2PMSA

Crystal structure of the complex of human lactoferrin n-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
RRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a Complex of Human Lactoferrin N-lobe with Pneumococcal Surface Protein A Provides Insight into Microbial Defense Mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal transport, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA02
4GRKA 5I2KB 4NWCA 3PMVA 4ZDMA 3DP6A 1B3EA 2VP1A 4PETA 5I57A 1H44A 4KI0E 4EQ7A 5L9SA 3FVNA 3S9EA 1PEBA 2GHAA 4KPTA 5AE4A 4TLMB 4RPNA 2OCUA 4PFTA 4E0WA 3H4ZA 2R71A 3G3KA 3D4CA 3LSXA 4OMBA 2WKYA 3TKDA 4KCCA 4OVJA 3CFXA 1ZBMA 1FQBA 3ODBA 2XX8A 4RK2A 2PX1A 4F31B 2DWAA 1JW1A 4G68C 1Y3NA 4OYVA 2I0BA 1IIWA 5B7DA 1MG1A 3IB0A 5J1DA 1DSNA 1OMPA 4OTEA 4ELPA 4YU0A 2A5TA 3CI8A 1AL3A 4HTGA 2YJPA 4GQOA 3O28A 4R2FA 2F7AA 5H8FA 2RKMA 4R9FA 3W15C 4KCDA 5EHMA 1YCJA 3OEKA 3TAJA 4IB2A 1N3WA 1XHYA 1MXXA 4U2RA 5KDTA 1LAXA 4ONYA 1H76A 3HHGA 3T66A 3IO4A 4OETA 3EHUA 1EU8A 5TP9A 3ECRA 1MQJA 5CM6A 3G3GA 5CMCA 1JNFA 4R6YA 1TXFA 1QW0A 1MXZA 4XIGQ 3SETA 4C1TA 1DMBA 2ZNSA 1MXVA 3TCGA 4ESWA 3O29A 4LQ2A 2ONKE 3OO8A 4F3SA 3MUQA 2O7UA 3KBRA 3IK6B 5B70A 3KZGA 5DVIA 4LP2B 1O64A 3BBRA 4EDPA 4KHZE 4POXA 1MPDA 1M5BA 1Q1KA 5JEIA 2Y7PA 1PBQA 3GBBA 3OO7A 4H0WA 3VV5A 1UIVA 4LZ8A 1H3DA 3PV0E 1IEJA 1LFIA 4DXCA 4M1VA 5I56B 3I5OA 1FQFA 2IEEA 2O68A 4NF5B 3IL1B 1ZIUA 1Y1MA 1PC3A 1UTBB 4XKRA 3QSLA 4O3CA 2RCAA 1MM7A 1R9LA 4OZ9A 3TCHA 5F7VA 4F1YA 2HAVA 1A55A 2VHAA 1B3GA 3OOAA 5H8HB 5JTYB 2YLNA 4ZEDA 2FNCA 3O97A 2D3IA 3TYHA 3W9VA 3VVFA 2HZLA 3EPEA 2Q8JA 4LONB 4GXAA 4JB7A 2QPQA 3O9PA 1LSTA 1UTHB 4OENA 4Z7EA 1B52A 2Y7WA 2Q89A 4QF9A 4PFWA 4F29A 3EF7A 3K00A 3R6UA 4QFLA 3TTRA 2BJJX 2QSXA 2QRYA 1FW0A 2DE2A 3K02A 3UN6A 4LA9A 3LSWA 3KN8A 1QKBA 3R7XA 3VFJA 3TQLA 2XXUA 4F1VA 3UGWA 3SEVA 3HSTA 2F34A 1M5EA 2Y7KA 2AL5A 2XD2A 4OESA 3K1PA 3M3LA 4G77A 3RUMA 3UP9A 3SERA 2F5XA 1UIUA 4TOZA 1DOTA 4R74A 1SW5A 1SW4A 2REGA 5JK4A 3JZJA 2ZMBA 3T9VA 5KCJA 3KEIA 3EHSA 4POWA 1PB9A 3OO9A 5I2KA 1NNFA 2O69A 3T9XB 3V83A 2H99A 2Q9TA 2B3FA 3LSLA 1LBBA 3MVZA 3ONMA 1QULA 3KFMA 1B46A 4R2BA 3CG3A 4I8CA 3TELA 3GBAA 4ZS9A 1B5IA 3QIMA 4AB5A 1GR2A 4IO3A 3KJ7A 4NF4B 4NF8B 4OHNA 1A8FA 3VDFA 2I48A 2AYSA 1IXCA 1JW5A 1D3KA 5KZTA 5CBRA 3G3JA 3H7MA 2HCAA 5I84A 3E9XA 1N84A 4U1ZA 1DPEA 2PVUA 3GZGA 5CMBA 2I3VA 2DWJA 2Y7RA 1R6ZA 2V3TA 3T9UA 3ILTB 4F2QA 4HCWA 2Z8EA 2XX7A 3S4UA 3SDFA 2OLBA 4G8MA 3PPRA 2V84A 4QSEA 1B32A 2DXYA 3RT8A 4I62A 2XHDA 1NH8A 2V3UA 2G29A 1P1UA 5AA3A 1II5A 2R9JA 3PMWA 2I3WA 1OVBA 4LUBA 4MLQA 3RLFE 3LC8A 2DXRA 2D21A 1MPBA 5AA2D 4U23A 2H9BA 4RNSA 3OEMA 1IUDA 2F7CA 2QS4A 1ZTYA 5DVJA 4JWYA 4BDNA 4ND9A 4FIMA 1JEUA 4ESXA 2GH9A 2XXVA 3TTNA 1B1XA 2DYXA 2B65A 5CI5A 1B3LA 2Y84A 4GLIA 4GFRA 3OELA 2E0SA 2XXHA 2ZYKA 3TMGA 1DTZA 2ZXTA 1SYIA 3PUZE 5F1QA 4BDOA 1PBPA 3LUYA 2O1MA 3TEPA 3PUYE 2F36A 4FECA 4RA1A 3IOWA 1ZU0A 3JV9A 2UXAA 3DELB 1P99A 3WAEA 4I1DA 3FGSA 4WEDA 3H6TA 4K3FA 2VD3A 4H67A 3WAFA 4IY6A 4YZZA 5IKBA 1R9QA 5I56A 1R1NA 3IO6A 3RT6B 4NF5A 5ICQA 1CE2A 1UTBA 4ECFA 2P2AA 1MDQA 4UA8A 5H8QB 4EF1A 4H8JA 1S7YA 4TLLB 3LSFB 5KCJB 1ELJA 1B05A 3T96B 1LB8A 2DVZA 3C31A 4ELQA 2UVIA 4NE4A 4QHQA 4DCYA 4JWOA 4F3GA 3U92A 3CR9A 4ZE8A 3M8UA 3I3VA 1H43A 3ZS6A 5H8HA 1VFDA 4OERA 5JTYA 3BFUA 3PGFA 3TTKA 4DIGA 1A54A 1ATGA 4E0XA 4O3AA 1QUKA 4F2OA 1JVXA 1B40A 5FTHA 3S2VA 3L6GA 1MY3A 3HV1A 3K1MA 4ZEFA 1P1QA 4FEDA 2V25A 1UTHA 1XOCA 4X1BA 5AA1A 2FYIA 4OFOA 1AOVA 2DE3A 1GTKA 4NTLA 4QFKA 2ONSA 1US4A 4JBZA 3ZKKA 3V8XB 2NVUB 5ITOA 2ABHA 4YICA 1O7TA 1LFHA 3K4UA 2NUVA 1D9YA 4OEVA 4G8HA 5I59A 2ZNTA 3GLBA 4PFUA 1VE4A 2KLFA 3KJTA 4U1OA 1XC1A 2DE4A 3DP4A 1SD3A 2VD2A 4QFNA 4F3PA 2AL4A 3RN8A 1ZLQA 4NMYA 3FASA 4GL0A 4IO4A 1M5FA 1MH3A 1XVXA 4R9GA 4NF4A 4NF8A 4IO2A 1IZ1A 2PBWA 3N6UA 1OVTA 4H5FA 3MVXA 5CMMA 1UQWA 5TPAB 1Z7ME 1WODA 4QFPA 5EYFA 3SKPA 3UIFA 1POTA 3O66A 5H8SA 4OQOA 4FAJA 1EZ9A 2RC9A 1JVYA 1FTJA 2XX9A 3PUXE 4G8NA 4IO6A 4JXIA 2DQVA 2I4BA 1TWYA 4DLDA 3MVYA 4Q30B 3OENA 2Z22A 4BDQA 3S9LC 3QUJA 1FTMA 1OIBA 1EH3A 3SEXA 1JEVA 3OO6A 4FE8A 3U94A 2F6GA 4JSDA 4X1DA 1MQGA 3C9HA 1PB8A 3FJMA 4KD5A 3P7IA 2O7IA 1MPCA 3VLUA 4DE8A 1S9TA 3MZ9A 4BDRA 4IGTA 3DLNA 1N3XA 3KSJA 3G3HA 3CSGA 1PDAA 3FVOA 3M3KA 4QSDA 4C1UA 3N26A 5IAIA 3MZ1A 3UA8A 4DCXA 1TT1A 2Z8FA 1AMFA 3KOTA 3MP1A 3PPPA 5HM4B 4GF8A 1SI1A 1LAGE 1GVCA 3PPNA 3KGCA 3EN3A 1LCFA 1L5TA 2W7YA 3MQ9A 1I6AA 2LAOA 2I58A 2PMSA 5L8DA 2ZYMA 3EQ1A 3N6TA 4G68B 1RYOA 1MDP1 1MS7A 1VFEA 2Q2AA 2X7QA 4H5GA 3VVEA 3IOVA 3HN0A 5LOMA 2ESNA 4EQ9A 1JQFA 4R72A 1B7UA 3MVWA 1MRPA 4PE5B 4N13A 1RYXA 2OJTA 3IORA 2P0SA 3CIJA 2G93A 5I59B 5L9OA 2HZKA 4JDFA 3THIA 4DDDA 2I49A 3H3GA 5ITPA 4YB7A 3PPOA 5H8QA 1AIVA 1B58A 1N04A 3TUSA 3O2AA 3IOTA 4PP0A 4XTCQ 3FV1A 5I58B 4LVQA 4H1XA 1MXWA 4OEUA 4ZE9A 2XXXA 3RNNA 3Q29A 4X9TA 2XXWA 5ELVA 1SI0A 1SYHA 4X48A 3T9HB 3QXMA 1IQ7A 4U22A 2X26A 2OWSA 1MQIA 2HFBA 1JW4A 3FJGA 4MFIA 1Y20A 5HPQA 3HHFA 3CFZA 3MJNA 5EHSA 2RC7A 1LAFE 1N76A 4IY5A 4P11A 4NEDA 4XKNA 2PYYA 4WKMA 4DZ1A 3A3UA 3PU5A 4ZZEA 2Q2CA 1KWHA 2H25A 3TTLA 3IB1A 2CMOA 4N6PA 4N07A 1PB7A 1XT8A 3K6UA 2HXWA 2ALUA 1B7HA 1TFAA 3N94A 1O63A 2NWJA 3PD8A 1ZKBA 3T93B 2RF1A 4WEPA 3U1OA 3I6VA 3E13X 1BLFA 4RYAA 2F6PA 3CVGA 3FVKA 2QJEA 5H8NB 3VE1B 4FORA 4GD5A 2E1SA 4KQPA 2O6AA 2D5WA 5AA2B 3GXAA 3PPQA 4BLAA 4Q5TA 2AIXA 3CSBA 4LZ7A 3G7WA 1AH5A 1B5HA 3USDA 1USYH 2Z23A 3MAMA 2Z8DA 3KN3A 3RGYA 3IR1A 3FZVA 2F8DA 4H6DA 2DWIA 3OD7A 4YB6A 1B4HA 2DWHA 4JWXA 1MQHA 1BTJA 1WVJA 5TPAA 1WDNA 4MLVA 2OZZA 3FXQA 2CZLA 2H98A 3K6WA 4YB5A 3ILUB 4IGRA 4EQBA 2I0CA 1Y3PA 2OWTA 3SEUA 1H45A 1LBCA 3B7DA 2I4CA 1N7WA 3M3FA 3C32A 2GHBA 3VLWA 3BFTA 1QUJA 3CG1A 4C0RA 4OWDA 5I2NB 3N5LA 4ZEKA 1ANFA 1NL5A 1IXIA 1NNTA 2I6EA 3A3CA 4XXUA 3LBSA 1P1WA 3FD3A 5TU0A 1F9BA 4NF6B 1D4NA 3OMBA 3VVDA 4P0IA 1FQDA 1M5DA 4KFQA 3BKIB 4EXLA 3SESA 4XKQA 4MBPA 4HCYA 2M8CA 2PT1A 3KSXA 2Y7IA 5BWJA 4F3BA 2DSFA 2R6GE 1I6BA 2Q88A 2VOZA 1OQGA 3H6VA 4OFLA 3O6GA 1QJMA 3H03A 1MM6A 3R26A 4ZEBA 5K2XA 5DT6A 3C33A 3IAZA 3S9MC 4G68A 1A8EA 1MY0A 3KG2A 1QVSA 3KN7A 4AB6A 4G2ZA 1BIYA 1NMUA 3E4RA 1I6QA 2HQ0A 4R6KA 3Q26A 1QKAA 3U72A 4UACA 4YAHX 1SBPA 5DEXA 1P1NA 3MP6A 3G3IA 1URGA 4KYSA 4BDMA 1LLSA 5K2YA 3RY3A 1Y4TA 1N7XA 1YTVA 2HAUA 4GOTA 3H06B 3F11A 3S9NC 1Y1ZA 1T0KA 1B4ZA 1Y3QA 1N0TA 3A09A 2REJA 3IJOB 4F19A 2ZNUA 5I58A 3JYRA 2F97A 4EF2A 3SEYA 1B1HA 3HCQA 2VGQA 1LFGA 4QSCA 4R6HA 1B0HA 3FVGA 3PUVE 3B6WA 1BP5A 2O1LA 3PMXA 3QUFA 3ZSFA 1FTOA 1SDXA 4GWOA 2DVCA 4EXKA 1IXGA 5AA4A 1P1OA 3FXRA 2RINA 5A5XB 3O6IA 3W9WA 4MF3A 3U93A 4RK9A 1GV8A 3K1NA 3IOUA 2YPNA 2GFEA 4R73A 1QUIA 3E3KA 1NFTA 4MH5A 3CRBA 1OLCA 3MZBA 4BDLA 3TFLA 4GVOA 3QYTA 3VLVA 1NNPA 5DTBA 5DYHA 3TDJA 1TFDA 4OFJA 1Y4CA 2XD3A 3UORA 2QL3A 2O51A 4ZEIA 4RPOA 3FV2A 2XXIA 2ONRA 1B51A 3HPIA 3UK4A 3QK6A 2X7PA 2P1SA 3RPWA 4JSOA 1MY4A 1VR5A 4IO7A 5H8NA 1SW2A 2XXPA 4U21A 1JETA 4ELOA 2DOJA 2V3QA 3C34A 5AA2A 3PUWE 1OLAA 1B3FA 4QFOA 3DP8A 3OSQA 3FUZA 1SQYA 4U4XA 3B6QA 1B9JA 4GIZA 3PD9A 4FEBA 1M5CA 5I57B 1YAEA 3K0VA 1MY1A 1MY2A 5ICTA 1Y9UA 4AQ4A 1MQDA 1URDA 1XVYA 2A5SA 2UVJA 1FCKA 3DM0A 4RJZA 2RC8A 1MH4A 3MWBA 2UYFA 1ZJLA 4THIA 3VXCA 1NKXA 4ZZAA 2OBGA 2F35A 2DP8A 3FXUA 4XKPA 4RY1A 3K01A 2ZYOA 5M2VA 3SEWA 1B5JA 1GGGA 2ANJA 3TPAA 4YMBA 4LATA 5DEXB 4KYEA 4F39A 4YKPA 2GRVA 2QS1A 4H65A 3AXFA 3OSRA 4LQ5A 2ZYNA 3RTWB 2A5TB 1XS5A 4H8IA 4Q0CA 3IB2A 1EZOA 3QAXA 5I2NA 3MW0A 5FHNA 1B7ZA 5H8FB 4P0GA 2HEUA 2F78A 4NF6A 1S50A 3Q27A 3IJXB 3C36A 5KDTB 4L17A 5HBCA 3TTMA 3LR1A 1NH7A 2O84X 4KYDA 1LGBC 3MBPA 3TQWA 5TP9B 3H6WA 1ZMGA 4TQUQ 1FTKA 1MXYA 1YPNA 4O3BA 3FATA 4PFYA 5FHOA 5AA4B 4G4PA 3L6HA 1J1NA 3ZKLA 3U8QA 3B6TA 1B0LA 2IA4A 4ISUA 1RKMA 2QMWA 3Q28A 3G3FA 3K6XA 3RQTA 3CFLA 1I69A 4LZ5A 5FTIA 2UVHA 4WXJA 5BUUA 3K6VA 1IITA 4NWDA 1Z7NE 1B6HA 2B3BA 1US5A 3MC2A 1LAHE 4HW8A 3TODA 1FTLA 4DXUA 3K2DA 3FIRA 2UVGA 5CMKA 5DVFA 1A40A 2QMXA 1HSLA 4Q8RA 2DS9A 3EHTA 1CB6A 1LB9A 1B3HA 3TZAA 1POY1 1LCTA 1A7LA 3C35A 5L9MA 4FATA 2NOOA 1SVXB 1HSJA 3MP8A 3RTFB 1USYE 4R75A 4DXBA 4F22A 1FQAA 3MPKA 3V89B 2XXTA 3MPLA 2PT2A 3H6UA 3KOSA 1BKAA 5CC2A 3FJ7A 1B2HA 1EZPA 3V5AA 4YKIA 2H4IA 3D4GA 4M4GA 5ISUA 3TCFA 1SW1A 1NNKA 1DPPA 3IX1A 2XXYA 1Q35A 2UYEA 5CRYA 5FHMA 4ZECA 2XXRA 1HSEA 5A5XA 3VXBA 2NXOA 4OXVA 3OXNA 4IO5A 1URSA 4F18A 4ELRA 4QRZA 2FA7A 2QS3A 2V93A 4RXLA 1OQHA 1A99A 4YMAA 3C4MA 1VSOA 3O6HA 3T22A 4YKKA 3Q25A 2F7BA 4GXSB 4PQJA 4HS7A 1MXUA 1DTGA 1D9VA 4YKJA 4F1UA 2RCBA 2XXQA 1IXHA 5CBSA 1FQEA 4U4SA 4FJPA 2H5YA 1FQCA 2QS2A 4KR5A 3HO7A 4I9DA 4EUOA 2OK2A 2THIA 4Z0IA 4GL8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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