2RCBA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with d-serine at 1.62 angstrom resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
total genus 96
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA02
3HHFA 2DXRA 1IITA 1P1UA 5TPAA 3O97A 4YU0A 2AYSA 3RQTA 3K02A 1XHYA 2AL4A 4AQ4A 1PBQA 2DOJA 4U1OA 3U1OA 4KCCA 3Q27A 3MP6A 4OFLA 5L9SA 4H1XA 3S2VA 1B7UA 5I59B 4QSCA 3PU5A 4EQ7A 4HCYA 2IA4A 2OK2A 4U23A 3EQ1A 1LAGE 3CFLA 2O6AA 2XXTA 4QF9A 3FVNA 1NNPA 3GXAA 3UK4A 3FJ7A 3KBRA 2BJJX 1A40A 3O28A 5AA2D 5M2VA 3GZGA 3MZBA 1IIWA 2ZYMA 4MBPA 4IO5A 2O1MA 1MY2A 1IXGA 3IB0A 1JW1A 4NF5B 4EF2A 3G3KA 4QFPA 3ZS6A 1P1WA 3K00A 1MQGA 1UIVA 3FGSA 3TCHA 4OVJA 4U21A 1B52A 4ELQA 1JEUA 1FQDA 1IXCA 3IX1A 5AA4A 1MQJA 4TLLB 1DOTA 2QPQA 3RN8A 4FAJA 3Q29A 1QJMA 2QS3A 2PT2A 4PFWA 4GWOA 4JWOA 2E0SA 1B3EA 3GLBA 5H8FB 3VV5A 2ONSA 1I69A 1DTGA 1VSOA 3OENA 1Y3PA 3MZ9A 1N7WA 1QULA 2QL3A 2QS4A 2QS2A 3VVEA 2ONRA 4GXAA 1H44A 3R6UA 4NF8B 1B40A 4X9TA 4OHNA 5B70A 4O3CA 2I4BA 3G3GA 4H67A 1M5FA 3HCQA 1SQYA 3H6WA 2OWTA 4EXLA 3U93A 1B46A 1B5IA 3TUSA 3B6QA 3N6TA 2UVJA 3CFXA 4JB7A 5KCJA 1WVJA 3TCFA 4G77A 4Q30B 3C34A 3I3VA 1T0KA 4KD5A 1CE2A 5HM4B 4N6PA 3PUYE 4JXIA 4BDQA 1M5CA 3U72A 1PC3A 2VD2A 1NH7A 3T66A 2I6EA 1SYHA 2KLFA 3OMBA 2XD3A 2DWIA 3PV0E 3H6UA 1LGBC 5I56B 1B0HA 1QUJA 4IGTA 1XC1A 5ICTA 3VLWA 1EZOA 3SERA 1LFIA 3UORA 3MWBA 2X26A 2OJTA 3K1MA 5F7VA 4H5FA 1DPPA 1LAHE 1PB8A 4DXUA 2RC8A 4R72A 1MH3A 1JQFA 3TDJA 1D4NA 3PPOA 3SEYA 3SESA 4IB2A 1DSNA 4FATA 1YTVA 2F5XA 4BDNA 4R73A 1LSTA 1ZTYA 2F6PA 4OETA 5I59A 3O9PA 5FHMA 2DYXA 3CG3A 3N6UA 2DVZA 2ZYNA 4OEVA 2Y7PA 4OWDA 3BKIB 2HZKA 5BWJA 3VVFA 4F31B 3KEIA 5I2NB 2V84A 1ZMGA 2B3FA 2ESNA 1JVYA 3LR1A 1XS5A 3TTMA 2CMOA 1BP5A 1D3KA 4OEUA 1MY4A 4OZ9A 1BIYA 4R6YA 4FECA 2XHDA 4TQUQ 1SDXA 4IO6A 2UYEA 3OO6A 1ZJLA 3MJNA 4GL8A 4KYSA 4G8MA 3LSWA 1VFDA 4ZEKA 1LB9A 1DMBA 2D5WA 2HAVA 3K0VA 3KOSA 4XKNA 4OERA 4XKRA 4PFTA 1TFDA 2F7AA 3OSQA 4QHQA 4F29A 5H8SA 2QMWA 4U4SA 4KCDA 3GBBA 3PUVE 4F39A 2Q2AA 4YKKA 4ND9A 3TTNA 2Z23A 1POTA 2I3WA 3OSRA 4GIZA 3KFMA 3LC8A 4E0XA 1MXYA 4N13A 5EHMA 5CMMA 4F22A 2GHBA 4MLQA 2R6GE 4JSDA 3PPPA 4HCWA 3FXRA 1VR5A 4KQPA 3LBSA 1JEVA 1LLSA 1H3DA 4NMYA 4YMAA 1MXZA 1GVCA 3OO9A 4BDRA 1B1XA 3B6TA 4F19A 2V25A 1B58A 3TPAA 2I58A 3OXNA 3TEPA 4ESXA 1FQCA 2Z8EA 3K2DA 3LUYA 2ZMBA 1ATGA 3T9VA 3F11A 2B3BA 3UA8A 1NKXA 1YAEA 3PGFA 1II5A 3O29A 3MQ9A 5L9MA 4P0GA 4ZZEA 4EDPA 1QKBA 1LB8A 3KN7A 4ISUA 1B51A 3IORA 1H43A 1UQWA 4H65A 1N84A 4FE8A 3MUQA 4LVQA 1ELJA 3O6IA 2DVCA 2DWAA 3T93B 2UVIA 4HW8A 1EZPA 4PETA 3TTLA 5I56A 3QUFA 3PUWE 1MQHA 3T9XB 3C31A 4DCXA 3SEUA 4RK2A 3HO7A 5DYHA 1VFEA 3OELA 1MPDA 4YICA 3UIFA 3MC2A 3LSLA 4R6KA 3TELA 1LBBA 1MQIA 5I84A 4GF8A 1Y3NA 1TWYA 3IJOB 4Q5TA 3K01A 2QSXA 1A54A 1EZ9A 4DZ1A 3C35A 1ZU0A 4F3BA 3IB1A 4GXSB 4LUBA 3V5AA 2X7PA 3PUXE 2R9JA 2I3VA 1SBPA 1H45A 3MP8A 4KYDA 1FTJA 2Y7WA 4G8NA 1NFTA 4NTLA 2XXXA 2E1SA 3O2AA 3TKDA 1TFAA 5B7DA 2X7QA 2XX8A 2F35A 2O51A 2RKMA 5I58B 4OFJA 4G68A 3RTWB 3T9UA 3VXCA 3Q28A 3IOVA 1OIBA 4O3BA 4F3SA 2XX9A 4RXLA 4YZZA 2Y7RA 2LAOA 3FASA 4ZECA 5CC2A 5CBRA 1WODA 3Q25A 3IK6B 5TP9B 5FHNA 3CSGA 4DCYA 3FVOA 3OOAA 3C9HA 2F78A 4H6DA 3IO4A 3E9XA 5EYFA 1B7ZA 4OXVA 4O3AA 3N26A 4KI0E 4RPOA 4POWA 2A5SA 5CMBA 4U4XA 1MG1A 3PMWA 4DLDA 3IR1A 3MPLA 1AOVA 3PPNA 1CB6A 5CRYA 3BBRA 4H0WA 1SW4A 4YAHX 1Z7ME 2HFBA 2AL5A 3MP1A 3P7IA 1O63A 4I62A 1A99A 1A8EA 2Y7IA 3JZJA 1HSLA 1Y20A 2F8DA 4C0RA 1MXVA 2F97A 2P1SA 4QFKA 2HEUA 4R74A 1Y4CA 4OFOA 1NH8A 1R9QA 5I2KB 3RY3A 3W9WA 3SEWA 4YKJA 4IO2A 5BUUA 3QSLA 3M8UA 5CMKA 4QFOA 2ZYKA 3TCGA 3K6XA 2G93A 1USYH 3G3JA 1S9TA 3H6TA 4TLMB 1B3HA 2FYIA 4MLVA 1SYIA 3CIJA 3H7MA 2OBGA 3E4RA 4U1ZA 3VDFA 4NF4B 4R9FA 5TU0A 5DEXB 3CVGA 1IUDA 5H8NA 1YCJA 2RF1A 1MY1A 2A5TB 2ZXTA 2ZYOA 2OZZA 2XXIA 4C1UA 3E13X 4E0WA 1F9BA 4LZ8A 1EH3A 3MPKA 2DWJA 3S9EA 2I4CA 1D9YA 3FV1A 3G3HA 2PX1A 4R6HA 3ZSFA 1JW5A 4M1VA 3MZ1A 4G8HA 1PB9A 4XIGQ 2GHAA 5I57A 2Q8JA 2Q89A 3KSJA 5CBSA 1O7TA 5JEIA 3I6VA 3IL1B 3S9MC 1OMPA 5KDTB 1UTBA 1US5A 4C1TA 3PD8A 1MM6A 1B2HA 2PT1A 3FVKA 3EF7A 1N76A 1M5EA 1JETA 5I58A 4YKIA 5JTYB 4ZEDA 2XD2A 2ABHA 1HSEA 3MAMA 1MRPA 2O84X 1B5HA 2PBWA 5AA1A 4RK9A 4AB6A 4NF6B 4GFRA 3K6VA 4JDFA 1O64A 4GVOA 4QSEA 1B4ZA 3D4CA 1MQDA 1GR2A 4IO3A 3TMGA 5H8QB 5IKBA 2ALUA 1SI0A 3DM0A 1NL5A 2UVHA 3W15C 5JK4A 1D9VA 2QMXA 4IY5A 1I6QA 3RT8A 4F2OA 4H8JA 1VE4A 1FCKA 4RJZA 4WEDA 2HCAA 2RINA 1OLCA 5AA3A 4FJPA 1B0LA 2RCBA 2PMSA 1GV8A 3CSBA 3C33A 4F1YA 4NF5A 3PD9A 4KHZE 1H76A 2Q9TA 4FEBA 3VLUA 4UA8A 3CG1A 4ELRA 4F1VA 2VGQA 3EN3A 3FZVA 4XKPA 3CR9A 4F18A 1OLAA 3QXMA 1R9LA 5CI5A 1RYXA 2H5YA 1FQFA 5ELVA 1FW0A 1IXHA 2HXWA 1LAFE 4KYEA 1YPNA 2D21A 4NF4A 3LSXA 3C36A 2I0BA 2RC9A 2REGA 5H8FA 2O1LA 1B32A 3GBAA 1I6AA 1IEJA 2THIA 2IEEA 4AB5A 5K2YA 1P1OA 4TOZA 1A55A 1RYOA 3ILUB 4GL0A 4F1UA 2W7YA 4NEDA 2ZNUA 3H03A 3S9LC 4NF8A 1SW5A 2Y7KA 3AXFA 1NNFA 1R6ZA 2V3TA 5IAIA 1DTZA 2GFEA 2V3UA 1L5TA 3D4GA 5AE4A 4GQOA 3A09A 1M5DA 2O7UA 2I49A 2DE2A 3K1PA 3T22A 1URSA 1QVSA 1FTKA 3THIA 3V8XB 1MY0A 2OLBA 2CZLA 4F3PA 3ZKLA 3MW0A 3FXUA 1ANFA 1B3GA 2Y84A 2DQVA 2F6GA 4DDDA 5FTIA 3HHGA 1HSJA 3FIRA 4DIGA 3SDFA 4F2QA 3RUMA 4MH5A 1Y1ZA 2REJA 2P2AA 1QUKA 4IY6A 1PB7A 4POXA 2O7IA 2F34A 2QRYA 2FA7A 2O68A 3EPEA 3S4UA 3QUJA 4RNSA 1Q1KA 3M3FA 5JTYA 3S9NC 1ZKBA 4LQ2A 3BFUA 2NWJA 1PBPA 1LBCA 3KSXA 2UVGA 3Q26A 3IOWA 4NF6A 1GTKA 1R1NA 3DP6A 1ZIUA 4NWDA 4QSDA 3I5OA 4ONYA 3OD7A 3E3KA 4OYVA 5K2XA 1B3LA 5H8QA 4RY1A 4X1DA 3N5LA 3TQWA 5KCJB 4EQBA 1B9JA 2Z8DA 4YMBA 4IO7A 4P0IA 5I2NA 4X48A 1A7LA 1Y1MA 4LQ5A 4XTCQ 1P1QA 3VXBA 1XOCA 2XXUA 5CMCA 3T9HB 3K4UA 2ANJA 3RGYA 3KJTA 4DXBA 1B5JA 2VHAA 3W9VA 1N04A 1SW2A 5DVIA 1B05A 1LCFA 2NOOA 3UN6A 1MPCA 2DE3A 3VFJA 3KN8A 2RCAA 3HV1A 3K6UA 2PVUA 2Z8FA 3JYRA 5ISUA 1B7HA 2DS9A 2DXYA 4YB5A 3MVZA 4F3GA 2O69A 4MF3A 3UP9A 4PFYA 1J1NA 5CM6A 4R75A 3R26A 2HZLA 5ITPA 3A3UA 1MDP1 3IOTA 2XX7A 4BDOA 1AIVA 2B65A 1LFHA 3DLNA 1S7YA 4FORA 3VE1B 1P1NA 1MXWA 3H6VA 4NE4A 5HBCA 4H5GA 5HPQA 1N3WA 4G2ZA 1AMFA 4WEPA 3TQLA 4X1BA 1FTOA 1ZBMA 3B6WA 3U8QA 5DTBA 1MY3A 4ZS9A 3TFLA 4KR5A 2XXHA 4OTEA 1Y4TA 5LOMA 4RYAA 4WXJA 3HN0A 4EF1A 3TODA 4ELPA 2YJPA 1LAXA 4GLIA 4BLAA 4MFIA 3UGWA 4ZZAA 3O66A 2DP8A 1NNKA 2QJEA 4LA9A 1S50A 1MPBA 2V93A 1FTMA 1JNFA 4ELOA 3U94A 2AIXA 3HPIA 4LP2B 2XXQA 3MVXA 1OVTA 3OEMA 4KPTA 3SEXA 2H98A 1US4A 3IB2A 4JBZA 1BLFA 1EU8A 5AA2B 2YPNA 3QIMA 5L9OA 4ZEBA 3U92A 4YB7A 4QFNA 1B6HA 3K1NA 4PFUA 4PE5B 4YB6A 4WKMA 3MVWA 1B4HA 1XVYA 4EUOA 3EHUA 4XKQA 2RC7A 2VD3A 3FXQA 2H4IA 3RPWA 2DWHA 2XXVA 4IO4A 3CRBA 1FQBA 4ZE9A 3USDA 1IXIA 5DVJA 3OEKA 1MXUA 3WAEA 1I6BA 4H8IA 2DE4A 1SD3A 3K6WA 4N07A 3PMXA 1UTHB 4G4PA 3IO6A 3JV9A 4M4GA 1MXXA 2GH9A 3PMVA 1IZ1A 3G3FA 4R2FA 5FTHA 2FNCA 1FTLA 2XXWA 4XXUA 1SVXB 5DT6A 3FJGA 2YLNA 3IOUA 3C4MA 1SI1A 3CI8A 2WKYA 5L8DA 3KJ7A 1QW0A 3SETA 4JWYA 4DE8A 2Q88A 2VOZA 2GRVA 2XXYA 1P99A 5ITOA 4ZEFA 3DELB 1AH5A 5TP9A 5H8HB 1N7XA 4G68C 3KOTA 4THIA 1N0TA 1KWHA 1JVXA 4YKPA 3RTFB 1TT1A 1JW4A 3T96B 1OQGA 3OO7A 4NWCA 1Y9UA 3TZAA 3KG2A 4ESWA 1ZLQA 3PPRA 3DP4A 2Z22A 2PYYA 4U22A 3SKPA 3ODBA 3PPQA 1USYE 2F7CA 3V83A 1RKMA 3VLVA 1FQEA 2D3IA 1IQ7A 5A5XB 3CFZA 4OMBA 4Q8RA 4U2RA 1QUIA 3TAJA 3M3KA 3WAFA 4G68B 3G7WA 2UXAA 2H25A 4LZ7A 2DSFA 1NMUA 2HAUA 5I2KA 2V3QA 1PDAA 2VP1A 4OESA 3QYTA 3RLFE 3ONMA 5TPAB 4I1DA 1URGA 3KN3A 3A3CA 1FQAA 4ZDMA 1MDQA 4R2BA 3M3LA 5DVFA 4BDLA 3R7XA 3L6GA 1BKAA 1WDNA 4FEDA 5FHOA 4GOTA 1MH4A 4P11A 3OO8A 1MS7A 5DEXA 2Q2CA 1TXFA 4ZE8A 3RNNA 3LSFB 2ZNSA 2QS1A 4QFLA 1N3XA 2A5TA 4IGRA 4LONB 4HTGA 3KGCA 3HSTA 3B7DA 3MVYA 3IAZA 2UYFA 4EXKA 2G29A 2H9BA 1OVBA 4DXCA 5AA2A 3FVGA 1GGGA 3VVDA 3N94A 4UACA 1BTJA 2NXOA 3FATA 1LFGA 4JWXA 3TYHA 1DPEA 5J1DA 4EQ9A 1B1HA 3QK6A 2I0CA 2NVUB 1Z7NE 1URDA 3PUZE 1XVXA 3FV2A 1LCTA 3MBPA 1B3FA 4GRKA 3TTRA 5KZTA 1MM7A 3O6GA 2M8CA 3TTKA 2ONKE 5ICQA 5AA4B 3KZGA 2F7BA 5KDTA 4Z0IA 3SEVA 1UTHA 2OCUA 3EHTA 3H4ZA 2ZNTA 3QAXA 4KFQA 3H3GA 1PEBA 3G3IA 5H8NB 4GD5A 1SW1A 3V89B 2R71A 1A8FA 3O6HA 4I8CA 4Z7EA 3RT6B 2F36A 1QKAA 3C32A 3EHSA 4FIMA 4PP0A 4R9GA 4LATA 4LZ5A 4JSOA 3ZKKA 4RPNA 3ECRA 2NUVA 2OWSA 5H8HA 2XXPA 1POY1 4RA1A 4K3FA 1Y3QA 5EHSA 4PQJA 1M5BA 2P0SA 1NNTA 4L17A 4BDMA 3BFTA 1OQHA 1AL3A 3FUZA 4QRZA 3L6HA 3FD3A 2XXRA 1XT8A 5I57B 3ILTB 3DP8A 3FJMA 2HQ0A 4HS7A 1UTBB 2H99A 4I9DA 2I48A 1UIUA 4ECFA 5A5XA 3IJXB 4OQOA 4Q0CA 5F1QA 3H06B 4ZEIA 1Q35A 4OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DDKA 3HHFA 2DXRA 1IITA 1P1UA 3FBPA 5TPAA 3O97A 4YU0A 2AYSA 3RQTA 3K02A 1XHYA 2AL4A 4AQ4A 4QXDA 1PBQA 2DOJA 4U1OA 3U1OA 4KCCA 3Q27A 3MP6A 4OFLA 1SPIA 5L9SA 4H1XA 3S2VA 1B7UA 5I59B 4QSCA 3PU5A 3E78A 4EQ7A 4HCYA 2IA4A 2OK2A 4U23A 3EQ1A 1LAGE 3CFLA 3E79A 2O6AA 2XXTA 4QF9A 3FVNA 1NNPA 3GXAA 4XFEA 3UK4A 3FJ7A 3KBRA 2BJJX 1A40A 3O28A 5AA2D 2F3BA 5M2VA 5ET6A 3GZGA 3MZBA 1IIWA 2ZYMA 4MBPA 5I7IA 4IO5A 2O1MA 2HXRA 1MY2A 4NHBA 1IXGA 1QGXA 3IB0A 1JW1A 2XWVA 4NF5B 4G61A 4EF2A 3G3KA 3NOHA 4QFPA 2BJIA 1VDWA 3ZS6A 1P1WA 3K00A 4MMPA 1MQGA 1UIVA 3FGSA 3TCHA 4OVJA 4U21A 1B52A 4ELQA 1JEUA 1FQDA 2WBBA 1IXCA 3IX1A 5AA4A 1DCUA 1MQJA 1FPFA 4TLLB 4FBPA 1DOTA 2QPQA 3RN8A 4FAJA 3Q29A 1QJMA 2QS3A 2PT2A 4PFWA 4GWOA 4JWOA 2E0SA 1B3EA 3GLBA 2QFLA 5H8FB 3VV5A 2ONSA 2KR0A 1I69A 1DTGA 1VSOA 3OENA 1Y3PA 3MZ9A 1N7WA 1QULA 2QL3A 2QS4A 5F24A 2QS2A 3VVEA 2ONRA 4GXAA 1H44A 2L5VA 3R6UA 1FPGA 4NF8B 4O8MA 1LBXA 1B40A 1JP4A 4X9TA 4OHNA 4PBHA 5B70A 4O3CA 2QVUA 4MNCA 2I4BA 3G3GA 4H67A 1M5FA 2Q8MA 3HCQA 1SQYA 3H6WA 2OWTA 3RPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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