2X7Q | Genus

Total Genus 104

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	104
sequence length	306
structure length	306
Chain Sequence	LPTLKVAYIPEHFSTPLFFAQQQGYYKAHDLSIEFVKVPEGSGRLINLLNSNEVDIAIGLTEAFIADIAKGNENIHVLDTYVKSPLLWAVSTGSNRDDVTDAKQLKRIGVSRIGSGSYVMSFVLAHQLGVPSFDQFQVLSNFKNLRDSVNLKDGVEGSDAFMWEYFTSKKYYDNHEIKQIDQIYTPWSSWVVATSSDSLQAKSDVIKNFIDAVNQGIQYYNEHVDEAIEYISSNLDYSAEDAKEWTKTVEFNSRIGKTPLDWDTIVVKTKDTLKLAGVLAESDDVILKRLNSNVKKTNLQLDGDLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__799115695575406__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__799115695575406__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2X7Q/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__799115695575406__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"799115695575406","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2X7Q/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__799115695575406__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Unknown function
source organism	Candida albicans
publication title	The Conserved Candida Albicans Ca3427 Gene Product Defines a New Family of Proteins Exhibiting the Generic Periplasmic Binding Protein Structural Fold pubmed doi rcsb
molecule keywords	POSSIBLE THIAMINE BIOSYNTHESIS ENZYME
total genus	104
structure length	306
sequence length	306
ec nomenclature
pdb deposition date	2010-03-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF09084	NMT1	NMT1/THI5 like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	2x7qA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	2x7qA01

2DWIA 3TMGA 1OQGA 4R74A 2RCAA 3PMWA 4JWXA 2GRVA 3IR1A 4U4XA 1EZPA 2Y7RA 1A54A 2Q8JA 4KYDA 3EHUA 4G8HA 3RPWA 1I69A 1B51A 3PPOA 2REGA 5DEXB 2H25A 3KBRA 4XIGQ 1HSJA 1FCKA 1O63A 5H8HB 1HSEA 2THIA 3CR9A 4AB6A 1FQEA 4Q30B 1AIVA 3FXUA 2A5TB 4YZZA 3USDA 3PUWE 3T9UA 3C35A 5ITOA 3O6HA 4HW8A 1GGGA 1FTJA 3S9EA 3JV9A 3W9VA 4GXAA 4G77A 1SW5A 1B2HA 3FVKA 4WEDA 3SEYA 3Q29A 4WXJA 4R75A 1USYE 4N13A 4FECA 5H8FB 3CFXA 1NMUA 4LQ2A 3FZVA 1FTKA 2O1MA 1XOCA 3HPIA 2H99A 4ZE9A 1ZTYA 1OIBA 1TWYA 1XT8A 3TZAA 3L6GA 3G3JA 1II5A 3RUMA 5BUUA 4GL0A 1SVXB 3DP8A 2NWJA 1LCFA 4KCCA 2F36A 2HFBA 2I3VA 1Y3PA 4ZZAA 3VDFA 1YPNA 4GQOA 2XXPA 1VFDA 2OWTA 3LR1A 3SEXA 1DTZA 1NNFA 1NNTA 2F6PA 1NH8A 2R9JA 2PYYA 2LAOA 5J1DA 1JW5A 3VLWA 3BKIB 1MG1A 1MQGA 1MXXA 5EHMA 4XKPA 1RYXA 3KSXA 1WDNA 5B70A 3ONMA 5DYHA 4JSDA 5AA4A 3MUQA 3BFTA 1PB7A 4KFQA 3VFJA 4F2OA 4QSDA 3B6QA 4RJZA 2QMWA 2Q2AA 1PB9A 2WKYA 4ELPA 4IO6A 1A7LA 1UIUA 3TCGA 3SDFA 5FHNA 1S50A 4IY5A 4YMBA 1YCJA 2X26A 1MM6A 4U1ZA 2Y7WA 1MPDA 3KN7A 2ZNSA 1UIVA 3HHGA 1LAHE 3Q28A 3T9VA 2YJPA 5L9OA 4FEBA 3QYTA 4RA1A 3MWBA 1LGBC 4R9FA 3LSXA 3E4RA 2PBWA 1I6AA 2F78A 4F3BA 1XVXA 4Q5TA 2P0SA 5JEIA 1WVJA 3ZKLA 2F97A 4HCYA 4F29A 5DEXA 3IB2A 4GL8A 4RPNA 1IXHA 1MM7A 2RC9A 2UVJA 2OBGA 4O3CA 3L6HA 5H8HA 1B3HA 5F7VA 2OZZA 4R6KA 3G3IA 2VOZA 1MXVA 2IA4A 2A5TA 3T66A 3OSQA 1A8FA 3E9XA 3FVOA 4RK2A 2VHAA 4AB5A 2RCBA 4JBZA 4GF8A 3K02A 3N5LA 1SW4A 3PUYE 1ATGA 1N3XA 3C9HA 4ZE8A 1JETA 3MP6A 3VXCA 4I8CA 2OJTA 3TPAA 3IOUA 4QFKA 1M5FA 3VXBA 3PUZE 3PD9A 2B3FA 1B32A 1SD3A 4QSEA 1IUDA 4NWCA 3RN8A 1B5HA 3U93A 4XKNA 1URDA 2CMOA 3VE1B 1B7UA 2XX9A 4QFLA 3K6UA 3IAZA 4ONYA 1J1NA 2PMSA 3FV1A 1TXFA 2XXUA 2DE4A 3O66A 1B3EA 2E1SA 1MXZA 1UTBB 3MW0A 5K2XA 2UYFA 3PUXE 3SERA 3QSLA 4IO7A 1B4HA 4YKIA 2X7QA 4LA9A 2E0SA 4QFOA 4LZ7A 2AYSA 1VSOA 3G7WA 2DQVA 3G3HA 1L5TA 4Q0CA 5ICQA 4IO5A 4F22A 1I6QA 2QSXA 2O1LA 3K00A 1OVTA 1MPCA 5L9SA 4RY1A 1Y4TA 5I58A 4F1YA 3PGFA 2OK2A 3RTWB 2F5XA 4OYVA 1I6BA 4MLQA 3R26A 3K6XA 3K6VA 3KSJA 1MH4A 4RYAA 4OFOA 2RC7A 1MY1A 1PC3A 1B6HA 3D4GA 3ILTB 4G68C 1SQYA 3O6GA 4XXUA 2XD3A 4BDMA 1ZIUA 2ESNA 5I59A 4H8IA 4YAHX 4ZEFA 2Q88A 3JZJA 4HCWA 1LCTA 2DS9A 2D5WA 3H7MA 4P0IA 3VVEA 2XXRA 3SEUA 5L8DA 4YB5A 2ZYNA 3TKDA 2FYIA 3KEIA 3MP1A 1LBBA 5I2NB 1ZKBA 3H03A 1BP5A 3FJMA 4BDQA 2R6GE 2Z22A 3LBSA 5JTYA 2DVCA 3MVWA 2B3BA 1FQFA 4DE8A 2YPNA 5TPAB 4U22A 3MC2A 3KG2A 3TTRA 4EF1A 3CG1A 4OEVA 4DIGA 2RINA 3D4CA 1R1NA 5ICTA 1B0HA 3OO6A 2PVUA 3U1OA 1N7XA 2QS4A 4YU0A 3FIRA 4N07A 5KDTB 2PT1A 4U1OA 1CE2A 3MZ1A 4FIMA 4POXA 3DM0A 2DYXA 1B5JA 1POTA 2HAVA 3K6WA 1OLCA 4NF6B 1IITA 3G3KA 3FVNA 1LAGE 1Y3QA 4LP2B 1FQBA 4IGRA 4U23A 3C4MA 3G3GA 3V83A 1D4NA 2Z23A 4QFNA 2ANJA 4LATA 3O9PA 1N3WA 3A09A 3U92A 3GBAA 3CRBA 4GD5A 3C33A 4OETA 2OWSA 1D9VA 4G68B 2NVUB 4NF5B 4P11A 2Y7PA 5I57B 1QUJA 3V5AA 1MY4A 3OXNA 4C0RA 4H5GA 3O97A 4L17A 4LONB 3B6TA 4LUBA 2ONKE 4NE4A 5EYFA 3CFLA 1XC1A 1QVSA 2UVIA 3FUZA 3UORA 1LFGA 4X48A 2PT2A 3QXMA 2OLBA 1MQHA 1MRPA 2F7BA 3H3GA 4KD5A 4PFWA 4IO4A 2OCUA 2ZMBA 2DXYA 5I84A 1UTBA 1XS5A 2H4IA 1PEBA 1MXWA 3MQ9A 2YLNA 4ZEKA 1LBCA 2H98A 1P1OA 2ZYOA 5CMBA 4I62A 4H6DA 1MS7A 4MBPA 4Q8RA 5HBCA 1GR2A 2XXQA 3K1MA 4EXKA 3G3FA 3TEPA 4OXVA 3PU5A 4WEPA 3TUSA 3IOVA 1H43A 2RC8A 5AE4A 2G93A 1LSTA 1AMFA 4ELRA 3A3UA 4ISUA 2O68A 5IKBA 2O69A 4EXLA 3S9MC 1BTJA 1P99A 4ESXA 3DELB 5KZTA 5CMKA 4ZS9A 5FHOA 3SESA 2AL4A 2FNCA 1URSA 3Q26A 3MAMA 4R73A 5CM6A 4OHNA 1USYH 3M3KA 1KWHA 2XXIA 4NMYA 2B65A 1ZLQA 2F6GA 3PUVE 4KR5A 1NH7A 1ZU0A 1QW0A 1JEVA 4G4PA 1FQAA 2XD2A 1AL3A 3IX1A 2HQ0A 1N84A 3H6UA 1OVBA 3KN8A 5JK4A 5KCJB 2V3QA 3N6TA 3RNNA 1VR5A 4KCDA 3CVGA 3PMVA 3T9XB 3OO9A 4GRKA 2KLFA 1NKXA 5KDTA 1P1UA 1MY0A 1MXUA 1M5BA 1B5IA 4OZ9A 4NF6A 5H8QB 3O28A 4PQJA 3KJ7A 1GV8A 4XKQA 1EH3A 4F1VA 1OMPA 3N26A 1UQWA 1N0TA 3SEVA 3AXFA 3M8UA 1B52A 3ZKKA 4NF5A 5I57A 3K4UA 1Q1KA 2R71A 3PPNA 4JSOA 1FQCA 3T22A 1PB8A 2D3IA 2I58A 4OERA 4QRZA 4LVQA 4BLAA 4EDPA 4UACA 2F7AA 4G8NA 1A8EA 1IXCA 1OQHA 3N6UA 3DP6A 2XHDA 2A5SA 2XXYA 3EN3A 4RNSA 2I4BA 1Y20A 3MVYA 4R2FA 1POY1 3OENA 4MFIA 4FORA 2O7IA 4R6HA 4KYEA 1XVYA 3PD8A 3SETA 2ZNTA 4OMBA 1B40A 4DLDA 4HTGA 5TP9B 4ZEBA 3FXRA 4RXLA 3MP8A 4Z0IA 4U4SA 2RKMA 4H65A 3TAJA 2D21A 3T9HB 4XTCQ 2QS1A 4ECFA 2UVHA 4PFUA 4I9DA 3CSGA 2IEEA 3ILUB 4QSCA 4H5FA 3Q25A 4EQ9A 4POWA 1N7WA 1UTHB 4FE8A 4KYSA 5AA2D 3H06B 3HCQA 3ZS6A 4F3PA 5AA2B 3QIMA 3UIFA 3E3KA 2W7YA 3TQWA 5H8FA 4IY6A 5CMCA 3R6UA 4GFRA 3EPEA 3QUFA 1T0KA 1FQDA 2H9BA 2V25A 2QJEA 3RTFB 3GBBA 4F2QA 4K3FA 3KN3A 2ABHA 4DXBA 4OVJA 1QKAA 2F35A 3MPLA 4OENA 1DPEA 1TFAA 1B7HA 4GWOA 5BWJA 1B3GA 4H67A 5CRYA 4F19A 4G8MA 1SDXA 1B3FA 3FASA 2I0CA 3ZSFA 4H1XA 2DWHA 4OESA 5KCJA 5HPQA 1PDAA 2I3WA 4BDOA 1FW0A 2F7CA 4YKJA 2DWJA 4E0WA 1CB6A 4O3BA 3C32A 5ITPA 3PV0E 4G2ZA 2Z8FA 3OMBA 4ND9A 1M5EA 3PPPA 3TDJA 5I2KB 1MQDA 2Y7IA 3F11A 4OFLA 4AQ4A 5H8QA 2V93A 2Q89A 4BDRA 5CBSA 1JEUA 1JW4A 3M3LA 4OWDA 1NNKA 3IJOB 3IOTA 2I6EA 4F31B 1H76A 4ELOA 2GHAA 1N76A 3B6WA 2ZNUA 4UA8A 1GVCA 1ZBMA 3K1PA 1MQIA 3JYRA 2ONRA 3UK4A 1SI0A 2HXWA 3ECRA 2Q9TA 3TODA 4MLVA 1MH3A 4N6PA 2CZLA 3K01A 3TFLA 2Q2CA 3TQLA 1TT1A 1HSLA 3UA8A 1LB8A 2H5YA 3PPQA 1JVYA 3V89B 4DZ1A 1IXIA 1DPPA 1EZ9A 5HM4B 4IO3A 3EHSA 2UVGA 3FXQA 1MDQA 3HSTA 1IIWA 4H0WA 1S9TA 5AA4B 2HCAA 5H8NB 1QULA 1QJMA 3O6IA 1JVXA 5TP9A 3OOAA 4JWYA 1A99A 3K0VA 1XHYA 3VV5A 3GZGA 3LC8A 3IO4A 3WAFA 1QUKA 1A55A 2QS2A 4KHZE 3THIA 4ZZEA 2FA7A 2F34A 1B0LA 2AL5A 4PETA 1UTHA 2QL3A 2ZXTA 3KFMA 2Z8DA 5AA2A 1US5A 3EHTA 5LOMA 2X7PA 1H44A 2AIXA 1AOVA 4BDLA 4OFJA 3EF7A 3TTMA 1ZJLA 1VE4A 4JDFA 1SW1A 1JNFA 1RYOA 3C31A 3OELA 1P1QA 4OTEA 2DXRA 2M8CA 3SKPA 1LFIA 5B7DA 3HO7A 2I4CA 4LZ8A 3DLNA 1IEJA 4XKRA 1B1XA 1URGA 3QUJA 2RF1A 4F1UA 4DCYA 2O6AA 1RKMA 3HN0A 2BJJX 2NXOA 5CMMA 4YKPA 3OO8A 1MY3A 3SEWA 2XX7A 5FTHA 4PFTA 1SYIA 3Q27A 4RPOA 2QMXA 1VFEA 5A5XB 2P2AA 5IAIA 2G29A 2ONSA 3MZ9A 3QK6A 3OEMA 3UGWA 3FV2A 3B7DA 1FTMA 4F3SA 3N94A 1TFDA 4X9TA 1B7ZA 2DE2A 4M4GA 2V3TA 2O84X 2Y84A 3CFZA 1SYHA 2UYEA 2XXXA 5M2VA 2VGQA 3KJTA 1N04A 2HEUA 4FEDA 3OD7A 1Y1ZA 2DSFA 1EZOA 5I2KA 1O7TA 3C34A 3KGCA 4YMAA 1DMBA 3MZBA 3T96B 5FHMA 4NF4B 3K1NA 3TTLA 1P1WA 1B4ZA 1LFHA 1B9JA 3MJNA 3V8XB 4E0XA 2GFEA 5I2NA 4R2BA 4C1TA 2XXWA 5F1QA 3O2AA 3IOWA 4C1UA 3H6VA 5TPAA 3OSRA 4O3AA 1MPBA 1Q35A 5DT6A 3T93B 2VP1A 3VLVA 1A40A 4YICA 4FATA 3IJXB 5EHSA 2VD2A 4R9GA 4KI0E 3IB0A 1B46A 3H6TA 2XXHA 2I48A 4MH5A 2DVZA 2NOOA 5I58B 3IORA 3FJGA 5H8NA 1R9QA 1P1NA 4YKKA 3UP9A 3TCFA 3M3FA 3E13X 3U72A 1YTVA 3LUYA 2DWAA 4YB6A 3FVGA 3PPRA 5DTBA 1Z7NE 4GLIA 4TLMB 4QHQA 1MXYA 1B58A 3CI8A 5I59B 4F3GA 4ZDMA 4DXCA 1DOTA 3KZGA 1ZMGA 1F9BA 4G68A 2XXVA 3TTNA 3W15C 4EF2A 4FJPA 3S9NC 3CG3A 1US4A 2ALUA 5JTYB 3HV1A 3VVDA 4GIZA 4EUOA 2REJA 1QUIA 2ZYKA 5DVIA 3MVZA 1R6ZA 4IO2A 2GH9A 1SW2A 3KOTA 4P0GA 3KOSA 1O64A 4BDNA 5DVFA 2QPQA 3OO7A 4IB2A 1IQ7A 5K2YA 5A5XA 3OEKA 4NF8B 3H4ZA 5I56B 3S9LC 3P7IA 4ELQA 4OQOA 1MY2A 3A3CA 4THIA 2PX1A 4I1DA 5CI5A 1EU8A 1DSNA 3MBPA 1S7YA 4TOZA 2DE3A 3IB1A 3EQ1A 2Z8EA 4KPTA 4JWOA 4DCXA 4PFYA 1M5CA 1NNPA 1B05A 4X1BA 5CC2A 1D9YA 2V84A 4WKMA 4U2RA 4R72A 1LAXA 5FTIA 2O7UA 3CIJA 5DVJA 4MF3A 1FTLA 2ZYMA 5AA1A 4GXSB 1SBPA 1LAFE 1WODA 4GVOA 1BKAA 1Y1MA 4TQUQ 3DP4A 4M1VA 4NF4A 3RLFE 4NWDA 3FGSA 3I5OA 4Z7EA 1B3LA 4PP0A 1DTGA 3RGYA 2F8DA 2I0BA 4YB7A 3PMXA 2P1SA 3ODBA 4ZEIA 2DP8A 3RT8A 4H8JA 5L9MA 4R6YA 1ELJA 3RQTA 3IO6A 4F39A 2VD3A 4ZECA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DWI A;  3TMG A;  1OQG A;  4R74 A;  2RCA A;  3PMW A;  4JWX A;  2GRV A;  3IR1 A;  4U4X A;  1EZP A;  2Y7R A;  1A54 A;  2Q8J A;  4KYD A;  3EHU A;  4G8H A;  3RPW A;  1I69 A;  1B51 A;  3PPO A;  2REG A;  5DEX B;  2H25 A;  3KBR A;  4XIG Q;  1HSJ A;  1FCK A;  1O63 A;  5H8H B;  1HSE A;  2THI A;  3CR9 A;  4AB6 A;  1FQE A;  4Q30 B;  1AIV A;  3FXU A;  2A5T B;  4YZZ A;  3USD A;  3PUW E;  3T9U A;  3C35 A;  5ITO A;  3O6H A;  4HW8 A;  1GGG A;  1FTJ A;  3S9E A;  3JV9 A;  3W9V A;  4GXA A;  4G77 A;  1SW5 A;  1B2H A;  3FVK A;  4WED A;  3SEY A;  3Q29 A;  4WXJ A;  4R75 A;  1USY E;  4N13 A;  4FEC A;  5H8F B;  3CFX A;  1NMU A;  4LQ2 A;  3FZV A;  1FTK A;  2O1M A;  1XOC A;  3HPI A;  2H99 A;  4ZE9 A;  1ZTY A;  1OIB A;  1TWY A;  1XT8 A;  3TZA A;  3L6G A;  3G3J A;  1II5 A;  3RUM A;  5BUU A;  4GL0 A;  1SVX B;  3DP8 A;  2NWJ A;  1LCF A;  4KCC A;  2F36 A;  2HFB A;  2I3V A;  1Y3P A;  4ZZA A;  3VDF A;  1YPN A;  4GQO A;  2XXP A;  1VFD A;  2OWT A;  3LR1 A;  3SEX A;  1DTZ A;  1NNF A;  1NNT A;  2F6P A;  1NH8 A;  2R9J A;  2PYY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2X7QA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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