2V25A

Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
GKLESIKSKGQLIVGVKNDVPHYALLDQATGEIKGFEVDVAKLLAKSILGDDKKIKLVAVNAKTRGPLLDNGSVDAVIATFTITPERKRIYNFSEPYYQDAIGLLVLKEKKYKSLADMKGANIGVAQAATTKKAIGEAAKKIGIDVKFSEFPDYPSIKAALDAKRVDAFSVDKSILLGYVDDKSEILPDSFEPQSYGIVTKKDDPAFAKYVDDFVKEHKNEIDALAKKWGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A Bacterial Virulence Factor with a Dual Role as an Adhesin and a Solute Binding-Protein: The Crystal Structure at 1.5 A Resolution of the Peb1A Protein from the Food-Borne Human Pathogen Campylobacter Jejuni
pubmed doi rcsb
molecule keywords MAJOR CELL-BINDING FACTOR
molecule tags Receptor
source organism Campylobacter jejuni
total genus 79
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A02
2HZKA 5H8HA 5H8FA 1N84A 2F6PA 1ZJLA 1SW2A 3VXBA 3V5AA 5I2KB 4KQPA 2UVJA 2ZNUA 1DPEA 2IEEA 1NNTA 1FQCA 1OLAA 3IB2A 3FASA 5I2NA 3V8XB 1B7UA 1ZBMA 1MXXA 3IJOB 1LB8A 3A09A 2W7YA 1IXHA 3CIJA 3Q28A 3VLWA 3IOVA 3TTKA 4LZ8A 4RK2A 1N0TA 1NFTA 1MRPA 3TEPA 1FTJA 2F6GA 2F5XA 1IITA 2OWTA 1H44A 3IOTA 1AMFA 2IA4A 5JTYA 4R9GA 1XS5A 4F3PA 1B3EA 4FATA 3VVEA 1POTA 1QUKA 2KLFA 5CMKA 4F39A 4DCXA 3CG3A 5I58B 4ZEBA 3O97A 1T0KA 4NWDA 1Y3NA 4TOZA 4R6YA 3TTRA 4F2OA 3LSXA 3MVXA 1SI0A 3QIMA 5A5XA 1N7WA 3K01A 2ZYKA 4U4XA 1QUJA 1MH3A 1ZIUA 4R73A 1L5TA 2Y7RA 2Z8FA 4QSCA 5CBSA 2O1LA 2DXYA 3OO7A 4ZE9A 2QMXA 3VV5A 2HFBA 1YAEA 1USYH 4GQOA 2I0CA 4IY5A 3ILTB 1S50A 3T93B 4QFLA 2CMOA 1ZMGA 1DOTA 5DTBA 4IGTA 1JEUA 3IL1B 3C34A 5L8DA 5F1QA 2DYXA 4TQUQ 3VDFA 4KFQA 4ZE8A 3HHGA 1B0LA 2I3VA 4YB6A 4JDFA 4Q0CA 5ELVA 1N3XA 1JEVA 3T9XB 4E0WA 3IR1A 3FXQA 2XXRA 4PETA 2RC8A 4NMYA 1LBCA 4P0IA 1MPCA 4NF8A 3EHUA 3G3FA 3OENA 1UTBA 2DVZA 3H6TA 2UVIA 2ZMBA 2QMWA 3K2DA 3WAFA 4R2BA 1PB9A 4BDRA 3U1OA 4ESXA 4KD5A 5J1DA 2XXVA 2ZYMA 5DT6A 2GRVA 2QS4A 5M2VA 4R6KA 3VXCA 2RINA 3ILUB 2XXIA 2Q2AA 2QRYA 1HSEA 4K3FA 4O3AA 3I3VA 2HAUA 2VP1A 5DVFA 1A54A 4YKPA 2E1SA 3KFMA 3IB0A 4GOTA 3GZGA 4JB7A 1USYE 3K02A 1B05A 3DLNA 3O28A 3S2VA 2FA7A 2OZZA 4OHNA 5AA2A 1TXFA 4QFNA 2UYFA 3PPNA 4AB5A 4X1BA 2NOOA 5AA2D 2P1SA 3TCFA 4ELOA 3ZS6A 1DTZA 4G68B 5FTHA 1R9QA 3LUYA 3PMWA 1TFAA 2ALUA 2F36A 1NNPA 2H25A 3O29A 4FECA 4LP2B 4YMAA 2DE4A 2XX8A 4JXIA 5HBCA 3C4MA 2O7IA 1I69A 1JNFA 3LSLA 3SESA 2P2AA 3LR1A 1ANFA 2XXXA 2UVGA 4WEPA 4ZEIA 4FEDA 4QFPA 3C36A 3RTWB 4ZDMA 2Z8EA 4EQ9A 1IXIA 3K6WA 3H06B 1Z7ME 3ECRA 2RC7A 4QSEA 3H6VA 2FYIA 1MQHA 1Y1MA 2PBWA 1BTJA 5FTIA 3PPRA 4XKRA 4FEBA 4HCWA 3ONMA 1JVXA 3U94A 4OZ9A 3ZKLA 4KI0E 3UGWA 3HO7A 3VVDA 2Y7WA 2XHDA 1LCTA 2R6GE 3TODA 4EDPA 3TCHA 1XOCA 4GRKA 1B58A 2F97A 2WKYA 4G77A 1I6AA 2X26A 3IAZA 2GHBA 1SW4A 1Z7NE 2XXUA 3B6TA 3KN3A 4RPOA 4RNSA 1FTMA 5BUUA 4OEVA 4C1UA 1SVXB 1AL3A 1VFDA 1BLFA 3U93A 1FW0A 1EZ9A 2Q2CA 3FVKA 1JETA 4MLVA 4IB2A 1GGGA 2OWSA 1Y20A 2B65A 1A8EA 4MF3A 1BIYA 3UORA 4DXBA 2QL3A 1FQBA 4EF2A 4EXLA 1IXGA 1OVBA 3EF7A 4MH5A 5ITOA 3MZ9A 4PP0A 1B3LA 4XXUA 3OXNA 4F29A 1JVYA 4OERA 1MQIA 3BBRA 3DP6A 3I6VA 4YB7A 3PPOA 2DVCA 1UQWA 3BFTA 2D5WA 3PMVA 1QJMA 3K00A 4IO7A 4QRZA 1B0HA 1OQGA 2X7QA 2DE2A 4HTGA 1FTOA 1B7ZA 4HS7A 4DIGA 3O6GA 4IO6A 3VE1B 2XXPA 4YU0A 1S7YA 2XD2A 1A8FA 2BJJX 2ABHA 3MP1A 3RUMA 3H6WA 1B2HA 5FHNA 2VD2A 4RK9A 1MS7A 3SEYA 2P0SA 1LLSA 1A99A 1SD3A 5ICTA 1B4HA 3TDJA 1MXZA 3GBAA 5CRYA 1MQJA 3MBPA 5TP9B 3P7IA 4X9TA 1AOVA 3HV1A 5KDTB 1O64A 3H4ZA 3FZVA 1N7XA 3UN6A 2D3IA 5I57B 1B9JA 1DPPA 2Q8JA 4R6HA 1MY1A 4F22A 4GWOA 2QS2A 4F19A 2A5TB 4P0GA 4FAJA 4GXSB 5KZTA 3PUWE 1DMBA 4PFUA 3H7MA 3OOAA 4ELQA 3THIA 1MXUA 4H8IA 3PU5A 2DWHA 3O2AA 4NF4B 2REGA 4PFTA 2RF1A 3PUYE 4U22A 3DELB 3JZJA 3TPAA 4X48A 3R26A 2DP8A 2YPNA 4EF1A 3CI8A 2PYYA 1ZU0A 1P1QA 2DWJA 5LOMA 1VR5A 1B3FA 3MP6A 5JK4A 1SI1A 3C33A 2V84A 4QSDA 3FXUA 4AB6A 1URSA 4F1UA 1US4A 2GFEA 3TELA 3B7DA 1JQFA 5IKBA 4C0RA 4OFLA 2I3WA 1UIVA 3S9NC 4EUOA 4I62A 1URGA 3PUVE 5AA4B 3PV0E 1PBQA 4GFRA 5CMMA 4ZEKA 2NWJA 5TPAA 5I59B 3T22A 3UP9A 5H8QB 1QW0A 2Q9TA 3MQ9A 1M5DA 4IGRA 4POWA 2Z22A 3HSTA 3CFZA 2RCAA 5H8SA 5CBRA 1N3WA 1EZPA 1Y9UA 2F7CA 3TMGA 1MM7A 4DLDA 3U92A 1MG1A 4JBZA 1UTHA 1GTKA 4R9FA 4ZEFA 3S9EA 1P1UA 2NXOA 4I9DA 4KYDA 4BDMA 2ONSA 4NF6A 4KPTA 3MPKA 2O6AA 1LAXA 4OWDA 1NNFA 2HQ0A 1R6ZA 3M8UA 5L9MA 1MY0A 3RTFB 4H6DA 3QYTA 4H0WA 1B46A 2UYEA 1FTLA 2LAOA 3QK6A 1LCFA 4IO5A 1KWHA 3FGSA 4ZZAA 3FV1A 3DM0A 3T66A 1TWYA 4RYAA 5I2KA 3QSLA 2PX1A 3H03A 1P1WA 1RYXA 4G68C 3KZGA 3I5OA 2QS1A 4LZ7A 3SERA 1D9YA 3KSJA 4DDDA 5ITPA 4IO2A 3K6XA 3RLFE 3FVGA 2B3BA 2H99A 3K1MA 1WDNA 2F34A 3DP4A 3TTMA 4O3BA 3W9VA 1IIWA 3LBSA 3KEIA 3K1NA 3G3HA 1POY1 5FHOA 4WXJA 5DEXB 3Q25A 5H8NB 1PBPA 3RGYA 3ODBA 4F3BA 2PVUA 4OFJA 3LSWA 1I6BA 3A3CA 1N76A 1QULA 5I58A 3KN8A 3FV2A 1VFEA 1MM6A 3G3KA 2CZLA 2XD3A 3SKPA 5CM6A 1J1NA 2QPQA 3TYHA 4N13A 1H76A 5EHMA 4QF9A 2XXQA 4UACA 3IB1A 3GLBA 1QVSA 2O69A 1LB9A 3KN7A 3SEVA 1MDQA 3C31A 3S9MC 1P99A 3TKDA 5CMCA 3H6UA 1MXVA 1AIVA 3PMXA 4Q8RA 4L17A 2Y7PA 1B52A 4YB5A 3Q29A 3GBBA 4WEDA 5I84A 2VHAA 3N94A 3L6HA 3TQLA 3UIFA 3VLUA 3MAMA 3M3FA 3E3KA 1BP5A 2V25A 1H43A 3TCGA 4OMBA 4KCCA 3T9VA 4OQOA 2DXRA 1TFDA 1M5EA 3U8QA 4GIZA 2AL4A 3MJNA 2H98A 2I4BA 3D4CA 5KCJB 5I56B 4G8MA 1BKAA 4TLLB 3FIRA 2H9BA 3K1PA 1O7TA 1P1OA 1Y4TA 1ZLQA 2OCUA 3K0VA 4BDNA 1OVTA 1PDAA 3LC8A 2OK2A 3TZAA 2Y7KA 4DE8A 2R9JA 2V3QA 2AIXA 2XX9A 3MVYA 1DSNA 1LAFE 5HM4B 3R7XA 3OEKA 2G93A 1FCKA 2ZNTA 4KR5A 4U1OA 1JW5A 3QAXA 1SYIA 3CVGA 4GVOA 2DS9A 1H45A 4DXUA 4LATA 4MBPA 4RJZA 4AQ4A 2GH9A 1FQFA 2G29A 2QSXA 1FQAA 3QXMA 2Q89A 5IAIA 3U72A 2Z8DA 4X1DA 5H8HB 4G68A 2Z23A 5H8FB 3UK4A 1MXYA 1R1NA 4NE4A 2RKMA 2ZYNA 3W15C 4JWOA 4PFWA 2HZLA 2HAVA 4PE5B 3G3JA 3G3IA 3VFJA 2VOZA 3FXRA 1WODA 4DXCA 3WAEA 1XC1A 5I2NB 4C1TA 1B5JA 1Y3QA 2Y84A 1SQYA 1FTKA 1DTGA 1MPBA 4H1XA 1ATGA 4N07A 4ZECA 2DSFA 1PB8A 5AA1A 3TTLA 1S9TA 3S9LC 2RCBA 5DVIA 4EQ7A 3T9UA 2F7BA 3KBRA 3H3GA 2FNCA 1B1XA 2HEUA 5JTYB 3OO6A 1O63A 3E9XA 1XHYA 1NH8A 3FVNA 4U4SA 3Q27A 1R9LA 3PD9A 4JSOA 3OMBA 5ISUA 1US5A 5L9SA 3AXFA 3IJXB 5A5XB 1MQGA 4KCDA 4YKIA 2YJPA 4GD5A 1WVJA 1IUDA 4BDQA 1AH5A 2YLNA 4PFYA 5B7DA 1NL5A 2UVHA 5CMBA 1GVCA 3USDA 3RT6B 4LQ2A 3RY3A 1A55A 3HN0A 5JEIA 2AYSA 3K4UA 4F31B 1RYOA 3FVOA 4NF5B 5HPQA 1Y1ZA 2OJTA 4FORA 3OO8A 4POXA 4FE8A 5K2YA 2F78A 4GXAA 4FIMA 3EPEA 4N6PA 1F9BA 1SBPA 1RKMA 2XXYA 1N04A 1MDP1 4LA9A 4OXVA 3SEXA 1EH3A 4YICA 3PPQA 3SEWA 3EN3A 3V83A 1QUIA 2VGQA 4YKJA 4BDOA 1LFHA 2NVUB 3KSXA 4NF8B 4Z7EA 1SW5A 5EHSA 1UTBB 3PPPA 1XVXA 2A5SA 3BFUA 1XT8A 4OENA 3FJ7A 2O7UA 1GV8A 4DZ1A 3JYRA 3T9HB 4GF8A 4QFKA 1LAHE 4H8JA 1LAGE 3FJGA 1A40A 5TP9A 1Y3PA 3JV9A 3SETA 4F1VA 3EHSA 4IO4A 5KDTA 3TFLA 4YZZA 4RY1A 4G2ZA 5I57A 3T96B 4M4GA 3TTNA 5AA2B 4QHQA 2PMSA 3B6WA 3A3UA 4ONYA 3M3LA 3KOSA 4JWYA 1PB7A 2A5TA 4EXKA 2F7AA 4LQ5A 1JW1A 2OLBA 1IEJA 1MXWA 2ESNA 2Y7IA 1VE4A 4ISUA 5L9OA 2DOJA 4GLIA 2I48A 4LVQA 3VVFA 1MH4A 2THIA 3M3KA 4NF4A 2HXWA 2H5YA 4NF5A 1LSTA 4GL0A 3N5LA 3N6TA 4RA1A 1B3GA 2DWAA 3MPLA 3E13X 5ICQA 2V93A 4TLMB 4Q30B 3MZ1A 4H65A 1H3DA 2I4CA 3W9WA 3MVZA 1II5A 1I6QA 2V3TA 1Q35A 1NH7A 3MVWA 1TT1A 2D21A 1LFIA 2XXWA 3N6UA 1JW4A 4JWXA 4BDLA 1URDA 1SW1A 5AA4A 3IOUA 3MWBA 2PT1A 1MPDA 4XKQA 3MUQA 1D4NA 3SDFA 3QUJA 4XTCQ 4R72A 2OBGA 3HPIA 3CFLA 4MLQA 3OD7A 5I59A 3OEMA 4THIA 5H8QA 4OTEA 2ONRA 4HCYA 1CB6A 4NWCA 2PT2A 4U1ZA 4H67A 4ELPA 4HW8A 4F1YA 4ZS9A 2O51A 2F8DA 2B3FA 1M5CA 4G4PA 4H5GA 1NMUA 3C9HA 3HHFA 3N26A 3IX1A 3F11A 4U21A 1QKAA 3KJ7A 1FQDA 4F18A 3TUSA 4PQJA 4I1DA 3KOTA 3OSRA 3RQTA 3PUXE 4GL8A 1Y4CA 4G8NA 4IY6A 1P1NA 3KJTA 3HCQA 4Z0IA 1M5BA 3EQ1A 3FJMA 4OESA 3UA8A 2XXHA 1YCJA 2V3UA 4OFOA 1B40A 1CE2A 1EU8A 4KYEA 4E0XA 2XX7A 2I58A 2DE3A 3R6UA 3RNNA 4G8HA 3CG1A 4ZZEA 3ZSFA 1B4ZA 1YPNA 1NKXA 2O1MA 3VLVA 2XXTA 2E0SA 2RC9A 1SDXA 2R71A 1A7LA 1B7HA 4ND9A 4H5FA 1XVYA 1M5FA 3V89B 1EZOA 3SEUA 3IK6B 3O6IA 4LONB 3TAJA 1QKBA 2QJEA 2O68A 3C35A 4R2FA 3CR9A 2REJA 4NTLA 5DVJA 3IO6A 3O6HA 1OLCA 3PD8A 4ESWA 2DWIA 3RT8A 2F35A 1YTVA 5FHMA 2ZYOA 5DEXA 2DQVA 2X7PA 5H8NA 3RN8A 4F3GA 3O9PA 4ELRA 5CI5A 2ONKE 2O84X 1B5HA 4XKPA 1OMPA 1OIBA 2I49A 4R74A 1Q1KA 3BKIB 1PC3A 1NNKA 3GXAA 1ZTYA 2HCAA 4F2QA 2M8CA 4Q5TA 1B6HA 2QS3A 4LZ5A 1B51A 2GHAA 4XIGQ 1D9VA 3TQWA 5B70A 2UXAA 1UIUA 3PGFA 3LSFB 3G7WA 1LBBA 5AA3A 4KYSA 3C32A 1VSOA 4U23A 4EQBA 2NUVA 3QUFA 4YAHX 4JSDA 2I0BA 5AE4A 3RPWA 4YMBA 3S4UA 3IO4A 3MW0A 4YKKA 1OQHA 4UA8A 3CFXA 4OETA 4XKNA 3IOWA 3OELA 4QFOA 4NEDA 3MZBA 5EYFA 4IO3A 4LUBA 4RPNA 3Q26A 4U2RA 4ECFA 2AL5A 4OEUA 4KHZE 3KG2A 3OO9A 1ELJA 2VD3A 3CSGA 5TU0A 1B3HA 4OVJA 3CRBA 1MY4A 1IXCA 3FATA 1B32A 1IQ7A 3CSBA 3L6GA 5TPAB 1FQEA 4DCYA 4F3SA 3FUZA 5KCJA 4I8CA 2ZNSA 2I6EA 1IZ1A 4ZEDA 2ZXTA 5I56A 4BLAA 2ANJA 3MP8A 5K2XA 5F7VA 4P11A 1MY3A 3ZKKA 4OYVA 3KGCA 2Q88A 4WKMA 3MC2A 4RXLA 3K6UA 2H4IA 3FD3A 5CC2A 3DP8A 1GR2A 1UTHB 1HSLA 1D3KA 3EHTA 4R75A 5BWJA 1MQDA 3PUZE 1ZKBA 3D4GA 4NF6B 4FJPA 1B5IA 3B6QA 5DYHA 3K6VA 1HSJA 1LFGA 3O66A 1B1HA 1PEBA 1MY2A 3E4RA 3G3GA 3IORA 4MFIA 1SYHA 3OSQA 4O3CA 4M1VA 1LGBC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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