2UVGA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
401
Chain Sequence
VNLRMSWWGGNGRHEVTLKALEEFHKEHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGQVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWNGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVELGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
molecule tags Sugar binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 147
structure length 401
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvgA02
3G3HA 1DSNA 4Q5TA 4XXUA 3IK6B 4P11A 4IY6A 2Y7PA 4H6DA 3CSGA 4F1YA 1OVBA 2GHAA 3FD3A 4XIGQ 1B0LA 1P1UA 4YZZA 4YMBA 2NOOA 1D3KA 2Y7RA 4QSEA 4HW8A 4DCXA 4IY5A 3N6UA 4G4PA 3W9VA 3O6IA 1A40A 3HSTA 1S7YA 2F7CA 4WXJA 4O3BA 1JW4A 2RC7A 4FECA 4C1TA 2PX1A 3CVGA 1B7HA 4U1OA 5CM6A 2XXUA 2NWJA 3TELA 3D4GA 5ITOA 5ICTA 4R6HA 1URSA 3LBSA 2D21A 4OENA 3V83A 3G3GA 1JEVA 3OD7A 1LCFA 2F36A 2KLFA 2ZXTA 1CB6A 3FJMA 5CBRA 2Q8JA 3MUQA 4I8CA 5HBCA 1WVJA 2QMWA 4ZECA 3FVKA 3OSRA 4U4SA 4YAHX 1B7UA 2H99A 2DP8A 4MFIA 1US4A 3FJ7A 1NL5A 4BDMA 2DE3A 1H45A 4ISUA 2G93A 4OYVA 3TPAA 4OQOA 1LBBA 1IQ7A 3A09A 1MY2A 2O68A 1WDNA 2XX8A 4KD5A 2RC8A 5JTYA 3IX1A 3E9XA 1B40A 4EF1A 1MQIA 1ATGA 4IGRA 3S9LC 3KSJA 4KQPA 4ZEDA 3SKPA 2XXWA 1H76A 1SI0A 3KFMA 4OETA 2NXOA 1N0TA 1N7XA 5AA3A 3Q27A 5IAIA 5I2KB 2A5SA 4GXSB 1N84A 2A5TB 1WODA 2GRVA 2XXPA 2F97A 3G3JA 3TDJA 4H0WA 1MPCA 3JV9A 3TZAA 3EHTA 1B5IA 5L8DA 4MH5A 3OSQA 3TMGA 1MXVA 1HSJA 4EUOA 4M4GA 1LBCA 4EF2A 3WAFA 4YKJA 1A8EA 1B3GA 3DLNA 4IO5A 3K1PA 3S9MC 1NFTA 2ZNSA 3H6UA 4PETA 5TPAA 1QKBA 1GR2A 2Z8FA 1BIYA 1QUJA 2X7QA 4EXLA 3BKIB 2AL5A 3RT8A 4DIGA 2F6PA 1Y3QA 4F22A 4GL8A 4F19A 4IO7A 3K02A 1ZLQA 1B6HA 3WAEA 3FASA 4GWOA 1D9VA 3G3KA 4IGTA 1SQYA 3VLWA 4GIZA 2O69A 2Q2AA 1MM7A 1UTBA 3SEYA 2RINA 5H8FA 3LC8A 1R9LA 5HM4B 3H6VA 5CMBA 1FTOA 1USYE 4EQBA 1SW5A 2P2AA 3PUWE 4GD5A 5H8HA 4ZE8A 3RN8A 5TP9A 4H65A 5I2NB 1SW1A 1MDQA 4KYSA 5TU0A 1N7WA 1NMUA 3I5OA 3QIMA 4OEUA 1TXFA 2OCUA 3Q29A 4ZEKA 3MZBA 4EQ7A 3T22A 2YLNA 3UORA 2ZYNA 3TQLA 5H8NB 2Z8EA 3RNNA 1NNTA 3TUSA 3USDA 3C32A 2DS9A 3Q25A 1B1HA 1M5BA 3DP4A 3KJ7A 1YCJA 2NVUB 1ANFA 1IITA 3PD9A 5EHMA 4KI0E 4TOZA 1B51A 4MLQA 4R9GA 1P1NA 5I59A 4FEDA 1Q1KA 4XKRA 1MXXA 1XS5A 2O1MA 2ZYKA 3QUFA 1VSOA 2DQVA 1MY1A 3MBPA 5DEXB 3S9EA 5A5XA 2V84A 4F29A 3CG3A 4GF8A 5FHOA 3K4UA 1O64A 2I49A 3T66A 1D9YA 5AA1A 3FXRA 3E13X 1IEJA 5AA2D 3MP1A 1EZPA 5TPAB 4ECFA 5ISUA 1B4HA 2QPQA 1ZTYA 4AQ4A 3W15C 2F35A 3IB1A 2RKMA 2F6GA 1R6ZA 1Z7NE 1ELJA 4JDFA 3RQTA 3UGWA 5EYFA 3MC2A 4U1ZA 4POWA 1NNFA 1Q35A 4JBZA 4IO4A 3TFLA 5J1DA 1POTA 2XXXA 3ILTB 1B1XA 1UTBB 4OFOA 4ELQA 1A55A 2O51A 2F5XA 5H8FB 3VV5A 1MY0A 2QSXA 3E3KA 3VVDA 1A8FA 1XHYA 4KR5A 4H5FA 3IL1B 4GRKA 1DTGA 3VVFA 1AMFA 3ECRA 1P1OA 2CZLA 4BDLA 5TP9B 1LFGA 1R1NA 4KFQA 2PBWA 4OESA 3TKDA 1B05A 1VR5A 1XVYA 3KOSA 3RGYA 5I58A 1RYOA 5JEIA 3H6TA 3H6WA 2UVIA 4PFYA 3TTRA 1S9TA 3MQ9A 3CFXA 4ZS9A 5I56B 1US5A 2FYIA 4JWYA 3OO9A 3GXAA 1B3HA 4JWXA 4ELRA 1T0KA 4ND9A 4R6KA 4Q30B 3KJTA 5I59B 2BJJX 3HN0A 2DWJA 3OO7A 2VD3A 4ESWA 1B3LA 4ZZEA 4UA8A 4KCCA 1FQCA 1B5HA 3EQ1A 3C33A 3KG2A 3T93B 1H3DA 1USYH 2DXRA 3KEIA 3VVEA 3CFZA 2VP1A 3CSBA 4HCWA 4F31B 2HXWA 4LQ5A 2F7AA 4DDDA 2R71A 4JSDA 5DYHA 1YPNA 5DVIA 2I0BA 4L17A 2F7BA 1FQEA 1LCTA 1I69A 5BUUA 2HQ0A 3K1NA 3R7XA 1BLFA 2XHDA 4QFKA 4EDPA 2ANJA 1UIUA 1M5EA 4G8NA 3DELB 3H3GA 3IR1A 4G68A 3U72A 2HEUA 3MZ9A 3MPKA 2XX7A 1ZU0A 3PUZE 3C34A 1ZIUA 1QULA 3UIFA 3RLFE 1IZ1A 1F9BA 2HFBA 4JSOA 3KN3A 3V8XB 3C4MA 1B7ZA 1SYHA 4PFTA 1URGA 2B3BA 4R2BA 2XXYA 1SBPA 3O6GA 4UACA 5I58B 5AA4A 1IXCA 3PPOA 3HHFA 2UVJA 3Q26A 3OENA 2DVZA 4O3CA 2ONKE 2UYFA 1XVXA 2AL4A 1MXZA 2E1SA 4PFWA 2NUVA 1II5A 3C9HA 1JW1A 3SEXA 3ZKKA 1NNKA 1VFEA 3DP6A 3PMXA 1SI1A 1PBPA 3TQWA 1H43A 3PV0E 3OMBA 3M3LA 4BLAA 1IIWA 3H7MA 2REJA 3DM0A 3SDFA 3K6XA 1FQDA 5ICQA 4OEVA 2PMSA 4HTGA 3IAZA 4EXKA 1MH3A 1MRPA 1N3WA 1JQFA 2Z8DA 1BTJA 2GFEA 3GLBA 4KYEA 2ABHA 4WKMA 5B70A 2PT1A 5L9MA 2AIXA 4PQJA 1MQDA 2QS4A 4U21A 1JETA 3OELA 1QUIA 1EU8A 4LQ2A 4M1VA 4QFNA 4OMBA 2XXVA 1ZKBA 1GV8A 2VD2A 3SEUA 4R6YA 1HSEA 3ILUB 2ZYMA 1LLSA 3JZJA 2Q2CA 5CI5A 3A3CA 5CRYA 1QJMA 4BDQA 4DXCA 4GLIA 3MVYA 3FVOA 3VLUA 3FV2A 2VOZA 1MQGA 3UK4A 4I62A 2M8CA 3TODA 4U23A 3KGCA 2OLBA 2P0SA 3I3VA 1Y1MA 1N04A 3R6UA 4QHQA 1B4ZA 4FATA 4FJPA 3LSWA 3LR1A 3PD8A 3MWBA 3FZVA 4AB6A 3U93A 4FE8A 1FTJA 5AA4B 3VXBA 2QRYA 3K2DA 2RC9A 2V25A 3ODBA 4X1DA 3KBRA 3K6WA 3T9VA 4ZDMA 4QFPA 3ZSFA 4C1UA 2HAVA 4HS7A 2GHBA 4NMYA 5AA2A 4O3AA 4IO3A 4DXBA 4P0IA 2XXHA 1YTVA 2PT2A 1LGBC 3CG1A 4YICA 3FVGA 3B6TA 3TYHA 4YB5A 4RXLA 3ZKLA 5FHMA 2WKYA 5JTYB 1B58A 1I6BA 2ALUA 4NWCA 1MM6A 4DLDA 3TTMA 3RPWA 3G7WA 2VHAA 1IXHA 2HAUA 3HHGA 1FTMA 1Z7ME 2E0SA 3IOUA 2RCAA 1PDAA 3U92A 1OQHA 1B2HA 2VGQA 1O63A 2O7UA 3SEWA 3KN7A 1MS7A 4XKPA 2GH9A 3B6WA 1Y3NA 4N07A 1DTZA 4F1UA 4POXA 4FEBA 4OXVA 2ZNUA 1SW4A 4GQOA 2D5WA 3PPQA 3H06B 4G8HA 2UYEA 2OWTA 2YPNA 5HPQA 1NNPA 2AYSA 2Z22A 1PBQA 1SYIA 4H8JA 1NKXA 2QS1A 3VLVA 1R9QA 2I4CA 2OWSA 2XXIA 3GBAA 4NF6A 1OQGA 3E4RA 4E0XA 3UP9A 3TEPA 2REGA 5K2XA 2QL3A 1PB8A 1MY3A 1L5TA 1LAFE 4H1XA 3MPLA 3ZS6A 1P99A 4OFLA 5IKBA 2QJEA 4ZEBA 3SETA 2XD2A 1LAXA 3MZ1A 5DVFA 3VXCA 1MY4A 1B0HA 2P1SA 2Q9TA 3PMWA 2QMXA 3O66A 4ELOA 1MQJA 2OBGA 3CI8A 1EZ9A 1N3XA 3KSXA 1URDA 4MBPA 4WEDA 2V3UA 2RCBA 3W9WA 1NH7A 5AA2B 4G77A 3OEMA 1JEUA 2OK2A 4THIA 5I57A 4PP0A 5H8HB 1TFAA 1IXIA 2I3WA 2DE4A 3MP6A 3EHSA 3MVZA 3QK6A 4IB2A 1OLAA 1A99A 4Q8RA 3RUMA 3T9UA 1B9JA 2Y84A 4YB7A 4GVOA 1FQBA 4H5GA 4LZ8A 3LSFB 1I6QA 4G8MA 1J1NA 3IB0A 4X1BA 1AOVA 3G3IA 2ZNTA 1N76A 5FTHA 4RYAA 1DOTA 3HCQA 4TLLB 1LAGE 4ONYA 3KOTA 3UN6A 4FIMA 5CBSA 1ZJLA 2D3IA 2XX9A 3IB2A 3PPRA 2UVHA 3IOWA 4ZEIA 3K0VA 5A5XB 3S9NC 4ZE9A 4C0RA 1SW2A 1M5FA 3C35A 3HPIA 4RJZA 4U2RA 5KDTA 3M3FA 1B5JA 2I0CA 1LB8A 4H8IA 1M5DA 1B3FA 4YU0A 4ESXA 2H5YA 4NF6B 1UQWA 2DOJA 3B7DA 4RA1A 5JK4A 4IO2A 2FA7A 5M2VA 1FW0A 3IOVA 3MJNA 1Y9UA 3K1MA 3HV1A 1DPPA 3EHUA 1IXGA 5LOMA 4R73A 3K6VA 3U8QA 4HCYA 4F39A 2W7YA 5I2KA 2A5TA 4Z7EA 2F8DA 4X48A 1MH4A 3TTKA 1P1QA 1RYXA 3OO8A 4NEDA 1VFDA 1A54A 2OJTA 5CC2A 2B65A 1SDXA 4JB7A 2O6AA 5BWJA 3FJGA 3VE1B 4AB5A 4F2QA 5I84A 5I57B 3MVXA 3T9XB 4Q0CA 1MQHA 3O29A 1P1WA 3TTLA 2RF1A 3CIJA 3IJOB 4LA9A 3DP8A 5DTBA 2DSFA 4P0GA 3IORA 4NE4A 2F78A 3QYTA 2ONRA 2V93A 1CE2A 1FTLA 3BBRA 5KZTA 2UVGA 3AXFA 3FXUA 2G29A 3R26A 4DXUA 1PC3A 2I6EA 3PPNA 4QFOA 4XTCQ 3F11A 2QS2A 4F3BA 3FV1A 3LSLA 4PE5B 3IO4A 4DCYA 2HZLA 1FCKA 3JYRA 4YKIA 1POY1 2F34A 4I9DA 4R75A 3EPEA 4F1VA 3M3KA 4NF5A 1LB9A 3H4ZA 4GL0A 4TQUQ 3L6HA 2XD3A 4R2FA 4G2ZA 2CMOA 1B46A 4BDOA 5KDTB 4QF9A 4G68C 4YKPA 2Q88A 3IOTA 1PEBA 1UTHA 4MLVA 3OO6A 4H67A 2ZYOA 5I2NA 5EHSA 3C31A 3RT6B 4XKQA 3V89B 4K3FA 3N6TA 4OHNA 3QAXA 4MF3A 1QW0A 3SESA 3PMVA 5L9SA 1VE4A 1DPEA 2DE2A 2I58A 5H8NA 3K00A 1OMPA 2DWIA 4YKKA 1FQAA 3O6HA 1MDP1 2XXRA 1LFIA 4GXAA 1ZMGA 4KPTA 3FATA 2H4IA 4NWDA 3Q28A 3N94A 3O28A 1KWHA 3N26A 3RTFB 4RPNA 1OVTA 2ESNA 3LSXA 4G68B 1SVXB 4F3GA 3CRBA 1XOCA 3C36A 1MG1A 3PUVE 1QKAA 5H8QA 1A7LA 2UXAA 1D4NA 5DEXA 4DZ1A 2THIA 4BDNA 4N6PA 2LAOA 3MVWA 4LZ7A 3VFJA 3UA8A 1Y3PA 1QVSA 1JVYA 1EH3A 4R74A 4Z0IA 4OWDA 4GOTA 3PGFA 3TTNA 1MXUA 3GBBA 4E0WA 1MXYA 1BKAA 3V5AA 1IUDA 3O97A 3EN3A 5CMCA 3P7IA 3T9HB 4F3PA 5F1QA 2DYXA 4NTLA 2DWAA 1QUKA 1M5CA 1Y4CA 2V3QA 1NH8A 2HZKA 3H03A 4LUBA 2QS3A 3HO7A 2DXYA 3LUYA 4BDRA 2R9JA 3TCGA 4OERA 2IA4A 4RY1A 4KCDA 3PU5A 3MAMA 1XT8A 3CFLA 3TCFA 3THIA 4NF5B 4R72A 5DT6A 4FORA 4RNSA 4NF8A 2Z23A 4LP2B 4OVJA 4JWOA 3S2VA 3RY3A 1O7TA 3I6VA 3BFUA 1UTHB 4U4XA 5ELVA 5FHNA 5DVJA 4RPOA 5FTIA 4YB6A 3FUZA 4QSDA 1GGGA 2Y7IA 4KHZE 1OLCA 3U1OA 4QFLA 4NF4A 4ZEFA 2PVUA 1RKMA 4OFJA 3CR9A 4I1DA 3PPPA 5I56A 2O84X 2OZZA 1JVXA 2Y7KA 3QSLA 4JXIA 5KCJA 5CMKA 1GTKA 3KZGA 4N13A 3GZGA 4F18A 3BFTA 4R9FA 3N5LA 5H8QB 1LFHA 5AE4A 2B3FA 1TWYA 2HCAA 4TLMB 4U22A 3L6GA 3TCHA 4QRZA 2YJPA 4OZ9A 2I4BA 3T96B 1BP5A 1Y1ZA 5CMMA 4FAJA 2R6GE 4GFRA 1MPBA 3FXQA 3MP8A 1MXWA 3FGSA 4X9TA 3K01A 1JW5A 3OXNA 3FIRA 3SERA 3SEVA 1LAHE 1PB7A 3KN8A 5H8SA 1LSTA 2DVCA 2FNCA 3A3UA 1H44A 4KYDA 1S50A 4LONB 1B3EA 1TFDA 4DE8A 2I3VA 3OOAA 1PB9A 3O9PA 1AL3A 1AIVA 3PUYE 3RTWB 1EZOA 2O1LA 4LZ5A 3IO6A 4NF8B 3OEKA 1OIBA 2H25A 1ZBMA 1MPDA 2IEEA 1FTKA 1HSLA 1XC1A 3O2AA 1TT1A 3QXMA 1I6AA 2PYYA 5B7DA 3G3FA 4ZZAA 1YAEA 3PUXE 4WEPA 4RK9A 1GVCA 2X7PA 4F3SA 2H98A 4ELPA 5L9OA 3D4CA 2V3TA 4F2OA 4NF4B 1FQFA 2Q89A 1Y4TA 4OTEA 2ONSA 2DWHA 4EQ9A 2H9BA 2O7IA 4RK2A 3IJXB 1SD3A 5KCJB 1DMBA 4IO6A 3VDFA 5F7VA 3TAJA 3ONMA 3B6QA 2X26A 2XXTA 4XKNA 3K6UA 2I48A 3EF7A 1B32A 4PFUA 3S4UA 1JNFA 1UIVA 3U94A 1AH5A 3M8UA 4LATA 5K2YA 3QUJA 1B52A 4YMAA 1Y20A 4QSCA 2ZMBA 3MW0A 2Y7WA 5ITPA 3FVNA 4LVQA 2XXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3HA 4MIJA 1DSNA 4Q5TA 4MJOA 4XXUA 4OA4A 1NV7A 2XWIA 3IK6B 4P11A 4IY6A 2Y7PA 4H6DA 3CSGA 4F1YA 1OVBA 2GHAA 3FD3A 4NQ8A 4XIGQ 4MEVA 3FXBA 1B0LA 1P1UA 4YZZA 4XF5A 4YMBA 2NOOA 1D3KA 2Y7RA 4QSEA 1DK4A 4HW8A 4DCXA 4IY5A 3N6UA 4G4PA 3W9VA 3O6IA 1A40A 3HSTA 1S7YA 2F7CA 4WXJA 4O3BA 1JW4A 2RC7A 4AS4A 4FECA 4C1TA 2PX1A 3CVGA 1B7HA 4U1OA 5CM6A 2QVUA 2XXUA 2NWJA 1IMEA 3TELA 3D4GA 5ITOA 5ICTA 4R6HA 1URSA 3LBSA 2D21A 4OENA 3V83A 3G3GA 1JEVA 3OD7A 1LCFA 1BK4A 2F36A 2KLFA 2ZXTA 1CB6A 3FJMA 5CBRA 2Q8JA 3MUQA 4I8CA 5HBCA 3GYYA 2KR0A 1WVJA 2QMWA 4ZECA 3FVKA 3OSRA 5IGAA 4U4SA 1SPIA 4YAHX 2ZZWA 2F3DA 1B7UA 2H99A 2DP8A 4MFIA 1US4A 3QMFA 3FJ7A 1NL5A 4BDMA 2DE3A 3A29A 1H45A 4ISUA 2G93A 4OYVA 2FIXA 3TPAA 4OQOA 1LBBA 1IQ7A 3A09A 1MY2A 2O68A 2DDKA 1WDNA 2XX8A 4KD5A 2RC8A 5JTYA 3IX1A 3E9XA 1B40A 4EF1A 1MQIA 1ATGA 5F24A 4IGRA 3S9LC 3LUZA 3KSJA 4KQPA 4ZEDA 3SKPA 5IZZA 2XA5A 2XXWA 1H76A 1SI0A 5IZ3A 1XI6A 3KFMA 4OETA 2NXOA 1N0TA 1N7XA 5AA3A 4PAFA 3Q27A 5IAIA 5I2KB 1KA0A 2A5SA 4GXSB 1N84A 2A5TB 1WODA 2GRVA 2XXPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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