2V93A

Equillibrium mixture of open and partially-closed species in the apo state of maltodextrin-binding protein by paramagnetic relaxation enhancement nmr
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
309
structure length
149
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPCKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Open-to-Closed Transition in Apo Maltose-Binding Protein Observed by Paramagnetic NMR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 149
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v93A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v93A01
4HW8A 2XX7A 1POY1 2XXPA 2XXQA 1N7WA 1IUDA 5DEXA 3PUXE 2XHDA 5I56B 2RC9A 4X9TA 3T96B 2X26A 4BDRA 3B7DA 2Q2AA 4YAHX 4BDQA 5L9MA 1A8EA 1MDP1 4JSDA 2V3TA 2OLBA 1ZTYA 3OO8A 5TP9B 4IO7A 3VLUA 2QS2A 3VVDA 4RNSA 3PMXA 3TCFA 1JEUA 3M3FA 2H25A 1MH4A 1UTHB 1N7XA 4F2QA 3ECRA 3KBRA 4H67A 3TFLA 3IB2A 3PPQA 3H6TA 3O9PA 3EHSA 3MVYA 2I0BA 4QRZA 3ILUB 2Z22A 4QFPA 4ESWA 4OVJA 4OYVA 1B5JA 1NH7A 4XKNA 1XVYA 2R71A 2WKYA 1GV8A 4ZEIA 3T9UA 4DXBA 1JETA 1FQFA 4BDLA 1UIUA 3FVNA 5B70A 3H6VA 1LCTA 3A3CA 4U4SA 1M5CA 4O3AA 3PUVE 4EF1A 4GRKA 3SDFA 2REJA 2ONKE 3M8UA 1Q35A 4QF9A 4NTLA 2VGQA 3GBAA 3W9WA 3VXCA 2ONSA 3TCHA 1TFAA 3RGYA 4DXUA 4QSDA 4IGTA 4OHNA 2RKMA 4ZE9A 1FQCA 1B5HA 3W15C 3LUYA 4Z0IA 1DTGA 3SEUA 2F34A 1MY1A 3QK6A 1Q1KA 3MUQA 5TPAB 1MH3A 2XXUA 3UP9A 3M3KA 3PV0E 5I59B 2E0SA 1YCJA 4NMYA 3V8XB 1P99A 1OVBA 2DVZA 3K6UA 2QJEA 2Q88A 1VR5A 3H6UA 2G29A 4JWOA 1AOVA 1P1OA 3USDA 1MQJA 4Z7EA 4LQ2A 2ANJA 1BKAA 1NNKA 4KD5A 4F1UA 3VV5A 4MBPA 2DQVA 3MC2A 4KQPA 4OXVA 4NEDA 5EHSA 4ELOA 3B6QA 4F22A 3A09A 1ATGA 4TLMB 3MW0A 5TP9A 4BDNA 4DLDA 3KOTA 1R9QA 4YICA 3UIFA 3G3JA 1LSTA 3BFUA 3TZAA 5DT6A 2PVUA 5J1DA 2HEUA 3KN7A 1B1HA 2O7IA 1N84A 1PEBA 4U2RA 1POTA 5CI5A 3ZSFA 1T0KA 3OO9A 5H8FB 5DVIA 3ZKKA 4THIA 4JDFA 3PD8A 1SBPA 1R9LA 3OD7A 5BWJA 4F19A 1FTLA 4IY6A 3K02A 2Z8DA 2B65A 4H8IA 1A55A 4ELRA 1SYHA 3FXQA 4R6KA 1DTZA 3G3GA 4O3BA 5AA2B 3S9MC 1LGBC 4R6HA 3C36A 3EHUA 3BBRA 2HXWA 2X7QA 1URSA 1S50A 3TTLA 3TTRA 2Z8FA 3MP1A 4Q5TA 5I2KB 3S9NC 2B3BA 2D21A 3PU5A 5JTYB 4H5GA 3RT8A 3THIA 4F3SA 4M4GA 4RK9A 2VD3A 3H7MA 2FYIA 4KYSA 4R74A 5TPAA 1AH5A 5ICTA 5FTIA 5I59A 1NNFA 4G68A 3Q27A 4ZDMA 4I8CA 4UA8A 3CVGA 2Q8JA 4H8JA 2NUVA 1M5BA 2OBGA 5HPQA 2O1MA 4OFJA 3VLVA 1Y20A 1Y1ZA 3O6IA 1H3DA 1M5DA 4OESA 1SDXA 3GBBA 4U23A 3HHFA 4IO5A 1PB8A 1ZLQA 3FXUA 3MAMA 3VE1B 4H5FA 2F5XA 1LAHE 4H1XA 4NF8B 3LSXA 2W7YA 3EPEA 5H8HB 1MG1A 3FGSA 2HAVA 5EHMA 3C31A 3OMBA 4F1VA 3EF7A 3MZBA 1LBBA 4O3CA 2PX1A 3OENA 3T9XB 3K4UA 1ANFA 3CI8A 1LB9A 1P1UA 3RTFB 3ZKLA 3AXFA 5H8FA 2HFBA 2DSFA 2Q9TA 4LP2B 4LA9A 1A8FA 1D9YA 4LQ5A 4YMAA 4RJZA 1J1NA 2UVGA 2XXVA 4YKKA 3UGWA 4GL8A 3QSLA 1TWYA 1URDA 1OMPA 2XD3A 4I1DA 1P1NA 4NF6B 3PUZE 2A5TA 5B7DA 2AL5A 1VFEA 5DYHA 3PMVA 4N07A 3PD9A 3IO6A 5AA4B 2RF1A 1ZJLA 5A5XB 5DVFA 4RXLA 2QRYA 2ZYMA 4ZZAA 1IXCA 4R72A 4AQ4A 1SI1A 3PUWE 1B7HA 2UVHA 5CC2A 5JTYA 5CM6A 2PT2A 1RYOA 3KN8A 1QVSA 4G4PA 4U4XA 4DCXA 4IGRA 1Y4TA 3G3IA 1A40A 2GH9A 1UQWA 3KN3A 4JWXA 5CMMA 1URGA 2O68A 1LB8A 4U1ZA 3OOAA 3EQ1A 1MPDA 2GHBA 1VSOA 1MXYA 2AIXA 2HZKA 2ZNTA 1QKAA 4N6PA 2DWHA 3KJTA 4G2ZA 3PPOA 1LAFE 1ELJA 3DLNA 4X48A 3FASA 1VFDA 4WKMA 2ZNUA 4IY5A 3QIMA 3LSLA 1LFHA 4G68C 3IO4A 5I84A 3TQLA 4KHZE 3G3FA 5KCJB 1Z7NE 3G3HA 3KSJA 4F1YA 1WDNA 4YKIA 2H5YA 2I58A 1S9TA 3KG2A 4NF8A 5H8HA 4YZZA 1DOTA 3PGFA 2Y7RA 1RYXA 1B0HA 4G8HA 3DP8A 4GIZA 4RPNA 3EN3A 2VHAA 4JSOA 3JYRA 4GFRA 4LONB 1BTJA 4JWYA 3K6XA 4ZE8A 4R2BA 4ZECA 2F97A 1NMUA 5H8QB 3VDFA 3T22A 4U21A 3FIRA 4GQOA 1LLSA 4NF6A 1GVCA 2O84X 5F1QA 4F3GA 2DE3A 4MLVA 3FZVA 1FTOA 1B0LA 1US4A 1B32A 2IEEA 3TPAA 2H9BA 3O66A 4QFNA 4RYAA 4F3PA 1MRPA 3IL1B 3SEYA 3L6GA 2Q89A 3PMWA 4KYEA 4DE8A 4FEDA 3DELB 2F6GA 1XOCA 3TKDA 3TTMA 4ZEDA 3TTNA 5I58B 4KFQA 2Z8EA 2I3WA 5I2NB 5AE4A 1FQEA 3FV2A 3TQWA 1QUIA 1XS5A 1B6HA 2DWAA 3WAEA 2UYFA 2YJPA 4WEDA 3OEKA 3MJNA 2NOOA 3LR1A 3C33A 3DP4A 2ZYNA 2KLFA 3HV1A 2LAOA 3MWBA 1SQYA 1MQGA 3N94A 3U93A 1TT1A 1IXHA 1LFIA 4L17A 4LUBA 3E9XA 3CSGA 1XVXA 5IAIA 3C34A 1JW4A 3U8QA 3MP6A 3CFXA 3RN8A 5I56A 3N5LA 3C32A 1VE4A 2DYXA 1WVJA 4JXIA 2H98A 2M8CA 1GGGA 1B9JA 3H03A 3QUJA 2I4BA 4YKJA 4ZEBA 5H8QA 4FAJA 3U72A 2YPNA 1R1NA 1JW1A 3P7IA 1NNPA 3CG3A 3TELA 2Y7KA 1O64A 4YB7A 3KFMA 1MY2A 5KDTB 3KEIA 1OQGA 4C1UA 3DP6A 3V5AA 5H8NB 3MVZA 1FW0A 1ZMGA 4HS7A 1OLCA 4H6DA 4GWOA 4PFTA 1SVXB 2BJJX 3SEVA 2F78A 1PDAA 1UTHA 1M5EA 3K0VA 4MFIA 3T66A 1A99A 1LAGE 3K1PA 5JK4A 2OWSA 5HM4B 4TLLB 3FJGA 2ABHA 1B7ZA 3T9VA 1JVXA 3K1MA 2CMOA 1D9VA 3I5OA 5I58A 3T9HB 2REGA 2I4CA 4MLQA 2QPQA 1DPPA 1O7TA 2X7PA 3FATA 3CFZA 4H65A 4OENA 4YU0A 1SW4A 1N04A 4OERA 1OIBA 3L6HA 3VFJA 1L5TA 2O7UA 4DXCA 3E3KA 5H8SA 1B46A 4GOTA 4GVOA 5FHNA 3TTKA 3K01A 3CRBA 1IEJA 1B4ZA 2Y7IA 1IQ7A 4ELQA 3BKIB 1ZKBA 4KI0E 2D3IA 5AA2D 3K2DA 3T93B 4PE5B 4XTCQ 3Q25A 1QUJA 1MS7A 3OXNA 3EHTA 4LATA 4EF2A 1BIYA 3CSBA 1N3WA 4X1DA 4FATA 2VD2A 3MPKA 4GXAA 3U1OA 3N6TA 1FQAA 5FHMA 5M2VA 2IA4A 2ONRA 4C1TA 1DPEA 1SW2A 3C4MA 1FQBA 4PFYA 4XKPA 5DTBA 4KR5A 3JZJA 4POXA 3FD3A 3TUSA 4FIMA 4JB7A 1NKXA 2ZNSA 4X1BA 5H8NA 2I48A 1AIVA 4WXJA 1LAXA 3QYTA 2RCAA 3KSXA 1OLAA 1CE2A 1HSEA 1NNTA 1YPNA 2QL3A 2HAUA 4ECFA 3OSRA 2B3FA 3H6WA 1MM6A 4JBZA 2XXWA 3S4UA 4R75A 1GR2A 3RT6B 2RC7A 2NVUB 1EH3A 3RTWB 1EZOA 4QFOA 2DE2A 3SESA 2P1SA 4BDOA 2VP1A 5CMCA 2DOJA 3VVEA 1F9BA 1PB7A 4E0XA 5DEXB 4G77A 3IJXB 1CB6A 1IIWA 2XXHA 2F7BA 4DCYA 3IX1A 4IO6A 1IITA 1Y4CA 5AA2A 5JEIA 3H06B 1TFDA 3CR9A 2I6EA 3MZ9A 2R9JA 5I2KA 3VVFA 4PQJA 3KGCA 3QXMA 4BDMA 3FVGA 4QFKA 3RUMA 1SYIA 3QUFA 4LVQA 3H4ZA 3GLBA 1MXWA 2THIA 1FQDA 2CZLA 2D5WA 1AL3A 4YKPA 4GXSB 4NF5B 2XD2A 3TEPA 5KZTA 4KCDA 4DIGA 3ONMA 2PMSA 1IXGA 3PUYE 3IAZA 3W9VA 2XXXA 3S2VA 2PT1A 2AYSA 1JEVA 1Y3PA 2V3QA 1SW5A 4C0RA 2GRVA 3CG1A 5CBRA 3RQTA 4ZEFA 3OSQA 3HN0A 1SD3A 1SW1A 4EDPA 1PB9A 4F2OA 2ZYOA 1D3KA 5TU0A 4OZ9A 4F18A 2ESNA 1FCKA 4WEPA 1B7UA 3S9LC 2OZZA 3B6WA 5CRYA 1N0TA 5I57B 1I6AA 4I9DA 2QS4A 4EUOA 3RNNA 4GD5A 4RK2A 3K6WA 1B1XA 4ZS9A 1Y3QA 3Q26A 5ITPA 2NXOA 4QSEA 3ODBA 1MM7A 1JW5A 1PBPA 1BLFA 3FJ7A 3KZGA 1P1QA 3K1NA 2XXRA 3Q29A 2QMXA 3DM0A 4G8NA 4OQOA 1LCFA 4ONYA 4DZ1A 4LZ8A 1QKBA 3MP8A 4EXLA 1B05A 4NE4A 3E13X 3IOUA 3SETA 1I6QA 4EQ7A 3GXAA 3FVOA 1MY4A 2P0SA 5AA4A 1AMFA 4YMBA 5A5XA 3E4RA 1Y3NA 5ITOA 2RCBA 4Q0CA 1USYH 4F39A 5CBSA 4QSCA 3F11A 3PPNA 4XXUA 4OTEA 4PFWA 1B3GA 4OFOA 3KJ7A 1B3HA 2G93A 2OCUA 3WAFA 2DP8A 4K3FA 2P2AA 4NF5A 3D4GA 4POWA 1PC3A 1IZ1A 1MXVA 3IOTA 4RPOA 3A3UA 3RLFE 4R73A 4QHQA 2I3VA 3MQ9A 4RY1A 1MDQA 3HPIA 1P1WA 4ZZEA 3ZS6A 3S9EA 2QS3A 2OK2A 3MPLA 3MBPA 2F35A 4OMBA 3V83A 2GHAA 1B58A 4ZEKA 3RY3A 2A5SA 4EQ9A 1MXZA 5KCJA 3G7WA 3MZ1A 5EYFA 1M5FA 1XHYA 1ZIUA 4IO4A 5I57A 2V25A 1B3LA 1H44A 1LFGA 2F6PA 3UA8A 1TXFA 4G8MA 1B52A 3U92A 1B3EA 1YAEA 1N76A 5DVJA 2Y7PA 5FHOA 2V93A 2UVJA 3BFTA 1B4HA 3I3VA 4OEVA 5AA3A 2FNCA 3FUZA 4P11A 1OVTA 1XT8A 1XC1A 3HCQA 4FJPA 1WODA 2H4IA 1JVYA 4G68B 3UK4A 2Y84A 4R2FA 3N26A 1OQHA 1Y1MA 4UACA 4FECA 5L8DA 1A7LA 3LBSA 1I6BA 4U22A 3IR1A 4ESXA 4GL0A 2FA7A 4FE8A 4LZ7A 3O29A 1US5A 1H76A 4HCWA 4YB5A 1ZBMA 3TYHA 1QULA 4N13A 4BLAA 4NF4B 4OEUA 1FTMA 4HTGA 1MY3A 3M3LA 2HQ0A 2XXYA 4RA1A 1JQFA 2UYEA 5LOMA 2I49A 1O63A 3OO7A 2O6AA 4IO3A 3FXRA 1USYE 5I2NA 3B6TA 3HO7A 4PFUA 2H99A 2NWJA 3HHGA 3OO6A 3MVWA 4XKRA 3UN6A 3IB1A 2DS9A 2HCAA 5ICQA 1B2HA 1NL5A 2ZXTA 3C9HA 1HSLA 2RINA 3TDJA 3VXBA 3RPWA 4GLIA 1UTBB 2A5TB 5L9OA 3R7XA 4TOZA 3R26A 1FTKA 2V3UA 4XIGQ 4HCYA 1QJMA 3IB0A 4ELPA 1I69A 3VLWA 2GFEA 4E0WA 3CIJA 2F7CA 3LSFB 3TMGA 2DVCA 4MH5A 1JNFA 4NWDA 5AA1A 2ZMBA 2UXAA 2HZLA 4R9FA 5IKBA 3O2AA 2I0CA 1MPBA 4Q30B 4R6YA 1B3FA 3FVKA 4Q8RA 3TODA 4KPTA 3ILTB 4IB2A 3D4CA 4GF8A 1GTKA 4AB5A 3PPPA 4ND9A 5ELVA 3PPRA 2XXIA 2DXRA 1Z7ME 3U94A 3G3KA 5KDTA 2XXTA 3FV1A 1N3XA 1KWHA 4LZ5A 1H45A 4ISUA 3OEMA 1B5IA 2ALUA 2R6GE 5HBCA 5F7VA 1EZPA 4OWDA 1PBQA 5CMKA 1QW0A 4I62A 4KCCA 2O69A 4NF4A 2QSXA 4AB6A 4F3BA 1EU8A 3O28A 3SERA 4P0GA 3LSWA 3MVXA 1LBCA 2XX9A 4OETA 2QS1A 3UORA 1D4NA 1MQIA 3H3GA 3JV9A 3O6GA 1B51A 1B40A 3O6HA 4H0WA 1BP5A 1MY0A 4PP0A 1S7YA 2RC8A 1HSJA 1II5A 2F8DA 5CMBA 2DWIA 3IK6B 4P0IA 2Z23A 1DMBA 2Y7WA 4NWCA 4MF3A 2QMWA 1NH8A 3CFLA 3FJMA 4XKQA 5BUUA 1MPCA 3GZGA 4TQUQ 3C35A 1UTBA 2Q2CA 4KYDA 4DDDA 4FEBA 3QAXA 2UVIA 2YLNA 1R6ZA 4F29A 3SEWA 1Y9UA 3OELA 2VOZA 3O97A 1QUKA 2ZYKA 4R9GA 2O1LA 1ZU0A 4IO2A 3Q28A 2O51A 4U1OA 1MQDA 2OWTA 3SKPA 1IXIA 4PETA 3K00A 4F31B 4FORA 1YTVA 5ISUA 3V89B 4EXKA 3N6UA 2DE4A 1NFTA 2F7AA 2DXYA 3IJOB 5FTHA 3IOVA 3LC8A 1EZ9A 1UIVA 5K2YA 3K6VA 3SEXA 4M1VA 2PBWA 3I6VA 4YB6A 4QFLA 5K2XA 3TCGA 3HSTA 2F36A 1DSNA 1A54A 4EQBA 2AL4A 1RKMA 1MQHA 3KOSA 2OJTA 3IORA 2E1SA 1FTJA 1MXXA 3R6UA 2PYYA 1MXUA 2DWJA 2XX8A 5L9SA 1H43A 3IOWA 1SI0A 4OFLA 3TAJA 2V84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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