2RCBA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with d-serine at 1.62 angstrom resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
total genus 96
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA02
2GHBA 2ZYKA 1B40A 3G3GA 1Y4TA 4GXSB 2B3FA 2VP1A 4RJZA 3EQ1A 4Z0IA 3V5AA 5ELVA 3FV1A 4RK2A 2RKMA 1S50A 3VLVA 2ZNTA 4QFOA 3TZAA 4G2ZA 5KCJB 1B46A 4NF5B 5L9MA 5I59B 1NH7A 3IJXB 3GLBA 1O64A 4KR5A 1UIUA 1Y1MA 2THIA 2QJEA 5ICTA 1NL5A 4RXLA 2XXWA 4QFPA 1A7LA 3IK6B 3KG2A 5KDTA 1IITA 2O84X 2XXXA 1N0TA 5CC2A 1JEUA 3VLWA 5JEIA 1B3LA 4O3BA 4HTGA 1RKMA 3HHGA 3TCGA 3O66A 4N6PA 4HW8A 4PQJA 4THIA 5L8DA 1EZPA 1BLFA 4ZEIA 4NF8A 3RUMA 1R9QA 4FE8A 1XVXA 4OERA 2QMXA 1Z7ME 3CSBA 3VE1B 3V8XB 1FTKA 2ESNA 4KCDA 1B5IA 4F39A 1IZ1A 4FJPA 2I4CA 5F7VA 5CM6A 1SI0A 4F3SA 3CG3A 1LCFA 1OLCA 2UYEA 3QAXA 2DP8A 3N5LA 4NF8B 4R9FA 1MQDA 3H6WA 4O3AA 2RC9A 4H67A 3Q27A 2V93A 1NNFA 4U1ZA 4ZE8A 3SERA 4FAJA 4YU0A 2XHDA 4AB5A 4BLAA 4FEBA 2F7BA 3U92A 3TTLA 4EF1A 4OVJA 5IAIA 1QUIA 2XXYA 2RC7A 4ELPA 5DVIA 3RN8A 5DEXA 4XKPA 3R6UA 3IJOB 3R7XA 4N07A 2OJTA 3C32A 3PMVA 4GQOA 1B6HA 2QMWA 5DYHA 1MM7A 3TKDA 5I57A 3U8QA 2RINA 2F5XA 4BDOA 1A40A 1NNKA 4DDDA 2HCAA 5DEXB 3CSGA 3FASA 3TCFA 3FATA 1MQHA 5M2VA 2H4IA 1N04A 4TOZA 1SDXA 4OMBA 4FIMA 4MLVA 4I9DA 4F1YA 2REJA 1OQGA 1Y3PA 2M8CA 3PD9A 2R71A 5I57B 4I8CA 3SEXA 3FXUA 4GOTA 3R26A 3IO6A 1B5HA 3FGSA 1JVYA 1MPBA 1A8EA 1B7HA 1ZU0A 4LP2B 3FVKA 2NVUB 4XTCQ 4H6DA 2DE4A 2DQVA 2DE2A 3S4UA 1B1HA 3K01A 1XVYA 2QS2A 1AMFA 3S9LC 3OENA 2XXTA 1QVSA 3N94A 1MQGA 2O7UA 1B05A 4RPNA 2Z23A 1MPDA 4H65A 5H8FA 2YPNA 1P1NA 1QW0A 1IEJA 1LAHE 4TLMB 3RT6B 1OVTA 1XT8A 4DXCA 3LSWA 1BKAA 3W9VA 1SW5A 3C35A 3V83A 4R72A 2ZYMA 3JV9A 2UXAA 1Y3NA 4GVOA 3PUXE 5FHOA 2NUVA 1I69A 3FUZA 5FTIA 3GXAA 5H8QA 4C1UA 1FTOA 3CR9A 2DWIA 4E0XA 1JEVA 4PE5B 4RNSA 1LAGE 2XD3A 5AA2A 3AXFA 4ND9A 2XX8A 5BUUA 4H0WA 4U1OA 3E4RA 2DVCA 4NF6A 5EYFA 1MM6A 4RPOA 3OO7A 4ELQA 4ZEKA 5H8QB 4G68B 3TTRA 1MXYA 3K00A 2XXVA 3G3FA 3PMXA 5AA2B 1LFGA 2HAVA 4OFOA 4IO6A 4F1VA 2ONSA 1SYHA 3B7DA 4NF6B 1KWHA 2NXOA 1B3FA 4KYSA 1FTJA 3Q29A 4IO7A 3ONMA 4QFLA 3PPPA 3HN0A 2V3QA 1MPCA 1EH3A 1LLSA 4DXUA 2ZYNA 1DPPA 3EHUA 4QFNA 1MXXA 4H1XA 4X48A 3L6GA 4ECFA 3MC2A 2NWJA 3IOWA 1N76A 2F78A 3K02A 2I58A 4LA9A 3VLUA 5HBCA 4P0GA 3TTKA 4JDFA 1MY0A 4G8HA 4QF9A 3TODA 4OENA 3GZGA 3DELB 1PEBA 3UK4A 2F97A 4LZ7A 1RYOA 1QJMA 4IO3A 4U23A 1LFHA 4YB6A 3FVNA 4KD5A 2IA4A 1IXIA 2R6GE 5CBSA 3KSXA 3P7IA 3VV5A 5H8NA 3WAFA 3OSRA 2ZMBA 3PPNA 4IO2A 2UVGA 1B52A 1AL3A 1DTZA 1MG1A 3B6TA 2XXPA 2OCUA 5FTHA 2AL5A 2DXRA 1FQAA 1H44A 5A5XA 1GV8A 1PB7A 3CFXA 3H4ZA 4ESXA 2VGQA 4NMYA 2DE3A 4HCYA 2A5TB 1FQEA 4R74A 4OEUA 2HEUA 5H8NB 3QIMA 3D4CA 5TU0A 3MBPA 1B4ZA 2DYXA 1DOTA 2DOJA 2Q89A 2LAOA 1MY3A 1SD3A 3C33A 4QRZA 1OIBA 5A5XB 1B9JA 2I0BA 3FV2A 3ZS6A 2I3WA 4EQBA 5BWJA 2Q8JA 4IY6A 3ECRA 1I6AA 4WXJA 3D4GA 3HV1A 4LQ5A 2AYSA 1LSTA 3U94A 1ANFA 2XXUA 1F9BA 3O28A 1B5JA 3G7WA 5FHMA 3BKIB 4H5FA 1B0HA 1B3HA 3A09A 4WEPA 3CRBA 1PDAA 3KSJA 1EZOA 2H25A 3KEIA 5I2KA 4GL0A 3T22A 2CMOA 3IOTA 2X7PA 2Q2CA 2X7QA 2XD2A 1FQDA 1URGA 3HCQA 1OQHA 1JNFA 3K0VA 1AIVA 3KJTA 4OYVA 4ELOA 1OMPA 4G4PA 3T9XB 1H43A 2X26A 4HCWA 3G3JA 5ICQA 5L9SA 4OWDA 1QKBA 3C34A 1ZJLA 4QSCA 4LZ8A 5CMMA 4YB5A 1SI1A 4ESWA 3UN6A 3K2DA 1POTA 3T9VA 1SW4A 4F3PA 4F19A 1PC3A 3MPLA 2UVIA 3W9WA 5JK4A 1SVXB 3KOTA 5TPAA 3IB1A 4R6HA 5L9OA 3KBRA 5DVFA 2ZNSA 3PD8A 2QPQA 1TFDA 2F36A 2Z8FA 4F18A 1SW1A 3DM0A 1B51A 2QS3A 4ONYA 1WVJA 3O6HA 2I49A 2OWTA 3OELA 3IX1A 5KDTB 2OK2A 3M3KA 4ZEDA 3SKPA 4R73A 1FCKA 4I62A 3RPWA 1Q1KA 1PB8A 5TPAB 3I3VA 1LFIA 1IUDA 1IXCA 2OLBA 4Q8RA 3EF7A 3B6QA 2O7IA 1ZLQA 4MF3A 1D9YA 1XS5A 3USDA 1XC1A 5DVJA 4YKKA 4ZE9A 4FORA 1O63A 4RK9A 1US4A 2B3BA 3FJ7A 3I5OA 4NE4A 3CG1A 4KYEA 3KN7A 2OWSA 4JB7A 4LUBA 1M5BA 4YKIA 1ZKBA 1UTBA 4G77A 4TLLB 4BDMA 1DSNA 3KJ7A 1B7UA 2ZYOA 5IKBA 5DTBA 4NWDA 2F35A 4QSDA 3W15C 1H3DA 1RYXA 5HPQA 2ALUA 3QK6A 4Q5TA 2HAUA 2GH9A 1A55A 1AH5A 1UTBB 2HZLA 4GXAA 1FQBA 5CMBA 2HQ0A 5AE4A 1BP5A 1USYH 2DXYA 2YJPA 2F6PA 2D5WA 4DXBA 4FEDA 4ZZEA 2FYIA 5I58A 4QFKA 1B3EA 2F7CA 4OQOA 5I2NA 3MUQA 1EZ9A 3A3UA 4YAHX 2DVZA 3OO9A 3WAEA 4RY1A 3ILTB 4EQ9A 1L5TA 3CIJA 2H9BA 1TFAA 2Y84A 4EXLA 1Z7NE 3UIFA 5I58B 3EHSA 3ZSFA 1GGGA 4IGTA 5I2NB 4DCYA 3SEYA 4IY5A 4M1VA 1S9TA 1BIYA 1USYE 2Z8EA 4PFTA 1URSA 4NEDA 2UVHA 2V3TA 3VFJA 1EU8A 1LB9A 5AA2D 3QYTA 3G3HA 1DTGA 1YCJA 2RF1A 4FATA 1SW2A 4GFRA 3JZJA 4MBPA 3VDFA 2CZLA 3QSLA 5CI5A 5ISUA 1A54A 1R6ZA 4F31B 3O97A 1JW5A 3LSLA 2PT2A 1LBCA 4PP0A 2PVUA 1Y9UA 2UYFA 5H8FB 3ZKLA 1GR2A 1LAFE 1VE4A 2QS4A 1PB9A 3DP6A 3FXRA 3CI8A 2E0SA 3THIA 3O9PA 3RY3A 5B7DA 5JTYA 2DWHA 3LUYA 1NMUA 1Y20A 3PPOA 3UORA 3TELA 4JBZA 1IXGA 4OEVA 3E9XA 3N6UA 3OOAA 3PU5A 1CB6A 1O7TA 4UACA 3EHTA 3MP6A 3PGFA 4IB2A 1B58A 3K1NA 3MWBA 1B1XA 5JTYB 1P1QA 5ITPA 3VVDA 1XHYA 3KFMA 4OETA 3TFLA 1D4NA 4C0RA 3O29A 3VXCA 5K2YA 2PT1A 3O6GA 3IB0A 3H06B 5J1DA 3MVYA 3OEKA 5I84A 3MZ1A 2PMSA 1UTHA 3TPAA 2HZKA 1MY4A 2W7YA 2R9JA 3PPRA 4ISUA 3LBSA 4GL8A 5DT6A 4ZDMA 3LR1A 4R6KA 4GWOA 1LB8A 2RCBA 4F22A 1MS7A 1P99A 3HSTA 4H8IA 1MDP1 1MH4A 2F8DA 1PBPA 2GFEA 4OXVA 3TDJA 4JWOA 3BFTA 2H5YA 4YZZA 4O3CA 2H98A 1MQJA 1YAEA 4G8MA 1B3GA 3K1PA 1P1WA 4G68C 1GVCA 2P0SA 5EHMA 4EXKA 2OZZA 3RTFB 4JSOA 1M5CA 1MDQA 3OSQA 4JWYA 1NNTA 2F7AA 3FVGA 1B32A 4DZ1A 2I3VA 1TXFA 3BBRA 4OESA 3TQWA 3Q28A 3S9MC 1VR5A 1YTVA 4YKPA 3OEMA 2H99A 1FTMA 4LZ5A 5H8SA 1P1OA 1I6BA 3OO6A 4BDRA 4YKJA 3DP8A 3MW0A 1US5A 2GRVA 5I56A 4NWCA 3C4MA 3MP8A 3CFZA 3PUWE 3KN3A 2FNCA 3U72A 3FVOA 1PBQA 5K2XA 4PFUA 2PX1A 2O1LA 3PPQA 4JXIA 3C9HA 2O1MA 4POXA 1LGBC 3Q25A 2Z22A 4L17A 4OHNA 4R6YA 2Y7RA 5I59A 1CE2A 4AQ4A 3GBAA 2Q2AA 4HS7A 5LOMA 4EF2A 2AL4A 4X9TA 4OTEA 1URDA 3HO7A 5AA3A 5AA4A 3C36A 4XKRA 3DLNA 3E3KA 1NNPA 3H3GA 4F29A 2O6AA 3FJGA 2KLFA 2VOZA 5I2KB 4ZEBA 3G3KA 4EDPA 4DCXA 1JVXA 2AIXA 2P1SA 2G29A 3KN8A 5AA4B 3OMBA 3MP1A 3T66A 1N3WA 3A3CA 2PBWA 4M4GA 4H8JA 2XXIA 3TYHA 3MVZA 2I4BA 2VD2A 3H6VA 1Y1ZA 1VFDA 1ELJA 3G3IA 4P0IA 4X1DA 3U93A 3I6VA 3FXQA 3TAJA 1NKXA 1NFTA 1VFEA 4G8NA 3IL1B 1Q35A 1B7ZA 4XXUA 4MH5A 1JETA 3FIRA 4R2BA 4K3FA 3GBBA 3PUVE 4KI0E 1MY1A 1A8FA 3RNNA 1A99A 3K6WA 3KOSA 1R9LA 5CMCA 1GTKA 2P2AA 3V89B 1TWYA 3PUZE 5TP9A 4QSEA 2I6EA 3IR1A 3T93B 1HSJA 4U2RA 3TQLA 4BDLA 4NTLA 3H6TA 4R2FA 4PFYA 3TCHA 3H6UA 1MQIA 4PETA 2D3IA 4XIGQ 3OD7A 3K6XA 4Q0CA 3VXBA 5TP9B 4U4XA 4H5GA 2YLNA 4F3GA 4U22A 3MAMA 3SEUA 2Q88A 3RGYA 1QUJA 1YPNA 2HXWA 2VHAA 3FZVA 3VVEA 1UIVA 1D9VA 4ZEFA 3SEWA 1LAXA 2Y7PA 4BDQA 3DP4A 2DS9A 1MXZA 2B65A 3RQTA 2V84A 3LSFB 4P11A 1SBPA 4RA1A 4E0WA 1BTJA 2XXQA 1JQFA 2O68A 3S9NC 1N7XA 4WKMA 1ZMGA 2E1SA 2QL3A 4FECA 5CRYA 3E13X 4RYAA 4U21A 2XX9A 3LSXA 1AOVA 1LCTA 4LONB 2XXHA 4ZZAA 3RTWB 4IO5A 1QKAA 3UA8A 1FQCA 2OBGA 2ONRA 3O2AA 3OO8A 4UA8A 1HSEA 2Y7WA 3M3FA 3IO4A 4JSDA 4POWA 4GRKA 1N3XA 3K6VA 2Y7IA 1P1UA 2ANJA 4EQ7A 2QRYA 1MRPA 4PFWA 2I0CA 4ZS9A 1ZBMA 3FJMA 1QUKA 3PMWA 1DPEA 3K4UA 5HM4B 1WODA 3O6IA 4N13A 4EUOA 2A5SA 3M8UA 2FA7A 2G93A 2Z8DA 1S7YA 3PUYE 3QUFA 2VD3A 1I6QA 1MXVA 5H8HA 4LVQA 3RT8A 2BJJX 4Z7EA 1HSLA 1ZTYA 2F6GA 3IAZA 1B0LA 3MPKA 1XOCA 2I48A 3T9HB 4G68A 4ELRA 3MVXA 4YMAA 4C1TA 3TTMA 1N84A 4BDNA 2WKYA 4OFLA 1Y4CA 3H7MA 4KPTA 2RC8A 4OFJA 1B2HA 3MVWA 2QSXA 4QHQA 5ITOA 2XX7A 5H8HB 3IB2A 4F1UA 4MLQA 1J1NA 2Q9TA 3IOVA 4GD5A 4KQPA 4Q30B 1M5EA 1B4HA 4LQ2A 2ZXTA 1R1NA 2ONKE 4GLIA 3K1MA 4DLDA 4XKNA 3ILUB 4LATA 5B70A 2IEEA 4R9GA 2O51A 2NOOA 3N6TA 1N7WA 4YB7A 1JW4A 4I1DA 2PYYA 3M3LA 3TTNA 3PV0E 1M5FA 3KGCA 3MJNA 3LC8A 3Q26A 4DIGA 3F11A 1H45A 1MH3A 2Y7KA 3T96B 3FD3A 3H03A 1H76A 2O69A 2DWJA 5EHSA 4OZ9A 3EN3A 4AB6A 1ZIUA 3L6HA 2F34A 4KHZE 4IO4A 5KZTA 2ZNUA 4JWXA 1UTHB 3U1OA 3EPEA 4X1BA 4ZECA 3QXMA 1IXHA 4IGRA 1OVBA 1FTLA 3S9EA 1T0KA 1VSOA 4MFIA 3MQ9A 1LBBA 2GHAA 2UVJA 2QS1A 5FHNA 3SEVA 3UGWA 3C31A 1SQYA 3MZBA 2V3UA 3SDFA 2HFBA 3ODBA 2A5TA 4GIZA 4NF4A 4XKQA 4DE8A 1JW1A 1Y3QA 5CBRA 3SESA 2V25A 3N26A 3T9UA 3KZGA 4GF8A 1OLAA 4F2OA 1POY1 3QUJA 4U4SA 3HPIA 4F2QA 3RLFE 1ATGA 4NF4B 1FW0A 1M5DA 5AA1A 3UP9A 1FQFA 3K6UA 1WDNA 2RCAA 3ZKKA 3MZ9A 1MXUA 3VVFA 3TUSA 1IQ7A 1SYIA 3B6WA 5CMKA 3OXNA 2ABHA 3IORA 1DMBA 5F1QA 1MXWA 1TT1A 1D3KA 1QULA 2XXRA 3BFUA 3CFLA 1II5A 3SETA 4KFQA 4KCCA 1UQWA 1IIWA 3TEPA 3TMGA 3JYRA 1NH8A 1MY2A 4YMBA 3CVGA 5I56B 5KCJA 2D21A 4R75A 3IOUA 4TQUQ 4WEDA 2DSFA 4KYDA 4NF5A 4YICA 3HHFA 2DWAA 2REGA 4F3BA 3S2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4GQOA 1B6HA 2QMWA 5DYHA 1MM7A 3TKDA 5I57A 4NQ8A 3U8QA 2RINA 5LDZA 2F5XA 2Y5LA 1A40A 4BDOA 1NNKA 4DDDA 2HCAA 5DEXB 3CSGA 3FASA 3TCFA 3FATA 1MQHA 5M2VA 2H4IA 5ET6A 1N04A 4TOZA 1SDXA 4MHFA 4OVTA 4OMBA 5IZ3B 4FIMA 4MLVA 4I9DA 4F1YA 2REJA 4N17A 1OQGA 1Y3PA 2M8CA 3PD9A 2R71A 5I57B 4I8CA 3SEXA 3FXUA 4GOTA 3R26A 3IO6A 1B5HA 3FGSA 1JVYA 1MPBA 3D1RA 1A8EA 1B7HA 1ZU0A 4LP2B 4MEVA 3FVKA 2NVUB 4XTCQ 4H6DA 2DE4A 2DQVA 2DE2A 3S4UA 1B1HA 5EYHA 3K01A 4XF5A 4I3EA 1XVYA 4XEQA 2QS2A 5IM2A 1AMFA 3S9LC 3OENA 2XXTA 1SPIA 2Y5KA 1QVSA 3N94A 2FBPA 1MQGA 2O7UA 1B05A 3MSTA 2XWKA 4RPNA 2Z23A 1MPDA 4H65A 5H8FA 2YPNA 1P1NA 1QW0A 1IEJA 1NUWA 1LAHE 4TLMB 4UABA 3RT6B 1OVTA 1XT8A 1FBEA 4DXCA 3LSWA 1BKAA 3W9VA 1SW5A 3C35A 4MMPA 3V83A 4R72A 2ZYMA 3JV9A 2UXAA 1Y3NA 4GVOA 3PUXE 5FHOA 2NUVA 1I69A 3FUZA 5FTIA 3GXAA 5H8QA 4C1UA 1FTOA 3CR9A 2DWIA 4E0XA 2R8TA 1FBPA 1JEVA 4PE5B 4RNSA 3ROJA 1LAGE 2XD3A 5AA2A 3AXFA 4ND9A 2XX8A 3RPLB 4PTKA 1IMBA 1FBDA 5BUUA 4H0WA 4U1OA 3E4RA 2DVCA 4NF6A 5EYFA 1MM6A 4RPOA 3OO7A 4ELQA 4ZEKA 4AS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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