2RCBA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with d-serine at 1.62 angstrom resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
total genus 96
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcbA02
1POTA 2UXAA 3QSLA 4AB6A 4HW8A 1B0HA 3PD8A 4IB2A 4NE4A 1MXZA 3T96B 1LAFE 3LSFB 2P1SA 5CBRA 4F19A 4KYEA 2H5YA 1B5HA 2OCUA 2UYEA 2YJPA 1PC3A 1ZKBA 2NOOA 3CVGA 4IY6A 1DOTA 3FIRA 2DWJA 2O7IA 3FUZA 2RKMA 1LB9A 4RJZA 4NF4B 5AE4A 1B46A 1O7TA 2Y7KA 4ECFA 4Z0IA 1Y20A 3PPRA 3MZ1A 2QS2A 3A09A 2O51A 2VOZA 5DT6A 3Q25A 1ZIUA 1GV8A 3TFLA 4YKKA 1BIYA 2AL4A 1B4HA 1LAHE 3OO7A 1FTKA 3IORA 1DPEA 1B7UA 3CI8A 4YZZA 4PFTA 2ZMBA 3S9LC 4WEDA 4C1TA 3O2AA 4ISUA 3PPOA 3W9VA 1S50A 3ZS6A 3FXRA 1B5IA 3G3GA 3U8QA 4FJPA 3CFLA 3SEUA 1H43A 3KEIA 1PBPA 2CZLA 3FD3A 3TTRA 4DCXA 2HAVA 3TMGA 1FTJA 5AA1A 4JXIA 4R6HA 3OEKA 3H6TA 3VXCA 4M4GA 5H8NB 1O63A 2XXTA 3H03A 1B6HA 3IOWA 3PU5A 5AA4A 1FCKA 3DELB 5I56B 2VHAA 2I3VA 1B3FA 3PUWE 3PD9A 1I6QA 3C32A 4QFNA 4H6DA 1B3EA 2H99A 2XD3A 4JSOA 1WVJA 4TQUQ 2DWIA 1AL3A 4QFLA 4R9GA 4OXVA 1ZMGA 4LZ8A 2QS4A 3U93A 1P99A 4F29A 4EUOA 4BDMA 2XX7A 3GXAA 3UIFA 1M5CA 1M5BA 3FJGA 3RT6B 3P7IA 4POXA 3TAJA 4P0IA 4NF6A 2A5TA 4O3CA 2DQVA 2D3IA 1NH7A 1F9BA 1QW0A 4PP0A 1EZOA 4G8HA 3IOVA 2FNCA 2DXRA 4DLDA 3IJXB 2XHDA 2PBWA 3THIA 2QPQA 3MW0A 4H0WA 1FTLA 3TEPA 4ZE8A 2F7CA 1VFEA 4GVOA 5A5XB 2XXXA 3MVYA 3TTNA 5TP9B 2QJEA 5I2NA 3DP8A 3RGYA 4BLAA 2E0SA 3FV2A 2GFEA 1A55A 3H06B 5FTHA 1Y4CA 5JK4A 2NVUB 2YPNA 2ZYOA 4ELRA 4LATA 5KDTB 1B7ZA 2Z8EA 1A99A 3CRBA 4X9TA 3WAFA 2Q88A 1Y4TA 1DTZA 2PX1A 1M5DA 4H5FA 2I58A 3I3VA 3UORA 2PT1A 3C4MA 3FASA 5FTIA 4NF6B 4U23A 5F7VA 1FQFA 3TZAA 2DP8A 5JTYA 2REGA 1IZ1A 2I48A 4U21A 3V89B 2XXQA 5CRYA 1XOCA 5EYFA 1D4NA 2Y84A 5I2NB 1NMUA 3T93B 1MDQA 1NNKA 1FQDA 3KN7A 4QF9A 3RQTA 4ZEBA 3SERA 1A8FA 5EHSA 4OETA 1GGGA 2V3UA 3KSJA 4MF3A 1IQ7A 2F6GA 1AMFA 4HCWA 4KPTA 3TQLA 2GH9A 3IO6A 3V83A 3OO9A 4EXKA 1B2HA 3U72A 4RPNA 1Y9UA 5L8DA 1LBBA 1EH3A 1S9TA 1VFDA 1WDNA 2BJJX 2QL3A 5CMBA 3MUQA 3B6QA 3K0VA 1PEBA 4EF1A 3IJOB 1IXGA 2ZXTA 1MY1A 1DTGA 1JW5A 2HCAA 1PB9A 4R9FA 5ITOA 4JSDA 3RTFB 1UTHA 2XD2A 5K2XA 3OOAA 4LP2B 2Y7WA 3T9XB 4ELPA 1URDA 3KOSA 3C35A 4LUBA 5DVFA 2Q89A 2VP1A 2I0CA 3C33A 4O3AA 1B51A 4QHQA 1IITA 2F35A 3PPQA 4QSDA 3UP9A 4JWOA 2GRVA 4OENA 2LAOA 3E3KA 4Z7EA 1L5TA 2XX8A 1OLCA 2Z8FA 3RUMA 1ANFA 4QFOA 1NL5A 4QRZA 5I58A 4LA9A 2Z23A 3H6VA 1JW1A 2D5WA 4KFQA 3RPWA 4QSCA 2GHAA 2QMWA 3MZBA 1FTOA 5J1DA 3L6GA 1LFIA 4GXSB 2IEEA 3QUJA 4RK9A 3MQ9A 5H8SA 2OJTA 3MP6A 3D4GA 3H6WA 2QS3A 5L9OA 2XXPA 2H4IA 4ONYA 2ESNA 3O66A 4R6YA 3RY3A 4XXUA 1SYHA 2R6GE 3W15C 3G3JA 4YAHX 1LLSA 2OBGA 3DLNA 5FHNA 4Q30B 3KSXA 4Q5TA 4F3BA 1ELJA 1IIWA 1N7XA 1QVSA 1MQJA 3CFZA 3VLUA 1RYOA 1USYH 3K6WA 4PQJA 1FQBA 1PB7A 5I58B 4F2OA 3QIMA 4IO6A 1A8EA 2RC8A 3O97A 3DM0A 4EDPA 1OVBA 4KD5A 2F5XA 2V25A 2ONRA 2D21A 2DWHA 3IB0A 1ZBMA 1AOVA 1B3GA 5CM6A 3U92A 1LFHA 2DS9A 4EQ9A 3RLFE 3Q26A 3M3FA 4G77A 1ZU0A 4R6KA 4NF8B 4E0WA 2IA4A 3CG3A 3HN0A 3FVNA 1Y3NA 1IXIA 4LQ5A 2G29A 3K4UA 1P1WA 4MLVA 1US5A 3MP8A 3K2DA 1D9YA 1AIVA 1QKBA 1JEUA 4G2ZA 3HCQA 2O69A 1Q1KA 3E13X 2E1SA 1WODA 4XTCQ 3MPKA 4RPOA 4I8CA 3K6XA 2HZLA 4ZDMA 4GLIA 4OYVA 4YKJA 4F18A 1EZPA 3MWBA 5H8NA 4AB5A 1LCFA 4OVJA 5I56A 2XXUA 3QAXA 2F8DA 3QXMA 1QUKA 4H5GA 4IO3A 2XX9A 4GFRA 4NF5A 1H44A 3T22A 1Z7NE 3B6TA 3IO4A 4U1OA 4GL8A 1O64A 3TUSA 4THIA 4I9DA 3VVEA 4EF2A 4EQBA 3HPIA 4FAJA 4XKRA 2F6PA 3CR9A 4GIZA 2XXRA 4LQ2A 4MH5A 3KFMA 1FW0A 3T9HB 3CG1A 5JEIA 1SYIA 4IO7A 2O6AA 1MM6A 4OEUA 3E4RA 1MS7A 4F1YA 1P1NA 1Q35A 1II5A 1BLFA 1ZJLA 3SESA 2UVHA 3HV1A 1LFGA 4MFIA 4IGRA 1EU8A 5A5XA 2R9JA 3V5AA 2FYIA 2I49A 5TP9A 4KCCA 4U22A 4R2FA 3Q27A 4F3SA 4G4PA 4RXLA 1FQEA 4KQPA 1QKAA 4Q8RA 1MY3A 1QUJA 2I0BA 1I69A 1P1OA 4RYAA 5KDTA 4NF5B 3M8UA 3C9HA 2B65A 3FGSA 3HSTA 4C1UA 4X1DA 2RCAA 1J1NA 3TELA 1JQFA 5CMCA 3EQ1A 1N84A 3MZ9A 4JBZA 3KJTA 2QRYA 5H8HB 1LSTA 4ESXA 1MPDA 1JEVA 1MXWA 4YMAA 5KZTA 5AA2A 2Q9TA 4YB5A 3EF7A 1M5EA 4BDOA 4HCYA 3DP4A 4UACA 1NH8A 3I5OA 3OO8A 1B1XA 5I57A 3IB2A 2ZYNA 3TODA 1N3WA 5K2YA 2AL5A 2ZNTA 2V93A 1LBCA 2QS1A 4FEBA 3C34A 3V8XB 3QUFA 4F2QA 3H4ZA 3S4UA 2O1MA 1R9LA 3VVFA 2P2AA 3BBRA 2UVGA 2Y7RA 4XKQA 3K1MA 2DE3A 4I62A 2ONKE 3Q29A 3K01A 2ZYKA 4OZ9A 2HFBA 4IO2A 5IKBA 3LSXA 1MQDA 1HSJA 3G3IA 1TT1A 1NFTA 3PV0E 2Q8JA 5DVIA 2RF1A 4FORA 2PYYA 4N07A 3SETA 2X7QA 5AA2B 4G8MA 2I4CA 3PMXA 4DE8A 2OWTA 4MBPA 3O9PA 1CE2A 4GD5A 1JVYA 1AH5A 3EHTA 3GZGA 3B6WA 4YU0A 3PUZE 5TPAA 5I57B 4OHNA 3OXNA 5EHMA 3T66A 5I59B 3CSGA 2B3BA 1NNPA 4EXLA 3R26A 4WXJA 1YPNA 2DWAA 5CMMA 1XT8A 1IEJA 3LUYA 4Q0CA 1TWYA 3OSQA 4ZZAA 4DZ1A 4AQ4A 2HZKA 4ESWA 4FEDA 2R71A 4R2BA 2I3WA 2H98A 4DXCA 4PFYA 4OQOA 3SEXA 1SW4A 4ZEFA 4L17A 1B4ZA 4IY5A 3VFJA 1B0LA 3K6VA 3LBSA 3RT8A 4G68C 3HHFA 4M1VA 1Y3PA 4F3GA 3S9NC 1MDP1 1B40A 4EQ7A 1SW5A 2RINA 2ZNUA 4GL0A 2YLNA 1MQIA 5TPAB 4HS7A 3KG2A 2Z22A 3R7XA 3M3LA 3JV9A 1BP5A 5H8QB 4FECA 2Q2AA 2F7BA 4GOTA 4H1XA 2RC9A 2F97A 4R74A 1USYE 1UQWA 4X1BA 3H3GA 4OWDA 4GWOA 3ILTB 2OWSA 4F1UA 4ELQA 2HQ0A 4QFPA 3TKDA 3IK6B 3IX1A 4OMBA 4QFKA 3U94A 1R9QA 3SEVA 4XIGQ 3MVXA 2Z8DA 1B5JA 4ND9A 1OIBA 1GVCA 1MPBA 5ICQA 3IOUA 3TCFA 3KOTA 1M5FA 2Q2CA 3QYTA 2XXHA 1N76A 1FTMA 2RCBA 2PT2A 4JB7A 4GF8A 5I2KB 1H3DA 4R75A 4LONB 4F22A 2XXIA 3MBPA 1ZTYA 3FZVA 1ATGA 2QSXA 3RTWB 1QJMA 3C36A 1XC1A 1VSOA 1XHYA 1LGBC 3TDJA 4OFLA 5L9MA 5ELVA 3JYRA 1B3HA 1OQHA 3VVDA 4NF8A 3K00A 3USDA 3S2VA 3ZKKA 1SW1A 3DP6A 4KI0E 4I1DA 3I6VA 1SI1A 3BFUA 5TU0A 2VD2A 4MLQA 2X7PA 4YB7A 4ZEKA 1SD3A 1DMBA 4GXAA 2F34A 3A3UA 4OTEA 3OELA 1SDXA 4FE8A 2H9BA 1Y1ZA 3N5LA 5CI5A 1POY1 1DSNA 3LR1A 3PPNA 3S9EA 2O1LA 1TFAA 5F1QA 3O29A 2H25A 4ZS9A 1EZ9A 1MRPA 4JDFA 1VE4A 2UVJA 4G68A 4ZE9A 3N6TA 2AYSA 2Y7PA 4KYSA 4ZZEA 1N0TA 1S7YA 1MXXA 3N94A 4U2RA 1N7WA 1B05A 4PETA 1SBPA 3AXFA 1XS5A 4C0RA 1A7LA 1I6AA 3KN8A 4P11A 2I4BA 4P0GA 3TTMA 4NWDA 4RNSA 3VE1B 4NEDA 2F36A 5B70A 3F11A 3WAEA 3ZSFA 3HHGA 2DVZA 5ITPA 4U1ZA 1OLAA 4KHZE 1JVXA 3MC2A 3EN3A 1HSEA 1MY2A 3C31A 3GBAA 1BKAA 4XKNA 4K3FA 2XXYA 1IUDA 3R6UA 3PMVA 4F1VA 3PGFA 2V84A 2CMOA 3N26A 1US4A 4G68B 1MM7A 2HXWA 3PUXE 2FA7A 5H8FA 5AA2D 3ONMA 5BUUA 4YB6A 4G8NA 1GR2A 3IOTA 3O6HA 3OENA 5H8HA 3L6HA 3G3FA 3ODBA 3PMWA 4GQOA 3HO7A 1VR5A 1MQGA 1B32A 1SW2A 2QMXA 2PVUA 3BFTA 3SEYA 1H76A 4TLMB 1QUIA 1PDAA 3LC8A 1FQAA 2DOJA 5DTBA 1RYXA 1D3KA 4F3PA 2G93A 3GLBA 4LVQA 4U4XA 3UK4A 1KWHA 2OLBA 3OD7A 3FJMA 1TFDA 5AA3A 1A40A 3SDFA 4WKMA 1I6BA 1JNFA 5ICTA 3MVZA 3MAMA 5H8FB 1TXFA 3OSRA 5HBCA 4YICA 5DVJA 4H65A 5B7DA 2HAUA 3VLVA 3EPEA 3N6UA 1LAGE 4X48A 3ECRA 1B3LA 4F39A 3JZJA 4BDRA 1NNFA 3OO6A 3EHSA 3MP1A 4LZ7A 4ZEDA 4OERA 4OFOA 1YCJA 5DYHA 1B7HA 3O28A 3VDFA 3K02A 1MY4A 4N13A 5I59A 2VGQA 2ZYMA 3KN3A 3RNNA 2OK2A 4N6PA 5KCJA 1ZLQA 3VLWA 2M8CA 4H8JA 1MXVA 4RA1A 3UGWA 1PB8A 1N3XA 4LZ5A 4POWA 4TLLB 3CFXA 1IXCA 1RKMA 5BWJA 3H7MA 1D9VA 3UA8A 1MXYA 2REJA 5HPQA 2WKYA 2F78A 5AA4B 1QULA 2DVCA 3S9MC 3FV1A 4R72A 3QK6A 4XKPA 5CBSA 3KJ7A 5I84A 4DDDA 4KCDA 3BKIB 1XVXA 3Q28A 4ELOA 4DCYA 2XXWA 5LOMA 2F7AA 3CSBA 1HSLA 1YAEA 3IB1A 5M2VA 4YMBA 3KGCA 2Y7IA 1IXHA 2NXOA 1N04A 2AIXA 5FHOA 1XVYA 5H8QA 2A5TB 4KR5A 4NWCA 3FVKA 1A54A 3IL1B 5KCJB 3ILUB 1URSA 3O6GA 3OEMA 3TTKA 3G3KA 2KLFA 4GRKA 1LB8A 5IAIA 1SI0A 2DSFA 4OFJA 2B3FA 5L9SA 2V3QA 3H6UA 3EHUA 2ALUA 4IGTA 2P0SA 2W7YA 4OESA 3FATA 4FIMA 4H8IA 3MVWA 1UTBA 3U1OA 1DPPA 1LAXA 4O3BA 5CC2A 4ZECA 3A3CA 5I2KA 3VV5A 2GHBA 4IO5A 3G7WA 4HTGA 2DXYA 4YKIA 3LSLA 4U4SA 5FHMA 4H67A 3IAZA 1Y1MA 1OMPA 3K1PA 1NNTA 5JTYB 3IR1A 2NUVA 3TCGA 3SEWA 2UVIA 3T9UA 1LCTA 1UIVA 3D4CA 1P1QA 2OZZA 3M3KA 1B52A 3FJ7A 3E9XA 2HEUA 4DXUA 2RC7A 1SQYA 3RN8A 2VD3A 2DYXA 3UN6A 1P1UA 4OEVA 4KYDA 2ABHA 2DE2A 4BDLA 3FVGA 1Z7ME 4ZEIA 1Y3QA 4NMYA 1UTBB 1JETA 2A5SA 1R6ZA 3FXQA 1FQCA 1H45A 4TOZA 4JWYA 2O68A 4BDNA 1R1NA 1JW4A 2V3TA 4PFWA 4JWXA 4NTLA 2I6EA 5DEXA 3TPAA 3TYHA 3FXUA 4DIGA 4PFUA 2PMSA 3K1NA 1MPCA 1CB6A 4FATA 4IO4A 1OQGA 4F31B 2O84X 2X26A 3FVOA 1MG1A 1B1HA 3TTLA 1T0KA 4WEPA 1UTHB 2ZNSA 1PBQA 1UIUA 4PE5B 4R73A 3KZGA 2UYFA 2XXVA 3MPLA 2THIA 1MH4A 3ZKLA 1URGA 1MH3A 4RY1A 3GBBA 1NKXA 2ANJA 5ISUA 3W9WA 3B7DA 3G3HA 4RK2A 1YTVA 2DE4A 4UA8A 3MJNA 3VXBA 1MXUA 5HM4B 4DXBA 4QSEA 4NF4A 3K6UA 4E0XA 2O7UA 3PUVE 1MQHA 1BTJA 4YKPA 3TCHA 2NWJA 3OMBA 3T9VA 5DEXB 1B9JA 3PUYE 3PPPA 1MY0A 1SVXB 4BDQA 3LSWA 2ONSA 3SKPA 1OVTA 1B58A 3CIJA 5CMKA 1GTKA 3TQWA 3KBRA 3O6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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