2XX8A

Crystal structure of n,n-dimethyl-4-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7- tetrahydro-1h-indazol-1-yl)benzamide in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 2.2a resolution.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 86
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx8A02
1DTZA 2P1SA 3D4CA 1UTHA 3M3LA 4F3BA 5AA2D 1GV8A 2Y7WA 1URSA 1IQ7A 5TPAA 4GVOA 3PD9A 4G2ZA 4E0WA 1H3DA 2O6AA 1IUDA 3O28A 4G68C 4PFYA 4YICA 3IJXB 2OZZA 3PMWA 5FTIA 3T9HB 3KEIA 1LSTA 3PPOA 1BKAA 3B6TA 2IA4A 2PYYA 5AA1A 1USYE 1B1XA 5I56A 3TMGA 1RYXA 2B3FA 1UQWA 1ZJLA 4U22A 4PQJA 1P1QA 4GRKA 2G93A 4G68B 1Y4TA 3O2AA 1JQFA 1BIYA 4HTGA 3K6WA 3JV9A 5H8SA 1EH3A 3MP1A 3OO7A 4HW8A 4GFRA 4IGRA 4TLMB 2V3TA 2Q9TA 5H8HA 1P1NA 5I58A 4MLVA 2XXIA 4R6HA 1AH5A 1J1NA 2Y7KA 3QSLA 4JWXA 5TP9B 1F9BA 2O1MA 4AB6A 1EZ9A 3PGFA 3T9UA 1QJMA 4LQ2A 1T0KA 2F35A 3UP9A 3Q25A 1VFDA 4RJZA 4OZ9A 1NKXA 1ZBMA 2XXTA 4JSDA 4F29A 4QFKA 1CB6A 2DYXA 4GOTA 4IY5A 5DVJA 1N7WA 3A09A 2FYIA 2QL3A 3D4GA 3IO4A 4IO3A 4MBPA 1WVJA 3MAMA 3OO9A 3U8QA 2REGA 3QXMA 1IXIA 3HN0A 4ZS9A 1FTMA 3BFTA 5CMCA 1PBPA 5FHMA 2X26A 1US5A 3O6GA 1MXVA 3SDFA 5ITPA 4KCCA 3ONMA 3L6GA 4NEDA 1JW1A 1KWHA 1XC1A 4FJPA 3DP6A 3L6HA 1LGBC 3H03A 2OLBA 4JB7A 4Q5TA 3FZVA 3FVNA 4LZ5A 2XXWA 3IB0A 1MS7A 1H45A 1LAGE 3O97A 1AMFA 2DQVA 3TODA 3PV0E 4DZ1A 1MQGA 3MP6A 3OD7A 1FQBA 3G3GA 1WDNA 4G68A 1N04A 2ZNUA 1DTGA 3TCFA 1XVXA 4ZE8A 1P1OA 4X1BA 4NF4B 4OQOA 5BWJA 3VLWA 3SERA 3FGSA 3UIFA 2O69A 2R6GE 5DEXA 2UYFA 2DVCA 4QSCA 4ESXA 3JZJA 2FA7A 4KYSA 5JTYB 1OLAA 4WKMA 1B4HA 5ICQA 3OMBA 4OXVA 3OO6A 1MY1A 1QUJA 2QS1A 4GLIA 1M5BA 4ESWA 4RYAA 1TT1A 1QVSA 2PBWA 1R9LA 1A99A 1UTBB 4LP2B 3MVZA 2UVHA 1Y3NA 5K2YA 3K1PA 1LLSA 3IX1A 4QFNA 3TPAA 4XKNA 3MVXA 3FV2A 2BJJX 5DT6A 1LB9A 4MF3A 4KCDA 5LOMA 2OCUA 4IY6A 3LSLA 1RKMA 2B65A 4BDMA 1Y1ZA 4ELQA 3S9NC 2D21A 2R71A 1HSEA 2O7UA 3CFLA 4F1VA 3Q29A 3V5AA 3PPPA 4NE4A 4WEDA 3DP8A 2VD2A 3PD8A 5I2KA 4EUOA 3LBSA 3C33A 3KN8A 2ONKE 4KD5A 1EZOA 1MPDA 1FQAA 4YU0A 3C35A 1ANFA 4IO5A 2I0BA 4G8MA 1B32A 3JYRA 1O64A 4H67A 3MP8A 4L17A 1H43A 4LZ7A 2XD3A 4X48A 3TKDA 2ONSA 4KHZE 4N6PA 1B52A 3I3VA 3TTKA 4R75A 3C9HA 4OHNA 3K6VA 4F19A 2OK2A 1A55A 3MW0A 1B46A 5JTYA 4JWOA 1GGGA 3RTWB 3QUFA 3SEXA 1LBBA 3Q28A 4ELPA 2X7PA 3PUYE 2UVJA 4GF8A 3OO8A 4AQ4A 2GH9A 3IB1A 4F3SA 1ZMGA 3DM0A 1MPCA 3M8UA 4H65A 1IXGA 1Z7ME 1POY1 1US4A 1FTJA 3U72A 2Q2AA 3SEYA 5AA4B 3K2DA 2IEEA 1LFHA 1SW5A 4QSDA 3O66A 4FEDA 5FHOA 2RC9A 3RT8A 1MM7A 2DWJA 1LAHE 1NFTA 1JEUA 2F36A 3G3IA 2I4BA 3SKPA 4KQPA 4HCYA 2VHAA 4ZEDA 3MVYA 1MQHA 2ALUA 4PP0A 4BDOA 4ZEIA 3S9LC 2OJTA 3ODBA 5EYFA 5ICTA 1B3HA 1I6BA 2I0CA 4PE5B 4POWA 3S9EA 2F34A 2ZXTA 3LSXA 2F7BA 2XX9A 1SW1A 3HPIA 3CSGA 2DXRA 1TWYA 5H8NB 1QKAA 2QS2A 4NF5B 1PC3A 3MC2A 2DWHA 1OQGA 3LSFB 2H25A 4OESA 1EU8A 2P0SA 1Q35A 3K02A 2PMSA 4RA1A 4F31B 4XIGQ 1Y1MA 3E13X 3E9XA 1NNPA 1ZIUA 4EDPA 4OEUA 5B7DA 3PPRA 2CZLA 4HS7A 3FIRA 4QFPA 3O29A 4ELOA 4KFQA 1A8FA 4N07A 5AA4A 3EF7A 4YAHX 3H3GA 2VP1A 4YKPA 5B70A 3VE1B 1MDP1 2KLFA 4U21A 2Q8JA 3GXAA 5CI5A 5I59A 3H6UA 3G7WA 1UIUA 1XOCA 2DVZA 2X7QA 5HBCA 2A5SA 1D4NA 1ZLQA 4RK2A 4F22A 4RNSA 3CSBA 3BFUA 3TCGA 1JVYA 1SW2A 3RTFB 1N3XA 2B3BA 4EF2A 4PFWA 3TFLA 3HHFA 2DWIA 3ZSFA 1D9YA 3KOTA 1EZPA 2QS4A 2PT1A 4YB7A 3T96B 1B51A 1B5HA 5K2XA 4C1UA 4BDRA 2DE3A 3FATA 2XXXA 2DSFA 1B0LA 3AXFA 2RKMA 3CI8A 3IOTA 4P0IA 3TZAA 3N5LA 2I4CA 1IIWA 2CMOA 5H8NA 4H8JA 4G8HA 4TOZA 3TUSA 3HCQA 4H8IA 3SESA 1SYIA 3TTRA 5JEIA 2Y7IA 1M5CA 4NWDA 1B4ZA 3N94A 1RYOA 4I9DA 3WAFA 1IXHA 2RC7A 4Z0IA 4E0XA 4IO2A 2O84X 5AA3A 3S2VA 1QULA 3C34A 1MY0A 2DE4A 1IZ1A 5L9MA 4I1DA 1MDQA 4ND9A 1NH7A 3K0VA 1H76A 1JVXA 3OOAA 4XKQA 4U1ZA 3KOSA 3MZ9A 4OWDA 1P1WA 2XX8A 4H5GA 1QUKA 2YJPA 4DIGA 1I6QA 3UK4A 2ZYNA 3VV5A 3M3FA 5KCJB 1FQEA 4IO6A 4ELRA 1O63A 2ESNA 3PMXA 3R7XA 3WAEA 1B7UA 4ISUA 1NH8A 2Q88A 3I6VA 1JEVA 3LUYA 1PDAA 3IJOB 4RK9A 4HCWA 2XXQA 5AA2B 4OFOA 4AB5A 1MPBA 1DPPA 5F7VA 2RCAA 1D9VA 2V93A 1QUIA 2HZKA 3OSQA 3MZBA 4EXKA 4BDQA 2UVGA 2HFBA 3KJTA 3C36A 4NF8B 4YKIA 1TFDA 2I3VA 1B5JA 4EXLA 3MPLA 1FTKA 1Y9UA 5AE4A 5TP9A 1ZKBA 3F11A 4P11A 3V83A 4YKKA 1MXUA 1MH3A 2GFEA 4R9GA 3HSTA 5I2NB 1XS5A 4XKPA 4ZECA 1HSJA 2ONRA 3RY3A 1PB7A 3KSXA 4G8NA 4LA9A 2XHDA 5A5XB 1FQFA 3H06B 4H1XA 1NNKA 3M3KA 4JSOA 2AIXA 5EHSA 4DE8A 3TELA 3MWBA 4EQ7A 5KDTB 1SYHA 4KPTA 3A3CA 3Q26A 1MH4A 4F1YA 5JK4A 1A40A 1FQDA 5J1DA 2DOJA 2DS9A 3ZS6A 2AL4A 3KZGA 4I8CA 5KCJA 3B6QA 4U2RA 1SBPA 3FV1A 3BKIB 4RPOA 1MM6A 2M8CA 3B7DA 2NWJA 3LSWA 3OEMA 3IB2A 3N26A 2HQ0A 3TCHA 5AA2A 3RLFE 2REJA 1LFGA 1POTA 3VFJA 3IORA 4U4SA 3SEVA 3O6HA 1N76A 4GL8A 4NF4A 2HXWA 2F7CA 1LAXA 1JW5A 4DXBA 2RC8A 3GZGA 4N13A 3K01A 3S9MC 1M5DA 4MLQA 1YTVA 2I3WA 1B3FA 1B1HA 1Y3QA 3VLUA 2THIA 4ONYA 4THIA 1JW4A 3VVEA 4QRZA 2VOZA 3T66A 1MXWA 2ANJA 4M1VA 5DTBA 4Z7EA 4O3BA 1UIVA 4PFUA 1Z7NE 1OVTA 5DVIA 3V8XB 2Y84A 3CG3A 4XXUA 5H8FB 1ZTYA 1UTBA 2AYSA 3THIA 3RNNA 3TQWA 3Q27A 4YZZA 1AIVA 2GHAA 4XKRA 1NL5A 4KYDA 3C32A 3K6UA 2Y7PA 1BP5A 3U92A 5KDTA 1LCTA 1B3EA 1XVYA 3E3KA 3KBRA 1H44A 2HEUA 3UGWA 4G4PA 1MY3A 5H8QB 3CG1A 3TEPA 5CM6A 3H6WA 1S50A 3MUQA 1URDA 5CC2A 1USYH 4LATA 2ABHA 3EHSA 1PEBA 4K3FA 2DE2A 4OFLA 2O7IA 5I56B 2H99A 4YKJA 3HV1A 4DCXA 2NVUB 4LONB 1B3LA 1B40A 1TXFA 3O9PA 4M4GA 4Q30B 4ZE9A 3CRBA 3O6IA 4R9FA 5ELVA 5CBSA 1MXXA 3QK6A 4F2OA 3H6TA 1N3WA 4IB2A 3VVFA 4R74A 3SEUA 4ZEBA 1MQJA 1NMUA 1DSNA 3G3FA 2GRVA 1YAEA 2ZYKA 4QF9A 3TTNA 1SD3A 4OMBA 4LUBA 4GIZA 3HO7A 4KI0E 1QKBA 5H8HB 2V3UA 5ISUA 2H98A 1B6HA 4H6DA 2HCAA 3RUMA 3MBPA 3V89B 4ECFA 2QMXA 4P0GA 3CFZA 4R6YA 4F3GA 1SI0A 1WODA 2H9BA 1R6ZA 1IXCA 4OFJA 4FAJA 5H8FA 2V25A 1OLCA 3FXRA 3PUVE 3P7IA 3K1MA 4OEVA 4NF6B 2XXVA 1FCKA 3IAZA 3R26A 4DDDA 1YPNA 4OTEA 2F5XA 2ZMBA 3EHUA 5IKBA 5H8QA 4QHQA 5DVFA 5I84A 2ZNTA 2W7YA 2OWTA 1MQDA 3FVGA 1GTKA 3N6TA 4GWOA 3KFMA 4POXA 4TLLB 1QW0A 3RGYA 2Z22A 4OYVA 2RINA 3K00A 1AOVA 3IOVA 1MG1A 2OWSA 1BLFA 1FW0A 3KG2A 4WEPA 1HSLA 1B0HA 3VLVA 4BDLA 3MJNA 2H5YA 3T93B 1VE4A 1B9JA 5CBRA 4DCYA 4FECA 3W9WA 4PETA 3W9VA 4ZZEA 4NF5A 3T9XB 1DPEA 2Q2CA 1R9QA 5DEXB 3LR1A 4FATA 4JDFA 1ATGA 1Q1KA 1DMBA 5CRYA 1A8EA 4Q8RA 2DXYA 5L9SA 4PFTA 1ELJA 3UN6A 1N7XA 2HAVA 2AL5A 3QYTA 4IGTA 2E0SA 4F18A 4RY1A 2XXRA 1BTJA 3PPNA 3QAXA 1MY4A 1PBQA 4NF6A 2D5WA 4XTCQ 3FXUA 1SDXA 5CMKA 3G3JA 4KR5A 5IAIA 2I48A 4H0WA 2XD2A 1II5A 3FUZA 3QUJA 4QFLA 1VSOA 3HHGA 2ZYOA 2F8DA 5M2VA 5L9OA 4GXSB 5EHMA 4WXJA 2Q89A 4C0RA 2PT2A 1I6AA 2F97A 3IOWA 2I49A 3KSJA 5CMMA 3K6XA 2DWAA 1M5FA 1JETA 4BDNA 3VVDA 2QMWA 3UA8A 3R6UA 3OXNA 4GXAA 1Y20A 4OETA 3CIJA 5I2KB 2HZLA 3U94A 4BLAA 1Y4CA 4ZZAA 1M5EA 3IO6A 1VFEA 2GHBA 4DXUA 3FJMA 3EN3A 3PUXE 3IK6B 1LBCA 1B7HA 3MZ1A 3H4ZA 2RF1A 1B5IA 3RPWA 3FXQA 5TU0A 1B05A 2Y7RA 3PU5A 3PUZE 3FVOA 1O7TA 3C31A 4OENA 2R9JA 5HPQA 4DXCA 4GQOA 2FNCA 4LVQA 1IITA 3G3KA 4TQUQ 4UACA 5I57B 3USDA 4JWYA 3ILUB 4EF1A 2XXPA 4U1OA 1OMPA 3KN7A 1B2HA 3OEKA 5CMBA 1LCFA 1VR5A 2UYEA 4F2QA 2YPNA 4Q0CA 1MQIA 2QRYA 3K4UA 4FORA 4QFOA 1N0TA 2YLNA 4LZ8A 4YB5A 2NUVA 4KYEA 1I69A 4UA8A 2O51A 3GBBA 2E1SA 2NXOA 1A54A 3EQ1A 3MVWA 2A5TB 3OSRA 3BBRA 1B58A 4IO4A 4R2BA 5F1QA 4X9TA 2F6PA 3I5OA 4EQ9A 2OBGA 4R72A 3IOUA 3ILTB 1NNTA 3PMVA 2XXHA 3A3UA 3KJ7A 3MQ9A 4YMAA 3H7MA 1L5TA 1FTOA 5KZTA 3IR1A 1GVCA 2ZYMA 1B7ZA 3B6WA 1S7YA 1SVXB 1GR2A 3C4MA 2VGQA 2QS3A 3VXBA 5HM4B 3FVKA 4X1DA 3FD3A 5FHNA 2PVUA 1MXYA 3GLBA 4GL0A 3KN3A 3W15C 4R6KA 1LFIA 2HAUA 4ZDMA 2Z8DA 4FEBA 3SEWA 2I58A 4NF8A 2XX7A 4OVJA 1MXZA 1MY2A 4RXLA 1Y3PA 2Z8EA 3PUWE 1TFAA 1ZU0A 3EPEA 1R1NA 3DP4A 3QIMA 1JNFA 3CVGA 5I57A 3LC8A 2NOOA 4R2FA 1AL3A 3MPKA 4YMBA 1P1UA 2G29A 3OELA 3T22A 5I2NA 2H4IA 4F1UA 2Z8FA 3ZKKA 2UXAA 2DP8A 3EHTA 4JBZA 1SQYA 3G3HA 4ZEFA 4IO7A 4O3CA 4EQBA 2P2AA 1XHYA 4MH5A 5A5XA 3VXCA 1DOTA 1UTHB 2A5TA 3SETA 3IL1B 4I62A 2I6EA 2QPQA 5TPAB 4NWCA 4F3PA 1IEJA 2XXUA 4R73A 3CFXA 3TTMA 2F78A 1D3KA 4DLDA 2VD3A 5BUUA 1SW4A 3K1NA 4OERA 5I59B 4G77A 3E4RA 4RPNA 2LAOA 4QSEA 4GD5A 3VDFA 3TYHA 1N84A 3FJGA 3T9VA 1OIBA 3H6VA 4C1TA 3TQLA 2Z23A 4NTLA 3RT6B 4ZEKA 3ZKLA 4LQ5A 2V84A 3N6UA 3PPQA 4H5FA 1XT8A 4O3AA 4YB6A 1B3GA 4NMYA 3TAJA 2RCBA 3FASA 4MFIA 1NNFA 1CE2A 3OENA 3U93A 3GBAA 3CR9A 4JXIA 2XXYA 1P99A 2O1LA 2UVIA 3ECRA 1URGA 3RN8A 2O68A 1S9TA 2QSXA 2F6GA 1LB8A 2D3IA 2PX1A 1MRPA 3TDJA 1OQHA 4U23A 2V3QA 5ITOA 1YCJA 1A7LA 1PB8A 3TTLA 4F39A 3DLNA 3DELB 4FIMA 3S4UA 1PB9A 5I58B 3KGCA 3RQTA 1SI1A 2QJEA 4U4XA 4FE8A 1LAFE 2F7AA 3UORA 1OVBA 2ZNSA 5L8DA 2WKYA 1FTLA 3U1OA 3FJ7A 5DYHA 1FQCA 5FTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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