2PX1A

Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin c-lobe with ribose at 2.5 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title crystal structure of the complex of bovine lactoferrin C-lobe with Ribose at 2.5 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2px1A02
3OSRA 2GHAA 4QSEA 1A8FA 3ZSFA 5KDTB 2RINA 3R6UA 3H6WA 3K1MA 1B51A 1UTHB 4GLIA 3RT6B 1US4A 2DE3A 3B6QA 2XX7A 1XHYA 3MP6A 3H7MA 2DS9A 1N3WA 3T9UA 4NEDA 3O9PA 3PGFA 2F5XA 2HAVA 3JZJA 3I6VA 1Y20A 4YB6A 3U92A 3TUSA 4LUBA 4POXA 5AA1A 1D3KA 2VP1A 3KGCA 3IOTA 1A54A 1B9JA 1LFGA 1SI1A 1MXWA 1MM6A 1NFTA 2NVUB 3B7DA 1LBCA 4X1BA 2XX8A 4IO5A 4PFWA 2F6PA 3OEMA 3UIFA 1JEUA 2O1LA 2RF1A 1EZPA 4WXJA 2F78A 3SERA 3KBRA 1BP5A 4Q8RA 4H65A 3UORA 5CM6A 1N7WA 3RTWB 3UGWA 3V89B 4QFKA 3RLFE 5AE4A 4JSOA 1VFDA 5AA2A 1A99A 3RGYA 2GRVA 4C0RA 4C1UA 2UYEA 4DXUA 1MQDA 3E3KA 3HPIA 4IGTA 2RC7A 1LAXA 4YAHX 3CI8A 3K1PA 2YJPA 2UVGA 5ISUA 4GRKA 4HCWA 5KDTA 4QRZA 4ECFA 1UTHA 3HHFA 3N26A 1JW4A 3VXBA 2B65A 1MY4A 2W7YA 5DVFA 2O84X 2XXVA 4HTGA 3PPOA 4U4SA 3MVWA 2V93A 3VDFA 2RCBA 2Y7RA 1UTBB 1URGA 3K6UA 4QHQA 4O3BA 2HZKA 4GOTA 4BDLA 2V84A 3LC8A 2A5TB 4U1OA 1XS5A 4TQUQ 4R2BA 3Q26A 1FTLA 3TQWA 1FQBA 3N6UA 5I84A 5B70A 1B5JA 1B4ZA 4MH5A 3HN0A 2DE2A 1IXIA 4H5GA 3T22A 1ZIUA 1USYH 5CMKA 2ONSA 1D4NA 3USDA 4H8IA 4LONB 2OWSA 3TAJA 3K2DA 4XIGQ 3QAXA 3KG2A 3P7IA 3M3KA 4GVOA 2AL5A 1Q1KA 3GLBA 3OEKA 3FVKA 2ZXTA 5H8HB 3O97A 3ILUB 4NMYA 2HXWA 2Q2AA 2DWJA 4KHZE 4DDDA 3U72A 3U94A 1MH4A 3UK4A 4F19A 2Y7WA 1H44A 2VOZA 1QKBA 2I48A 1DTGA 1MXVA 3WAFA 4F3SA 2G29A 2VD3A 1Q35A 2HZLA 3MC2A 4IY5A 4G2ZA 3G3KA 3KN7A 3PMXA 1MQHA 3S9NC 3FZVA 1MXUA 1DMBA 1B7UA 4ZS9A 4IGRA 3G3JA 1DPEA 4JB7A 1I6BA 1VFEA 3DP6A 4RXLA 4ZEBA 2NWJA 1Y3PA 5EHSA 1UTBA 3FVGA 2DXYA 5AA4B 4RPNA 4IY6A 2WKYA 2Q8JA 3OD7A 2NXOA 2B3FA 2I4CA 3C36A 4XKPA 5K2YA 2A5TA 3RN8A 3MJNA 2F35A 2R9JA 4IO6A 3FD3A 1F9BA 4JWYA 3PUZE 1IQ7A 3UP9A 3TCGA 5ICQA 1QUJA 1II5A 1MQJA 3S4UA 3TTNA 3RT8A 4JBZA 1OVBA 1SD3A 1OQGA 3FIRA 3ONMA 4AB6A 4YZZA 4PFTA 3AXFA 1PB7A 1O7TA 5DVJA 3HHGA 4XKNA 4U23A 3PD9A 1Y1MA 1URDA 2F97A 4NE4A 5JEIA 1MPDA 3TTLA 2I3WA 1MXYA 1D9YA 5BWJA 3DP8A 4G77A 1USYE 4XKRA 4GXAA 4EF1A 4TOZA 1B4HA 5JK4A 3FV2A 5H8HA 1N3XA 4YU0A 3G3FA 3FVNA 1A7LA 1NKXA 4LA9A 1Y9UA 2OZZA 4LZ5A 5J1DA 4FEDA 4BDMA 4YB7A 3K00A 2BJJX 3C31A 4BDQA 5FHNA 4KPTA 2AYSA 2ONRA 2V3UA 3S9MC 3VLWA 1CB6A 4R6HA 2XD3A 3QYTA 3THIA 2ZYMA 1NNPA 2REGA 4H6DA 3TZAA 1XT8A 3PPRA 2H5YA 4GWOA 4YKPA 4FJPA 1I6AA 5AA4A 1URSA 3RQTA 1B40A 5CBSA 3FVOA 2FA7A 2QMWA 5HM4B 2F34A 3FXUA 3N5LA 4NF5B 4ND9A 1MG1A 1A8EA 4RK9A 3WAEA 1OLAA 4G8HA 4MBPA 2O51A 3H6UA 4Q30B 2G93A 2H4IA 1FQEA 1N76A 1VSOA 4ZEIA 3SDFA 4EDPA 4YMBA 2RKMA 4NTLA 3EHUA 5I2KB 1RYXA 1PBQA 4F39A 5I57B 4THIA 2ALUA 2YLNA 4O3CA 3VE1B 3O2AA 1LFIA 4NF4B 4K3FA 1MDQA 5L9SA 3U93A 3VVDA 2DWHA 2D3IA 1BTJA 1JW5A 1YCJA 3OXNA 4OESA 4PFYA 5IKBA 1S9TA 5DTBA 5L8DA 3G7WA 1B5HA 4ZZEA 3ZKLA 4EF2A 1B6HA 3W9VA 3LSXA 1ELJA 4AB5A 3TDJA 2FNCA 3V8XB 5L9OA 2VHAA 2XXPA 5AA2D 2Q9TA 4HS7A 3K02A 1B7ZA 1JW1A 3ILTB 1DTZA 1AL3A 2QSXA 2P2AA 2IA4A 4P11A 3KN3A 1WVJA 4N13A 1LAHE 4UACA 4OFOA 3LSWA 3SEXA 4H5FA 1XC1A 3C34A 4PQJA 3KZGA 2DSFA 3BFTA 1MPCA 5ITOA 1NNTA 4NF5A 4BDRA 2F7CA 3EPEA 1SW1A 3TPAA 1Y4TA 4QSDA 4R72A 2XXIA 4R6KA 1GV8A 3IK6B 1B3EA 1JVYA 2XD2A 2XXTA 5I2KA 1SQYA 1PB8A 3H3GA 1FQFA 4BLAA 5I57A 3IB1A 4RA1A 2AIXA 4ESWA 3VVFA 4NF4A 3LSLA 2I0BA 3K01A 4LQ2A 3MVZA 2F8DA 3VVEA 2XXQA 2ANJA 2I49A 1IZ1A 3FUZA 4XXUA 5I2NB 4MF3A 3FXRA 1AIVA 4WEDA 2H9BA 3H4ZA 4KD5A 4QFLA 1MY3A 4U1ZA 1Y4CA 1QUKA 2O7UA 3PMWA 3LR1A 3LUYA 5H8SA 1US5A 3EQ1A 4RPOA 1ZBMA 2Q89A 2HFBA 2CMOA 5ELVA 4DE8A 4EXKA 4ZDMA 5HPQA 3PUYE 3R26A 1RKMA 1JVXA 1O64A 2NUVA 4F29A 4F1VA 3C9HA 1QJMA 3QUFA 3CG1A 3K6WA 3SEVA 4MLQA 2P1SA 5H8NB 3MWBA 3IOVA 4ELQA 4OMBA 2ESNA 2RC8A 1MS7A 3IO6A 3TTRA 4DXBA 2QS1A 4F1UA 2ZYOA 2ZNTA 1Z7ME 4ELPA 2ZNUA 2DYXA 2E0SA 3BKIB 4F3BA 3IL1B 1NMUA 4E0XA 4OETA 3CIJA 2QMXA 3CR9A 3EF7A 2Z8DA 3K4UA 4O3AA 1LAGE 1LB9A 3KJTA 4X9TA 3IB0A 4F22A 2QL3A 1LSTA 3T9HB 1D9VA 3VLVA 2NOOA 4KQPA 4ONYA 1GGGA 1PBPA 2OBGA 2REJA 5DYHA 2F36A 3PD8A 5EYFA 4F3PA 2RC9A 3FXQA 1DSNA 5I2NA 1BKAA 1B58A 3PUXE 2Z22A 4F1YA 1JETA 4FORA 3CG3A 3SKPA 3C4MA 2PX1A 2DVZA 1S50A 3I5OA 1B0HA 1H43A 1QULA 3FATA 2QRYA 3B6TA 1EZ9A 1PEBA 1A40A 4P0GA 1LB8A 3ODBA 2OK2A 2D5WA 1FTJA 4PETA 2DVCA 3MVXA 1B3GA 3EN3A 4YB5A 4RY1A 3G3IA 2HEUA 5CMBA 3IB2A 1XVYA 3DELB 5H8NA 1XOCA 3PPQA 2PT2A 4EUOA 4R75A 4OENA 1LBBA 1M5BA 5JTYB 5CI5A 3VXCA 4FATA 1GR2A 1PDAA 4ZE8A 5KCJB 5L9MA 1ZLQA 1FQCA 5IAIA 2H98A 5EHMA 5FTIA 4HW8A 3ECRA 3TKDA 4GIZA 4GF8A 1B7HA 3H06B 3HCQA 4TLLB 3VV5A 1B3HA 4QF9A 3QSLA 1QVSA 3LBSA 3N94A 4OEVA 3MZ9A 2HQ0A 3PPPA 2QS4A 4N07A 4G4PA 1M5DA 1O63A 2Y7KA 3M3FA 3OMBA 4JSDA 3SEWA 3E4RA 1OVTA 3PUWE 1FCKA 5TP9B 4RJZA 3IX1A 4DCYA 3KSXA 3U1OA 5DVIA 1S7YA 3TEPA 4M4GA 3S2VA 3C33A 3KSJA 4PE5B 3O66A 2ZYNA 2Z8FA 3H6VA 4NWCA 2ZNSA 4YMAA 5CMMA 1IXHA 1B5IA 4NWDA 4Q0CA 1UIUA 2DQVA 4OEUA 3FJGA 1L5TA 3OELA 3CRBA 1AMFA 3W9WA 4DZ1A 1MXXA 1R9LA 4H1XA 2GH9A 4FAJA 4ZZAA 3QK6A 2OLBA 1TXFA 3D4GA 3OSQA 4JWXA 3FV1A 2D21A 3PPNA 3VFJA 1TWYA 5JTYA 5CBRA 2PT1A 4KYDA 5K2XA 2O6AA 4RYAA 2I4BA 1MXZA 5KCJA 4X1DA 2ONKE 1B1XA 2XX9A 2IEEA 1T0KA 2UXAA 3MUQA 3O6HA 1IITA 1I6QA 4N6PA 2O69A 1Y3QA 5LOMA 1NH7A 2DWAA 5FHMA 4ZEKA 1WODA 3GXAA 1FTOA 4F18A 4OHNA 1B1HA 3A09A 1B2HA 2H99A 1B46A 1FQDA 1MM7A 4ESXA 4R74A 3MZ1A 5TP9A 4C1TA 2F7BA 2DOJA 5TU0A 3R7XA 4OVJA 4G8NA 3KN8A 1LGBC 4U22A 3K6VA 3OO8A 1YPNA 2THIA 1Y1ZA 4IB2A 1SW5A 1MQGA 5CRYA 2OWTA 3GZGA 2OCUA 1UIVA 4OFLA 3DLNA 3SEUA 3MP8A 2FYIA 3CFZA 4GFRA 3O6GA 3T66A 2P0SA 1AH5A 3D4CA 4G68C 4Z0IA 2PBWA 4IO4A 4I62A 5F7VA 2O68A 3TCHA 4GD5A 3O6IA 1SYHA 4RNSA 1P1OA 3CFLA 1M5FA 2XXXA 1B3LA 1SVXB 4GQOA 3A3UA 5TPAB 3A3CA 2I0CA 5I59B 1LLSA 1SW4A 3KOSA 2A5SA 4OZ9A 4QFNA 3IORA 4JWOA 2F6GA 3MVYA 3TODA 3TTKA 3V5AA 5CC2A 5ICTA 3DP4A 1N84A 2E1SA 3RY3A 4M1VA 3E13X 5H8QB 1MDP1 4LZ8A 2V3TA 4OWDA 1ZKBA 1LCFA 3TMGA 4KCDA 5ITPA 2HCAA 4OYVA 4DXCA 4KCCA 3T9XB 2R71A 4YKIA 3SETA 4BDOA 3IO4A 4XTCQ 4ZEDA 4WKMA 4EQ7A 3VLUA 1MY2A 1UQWA 5KZTA 4G68B 1PC3A 3PUVE 4XKQA 1H3DA 3M8UA 1EU8A 1ZU0A 3EHSA 5DEXB 1I69A 1N04A 1POY1 2Y7IA 4H0WA 3MZBA 2Y7PA 1POTA 3BBRA 3IOUA 2YPNA 1MRPA 2VD2A 3I3VA 2M8CA 2O7IA 3L6HA 4JXIA 4TLMB 5BUUA 3FASA 3K6XA 4H67A 4LVQA 1J1NA 1GTKA 4QFOA 4MFIA 4R6YA 3GBBA 1B52A 1Z7NE 4RK2A 1Y3NA 3KEIA 2O1MA 1IEJA 1TFAA 2AL4A 2LAOA 1IXCA 3C32A 3S9EA 3CFXA 2R6GE 3CVGA 5TPAA 2XXUA 4P0IA 5I59A 4DIGA 1BLFA 1OMPA 2XXRA 1VR5A 3Q29A 1HSJA 4QFPA 3OO7A 4H8JA 1SBPA 5H8QA 1P1NA 4LZ7A 3FJMA 4NF8B 1MY1A 1JQFA 2DWIA 3IAZA 1ZMGA 2Q88A 1H76A 2QJEA 1H45A 3SESA 4POWA 4E0WA 3PMVA 5AA3A 1MQIA 2VGQA 4JDFA 3OOAA 4G68A 4EXLA 1NH8A 3OO6A 1M5CA 2RCAA 4IO2A 2PVUA 1JEVA 1LFHA 1JNFA 5DEXA 2UVJA 4Q5TA 4WEPA 2V25A 1LAFE 1QUIA 4KFQA 3IOWA 3RNNA 5I58B 1P99A 1R1NA 3HO7A 2Q2CA 3S9LC 3UA8A 2Z8EA 3M3LA 2ZMBA 3EHTA 3TELA 1MPBA 4LATA 3BFUA 4ELRA 1IXGA 4QSCA 4KI0E 3C35A 3O28A 1TT1A 2X7QA 4GXSB 1EH3A 3Q27A 3JYRA 5HBCA 3MP1A 3TCFA 2UVIA 4R73A 4UA8A 1LCTA 4PP0A 2ABHA 1FTMA 1R9QA 4ZECA 1P1QA 2GFEA 4FIMA 2HAUA 1FW0A 5I56B 1SW2A 3QIMA 3MQ9A 4KYEA 4ELOA 4PFUA 1NL5A 4DCXA 1TFDA 4AQ4A 4OTEA 3IJXB 1PB9A 1A55A 3K0VA 3IJOB 4U2RA 1NNKA 2H25A 3RUMA 4R9GA 2DXRA 4NF8A 4LQ5A 3CSBA 4L17A 2DP8A 3MW0A 2XXHA 1SI0A 3OO9A 4ZEFA 3W15C 3JV9A 1B32A 1ZTYA 3FGSA 4U21A 4BDNA 1B3FA 2XHDA 3QXMA 1P1WA 3T93B 1FTKA 1GVCA 4OQOA 5I58A 3N6TA 4DLDA 4EQBA 2PYYA 3O29A 3U8QA 2I6EA 4G8MA 3TQLA 3Q25A 2ZYKA 1WDNA 1DPPA 1N7XA 5F1QA 3TYHA 4R9FA 1KWHA 3ZS6A 3CSGA 1EZOA 2CZLA 3T96B 4YKJA 5A5XB 4Z7EA 3B6WA 3TTMA 3IR1A 1HSLA 5H8FB 5CMCA 3H6TA 4NF6B 4GL0A 1SDXA 3K1NA 3MPKA 2B3BA 1MH3A 5I56A 5B7DA 1MY0A 2QS2A 1QW0A 1OQHA 5FTHA 2OJTA 3RTFB 1BIYA 1NNFA 1P1UA 3FJ7A 4F31B 1M5EA 4KR5A 1ZJLA 4U4XA 3MAMA 2XXWA 3TFLA 3MPLA 2XXYA 4ZE9A 4YKKA 1XVXA 1FQAA 2KLFA 3G3HA 1SYIA 3T9VA 4FEBA 1YAEA 2V3QA 3KOTA 2QPQA 4X48A 4F2OA 3V83A 3E9XA 3UN6A 3DM0A 4F2QA 2PMSA 3RPWA 1AOVA 4HCYA 5DT6A 3PU5A 5FHOA 1IUDA 2UVHA 1N0TA 4I9DA 3HSTA 3Q28A 1B0LA 3HV1A 1HSEA 1RYOA 4I1DA 4ISUA 4OERA 3OENA 3GBAA 1OIBA 3SEYA 4IO3A 1QKAA 4FECA 3KJ7A 4R2FA 4LP2B 5A5XA 4KYSA 3KFMA 2GHBA 1ATGA 3ZKKA 5H8FA 4YICA 3MBPA 2X26A 5M2VA 4F3GA 2I3VA 3QUJA 4NF6A 2F7AA 2I58A 1VE4A 3L6GA 1DOTA 2QS3A 2Y84A 4GL8A 3F11A 1OLCA 2DE4A 4OFJA 4IO7A 3G3GA 4FE8A 4MLVA 4I8CA 4OXVA 5AA2B 3PV0E 1YTVA 2Z23A 3H03A 1B05A 3LSFB 1CE2A 1R6ZA 2X7PA 2UYFA 1IIWA 1ANFA 4EQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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