MLVA 4U1OA 2DXRA 3FD3A 3TTLA 3CFZA 5CRYA 5HPQA 3PD8A 4U22A 4O3CA 1Y1MA 2RCAA 2V3UA 4N6PA 4ELQA 3LSWA 4PFWA 1H44A 5I2NA 1SI0A 3L6GA 2KLFA 1QKAA 5TP9B 3CVGA 4I8CA 1POTA 4Z7EA 1YTVA 3TUSA 4KCCA 4H6DA 3RN8A 2A5TB 1J1NA 2HXWA 4KQPA 2W7YA 4YZZA 1A7LA 4EF2A 4H1XA 2O84X 1DSNA 5CBSA 1BIYA 4YMAA 2D21A 5ELVA 2QPQA 1N84A 3U1OA 4TLLB 2F97A 3RNNA 1OVBA 3FATA 1RKMA 1OLAA 3QXMA 4POWA 2FNCA 3H6UA 1XC1A 5AA4A 1MY4A 4WKMA 4MBPA 1N04A 2ZNSA 1VFDA 2OZZA 3HN0A 3IJOB 5H8FA 2VP1A 3USDA 5AE4A 4C1UA 3K01A 2XHDA 1IUDA 4NF4A 2XXHA 3L6HA 4H0WA 4RJZA 4ND9A 3PPQA 4OXVA 4G68B 2DSFA 3C32A 3QK6A 4R9GA 3IK6B 3K1PA 4R74A 1PB9A 4JXIA 4KHZE 2HEUA 4KPTA 2HQ0A 3DM0A 4ZZAA 4ZEBA 1GV8A 4ELPA 3MWBA 2F8DA 1DMBA 4KYEA 4ZEKA 1PBQA 4KYDA 3MVXA 2BJJX 4X1DA 3QIMA 3PUZE 1M5BA 2QS1A 1XS5A 3ZS6A 1ZBMA 4GRKA 3N5LA 3IB2A 2THIA 3FXUA 4GF8A 3E13X 3PMVA 2QMXA 2WKYA 3B6TA 2GFEA 2UXAA 1R1NA 5I59A 5I2NB 4JB7A 3KJTA 3IJXB 2XXPA 4RY1A 3IOWA 3CSBA 3KZGA 3PMXA 3THIA 4R6YA 1IXGA 4F1UA 2G93A 1UTBA 1LBBA 3H3GA 4I9DA 1KWHA 4H65A 3T9VA 4PE5B 5J1DA 4WEDA 3TTMA 1ZMGA 1Y3QA 3BBRA 5H8QB 4U2RA 4ESXA 2QS2A 3H03A 4PP0A 3U94A 3LUYA 2ABHA 3TZAA 5H8NA 5FHOA 3VFJA 1Y4TA 2O1MA 4EQBA 4JSOA 3C31A 5L9SA 2ANJA 1I6QA 1R6ZA 1WDNA 4EDPA 1R9LA 2ZXTA 3Q25A 4U21A 3O29A 3RLFE 3S9LC 4PFYA 1BP5A 3SDFA 1MQJA 4NF4B 2DP8A 2V84A 3K6VA 4HS7A 3FVKA 3OENA 3U92A 4C1TA 1NL5A 1FQBA 3O66A 4KD5A 3RGYA 1JEUA 3O28A 3G3JA 1CE2A 2DVZA 1USYH 1HSJA 1ZTYA 5I56A 1OQHA 2AL4A 3DLNA 4YKJA 2IA4A 3MJNA 3VXBA 3HV1A 3RTFB 3TAJA 5AA3A 2NWJA 2ZYMA 3K1MA 3EHUA 3C33A 1LFGA 4GIZA 1ZIUA 2PX1A 1B5HA 3A09A 3FVNA 3QAXA 2CZLA 1VE4A 3RPWA 3EN3A 1EZ9A 1FCKA 4M1VA 1B0LA 3CR9A 3OO8A 5A5XA 2XXUA 4YMBA 1PEBA 1RYOA 3UIFA 4ELRA 2ZYKA 1IXIA 3M8UA 4LQ2A 5I2KB 4MFIA 3U8QA 1LCFA 2RC7A 1MXYA 4L17A 3FV2A 1P1NA 4F18A 3C4MA 3TTRA 2PMSA 4ZEFA 2NUVA 1ZLQA 4FECA 4IGTA 4NE4A 4QFPA 2F7CA 5JTYA 3S9EA 1SW5A 3OEMA 4AB5A 2RC9A 5I57A 4KR5A 4ONYA 1QUIA 1H45A 1DOTA 4GFRA 1OVTA 2OCUA 4YB7A 4R75A 3GLBA 1N7XA 1MY3A 2H99A 3M3KA 3IAZA 1P1UA 4IGRA 2VGQA 4BDLA 1URGA 2DE2A 1ELJA 1B3EA 4OYVA 1LAFE 2NXOA 1HSLA 1US5A 2ZYOA 1OQGA 3H6TA 4GVOA 4YB6A 3PMWA 5H8NB 3W9WA 1XVXA 4OENA 2Y7IA 3CG1A 4LQ5A 2Q2AA 1P1OA 1B4ZA 2F6GA 3ONMA 3MPLA 1TT1A 2F6PA 1ATGA 2A5SA 2G29A 1MXZA 3A3CA 3DP6A 5H8HA 1XOCA 2UVGA 5AA2D 5DEXA 2XX9A 3JYRA 1DTZA 2DE4A 4OMBA 1JQFA 4F1VA 3KG2A 4YKIA 1SBPA 4G77A 4MF3A 4TLMB 2UYFA 2DXYA 2XXRA 4HCYA 4IY5A 2O6AA 4LATA 3ILUB 4RK2A 1QULA 2HFBA 3LSFB 4ZZEA 1NMUA 1MG1A 3S2VA 1UQWA 2AYSA 2RKMA 2QRYA 4NWCA 3LR1A 2DWHA 3CRBA 3FXRA 2ZYNA 2H5YA 4IO5A 3KSJA 1LB9A 5HBCA 3CI8A 1TXFA 4UACA 3GXAA 4XKQA 3SEYA 1MPDA 3IOVA 3Q29A 3IB0A 4OFJA 4ZECA 2F35A 1LBCA 4E0WA 2HAVA 2R9JA 5JEIA 2NVUB 3OSQA 2I4CA 2GH9A 3EHSA 3OEKA 1M5DA 1D4NA 3FVGA 3MZBA 1A40A 5JTYB 3OO6A 2UVHA 1GR2A 1JW4A 4Q0CA 1MRPA 2Q9TA 5KCJA 3I3VA 3TTNA 3O9PA 3ZKLA 3H7MA 3K4UA 3TYHA 3T9UA 5CBRA 2RC8A 5I58B 2DVCA 3DP8A 1OLCA 2QS3A 2I6EA 3PUWE 1O7TA 4P11A 3T93B 3PPNA 4F31B 1FQFA 3LSXA 5I84A 3K6WA 3C34A 3T22A 4PFUA 3HPIA 3T96B 3G3HA 4XKPA 2YPNA 1MXUA 2ZNTA 2XX8A 3TTKA 4FEDA 2XX7A 5TPAB 2YJPA 3MUQA 4YKPA 4O3AA 3O97A 3MZ1A 3KBRA 2QS4A 1XHYA 4FAJA 3MAMA 3R26A 4M4GA 3MW0A 3T66A 3Q28A 1I6BA 3EQ1A 3ZKKA 3FVOA 1SYHA 4ZS9A 5DEXB 4RA1A 5F7VA 2O69A 2P0SA 4IY6A 3IOTA 4F3GA 1M5FA 5H8SA 1EZPA 1VSOA 1Y9UA 1UTHA 2CMOA 4GXAA 4NF8A 4FORA 3C35A 2XXWA 1SYIA 4RPNA 2FA7A 1NNFA 4G4PA 5L9MA 1D9YA 3FJ7A 1N76A 2RF1A 2QSXA 3OO9A 4H67A 2UVIA 4NTLA 1Y4CA 3MVWA 3IX1A 3HSTA 3K6UA 4F19A 5BWJA 5DVJA 4HTGA 3OXNA 3KOTA 1XVYA 3ODBA 1IITA 2UYEA 1YAEA 1H76A 4GL0A 3T9HB 2O1LA 2B65A 1A54A 1Q35A 3TCHA 2D3IA 4MLQA 2V3QA 4AQ4A 2OWSA 2PT2A 4PQJA 2O7IA 1WODA 2F7AA 4KYSA 4EQ9A 2DWIA 4X9TA 1SW2A 2I0CA 4F39A 3TMGA 4LP2B 3JV9A 3CFLA 3KSXA 1MH4A 4Q5TA 1M5CA 5FTHA 2DWAA 4YB5A 3MP8A 5DVFA 4ECFA 3OSRA 4OESA 4FEBA 2GHAA 1B6HA 3MBPA 5AA4B 4R6HA 5K2YA 3S9MC 3TPAA 1FQDA 2E1SA 1FTLA 3H6WA 3HO7A 3IB1A 1FTOA 4OERA 4FE8A 5H8FB 2ONSA 2I49A 1QUJA 4N07A 4R2BA 2H4IA 3EF7A 3B6WA 2X7PA 1L5TA 4YU0A 3FJGA 3SEWA 3SKPA 1FQEA 1T0KA 4IO7A 2GRVA 1MQHA 3KFMA 3KGCA 3CSGA 1B7UA 1RYXA 1QUKA 3OD7A 4ELOA 3RY3A 1LGBC 1JW5A 1LAXA 2H25A 3WAEA 3PPOA 1PB8A 4X48A 3A3UA 3G3GA 2HCAA 4BDMA 4MH5A 3PUYE 3I5OA 2ZNUA 1PC3A 1B3FA 3E4RA 4TQUQ 4OFLA 1FQAA 3LBSA 1QVSA 2H98A 2F36A 2QL3A 4LZ5A 2VOZA 5CMMA 4F3BA 1FQCA 1YCJA 4H8JA 4ZE8A 4ZDMA 1II5A 5DT6A 3O6IA 2AL5A 2DE3A 5TP9A 4JWOA 2DWJA 1FW0A 2V3TA 2PYYA 5I59B 2RINA 1N7WA 3RTWB 3G3KA 3LSLA 3RUMA 2A5TA 3TCFA 4HCWA 3VVFA 4NWDA 4EQ7A 4ESWA 4BDOA 4ZEDA 1B5IA 1IEJA 1H3DA 1UTBB 4EXKA 5KDTA 3UORA 1B1XA 3CFXA 4NEDA 1JETA 1LCTA 1Y20A 4GQOA 5CI5A 5DVIA 3FJMA 1NKXA 3M3LA 1MPCA 3TQWA 3CIJA 2XXQA 5CM6A 1N0TA 3T9XB 2I58A 4N13A 4OVJA 4BDRA 4FATA 4G68C 4XKRA 2FYIA 3OELA 1NNKA 1MXWA 4TOZA 3KJ7A 3RT6B 4H5GA 5CMBA 4PETA 3KOSA 1A55A 4AB6A 1O63A 3GZGA 3FXQA 5ICTA 1B3GA 1MQDA 3KN7A 4DLDA 1JVYA 4EXLA 3PUVE 2D5WA 4G68A 3V83A 2B3FA 3IOUA 1SW4A 1O64A 1TFDA 1DTGA 3JZJA 1MQGA 4IB2A 3V8XB 1BLFA 2VD2A 3K0VA 1TFAA 4NMYA 4OETA 1P1QA 4GXSB 4KCDA 1TWYA 4FJPA 3TCGA 1ANFA 5CC2A 5I56B 4QHQA 2RCBA 3MC2A 2I3WA 2O7UA 4XXUA 4JDFA 2F7BA 4RNSA 2M8CA 4R2FA 3B6QA 4P0IA 4R73A 3MP1A 2XXYA 3F11A 5BUUA 1Y3PA 3C36A 1MDP1 2HZLA 4P0GA 2OLBA 1IQ7A 5L9OA 4LUBA 5IKBA 1FTJA 1GVCA 1B3LA 5A5XB 3EPEA 5K2XA 2X7QA 2ONKE 4UA8A 2XXTA 5FTIA 1B1HA 3FV1A 1S7YA 4IO3A 1I69A 2Q89A 2F34A 1MPBA 3DELB 3IO6A 4U23A 3S4UA 1ZJLA 1S9TA 3PV0E 1US4A 2ZMBA 2GHBA 4BLAA 1IZ1A 2V25A 4QSDA 1LLSA 3VVDA 3MVYA 4LONB 1NFTA 1S50A 3VDFA 5DTBA 3SEUA 3ILTB 1WVJA 2I4BA 3K1NA 4ISUA 4OWDA 2OJTA 3SEVA 1EZOA 3G7WA 2Z8EA 5I57B 1IIWA 4PFTA 1LSTA 4GD5A 4U4XA 5L8DA 1B2HA 5H8QA 4EUOA 1GTKA 4OEUA 5KDTB 1BTJA 3FIRA 3O6HA 4HW8A 3D4CA 3OOAA 3CG3A 3K02A 5DYHA 1LAGE 4K3FA 2YLNA 3RT8A 3PU5A 3RQTA 2REJA 3U72A 3FASA 2OWTA 3LC8A 1DPEA 1VR5A 3TELA 2Z8DA 3TDJA 1UIVA 4JBZA 1NH7A 1AL3A 4QFLA 3BFTA 4RK9A 1SQYA 1SVXB 3O2AA 2XXIA 4F2OA 3V5AA 3K6XA 3MZ9A 1AOVA 1MM6A 5FHMA 4I62A 3UN6A 4Q8RA 2REGA 3VLUA 1MS7A 1P99A 3UP9A 1MDQA 2V93A 3M3FA 5H8HB 4GWOA 3W9VA 4QRZA 3FGSA 1FTKA 3SETA 1B32A 4JWXA 2OK2A 3N6UA 3MVZA 4F3PA 3DP4A 2ALUA 3Q26A 3VVEA 4DIGA 1EH3A 4XIGQ 2NOOA 4R72A 4OTEA 2QJEA 3IO4A 3FZVA 3KEIA 1A8EA 3TKDA 2XXVA 1IXCA 4LA9A 2DOJA 5AA2A 1BKAA 4G8MA 1NNPA 4DXCA 1HSEA 3H06B 4FIMA 5B7DA 2Y7WA 1MM7A 4BDNA 4QFNA 3PPRA 3OO7A 5I2KA 1B9JA 1AMFA 2Q2CA 2Z8FA 1USYE 4DDDA 1B40A 5EHSA 2OBGA 2I3VA 1SD3A 5FHNA 2VD3A 2DYXA 1VFEA 4E0XA 4NF5A 3E9XA 1SI1A 2F5XA 2R6GE 3H4ZA 4JWYA 2VHAA 4KFQA 1Q1KA 4RPOA 4G2ZA 1SW1A 4BDQA 3R7XA 3TEPA 1MXVA 1B46A 5KCJB 3PUXE 1JW1A 3TFLA 4QF9A 4OQOA 1MY1A 2Y7PA 2P2AA 2UVJA 2HAUA 5IAIA 2I48A 3IL1B 2Z23A 3SEXA 1Y1ZA 3ZSFA 3P7IA 3V89B 2Q88A 5ICQA 2F78A 4GL8A 4Q30B 5LOMA 2X26A 5HM4B 1YPNA 4LZ7A 1URDA 4NF6A 3VE1B 2AIXA 4F1YA 4Z0IA 4THIA 1JEVA 4KI0E 1B58A 4GLIA 4DE8A 5KZTA 4WEPA 2Y7KA 4RYAA 5TU0A 4R9FA 2LAOA 4XTCQ 2P1SA 1B52A 4QFKA 3EHTA 4OEVA 2Y84A 2R71A 5ITPA 3K00A 4POXA 3Q27A 1H43A 1UIUA 5AA1A 2ESNA 2XD3A 3E3KA 3VV5A 3BFUA 4XKNA 4GOTA 1D3KA 3D4GA 4IO4A 1OMPA 3IR1A 4QSCA 3H6VA 3AXFA 2QMWA 1UTHB 3QUJA 1PB7A 4NF8B 3QUFA 4X1BA 1DPPA 4YICA 5M2VA 2E0SA 3K2DA 1F9BA 3TQLA 2H9BA 5AA2B 1MH3A 4IO6A 2ONRA 4DXBA 4F2QA 3N6TA 3B7DA 1JVXA 3OMBA 1B3HA 4ZEIA 4I1DA 3PD9A 1AH5A 1I6AA 1B5JA 2Q8JA 3KN3A 1IXHA 5CMCA 5JK4A 2PVUA 3UK4A 4OFOA 1N3XA 2IEEA 1LB8A 4IO2A 3GBBA 1LFIA 4QSEA 2DS9A 1SDXA 1A99A 3HHFA 2XXXA 1QJMA 1POY1 4U4SA 5ISUA 4DZ1A 2XD2A 1LFHA 1P1WA 1LAHE 3ECRA 4C0RA 2B3BA 1R9QA 1URSA 4NF5B 1N3WA 3W15C 3SERA 2DQVA 1D9VA 3BKIB 3SESA 2PBWA 3U93A 2O68A 5I58A 4EF1A 3R6UA 1GGGA 2Z22A 1B7ZA 4G8NA 5F1QA 1MXXA 1B4HA 3IORA 1M5EA 1MQIA 2I0BA 1OIBA 4YAHX 2O51A 3MQ9A 5CMKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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