2P1SA

Crystal structure of the c-terminal lobe of bovine lactoferrin complexed with o-alpha-d-glucopyranosyl-(1 3)-alpha-d-fructofuranosyl- (2 1)- alpha-d-glucopyranoside at 1.93 a resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the C-terminal lobe of bovine lactoferrin complexed with O-alpha-D-Glucopyranosyl-(1 3)-alpha-D-fructofuranosyl-(2 1)-alpha-D-glucopyranoside at 1.93 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 113
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p1sA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2p1sA02
3O97A 3O9PA 3BFUA 5HBCA 4ND9A 3RLFE 3Q28A 4OFOA 3MZ9A 3MC2A 3IR1A 4OESA 4KYEA 3MP6A 1ZLQA 4H5GA 4R6KA 1TFDA 3C36A 1LAXA 4LA9A 3K6VA 3FXQA 1SW5A 1B4ZA 2ZYKA 4MLQA 4I62A 2GHAA 4QSDA 4GLIA 2UVGA 2Q89A 1FTKA 1WVJA 1MH3A 4IO5A 4O3BA 1AMFA 3FVOA 2I4BA 1B0HA 1FW0A 3IB0A 2Y7PA 1HSJA 1SW1A 5L9MA 4P0GA 5CRYA 1JVXA 2I48A 1MM7A 1FQFA 1ZJLA 4R75A 1VSOA 2DWAA 2PVUA 4H1XA 1I6AA 3K6WA 3BBRA 1HSLA 5KDTA 3FVNA 1URGA 1ZBMA 2RCAA 3K0VA 1BIYA 1EZOA 1B3LA 1US4A 1S7YA 4TLLB 4IO4A 3RT8A 4NE4A 2D3IA 3GBAA 3KN8A 5EHMA 2O68A 4HCYA 1N04A 5CBRA 2O7IA 3ZS6A 3MJNA 4Q5TA 3USDA 2AIXA 3VLWA 4OMBA 5CMMA 1N0TA 4R6HA 1B58A 2G93A 2F7BA 5JTYB 4NF6B 3K00A 4GWOA 2VD2A 1KWHA 1N7XA 4U1ZA 1SW4A 2OLBA 3KJ7A 3L6HA 4F3GA 2YJPA 1BP5A 3QAXA 1JW5A 3FD3A 5TP9B 3IK6B 5H8FA 4LATA 2E1SA 1H76A 3KSJA 1B1HA 3O6GA 5H8HB 1QJMA 5A5XA 2YPNA 2DP8A 1OQGA 4EF1A 1Y4TA 1SYIA 1IQ7A 4PQJA 2AYSA 1D9VA 3H6UA 3PU5A 4X9TA 3U92A 1P1QA 1D9YA 4ZEBA 4JWXA 2HEUA 3E3KA 4GXAA 2AL5A 3QK6A 3OO7A 5AA2B 1BKAA 3A3CA 3VXBA 1XOCA 1I69A 4DDDA 3CFLA 3M3KA 1ANFA 4G77A 3JV9A 5I56A 2FA7A 3K01A 3LC8A 1EU8A 1OLCA 4E0WA 1MXXA 5H8QB 3B7DA 1M5BA 4R2FA 4X48A 4RK9A 2QL3A 4PFYA 3V5AA 1LFIA 5F7VA 4UA8A 1UTBB 2OK2A 4ELRA 1UTHB 4H8JA 4U1OA 3S9MC 3KG2A 2F7CA 5ELVA 3OSRA 2XXYA 2XXIA 2ABHA 3TTLA 3K4UA 5AE4A 4EXLA 2B3FA 3PGFA 4FEBA 4RPOA 3RY3A 3TODA 2NVUB 3C34A 3N94A 3CFZA 3Q29A 4WKMA 3U72A 3PMVA 3FUZA 1JVYA 3G7WA 3VLVA 2XD2A 1MY2A 2DVCA 1LBCA 2F97A 4F19A 1JNFA 5B7DA 2Z8DA 5EYFA 4OZ9A 4H65A 2R6GE 1RYOA 5H8NB 2XXRA 4U21A 3D4GA 4HS7A 2UXAA 3IL1B 3VXCA 2W7YA 4BLAA 3FASA 3TQLA 1Y1MA 3ZSFA 3C35A 3G3FA 2UYFA 3IJOB 3OO6A 4G8NA 1IXIA 1ZIUA 2RCBA 3ILTB 4U22A 5M2VA 5AA4B 4QHQA 4QSEA 3QSLA 3HHFA 2O51A 2O84X 1B5JA 2I4CA 2HQ0A 4EQ7A 4JSOA 3A09A 4F18A 4YMBA 3T9XB 2ZNTA 3EHSA 1OLAA 4YICA 3MQ9A 3PUYE 3O66A 5LOMA 3LSFB 3V83A 3T22A 5FHOA 3HPIA 3SERA 3ODBA 3EF7A 3TZAA 4DE8A 2LAOA 3FJ7A 5JEIA 3C4MA 4EQBA 2HAUA 4NF4A 3UGWA 2PX1A 4LQ5A 5TU0A 2OWSA 4IO6A 5EHSA 1P1NA 1TFAA 1II5A 4DCXA 4OEUA 2ZYNA 3TCGA 1ZMGA 2O1MA 2O6AA 4JSDA 5TPAB 1Q35A 4P0IA 1PB8A 4RA1A 4C1UA 4C0RA 3I6VA 4R9GA 3RT6B 4BDMA 5I2NB 5IAIA 1MDQA 4RY1A 3OO9A 1MQJA 5DVJA 4YKPA 3SKPA 3PUXE 3H6VA 4GXSB 5CMBA 4H8IA 2XXXA 1URSA 2GHBA 4XXUA 1IEJA 3UA8A 1MRPA 3SDFA 4LUBA 1XVXA 3LSWA 4HW8A 4QFNA 4ELQA 3TYHA 1ELJA 3FXRA 2DWIA 3IX1A 3O6IA 2Q9TA 2Q2AA 3T93B 4OWDA 3K1NA 1Z7NE 4EXKA 4ESWA 4QFPA 5AA2D 2QS1A 4IY5A 4LZ7A 4EDPA 1B7HA 2X7QA 3UN6A 1LAGE 4G68A 4O3CA 2NWJA 3UIFA 3KOSA 3VVDA 3DLNA 2XXQA 3IORA 3RTWB 4L17A 4F1UA 2GFEA 1F9BA 1AOVA 2B3BA 3QIMA 4BDRA 1NNKA 1XC1A 3ONMA 3G3IA 4ZEDA 1MPBA 2OBGA 2UVHA 3G3JA 4H67A 2X7PA 1IITA 1LBBA 3T96B 5I57A 1USYE 3EHUA 2IA4A 4LZ5A 1CE2A 3C9HA 1R9LA 2QJEA 3VV5A 4YKJA 3MP8A 2I3VA 1FTLA 1JQFA 1POY1 3FV2A 4ZE9A 3R6UA 2OJTA 5ITOA 1T0KA 4U4SA 1LCTA 1MY4A 2H25A 3EQ1A 3RGYA 1IXHA 3M3FA 4GF8A 1US5A 3M3LA 1DPPA 1B52A 1MQDA 1XT8A 3SEWA 2ZYMA 4KR5A 3EPEA 3F11A 4X1DA 1B5IA 2G29A 3LBSA 4NF4B 2PT1A 1JW4A 4OFJA 4FEDA 3TFLA 5CC2A 1OVTA 1PB7A 2FYIA 4NTLA 2RC8A 3VLUA 1AL3A 1Y9UA 3D4CA 4POXA 2F8DA 1TT1A 3C32A 5I59B 1B46A 4QFKA 4DXUA 3O28A 3TUSA 2FNCA 4MFIA 1LGBC 1GV8A 3R7XA 4IO7A 1LCFA 1GGGA 3QYTA 3SESA 1NNTA 3MVWA 4DXBA 1PEBA 2XXWA 3P7IA 5ITPA 1FCKA 4F3BA 3KJTA 1A99A 5K2YA 3UP9A 1PBQA 4KPTA 3RNNA 4F3PA 4EF2A 3HSTA 3HV1A 1MG1A 3MW0A 1FQDA 1MY3A 4NF5B 4Z7EA 3I3VA 4EUOA 3RQTA 1MXVA 4FECA 5I58A 3IOUA 3HN0A 3N6UA 3U8QA 1LLSA 1H44A 4OENA 1OMPA 4ZDMA 4AB5A 1D4NA 4KYSA 5KCJA 3MUQA 3Q27A 3E4RA 1QUJA 3VFJA 3PPQA 2QSXA 2F34A 5DT6A 1YCJA 1LAHE 3S9EA 3QUFA 3HHGA 2PMSA 4XTCQ 4G8MA 3W9VA 5CMKA 5I2KA 1A8EA 3H06B 4PFWA 3MVYA 2VP1A 4KI0E 3O29A 1Y3QA 4QFOA 1FQEA 1Z7ME 3Q25A 2I0BA 3K1PA 1OVBA 2H9BA 2ONKE 5I84A 1JEVA 1R9QA 4MLVA 4ESXA 4P11A 3OENA 3IJXB 3N6TA 2THIA 4RK2A 4Q8RA 5BWJA 4BDOA 1FQCA 2YLNA 4FAJA 3FIRA 2DSFA 4GIZA 1CB6A 4WEPA 3TTRA 1VR5A 1MPDA 2OCUA 4ISUA 1UIVA 3CI8A 3HO7A 4H6DA 2DXYA 1AH5A 1O63A 3H6WA 1QULA 1B7UA 4NEDA 2XX8A 4NF8A 3GZGA 3KGCA 3EN3A 4LQ2A 3SEVA 3K2DA 2V3QA 1J1NA 2V3TA 1NMUA 3W15C 1Q1KA 1LFGA 4F1VA 1B40A 1QW0A 2P2AA 1R1NA 4ELPA 2QS2A 5KDTB 1SQYA 3IOVA 5DEXA 4OETA 1M5EA 2Q88A 4ZZEA 4TLMB 2DE4A 4TOZA 3S4UA 4AQ4A 2F5XA 3BKIB 2Y7WA 2Y7IA 3OMBA 2A5TA 2P1SA 3VDFA 4F2OA 4PFTA 4FORA 2HZKA 5JK4A 2H4IA 3M8UA 1IXCA 1PC3A 1B3HA 4OERA 3KZGA 4JDFA 4EQ9A 1IUDA 3W9WA 2F35A 3KN3A 1RKMA 2D5WA 5CI5A 3FVGA 2I3WA 3FVKA 4G8HA 2V3UA 1NFTA 3CRBA 1AIVA 3FXUA 2UVJA 2UVIA 2F7AA 4Z0IA 1OIBA 4IB2A 3RN8A 4JBZA 1GR2A 3R26A 5CBSA 4OHNA 1M5FA 4I9DA 1MXYA 1L5TA 5H8FB 3OOAA 4ZS9A 2RINA 3FJGA 2PYYA 4KCDA 2F78A 2A5SA 4GL8A 3QUJA 5A5XB 3U1OA 4E0XA 2O1LA 2XX9A 1QUKA 1JETA 3K02A 1DMBA 2PT2A 3E9XA 3U94A 3LSLA 3KOTA 3FV1A 3T66A 1A40A 1FQAA 1B9JA 3CVGA 3FZVA 2O69A 3IO4A 1XVYA 2B65A 3IB1A 1LSTA 1NH8A 3VVEA 2NXOA 3WAFA 1HSEA 4LONB 1SI0A 4R2BA 1QKBA 1IXGA 2DE3A 1M5DA 1YAEA 4DLDA 3Q26A 4Q0CA 3OELA 3IOWA 1NKXA 4YKIA 3B6QA 5I56B 4QF9A 3PV0E 3S9LC 5CMCA 3MZBA 1DSNA 1Y3PA 2KLFA 1B3GA 1SVXB 1A8FA 5HPQA 1LB9A 3E13X 2H99A 2DYXA 1SI1A 1QUIA 3IB2A 1VFDA 3PUWE 1P99A 2DE2A 1B32A 3OXNA 3IO6A 4XKRA 4YB5A 4F22A 3TKDA 4KHZE 2HZLA 3CG1A 1B51A 4KFQA 4DZ1A 5KZTA 3PD8A 3L6GA 3JYRA 3CG3A 3MPKA 3SEXA 5H8SA 5FHMA 4OTEA 4JWYA 2BJJX 4YB6A 4ELOA 2VGQA 3LR1A 3FJMA 1MXWA 2F36A 4Q30B 1MS7A 4RPNA 2Y84A 1P1UA 4XKPA 3OSQA 2UYEA 5DVIA 3TMGA 3TPAA 5L9OA 1B4HA 1EZ9A 4IGRA 4R73A 2Z8FA 3T9HB 4N6PA 3HCQA 4BDNA 2I49A 1MM6A 5JTYA 1UIUA 4H0WA 2RKMA 1SD3A 2OZZA 2QMXA 4IO3A 1XS5A 3H6TA 3PUZE 5TP9A 3BFTA 3U93A 4POWA 2Z22A 1LB8A 1MQHA 4YMAA 3OEKA 1N3XA 2HCAA 5H8HA 5IKBA 1EZPA 3H03A 5K2XA 4M4GA 4R72A 2Q2CA 3MBPA 5AA1A 3GBBA 1FTJA 1BTJA 4PP0A 4KD5A 4G2ZA 1ATGA 1NNFA 4FIMA 1H43A 4YB7A 1TXFA 2H5YA 1SYHA 1B5HA 5AA2A 2WKYA 3DP8A 1RYXA 1POTA 2ZMBA 3TTKA 1M5CA 3VVFA 3CIJA 3MVZA 1GTKA 1BLFA 4OQOA 3SETA 3TTNA 5ICQA 1YPNA 3N5LA 2F6PA 5ISUA 1IZ1A 2DXRA 3PPOA 3CSGA 1N7WA 2ANJA 3LUYA 4IO2A 5H8QA 4DCYA 4OVJA 3TTMA 2DWHA 3RUMA 2ZNSA 1UTBA 1MY0A 1UTHA 1B05A 4JXIA 5DVFA 3DELB 3OO8A 4IY6A 1O64A 2DQVA 3S2VA 1FQBA 1SDXA 3MVXA 4DIGA 4XKQA 2XXPA 2DS9A 3TEPA 4MBPA 1NL5A 5FTIA 4I1DA 4QFLA 5L9SA 4F39A 2R71A 3UK4A 1MH4A 2PBWA 1MXUA 3DM0A 3O6HA 4F1YA 3RTFB 2I0CA 3IAZA 2ZNUA 4G68B 4RNSA 5DTBA 3DP4A 2DVZA 1PDAA 2QMWA 3AXFA 2ALUA 4JB7A 3PPRA 5H8NA 4F2QA 3MPLA 1D3KA 2O7UA 2V93A 4OFLA 2XHDA 1P1OA 1DTGA 4XIGQ 3TELA 4R74A 2E0SA 3TCHA 3PD9A 3PMWA 3MP1A 1B0LA 2GH9A 1B2HA 5I57B 4ZEIA 3B6WA 2VD3A 4N13A 3I5OA 4GOTA 3PPNA 2XD3A 2F6GA 1H45A 5AA4A 1IIWA 4GVOA 1FTMA 2NUVA 3FATA 4GL0A 1A54A 3B6TA 3QXMA 3EHTA 1PBPA 1TWYA 2OWTA 1MPCA 3KFMA 1MQIA 4BDLA 3KBRA 4IGTA 1P1WA 1XHYA 2HXWA 4LVQA 3A3UA 1MY1A 3T9UA 1FTOA 2VHAA 3CR9A 4F29A 1O7TA 3THIA 4HCWA 4GRKA 5FHNA 2CMOA 2VOZA 4YAHX 1N84A 4LP2B 1QVSA 3DP6A 2I58A 4KCCA 4RXLA 4G68C 4UACA 3MAMA 3KN7A 1B3FA 4QSCA 2AL4A 4RJZA 5TPAA 4WXJA 2QS4A 1H3DA 4C1TA 3CFXA 4PE5B 2NOOA 3GLBA 1QKAA 1MDP1 4BDQA 1LFHA 4TQUQ 2DWJA 4ZZAA 5I2NA 2QPQA 1R6ZA 2D21A 4NWDA 3WAEA 2P0SA 3S9NC 4U4XA 3ZKKA 2CZLA 4N07A 4ZEFA 4FATA 1B7ZA 4R6YA 1B3EA 1I6QA 4GD5A 4OXVA 1MQGA 5I58B 1B6HA 5BUUA 1NNPA 4NMYA 1GVCA 3MZ1A 1S9TA 2ESNA 5KCJB 4YU0A 5J1DA 3IOTA 1I6BA 4HTGA 1VE4A 3C31A 3K6UA 4LZ8A 1WDNA 3PUVE 2V84A 3VE1B 1JEUA 2REGA 1EH3A 3OEMA 4R9FA 3N26A 3G3HA 5I2KB 1USYH 4OYVA 4H5FA 4QRZA 4PETA 1SBPA 4U2RA 3RPWA 4ZECA 1MXZA 3SEUA 4ONYA 4F31B 2XXHA 3TDJA 4M1VA 5FTHA 4DXCA 3MWBA 2Y7RA 1A7LA 2Y7KA 3LSXA 1B1XA 1S50A 2XXVA 2V25A 4F3SA 2IEEA 1Y4CA 1SW2A 4AB6A 3OD7A 2HAVA 1OQHA 2M8CA 1JW1A 1DPEA 4PFUA 3V8XB 1UQWA 2XX7A 4JWOA 1Y3NA 3TAJA 4WEDA 5B70A 2ONRA 3T9VA 4NF8B 2XXUA 4YZZA 3H3GA 1ZU0A 2RC7A 4NWCA 4K3FA 5L8DA 2HFBA 2RF1A 4I8CA 4YKKA 5CM6A 4XKNA 1N76A 3JZJA 4U23A 3FGSA 1Y1ZA 5DEXB 2ZXTA 4FE8A 2X26A 3ILUB 2RC9A 3UORA 5I59A 2QRYA 2R9JA 4ZEKA 2ZYOA 3H7MA 4X1BA 3SEYA 3H4ZA 5F1QA 2XXTA 4RYAA 3ECRA 3O2AA 2A5TB 2REJA 2GRVA 2H98A 3TCFA 1DTZA 1PB9A 1DOTA 4MH5A 3KSXA 4ZE8A 1ZKBA 3PPPA 1NH7A 4GQOA 3K1MA 1URDA 2ONSA 4FJPA 4KQPA 1A55A 1Y20A 1VFEA 3PMXA 4MF3A 5DYHA 3TQWA 3GXAA 2I6EA 3G3GA 3K6XA 4KYDA 4NF5A 1N3WA 2DOJA 2Z8EA 1ZTYA 1LAFE 3G3KA 1YTVA 5ICTA 5HM4B 5AA3A 1WODA 3C33A 2QS3A 2Q8JA 4O3AA 3V89B 3ZKLA 2Z23A 4NF6A 3CSBA 4OEVA 4THIA 4GFRA 4ECFA 4G4PA 3KEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O97A 3O9PA 5ET8A 3BFUA 5HBCA 4ND9A 4O7IA 3RLFE 3Q28A 4OFOA 3MZ9A 3MC2A 3HFUA 3IR1A 4OESA 4KYEA 3MP6A 1ZLQA 4H5GA 4R6KA 1TFDA 3C36A 1LAXA 4LA9A 1FPLA 4HE1A 3K6VA 3FXQA 1SW5A 1B4ZA 2ZYKA 4MLQA 4GX6A 1LBWA 4I62A 2GHAA 4QSDA 4GLIA 2UVGA 1FBPA 2Q89A 3ROJA 4AS5A 2FIEA 1FTKA 1WVJA 1MH3A 4IO5A 4O3BA 1AMFA 3FVOA 2I4BA 1B0HA 1FW0A 1NI9A 3IB0A 2Y7PA 1HSJA 4MNPA 2OWZA 1SW1A 5L9MA 4PE3A 4P0GA 5CRYA 1JVXA 2I48A 1MM7A 1FQFA 1ZJLA 4R75A 3E79A 1VSOA 2DWAA 2PVUA 4H1XA 1I6AA 3K6WA 3BBRA 1HSLA 5KDTA 3FVNA 1URGA 1ZBMA 3FXBA 5IZ1A 3LUZA 4P9KA 2RCAA 3K0VA 1BIYA 1EZOA 1B3LA 1US4A 1EYJA 1IMFA 1S7YA 4TLLB 1NV6A 4IO4A 3RT8A 1AWBA 4NE4A 2D3IA 3GBAA 3KN8A 2CEXA 5EHMA 2O68A 2FBPA 4HCYA 1N04A 5CBRA 2O7IA 3ZS6A 3MJNA 4Q5TA 3USDA 2AIXA 3U65A 3KC1A 1FBDA 3VLWA 4OMBA 5CMMA 1N0TA 4R6HA 1B58A 2G93A 2F7BA 5JTYB 4MJOA 4NF6B 3K00A 4GWOA 2VD2A 1KWHA 1N7XA 4MIJA 4N6KA 4U1ZA 1SW4A 2OLBA 1FPBA 3KJ7A 3L6HA 4PF8A 4F3GA 2YJPA 1BP5A 3QAXA 4PDDA 1JW5A 3FD3A 5TP9B 3IK6B 5H8FA 4LATA 2E1SA 1H76A 3KSJA 1B1HA 1FRPA 3O6GA 4FBPA 5H8HB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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