2PX1A

Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin c-lobe with ribose at 2.5 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title crystal structure of the complex of bovine lactoferrin C-lobe with Ribose at 2.5 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A02
1AL3A 2DOJA 4MF3A 2H9BA 4C0RA 1LCFA 2RF1A 4Z0IA 1SQYA 3T9VA 1JQFA 2REJA 5H8NA 3QAXA 1SYIA 2QMWA 3TTLA 3G7WA 3FATA 3VXCA 4F31B 5F7VA 2XD2A 2ONSA 2HAVA 3N6TA 4NEDA 1B3FA 3TTRA 2V93A 4LATA 1Y4CA 4QFLA 4X1BA 5JTYB 2ONKE 3S9LC 4JSDA 2I58A 4EQ9A 3TUSA 3M3FA 2FYIA 4P0GA 5EHSA 3CG3A 4HTGA 2M8CA 3C31A 4YZZA 2O6AA 4OESA 4LQ5A 1M5DA 3HHGA 1S7YA 3IL1B 1SI1A 2QL3A 2X7QA 2PYYA 3FVGA 4ZE9A 3RQTA 1MPDA 1LFIA 1XOCA 3K02A 3MVZA 4GL8A 2HAUA 3TTNA 3C36A 1FTLA 2XX8A 3K1NA 1MXUA 1PBPA 4OXVA 1FQBA 3TCFA 2UYEA 2XXHA 2ZYMA 2OWTA 2Y7KA 1VR5A 4YKIA 2DP8A 4O3BA 3K6VA 3KZGA 5HM4B 1N3XA 4ELQA 1FTJA 1LLSA 2UYFA 3EHSA 2Z23A 3P7IA 4R9GA 3VDFA 2ESNA 4JWXA 1AH5A 5L8DA 1JEVA 4POWA 4DIGA 1TFAA 2VD2A 3SESA 1OVTA 2FA7A 4BDOA 1MH3A 3IB0A 3SEUA 2P0SA 1QUIA 3QSLA 3K0VA 3R26A 4U22A 4NMYA 4M4GA 4F3SA 1GVCA 3LSXA 4JBZA 2E1SA 1TXFA 4R6KA 1A8EA 4PE5B 4YMAA 3IB2A 1H76A 4OFJA 5CMKA 2YJPA 3IO4A 1IXCA 4EF1A 2Q2CA 1HSEA 4F18A 4NF5A 3PD9A 4YMBA 3KGCA 4U21A 1FTOA 3FVOA 2AIXA 1MQGA 4IO7A 4R2BA 4NE4A 3O9PA 4AB6A 3PUVE 3O6GA 1PBQA 4ELOA 1MXWA 4OEUA 2I48A 3VVFA 1Y3QA 3V8XB 1LAFE 3KOSA 3U1OA 3R7XA 2HZKA 1A7LA 3MQ9A 2Y7IA 4EF2A 2DQVA 4P0IA 4FJPA 1AOVA 5ITPA 1B0HA 4NF4A 2HCAA 3JV9A 5I56B 2RCBA 4MFIA 4KCDA 1I6QA 2HXWA 5AA3A 1DOTA 4I8CA 1B1HA 5AA1A 3H03A 1UTBB 3K2DA 3FVNA 1XVYA 1M5CA 1MXVA 1EH3A 4ZDMA 1VFDA 4PFYA 1Q35A 1ZTYA 4ZEFA 2UVHA 1QJMA 3TTMA 3TCHA 1MQHA 1Y4TA 1MXZA 1P1UA 5AA2D 5KDTA 3MP6A 4LP2B 2DXYA 1USYH 4GFRA 5IAIA 2GFEA 5A5XA 2PVUA 4C1TA 2F34A 1DPEA 2DS9A 1JW5A 4JXIA 2ANJA 3C32A 5B70A 3EN3A 1O7TA 1TFDA 2W7YA 3KFMA 4PFUA 5DVIA 5DVJA 3TQWA 2H25A 4Q30B 5I58A 4THIA 4YKJA 4XKPA 5LOMA 2OLBA 4PP0A 4QSEA 3PUWE 1B05A 2XX9A 3M3LA 4N07A 3CRBA 2VP1A 3A09A 1FQFA 4YB6A 1AMFA 2R9JA 3FV2A 1Y3PA 4LVQA 2V3QA 2Y84A 4R9FA 3LC8A 1I6AA 5CMCA 1MY2A 2I0BA 4JWYA 1UTHA 3U94A 4O3AA 3DLNA 3FJMA 4QHQA 1S9TA 4IY6A 3PMXA 1LBCA 4TQUQ 3MP8A 3D4CA 5KCJB 2PT1A 1SVXB 5HBCA 1B32A 4YKPA 4ZE8A 4NTLA 1RKMA 2DVCA 3THIA 3MPLA 4MLVA 3TPAA 3G3FA 4F1VA 1B1XA 1N0TA 5DYHA 2ZYKA 2VOZA 1MS7A 5TU0A 4G8HA 1D3KA 1HSJA 5I59A 3RPWA 3TCGA 3T66A 4OFLA 3MUQA 1QUKA 2FNCA 2H98A 1Y3NA 2R6GE 4UA8A 3HSTA 3HV1A 3CSGA 4N13A 4KCCA 3OXNA 3TODA 4FE8A 3EPEA 3TQLA 5DTBA 4R72A 4IO2A 4C1UA 3T96B 1ZBMA 3KOTA 1QULA 5TP9B 3E3KA 3IO6A 2ZNUA 4DDDA 4ZEIA 4LQ2A 1URSA 4HW8A 2A5SA 2PMSA 3G3HA 2Q9TA 2E0SA 1OLAA 3QUFA 4ESWA 4OQOA 1XC1A 3RNNA 3SEYA 4QFNA 2ZNSA 2DWJA 4JSOA 4JDFA 2DXRA 1Y20A 2H4IA 1OIBA 5CC2A 1R1NA 2G93A 4BDMA 3PMVA 1DPPA 4IB2A 3WAEA 5H8NB 1ZU0A 2NVUB 4E0XA 2OCUA 3B6QA 3MP1A 3T9HB 2OK2A 1URDA 3FZVA 3LBSA 3DP8A 4IO3A 2I0CA 1T0KA 3V83A 1HSLA 4H1XA 3OO6A 1F9BA 2ZMBA 4R73A 1RYXA 2B65A 3LSLA 5FHMA 5F1QA 4OTEA 4DE8A 5IKBA 2I3VA 1SD3A 1WODA 1QVSA 1LAGE 3G3GA 1M5FA 4EQBA 4KYEA 2NUVA 3W9WA 4TLMB 1VE4A 4ELPA 2AYSA 1BLFA 4EXKA 1UIVA 2O7IA 4ZEBA 2R71A 1JVYA 1O64A 2I4CA 3OSQA 1SBPA 1MY4A 3O6IA 4QFKA 3PPRA 4XTCQ 1MM6A 4OMBA 4LUBA 4EDPA 1N76A 2OZZA 1B5HA 3KJ7A 4RA1A 3KN3A 2P1SA 1MQJA 2PT2A 1R6ZA 4OZ9A 5CM6A 2I3WA 5KZTA 5AA2A 1RYOA 1H43A 3N6UA 3ILTB 3A3UA 3ILUB 2DE4A 4AQ4A 3GBAA 3OELA 5I2KA 3IOTA 3O97A 2RC8A 3KBRA 2GHAA 2O69A 3N26A 3ODBA 3MJNA 1FCKA 3TAJA 1OQHA 4YU0A 4LZ7A 3MZ1A 3B6WA 2B3BA 2PBWA 1VSOA 3OO7A 4NF5B 3M8UA 3IJOB 1MY1A 3OSRA 2H5YA 4ND9A 3IOWA 4ZECA 4FECA 3CSBA 2ALUA 1B3GA 4NWCA 1MH4A 4PFWA 3L6GA 1B40A 4GIZA 4U2RA 3MVXA 1B3EA 2I49A 3PPOA 1DSNA 4QFOA 4KFQA 3SERA 2Y7PA 2F78A 5ITOA 4F1UA 3A3CA 2NXOA 3O6HA 1XHYA 4I9DA 5H8FA 3VFJA 4FAJA 2OBGA 4NF4B 3S4UA 3FD3A 2F7BA 4KI0E 4EXLA 2XHDA 2D5WA 2O84X 1B9JA 2HQ0A 3MZBA 1TT1A 4H5GA 1LFGA 4WXJA 3IB1A 4ESXA 4QSCA 3OEMA 5FTIA 3KJTA 1PB8A 3TTKA 4NF8A 2DWAA 5CMBA 4GXSB 2DWIA 5K2XA 5CBSA 4Q5TA 2QSXA 3VVDA 4K3FA 4XXUA 5KDTB 4R74A 4Z7EA 4FEDA 5A5XB 1ZJLA 2O1MA 3QYTA 2IA4A 4ZS9A 5CMMA 4OHNA 3RT6B 1FQDA 3G3JA 3UA8A 3EQ1A 3G3IA 3KN7A 5H8QA 4FORA 4Q8RA 1JW1A 4GQOA 2F5XA 2Y7RA 3RTWB 1PB7A 4GD5A 3ZSFA 1EZ9A 2F7CA 1B52A 1EZPA 1Z7ME 4EQ7A 5I58B 3SEWA 4POXA 5FTHA 3L6HA 4RYAA 3H7MA 4WKMA 2THIA 4U4SA 3PUXE 3IK6B 1A54A 4GXAA 3H3GA 3SEVA 4QRZA 1ZLQA 3T9XB 4R6YA 4BDNA 1JEUA 5EYFA 4RY1A 1GGGA 3TELA 3GZGA 3UIFA 5L9MA 1NH7A 1UQWA 4BDLA 3H4ZA 4YICA 2QS1A 1QUJA 1UTBA 4FEBA 5JK4A 4KPTA 3HHFA 4H65A 4OFOA 1UTHB 1JETA 1BTJA 1NKXA 1LAHE 3PD8A 4GL0A 3C34A 3CI8A 3CIJA 4GF8A 1JW4A 3SDFA 1NNPA 4G68C 1B0LA 5H8HA 1MPCA 1B51A 1POTA 4GWOA 4IO5A 4H67A 3UORA 1NNTA 1IEJA 2Q88A 1I6BA 3FV1A 1SDXA 2RC9A 1H3DA 2O68A 2X7PA 3C35A 3FJ7A 2UVJA 4PFTA 5I59B 3PMWA 1ZMGA 3UP9A 2Z8EA 3OENA 1M5BA 4RK2A 3MZ9A 3O66A 2AL5A 3Q26A 3QUJA 3RGYA 1ZKBA 4XKQA 4R6HA 3BKIB 3QK6A 4JB7A 3O29A 2XD3A 2Y7WA 3LR1A 3VLUA 5H8SA 3FVKA 3K6XA 4DCXA 4OYVA 3E13X 5DEXA 3CFLA 3OEKA 1B4ZA 4WEDA 1R9LA 1A8FA 4O3CA 2VHAA 4ISUA 4QF9A 3UGWA 3HCQA 2DE3A 1A40A 3MPKA 4KHZE 4DCYA 4IO4A 4U1ZA 1MRPA 4NWDA 1IXHA 2F7AA 4I1DA 1L5TA 2PX1A 5CRYA 1US5A 5AA4A 3KSJA 2XXVA 1BKAA 4RK9A 1OMPA 1S50A 5EHMA 5J1DA 2QJEA 3H6VA 3LSFB 4ZEDA 1OQGA 3IR1A 3MBPA 1MDP1 5ISUA 2VGQA 4F2QA 4EUOA 3AXFA 4F22A 3F11A 1A55A 1D9YA 3VV5A 1LFHA 2OJTA 1MPBA 3VE1B 3IORA 2GH9A 5HPQA 2ZYNA 2QPQA 4H6DA 1JNFA 4G4PA 2B3FA 5BWJA 3K1MA 4ECFA 1R9QA 2UVGA 1ANFA 4RNSA 5I57A 4OERA 3KEIA 3OO9A 2XXIA 4OEVA 4XIGQ 4TOZA 1QKAA 2QRYA 3EHTA 1N04A 1CB6A 3FASA 5DVFA 3RY3A 2F6PA 2F97A 3V5AA 1BP5A 3FXQA 3UK4A 3FXUA 4NF6A 3T9UA 3I5OA 1SW2A 3VLVA 3CVGA 1LGBC 4GVOA 5ELVA 2RKMA 4F3GA 3S9NC 2A5TA 1QKBA 3IX1A 5TPAA 3ECRA 1IZ1A 1PEBA 2LAOA 3ZS6A 4FATA 1PB9A 4Q0CA 5L9OA 4ELRA 4QFPA 3H6UA 1TWYA 3KG2A 5I2NA 1XT8A 2XXQA 4DXBA 4F1YA 4G68A 3GXAA 3V89B 3R6UA 2Z22A 4I62A 3FXRA 4U23A 3PPPA 2XXWA 1LSTA 3TMGA 4F29A 4MBPA 1B5IA 3DP6A 1JVXA 2G29A 4XKRA 2V25A 2F36A 2CMOA 1B4HA 1QW0A 2V3TA 3OO8A 4F3PA 2DSFA 1IIWA 3RUMA 4E0WA 2XXXA 5B7DA 5AA2B 3K01A 3HO7A 3JZJA 3C33A 4LZ8A 1LCTA 3E9XA 4PETA 4MH5A 5I2KB 1IUDA 1II5A 1B3HA 4X1DA 3K4UA 1N3WA 2UXAA 3CG1A 3JYRA 3C4MA 5FHOA 2XXRA 2DE2A 1FQEA 4ZZAA 2ZXTA 1SW1A 2NOOA 3PPNA 1N7XA 1P1OA 2DYXA 5JTYA 1P99A 1BIYA 4BDQA 2ZYOA 4OVJA 4U4XA 1DMBA 5I84A 3I3VA 3TEPA 4ONYA 1Y1MA 3H06B 3TZAA 4QSDA 1ATGA 1MXXA 4LONB 4F3BA 4IO6A 4XKNA 4ZEKA 4YKKA 1XVXA 2F8DA 1MY0A 4JWOA 2Z8FA 3PGFA 1GTKA 2XXPA 5H8FB 5DT6A 1MG1A 1US4A 3UN6A 2P2AA 1D4NA 4G8NA 3IOUA 4G77A 4N6PA 1NL5A 2Q89A 1WDNA 3CFXA 4IGTA 4GRKA 4M1VA 4KYSA 3PV0E 1PDAA 3B6TA 2V3UA 1MXYA 3E4RA 3EHUA 1Z7NE 3BFTA 4G8MA 3PUZE 1B6HA 4KD5A 4NF8B 1LB8A 1SYHA 4RPOA 3VLWA 3N94A 3W15C 1IXIA 2QS2A 2RCAA 1Y1ZA 1VFEA 4YB5A 1B46A 2HZLA 3IOVA 3GBBA 3KSXA 3VVEA 5CI5A 1EU8A 4HCWA 3ZKKA 1FQCA 3ONMA 5H8QB 2ZNTA 5ICTA 5L9SA 4U1OA 3MWBA 3KN8A 3M3KA 1I69A 1WVJA 2XXTA 3IJXB 1YAEA 4R75A 1LBBA 3S9MC 2Z8DA 3Q25A 1NH8A 3VXBA 1B7UA 4H8IA 4L17A 3PPQA 1D9VA 3RLFE 1SW5A 2BJJX 1B7ZA 3GLBA 4F19A 5FHNA 4LZ5A 3N5LA 1NNFA 3DM0A 1FTMA 1FQAA 2GRVA 2QS4A 2D3IA 3FJGA 4RJZA 1POY1 1N84A 3FIRA 4R2FA 3T22A 3U92A 2DWHA 2KLFA 3Q27A 4FIMA 1IITA 2RC7A 4LA9A 1P1NA 3W9VA 1SI0A 4PQJA 2F6GA 4OENA 4F2OA 2UVIA 5I56A 5H8HB 3O28A 1A99A 4GLIA 4TLLB 1H45A 4YAHX 3BBRA 3CR9A 4OETA 3H6TA 3WAFA 1URGA 2Q8JA 1PC3A 3PU5A 3D4GA 3MVWA 3DP4A 3MW0A 3ZKLA 1OVBA 1P1QA 2ONRA 1XS5A 3T93B 4X48A 1GV8A 1MQIA 4HCYA 4KYDA 1N7WA 3U93A 1MDQA 4AB5A 1B3LA 4BDRA 1FTKA 1LAXA 2QMXA 3OD7A 1H44A 2X26A 3OOAA 2AL4A 5DEXB 3B7DA 3RN8A 3K00A 1SW4A 5M2VA 2RINA 3Q29A 5K2YA 4GOTA 3LSWA 4BLAA 3Q28A 3S9EA 1GR2A 2I6EA 2REGA 1AIVA 4P11A 1B58A 4KR5A 3SEXA 3O2AA 3RTFB 2HEUA 2D21A 1YTVA 5AA4B 1YPNA 2I4BA 2VD3A 3BFUA 2GHBA 3EF7A 2WKYA 1Y9UA 3MAMA 1EZOA 4G2ZA 3U8QA 3MC2A 4X9TA 1OLCA 2CZLA 1B7HA 3LUYA 3TDJA 4HS7A 5KCJA 4UACA 1USYE 3OMBA 3HN0A 4IGRA 3U72A 4RPNA 5BUUA 1P1WA 2O51A 1UIUA 5CBRA 2O1LA 4OWDA 3H6WA 3K6WA 5I57B 1O63A 5JEIA 4WEPA 1M5EA 3TYHA 3SKPA 1KWHA 1B2HA 1NNKA 2YLNA 3K6UA 4DXCA 4KQPA 4DLDA 2OWSA 2ABHA 1J1NA 1FW0A 1ZIUA 5ICQA 4H8JA 1YCJA 3FUZA 4H5FA 3PUYE 5AE4A 3K1PA 3HPIA 3QIMA 1DTZA 2XX7A 4NF6B 1Q1KA 1DTGA 4ZZEA 2XXYA 3CFZA 3FGSA 4YB7A 2A5TB 3RT8A 3MVYA 5TPAB 3TKDA 2H99A 2F35A 2XXUA 3I6VA 2Q2AA 2QS3A 1IXGA 3QXMA 1MM7A 4H0WA 5TP9A 1LB9A 1CE2A 2V84A 1ELJA 4DZ1A 5I2NB 1NMUA 3C9HA 2O7UA 1MY3A 1MQDA 2HFBA 4G68B 1NFTA 3S2VA 3DELB 4DXUA 1B5JA 4RXLA 2IEEA 3IAZA 4IY5A 2NWJA 3TFLA 2DVZA 2YPNA 4MLQA 1IQ7A 3USDA 3SETA 4F39A 3G3KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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