2QSXA

Crystal structure of putative transcriptional regulator lysr from vibrio parahaemolyticus
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
197
structure length
180
Chain Sequence
ELLVVDVTPSFASLWLVPNINDFHQRHPNIRVKILTGDGAVESDLHVRCLPLSTHYEYSQLLCEETLLLIGNTNLPISHYPFIPQTTRPQLWEQFKQENITYHSVGFEHFYLACEAVRMEKGLALLPDFMAQFSILRGDIQHIGNLKLHSGYGYYVVIPNFRLTSRKVALFHDWLKDKLT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (17-22)S6 (172-189)AH1 (24-30)AH2 (34-41)S2 (46-51)TI2 (42-45)TIV5 (159-163)S3 (65-71)S4 (79-92)AH3 (117-124)EMPTYTIV2 (73-76)TIV3 (76-79)AH4 (142-150)TI4 (104-107)TI5 (112-115)TIV4 (113-116)S5 (156-159)AH5 (163-169)TI3 (92-95)TIV1 (30-33)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Vibrio parahaemolyticus
publication title The Crystal Structure of Putative Transcriptional Regulator LysR From Vibrio parahaemolyticus.
rcsb
molecule keywords Putative transcriptional regulator, LysR family
total genus 48
structure length 180
sequence length 197
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qsxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qsxA02
4TOZA 4MF3A 2Y7WA 3S9LC 1SYHA 5CMKA 4GFRA 3S9NC 4N07A 2QL3A 3KSJA 5H8QB 4MBPA 4PFUA 4JWXA 3V83A 5ICTA 1MRPA 3HHFA 2DVZA 1BTJA 3C9HA 1D4NA 1MY1A 1FTOA 2NWJA 5L8DA 1JNFA 1Q35A 3FVGA 3P7IA 1XOCA 4C1UA 4BDMA 2I49A 5I56B 2PX1A 2DWAA 1R6ZA 1AOVA 3IK6B 2ONSA 1XVXA 3VLVA 3HSTA 2I3WA 4F1UA 5CC2A 2QMXA 2HEUA 2IA4A 5KZTA 1OLAA 2XD2A 3TAJA 3SEYA 4ZZAA 5K2YA 1ZJLA 4PP0A 3G3FA 4Z7EA 4F19A 1EZOA 1NH8A 2XXXA 3MVZA 1LFGA 1B5IA 4NEDA 3S2VA 5I2NB 1H44A 4OESA 4I8CA 4C0RA 3MC2A 4POXA 4LVQA 3R6UA 3TEPA 3ODBA 1US5A 1URSA 2DQVA 1MG1A 5CBSA 4H8IA 3QSLA 4P0GA 1SDXA 3PPNA 4YAHX 1HSLA 3IOVA 4IO3A 1N04A 3IJOB 3TUSA 5HPQA 3O2AA 3OO8A 1YCJA 2DYXA 2OZZA 1VR5A 1RYXA 3IJXB 4KFQA 1PDAA 3K1NA 5AA2B 2G93A 2GH9A 2Y7IA 4YKIA 1WODA 4LQ2A 3D4GA 4ELRA 1MXVA 5I2KB 3H6TA 4ELQA 1M5DA 3HO7A 4PE5B 1P1QA 1SI0A 1Y9UA 3C36A 4THIA 2V25A 3ECRA 4Z0IA 4FJPA 4Q30B 4OZ9A 3QXMA 5CRYA 5FHOA 2RINA 3ZSFA 1B52A 3K6VA 3PMVA 3N5LA 3TKDA 5CMCA 3HPIA 1IXCA 4PFYA 2P2AA 2O51A 4GLIA 1MPDA 1IIWA 1A7LA 1USYH 1B0LA 4JWOA 3T22A 3PPQA 4G8NA 4DXBA 4NF6B 5DYHA 2OBGA 5CMBA 1B9JA 1QKBA 3VVEA 4QFOA 1MXYA 3IO6A 3U72A 3C33A 3KBRA 1B1XA 3VLUA 4R2BA 3UORA 3BBRA 5H8QA 3GBAA 1B1HA 3L6HA 4LATA 5FTIA 1R9LA 1OVTA 1YAEA 1MM7A 2Z8EA 4I62A 5AE4A 4RNSA 2RC7A 1ZBMA 4H0WA 3HV1A 1GV8A 4H5GA 4RPNA 2XX9A 1Q1KA 3BKIB 1AH5A 1Y3QA 3IX1A 3U92A 4DXCA 3OO7A 4G68A 3SEXA 3N6TA 4IO7A 3T9VA 1NH7A 3E3KA 5ELVA 1MS7A 3E4RA 4OERA 4YKPA 1VFDA 1FQBA 4X1DA 3TODA 3Q28A 1TFAA 2B65A 3PUVE 3C4MA 1Y1MA 2XXVA 1M5FA 5CI5A 3OO6A 4R74A 2O7IA 3RNNA 2RC8A 4KD5A 4BDRA 1N3WA 1D3KA 1GGGA 4OFLA 3G3HA 2H9BA 2NXOA 3IB1A 5J1DA 1JW4A 3T93B 1SYIA 2ZYNA 2QJEA 2ONRA 4XTCQ 1MY0A 4ISUA 4TQUQ 5AA3A 1EU8A 4JWYA 4O3BA 2VD3A 1S7YA 3O28A 3PUWE 3FJGA 3UN6A 3PMWA 2OLBA 2W7YA 3KFMA 4F3GA 4R6KA 1LBBA 3IAZA 4OXVA 4HS7A 1FTMA 5L9SA 4QSEA 4OEVA 2Z8FA 4FEDA 3TTNA 3VDFA 3KJTA 3VXBA 1XT8A 2NOOA 1MXWA 3KN7A 2X26A 1WVJA 1O7TA 4LQ5A 1P1WA 2D3IA 2UVHA 1GR2A 1FCKA 3KZGA 3E9XA 5AA2A 1DTZA 1DMBA 2ZNUA 1MY4A 4GXSB 4H6DA 1JW5A 4QRZA 1LB9A 2OWTA 3ZKKA 4ELOA 1QUIA 3FXRA 5DEXA 4EQ9A 1B3LA 1A8FA 1JVXA 1MQGA 2R6GE 2ZNTA 3LBSA 1LFHA 3MVYA 4JSDA 3OO9A 2X7QA 4QSCA 4AB5A 2I58A 3MUQA 3U94A 2O84X 3KOSA 2CZLA 1FQDA 1Z7NE 1MQDA 5FHMA 2XXPA 3PPOA 3KG2A 1T0KA 4WKMA 4WEDA 3O6GA 2QRYA 4YZZA 3FVOA 4K3FA 1S9TA 2QS1A 4BDOA 1MM6A 1BP5A 1LCFA 2I3VA 4QFNA 3FV2A 2V3QA 4XKRA 4GWOA 3TTRA 1GTKA 4UACA 4X48A 2O1LA 1IITA 2V3TA 3OSRA 4E0WA 4XKPA 3K6WA 2XXRA 5DVIA 5TPAA 3T66A 4Q0CA 3H3GA 1B46A 1M5CA 3UK4A 3QIMA 4F3SA 4R72A 2R9JA 1N7XA 1SW5A 5I57A 2XHDA 1FTJA 1B6HA 1DPEA 3MP1A 1B3EA 2B3BA 4EUOA 1LAFE 3L6GA 1MXUA 3CG3A 1CE2A 2I4CA 2HCAA 3PD9A 2XXUA 1EH3A 3I3VA 3V89B 4DLDA 1SW4A 4IB2A 1Z7ME 3VXCA 3FJ7A 1BLFA 4PQJA 3V8XB 2OWSA 2ABHA 2QPQA 2F6PA 4EDPA 2HZLA 4IY6A 2XXQA 3C35A 3T9UA 3OENA 4BDQA 5AA2D 2PVUA 3QYTA 3TCGA 4YKKA 5JTYA 5FTHA 3PD8A 1ELJA 2Z8DA 5EHSA 1FQCA 1UTHA 3BFTA 4U22A 1LAXA 4LUBA 3CVGA 1YPNA 2Q88A 3W9WA 3ILUB 3N6UA 4TLMB 5LOMA 1N76A 1RKMA 2VHAA 4G68B 3K1PA 2ZYKA 3H6VA 4G8HA 1Y1ZA 3FATA 5ISUA 5EHMA 2VOZA 3VFJA 4POWA 2D5WA 3I6VA 1P1NA 2D21A 4TLLB 5A5XB 3EQ1A 4HTGA 3M3FA 4F1YA 2DP8A 1N0TA 4N6PA 4IY5A 1Y20A 3S9EA 4WXJA 1LCTA 4XIGQ 4JB7A 4FIMA 4OFJA 4OEUA 2O7UA 4LP2B 1A99A 4C1TA 1JEUA 5IKBA 4EF1A 2XXIA 2CMOA 1LAHE 2DXYA 3G3GA 3I5OA 4RXLA 2DVCA 3KN8A 2DOJA 4YB6A 2QSXA 5CMMA 4IGRA 1HSJA 3ONMA 4ZEDA 2HAVA 3WAFA 3RGYA 4KI0E 4GOTA 2XXWA 3G3KA 4NE4A 2FYIA 4XXUA 1LFIA 3A3CA 1OQGA 1NL5A 4M1VA 4ZZEA 4PFTA 4I9DA 4G2ZA 3CFXA 4AB6A 5TP9A 2RKMA 4H65A 4H8JA 2UVJA 2XD3A 4IO4A 1R9QA 2O6AA 5L9OA 2DE2A 3CR9A 2YPNA 1M5EA 1DTGA 3KJ7A 1LGBC 3S9MC 3KSXA 3IO4A 5DEXB 3FIRA 5I84A 3O6IA 1P1UA 3TYHA 3O6HA 1JVYA 4YMAA 2I4BA 4HW8A 1MQJA 4H67A 3THIA 2YLNA 4ONYA 4F3PA 4YB7A 1AIVA 1PEBA 3SEWA 1Y4TA 1ANFA 1FQEA 4R6YA 3KGCA 5CBRA 4QFLA 2UVGA 1XHYA 4XKQA 2F5XA 3MVWA 5DVJA 1EZ9A 3MAMA 3HCQA 3SETA 5BWJA 1MH4A 4U1OA 1CB6A 1MXZA 2GHAA 3OELA 5AA4A 1B4HA 2Z23A 1URDA 4NMYA 5TPAB 1OIBA 3G3JA 2ONKE 3DP4A 1B51A 5AA1A 3HN0A 3RTWB 1SBPA 3IOWA 3RT6B 2VGQA 4RK2A 2Z22A 4AQ4A 1H3DA 3PUYE 5I57B 4OQOA 1POY1 4MLQA 2THIA 1NNKA 3MZBA 1B7ZA 3RPWA 4EXKA 1TWYA 3PUZE 1I69A 2V3UA 4WEPA 1PBQA 3LSWA 2QS3A 3M3LA 2DWHA 3CIJA 4O3CA 3W15C 4OENA 5A5XA 5K2XA 3FZVA 2VP1A 3FGSA 1SI1A 1B32A 2PMSA 4F3BA 1OLCA 1NMUA 1AL3A 2F8DA 1B7UA 5KCJB 1BKAA 1QUJA 1JEVA 2F35A 3LSLA 5JTYB 4PETA 2ZXTA 3RN8A 1I6AA 2H4IA 2ANJA 4ZEKA 4X1BA 4F1VA 4KYEA 3QUFA 1UTHB 1NNFA 4NF4A 3MQ9A 3CFLA 4F31B 3LUYA 2Y7RA 3JV9A 2HZKA 4DE8A 2OK2A 4ESWA 4EQBA 1SQYA 3O9PA 1N3XA 3U8QA 1O64A 2I6EA 1HSEA 2O1MA 3TTLA 1Y4CA 4E0XA 2DXRA 1UTBB 2HFBA 3O97A 2WKYA 4QHQA 3UA8A 2Q89A 3IOUA 1B58A 4DCYA 3MW0A 3PPPA 3PV0E 3CSBA 3H4ZA 2DSFA 3OMBA 3PPRA 3MJNA 1S50A 4G4PA 5H8HB 5EYFA 3H6WA 3RTFB 1VSOA 3T9XB 3TZAA 4F2QA 4GQOA 1B05A 3IL1B 1D9YA 1I6QA 1VFEA 2RCBA 2REJA 3H03A 5ICQA 4HCWA 2RC9A 3U93A 3SDFA 4OHNA 4ZE9A 5DTBA 4R9FA 2ZMBA 3PUXE 4G77A 1DPPA 4RA1A 4P11A 3SESA 4U4SA 3VVDA 2GRVA 3DM0A 3EN3A 3K0VA 1ZKBA 3QUJA 4HCYA 2F78A 3FXUA 1FW0A 3IR1A 1SVXB 4KCCA 1TFDA 2FNCA 3B7DA 1NKXA 3SEVA 4BLAA 2GFEA 5H8SA 1B5JA 3K6UA 5TP9B 3B6QA 1WDNA 4NWCA 1LSTA 1ZLQA 1B40A 4FECA 5H8NA 2H98A 4YKJA 4ZECA 4KQPA 4F29A 4KYDA 4NF8A 3FVNA 4ZS9A 2H99A 3V5AA 2H5YA 1IXGA 3MWBA 1LBCA 3GBBA 1OMPA 3SERA 4RPOA 4GF8A 2F36A 2PT2A 4LA9A 1QUKA 3USDA 3CSGA 2XXHA 4F2OA 4GL8A 4ESXA 2BJJX 4F39A 5F7VA 3HHGA 3VLWA 1ATGA 3CI8A 1UIUA 4FORA 3ZS6A 2UXAA 3OSQA 1NNTA 3OOAA 3WAEA 3SKPA 2E0SA 5KCJA 5H8FA 2DWJA 4UA8A 2Q2CA 4H1XA 1FQAA 4MH5A 1PC3A 2AIXA 4R6HA 1UIVA 2HQ0A 5AA4B 1EZPA 3MZ1A 4IO2A 4OTEA 1MY3A 1US4A 1MXXA 3K2DA 2HXWA 5CM6A 1B5HA 2Q9TA 2NVUB 4ELPA 1A40A 2F7AA 3SEUA 3EHSA 4OETA 2FA7A 2VD2A 3H7MA 3MP8A 3RLFE 3F11A 2ESNA 1D9VA 2A5SA 3DP6A 2F6GA 3RUMA 1BIYA 2R71A 3C31A 4QFKA 1UTBA 1SW2A 2PBWA 2UYEA 5M2VA 5L9MA 4EF2A 3A3UA 4RY1A 3FJMA 3LC8A 1QJMA 1Y3PA 3H06B 5H8HA 5DVFA 4Q5TA 1PB7A 3ILTB 3PGFA 3EPEA 3UGWA 5JK4A 2H25A 3EHUA 4Q8RA 1YTVA 1KWHA 3K1MA 1TT1A 5F1QA 3MZ9A 1JETA 4GL0A 1QVSA 3QAXA 3CG1A 2NUVA 4NF4B 3N94A 4G68C 2I48A 4NTLA 3T9HB 4ZEIA 2ZNSA 2PYYA 5ITPA 3A09A 1L5TA 2M8CA 1MPBA 3T96B 3OD7A 1LAGE 1QULA 2O68A 1MQIA 1N7WA 3CFZA 3FASA 3O29A 3TELA 4OMBA 4KYSA 3EF7A 1QW0A 2YJPA 1ZIUA 4ZEFA 4X9TA 3TCFA 5I59B 3GLBA 3IB0A 2XX8A 1SW1A 4RJZA 4R2FA 2REGA 1A55A 4FEBA 3TMGA 3KN3A 3OEMA 1PBPA 1MY2A 4NF5B 4F22A 4ZDMA 4FATA 3O66A 2HAUA 4IGTA 4ND9A 3IB2A 4U4XA 4GIZA 2P0SA 4YICA 3MP6A 2O69A 5B70A 1FTLA 4JDFA 3LSXA 1XVYA 2ZYMA 3LR1A 2QMWA 3TDJA 2F97A 4FE8A 1N84A 1IXIA 4ZEBA 3FVKA 3Q26A 3TFLA 4OVJA 3G3IA 4PFWA 1B4ZA 3GXAA 3Q27A 4IO6A 2P1SA 3LSFB 5DT6A 3K6XA 3OXNA 5B7DA 5FHNA 4DDDA 4F18A 1A54A 3KOTA 3MPKA 1B0HA 2Q2AA 5I58B 2UYFA 1OQHA 5H8NB 5KDTB 2XXYA 2GHBA 2B3FA 3TQLA 4NF8B 4RYAA 4LZ7A 1NFTA 4OYVA 1H45A 4R75A 1MH3A 3H6UA 3W9VA 5JEIA 1XC1A 3U1OA 3OEKA 1IEJA 3RY3A 1ZTYA 2KLFA 2ALUA 1H76A 3C34A 3RQTA 3FXQA 2OJTA 3S4UA 4ECFA 3FD3A 4DIGA 4YU0A 5I56A 1AMFA 4JSOA 5H8FB 3TPAA 2XXTA 1J1NA 1P1OA 3K01A 3C32A 2Q8JA 3VVFA 3G7WA 4GD5A 1TXFA 1SD3A 3AXFA 4BDNA 1II5A 3R7XA 4DZ1A 1I6BA 4YMBA 3JZJA 4MFIA 5I2NA 1FQFA 2AL5A 4U2RA 2AL4A 2A5TB 1JW1A 3VV5A 1DSNA 1H43A 1PB8A 5IAIA 2V93A 1MPCA 4DXUA 2UVIA 1IXHA 1XS5A 4L17A 4KCDA 2DWIA 1B3GA 3MPLA 1VE4A 4G8MA 3M8UA 3Q29A 4IO5A 2I0CA 4KHZE 5I59A 1PB9A 5TU0A 4KPTA 3Q25A 4NWDA 2XX7A 4GVOA 4GXAA 4QSDA 3FV1A 1A8EA 2Y84A 2DE4A 4LONB 4NF5A 3K4UA 3BFUA 3IOTA 1Y3NA 2QS4A 5ITOA 3UP9A 4M4GA 4JXIA 1RYOA 1IZ1A 4U21A 4P0IA 4ZE8A 5I2KA 2LAOA 3DELB 4YB5A 4GRKA 3D4CA 4FAJA 1IUDA 3E13X 1USYE 3PMXA 4BDLA 4O3AA 3K00A 2Y7KA 3IORA 2X7PA 3RT8A 4H5FA 3EHTA 3MVXA 3K02A 2OCUA 3TQWA 3TTKA 4N13A 4MLVA 1OVBA 3DP8A 4JBZA 3N26A 1IQ7A 1B7HA 4LZ8A 1LLSA 4NF6A 3UIFA 4EXLA 4R9GA 5HM4B 5I58A 3GZGA 5KDTA 1GVCA 4U23A 1POTA 3TCHA 5HBCA 3ZKLA 3FUZA 4OFOA 3TTMA 1ZU0A 4XKNA 1B3FA 4KR5A 1P99A 1DOTA 4LZ5A 3DLNA 1ZMGA 1LB8A 2G29A 2Y7PA 2AYSA 2DE3A 2F34A 1B2HA 4EQ7A 2F7CA 1F9BA 1MQHA 1MDP1 3QK6A 2E1SA 4RK9A 1URGA 2I0BA 2F7BA 3M3KA 3PU5A 4DCXA 1B3HA 2RF1A 4I1DA 4QF9A 1NNPA 2V84A 2QS2A 3JYRA 1QKAA 3R26A 1UQWA 1FTKA 2ZYOA 2PT1A 1O63A 4R73A 3MBPA 5BUUA 2DS9A 1R1NA 3B6TA 1M5BA 1JQFA 1MDQA 3KEIA 2IEEA 2RCAA 4QFPA 4OWDA 3VE1B 3B6WA 4U1ZA 3CRBA 2A5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KC0A 5J16A 4TOZA 4MF3A 2Y7WA 3S9LC 1SYHA 5CMKA 4GFRA 3S9NC 4N07A 5I7IA 4P1LA 2QL3A 3KSJA 5H8QB 4MBPA 4MIJA 4PFUA 4JWXA 4OANA 2QVRA 3V83A 4MCOA 5ICTA 1MRPA 3HHFA 2DVZA 4PAFA 1BTJA 4NHBA 3C9HA 1D4NA 1MY1A 1FTOA 2NWJA 5L8DA 1JNFA 1Q35A 3FVGA 3P7IA 1XOCA 5EQAA 4C1UA 4BDMA 2I49A 1LBXA 5I56B 2PX1A 2DWAA 1R6ZA 1AOVA 3IK6B 2ONSA 1XVXA 3VLVA 3HSTA 5LTCA 5F24A 2I3WA 4F1UA 5CC2A 2QMXA 3FBPA 2HEUA 2IA4A 5KZTA 1OLAA 2XD2A 4GX3A 3TAJA 5I5PA 3SEYA 4ZZAA 5K2YA 2B4MA 1ZJLA 4PP0A 4N8GA 3G3FA 4LN5A 4Z7EA 4F19A 1EZOA 1NH8A 2XXXA 4PF6A 3MVZA 1LFGA 1B5IA 4NEDA 3S2VA 5I2NB 1H44A 4OESA 4I8CA 4C0RA 2WBBA 3MC2A 4POXA 4LVQA 4DI4B 3R6UA 3TEPA 2FIEA 3ODBA 4NF0A 1US5A 1URSA 2DQVA 1MG1A 4I40A 4AS4A 5CBSA 3ISPA 2HXRA 4H8IA 3QSLA 4P0GA 1SDXA 3PPNA 3IFAA 4YAHX 1HSLA 3IOVA 4IO3A 1N04A 3IJOB 3TUSA 5HPQA 3O2AA 1FBCA 3OO8A 1YCJA 1NI9A 2DYXA 2OZZA 1VR5A 1RYXA 3IJXB 1DK4A 1IMFA 3KC1A 4KFQA 1PDAA 3K1NA 5AA2B 2G93A 2GH9A 2Y7IA 4YKIA 1WODA 4LQ2A 1CNQA 3D4GA 4ELRA 1MXVA 5I2KB 3H6TA 4ELQA 1M5DA 3HO7A 4PE5B 1P1QA 1SI0A 1Y9UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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