2V25A

Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
GKLESIKSKGQLIVGVKNDVPHYALLDQATGEIKGFEVDVAKLLAKSILGDDKKIKLVAVNAKTRGPLLDNGSVDAVIATFTITPERKRIYNFSEPYYQDAIGLLVLKEKKYKSLADMKGANIGVAQAATTKKAIGEAAKKIGIDVKFSEFPDYPSIKAALDAKRVDAFSVDKSILLGYVDDKSEILPDSFEPQSYGIVTKKDDPAFAKYVDDFVKEHKNEIDALAKKWGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A Bacterial Virulence Factor with a Dual Role as an Adhesin and a Solute Binding-Protein: The Crystal Structure at 1.5 A Resolution of the Peb1A Protein from the Food-Borne Human Pathogen Campylobacter Jejuni
pubmed doi rcsb
molecule keywords MAJOR CELL-BINDING FACTOR
molecule tags Receptor
source organism Campylobacter jejuni
total genus 79
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A02
4MLVA 5M2VA 1ZLQA 4YU0A 1OQHA 4X9TA 2PBWA 3LR1A 1XT8A 1MS7A 3LUYA 5DT6A 4F19A 4FJPA 2VD2A 3G3GA 2CMOA 1EU8A 4O3CA 2O68A 1URDA 4DDDA 3PD8A 3PMWA 2Y7PA 4U4XA 3RPWA 2GHAA 3BKIB 3IO4A 2HZKA 4YICA 1B32A 4GIZA 5ICTA 2F97A 1Y1MA 3TTNA 2Q89A 3FJGA 3FXQA 4LQ5A 3IB0A 3CG3A 1IIWA 1R9QA 2A5SA 5ICQA 1UTHA 5AA3A 4ZZAA 5H8HA 4XKRA 4EF1A 4FORA 3EPEA 4X48A 5K2YA 1IXIA 4ZEFA 1Q1KA 5TPAA 3HSTA 1B5HA 3R26A 2RINA 3PMXA 4AB5A 4LP2B 3W9WA 4FEBA 1SBPA 2A5TB 2GRVA 5I57B 3B7DA 5HBCA 2F78A 2ZYNA 5ITOA 3CR9A 3T22A 4TQUQ 1ZJLA 1LAXA 2DQVA 3RY3A 4PP0A 3S9EA 2DWAA 3B6QA 2Y7WA 4OWDA 3N6UA 1IXGA 3UIFA 1NKXA 3TCHA 2R9JA 4LZ5A 3TELA 4GXAA 3IOTA 4Q0CA 1R1NA 3H6UA 3E3KA 3FJ7A 2I0BA 4BDOA 1SI0A 4OVJA 1H43A 1FQCA 1JW4A 3KZGA 4G68C 3C4MA 2F7AA 3L6HA 5BWJA 3LSFB 4KYSA 3TQWA 5CMBA 3CSGA 1BP5A 2H5YA 5KDTA 1QW0A 4FAJA 2E0SA 2ESNA 1NMUA 1Y3NA 1EH3A 1GGGA 3H4ZA 1JQFA 2NUVA 3VDFA 1SW5A 4OESA 4BDMA 4F3BA 2H98A 4WKMA 1QUIA 5AA2B 4BDQA 1ATGA 4KYDA 2FYIA 4QSEA 1VSOA 3E4RA 2QPQA 1MXUA 5AA4A 4LA9A 1MY0A 1PDAA 4K3FA 4I9DA 3EHSA 4THIA 1JEVA 4ZE8A 4ELPA 5I84A 1MQIA 1HSEA 3KSJA 5CBRA 3OD7A 1SW1A 4MFIA 2HAVA 2RC9A 2GHBA 2QS1A 5I2KB 3L6GA 1N04A 3MQ9A 1VFDA 1B4ZA 1B7ZA 2DS9A 2XD3A 1B9JA 1MH4A 3G3JA 1AH5A 2THIA 3VE1B 4QRZA 1DTGA 5DVFA 3FXUA 5HPQA 1TWYA 1USYH 3MJNA 2OWSA 3HHFA 4L17A 3F11A 1JETA 3CFLA 5KCJB 1LGBC 5TP9B 3IO6A 3CFZA 1KWHA 3DLNA 3BFTA 3U8QA 3K2DA 2QRYA 1XVYA 3ILTB 4R72A 3MPKA 3JV9A 1CB6A 3GBBA 1YTVA 1NH8A 3D4GA 3OENA 1EZOA 4GOTA 1ZIUA 1QVSA 3K4UA 1Z7ME 2ONRA 1D3KA 5H8FA 1FTLA 2D3IA 2RC8A 1SVXB 1MQHA 2OWTA 4MBPA 1MQJA 4DXUA 4JSOA 3PPNA 3IOVA 2VOZA 3MVZA 3KJ7A 5FHMA 4E0XA 1QUKA 4OZ9A 4F18A 4HCYA 4NMYA 1JEUA 1RYOA 3Q28A 2XXPA 4KI0E 2HCAA 4U1OA 4RPNA 2F6PA 4IGTA 3LBSA 1P1NA 4IO4A 3TQLA 1LB8A 4WEPA 3VXBA 1JW1A 4AQ4A 2H99A 2AL5A 4H8IA 3PPQA 1ZU0A 1B1XA 4MF3A 2QSXA 3K02A 1LB9A 4LATA 4LQ2A 3DP4A 3UORA 2F35A 4JB7A 2P2AA 1MRPA 5FTHA 4I62A 4HW8A 4Z7EA 2XXTA 3PU5A 4PFYA 1PEBA 2G93A 4N13A 3ZS6A 1BIYA 1R9LA 2PX1A 1VR5A 5F1QA 3QK6A 3G7WA 4OMBA 3WAEA 2XXHA 3VVEA 3TUSA 5I2NA 4G8NA 1BKAA 1LCFA 4GWOA 4GF8A 2UXAA 3A09A 2Z23A 1BTJA 3BBRA 1TFAA 2Y84A 1Y3QA 4M1VA 1EZ9A 3LC8A 4XKPA 1B7UA 3LSLA 3MVXA 1AOVA 5A5XB 4YB7A 3LSWA 3TPAA 3IK6B 4NF8B 4R9FA 4QSDA 1DSNA 1QULA 4QFNA 1LFIA 2HQ0A 4TLLB 3TMGA 2Y7RA 1I6BA 1UIUA 3MAMA 1F9BA 3G3IA 3CIJA 4TOZA 3S9MC 4KCCA 2ZNUA 4GFRA 3GXAA 5CM6A 1D9YA 1POTA 2H4IA 4OFJA 2F7BA 4F29A 4F31B 4H1XA 4X1DA 2H25A 3T9VA 3OO9A 1MY3A 3T9UA 1LSTA 1A8FA 3C33A 2DWJA 4NF6A 4F22A 3O6HA 3PUXE 3VFJA 3ECRA 1HSLA 2DE2A 3T9HB 5I56B 5F7VA 4KD5A 1OQGA 1VE4A 3HN0A 2D21A 1MH3A 4POXA 4U22A 4C1UA 3IAZA 3TTLA 4YKJA 3UA8A 2VP1A 1B1HA 3V8XB 3IB2A 4ZS9A 4GQOA 2DVCA 4ZDMA 3EHUA 3ONMA 3FXRA 1A7LA 2Q88A 4R6KA 1A54A 3QAXA 2Z8DA 1S50A 1JW5A 4RA1A 2F5XA 3M3LA 2I6EA 2Q8JA 2ZNTA 3VVDA 3SERA 1LAGE 3P7IA 4PE5B 5I59B 5H8HB 5EHMA 3K1NA 4OTEA 2UVJA 5LOMA 2XD2A 1IQ7A 1SQYA 1LBCA 4DCYA 1NNTA 2ZYMA 1MQGA 5EHSA 1B46A 4N6PA 3K00A 1OVBA 4U4SA 4F2OA 1LFGA 4EQBA 5H8QB 4IGRA 4R6HA 4RJZA 2O51A 5L8DA 5H8NA 1MXXA 3N6TA 5IKBA 2AIXA 1RKMA 4ELQA 3ODBA 1AL3A 2ABHA 4FIMA 3M8UA 4NF5A 1H76A 4UA8A 2ZXTA 4RYAA 2R71A 2X26A 1SI1A 2NVUB 1FTMA 3SEXA 3OXNA 1Y9UA 1SYHA 4G4PA 4U23A 3KOSA 2RF1A 1OVTA 1I69A 1P1QA 5DEXB 4U2RA 3MWBA 1H45A 1LLSA 2I3WA 2VD3A 1IITA 4HS7A 1IXHA 2ANJA 2QJEA 5KDTB 3IORA 1BLFA 3K01A 4R6YA 3H06B 1M5FA 1MDP1 4RXLA 1D9VA 1H3DA 1B52A 1PC3A 2AL4A 1B0HA 2ZMBA 3FVKA 1B05A 1FTOA 2F6GA 1N7XA 4G8HA 4OFLA 3SEVA 3MZBA 3IR1A 3W9VA 3FGSA 3ZKLA 3FZVA 5DYHA 1LBBA 1MXYA 3FV2A 1MM7A 4PETA 3KOTA 2A5TA 2I4CA 2QS2A 1US4A 4OEUA 1DPPA 2QMWA 4EQ9A 4EUOA 4YAHX 3FVGA 1JVYA 4Z0IA 3MVWA 3FJMA 1NNFA 1B6HA 4YKPA 4Q30B 3C9HA 2DWHA 3IJXB 1M5EA 4F1VA 1ZKBA 2Z22A 3UK4A 3CRBA 1UTBA 1UIVA 4Q5TA 3S4UA 1B58A 3TDJA 1AIVA 1URGA 1QUJA 3U1OA 1RYXA 2H9BA 3E9XA 3PPPA 5K2XA 1B5IA 3R7XA 3TODA 1ZTYA 1IEJA 4O3AA 2HAUA 1QKBA 2O7IA 3TKDA 4P0GA 4DCXA 4JDFA 3RUMA 1XHYA 1O7TA 5B7DA 3MZ9A 4NWCA 2O69A 5JTYA 1II5A 4U21A 4H65A 1L5TA 4U1ZA 3A3UA 3O29A 4H67A 1MY1A 4H0WA 3IOUA 3TFLA 3PUYE 3FATA 2V3UA 2DE3A 3DM0A 4H5FA 3EN3A 3SETA 4BLAA 3VLUA 2ZNSA 1B3FA 1O63A 2V3TA 1S7YA 1S9TA 4LUBA 2Z8FA 1N3WA 1LFHA 1FTKA 5B70A 1YPNA 4EXLA 4ZE9A 2F36A 4C0RA 1I6AA 4XKQA 3N5LA 4QHQA 3OEMA 3JYRA 5ISUA 5FHNA 2GFEA 3R6UA 2D5WA 4FEDA 2V93A 5JEIA 1EZPA 3GBAA 5I2KA 1JNFA 4C1TA 2XXYA 3TCFA 1Y3PA 1M5CA 5EYFA 4NF4A 4ELOA 1B7HA 4E0WA 5L9OA 4ESXA 4IY6A 4GL0A 4OHNA 3HHGA 4NTLA 2O6AA 3KN8A 3TZAA 1DPEA 4FE8A 4KPTA 4PFTA 5KCJA 4R75A 2P1SA 2OLBA 3PPOA 2PYYA 3PPRA 1FQAA 1WDNA 3IX1A 4GL8A 3MPLA 3A3CA 4P0IA 2XX7A 1A55A 2XXQA 4BDLA 4QFOA 1URSA 2V84A 4POWA 3WAFA 5CMKA 2XX9A 3V83A 3IOWA 3PUVE 1POY1 3U93A 4YMBA 4ZZEA 1FQFA 3CI8A 5ITPA 4F1YA 1Y4TA 4PFUA 1OLCA 3V89B 4YB6A 5AA2D 3S9LC 1Y4CA 3GLBA 4DXCA 3O6GA 3H7MA 4F1UA 3MBPA 4JWYA 4IO2A 3THIA 3O2AA 1MPCA 2B3FA 3KN7A 1N84A 1O64A 4H5GA 5AA1A 3RT6B 3Q27A 2UYEA 1B51A 2KLFA 5L9MA 2I49A 5CMCA 4KHZE 4EDPA 4ISUA 4UACA 3SKPA 3H03A 3TTMA 4OYVA 1USYE 4IB2A 4ZEBA 1IZ1A 1HSJA 3G3FA 2QS3A 1NNPA 5CC2A 3MP1A 3DP8A 4ZEIA 1OLAA 4G68B 3GZGA 1B3HA 2FNCA 4BDRA 4JWOA 2G29A 4HCWA 5I58A 3U72A 1SD3A 2O7UA 3SEWA 4JSDA 2ZYOA 3IJOB 3K6UA 2Q2AA 2RKMA 2F34A 2PVUA 1GVCA 3TEPA 3PGFA 4R9GA 1MXVA 4DZ1A 5A5XA 5JK4A 4ONYA 1A99A 3RN8A 4NF8A 3OMBA 4JBZA 4KQPA 3FV1A 1P1UA 3EHTA 3M3KA 3K1PA 1Q35A 5KZTA 2DXYA 3FVNA 4OEVA 4GRKA 4RK9A 3UGWA 3K6VA 5H8NB 3KN3A 4OETA 3PUWE 2V25A 2UYFA 4R2BA 4F2QA 4I8CA 2OK2A 5TU0A 4FATA 3W15C 4JXIA 1UTHB 4NF5B 3C34A 4GXSB 1UQWA 3FVOA 4YB5A 2F8DA 1MG1A 3TYHA 4DIGA 1QKAA 4G2ZA 3T9XB 3HCQA 2PT1A 4OXVA 5TPAB 3Q25A 3OSRA 1VFEA 2X7PA 3DP6A 5I56A 3SESA 1LAHE 3VV5A 4TLMB 2CZLA 4GVOA 4X1BA 3MVYA 2WKYA 4QFPA 3MZ1A 1WODA 3VXCA 2OBGA 1FCKA 1NL5A 3OEKA 1PB9A 4NEDA 2I58A 3CSBA 1M5DA 3K6XA 5I59A 3CG1A 5FTIA 3HPIA 2VHAA 2XXIA 1XC1A 2HEUA 4H6DA 4YMAA 3FIRA 3VVFA 2I3VA 2XHDA 1DOTA 3S9NC 1ELJA 3PV0E 4G77A 4ZEKA 3RGYA 3IL1B 1N76A 4QFLA 1A40A 4OENA 4XTCQ 2RCBA 4QSCA 3SEUA 3FUZA 3OO8A 5H8QA 3RNNA 2UVGA 1TT1A 1XS5A 1M5BA 3KJTA 3ZKKA 1Z7NE 4OERA 2BJJX 3S2VA 1B40A 4RK2A 1UTBB 3EQ1A 3MP6A 1MXZA 2Z8EA 3VLVA 1LCTA 2NWJA 5IAIA 1FQEA 2O84X 2UVIA 1ZBMA 3CVGA 5AA4B 5L9SA 1MY2A 1Y20A 4WXJA 4H8JA 5I57A 2YLNA 2XXVA 5CI5A 4N07A 3MC2A 3QYTA 4F39A 3QUFA 5DEXA 3RT8A 4IO7A 5H8SA 1TFDA 4RNSA 4DXBA 3FASA 4LVQA 1FTJA 2B65A 1QJMA 2M8CA 3KBRA 4HTGA 5JTYB 1P1OA 4XIGQ 3OOAA 4XXUA 4O3BA 3Q26A 4YZZA 4JWXA 2V3QA 3Q29A 2ALUA 3RLFE 1R6ZA 3H6WA 3KSXA 2DP8A 3K0VA 4ZECA 3E13X 1GV8A 1PBPA 2XXRA 1XVXA 1MY4A 1B5JA 2DSFA 3I5OA 1N0TA 2DWIA 3V5AA 1P1WA 1N7WA 2F7CA 4IO5A 2XX8A 3HO7A 4PQJA 2Q9TA 3TCGA 1B3EA 3M3FA 5CBSA 3T96B 2REGA 3G3KA 4NWDA 1PB8A 1MPBA 3DELB 5DTBA 2YJPA 5HM4B 2GH9A 4KCDA 3FD3A 2XXWA 4LONB 5H8FB 2NOOA 4R74A 3K1MA 2DE4A 3N26A 5AA2A 4NF4B 3OELA 1ZMGA 2OCUA 3KG2A 3H3GA 3UN6A 3QSLA 2HZLA 4PFWA 4LZ8A 2Y7KA 5AE4A 1SYIA 4R73A 2DXRA 3QUJA 3T93B 4M4GA 4QFKA 2HXWA 1MDQA 3B6WA 1H44A 3ZSFA 1D4NA 2R6GE 3ILUB 1ANFA 3OO6A 3I3VA 1FQBA 4LZ7A 4ELRA 4IO6A 5ELVA 4XKNA 3LSXA 4ZEDA 3AXFA 1OIBA 3T66A 1MQDA 4BDNA 4EXKA 1GR2A 1T0KA 1FQDA 4F3PA 2PMSA 2AYSA 3O6IA 4EF2A 3PD9A 3EF7A 2NXOA 5DVIA 1A8EA 5BUUA 4G8MA 1NNKA 4RPOA 3G3HA 3CFXA 3C35A 4KFQA 3D4CA 4IY5A 1PB7A 4KR5A 4ND9A 2FA7A 2LAOA 1XOCA 5TP9A 4YKKA 2DVZA 1Y1ZA 1N3XA 1SDXA 2XXUA 3OO7A 1OMPA 1P99A 5I2NB 1YAEA 4NE4A 4Q8RA 2I0CA 1SW2A 2ONSA 2O1LA 4DE8A 1B4HA 1AMFA 1DTZA 2O1MA 3MW0A 3O9PA 2Q2CA 2W7YA 1MPDA 3USDA 1SW4A 4ESWA 3TTRA 1MM6A 3H6VA 3MP8A 3KEIA 3N94A 5CRYA 4GD5A 4I1DA 1B3GA 3TAJA 2IEEA 1B2HA 3RTWB 2I4BA 5I58B 3RTFB 3O66A 3B6TA 4ECFA 3MUQA 5J1DA 4F3GA 1US5A 3PUZE 1B3LA 3IB1A 2RC7A 4RY1A 1NH7A 3K6WA 3I6VA 1I6QA 2REJA 3QIMA 5FHOA 2RCAA 4KYEA 2IA4A 1PBQA 4NF6B 3JZJA 2OZZA 3KGCA 3HV1A 4FECA 1B0LA 2Y7IA 3H6TA 3OSQA 2QMXA 1TXFA 3QXMA 3C32A 1JVXA 4R2FA 2OJTA 4QF9A 2HFBA 1FW0A 4MLQA 1GTKA 2QS4A 1DMBA 3SDFA 4MH5A 4WEDA 1CE2A 2UVHA 2P0SA 2ZYKA 4DLDA 4YKIA 3O28A 3C36A 2X7QA 2DOJA 1NFTA 2VGQA 3SEYA 3VLWA 3KFMA 3O97A 3TTKA 4OQOA 1IUDA 4IO3A 2XXXA 5CMMA 2E1SA 3U92A 3BFUA 4EQ7A 4F3SA 4G68A 4P11A 5DVJA 1MXWA 1WVJA 1LAFE 2QL3A 2DYXA 1J1NA 2I48A 2PT2A 1IXCA 1YCJA 3UP9A 2B3BA 4AB6A 3C31A 3PMVA 3U94A 3RQTA 4OFOA 2ONKE 4GLIA 2YPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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