2XX7A

Crystal structure of 1-(4-(1-pyrrolidinylcarbonyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1h-indazole in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 2.2a resolution.
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx7A02
4G68B 4R73A 1H43A 1F9BA 1P1UA 4G8NA 2F6GA 2F34A 3IOUA 1GTKA 3MPLA 5EYFA 3B7DA 1WDNA 5I56B 2CMOA 3EHUA 2QMWA 4OENA 3N94A 2PX1A 2O68A 4F29A 4OZ9A 2QMXA 1OMPA 4R9GA 4DXCA 4GL0A 4BDNA 3PV0E 2HZKA 2O1MA 1QKBA 4ELQA 5CM6A 3RNNA 1I69A 5AA4B 2I48A 1S9TA 2F6PA 1AH5A 2Q2AA 3SEWA 5B7DA 1PEBA 5K2XA 5AA2D 4OETA 2Y7IA 3G3IA 1HSEA 3JV9A 1SYIA 4YB6A 1HSLA 3CI8A 4XXUA 3R7XA 3K4UA 4GXAA 2P0SA 4BDQA 2OLBA 1CB6A 1DOTA 1P1QA 4R74A 1N84A 3S2VA 3BFTA 2X7PA 1POTA 3RY3A 4X48A 3V5AA 5H8NB 3MW0A 4NF8A 2PT1A 3DP6A 4IO5A 2DWAA 1WVJA 2QRYA 5I2KB 5FTHA 2DVZA 1Z7ME 2G93A 2Q89A 1LCTA 4LQ5A 5LOMA 1FTKA 1UIVA 5JTYA 2RCAA 2XXTA 2DP8A 4GD5A 4FECA 4LZ5A 5CMCA 5BWJA 4TLLB 2DE2A 2M8CA 2V93A 3LC8A 1S7YA 4DIGA 3TCHA 5CC2A 3U92A 2QS1A 3AXFA 1PB7A 1TFDA 2P2AA 3N5LA 4Z0IA 4F1UA 3MC2A 3IOVA 4IO2A 4LQ2A 4AQ4A 1TFAA 2ZYKA 2GFEA 1IXGA 1MXWA 3KJ7A 1P1NA 5CBSA 4F39A 3PMWA 3ILTB 5TU0A 3E13X 3IORA 3GLBA 3IX1A 2I6EA 2Z8EA 3VVEA 4EQ7A 4GL8A 4NE4A 5DVFA 2AIXA 5F7VA 3OSRA 1N7XA 1B51A 3K00A 2F35A 2F7CA 4N13A 5KDTA 1ZLQA 3H7MA 3S9LC 2QS3A 1OQHA 1FQEA 3IO6A 1FTJA 4NWDA 2FNCA 2DWIA 5I58B 2KLFA 1FTOA 1LFGA 5I59B 4ND9A 1BP5A 1ZIUA 3MQ9A 1ELJA 5CBRA 1HSJA 1QUKA 3DP8A 1EZ9A 1Q35A 1R9QA 2ONSA 3PUXE 3OO7A 3KSJA 2XXIA 2Q8JA 1Y9UA 4G2ZA 1RYXA 2UYEA 1LLSA 4RYAA 5FHMA 3QSLA 3IR1A 3UA8A 2XXVA 4PP0A 2V84A 1Y1ZA 2Y7RA 1MS7A 4OQOA 4YKKA 3S9MC 4LUBA 2DYXA 3SESA 4RXLA 1PB9A 1N7WA 4U1OA 4XTCQ 1DPPA 4GLIA 4GRKA 5KCJB 4QSEA 4C1TA 3EHTA 2F78A 3DP4A 2V3UA 1NL5A 4F22A 3TTMA 4RNSA 1MY0A 5HM4B 2ZNSA 4QSDA 3DM0A 3PD9A 1N76A 1SW5A 1B0HA 3MVWA 2VD3A 3U1OA 5JTYB 3K1MA 3RTWB 1AIVA 3C31A 3I5OA 4BDMA 3FUZA 1Y4TA 4EF2A 3O6IA 1B4HA 1N0TA 1B5IA 2F36A 1BKAA 3CVGA 1EH3A 4GQOA 2VGQA 3TTRA 2DWHA 2XXHA 1JW1A 4NF5B 4KR5A 1LAXA 3O97A 2HZLA 3IAZA 1JVXA 3D4CA 1D9YA 5B70A 4L17A 3FGSA 4IGRA 1O7TA 1QUIA 3M3KA 3QIMA 1IEJA 3O6GA 4YMBA 3HCQA 1A54A 4G68C 4IO3A 2PYYA 1PBPA 1N04A 1WODA 3G3KA 5IKBA 1FQDA 3TQLA 1QW0A 4G68A 4N07A 4U2RA 3BFUA 3FD3A 3MP6A 2DOJA 5I56A 4IO6A 3TKDA 1NNFA 1B7ZA 3FV2A 2XD2A 2R9JA 4AB5A 4OFLA 1CE2A 4QFLA 1B05A 3PUYE 3JYRA 1BLFA 3H6UA 5AA4A 5H8SA 4DZ1A 1A8FA 1KWHA 2W7YA 4LZ7A 5TP9A 4FJPA 4JSOA 4FAJA 3G3FA 1US5A 4YB5A 4F19A 2I4BA 4U4SA 3N6TA 4KYSA 3V83A 5ISUA 3N6UA 5JEIA 4IO7A 1VFDA 4OVJA 4QRZA 3MVZA 3LSFB 2Z8DA 3EF7A 3KZGA 3TQWA 2VOZA 4OERA 4P0IA 3C34A 5HBCA 2O1LA 3K01A 1PB8A 3P7IA 4ZZAA 4IB2A 1MQDA 4GF8A 4Q0CA 1MM7A 2PMSA 4PFTA 4I1DA 1YAEA 5L9SA 3Q27A 3KOTA 4F3SA 2V3QA 1S50A 1XC1A 4XKQA 5I2KA 3K02A 1USYE 2E0SA 4YU0A 2HAUA 3CFXA 1JNFA 3TCFA 1LFHA 1MXYA 1NMUA 3E3KA 3S9EA 1MXUA 3KN8A 1M5EA 3SEXA 2G29A 4YICA 5ITOA 1Y3PA 4O3AA 4NF6A 4WKMA 2GHBA 1R9LA 2UVJA 1SI1A 3TYHA 1P1WA 3RGYA 1ATGA 4FORA 4EXLA 2I58A 1OLAA 3TTKA 3FXUA 4JSDA 4M1VA 3RN8A 4YKJA 3JZJA 3SDFA 4NWCA 4LA9A 3HHFA 2H4IA 3CIJA 5I2NB 3H6WA 1OVTA 2P1SA 3FXQA 4DXBA 3K6VA 4NMYA 3RT8A 2ABHA 1B52A 3W9VA 1FTLA 4XKNA 4R6YA 1JW4A 3DLNA 2NUVA 4QFOA 5I58A 4JB7A 3G3GA 1MPDA 2Q88A 4IY5A 3BKIB 2XXRA 5I59A 2H9BA 1OQGA 4KFQA 1NH8A 4ELRA 1UTHB 2Y7KA 4I8CA 3K1PA 4R2FA 3UIFA 1MY4A 3HV1A 3MWBA 2UVIA 4BDLA 2F7AA 3PU5A 2F7BA 4KCDA 2E1SA 3G7WA 5TP9B 1SVXB 4NTLA 3KG2A 3TDJA 3PUVE 1Y4CA 3BBRA 3T66A 4IO4A 2THIA 4THIA 1MXZA 1YCJA 1B6HA 5JK4A 1B1HA 3MZ1A 4WEDA 1RKMA 1NNKA 2VHAA 2X7QA 3U8QA 4JBZA 4KYEA 4PE5B 1ZKBA 1T0KA 2HXWA 3H6TA 3EHSA 5KCJA 3Q29A 4ZE9A 1B7HA 3S9NC 3MVYA 1OIBA 4TLMB 2XXPA 1MDQA 4G8MA 3CG1A 1ZTYA 3VV5A 4O3BA 3M8UA 2ANJA 1FTMA 3CFZA 1MXVA 1IUDA 5CMKA 2FA7A 4RA1A 4F3GA 1N3WA 3CG3A 1B3EA 3FIRA 4NF6B 4LATA 4QF9A 4F3PA 2Y84A 4LP2B 5EHSA 3IJOB 3O28A 4YB7A 1IITA 4ESWA 3IB1A 4C0RA 4NF5A 5I57B 3H6VA 3LSWA 2Y7WA 4KHZE 1PC3A 2OCUA 4U1ZA 2I3VA 5J1DA 2O51A 4MLQA 3OSQA 3PPRA 1SBPA 2ESNA 3PMVA 4F3BA 5DT6A 1R1NA 1RYOA 3CSGA 4H5FA 2Z8FA 5H8QA 4U21A 1D4NA 4ECFA 2RINA 1LAFE 1LBBA 1SI0A 3HHGA 1XHYA 2LAOA 3M3FA 2XXUA 4DCYA 5EHMA 1M5DA 2QJEA 4ESXA 1N3XA 4IGTA 4OFOA 4TQUQ 4OHNA 2V3TA 3TAJA 1ZU0A 1A40A 5CMBA 2ZYNA 4OEVA 4ZEFA 1EU8A 4H65A 2YJPA 2QPQA 4GIZA 3VLWA 1A7LA 3B6QA 4ZECA 1JW5A 3O29A 1SQYA 3O2AA 2H99A 4I62A 3MVXA 3T9XB 5FHNA 3TCGA 4ONYA 3GZGA 2OWSA 3VDFA 3T9HB 5DTBA 3CSBA 1AL3A 3FVOA 4JDFA 3RPWA 2XX9A 4LONB 3USDA 3MAMA 4RPNA 1ZMGA 3VVFA 1DTZA 4Q8RA 5F1QA 4JWYA 1I6QA 1ANFA 1IXIA 3KJTA 5K2YA 3KSXA 4X1BA 2IEEA 3UORA 4NEDA 4Q30B 2Z23A 1B2HA 1LFIA 5CRYA 2BJJX 2NXOA 5TPAA 4YKIA 4R75A 2H98A 1YTVA 5DYHA 1A55A 2Z22A 2HEUA 3OOAA 3HO7A 1MH3A 1UQWA 3PPQA 2PT2A 3G3JA 4MH5A 4OWDA 3FVNA 1M5BA 1D3KA 2O84X 3TUSA 1URSA 4HTGA 1ZBMA 2AL5A 5ELVA 3QYTA 3I3VA 1OLCA 3LUYA 1Y3NA 4KYDA 2NWJA 4G4PA 2XHDA 3L6HA 1LGBC 3QAXA 3ZS6A 1URGA 2DQVA 4MFIA 1B7UA 3EN3A 3KEIA 2VP1A 2QSXA 4F18A 2FYIA 3ODBA 3K6XA 3H3GA 2H25A 2QS2A 4I9DA 2ONRA 2X26A 4MF3A 4QFPA 5H8QB 1JVYA 3T9UA 5I2NA 4UACA 1GR2A 3ZKLA 2REJA 5AE4A 4DXUA 1XOCA 4F2OA 3ONMA 4BDOA 4PFUA 4WEPA 2B65A 3A3UA 2D21A 2ZYMA 3K2DA 3VVDA 1B0LA 2GHAA 2OWTA 4PQJA 5DVJA 4BDRA 3FVKA 4U22A 1UTHA 3TELA 2RF1A 2O6AA 3MP8A 1D9VA 3IB0A 3DELB 3FXRA 4ZDMA 1SYHA 4R6KA 3D4GA 4DDDA 4H67A 1JEUA 2XXYA 4R9FA 4WXJA 1OVBA 3MJNA 1Z7NE 3RQTA 3WAFA 1B3GA 3U72A 2UVGA 1EZPA 1Y3QA 5ICTA 2RKMA 2DE3A 3K6WA 3VFJA 2YPNA 3T22A 3I6VA 3C4MA 1B3FA 4IY6A 4DE8A 1MPCA 1Y1MA 1IXCA 3UP9A 1MY3A 4RJZA 5TPAB 4K3FA 4QSCA 1O64A 1UTBB 1FCKA 1MY2A 1SDXA 2DSFA 4JXIA 3OO8A 3SEUA 1B46A 3CRBA 3OD7A 1NFTA 3MPKA 4MBPA 2I3WA 3C36A 2UXAA 1Y20A 1P99A 4OFJA 1LBCA 5DEXA 2IA4A 3MUQA 3O6HA 1UIUA 2DXRA 4JWXA 2B3BA 4ISUA 1M5FA 4H6DA 2Q9TA 2DWJA 5I57A 3PPPA 3V8XB 2ZMBA 1VSOA 2D5WA 4H8IA 1VFEA 1GGGA 1LB8A 1MQGA 4PFWA 2F8DA 3K6UA 3TFLA 2OK2A 3ZKKA 4FATA 1B1XA 5L9MA 5CMMA 3FATA 1BTJA 3R26A 3G3HA 4PFYA 3ECRA 1P1OA 3K1NA 4GVOA 2HCAA 1USYH 2ALUA 1JQFA 3THIA 4KQPA 3IL1B 3OMBA 1IZ1A 1B9JA 2I0BA 1MDP1 4RY1A 1MH4A 1URDA 4U4XA 2I49A 2I0CA 2YLNA 4NF4B 3CFLA 4E0XA 4XKRA 3F11A 3HSTA 3E9XA 3HN0A 4GXSB 3PGFA 1II5A 2O7UA 1B3LA 3PMXA 3PPNA 4RK2A 2WKYA 1FQCA 4MLVA 3W9WA 4H1XA 2V25A 3KGCA 2OBGA 4PETA 2Q2CA 1MM6A 1MRPA 5A5XB 4ZEBA 1QUJA 4F1VA 3MBPA 3Q26A 1M5CA 2RC9A 4GOTA 3PUZE 1DMBA 2DVCA 5ITPA 1IIWA 2B3FA 3PUWE 4H5GA 2ZNTA 2DXYA 1AOVA 4G77A 1QKAA 2F5XA 4EDPA 4OESA 3FVGA 4FIMA 4DCXA 2NVUB 1MXXA 3IB2A 3O9PA 2A5SA 3KBRA 3T9VA 3SETA 1XT8A 3KN7A 3UK4A 3MP1A 4LVQA 4OEUA 1NNTA 4LZ8A 3CR9A 4QFKA 3A3CA 4F2QA 4F1YA 3O66A 5FHOA 5H8FB 4AB6A 3SEYA 4HCWA 3TEPA 2AL4A 4HCYA 3RTFB 4KD5A 5DEXB 3FASA 2D3IA 4Z7EA 3RLFE 2R71A 4ZE8A 3FZVA 3C9HA 2ZXTA 5L8DA 3SERA 3VLUA 1LAHE 3WAEA 5H8HB 5AA2B 2AYSA 1LB9A 3U93A 2OJTA 2VD2A 4POWA 1QULA 1B4ZA 1MPBA 1POY1 1NH7A 4X9TA 3VXBA 5L9OA 5AA3A 2HQ0A 1B5HA 1I6BA 5ICQA 3U94A 1LCFA 4P0GA 3H06B 3VXCA 2QL3A 1XVXA 3RT6B 3ILUB 3UN6A 1VR5A 1GVCA 2RC8A 3KOSA 4XIGQ 1LAGE 1QVSA 1IQ7A 4EF1A 1I6AA 4R72A 1BIYA 3TTLA 2XX8A 3OXNA 5BUUA 1JETA 1VE4A 5CI5A 1MG1A 4ELOA 5FTIA 1DPEA 5DVIA 1XVYA 3LR1A 1TT1A 3K0VA 3IJXB 3ZSFA 1H76A 4FE8A 1A8EA 2XXQA 3OELA 3B6TA 4P11A 5HPQA 4R6HA 2O7IA 1AMFA 3S4UA 1B32A 2RCBA 3OEMA 1Q1KA 1YPNA 3PPOA 3R6UA 3GBBA 4EQBA 1UTBA 4FEDA 2A5TA 4QHQA 2ZNUA 3M3LA 3SEVA 4NF8B 2HAVA 2PBWA 1NKXA 2NOOA 3LSLA 4KI0E 3FJGA 3W15C 4YZZA 1NNPA 3VLVA 2XX7A 2XXXA 1US4A 3FV1A 3UGWA 1ZJLA 4X1DA 1IXHA 1H3DA 1MQIA 4EQ9A 4ZEIA 4H0WA 2QS4A 4EUOA 4POXA 4YKPA 1TWYA 2ONKE 3LBSA 4QFNA 1B58A 4GWOA 4GFRA 5KZTA 3OENA 3MZBA 4E0WA 5IAIA 1H45A 1B3HA 4FEBA 3LSXA 1SD3A 4RK9A 2Y7PA 2GH9A 1J1NA 5KDTB 3EQ1A 1FQAA 2UVHA 1SW2A 3B6WA 3E4RA 3RUMA 3IOTA 1H44A 4O3CA 3H4ZA 1QJMA 2HFBA 3SKPA 4NF4A 3QXMA 4M4GA 1B5JA 2F97A 4KCCA 4RPOA 1PBQA 5I84A 2DE4A 4JWOA 3QK6A 3T96B 2DS9A 4ZS9A 4OTEA 2REGA 4N6PA 4R2BA 3A09A 3QUFA 1FQBA 2GRVA 4DLDA 2UYFA 4TOZA 5A5XA 2XXWA 1SW1A 3TTNA 1GV8A 1MQJA 3Q28A 1L5TA 3QUJA 3KN3A 1TXFA 3V89B 1R6ZA 2ZYOA 3GXAA 3FJMA 3H03A 3C33A 2A5TB 2O69A 3KFMA 3MZ9A 4ZEDA 2OZZA 4HW8A 1XS5A 4BLAA 4EXKA 3PD8A 4C1UA 3OO6A 3IO4A 3IOWA 4KPTA 3Q25A 1FQFA 2R6GE 1MY1A 5H8NA 1MQHA 3EPEA 1JEVA 5H8FA 4ZZEA 3TMGA 4Q5TA 3FJ7A 4H8JA 3OO9A 2I4CA 1SW4A 1O63A 1FW0A 4OMBA 1B40A 2RC7A 2CZLA 4UA8A 3L6GA 1DSNA 3C35A 5AA1A 3IK6B 3TPAA 4F31B 1PDAA 3OEKA 4YMAA 3VE1B 1A99A 5H8HA 5AA2A 2XD3A 3C32A 1LSTA 4OXVA 4HS7A 4U23A 3T93B 3HPIA 3N26A 3TZAA 4G8HA 3GBAA 4YAHX 1EZOA 4XKPA 4ELPA 5M2VA 4OYVA 1DTGA 2PVUA 2H5YA 4ZEKA 3TODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AS5A 4G68B 4R73A 1H43A 1F9BA 1P1UA 4G8NA 1FPDA 2F6GA 2F34A 3IOUA 4GWXA 1GTKA 3MPLA 5EYFA 3B7DA 4OVTA 1WDNA 5I56B 2CMOA 3EHUA 2QMWA 4OENA 1FBPA 3N94A 2PX1A 2O68A 1NV1A 4F29A 4OZ9A 2QMXA 1OMPA 4R9GA 4DXCA 4GL0A 4BDNA 3PV0E 2HZKA 2O1MA 1QKBA 4ELQA 5CM6A 3RNNA 1I69A 5AA4B 2I48A 1S9TA 2F6PA 2CEXA 1AH5A 2Q2AA 3SEWA 5B7DA 4MNIA 1PEBA 5K2XA 5AA2D 4OETA 2Y7IA 3G3IA 4PGNA 1HSEA 3JV9A 1NV7A 1SYIA 4YB6A 1HSLA 2FVZA 3CI8A 4XXUA 3R7XA 3K4UA 4GXAA 2P0SA 4BDQA 2OLBA 1CB6A 1DOTA 1P1QA 4P1LA 4R74A 1G0HA 1N84A 3S2VA 4JVDA 3U65A 3BFTA 2X7PA 4MNCA 1POTA 5LTCA 5I7IA 3RY3A 4X48A 3V5AA 5H8NB 3MW0A 4NF8A 2PT1A 3DP6A 3EKIA 4IO5A 2DWAA 1WVJA 2QRYA 5I2KB 5FTHA 2DVZA 1Z7ME 2G93A 2Q89A 1LCTA 2XXKA 4LQ5A 2OWZA 5LOMA 1FTKA 1UIVA 5JTYA 2RCAA 2XXTA 2DP8A 4GD5A 4FECA 4LZ5A 5CMCA 1DK4A 5BWJA 4TLLB 2DE2A 2M8CA 2V93A 3LC8A 4HE2A 1S7YA 4DIGA 3TCHA 5CC2A 3U92A 4MAGA 2QS1A 3AXFA 1PB7A 1TFDA 2P2AA 3N5LA 4Z0IA 4F1UA 3MC2A 3IOVA 4IO2A 4LQ2A 4AQ4A 1TFAA 2ZYKA 2GFEA 1IXGA 5IZ3A 1FPEA 1MXWA 3KJ7A 1P1NA 5CBSA 4F39A 3IFAA 3PMWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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