2Q88A

Crystal structure of ehub in complex with ectoine
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
RDENKLEELKEQGFARIAIANEPPFTAVGADGKVSGAAPDVAREIFKRLGVADVVASISEYGAMIPGLQAGRHDAITAGLFMKPERCAAVAYSQPILCDAEAFALKKGNPLGLKSYKDIADNPDAKIGAPGGGTEEKLALEAGVPRDRVIVVPDGQSGLKMLQDGRIDVYSLPVLSINDLVSKANDPNVEVLAPVEGAPVYCDGAAFRKGDEALRDAFDVELAKLKESGEFAKIIEPYGFSAKAAMSTTREKLCAAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the ligand-binding protein EhuB from Sinorhizobium meliloti reveals substrate recognition of the compatible solutes ectoine and hydroxyectoine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative ABC transporter amino acid-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Sinorhizobium meliloti
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A02
2UYEA 4KYDA 4U2RA 1UTBA 5DYHA 3SEWA 1MXYA 1XT8A 3N94A 1LB8A 3QIMA 4YMAA 3L6GA 1B1XA 1NNKA 4QSDA 1D4NA 3R26A 1JNFA 3OMBA 3O6HA 2Y7RA 2XXYA 2DYXA 3S9EA 3FVNA 3SETA 2XXTA 1QW0A 2UVGA 5CMKA 3RUMA 1SBPA 2O7IA 3GBBA 3KFMA 3L6HA 2DS9A 4QFPA 1LAFE 3V8XB 3FUZA 3OD7A 3C34A 1Z7ME 3TQWA 3QK6A 3KOTA 4OFJA 5H8QA 1ZJLA 1SD3A 5I58B 5JTYB 2RCAA 4EQ9A 2XX7A 5CMCA 1P1QA 1N3WA 2H25A 1MQHA 1SW5A 3MZ1A 4OFLA 3RT8A 4X1BA 2F5XA 3CFXA 2REJA 2PT1A 3MAMA 1B5HA 3H6TA 5I2KA 3OEMA 2G93A 4XKNA 2HAVA 2H98A 1Y9UA 4OFOA 1N84A 2VP1A 3OSRA 2F6GA 1VR5A 1P1WA 1ZBMA 3Q29A 5JK4A 4BDLA 3KZGA 3HHFA 1AH5A 1FCKA 5AE4A 4IGTA 5A5XA 1SW2A 2ZNTA 4LONB 3IAZA 2ONKE 4JWXA 2D5WA 1MY1A 1SW4A 1ELJA 1QUJA 4FECA 1AIVA 1YCJA 3C32A 2B3FA 1SW1A 1ZU0A 1WDNA 1PDAA 5FHOA 4XKRA 2O68A 5EHSA 4C0RA 1A40A 2DP8A 2ZNUA 4UA8A 1F9BA 3OO6A 3T66A 3KSJA 1I6QA 3EQ1A 1NNFA 4BLAA 3E13X 3MPKA 2THIA 4PFYA 2F36A 4HCWA 1S9TA 3TKDA 3VLVA 4ESXA 3DM0A 3KGCA 3FVGA 2Q9TA 3RT6B 5AA2A 1EZ9A 1R9QA 4YICA 3MC2A 2HXWA 3E9XA 2A5SA 2FNCA 3KJ7A 4HCYA 2HEUA 3K1PA 5H8HA 1LFIA 1IXCA 1XC1A 3V89B 5I57B 3H4ZA 4G68C 4R6YA 2DWHA 1JQFA 2DWJA 3PUVE 2V3UA 3TYHA 2OWTA 3EHSA 2G29A 1SI0A 3EPEA 2QS1A 3S9NC 4FE8A 4IO5A 4GVOA 1B0LA 1SYHA 3TTMA 5I59B 5J1DA 4E0WA 1H3DA 4OXVA 2ZXTA 3K02A 1P1OA 2DXRA 1H45A 3MP6A 1TFDA 3FZVA 4THIA 1US4A 2RCBA 1MPBA 4QHQA 2DQVA 2WKYA 1Y3PA 3VVEA 1NFTA 1BKAA 4ZDMA 1A7LA 2V3QA 4YKJA 4JSDA 5CM6A 4C1UA 2YLNA 4QF9A 1URGA 4ECFA 1MG1A 2O1LA 4OWDA 4XTCQ 2QMXA 3GXAA 1Q35A 3OELA 1TFAA 2VGQA 2O6AA 2QRYA 2NOOA 5ICQA 2HQ0A 4X1DA 3E3KA 3FJGA 3I5OA 4X9TA 4GIZA 4QFNA 4OESA 3DELB 4F2QA 3PPRA 5KDTB 4KI0E 2RINA 2ZNSA 3N6TA 4PFTA 4BDNA 3TTNA 1FTMA 1MXVA 4JDFA 3OO8A 3ECRA 3PU5A 1JETA 2I48A 4LQ2A 1B3FA 3UN6A 4LP2B 1D9YA 3MBPA 1XVXA 2GFEA 5HBCA 2DOJA 1ZLQA 3G3GA 2BJJX 4ZECA 1LAXA 2E1SA 2HCAA 3VLWA 2RC7A 1M5DA 3D4CA 3CIJA 4YKIA 1A55A 3LR1A 5CBSA 4F18A 3TCHA 3T9VA 1MXXA 3TTKA 4IO6A 1WVJA 3TODA 2V93A 4PP0A 2ZYKA 3W9WA 1USYE 1UIUA 3K01A 4GWOA 1A8FA 4G4PA 3EF7A 4AB5A 4XXUA 3K6VA 4R75A 3CR9A 4F3PA 5CMBA 4XKPA 5K2XA 3PPPA 2QS4A 1DPPA 4FORA 1QKBA 2OWSA 3OO7A 3SEXA 3Q27A 3K2DA 1CE2A 3KBRA 2XXPA 4G68B 3B6QA 5KCJA 4EUOA 2Y7PA 1FQAA 4LZ5A 1B2HA 1CB6A 2I0CA 3QUFA 4KHZE 4R6HA 1Y3NA 3QYTA 3UP9A 3IK6B 5H8NB 3MQ9A 2IEEA 3IOVA 5TPAA 4F3GA 1KWHA 2F7AA 4E0XA 5FHNA 3K1MA 3TDJA 1MQJA 3N26A 5IKBA 3K6WA 3N6UA 2ALUA 5B7DA 3Q28A 4OMBA 1B32A 3KSXA 1MY2A 4O3CA 2Y7IA 1NH7A 3LSWA 4RYAA 4O3BA 2A5TA 1XHYA 5CC2A 5BUUA 1URSA 1Y4CA 2V3TA 4F22A 5AA2B 5DEXA 4MH5A 4WEDA 4YU0A 4F1UA 3FIRA 5H8HB 2R6GE 4M4GA 2Y7WA 4EF1A 4BDMA 3RQTA 3TPAA 3MPLA 2O51A 4GOTA 2RF1A 3HV1A 3M3KA 1MQIA 4ZEBA 1A54A 3G7WA 4G8MA 5FHMA 1FQFA 2QJEA 4TLLB 3IORA 1L5TA 3K6UA 2REGA 2P2AA 2F78A 1SVXB 1B52A 4RNSA 5L9MA 3CSBA 4FJPA 3RTWB 4DIGA 2F6PA 2VOZA 3DP8A 4ZE8A 5I2NA 2QS3A 4NF8B 1MXZA 4HW8A 5TP9A 3O6GA 4BDRA 2DWAA 2Y84A 1PB9A 4H8JA 2UVIA 3GBAA 3MVYA 1H76A 5F1QA 1OIBA 4NWCA 2UYFA 3QAXA 3VVFA 1NMUA 1PBQA 4OETA 2PMSA 3QUJA 1D9VA 1FTLA 5M2VA 3K4UA 2I0BA 3S9MC 4DCXA 2QMWA 1R9LA 1HSEA 3O9PA 2R71A 1P1UA 4OYVA 4F3SA 1BP5A 1MY3A 1MXUA 1VE4A 4GRKA 3SEYA 3PD9A 4EF2A 5AA4A 3E4RA 1A8EA 1P1NA 1B3GA 5L9SA 3U94A 1DTZA 3GZGA 1B40A 4H65A 5IAIA 2Q8JA 3MWBA 5KZTA 2HFBA 2HZLA 3TQLA 4AB6A 4OEUA 1JW4A 3RLFE 4YB6A 3RTFB 3SEVA 1LLSA 3FJMA 3U8QA 1FW0A 1QUIA 1FQEA 1MY4A 4FAJA 1LBCA 4IO2A 3TMGA 4DXCA 3IOUA 1R1NA 3VV5A 3S4UA 5I84A 3I6VA 2B3BA 4RK2A 1GTKA 4R9FA 3EN3A 3SDFA 3JV9A 5I56B 1OQHA 3QXMA 3T9UA 2XXXA 4Q8RA 5AA3A 3OEKA 2UXAA 4LQ5A 5KCJB 1Y20A 4Q5TA 1AMFA 4IO3A 4XIGQ 1USYH 3KG2A 1LGBC 3ONMA 2R9JA 1JEUA 3T93B 4RJZA 1BLFA 4I9DA 2F97A 1LFGA 4RPOA 5H8FA 4ZS9A 4PQJA 1N3XA 4NMYA 4OVJA 4L17A 2Z8FA 3PPOA 2YJPA 2OBGA 3B6WA 4R9GA 1MPCA 4OEVA 3G3IA 3USDA 1LCFA 3QSLA 2OCUA 1B5JA 1DPEA 4GXSB 1DSNA 2H99A 2XXRA 5AA1A 3DP6A 3JYRA 3IR1A 4MFIA 4HS7A 3IO6A 3O28A 2H4IA 2A5TB 4IO7A 1NKXA 1POTA 3O97A 1MH3A 1A99A 4WXJA 1FTOA 4K3FA 4YB5A 3MP1A 3VFJA 2F7CA 3M3FA 4FEDA 1M5CA 1US5A 4OTEA 5B70A 2GHBA 4WEPA 1Q1KA 3O66A 4PFWA 4G2ZA 3ZS6A 3LC8A 4DXBA 1YPNA 4QFOA 3FD3A 4YAHX 1LBBA 4M1VA 2H5YA 2PT2A 5JEIA 1B1HA 3ZKLA 1MM6A 3S9LC 3PPNA 4LA9A 2P0SA 4R6KA 1SDXA 1I6AA 4DXUA 1D3KA 3EHUA 1UTBB 1DMBA 1H43A 1OVTA 2DE2A 1AL3A 4H67A 1B0HA 2GRVA 3MVXA 3CSGA 4ZEDA 1GGGA 4KYEA 3FXUA 3IL1B 4POWA 3SEUA 3PUWE 1LAGE 3KOSA 3IOTA 1ZMGA 5I2NB 1IITA 2I58A 2M8CA 5TP9B 2IA4A 4FEBA 4EXLA 2UVJA 1UIVA 3PUYE 4U22A 3LBSA 2Q2AA 4NTLA 4GL8A 4OZ9A 2XHDA 2H9BA 4NF6A 4TQUQ 1IXIA 1RYOA 1N7XA 3CG1A 5H8QB 1ZIUA 1FQDA 1B3EA 3GLBA 4OQOA 2PVUA 4P0GA 4H6DA 5DT6A 3PMXA 2ZMBA 5H8SA 2RC8A 1BTJA 2KLFA 3M3LA 4MLVA 2PX1A 3BBRA 5I2KB 4TLMB 1NNPA 3C35A 3C4MA 4R2BA 3PMWA 3G3HA 2NUVA 3TCGA 5L9OA 3U92A 1M5BA 4OERA 1SQYA 3OSQA 4NF5A 4RA1A 3WAFA 4EQ7A 1MY0A 1B7HA 4ZZAA 4NWDA 4H5FA 4KD5A 1B4HA 2AYSA 5CMMA 5A5XB 4U4XA 5I57A 3T96B 4NF4A 4TOZA 2XXIA 3LSFB 5TU0A 4F31B 4IGRA 1MQDA 3W9VA 4DDDA 1DOTA 1N7WA 5CI5A 4N07A 3TTRA 2O84X 1ZTYA 2ONSA 4JBZA 1I69A 3RN8A 1MRPA 4P0IA 1B3LA 5I59A 3WAEA 3RNNA 2QL3A 5HPQA 3CRBA 5AA2D 1GR2A 1B4ZA 1VFEA 3G3KA 4ZZEA 2DXYA 2VD3A 3LSLA 3O6IA 3C9HA 4ISUA 4PETA 3TFLA 3EHTA 1TXFA 1TT1A 3RPWA 4Z7EA 4UACA 1VFDA 1XS5A 4ND9A 2ANJA 3DP4A 2F7BA 3IO4A 3PMVA 2PYYA 3MVWA 2F34A 2E0SA 3G3JA 2DVZA 1QULA 1B51A 2V84A 4ELOA 3IB2A 4OENA 3HSTA 1PBPA 2O69A 4YB7A 3FASA 2F8DA 2QPQA 1FTKA 3B6TA 1XVYA 4ELPA 1TWYA 2XXQA 1M5FA 4MLQA 1JVXA 4H8IA 5H8FB 1EZOA 2XD3A 4FIMA 3BFUA 3IB1A 4I8CA 3TAJA 5CRYA 2XXWA 2ABHA 3TEPA 3K0VA 3OO9A 1IUDA 1B6HA 2AL5A 3S2VA 4O3AA 1B05A 3N5LA 4GF8A 4U4SA 1S7YA 2DE3A 3U93A 3PD8A 3CFZA 1N04A 3VLUA 4C1TA 4JWYA 3TTLA 4ZEIA 1EH3A 3FATA 5HM4B 3FXQA 4IO4A 2OLBA 1Y3QA 4LZ8A 4HTGA 2XXVA 3T9XB 1O63A 2QSXA 3C31A 3TCFA 3K00A 2CMOA 2P1SA 5DVIA 2XD2A 3H6WA 4YKPA 1B5IA 3O2AA 1RYXA 4JSOA 5DVJA 1YAEA 3KN7A 3SKPA 3VXCA 3F11A 3PUXE 1S50A 2I49A 4RXLA 4G77A 2DWIA 3O29A 1PC3A 3FVKA 2UVHA 1EZPA 1GV8A 1T0KA 2VD2A 1URDA 3U72A 2QS2A 3K6XA 2CZLA 4AQ4A 1JVYA 1Y4TA 3VVDA 1B9JA 1WODA 2DE4A 1OQGA 2GH9A 3A09A 1SYIA 2I3VA 1OLAA 1IXGA 1I6BA 3PV0E 5DTBA 3K1NA 3U1OA 4G68A 4U21A 1UTHA 1QJMA 1SI1A 4POXA 4P11A 5EHMA 2RC9A 3Q26A 3SERA 5H8NA 2X26A 5K2YA 1BIYA 4U23A 1EU8A 4NF6B 2VHAA 4G8HA 1II5A 1RKMA 3CG3A 4I62A 2XX8A 4OHNA 4ZEKA 1LFHA 4R73A 4GFRA 3R7XA 4PE5B 2X7QA 2B65A 4R2FA 2OK2A 2PBWA 1LB9A 1DTGA 4BDQA 4ELQA 4F29A 2ONRA 2DSFA 4Q30B 2FA7A 3RGYA 1QKAA 1P99A 1XOCA 4I1DA 3MZ9A 3A3CA 3IJXB 4JB7A 3KEIA 4H1XA 4NF5B 1OMPA 1QVSA 3C36A 3FGSA 5L8DA 1AOVA 3T9HB 3LUYA 4N6PA 3ZSFA 4ONYA 3ILTB 4NF4B 1UQWA 1IEJA 1O7TA 1LCTA 5TPAB 3IX1A 2XXHA 4KCCA 1N76A 5ICTA 1OVBA 4EXKA 3UIFA 4ELRA 2Z8EA 3MJNA 1PB8A 1ZKBA 2HAUA 1PB7A 4FATA 1B46A 3H7MA 3MP8A 4Q0CA 1N0TA 2OZZA 3CI8A 3CVGA 4X48A 4GQOA 3MUQA 5ITPA 1Z7NE 4R74A 1MDQA 1O64A 2ZYOA 5DEXB 3AXFA 3DLNA 4IB2A 1FTJA 2D3IA 4NF8A 3C33A 1FQCA 1JW5A 4KFQA 4NE4A 4YZZA 1Y1ZA 1MH4A 1IXHA 4N13A 1ATGA 2I3WA 3T22A 2Z22A 2I4BA 4GLIA 2ZYNA 5I58A 4BDOA 5JTYA 3FV1A 3BKIB 4F1YA 4KYSA 2ESNA 4YMBA 3UK4A 1GVCA 3FJ7A 3LSXA 3B7DA 2LAOA 3UORA 3P7IA 3Q25A 3CFLA 2NXOA 4LUBA 4YKKA 3IJOB 1H44A 4GXAA 2I4CA 4F39A 4U1OA 3H3GA 2XXUA 4QFKA 5ELVA 1J1NA 3PPQA 3VDFA 1MS7A 4R72A 3H03A 4QSEA 2NWJA 2O7UA 3KJTA 4LVQA 4RY1A 4QSCA 3UGWA 1MDP1 3KN3A 2AIXA 3IB0A 3W15C 3IOWA 4EQBA 4IY6A 4GL0A 4G8NA 4KQPA 1B7UA 1FQBA 4JXIA 1PEBA 1Y1MA 3M8UA 2YPNA 1POY1 2Q89A 3MVZA 2NVUB 3H6UA 1IQ7A 4KR5A 1B58A 4QFLA 3H6VA 5F7VA 4ZEFA 1MM7A 3HO7A 4DCYA 4ESWA 3TZAA 1HSLA 5ITOA 3HHGA 3PUZE 4F3BA 3ZKKA 1LSTA 4DLDA 1NH8A 5EYFA 3HCQA 4Z0IA 4ZE9A 3TELA 1QUKA 3OOAA 3I3VA 5AA4B 4XKQA 3RY3A 5FTHA 3MZBA 4GD5A 1IZ1A 2F35A 3HPIA 5I56A 1NNTA 3BFTA 4NEDA 5CBRA 3ODBA 4EDPA 3VXBA 2Y7KA 1UTHB 4KPTA 3MW0A 1MQGA 1VSOA 5FTIA 4U1ZA 4DZ1A 1R6ZA 2X7PA 1NL5A 2OJTA 5LOMA 2I6EA 2GHAA 1JW1A 2HZKA 1JEVA 3FXRA 4KCDA 4H0WA 5ISUA 5DVFA 1B3HA 1YTVA 4LZ7A 4PFUA 4RPNA 1M5EA 3H06B 3VE1B 2Q2CA 3JZJA 3V83A 3UA8A 3G3FA 4H5GA 3OENA 4MF3A 4F1VA 3SESA 2ZYMA 3HN0A 4MBPA 3THIA 3A3UA 4F19A 5BWJA 4F2OA 4LATA 2V25A 2FYIA 2Q88A 1LAHE 3ILUB 3FV2A 2O1MA 3R6UA 2XX9A 4QRZA 4DE8A 1MXWA 2DVCA 3OXNA 1IIWA 1MPDA 2Z23A 3V5AA 2RKMA 2W7YA 2D21A 3KN8A 4RK9A 3D4GA 3FVOA 5KDTA 3TUSA 1B7ZA 2Z8DA 1OLCA 2AL4A 1ANFA 1HSJA 4JWOA 4WKMA 3PGFA 4IY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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