2RC8A

Crystal structure of the nr3a ligand binding core complex with d-serine at 1.45 angstrom resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
KLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 100
structure length 284
sequence length 284
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A02
4EQ7A 1LAFE 2VD3A 1B5HA 1H3DA 1II5A 4KYSA 1A99A 2GHBA 1B3GA 1B3FA 1O63A 2F7CA 3OEMA 5I57B 3MPLA 2XXHA 3M3FA 5JK4A 3VFJA 1TFAA 1DTGA 1FQAA 3RPWA 3B7DA 1GGGA 1P1UA 3VVFA 3TTKA 4GL0A 4HCWA 1OQGA 1B3EA 1FCKA 1PEBA 3C35A 3CG1A 2DVZA 4R74A 4ZZEA 3PPPA 1N0TA 5TPAB 3U94A 2NUVA 1USYH 1P99A 1MY3A 4PP0A 5DVFA 2ALUA 5I57A 1I6QA 2F78A 1QW0A 3TCHA 3TODA 3MUQA 2REGA 3OEKA 2PYYA 1IUDA 3KN7A 3JZJA 2ZYNA 3R6UA 1VSOA 1LFHA 5F1QA 1CB6A 5ICQA 3FATA 5LOMA 5TPAA 3OSQA 3PUYE 5HPQA 4H6DA 4BDMA 3JV9A 3L6GA 3D4CA 1PB8A 4PETA 3FGSA 5L8DA 3E3KA 3LUYA 3LSWA 3K0VA 3CR9A 4IO4A 4U1OA 1Y3QA 2XXYA 2XXRA 1O7TA 3H6UA 3LBSA 2Q2CA 3PUZE 3S9MC 1XC1A 4H67A 4JDFA 1IXCA 2Q89A 3V89B 3QUJA 1JNFA 1QJMA 4BDOA 1BLFA 1WVJA 5M2VA 3K00A 4YICA 4XKRA 2A5SA 1XOCA 1M5BA 2WKYA 4TOZA 5EHMA 4ND9A 3QK6A 2F8DA 3D4GA 3PUXE 1UIVA 3LSXA 4EQBA 4THIA 1QKAA 3G3JA 3SEUA 4YKKA 1D9VA 5I84A 3OELA 1B51A 4JSOA 3U92A 2X26A 1DTZA 2F97A 1LCTA 2UYEA 3KSJA 3MVWA 2FNCA 3GZGA 1LSTA 1LAXA 5TU0A 1SI0A 4F2QA 1ZIUA 3KOTA 3K4UA 4NF5B 2ABHA 4ZZAA 4EDPA 3LSFB 1FTOA 3KJ7A 5L9SA 4NWCA 3PMVA 4PFWA 1QUIA 1IIWA 3U93A 4RY1A 1Z7ME 3QYTA 3O6HA 1B0HA 4POWA 3MZ9A 4UA8A 2H4IA 2VOZA 3VLVA 3DP6A 3JYRA 3A09A 2HZKA 4JWYA 3MPKA 2F6GA 2G29A 1SYIA 1LB9A 5AA3A 4ELRA 4OFOA 3SKPA 1MQHA 2QPQA 1L5TA 2GHAA 4NF5A 4GWOA 1URSA 2IA4A 3KN8A 1UTHB 5AA1A 4M1VA 2REJA 1OMPA 1MPDA 4QSCA 4R9FA 2F35A 3K6UA 3F11A 3H6TA 3T9VA 4WKMA 3MW0A 3L6HA 5ISUA 3E4RA 4GXSB 5L9OA 4JB7A 3FJGA 3RLFE 4ELQA 3TAJA 4ESXA 4QFPA 3RTWB 4F1YA 2W7YA 3FVKA 5B7DA 1AMFA 4O3AA 1IXIA 4KD5A 1UTHA 4LZ7A 2RINA 3IO4A 4C1UA 4RPNA 5CMMA 1B1HA 4BDNA 4GLIA 4R9GA 3PPRA 2FYIA 4IGTA 1XT8A 1SQYA 3C34A 3CFLA 2XXUA 3MAMA 2XXVA 2XXWA 4UACA 3G7WA 4BLAA 1LAGE 5FHNA 4LONB 1SW1A 1N7XA 4DXBA 1SYHA 1MXXA 4Z7EA 1OLCA 1B7HA 3FXRA 3DLNA 5CC2A 1BTJA 5EYFA 3E13X 4YB5A 2FA7A 2XD2A 3IB2A 5CMCA 4QFKA 1GV8A 1TXFA 5AA4B 2V3TA 3EHSA 1AH5A 2ZNSA 4I8CA 2P0SA 1NH8A 3GBBA 4MF3A 1DSNA 3VVEA 1KWHA 1S50A 4EXLA 1NMUA 4YKJA 2I0CA 3TFLA 4DXCA 1FQDA 5H8HB 2F6PA 4FE8A 3FVOA 1NL5A 2UXAA 1PC3A 3TKDA 2NXOA 2NVUB 5DT6A 3VXCA 2RC9A 3RN8A 4DXUA 4Q0CA 1Q1KA 2F7BA 3TTMA 5AA4A 3ZKLA 4IGRA 1MXVA 2DP8A 3THIA 4YAHX 3I6VA 3IB1A 4KYEA 4LQ5A 1WDNA 1ZTYA 2X7QA 1DPPA 1PBPA 3W15C 1PB9A 2I3WA 3RGYA 3HHFA 2OJTA 3U1OA 1T0KA 1IQ7A 1LB8A 5H8HA 4DCXA 2V93A 2R6GE 2AIXA 3IOUA 2QS3A 2XHDA 5HM4B 3A3CA 3C9HA 2DSFA 2OLBA 4OEVA 3UA8A 2CZLA 1P1WA 5L9MA 1BKAA 3IOTA 3FV2A 1A7LA 5K2YA 1LBCA 1H76A 5CRYA 2VGQA 4LZ8A 5F7VA 3TDJA 1N3XA 4RK2A 3FVGA 4R75A 2O6AA 1N3WA 3OO6A 2I0BA 1MG1A 3RT8A 4KPTA 1Y20A 2DVCA 2UVJA 4ELOA 4F18A 2AL4A 4H8IA 1EZ9A 1FTLA 2B3BA 3RT6B 4GOTA 3CVGA 3U8QA 4IO3A 1JETA 3HHGA 3C33A 2E1SA 4BDLA 2QMWA 5I2KB 4FEBA 1POTA 4P0IA 4IO7A 5H8FB 3H03A 3FJMA 3UGWA 3OO9A 2HFBA 5CBSA 1MXWA 4DZ1A 4H1XA 3ILTB 2H9BA 2RC7A 4R73A 4OYVA 4GFRA 3FXUA 3KBRA 3N6TA 4OXVA 1EZPA 5FHMA 1URDA 1AL3A 1NNFA 1MH4A 5J1DA 3UIFA 3GXAA 5I2KA 2XX7A 1NFTA 3RQTA 3AXFA 2OCUA 3TCGA 2R9JA 1GTKA 1NKXA 5H8FA 2D3IA 2RCBA 2UVHA 3FUZA 4GIZA 4ZEDA 2OZZA 1OVTA 2ZYMA 1MY0A 3PUVE 1QVSA 1YPNA 3VVDA 4NF6B 3VXBA 4ISUA 1B3HA 1OLAA 3G3HA 3T9XB 2HZLA 1US5A 1VE4A 5EHSA 3DM0A 1B46A 4I9DA 4P0GA 4QFOA 4F1VA 1MY1A 3EF7A 4JWXA 4XKNA 3K6XA 4IO6A 2I4BA 4LA9A 5FTIA 4H65A 3GBAA 2VD2A 1POY1 2OK2A 4NF6A 1R9QA 1FTMA 4P11A 4ZECA 1JEUA 2QS2A 3MVYA 4I1DA 3O29A 4C0RA 5I59B 4ONYA 4TLMB 4GVOA 4RK9A 3VDFA 2ZYKA 1PBQA 2ZMBA 4NWDA 1LBBA 1YTVA 1Y4CA 3OENA 4GQOA 4OESA 4G8MA 1AOVA 1MXYA 3CSGA 4R2BA 5IKBA 1ANFA 4H8JA 4R6HA 1B4ZA 2O84X 1SD3A 4F3BA 1MQJA 4HS7A 1LGBC 2XXXA 5I59A 4NE4A 2H98A 1B32A 1D9YA 5KDTB 4DCYA 5TP9B 3S9LC 2NWJA 1XS5A 4G77A 2QRYA 1SDXA 3OO8A 4C1TA 2Y7PA 3IK6B 1HSLA 3FXQA 3C4MA 3B6TA 3CG3A 1YAEA 2HEUA 3QXMA 1B3LA 5KDTA 4I62A 3IX1A 3K01A 4OTEA 5TP9A 2Y7WA 3TEPA 3N94A 4LUBA 4X1DA 2QS4A 5CI5A 4DLDA 1QUKA 4YKIA 2M8CA 3ZS6A 2O68A 1SVXB 3HN0A 1PDAA 3EHUA 3MJNA 4IY5A 2DE4A 3KN3A 5ITOA 3PGFA 4KYDA 4G8NA 1B2HA 3V8XB 3IJXB 4YU0A 1GVCA 2RCAA 3G3IA 2G93A 3S9EA 3U72A 1WODA 1MS7A 3H6VA 3IOVA 2GH9A 4MBPA 3VLUA 3SEYA 3PPNA 4F29A 3N26A 3Q27A 1FQFA 3T66A 3SEXA 4R6KA 4PFYA 2NOOA 4WEDA 1JQFA 3RY3A 4F22A 3V83A 3KGCA 4QSEA 3HO7A 4FATA 3WAFA 1EU8A 1CE2A 4G68B 3O9PA 4AB5A 4R6YA 3MBPA 4XXUA 4ZEBA 4YKPA 1J1NA 2DWAA 5HBCA 1D4NA 4X48A 4OVJA 5CMKA 4FAJA 3S9NC 1MDQA 1OVBA 2V3QA 3G3GA 2YLNA 3O28A 4JSDA 3SEWA 3K1NA 3TQWA 2XX8A 4GD5A 1N7WA 4YB7A 2ONKE 1A54A 5JTYB 2HAUA 4G68A 3HCQA 1NNTA 4POXA 4TLLB 1TT1A 2QSXA 5K2XA 3OMBA 3DP8A 4FIMA 4KQPA 3BKIB 1Q35A 2RKMA 2D21A 1MXZA 4N07A 4NF4B 3KG2A 1ZBMA 1QULA 3IO6A 4IY6A 1EZOA 4ZDMA 4U4SA 3ODBA 4GXAA 3MP8A 4M4GA 1XVXA 2I3VA 5JTYA 3T96B 4F3PA 3EN3A 3B6WA 3TCFA 3IB0A 1FTJA 2Q88A 4WEPA 1ELJA 1I6AA 3KSXA 1MDP1 4RYAA 4BDQA 4H5GA 2PVUA 4YB6A 4MFIA 2DE2A 3VV5A 4NF4A 3FZVA 5FTHA 1URGA 2XX9A 4OEUA 1FW0A 1H44A 4U1ZA 5BUUA 3T22A 2DXYA 3N6UA 2I4CA 3M3KA 1ZJLA 5KCJB 4KCDA 3W9WA 4FJPA 2HCAA 2O7UA 3RNNA 3IORA 3MZ1A 4F3SA 2YPNA 4WXJA 2O1MA 3P7IA 3CFZA 3TYHA 5CM6A 4U4XA 2E0SA 5I58B 1N76A 2P2AA 5DEXB 2Z8DA 1SW4A 1D3KA 1FTKA 4YMBA 1MXUA 1NNKA 2ESNA 3CSBA 3SEVA 4XKQA 4EQ9A 5KCJA 3E9XA 4XKPA 4ESWA 5CBRA 2ONSA 3FV1A 1UTBB 5B70A 2CMOA 1OQHA 2AYSA 4F31B 3PPOA 3IOWA 5DVIA 3M8UA 5I58A 2HXWA 3EPEA 2F36A 4FEDA 3QSLA 1MH3A 1Y9UA 3FJ7A 3IAZA 1TWYA 3R26A 3DELB 4KFQA 4YMAA 4U22A 3OSRA 4AQ4A 1MM7A 2I58A 3PUWE 3OXNA 3TMGA 2P1SA 1UTBA 5H8SA 3BFUA 4PE5B 1BIYA 2VP1A 4LVQA 1MQIA 2PX1A 4HTGA 3LC8A 4OFLA 2V3UA 2Y7IA 3N5LA 4IO2A 4O3CA 2BJJX 2PT2A 3OO7A 1B05A 2QJEA 4PFTA 1A8EA 1A40A 3IJOB 1ZMGA 3V5AA 3O97A 3O66A 2H99A 3T93B 1IXGA 4G2ZA 3IR1A 1B7UA 5I2NB 3K02A 3KZGA 3TTRA 4ELPA 3EHTA 4H0WA 3FD3A 4OFJA 4U21A 3OOAA 4MLQA 1B40A 4ZE9A 1B5JA 2B65A 4BDRA 2YJPA 4IB2A 3G3KA 3ZKKA 1A55A 3TQLA 1ATGA 3O6GA 5I2NA 2ZYOA 3Q25A 4GRKA 1MY4A 4XIGQ 1IEJA 3Q29A 4EF1A 2PT1A 1JW4A 1EH3A 3MVXA 2R71A 1JVXA 3UORA 1O64A 4LATA 1LCFA 4KR5A 3MZBA 1DMBA 4QF9A 4R2FA 1M5FA 1JW5A 1R1NA 2DYXA 2F34A 2QS1A 2DWJA 5I56B 3FASA 3C32A 1HSEA 1MM6A 2GFEA 1P1QA 3FIRA 5H8NB 1ZLQA 1Y3PA 4ZEIA 1LLSA 1JW1A 1DOTA 2AL5A 4KCCA 5ICTA 1DPEA 1LFIA 2O69A 3LSLA 5CMBA 3TUSA 1XHYA 2I6EA 1F9BA 3CIJA 3HSTA 5DYHA 3K2DA 5I56A 1R9LA 1B9JA 3Q26A 4AB6A 5H8NA 1LFGA 2Z8EA 3UN6A 4N6PA 3HPIA 4Q5TA 5AA2B 3H7MA 2HQ0A 1NH7A 4PFUA 4F1UA 4JBZA 4RXLA 3ECRA 3H06B 4GF8A 1PB7A 3T9UA 2DXRA 2XXQA 3K1MA 1P1OA 4QFLA 4O3BA 1ZU0A 1FQCA 1NNPA 3KJTA 2OWSA 2ZNTA 4JXIA 3QAXA 2DS9A 1R6ZA 3SESA 4OHNA 4G68C 5AA2A 4NF8B 3KEIA 2B3FA 4EF2A 1AIVA 2H5YA 1QUJA 1B1XA 4G8HA 1USYE 2IEEA 5AE4A 4OZ9A 5ITPA 1B52A 2Q8JA 4HCYA 1RYOA 2XD3A 1UIUA 5ELVA 4QRZA 1A8FA 1VFEA 4K3FA 3W9VA 4RPOA 2A5TB 3O6IA 3PD9A 4FORA 1BP5A 4NF8A 3VE1B 5A5XB 5IAIA 4OMBA 1VR5A 4X9TA 1FQBA 1TFDA 3CRBA 3C36A 3BFTA 1P1NA 3MVZA 5AA2D 4EXKA 3QIMA 5DVJA 5FHOA 2ONRA 5KZTA 3PV0E 1B5IA 4XTCQ 3C31A 1Z7NE 1SI1A 3S2VA 3GLBA 4G4PA 2A5TA 3TTNA 2UVGA 3SDFA 5A5XA 2KLFA 4DDDA 1GR2A 2Z23A 1FQEA 4GL8A 3CI8A 4ZEFA 3S4UA 4PQJA 3PU5A 4H5FA 1B0LA 3ZSFA 2QL3A 3T9HB 2PBWA 4TQUQ 2I48A 3KFMA 4ZS9A 4YZZA 1M5CA 1MPCA 2H25A 3B6QA 1B4HA 4DIGA 3PPQA 2Y7RA 2O7IA 4NMYA 3SERA 1QKBA 4QFNA 3I3VA 3MP6A 3UK4A 1MRPA 2D5WA 4QSDA 4U2RA 1I6BA 1IZ1A 2O51A 1XVYA 1OIBA 4NEDA 5DTBA 4KHZE 4JWOA 4ZEKA 1Y3NA 3H3GA 2X7PA 2Q2AA 3WAEA 3K1PA 3BBRA 4OQOA 4LP2B 3PMWA 4OENA 4E0WA 1MY2A 2ZNUA 3DP4A 4KI0E 2Y7KA 1SW5A 4RJZA 4F39A 2V84A 3HV1A 3TZAA 2F5XA 3G3FA 3QUFA 3TPAA 1Y4TA 1LAHE 3Q28A 1MQGA 1H43A 2THIA 3R7XA 4MLVA 2ZXTA 4ZE8A 2VHAA 3KOSA 1I69A 2V25A 1IITA 3K6WA 1RYXA 1SW2A 1RKMA 4LZ5A 1HSJA 3TTLA 1B7ZA 4ECFA 1N84A 2OBGA 3K6VA 2Z8FA 2OWTA 1US4A 5JEIA 4Z0IA 3H4ZA 2I49A 4EUOA 4R72A 4RNSA 2XXPA 3I5OA 3MQ9A 1UQWA 2PMSA 2UYFA 3LR1A 3CFXA 2O1LA 3O2AA 2LAOA 1MPBA 1IXHA 3PMXA 4X1BA 3MWBA 3RUMA 4OETA 4U23A 1ZKBA 4OERA 1SBPA 3ILUB 3TELA 1YCJA 4F3GA 1Y1ZA 1B6HA 3IL1B 5DEXA 2DE3A 3ONMA 4N13A 2Q9TA 2RC8A 1MQDA 2HAVA 3H6WA 4LQ2A 5BWJA 2QMXA 4MH5A 2XXTA 3EQ1A 1JEVA 2UVIA 2RF1A 2ANJA 2DOJA 4IO5A 4Q30B 4OWDA 4F19A 3MC2A 3A3UA 4QHQA 4FECA 3SETA 1S7YA 2Y84A 3PD8A 4NTLA 4F2OA 2DWIA 2GRVA 5H8QB 1B58A 3MP1A 2XXIA 3RTFB 3UP9A 4DE8A 3OD7A 1S9TA 2DWHA 4E0XA 2F7AA 4L17A 4RA1A 4Q8RA 1JVYA 3VLWA 3M3LA 1VFDA 3FVNA 1N04A 2Z22A 3USDA 1M5DA 4HW8A 1Y1MA 1M5EA 2DQVA 5H8QA 1H45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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