2RC8A

Crystal structure of the nr3a ligand binding core complex with d-serine at 1.45 angstrom resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
KLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 100
structure length 284
sequence length 284
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rc8A02
3FIRA 4KPTA 1ZU0A 4KYEA 1LFHA 1NNTA 5IKBA 3FV2A 3T66A 1AIVA 4QRZA 4QHQA 3CFLA 5TPAA 1N76A 3TEPA 2OJTA 5AA2D 3IORA 4OMBA 2QS1A 1MXUA 4ZE9A 2RC8A 3O6IA 4AB6A 3PUYE 4Q0CA 5AA4A 2RKMA 4RK2A 1JQFA 4HTGA 3PGFA 4H8JA 5CI5A 3HN0A 3H03A 4HCWA 1RYOA 3KSXA 4F31B 3KG2A 4GL8A 3DP4A 4NE4A 1IUDA 2XX8A 3N6UA 2NXOA 2F34A 4LUBA 2I3VA 1KWHA 3GLBA 1O64A 1FTKA 3TQWA 1XVYA 4F1VA 1YAEA 2UVHA 4LONB 2XXVA 4IY5A 3THIA 1Y4TA 4F3PA 5EYFA 3UN6A 3G3IA 1P1OA 4YAHX 2FA7A 4JWXA 4I8CA 4U23A 1H45A 1UQWA 1SW4A 1ANFA 4PFUA 1QVSA 3RLFE 5F7VA 4FIMA 3IOVA 1P1QA 3UGWA 1R6ZA 5K2YA 4E0WA 1FTMA 5A5XB 2OBGA 1QULA 4THIA 1USYH 3O97A 1MY1A 2NWJA 5FTHA 2YJPA 2P0SA 4FECA 4EXKA 2X7QA 3I5OA 3ODBA 3KEIA 4KR5A 4FEBA 1FCKA 2BJJX 3PPRA 3Q26A 1QUIA 1EZ9A 3N6TA 4OFOA 4BDNA 3FZVA 2I0CA 4EDPA 2QS3A 4GL0A 4F22A 4PP0A 4FORA 4G2ZA 4DXBA 3V89B 4JWYA 3RTFB 3H6VA 3K6UA 1QKBA 2M8CA 3D4GA 2UYFA 1EZPA 4PQJA 3EHTA 2LAOA 2Z8EA 4H5FA 1SYHA 2XXYA 3MQ9A 3IAZA 4JDFA 1SD3A 4IB2A 2PX1A 1P1WA 3HSTA 1MDQA 3KOSA 2NVUB 4M4GA 1A8FA 1B05A 4YKIA 4OFJA 3OENA 2D21A 1TFDA 2V25A 4EF1A 3M8UA 1AL3A 4OYVA 1LAGE 1MPCA 4C1TA 3QIMA 1AH5A 3QUJA 4OZ9A 3KBRA 2O7UA 5DVIA 1M5BA 2H5YA 4GFRA 5I59B 3KZGA 3N94A 1CB6A 1SI0A 4G68B 4WKMA 1UIVA 1MDP1 3K1MA 4GLIA 2F7CA 1B5IA 3KN3A 3TPAA 2RCBA 2XXXA 5EHSA 4IGRA 3OO8A 3QSLA 2ONSA 4XTCQ 3JZJA 2QMWA 4BDLA 1NKXA 3K02A 2O69A 3TTLA 4M1VA 4RYAA 4DDDA 1Z7ME 1OQHA 4DXUA 2NUVA 3RN8A 5DT6A 3N26A 4ZZAA 4ZE8A 1I6AA 2HZKA 2ESNA 1BLFA 1R1NA 1Y1ZA 5DEXB 3K01A 3C9HA 4GWOA 4R75A 1SW2A 4RXLA 1MY4A 2DQVA 1FTJA 2OWTA 5L9OA 1T0KA 3KJ7A 4N07A 1TXFA 4MLQA 5BUUA 4JWOA 5H8SA 3KJTA 5DYHA 3PUVE 1B32A 5I84A 4G77A 5JK4A 2Y7KA 5FHNA 1DTZA 5ISUA 4ECFA 4R9GA 3T93B 3DELB 2OK2A 3CSGA 1O7TA 1H43A 3I6VA 4OWDA 2DP8A 3A3CA 4RNSA 4F18A 4F19A 1IXIA 1DSNA 4JXIA 1XOCA 1MY3A 3FV1A 1LGBC 2O6AA 2Q89A 4QFOA 2XXWA 4GRKA 4F3BA 2QMXA 1LFIA 2RC9A 2D3IA 1J1NA 1ZJLA 3DP8A 4F1UA 3TODA 1MQIA 3TKDA 1JETA 2ONKE 3MP6A 1ATGA 1EU8A 3TCHA 3H06B 3K6VA 5I2NB 4Q30B 2F5XA 5DEXA 2Z8DA 2UXAA 4LQ5A 1N3XA 3N5LA 4R6KA 4ELOA 3MJNA 5ITOA 1A99A 1MQJA 1PEBA 4XXUA 4KCCA 5CM6A 3A09A 4ZZEA 2Q2AA 4DCYA 1AOVA 3Q27A 1OQGA 4QFLA 2HCAA 3SEWA 3RQTA 1B4HA 3IO4A 4O3CA 2D5WA 2W7YA 3EPEA 3W9VA 1Y3NA 1Y1MA 2DE2A 2QJEA 1MQHA 1WDNA 3U92A 4KYSA 2HAUA 2V84A 5KZTA 4R2FA 5AA1A 1XVXA 2Y84A 2GHAA 1FTOA 1LB9A 1R9LA 2QS2A 4EF2A 4JSOA 5JTYB 4FATA 2VHAA 4LATA 5CC2A 4OERA 4YB7A 4GVOA 2HAVA 1PBPA 3PMVA 4P0IA 1VFEA 3ZSFA 1ZLQA 3HO7A 1D4NA 1HSLA 4ELQA 3GBBA 3TZAA 3UORA 4ZDMA 3LR1A 1N3WA 1NH7A 3QK6A 1USYE 5I2NA 2ABHA 2Y7RA 3UK4A 4WEPA 3FXUA 3CVGA 3G3GA 1Y4CA 1NNKA 1IXHA 3CFXA 1JW4A 1UTHB 1NMUA 3L6HA 1B2HA 2VGQA 1OLCA 3FATA 4WEDA 3TDJA 2VD3A 4HCYA 5EHMA 5ELVA 4R6YA 3CRBA 1Y20A 3B6QA 3P7IA 4QF9A 1QUKA 4RPOA 2Q8JA 1II5A 2CMOA 1GTKA 4F1YA 3EHSA 2Y7IA 3LSXA 3DP6A 3CSBA 5JTYA 1LLSA 3TQLA 4TQUQ 2IEEA 1JEVA 2DYXA 1HSJA 2XXIA 1XT8A 1PB9A 5KCJB 1D9YA 2VP1A 4N13A 5H8HB 3MPKA 5HBCA 3M3FA 3RPWA 2ZXTA 5FHMA 1LB8A 4OENA 5I58B 4F3GA 4G4PA 3MBPA 2A5TB 3S4UA 3Q25A 2IA4A 4GXSB 1L5TA 5AA3A 3B6TA 1UTHA 4QSDA 1FQAA 5TP9B 2DWJA 4YKKA 1BTJA 3Q28A 3EN3A 5CMBA 2ZMBA 1B3EA 3EQ1A 4NF6B 1Q1KA 1FQEA 3OEMA 4I62A 1IXCA 4U2RA 1B40A 1POY1 3PD8A 4ZS9A 2DOJA 3SEXA 1B52A 1NNPA 3IOWA 3FUZA 3CI8A 4KFQA 5K2XA 2ZNTA 2H4IA 4BDMA 4BDRA 2XHDA 2F7AA 4C0RA 3RY3A 2RC7A 3S2VA 1FQDA 4PE5B 1ELJA 3VXCA 2ZYMA 3MZ9A 1OIBA 5J1DA 4Q8RA 3QYTA 4Z0IA 4X1DA 5KCJA 1MQGA 1MXWA 4XIGQ 3QUFA 4ZEKA 3H3GA 4LZ8A 3VLWA 2V93A 2E0SA 1Y9UA 1Z7NE 5DVJA 4YU0A 3O6GA 3O28A 4H67A 5I58A 4GIZA 3K1PA 1ZKBA 2F97A 4UACA 1N04A 1OMPA 3OSRA 2FNCA 1D9VA 4WXJA 2F78A 1LCFA 3O29A 1I6BA 1LFGA 3TYHA 2I6EA 2H9BA 1ZTYA 3KFMA 4NF6A 3VV5A 4P11A 1QJMA 3EHUA 4U21A 4IY6A 2PBWA 4X48A 3E9XA 1H44A 3Q29A 2ALUA 3MP1A 3T22A 1MH3A 1OLAA 1F9BA 4MLVA 1URDA 3EF7A 3MZ1A 2V3UA 3TTNA 1MRPA 3FJMA 3FVGA 2O1LA 3MPLA 5L8DA 5L9MA 5A5XA 5DTBA 3VE1B 5L9SA 1URGA 4KI0E 3CR9A 1P99A 4IO6A 2DS9A 1GGGA 3ILUB 3OD7A 1VFDA 2I58A 2H98A 3FXRA 3SEYA 1GR2A 1B3FA 4X9TA 1N0TA 2HEUA 3FGSA 3K2DA 4IO7A 2H25A 1EZOA 2PMSA 1Y3QA 2DWIA 4XKRA 4QFKA 3E4RA 1LAHE 1H76A 4RK9A 2B3BA 1MQDA 4QFPA 2XXPA 3MP8A 2XD2A 2REGA 3IB0A 2REJA 2R6GE 4O3BA 4I9DA 4F2QA 2E1SA 1MXXA 1M5CA 4KD5A 2G29A 4H0WA 3FVOA 4QFNA 2P1SA 1PC3A 2ZNUA 3FJ7A 4R2BA 3V5AA 1B58A 1DPEA 3SEVA 1Y3PA 4H1XA 2AL4A 3BBRA 4F29A 4Q5TA 3MVYA 4ND9A 5I59A 4DLDA 3RUMA 4TOZA 1URSA 4F3SA 4BLAA 4P0GA 4G68A 3HPIA 3OMBA 4ZEBA 3H6TA 4XKPA 1FQCA 2NOOA 1LAXA 1NL5A 2DXYA 4NTLA 4U22A 4FJPA 1I6QA 5JEIA 2OWSA 5H8NB 3C31A 3HCQA 5TU0A 4R74A 3ZKKA 1SYIA 3ONMA 1VSOA 4R6HA 3IOUA 3O66A 2I3WA 3V83A 4AQ4A 3OSQA 1POTA 3U1OA 2OCUA 5BWJA 5KDTB 3IJOB 2DWHA 3PUXE 4LA9A 2ZYOA 2QRYA 3ZKLA 2QS4A 3UP9A 2O7IA 1OVTA 1IQ7A 2O51A 1DPPA 1JNFA 3KGCA 4MF3A 5H8FB 3JYRA 3T9VA 4YICA 1SQYA 4IO4A 3PUZE 1PBQA 2VOZA 2R71A 4RPNA 1N7XA 4ELPA 3IOTA 4HS7A 3M3LA 1IITA 3O6HA 4YMAA 1EH3A 2P2AA 3HV1A 4XKQA 3TTRA 3R6UA 3SKPA 2GH9A 1FQBA 4MH5A 3U94A 2ANJA 1NH8A 4YB6A 3ZS6A 3TUSA 3FASA 4R9FA 4EQBA 3PPPA 3T9HB 4N6PA 4YMBA 4EXLA 1MXVA 3PPQA 3T9UA 5M2VA 4UA8A 1FQFA 2F6GA 5KDTA 2DVCA 3BFUA 3S9NC 1SW5A 3DM0A 3G7WA 1S9TA 3FXQA 1B0HA 1IXGA 3MVXA 4IGTA 4OEUA 3AXFA 4RY1A 3E3KA 2O1MA 4KYDA 5H8FA 3WAFA 3C35A 1BP5A 3TFLA 1MS7A 4GQOA 4MFIA 3H6WA 1B7HA 1HSEA 4OESA 4NMYA 1A40A 4G8NA 1M5DA 3K6WA 5I57B 1FTLA 3CG1A 1PDAA 4JB7A 3IJXB 1MM6A 1PB7A 4IO2A 2I49A 3GXAA 1N7WA 1IIWA 2XXQA 1PB8A 4QSCA 1A54A 3HHGA 5B70A 3TCFA 3G3KA 4NF4B 4FE8A 3RTWB 3SDFA 5LOMA 1TWYA 3OO6A 4I1DA 3S9LC 5CMMA 3G3FA 4GD5A 1B0LA 3L6GA 4C1UA 3K6XA 4G8MA 2F35A 3PPOA 3PD9A 3BKIB 3TCGA 2Z22A 2Q2CA 4DZ1A 4PFYA 2QL3A 1YTVA 1SVXB 4FEDA 2YPNA 4DIGA 1MPBA 1SI1A 1BKAA 4TLMB 2GRVA 3U72A 3CIJA 3VLVA 3IB1A 1FW0A 3RT8A 2XD3A 2Y7WA 3W9WA 1JVYA 4U1ZA 1B9JA 1DTGA 3KSJA 4DXCA 1CE2A 2F36A 3FVKA 5CMCA 3O2AA 3C36A 2PT2A 3PV0E 2AL5A 3TELA 2DSFA 2HZLA 5AA2B 4LVQA 5I57A 2RF1A 1B1HA 4BDOA 1YPNA 1ZBMA 4EQ9A 2R9JA 4PFWA 2F7BA 5HM4B 2GHBA 5ICQA 4NF4A 5IAIA 1LAFE 2THIA 3MWBA 4ONYA 5FTIA 1VE4A 3SERA 4ZEDA 3OOAA 3QXMA 3WAEA 3TMGA 4ESWA 1B46A 1MY0A 4ZEFA 3R26A 5H8HA 2OZZA 3O9PA 5I2KB 2DWAA 3LUYA 3G3JA 2HXWA 1MPDA 2O84X 1MXYA 3QAXA 2A5TA 4H8IA 2DE3A 2YLNA 2F8DA 3H4ZA 5TP9A 4OTEA 2Z8FA 3RT6B 2I48A 1P1UA 4EQ7A 5H8QB 2OLBA 3C4MA 3MVZA 3D4CA 4GF8A 3C34A 2RINA 3PUWE 3K4UA 4H6DA 1B7UA 4FAJA 3GBAA 4NF8B 3LSWA 3IK6B 3RGYA 1S7YA 1MH4A 5CBRA 5CRYA 2G93A 3UIFA 3LSLA 3HHFA 4NWCA 1A8EA 3LC8A 5DVFA 2Z23A 5AA2A 4RJZA 1NFTA 3CFZA 1D3KA 3FJGA 3E13X 2CZLA 4GOTA 3VFJA 1M5FA 3KOTA 2UYEA 3VVEA 3I3VA 1SDXA 4YB5A 1N84A 2I4CA 1JVXA 4OETA 3G3HA 2DE4A 2DXRA 3B7DA 5I56B 3MZBA 4L17A 4OVJA 4HW8A 1A55A 1DMBA 2F6PA 1LCTA 5I2KA 1YCJA 2X26A 5CBSA 3K1NA 1H3DA 5ITPA 4U4XA 1GV8A 3PPNA 2Q88A 2Y7PA 1LBCA 4MBPA 3OXNA 3SESA 4H65A 1IEJA 3V8XB 5F1QA 5H8QA 4YKPA 3OO9A 4ELRA 1B51A 2ZYKA 1B4ZA 2I4BA 4U4SA 4R73A 4YKJA 4Z7EA 1B3LA 3TAJA 3SETA 3M3KA 4LZ7A 2HFBA 3CG3A 4NF8A 1VR5A 4LZ5A 1LBBA 2PYYA 3IO6A 2V3TA 3A3UA 1SBPA 2HQ0A 4DE8A 2H99A 4ZEIA 5ICTA 4X1BA 4ISUA 3OELA 4F2OA 1Q35A 4KQPA 3PMXA 3UA8A 1WODA 3LBSA 3K0VA 2I0BA 4PFTA 2PVUA 4F39A 3W15C 2FYIA 5I56A 1QW0A 5B7DA 3VXBA 1UTBB 3R7XA 3PU5A 3TTMA 3C32A 1JW5A 4OQOA 1QKAA 3VDFA 1XS5A 2PT1A 3VVFA 4OEVA 3VLUA 4ZECA 3BFTA 2AIXA 3U93A 3GZGA 2XX9A 3S9MC 4POWA 1QUJA 2RCAA 1R9QA 3LSFB 2UVGA 3ILTB 3JV9A 1IZ1A 4NF5B 1AMFA 4U1OA 4EUOA 4BDQA 3PMWA 1A7LA 4O3AA 3MUQA 2ZNSA 2ZYNA 1MG1A 4TLLB 2XXTA 3T9XB 5AE4A 4ESXA 3C33A 3MAMA 1B3HA 4G8HA 3MW0A 4POXA 2XXHA 3T96B 1GVCA 1TT1A 2QSXA 2DVZA 1OVBA 2WKYA 1NNFA 2XXUA 3U8QA 1JEUA 1US5A 3IL1B 4KHZE 1B1XA 2ONRA 4G68C 3ECRA 3RNNA 1UIUA 1B6HA 1XHYA 2B3FA 3S9EA 5FHOA 3OO7A 2XXRA 1ZIUA 1UTBA 2UVJA 3MVWA 2A5SA 4NEDA 1B3GA 1S50A 2XX7A 4NWDA 2V3QA 4OHNA 1B5JA 3TTKA 1XC1A 1JW1A 1TFAA 4DCXA 1MY2A 1RKMA 4RA1A 4AB5A 1DOTA 5H8NA 4LQ2A 4IO3A 3B6WA 2QPQA 4NF5A 1ZMGA 5TPAB 2AYSA 4JSDA 3IB2A 3FD3A 5CMKA 4IO5A 2O68A 4YZZA 2B65A 3F11A 2Q9TA 3KN8A 5AA4B 3H7MA 3USDA 4K3FA 4R72A 4JBZA 2UVIA 1I69A 5HPQA 1RYXA 3OEKA 3DLNA 4LP2B 4KCDA 3K00A 1B7ZA 3IR1A 4GXAA 3FVNA 2GFEA 1P1NA 3SEUA 1M5EA 3VVDA 4E0XA 3H6UA 1LSTA 2KLFA 4H5GA 1SW1A 1MXZA 1O63A 4OXVA 1BIYA 4XKNA 4PETA 1B5HA 3IX1A 2X7PA 1MM7A 4OFLA 4QSEA 1WVJA 3KN7A 2VD2A 3MC2A 1US4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CZHA 3FIRA 4KPTA 1ZU0A 4KYEA 1LFHA 1NNTA 3B8BA 5IKBA 3FV2A 3T66A 1AIVA 2PCRA 4QRZA 4QHQA 4X8RA 3CFLA 5TPAA 1N76A 3TEPA 2OJTA 5AA2D 1IMCA 4P1LA 3IORA 4OMBA 2QS1A 2HXRA 1MXUA 4ZE9A 2RC8A 3O6IA 1FPLA 4AB6A 3PUYE 4Q0CA 5AA4A 2RKMA 4RK2A 1JQFA 4HTGA 3PGFA 4H8JA 5CI5A 1INPA 1NUYA 3HN0A 3H03A 4HCWA 1RYOA 3KSXA 4F31B 3KG2A 4GL8A 2WBBA 3DP4A 4NE4A 1IUDA 2XX8A 3N6UA 2NXOA 2F34A 4LUBA 2I3VA 1KWHA 3GLBA 1O64A 1FTKA 3TQWA 1XVYA 4F1VA 1YAEA 2UVHA 4LONB 2XXVA 4IY5A 1FPJA 3THIA 4MJOA 1Y4TA 4F3PA 3B50A 5EYFA 3UN6A 5LDZA 3G3IA 1P1OA 4YAHX 2FA7A 4JWXA 4I8CA 4U23A 1H45A 1UQWA 1SW4A 4HE0A 1ANFA 4PFUA 1QVSA 5I5PA 3RLFE 2CZIA 5F7VA 4FIMA 3IOVA 1P1QA 3UGWA 2XXKA 1R6ZA 2F3DA 4MNIA 5K2YA 2VT5A 4E0WA 1FTMA 5A5XB 2OBGA 1QULA 4THIA 1USYH 1G0HA 3O97A 1MY1A 2NWJA 5FTHA 1XI6A 2YJPA 2P0SA 4FECA 4EXKA 2X7QA 3I5OA 3ODBA 3KEIA 4KR5A 4FEBA 1FCKA 2BJJX 3PPRA 3Q26A 1QUIA 1EZ9A 3N6TA 4OFOA 2ZZWA 4NF0A 4BDNA 3FZVA 2I0CA 5J16A 4EDPA 2QS3A 4GL0A 4F22A 4PP0A 4FORA 4G2ZA 4DXBA 3V89B 4JWYA 3RTFB 3H6VA 5EQ9A 3K6UA 1QKBA 3LUZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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