2Q88A

Crystal structure of ehub in complex with ectoine
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
RDENKLEELKEQGFARIAIANEPPFTAVGADGKVSGAAPDVAREIFKRLGVADVVASISEYGAMIPGLQAGRHDAITAGLFMKPERCAAVAYSQPILCDAEAFALKKGNPLGLKSYKDIADNPDAKIGAPGGGTEEKLALEAGVPRDRVIVVPDGQSGLKMLQDGRIDVYSLPVLSINDLVSKANDPNVEVLAPVEGAPVYCDGAAFRKGDEALRDAFDVELAKLKESGEFAKIIEPYGFSAKAAMSTTREKLCAAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the ligand-binding protein EhuB from Sinorhizobium meliloti reveals substrate recognition of the compatible solutes ectoine and hydroxyectoine.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Putative ABC transporter amino acid-binding protein
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A02
2RC7A 3MVYA 3MUQA 3N5LA 4FEBA 2ZYKA 1ZLQA 2XHDA 1JW1A 1H76A 2R71A 4GWOA 3EPEA 2HCAA 4U2RA 1OIBA 4MFIA 1QKAA 2DS9A 4O3BA 2R9JA 4BLAA 3VLWA 4NE4A 1R9LA 4TLMB 5I2NA 2UYEA 3ILUB 4JDFA 1P99A 3TMGA 1J1NA 3S4UA 1DMBA 3I5OA 1RYOA 2Y7IA 5AA1A 1QJMA 1UTHB 2DE2A 1IUDA 2DWIA 3UGWA 2D5WA 2O51A 3E13X 4U22A 4RY1A 4M1VA 3RGYA 5DTBA 3UORA 4Q0CA 4O3AA 3FVKA 1PB9A 4ZEDA 3OO8A 4WEDA 1MH3A 1UTBB 3TTMA 5DT6A 3IOUA 2E1SA 4RK9A 4QFKA 2Q2AA 3OSQA 4EXKA 4U1ZA 4R74A 5ITOA 1MDQA 3FASA 1B52A 1JNFA 5JTYB 1B5HA 2QS4A 3T9HB 3SESA 3BBRA 1US4A 3OEMA 1A54A 3FV2A 2ZNTA 4H5FA 4DXBA 1OQGA 3FUZA 2GFEA 3KOSA 3U94A 4R72A 2O7UA 4JWXA 3N94A 3IJXB 3HHFA 1DPPA 2X7PA 3FV1A 3B6TA 3OO6A 3IJOB 4IO6A 4DE8A 3FJ7A 3T66A 4DXUA 3OD7A 5JTYA 1LCTA 2XXTA 1Q1KA 4LZ7A 3K1NA 4XKRA 4ZE8A 3G3GA 3HN0A 5KZTA 3MZBA 3PUXE 3MVWA 4G8HA 4Q30B 1AOVA 2XXUA 4F2OA 1TT1A 2H25A 2NXOA 1LCFA 1BLFA 4G8NA 4G68B 4PQJA 1Z7NE 5L9MA 3N26A 2O6AA 4P11A 4OESA 3IB0A 3RPWA 3CSGA 2GH9A 1NNKA 4BDLA 2XXQA 2QS3A 1B58A 3D4CA 2NOOA 2ONKE 2I49A 1MXZA 2I6EA 3K2DA 3THIA 4DLDA 4PFUA 2DE3A 3MP1A 3KN8A 2PX1A 3TTKA 4G68A 5AA4B 3LSFB 4OTEA 3L6GA 4GXAA 4LQ5A 3T22A 3ZSFA 2Y7RA 3Q27A 5I57A 2NVUB 1S9TA 4R6HA 1FTKA 2OWSA 2IEEA 1Y4CA 4ZEFA 5H8HB 1H44A 5EHSA 1B51A 1GR2A 3CVGA 3O2AA 3O9PA 5IAIA 5I58B 3TEPA 3VLVA 4TLLB 4ELQA 1SI1A 2ZYNA 5AA4A 4H65A 2ZXTA 4OFOA 3DP6A 3TCFA 5DYHA 1EU8A 5FHNA 4OHNA 3H7MA 4F3GA 3SERA 1MS7A 5L8DA 1CB6A 3ODBA 3GBBA 3M3KA 3TTNA 5H8SA 1F9BA 5AA3A 3TFLA 3C31A 5I58A 2FA7A 5TP9B 1QULA 3JV9A 1DOTA 1MDP1 5CMKA 3RTWB 2RCBA 5A5XB 1P1UA 3H3GA 4U23A 4EF1A 1GVCA 1JETA 1B4HA 2Z22A 1PC3A 1PEBA 2HQ0A 4XKQA 2F78A 1LAHE 2I0CA 2D3IA 3KJTA 3CR9A 3SDFA 3TYHA 5CI5A 3PD8A 2CMOA 1PB8A 4ZS9A 4IGTA 2O84X 1VE4A 2QMXA 3MZ1A 3MC2A 3USDA 5DEXB 3IR1A 2RC9A 3MP6A 2V3TA 1MXWA 5CRYA 1I69A 5ICTA 3PPRA 4KCDA 2VD2A 4U4XA 2ONSA 1NH7A 2AYSA 4U4SA 4MBPA 2DWAA 1YTVA 3PUWE 5DEXA 3HO7A 5IKBA 5J1DA 1LAFE 4R6KA 3SEXA 1Q35A 4JB7A 2Y84A 1B0LA 2GRVA 2X7QA 2F6GA 1A99A 4YMAA 2Z8DA 3OELA 1UIVA 1A8FA 1LAXA 1PBQA 1HSJA 3K1MA 3O66A 3SEYA 2B3BA 3SEVA 4OMBA 1WODA 4ZECA 4QSCA 3FVNA 5FHOA 1POTA 3QSLA 1POY1 3LSWA 2Z23A 3KN7A 3CG3A 1Y9UA 3ZKLA 2RCAA 2Q2CA 4LUBA 4XKNA 4F1YA 2PVUA 1FQBA 4FEDA 2D21A 3MWBA 4GXSB 4QFLA 1NL5A 1UQWA 4OEUA 3MPLA 3PPPA 1MY2A 2FNCA 4IY5A 3CFXA 3G3HA 3B6WA 4HCYA 4F31B 3U92A 1B7UA 3M3LA 2YPNA 1ZMGA 2I3VA 3S9MC 3OO9A 5L9SA 3PD9A 2F6PA 1FTJA 2DYXA 2Z8FA 3DM0A 3G3IA 2ANJA 4QF9A 2X26A 3U1OA 5F1QA 4EDPA 4G4PA 1OVBA 3VXCA 1ANFA 2HXWA 4IO4A 1N7XA 2XXHA 1M5BA 3TDJA 2QSXA 1IXIA 1NFTA 3ONMA 3KOTA 1Y4TA 3O6IA 2OWTA 4H1XA 5CBRA 4KYSA 1MY3A 1A55A 3Q29A 5HBCA 4E0WA 4KD5A 3IB2A 3R6UA 4QFPA 1D9VA 1IITA 1MXYA 2VHAA 2A5TB 2ZYMA 2HZLA 4NF8A 1FQFA 4LZ8A 1B2HA 3WAFA 2Y7WA 4YZZA 2XXRA 1SVXB 3ZKKA 4N6PA 4RK2A 4RA1A 2G29A 3OEKA 3HHGA 2I48A 4E0XA 4GD5A 2RF1A 1FTMA 4H5GA 2I0BA 1USYH 4QHQA 4FJPA 3TQLA 3RN8A 2F7AA 4OXVA 2AL4A 1I6QA 2A5TA 1DTZA 5ITPA 4OZ9A 2FYIA 3TCHA 2UVJA 3O97A 3LC8A 3PUVE 2QJEA 1N3XA 5ELVA 2UVIA 3QAXA 3TELA 2M8CA 2DQVA 1S50A 1VSOA 1IEJA 4FE8A 3H6TA 3VE1B 3W15C 3FATA 4ZZAA 1O63A 1B5IA 4OFLA 3FD3A 4EUOA 1MQIA 1R9QA 5K2YA 4QSDA 4KPTA 4QRZA 2CZLA 1Y3QA 3FVOA 2RINA 2DVZA 5CMCA 4UA8A 4GRKA 4OENA 3VV5A 3UIFA 4FIMA 2I3WA 2ABHA 1SQYA 2F7CA 4XXUA 3RY3A 3FXQA 4FECA 3Q25A 3C9HA 3LBSA 3FIRA 4IY6A 2ZNSA 4P0GA 3VLUA 4DXCA 1MM7A 5M2VA 5I2KB 1PB7A 3HSTA 2DP8A 3LSLA 3IL1B 4NF6B 4EQ9A 4R2FA 5FHMA 2OLBA 2VGQA 3IK6B 4KI0E 4JSOA 4H8JA 2ZNUA 1I6BA 2B65A 1ZU0A 1NNTA 2XXPA 3KG2A 4I9DA 4F2QA 3OO7A 2YLNA 3FJMA 1XC1A 4JWOA 3V83A 3MAMA 2V25A 4POWA 5I2KA 4GLIA 2ALUA 3TZAA 5I57B 4NF6A 5ISUA 4IB2A 4PFTA 4OVJA 3LSXA 1TFDA 4H0WA 1B40A 1LSTA 1ZJLA 3UP9A 5K2XA 4YB6A 3R7XA 4PE5B 4ZEIA 2REGA 3HPIA 1QUJA 4YMBA 4Z0IA 1LFHA 4GQOA 2HEUA 4HW8A 3WAEA 4F3SA 1FCKA 1B5JA 4MF3A 2QS1A 3IOVA 3K02A 2XXVA 4LVQA 2V3UA 2F34A 3PV0E 4F1UA 5I84A 1MPBA 1EZOA 5I56A 4I62A 4ZEBA 4LONB 3K1PA 3JZJA 1IXCA 3K4UA 1LGBC 4NTLA 2QMWA 4R6YA 1KWHA 4AB6A 1T0KA 2VOZA 2OZZA 1Z7ME 3T96B 3W9VA 3H6WA 4GL0A 1YPNA 3UN6A 1BTJA 5KCJB 1XHYA 4DIGA 3K6WA 2P2AA 4TOZA 1NKXA 2GHBA 4C0RA 2QS2A 4OEVA 4KR5A 2PT1A 4OWDA 1QVSA 3E4RA 1JW4A 1XT8A 1N84A 1II5A 2V84A 3FJGA 1B4ZA 1B1XA 3QIMA 4FATA 3VXBA 3EN3A 2I4BA 4JXIA 4R73A 1SI0A 5KCJA 4ECFA 3V5AA 3PMWA 2AL5A 3IOWA 1P1OA 4QSEA 1ZTYA 4ESXA 3T93B 1DTGA 5JEIA 2GHAA 5LOMA 4ELPA 1AL3A 3DLNA 3KZGA 3S9NC 1N0TA 3MVXA 3G3JA 4RPNA 5AA2D 3CG1A 3QK6A 1IIWA 3LUYA 2OBGA 3PUYE 4PP0A 5BUUA 4LP2B 3MVZA 4NWDA 4PFWA 4YKKA 1P1QA 3CIJA 1B3HA 1HSEA 3QYTA 3VVEA 4DCXA 3MJNA 4KYEA 3KN3A 2BJJX 3K6VA 2XX7A 1ZKBA 2ZMBA 2DXYA 1AH5A 4OERA 1B1HA 3EHTA 1FQAA 4N07A 1IZ1A 3M8UA 2V3QA 3TCGA 5I59B 4IO7A 1JQFA 3IO4A 5H8FA 5ICQA 4R75A 3MBPA 1JEVA 1LLSA 1YAEA 1DPEA 4WXJA 2XXXA 4M4GA 2KLFA 2XX9A 4DDDA 4F3BA 1D4NA 1MQGA 2DVCA 5HPQA 3GXAA 3MZ9A 4ZE9A 2HAUA 1MXVA 4YU0A 3MP8A 4GOTA 3G3KA 4IGRA 3SEWA 1D9YA 4UACA 1MM6A 2DSFA 5I59A 3N6UA 1URDA 2UXAA 4P0IA 3QXMA 4KYDA 4C1TA 1CE2A 4IO3A 4NF5A 4PFYA 3EHSA 3HCQA 1SBPA 4KCCA 1BP5A 3I6VA 4G2ZA 1LFGA 3C4MA 5H8NA 4ZEKA 1GGGA 1M5CA 2F35A 2O68A 1YCJA 3U8QA 3D4GA 4I8CA 1NMUA 1B6HA 3AXFA 1MQHA 4KFQA 2PT2A 1FQCA 4RYAA 5CBSA 1JW5A 3C32A 1M5EA 4RJZA 3FGSA 1ELJA 3CFLA 3TAJA 3FZVA 3RT8A 5F7VA 1XVYA 2G93A 4WKMA 3KSXA 1Y1MA 1L5TA 2V93A 3A3UA 1JEUA 3CFZA 4Z7EA 1UIUA 1GV8A 2H99A 1OVTA 3KBRA 4QFNA 4GIZA 4OFJA 2PYYA 3E9XA 3RUMA 4NF8B 4GVOA 4X1BA 3VDFA 4I1DA 1OQHA 1FTLA 4X48A 3PPQA 3SKPA 3RQTA 4JBZA 1A8EA 3DP4A 2Q8JA 3V8XB 3P7IA 4XKPA 4TQUQ 1GTKA 1XOCA 4YKIA 3GBAA 4DCYA 1LFIA 1OMPA 4OYVA 4O3CA 3O6HA 3TTLA 1O64A 2UVGA 1QKBA 1Y3PA 4NEDA 2DWJA 4DZ1A 5HM4B 4YB5A 2Q89A 3H03A 4YB7A 1AMFA 3H6UA 1RYXA 2Q9TA 1FQEA 3IO6A 3Q26A 3BFTA 5DVJA 3TKDA 4ND9A 3S9LC 3HV1A 4LQ2A 3CSBA 4RPOA 1FW0A 3OENA 2ONRA 1NNFA 1B3LA 3W9WA 1R6ZA 4N13A 4R9FA 3SETA 4F19A 2Y7PA 3CRBA 2F8DA 2AIXA 2IA4A 4R2BA 1B3FA 2QL3A 1O7TA 2R6GE 4F3PA 3T9VA 3B7DA 1MY0A 5FTHA 2WKYA 2O7IA 3GZGA 4YKJA 3T9XB 5CMBA 2PMSA 1B3EA 3OSRA 3MQ9A 3DELB 3H6VA 4JWYA 4F22A 4F39A 3RNNA 4THIA 4LA9A 2F97A 1URGA 2O1LA 5KDTB 3VVDA 2F36A 4H8IA 4HTGA 3KEIA 1MH4A 2UVHA 3A3CA 1UTHA 4U21A 3O28A 1SW2A 1IQ7A 3N6TA 1ZBMA 1Y3NA 3EF7A 3FXUA 4YICA 3RT6B 3Q28A 1XVXA 3G3FA 1D3KA 1BIYA 1VFEA 1VFDA 2RKMA 1UTBA 3DP8A 3RLFE 3PPOA 3EQ1A 4H67A 3ZS6A 5KDTA 4ZZEA 4Q8RA 1LB9A 4IO5A 1WDNA 1OLCA 3PU5A 1IXGA 5B7DA 1B0HA 2H98A 3FXRA 1A40A 5I56B 1MRPA 3PUZE 3C35A 5FTIA 4ELRA 4F1VA 4JSDA 3GLBA 5TPAB 3O6GA 2OCUA 3K0VA 1DSNA 1QUKA 2ESNA 4EQ7A 3B6QA 3TUSA 3U93A 2W7YA 1SDXA 5B70A 4AQ4A 2DWHA 1LBBA 2XXYA 4OETA 2O1MA 3G7WA 3E3KA 2I58A 2O69A 5TPAA 2PBWA 1FTOA 2OK2A 2XXIA 1B32A 2XX8A 2ZYOA 4ESWA 2LAOA 4GFRA 1B46A 2XXWA 3BKIB 1SYIA 1VR5A 2XD2A 3IOTA 1SYHA 1QW0A 2B3FA 1XS5A 5EHMA 2P0SA 3C34A 4F18A 4RNSA 5AA2B 1ATGA 3KSJA 1TFAA 3H4ZA 5AE4A 4KQPA 1B7HA 4FORA 3KGCA 1US5A 4R9GA 4EF2A 4HCWA 4MLQA 5TU0A 4LZ5A 1M5DA 5H8HA 1M5FA 2DXRA 1P1WA 5DVFA 1IXHA 1QUIA 2VD3A 4BDOA 3KJ7A 2UYFA 1H3DA 3A09A 1USYE 4IO2A 4X9TA 5CM6A 3TTRA 2HFBA 4LATA 5AA2A 4AB5A 4POXA 4WEPA 3K6UA 1AIVA 1I6AA 5JK4A 3OXNA 5L9OA 4K3FA 1MQJA 4G77A 1B05A 1N3WA 3EHUA 1B7ZA 3U72A 3H06B 2P1SA 1NNPA 1JVYA 3PMVA 4XTCQ 2I4CA 1WVJA 4BDNA 3LR1A 3OMBA 5TP9A 4F29A 5H8FB 4ZDMA 3M3FA 5A5XA 3BFUA 4BDMA 4XIGQ 2A5SA 1SW5A 1NH8A 1N7WA 3K01A 3ECRA 4YKPA 3UK4A 1RKMA 2VP1A 3IB1A 3V89B 1FQDA 3S2VA 1MG1A 2REJA 1OLAA 4HS7A 3ILTB 1N76A 3T9UA 1EZPA 1JVXA 4MLVA 2DE4A 2NUVA 4PETA 1MXUA 1LAGE 3PMXA 4NF5B 4EXLA 4NF4B 2RC8A 2XD3A 1MQDA 5H8NB 4L17A 1P1NA 4Q5TA 3VFJA 3O29A 4NWCA 4C1UA 4BDQA 3IAZA 1BKAA 1N04A 2YJPA 4G68C 4FAJA 1PDAA 4KHZE 5H8QB 1Y20A 3S9EA 1SW4A 3IORA 2THIA 1Y1ZA 3RTFB 4NF4A 3L6HA 1R1NA 2F7BA 1PBPA 4X1DA 2OJTA 1S7YA 4RXLA 1H43A 3OOAA 1B3GA 1MY1A 2QRYA 4NMYA 2E0SA 4G8MA 4ELOA 2NWJA 5BWJA 3QUJA 4EQBA 2H4IA 5H8QA 3I3VA 3SEUA 5CC2A 3K6XA 1EH3A 1EZ9A 4U1OA 3C36A 3MPKA 5EYFA 4OQOA 1TWYA 4GF8A 3TPAA 3QUFA 1B9JA 4MH5A 3IX1A 2HAVA 2Y7KA 3FVGA 3R26A 1URSA 4GL8A 3PGFA 4QFOA 3C33A 2Q88A 1HSLA 1SW1A 1H45A 4ONYA 4YAHX 3KFMA 4ISUA 3UA8A 3MW0A 3F11A 2H5YA 1MPDA 1LB8A 2DOJA 2F5XA 1LBCA 4BDRA 3PPNA 3TQWA 3TODA 1A7LA 3K00A 3VVFA 1ZIUA 1TXFA 5DVIA 1SD3A 2HZKA 2QPQA 4H6DA 3CI8A 1MXXA 1MPCA 3JYRA 5CMMA 5I2NB 1MY4A 2H9BA 2Z8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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