2P0SA

Structural genomics, the crystal structure of a putative abc transporter domain from porphyromonas gingivalis w83
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
136
structure length
130
Chain Sequence
DMKTIAIADRTGEYEQLFKENDEFRFVHAEKTAEEYRKMGADKSGIDAVLEIRQDLLEDPNAVAIYGYKQLPASVSNHISRILSDYLSDKKIASYNIPDIKQILADSKIELSVHTYKWSETSGELASGIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of a putative ABC transporter domain from Porphyromonas gingivalis W83
rcsb
molecule keywords ABC transporter, permease protein, putative
molecule tags Transport protein
source organism Porphyromonas gingivalis
total genus 31
structure length 130
sequence length 136
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p0sA01
3CR9A 2DE4A 4DDDA 1B9JA 4GWOA 3SEWA 1BP5A 3ZSFA 3H6WA 3CRBA 2HEUA 3K6VA 3W9VA 4LVQA 3U1OA 2O6AA 3OO8A 3CG1A 3E4RA 4ZEKA 3ONMA 3LSFB 4JXIA 3MWBA 2OWTA 1B5HA 4GXSB 4NEDA 4GVOA 4P11A 2LAOA 1NNTA 1TT1A 4BDMA 4F2QA 1P1OA 1JETA 1LFGA 1FTJA 2ZYKA 5L8DA 3N94A 3H6VA 1D3KA 2G93A 4G2ZA 1ZIUA 2QL3A 1QULA 3PMWA 2XXVA 2P2AA 3K6XA 2DWAA 3C4MA 3MP1A 2XXQA 3T9UA 4L17A 2Y7KA 1URGA 4H8JA 4ISUA 1BLFA 1MXXA 4H1XA 5KDTA 1NMUA 3H7MA 3MUQA 3L6HA 4H5GA 3N6UA 3RT8A 4MFIA 5FHOA 4YB7A 4NMYA 2GHBA 4PFYA 1AMFA 4QHQA 1GGGA 3FV2A 2I4CA 4NF6A 3TTLA 1HSJA 2IEEA 1OLAA 3LUYA 4HTGA 4JWXA 3FXUA 1GVCA 2IA4A 1R9LA 3SKPA 4XXUA 1SW4A 3RT6B 3TZAA 4FECA 3VLUA 4LZ5A 3O9PA 1XOCA 4O3CA 3KJTA 2V3UA 3M3KA 3E13X 4OEVA 2B65A 3QUFA 4QF9A 3S9MC 2H9BA 5ELVA 2RKMA 3PUYE 1SI0A 1KWHA 1VSOA 5DVIA 2HZLA 4RPOA 5EHSA 1QUIA 3S9NC 4FJPA 1LAFE 1II5A 5AA4B 1SDXA 5I2NA 1MY4A 2Y7RA 4YMBA 4PETA 2F34A 1P1UA 1CE2A 4X1BA 4OTEA 1LFHA 1MQHA 5DVFA 3PV0E 4I1DA 3Q26A 3S9LC 4IY5A 5B7DA 5ISUA 3VLVA 1OQGA 1UQWA 2E0SA 1AL3A 4R2BA 3SERA 1N76A 4F22A 1D9YA 3JYRA 5B70A 3V8XB 1D4NA 4XKPA 4RJZA 3FUZA 3HHGA 3FATA 2A5TB 4YB6A 4U23A 2B3FA 2CMOA 1M5BA 4XKRA 1MQGA 3PD9A 5I57B 2D5WA 5ITOA 2QS1A 2RCAA 2V84A 3A09A 2UVGA 2RINA 5HM4B 3OELA 5H8QA 1N7WA 5L9MA 1H45A 1M5DA 3T22A 3ZKLA 3HN0A 4KYSA 3KZGA 4F3PA 1N7XA 2NOOA 4H0WA 2ANJA 4LA9A 3O2AA 3OEMA 5KZTA 2Q2CA 3CSGA 3CI8A 1ZLQA 3TQWA 2Z22A 4RA1A 4HCWA 1Y3PA 3LR1A 4F2OA 1B3LA 3MJNA 4DCYA 1I69A 2F7BA 4UA8A 1JNFA 1MPDA 2XXIA 4ZE8A 3G3IA 1BIYA 4LP2B 3PPQA 3TUSA 2PMSA 3MW0A 4H8IA 1SW5A 4KR5A 4IB2A 3LSLA 4F3SA 1WVJA 1JVYA 2FA7A 4LZ8A 1MPBA 1XVYA 4F3BA 3MVXA 3H03A 4KFQA 3H6TA 3M3FA 3Q28A 2PX1A 2RC8A 2Z8EA 3KN7A 2B3BA 3KOTA 5KCJB 4DXUA 3QAXA 2Q9TA 3V83A 5A5XA 1YPNA 2OWSA 3H06B 3T93B 5ICTA 4PFTA 1MY0A 3PMVA 4QSCA 4U22A 1NNKA 2QS4A 4ONYA 1POY1 1Y20A 2XXWA 1S7YA 4OVJA 1A55A 3T9XB 3U8QA 1IEJA 5AA3A 1VFDA 1MH3A 1EZPA 3RUMA 3LSWA 4E0WA 2A5TA 1QVSA 3IO4A 3W15C 3EF7A 1XVXA 1IXGA 1Y3NA 1FQCA 4FORA 5I2KB 5I57A 4O3AA 1GV8A 1R9QA 1A7LA 3UK4A 3MAMA 2M8CA 1MY3A 5CI5A 4GL8A 2A5SA 3BKIB 4AB6A 2VGQA 2H5YA 3PUZE 4POWA 2ZMBA 1N0TA 1BTJA 1FW0A 4YB5A 3OO9A 3SEVA 2ZYOA 4OFLA 4ELOA 1B4HA 3OO7A 4PFWA 1URSA 3QIMA 4FEDA 4LQ5A 3C9HA 1US5A 1P1NA 4KHZE 4EXLA 3RPWA 2NUVA 1MM6A 2HCAA 4I62A 5EHMA 4U4XA 2QS2A 2R9JA 3OO6A 3IORA 1MH4A 3FVNA 1BKAA 4OMBA 4H6DA 4EXKA 2QPQA 4YMAA 1MXUA 1B3GA 5JTYB 3RTWB 1SVXB 3G3HA 1SBPA 3HCQA 4O3BA 2I58A 2ZNUA 3O6GA 1LFIA 2Q8JA 3RY3A 3A3UA 1IITA 4PE5B 4EUOA 1Y1MA 3I6VA 5I58A 4RNSA 4R74A 1QUJA 4TOZA 4JDFA 5HPQA 4GF8A 1D9VA 4N6PA 5L9SA 1B7ZA 3IO6A 3Q29A 2QS3A 3C33A 4GLIA 2PT1A 3VE1B 4MBPA 4KYEA 3EN3A 2XHDA 1JW4A 2DWHA 1NKXA 2DQVA 4OHNA 3BFUA 5TP9B 5JEIA 1MQJA 3IK6B 5CMKA 2UYEA 1B52A 3R7XA 3IOVA 5CBRA 4ELPA 1ZKBA 2X7QA 5H8HB 3KOSA 3O66A 2H99A 3T9VA 3T96B 4Q5TA 1DSNA 4R6KA 3TTKA 4YAHX 3PUXE 5FHNA 4HW8A 2I49A 4AQ4A 2GHAA 2O51A 3E3KA 4GOTA 3O29A 3ILTB 5ITPA 5AA2D 4NE4A 1AIVA 4R6HA 1DPEA 3SESA 3G3JA 1B0HA 3IB1A 1JEUA 4QSEA 1PB7A 3F11A 3TAJA 2HAVA 5TPAB 3H3GA 1TWYA 3TFLA 1QJMA 4YZZA 4G68C 4Q8RA 2R6GE 3Q25A 1B05A 4R75A 2ONSA 1L5TA 3EQ1A 4YKKA 3IR1A 5FTIA 1Y4TA 4GL0A 2Z8FA 4G68B 2Q88A 1A8EA 3ECRA 2X7PA 1DOTA 2V3QA 4X1DA 1MG1A 1POTA 4DXCA 1SW2A 3ZKKA 3EHSA 4MF3A 3CIJA 2DVCA 3K6UA 1USYH 2O1MA 1VR5A 3IOTA 4RXLA 3N26A 3K02A 2XXXA 4ELRA 3U72A 3B6QA 2HXWA 1PDAA 1AOVA 1MDP1 1OIBA 1O64A 3OENA 4RPNA 2VHAA 1SI1A 2F6PA 3KG2A 1YTVA 4OERA 1A8FA 1UTHA 4R9GA 5CMBA 2ALUA 2DYXA 4JWOA 1ANFA 1PBQA 4F18A 1Z7ME 5TP9A 5AA2B 3KN3A 3O28A 1MXVA 1ZBMA 2ONRA 3GLBA 3H4ZA 2VOZA 4OQOA 3ODBA 4IO6A 2I3WA 5H8HA 1B7UA 4F19A 3RTFB 1Y3QA 4JB7A 3TCFA 2OK2A 1JVXA 2I3VA 1QW0A 3QUJA 1LAHE 1OVBA 3MZBA 4R73A 1MQDA 2KLFA 2R71A 4C1TA 4G8MA 3VFJA 4UACA 3SDFA 4QFLA 1UTBB 1B51A 2G29A 4F29A 3KJ7A 3T9HB 4G8NA 4EQBA 1RYOA 5JK4A 1FTMA 1FQBA 3C35A 4OFJA 3VLWA 1EH3A 3TTMA 3IB2A 1M5EA 1XT8A 3MVWA 3QK6A 3FJ7A 3FIRA 4DCXA 4JBZA 3EHTA 2I0CA 1P1WA 3CFLA 3K6WA 4BLAA 3V5AA 2XX9A 4GD5A 4FATA 4G68A 1MY1A 5K2XA 2Z23A 3KN8A 3ZS6A 2NVUB 3JV9A 3IJOB 4ZE9A 4M1VA 4FAJA 4QFOA 5CC2A 3PPPA 1B1HA 3C34A 1T0KA 4Z0IA 4YKJA 3L6GA 4F1VA 4NWDA 2F97A 3OMBA 3SEYA 3UGWA 3PMXA 3FJGA 3HPIA 1B5IA 3RQTA 1B46A 1ELJA 4KD5A 2O7IA 3LC8A 2NXOA 4TLMB 3TEPA 2OCUA 2RC9A 2F35A 4F39A 1NFTA 4WEDA 1URDA 3OEKA 4PQJA 4ECFA 4OETA 4GRKA 1GTKA 5AA2A 1JQFA 5AA4A 5H8NB 5I56B 4IO2A 2THIA 1ATGA 1UIVA 3VVEA 5IKBA 3U93A 3MVZA 3N5LA 4GQOA 4KCCA 4ZZAA 2HZKA 3PPNA 3HSTA 4HS7A 1F9BA 3D4CA 2REGA 3RGYA 2O68A 4DE8A 2I6EA 2REJA 4KPTA 1WODA 1UTBA 1B6HA 3GXAA 4MLQA 4IO3A 4IO5A 3K4UA 4GXAA 1MY2A 2XX8A 4QFPA 1MXYA 3KGCA 4E0XA 4MH5A 1A54A 4EDPA 2V93A 1N3WA 3D4GA 1WDNA 2UXAA 1IZ1A 2P1SA 3U92A 1YCJA 4GFRA 1OQHA 3CFXA 4FE8A 4QRZA 2F78A 2AL5A 4ESWA 2GFEA 2XXHA 1M5CA 2F8DA 4YICA 5CMCA 1LCFA 2ZXTA 4Z7EA 2AYSA 3DP4A 1TFDA 3FXQA 2WKYA 1S9TA 2QMXA 4U21A 3M8UA 5EYFA 4U4SA 3K00A 4JSDA 3B6TA 3E9XA 2GRVA 2RF1A 4NF8B 2ABHA 2PYYA 4I8CA 1SYIA 4C1UA 1MXWA 3G3FA 1FCKA 1SQYA 4THIA 5BUUA 1MM7A 2CZLA 3TKDA 1XHYA 3V89B 3UA8A 4BDOA 3VXCA 2W7YA 2YJPA 1VFEA 2Y7PA 4ND9A 4FEBA 1EU8A 3PPRA 1B3FA 3KBRA 5CRYA 4EF2A 1B5JA 2BJJX 5H8FB 3CG3A 5KCJA 1DTGA 1JEVA 2O1LA 4NF6B 1P1QA 2DXRA 1QKAA 3PD8A 1Y1ZA 5I56A 3FV1A 3P7IA 4G4PA 2ESNA 1MRPA 5FHMA 3DP6A 3IJXB 1Q35A 4N13A 4I9DA 2XX7A 1B4ZA 3B6WA 5IAIA 3S9EA 1TFAA 3K01A 1O7TA 3S4UA 4QSDA 5DYHA 1B3HA 3C31A 3MZ1A 1XS5A 2F36A 1FQFA 1B0LA 5I2KA 2UVIA 3OXNA 5I2NB 4N07A 4NTLA 4LONB 1XC1A 3VVFA 5K2YA 5J1DA 4KQPA 4ZEDA 4OENA 1HSLA 2Y7WA 2V3TA 1H43A 5F7VA 4R9FA 3TQLA 1R1NA 5LOMA 3DELB 3PUWE 4OXVA 2GH9A 2HFBA 2O69A 4BDNA 2AIXA 3DLNA 3EPEA 4BDLA 1LGBC 1EZOA 4WXJA 4H65A 4OYVA 4TLLB 2F7CA 5DEXB 2D3IA 2HAUA 1B1XA 2OBGA 4DLDA 2F6GA 2DXYA 4IGTA 4KI0E 4XKQA 5L9OA 1I6QA 4QFNA 1NH7A 2Z8DA 3B7DA 3TTNA 1PEBA 1ZMGA 3PU5A 4ZEBA 5CMMA 2DOJA 1B40A 1PB9A 4NF8A 3SETA 1N84A 1B3EA 1MPCA 1DTZA 5DVJA 1AH5A 3CVGA 1B32A 5JTYA 5H8QB 4ZECA 1IXHA 3K1MA 4P0GA 4POXA 3UIFA 1ZTYA 4G77A 2UYFA 4U2RA 3TELA 2HQ0A 4Q30B 1US4A 4C0RA 4M4GA 2RCBA 1HSEA 1OVTA 1EZ9A 4XKNA 2YPNA 3S2VA 4WEPA 5H8FA 3FASA 1H76A 1LB8A 3BBRA 3IOWA 2XD2A 5CM6A 4IY6A 1QKBA 4MLVA 3ILUB 3O6HA 5I59B 3N6TA 4WKMA 3PPOA 2H4IA 3G3GA 1NL5A 3GBBA 2UVHA 1P99A 3TPAA 4DZ1A 2XD3A 2AL4A 4BDQA 3G7WA 4QFKA 2V25A 3VVDA 3THIA 4G8HA 2QRYA 1Z7NE 2P0SA 3TDJA 3LBSA 3U94A 3CFZA 1FTKA 1FTLA 3MPLA 3K1PA 2DWJA 3O97A 2ZYMA 1PB8A 4ZEIA 4NWCA 1VE4A 5A5XB 3G3KA 3IAZA 4YKIA 5I84A 4ZS9A 3DP8A 4AB5A 3GBAA 4HCYA 1FQEA 3VV5A 2Y84A 5TU0A 3MP8A 3WAFA 5TPAA 1FQAA 1H44A 5DEXA 1CB6A 5M2VA 1DMBA 4U1ZA 3TYHA 2VD2A 2ZYNA 4OFOA 2DE2A 2I4BA 3WAEA 3A3CA 2XXYA 2DVZA 1B7HA 3MQ9A 4NF5B 2D21A 3QSLA 1IUDA 2FNCA 3SEXA 1LAXA 2F5XA 5FTHA 3VXBA 3FVGA 3RLFE 3DM0A 2DP8A 2DS9A 3JZJA 3FZVA 1LLSA 1NH8A 4U1OA 4IO7A 5F1QA 4F1UA 3KEIA 4H67A 4BDRA 1MDQA 2FYIA 3H6UA 4DIGA 3K2DA 4JWYA 4EQ7A 1M5FA 3VDFA 4F1YA 1MQIA 1FQDA 4YU0A 1S50A 3UORA 3HV1A 3MBPA 3T66A 1OMPA 1DPPA 4P0IA 3OSQA 2DE3A 2DSFA 1MS7A 4IO4A 3MZ9A 1R6ZA 1J1NA 5I59A 1LAGE 1MXZA 1USYE 2DWIA 3KSJA 4LQ2A 1QUKA 4F31B 4F3GA 3UP9A 4OEUA 1LCTA 2VD3A 3SEUA 4R6YA 5ICQA 3OD7A 1O63A 4XTCQ 1LBCA 3EHUA 1PC3A 1B2HA 2I0BA 3LSXA 4ESXA 4KYDA 3UN6A 5HBCA 4OWDA 2O84X 4JSOA 5I58B 2QMWA 3I5OA 3BFTA 2O7UA 2QJEA 4K3FA 1JW5A 1N3XA 4PP0A 3GZGA 1SD3A 4XIGQ 3FGSA 3R6UA 1PBPA 4NF4B 3Q27A 1Q1KA 3I3VA 4R2FA 3K0VA 3FVKA 3MPKA 1IXIA 2ZNTA 1NNPA 4LUBA 1FTOA 2PBWA 3PGFA 1RYXA 4DXBA 2QSXA 4PFUA 3TCGA 2ZNSA 3FJMA 2PT2A 4IGRA 3MC2A 1TXFA 4LATA 5BWJA 3KSXA 1IIWA 4OESA 2H98A 2XXPA 1N04A 3QXMA 3C32A 3OSRA 1LB9A 4NF5A 3CSBA 1YAEA 2Q2AA 4FIMA 5AA1A 1Y9UA 1NNFA 2E1SA 3HO7A 3FD3A 3OOAA 4X48A 3RN8A 2Q89A 3USDA 1SW1A 4OZ9A 3KFMA 4Q0CA 3RNNA 3IOUA 4KCDA 4R72A 1UIUA 3TMGA 5H8SA 3IX1A 2I48A 4TQUQ 2XXTA 2XXUA 3IB0A 1LBBA 3C36A 2OLBA 3FVOA 3M3LA 3PUVE 4RYAA 1H3DA 1A99A 5AE4A 5KDTB 3IL1B 1ZU0A 2OZZA 5CBSA 1IQ7A 4H5FA 2UVJA 1I6BA 2XXRA 4YKPA 3K1NA 4RK2A 3R26A 5DT6A 2NWJA 2F7AA 4EF1A 2OJTA 5H8NA 3AXFA 3MVYA 1B58A 2VP1A 4ZEFA 3HHFA 3W9WA 2PVUA 4RY1A 4LZ7A 4RK9A 2H25A 1ZJLA 2X26A 3TTRA 3TODA 1RKMA 3FXRA 1LSTA 3QYTA 4ZZEA 3TCHA 1GR2A 1Y4CA 1JW1A 4ZDMA 1OLCA 4NF4A 1UTHB 3MP6A 4EQ9A 4GIZA 1I6AA 2ONKE 5DTBA 2YLNA 2RC7A 1SYHA 1IXCA 3O6IA 2Y7IA 1A40A 4ELQA 4X9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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