2W7YA

Structure of a streptococcus pneumoniae solute-binding protein in complex with the blood group a-trisaccharide.
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
391
structure length
389
Chain Sequence
EVLEFYHGYHHSEDEWPVAKTMRDLYDKFAEEHSGVEFKPTPVNGDLKDIMNNKVASGEFPDVIDLAGNAVSLAAIEQKLVLDLKPYIDSNKLEKNVGLNYKQNQKDGKIYTVHEQLFTMGLWYNKDIFAKAGAKTPDQWNTWDDFTQAMASIRKQDGVYAFGAGEPSIRLFNTVLGTTENGRKLLDKPLTKEGIESKEFADALKMVMKEIQANGSKNAGGDANAYSKDFQEGKSAVFFNGVWASGEMSKNPSLAPGIYPAGVAISSSGGGITISSKMSEAKQKLALEFLKYMTSDDVQKVIFEKVGANPSNENVNVKELSEKSSEATTKILGQAITQVKNAKAVVPTVSDVWGGDVHTAIINALTESAAENVDVDQKVKSTQDVLKSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Blood-Group Antigen Recognition by a Solute-Binding Protein from a Serotype 3 Strain of Streptococcus Pneumoniae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROBABLE SUGAR ABC TRANSPORTER, SUGAR-BINDING PROTEIN
total genus 119
structure length 389
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2w7yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2w7yA01
1ZU0A 1ZJLA 3C31A 1AH5A 2XXHA 2XX8A 1LGBC 1HSEA 4O3AA 2F97A 1FTKA 3TELA 1SBPA 3PGFA 3THIA 5I57A 1AL3A 4DCXA 2Q89A 3HO7A 4UA8A 4TQUQ 1LFHA 3FVKA 4ELPA 1S9TA 2BJJX 1QUJA 3PUZE 4YU0A 2OJTA 3TTMA 4IO2A 3PMWA 3KEIA 2V93A 5CM6A 4RPNA 1LAFE 3D4GA 4U4XA 2V3QA 3FXUA 1BP5A 4Q8RA 2ALUA 3CIJA 1JW5A 4WEPA 4F3SA 3OEMA 4GL0A 4JWXA 4MF3A 1QKAA 5IAIA 3ZKKA 3B7DA 5I57B 1H44A 3PMXA 4MFIA 4P11A 4JSDA 4R9GA 3WAFA 4FECA 1M5CA 4G68A 3EPEA 2DVCA 4AB6A 1JW4A 5H8FB 2I3WA 2B65A 1Y20A 1MXXA 4G77A 4OERA 3QYTA 5TU0A 2X7PA 3MP6A 5DEXA 5I2NB 3FVNA 3A3UA 4OEVA 4G4PA 1NNPA 1OQHA 5I59A 5FTHA 5HPQA 4Q30B 3MPLA 1JETA 3VVFA 5HBCA 4POWA 2F78A 4PFTA 1DMBA 4G68B 1MPDA 3RTFB 5CBRA 1URDA 3MZBA 5H8NB 3R6UA 3KSXA 1Z7NE 2F6PA 2I58A 3RT8A 3SERA 5DEXB 3C36A 3OO8A 3FXQA 4QSDA 4QSEA 1NL5A 1Q1KA 2E1SA 4LONB 1O64A 5I59B 3L6HA 3S9NC 2Q9TA 1Y4TA 4M1VA 1IZ1A 3MPKA 1MPCA 1GGGA 1URSA 3LC8A 4R74A 3O9PA 4DXUA 4I8CA 4YB5A 1MH4A 3H6TA 5L8DA 4IY6A 4TLLB 3QIMA 1RKMA 3B6QA 1LCFA 4H0WA 4U21A 4RNSA 1BLFA 3TCGA 4DZ1A 4TLMB 1O7TA 5J1DA 2Y7RA 3PPNA 1OIBA 5ICTA 3IL1B 4NWDA 4ZEIA 3FUZA 3K01A 3T9XB 1Y1ZA 2QS1A 4R9FA 2THIA 5I56A 2V3TA 1B46A 2ZYMA 3FIRA 3K6VA 4P0IA 4H67A 2RCBA 4MH5A 3IB2A 5H8QB 3VVEA 2VD3A 4ESXA 3LR1A 3R7XA 2PMSA 1J1NA 2Y84A 5M2VA 3BBRA 3TMGA 3UGWA 4F1YA 5A5XA 1MDQA 3PPQA 3K00A 3OD7A 3FATA 4F18A 3N94A 3O6GA 4JXIA 4WEDA 3AXFA 2X26A 3CVGA 2GRVA 2H98A 1GTKA 1XOCA 3MUQA 1MQIA 1B0LA 1SW2A 1NNKA 4H8IA 4R72A 3H6VA 4KYSA 4DXCA 2REJA 3TCHA 1P1UA 1TFDA 2B3BA 1IXGA 2V84A 1QVSA 4FJPA 1OMPA 2ONSA 4ZS9A 4GF8A 4NF8A 3E9XA 4NE4A 3O6HA 1RYXA 1N7XA 4PETA 1IXHA 3V89B 4GD5A 5KZTA 4E0WA 4KD5A 4NMYA 1KWHA 3UK4A 3RUMA 2NUVA 4GIZA 3IOTA 4YMAA 1AOVA 3IJOB 4R6HA 4ZZEA 4ELOA 3W9WA 2ZMBA 2UVIA 3K0VA 4F29A 3DP4A 4KHZE 3TTLA 4BDLA 2HCAA 4U4SA 2F7AA 1MDP1 2Z8EA 2XXWA 2ONRA 5DTBA 4FAJA 3LUYA 4FORA 4X9TA 4NF8B 1IIWA 1NKXA 4UACA 3CRBA 2XHDA 3IB1A 4LQ5A 1MQDA 4RJZA 1DPEA 5AA3A 3Q27A 1XC1A 4OFLA 1EH3A 1YTVA 2HZLA 2G93A 4YZZA 2Y7KA 1M5BA 2NOOA 1LAXA 3T9HB 3OO9A 3HSTA 2H9BA 2QS2A 2YJPA 4BLAA 3FV2A 2RC7A 1NMUA 1P1QA 1ZLQA 3O6IA 1HSJA 4GQOA 1HSLA 1UTHA 3OEKA 4LZ5A 2XXXA 5DVJA 3G3FA 1PB7A 4KYEA 3FJMA 3P7IA 3KZGA 1H43A 3H6UA 5DVIA 4H65A 3G3JA 2AL4A 3IOUA 3CFXA 3U93A 2O7UA 4G8NA 4M4GA 3SEVA 5I58B 2QMXA 2AIXA 1LB8A 2VP1A 4ZEBA 4U23A 3I6VA 1N04A 4X1DA 4X48A 3E13X 1Y1MA 3ODBA 3DLNA 3U8QA 1B51A 2A5TA 2VHAA 3MVWA 1A99A 3KGCA 4GL8A 3F11A 1N76A 3PD9A 2HFBA 4F31B 3TZAA 3BFUA 5AA2A 2W7YA 2KLFA 1NH7A 1Y9UA 3FJ7A 3GBAA 4LVQA 4F19A 2PT2A 3OELA 4K3FA 1QULA 3K6UA 1LFIA 3QAXA 3EHSA 4G68C 2OCUA 4FIMA 2A5TB 1FQAA 2I0CA 3M8UA 2WKYA 4ESWA 3BFTA 1DTGA 2QRYA 1GR2A 4ZDMA 3O28A 2HEUA 1H76A 5ICQA 5B70A 3G3KA 4IB2A 3HCQA 4KQPA 3TQWA 1Q35A 1B1HA 4RPOA 2H99A 4YB6A 4JB7A 5L9MA 4ECFA 5FHNA 4Z7EA 1B4HA 1ZKBA 2NXOA 2OWTA 1FQCA 4OFJA 4YICA 1MM6A 3GXAA 5DT6A 3B6TA 3I5OA 1MXWA 4IO4A 4OFOA 3TFLA 1OLAA 1L5TA 1OVTA 1CE2A 1D4NA 2PT1A 3CSBA 2UVHA 4N07A 2XXYA 1MXZA 5F1QA 1SYIA 3I3VA 4FEBA 4IO3A 2R9JA 3G3IA 1FTJA 1N3WA 3CSGA 1MY3A 4EF2A 3C34A 3IORA 4GLIA 1POY1 3Q29A 3DP6A 2VGQA 1US5A 5AE4A 4RXLA 4PFYA 5K2XA 2F7BA 4EXKA 5I2KA 1YPNA 1SDXA 1ZIUA 4KYDA 4YKIA 1B7UA 3D4CA 4LP2B 2F7CA 4NF4A 3S2VA 4AB5A 4H5FA 2UYFA 4YAHX 2GH9A 4OMBA 3OOAA 3KBRA 1MM7A 3S9EA 2ZNTA 3RN8A 3K6WA 4FE8A 3EHTA 1VFDA 2DWAA 3A09A 5ITOA 3CG3A 4IGTA 1LBBA 4WXJA 1QW0A 2RCAA 3O66A 1LBCA 1NFTA 4NF6A 1B5JA 4OTEA 3EQ1A 1BTJA 1LAGE 3RPWA 1TT1A 4N13A 3TTRA 2A5SA 1POTA 2RC8A 3FXRA 3PV0E 2ZNSA 1JEUA 3KOSA 3MBPA 1D9VA 3R26A 3SEYA 2NWJA 1FQDA 5IKBA 1B52A 4MLVA 2AL5A 4XKQA 3C35A 3LBSA 5ISUA 1MRPA 2I48A 3LSXA 4IGRA 5CMMA 2M8CA 3OENA 3TKDA 2XXIA 1B3GA 5BUUA 4QFOA 1DSNA 3IO6A 1B3LA 4XKNA 4ZE9A 1USYH 1PB8A 2Q2CA 4Z0IA 2DOJA 5DYHA 4LA9A 2P0SA 1MQJA 3RT6B 2OZZA 4L17A 1FTMA 2I0BA 1A7LA 1ZMGA 1B5HA 3UN6A 3BKIB 5F7VA 4IO7A 4JDFA 1NNTA 1TFAA 3TPAA 3SKPA 2REGA 4JWOA 3SEXA 3IO4A 3W9VA 1SI0A 1A8FA 1A54A 1FQFA 5I56B 2O1LA 3QUJA 5H8HA 2RF1A 5ELVA 4GVOA 1JW1A 2DE3A 1P1NA 2XD3A 3PPPA 3T66A 3UP9A 3TDJA 4ONYA 1SYHA 4KCCA 3IX1A 2QL3A 3KN3A 3PPRA 2R71A 4RA1A 3T93B 4EQ7A 1OLCA 3K4UA 3E4RA 1P1WA 4OVJA 4BDRA 1QJMA 2O68A 5BWJA 4QF9A 1B3HA 1YAEA 3FZVA 4XTCQ 4ZEFA 3IK6B 5A5XB 4R6KA 4ZE8A 1USYE 2DYXA 1A40A 4KCDA 3E3KA 2D21A 5H8HB 4F3PA 5K2YA 1QUIA 1IUDA 4YMBA 3KG2A 1SW1A 3IB0A 4EUOA 3FVGA 4N6PA 1FCKA 2YPNA 2H4IA 2ZYNA 1PEBA 2QPQA 3QSLA 2Z23A 2QSXA 3USDA 1JNFA 4YB7A 3GLBA 2F5XA 3V83A 1IXCA 3C32A 1Y3PA 5TPAA 4OYVA 5FHMA 1MS7A 1R1NA 1N7WA 4TOZA 3MP1A 3H7MA 2ZYOA 2HAUA 3T9UA 2F8DA 1S7YA 4QSCA 3H3GA 3MZ9A 3TAJA 4XXUA 5CMCA 1MY0A 4FATA 2O1MA 3VXBA 4LZ8A 1DOTA 5AA1A 2RKMA 4QFLA 4RK2A 3SEWA 1CB6A 5TPAB 4DXBA 3EHUA 3DM0A 5CMBA 3ZSFA 3QK6A 1D9YA 2IA4A 3G3HA 1B7HA 4BDNA 2DS9A 3PUYE 1N0TA 1D3KA 4OHNA 5CBSA 3UIFA 3VXCA 3VLVA 1I6AA 2XXTA 4OQOA 4F2QA 1QUKA 3DP8A 3HHGA 4PQJA 3TEPA 4JWYA 4O3CA 1LFGA 3OO7A 2V25A 1ANFA 3CFLA 1EZPA 4POXA 3VDFA 4H5GA 4RK9A 3M3FA 3TODA 3LSLA 3S4UA 2UVGA 4ZEDA 4GOTA 1UTHB 1XT8A 1IQ7A 1GVCA 5EHMA 3HHFA 2Q8JA 2XXUA 2O6AA 1P99A 3KN8A 3IAZA 5JEIA 1XHYA 1DPPA 3VLUA 1Z7ME 4C1UA 1LAHE 3VE1B 1B3FA 1SD3A 4PFWA 3KOTA 1XVYA 3HV1A 2Q88A 2ESNA 4C1TA 1B7ZA 2F6GA 4HS7A 2E0SA 3C4MA 1PBQA 1FQBA 5DVFA 2DVZA 4G2ZA 2OBGA 5LOMA 2GHAA 5KDTA 1IXIA 4KPTA 1I69A 1Y4CA 1SVXB 3RGYA 1PC3A 3U92A 2P2AA 3GBBA 4QRZA 3ZS6A 1RYOA 1UTBA 4HW8A 3QXMA 5AA2B 3K02A 1SW5A 3V5AA 2F34A 3K6XA 4HCYA 2Y7PA 4F1VA 4R2FA 3TCFA 3ZKLA 1MH3A 4P0GA 1N84A 2RC9A 4I62A 3MC2A 4DCYA 1EZOA 2VOZA 3CI8A 2Y7WA 5KDTB 1MQHA 4DDDA 5TP9A 4THIA 4QHQA 4R2BA 3KSJA 3H03A 2LAOA 2ZNUA 4MBPA 1PBPA 1PB9A 2OWSA 1UTBB 3U94A 2IEEA 4BDMA 5JK4A 2H25A 4OENA 3EN3A 1ATGA 1ELJA 2I3VA 4QFNA 2PVUA 4IO5A 5H8FA 2I4BA 1US4A 4U22A 2DE2A 1B58A 3FVOA 2O84X 4KI0E 2XX7A 3MVXA 4XIGQ 1JQFA 5I2NA 2HXWA 4R73A 1B6HA 4ISUA 2GHBA 4X1BA 2F35A 4PFUA 4H8JA 4F22A 5TP9B 1WODA 3PPOA 4GXAA 5AA2D 1NH8A 5H8SA 1XS5A 4OESA 3G3GA 1SI1A 4GXSB 1EU8A 4MLQA 4DIGA 1SQYA 3ONMA 3UA8A 3HPIA 1EZ9A 2D5WA 2XX9A 5H8NA 4EQ9A 2Y7IA 1B3EA 1ZTYA 2XXRA 2QS4A 1B0HA 3N6TA 3ECRA 2FYIA 3T22A 4KFQA 2QMWA 1VFEA 2HAVA 4I1DA 1FQEA 4PE5B 4GFRA 4R75A 2DQVA 4NEDA 1II5A 3C33A 3V8XB 4BDOA 1MXYA 1B32A 3JZJA 1LLSA 3JYRA 3TQLA 3U72A 1XVXA 2AYSA 5I2KB 3K1MA 4YKJA 4O3BA 1VSOA 3ILUB 2O51A 2DXYA 5KCJA 4E0XA 1QKBA 4NF5A 4LUBA 3LSFB 4NF4B 1UQWA 3MVZA 4YKPA 5L9SA 3H6WA 3U1OA 4NTLA 4BDQA 3KJTA 4C0RA 2NVUB 5FHOA 3O97A 4F39A 3M3KA 1M5EA 3TTNA 2ANJA 2PYYA 3PMVA 1M5FA 2DWIA 4F2OA 4EXLA 3QUFA 3EF7A 4Q5TA 5KCJB 3MQ9A 4NF5B 1R9QA 2CZLA 4F1UA 2ZYKA 2VD2A 1FW0A 3FJGA 4NF6B 5H8QA 1GV8A 3MW0A 1IITA 3JV9A 3SDFA 4LQ2A 1JVXA 5CC2A 1BKAA 4XKRA 4U1ZA 3MP8A 3W15C 3S9MC 1OVBA 3Q25A 2P1SA 4OEUA 3RTWB 1WDNA 1MG1A 2FA7A 4ZZAA 5EYFA 2DSFA 2F36A 3RY3A 1LB9A 2OLBA 1UIVA 1YCJA 4PP0A 4GWOA 4LZ7A 3RLFE 3VLWA 1TXFA 4QFPA 3CFZA 3PUWE 3H4ZA 1JVYA 4EDPA 1A55A 3PUXE 3N26A 1LCTA 4Q0CA 3SETA 4EF1A 1R9LA 4R6YA 2DE4A 4HCWA 2D3IA 1R6ZA 1F9BA 1N3XA 1JEVA 4NWCA 2DP8A 2Z8DA 1B2HA 1FTOA 3FD3A 4I9DA 5CRYA 3OO6A 5EHSA 5L9OA 3Q26A 5AA4A 2O7IA 2HQ0A 4OWDA 2HZKA 2DWJA 3MAMA 2Q2AA 4ELRA 3VV5A 3PU5A 3SESA 3FASA 5JTYA 3H06B 4DE8A 2OK2A 2DXRA 3K1NA 1MY4A 1I6QA 2V3UA 4ND9A 3G7WA 1FTLA 3N5LA 1SW4A 2CMOA 2B3FA 2PBWA 3VVDA 4ZECA 3DELB 2RINA 3T9VA 3K2DA 3MJNA 2H5YA 1B4ZA 5FTIA 1VE4A 4FEDA 5AA4B 3FV1A 2FNCA 1B05A 3C9HA 1S50A 3PD8A 3MVYA 4AQ4A 3KJ7A 1ZBMA 3OXNA 4F3GA 4G8MA 1MXUA 1H45A 3ILTB 1T0KA 1P1OA 3GZGA 4YKKA 4H6DA 5I84A 5JTYB 1AIVA 3CR9A 2UYEA 3S9LC 1Y3QA 1DTZA 4OETA 2XXQA 3RQTA 4F3BA 1MY1A 1LSTA 3UORA 1B1XA 2PX1A 1OQGA 3SEUA 2Z8FA 2O69A 3M3LA 3KFMA 3O29A 1WVJA 5B7DA 2XXPA 1B5IA 2ZXTA 3MWBA 4ELQA 2I4CA 3OSQA 4DLDA 1M5DA 1MQGA 1VR5A 3K1PA 4RYAA 1Y3NA 4LATA 3IJXB 2XD2A 2XXVA 2ONKE 1I6BA 1MY2A 4EQBA 3TYHA 2ABHA 4JSOA 1NNFA 1H3DA 1UIUA 3Q28A 5I58A 3B6WA 2UVJA 3PUVE 4U2RA 1MXVA 4H1XA 3TTKA 1TWYA 3CG1A 4OXVA 3OSRA 4JBZA 5ITPA 1AMFA 2I6EA 3LSWA 4IY5A 4IO6A 3O2AA 1BIYA 3IOVA 4KR5A 3IOWA 2X7QA 1A8EA 3L6GA 2YLNA 2QJEA 3OMBA 2R6GE 2QS3A 4XKPA 3FGSA 3RNNA 1IEJA 1PDAA 3N6UA 4ZEKA 2GFEA 3T96B 4GRKA 5HM4B 3VFJA 2Z22A 4RY1A 1B9JA 2DWHA 3A3CA 4WKMA 3WAEA 2I49A 3MZ1A 4HTGA 2UXAA 3KN7A 4G8HA 3HN0A 1B40A 5CMKA 3IR1A 5CI5A 3TUSA 4OZ9A 1URGA 2G29A 1MPBA 4QFKA 1O63A 4U1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZU0A 1ZJLA 3C31A 3MYUA 1AH5A 4GWUA 4NQ8A 2XXHA 1G0IA 3MSTA 4OVSA 2XX8A 2PCRA 1LGBC 1HSEA 4O3AA 5J16A 2F97A 1LBWA 1FTKA 3TELA 1SBPA 4GWSA 3PGFA 3THIA 4GX4A 5I57A 1AL3A 4DCXA 2Q89A 3HO7A 4UA8A 1XI6A 4TQUQ 1LFHA 3FVKA 4ELPA 1S9TA 3BIGA 2BJJX 1QUJA 3FBPA 1DBZA 3PUZE 4YU0A 2OJTA 4P9KA 3TTMA 2HXRA 4IO2A 3PMWA 3KEIA 2V93A 5CM6A 4RPNA 1LAFE 3D4GA 4U4XA 1FPDA 2V3QA 3FXUA 1BP5A 4Q8RA 2ALUA 3CIJA 1JW5A 3E78A 4WEPA 4F3SA 3OEMA 4GL0A 4JWXA 4MF3A 1QKAA 5IAIA 3ZKKA 3B7DA 5I57B 1H44A 3PMXA 4MFIA 4OVRA 4P11A 4GBWA 4JSDA 4NX1A 4O8MA 4R9GA 3WAFA 4FECA 1M5CA 4G68A 3EPEA 2DVCA 4AB6A 1JW4A 5H8FB 2I3WA 2B65A 1Y20A 1FBEA 1MXXA 4G77A 4OERA 3QYTA 5TU0A 2X7PA 3MP6A 5DEXA 2HHMA 3EKIA 5I2NB 3FVNA 3A3UA 4OEVA 4G4PA 1NNPA 1OQHA 5I59A 5FTHA 5HPQA 4Q30B 1DK4A 3MPLA 1JETA 3VVFA 2F3BA 5HBCA 4POWA 2F78A 4PFTA 1DMBA 4G68B 1MPDA 3RTFB 5CBRA 4NG7A 1URDA 3MZBA 5H8NB 3R6UA 3KSXA 1Z7NE 2F6PA 2I58A 3RT8A 1VDWA 3SERA 5DEXB 4JVDA 3C36A 3OO8A 4OANA 3FXQA 4QSDA 4QSEA 1NL5A 1Q1KA 2E1SA 4LONB 1O64A 5I59B 3L6HA 3S9NC 2Q9TA 1Y4TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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