2XXHA

Crystal structure of 1-(4-(2-oxo-2-(1-pyrrolidinyl)ethyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1h-indazole in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 1.5a resolution.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 84
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxhA02
4QSCA 5DVJA 5AA4B 2QS2A 3KN3A 1B3EA 4ZZEA 2XXTA 4YB5A 3MC2A 3PD9A 4HCYA 2CZLA 4QFLA 3UIFA 4DZ1A 4O3AA 3K6UA 1MM7A 3W15C 3K0VA 4BDOA 5DTBA 3PMXA 1B3HA 2ZYOA 3MVWA 1N7WA 4NF4A 2OJTA 2XXVA 2Q89A 3WAEA 1FTLA 1FQEA 1MPDA 2Z8DA 4ZEDA 1SDXA 4QF9A 3U93A 4XXUA 4G68B 4LZ7A 2QS1A 4I8CA 2XXPA 3K00A 4I9DA 3UN6A 1BLFA 5DEXB 3O28A 4R2BA 3HV1A 1O7TA 1IITA 5I2KA 4G68C 1IXCA 2VD2A 2IA4A 1UTBA 4U23A 4TLMB 3HHFA 3H3GA 1Y3PA 1LBCA 3VE1B 4NEDA 3TTLA 2UVGA 1TWYA 4XKNA 1EZOA 1I6AA 1NFTA 1MS7A 2VOZA 3H6UA 3SEXA 2B3BA 3MWBA 2Y7KA 3OO6A 2ANJA 3MVYA 3IB0A 3ONMA 1GV8A 1DMBA 4U1OA 1LB8A 2ZMBA 4OEUA 2OZZA 3K1NA 1R9LA 3KSJA 3FVKA 1N7XA 4QFKA 5L9OA 4RPNA 1URGA 4G4PA 4ZEKA 1XHYA 1NNKA 4QRZA 3OELA 4F19A 4F29A 4U4SA 4GF8A 4E0WA 1B52A 2AYSA 4IO6A 2H25A 5AA2B 3HPIA 1Y20A 3T96B 3TCHA 5CBRA 1JW1A 3M3KA 1NKXA 3LBSA 4GOTA 2HEUA 4JSOA 1PB8A 2OLBA 3MQ9A 5H8NA 2DE3A 3U8QA 4C1UA 1UTBB 2HAVA 2XXRA 1B05A 4OEVA 3QXMA 1D9VA 4WEPA 4BDMA 1SW5A 4BDQA 3S2VA 3A3UA 2P1SA 3K6VA 1R6ZA 4GXSB 4PQJA 2DXYA 1DPEA 1ZIUA 4AQ4A 1S7YA 3ZKKA 1SW1A 3TFLA 3FJ7A 4X1DA 4EQBA 3CIJA 3IOUA 3RLFE 4LVQA 1PDAA 3MPKA 5ICQA 4IGRA 4E0XA 4PE5B 4GD5A 1IEJA 1US4A 1XT8A 4JWXA 5CC2A 5I2NB 4X1BA 3W9VA 4EXKA 2QSXA 3MZ9A 4NF5A 2XX9A 2AIXA 3ECRA 1TT1A 4HW8A 1MG1A 2PBWA 3USDA 1S9TA 1B5IA 3G3FA 3B6TA 2HQ0A 5CI5A 5FTIA 3CRBA 4PFUA 4GWOA 3T9UA 2V93A 1Y4CA 2XXQA 3HO7A 4OYVA 1A55A 1MXYA 3BFUA 1M5FA 3GBBA 2O6AA 2OCUA 4GXAA 1JEVA 1H3DA 3PPPA 1D3KA 2F7BA 4HTGA 5H8QB 1LCTA 3Q28A 2Q9TA 3GXAA 3ILTB 3G3JA 2H99A 3QSLA 4K3FA 2RCAA 4KD5A 3TCFA 3UK4A 3E9XA 3PU5A 2UVJA 1A54A 3IL1B 1IZ1A 4OXVA 1B3GA 1PC3A 2H4IA 2F34A 1ZLQA 1EH3A 3IORA 1JNFA 2D3IA 4R2FA 3OO9A 3GBAA 3K6XA 4WKMA 3PUXE 4C0RA 4QSDA 4PETA 3MP8A 1P1WA 5K2XA 4O3CA 1Z7NE 3PPOA 1LAHE 2XXUA 5DT6A 3PPQA 3P7IA 3IOTA 1B5HA 4NE4A 1SI0A 1VSOA 2I48A 4F39A 3VLVA 2XD2A 2ZNUA 5AA1A 1TXFA 1H76A 2A5SA 3RTFB 3QIMA 1BKAA 5TP9A 5KCJB 1LB9A 3SEUA 3KN7A 4O3BA 1YCJA 5I84A 2Q8JA 1NMUA 1QVSA 4U1ZA 2F35A 5L9MA 1Y4TA 4EF2A 3FV1A 5H8HA 2Y84A 1GR2A 2P0SA 3D4CA 1OQHA 1NNFA 1N3WA 1P1NA 1LLSA 4N13A 2I0CA 2QS3A 5TPAA 2I4CA 4HCWA 3CFZA 1RYOA 1N3XA 1MH4A 4GLIA 4PFWA 1MPCA 3FATA 1YTVA 1IXHA 5ISUA 4RK2A 5BWJA 1FCKA 4OFOA 5B7DA 3U94A 2DVCA 2IEEA 3RN8A 3S9LC 1T0KA 1B4ZA 3SEYA 3MVZA 2O69A 3SERA 3IOVA 4G68A 3PPNA 4LUBA 3BBRA 2Q88A 3RTWB 2XX8A 1MDP1 3PD8A 3IJXB 2GHBA 2NVUB 4ISUA 4H8JA 3W9WA 2F5XA 4RYAA 3G7WA 3MJNA 4MH5A 4I62A 4LQ2A 5DEXA 4U4XA 1B1XA 3MVXA 1ANFA 1JVYA 5TU0A 4BDLA 1A40A 1VFEA 4P0IA 4FORA 3H4ZA 3EF7A 4ELOA 2YJPA 4ZEIA 4G8HA 5KDTB 3I6VA 3QUFA 3O66A 3EPEA 4R6KA 5L8DA 2THIA 1SI1A 3TKDA 1B7UA 1SYIA 2PT2A 2F7AA 1H43A 3E3KA 4DIGA 4OQOA 2XXWA 3C34A 1M5EA 1GTKA 1FQCA 3V83A 3O97A 5TPAB 1LFGA 4U2RA 1B32A 3QYTA 3SEWA 1IXIA 3TDJA 4NF6B 3JYRA 2OK2A 2QMXA 5BUUA 4EQ9A 5ICTA 1WVJA 4JSDA 4WEDA 3O2AA 1M5DA 4UA8A 1P1OA 1A8FA 5M2VA 3KBRA 3K6WA 2GFEA 3TCGA 3M3LA 3UGWA 3OSRA 3IR1A 4ZECA 1QJMA 4YICA 3MBPA 1Y1ZA 1B4HA 2VP1A 4LQ5A 1QULA 3H6TA 3N6UA 2UVIA 4EF1A 2REJA 1FTOA 3OOAA 1SBPA 5AA2A 4M1VA 2HZKA 4IB2A 5F1QA 1B0HA 2DVZA 2PYYA 1M5BA 1MXWA 2BJJX 5FHMA 3IOWA 4R9GA 1LFHA 4FEDA 4L17A 4R6YA 4R74A 3IX1A 1JVXA 2HFBA 2B3FA 4KQPA 4C1TA 1ELJA 3PUVE 1AOVA 3T22A 3HSTA 3FVOA 4ZEFA 2HXWA 4ELPA 1J1NA 2GRVA 2HAUA 2DE4A 4KR5A 1BIYA 3C31A 3G3KA 4OFLA 3GLBA 3CSGA 2X7PA 2I3VA 3Q29A 4GVOA 4FATA 2DYXA 3IK6B 3FXQA 5HBCA 2XX7A 2RC9A 3KJ7A 3OENA 2D21A 3O9PA 2XXXA 1MXXA 2I3WA 1ZMGA 5I2NA 2F7CA 4X9TA 2NUVA 3SKPA 3HCQA 4ZS9A 3PMWA 4YKIA 3IJOB 4Q5TA 4Q0CA 2QJEA 4AB5A 3VVDA 1A99A 3L6HA 4R9FA 4AB6A 2PVUA 2DS9A 3TTKA 5ELVA 3V89B 4QFNA 1URSA 1ZJLA 3OO8A 5CMMA 1PB9A 1ZBMA 4FAJA 4JWYA 1KWHA 5EHMA 3PPRA 1MY2A 1Y3QA 4LONB 2REGA 4MLVA 2G29A 1GVCA 3RGYA 4KYDA 3E13X 2DE2A 2FNCA 4QHQA 1POTA 3N94A 3H6WA 3ZS6A 3RQTA 1FQAA 4NWDA 2Z8EA 1AH5A 2ZXTA 4QSEA 3FJMA 5H8QA 4H8IA 2H5YA 2NXOA 1WODA 2NWJA 5F7VA 4NWCA 1IIWA 3VDFA 2V84A 2X26A 4F2QA 2O84X 1O64A 1UTHB 1MY4A 4OERA 2O7UA 3CG1A 3LR1A 3D4GA 3DP8A 2ABHA 3S9NC 1B46A 5JTYA 3C35A 2XXYA 2UVHA 2QMWA 4KI0E 3MP1A 2DXRA 4BLAA 1LCFA 2XXIA 1QW0A 4G8MA 2PT1A 1JQFA 1Y3NA 3I3VA 3DLNA 5AA2D 4BDRA 5AE4A 4NF8B 3QK6A 1JETA 1VR5A 2DWHA 5I58B 1QUJA 4N07A 3C33A 1RKMA 2V3TA 1M5CA 4LP2B 3KN8A 1UIVA 1N0TA 3U1OA 4TLLB 4OFJA 5I56B 1SD3A 5KCJA 2DQVA 2I4BA 3VVEA 4H6DA 4DXUA 1ATGA 1L5TA 2ONKE 5ITOA 3VXBA 3OSQA 2I58A 1SQYA 1DPPA 3FIRA 4OMBA 3SESA 2PMSA 1B40A 4OZ9A 2UXAA 2DWAA 4MFIA 4KCDA 4M4GA 3TELA 4RK9A 4H5GA 5CM6A 4GQOA 5CMKA 2V25A 3CVGA 3CG3A 4POWA 5JK4A 5DVIA 4H67A 2WKYA 3Q25A 4ZE8A 3QAXA 5CRYA 5JTYB 4TOZA 5AA3A 2F78A 4JXIA 5K2YA 3FD3A 1PBQA 3F11A 4F2OA 3KSXA 1ZKBA 3E4RA 4DXBA 3S9MC 4MBPA 4JWOA 3S4UA 4ND9A 3TAJA 3KGCA 5DYHA 4R72A 1URDA 3UP9A 2XD3A 1AL3A 5KDTA 3PUZE 4KPTA 2E1SA 1D9YA 3V8XB 3OEKA 1NNTA 4DCXA 1DOTA 3UORA 4ZE9A 3PMVA 5DVFA 3C4MA 1N76A 1OQGA 3L6GA 1CE2A 3DP4A 4Q30B 1SYHA 3HN0A 4ESXA 1SW4A 5IKBA 4BDNA 2Y7IA 5HM4B 1EZPA 4EQ7A 1YPNA 5CMCA 3KEIA 2Y7WA 4RXLA 3TYHA 4NF6A 3I5OA 3U92A 5EHSA 3TQWA 1MY0A 1NH7A 5HPQA 3A3CA 1A7LA 2R71A 3KJTA 1JW4A 3KG2A 3TUSA 5H8FB 3T9XB 3G3IA 3MZBA 3A09A 3O6IA 3ZSFA 2ZYNA 1VFDA 4XTCQ 4OTEA 3FUZA 4LZ5A 5JEIA 2RINA 4IO5A 2Q2CA 2PX1A 1MQHA 2Q2AA 4OHNA 1RYXA 4JDFA 2OWSA 3OO7A 1H44A 4EDPA 1DTGA 4F3PA 3IB2A 1B2HA 3VLUA 3O29A 2FYIA 1IXGA 4G8NA 5A5XA 2UYFA 3C9HA 2O1MA 1OMPA 4OVJA 3DM0A 2RC7A 4H1XA 3KZGA 4GIZA 3OMBA 4FECA 1USYH 4KYSA 1OLCA 3VVFA 4XKRA 2P2AA 2O1LA 2FA7A 4LATA 1B7ZA 1P99A 3K1PA 4FEBA 1IQ7A 1MXUA 1N04A 5I57B 4F31B 1B51A 4JBZA 1B6HA 4DCYA 4F3GA 2F97A 2DSFA 2AL4A 2R9JA 1PB7A 4U21A 1DTZA 3TMGA 3PV0E 4KCCA 4KYEA 1B1HA 3OEMA 4F22A 1LAFE 4XKQA 2VGQA 1JW5A 3EQ1A 3K2DA 4LZ8A 4IGTA 3DP6A 1OVTA 4MLQA 4ELQA 4EUOA 1LAGE 3H6VA 4ZEBA 4RJZA 1TFDA 3FXRA 3BKIB 2H98A 3IB1A 3TTRA 3T9VA 1MQGA 1HSLA 4OESA 3ODBA 3Q27A 3EHUA 3K1MA 2I49A 3TODA 2ALUA 4EXLA 1R1NA 4F3BA 1XVXA 3RUMA 5A5XB 4IY5A 3MW0A 3N5LA 1H45A 3HHGA 3FGSA 3EHTA 2HCAA 1I6QA 3PUYE 3IAZA 4JB7A 3B6WA 3LSXA 1US5A 1POY1 2F8DA 3TQLA 1B0LA 1Q35A 4R6HA 4IY6A 4DDDA 2CMOA 1UTHA 1LFIA 3FJGA 3G3HA 1FTMA 4H5FA 2UYEA 1FQBA 4F1UA 1AIVA 3ILUB 1FW0A 1VE4A 2A5TB 2O51A 1MY3A 2QS4A 3EN3A 2QPQA 3V5AA 1DSNA 1UQWA 1EZ9A 1II5A 1HSEA 3B7DA 1B9JA 1NH8A 4G2ZA 3H7MA 3M8UA 4YZZA 4NF8A 1B3LA 3VLWA 5I58A 4XIGQ 3RY3A 2KLFA 1S50A 3QUJA 4TQUQ 1SVXB 2E0SA 3FV2A 4NF4B 5I56A 3R7XA 4ZZAA 3DELB 1GGGA 3O6GA 4H0WA 3O6HA 3CR9A 3TPAA 2NOOA 4R73A 3SEVA 4F3SA 3GZGA 2QL3A 4PFTA 1QUIA 1B5JA 4YAHX 3C32A 2X7QA 1BTJA 4P11A 3RT8A 1QKAA 3C36A 4LA9A 5I2KB 5LOMA 4H65A 2R6GE 2D5WA 2GH9A 2VD3A 3SDFA 3S9EA 2XHDA 1FQFA 1MM6A 4NTLA 1Y1MA 1B7HA 3CFLA 4YKKA 3KFMA 4YKJA 1B3FA 1MXVA 4GFRA 4YMAA 4DXCA 4FIMA 4PFYA 4ECFA 2M8CA 4N6PA 4OENA 2QRYA 4RY1A 2DOJA 4OWDA 2DWIA 1ZU0A 3Q26A 5FHNA 3K01A 2ESNA 5ITPA 4THIA 4IO2A 2I0BA 1WDNA 4PP0A 3PGFA 4DE8A 1MRPA 2I6EA 2RC8A 1JEUA 1MQIA 3MP6A 1MH3A 4DLDA 1OIBA 5EYFA 2DWJA 1QUKA 1QKBA 2Z8FA 3AXFA 3LSWA 4NMYA 1OVBA 1FQDA 1OLAA 1N84A 4ZDMA 2ZNTA 3RNNA 1IUDA 1YAEA 2VHAA 2YPNA 1O63A 3KOSA 2Z23A 1D4NA 5KZTA 2V3QA 3FZVA 4OETA 4I1DA 3FXUA 5H8SA 5H8NB 4Q8RA 4X48A 1FTKA 1MQDA 4IO3A 1CB6A 4QFPA 3H03A 1MQJA 5J1DA 5H8FA 1B58A 1R9QA 4RA1A 3TEPA 3G3GA 1PEBA 3N26A 4ESWA 4FE8A 4KFQA 2YLNA 4YKPA 1TFAA 3SETA 5IAIA 3OXNA 1UIUA 1LAXA 3VV5A 2O7IA 3JZJA 1NL5A 2O68A 3MUQA 3N6TA 3T93B 3IO6A 3IO4A 1F9BA 4IO7A 1I6BA 3UA8A 3R6UA 2RKMA 1A8EA 2H9BA 4NF5B 1XS5A 2F36A 4P0GA 5CBSA 2G93A 2HZLA 1AMFA 3MZ1A 4ELRA 1LSTA 1FTJA 3JV9A 2ZNSA 1MY1A 4POXA 5CMBA 1P1QA 1P1UA 3PUWE 2RF1A 5I59A 1Y9UA 5I57A 1PBPA 2AL5A 4WXJA 4Z7EA 4YB6A 3TTNA 3MPLA 2OWTA 3LSLA 2Z22A 2ZYMA 1LGBC 3K02A 5AA4A 3T66A 3U72A 4RNSA 3OD7A 2F6GA 2W7YA 1HSJA 3CI8A 2ZYKA 4GL0A 2LAOA 2XXHA 3H06B 2V3UA 1XVYA 2Y7PA 2DP8A 1MDQA 5FTHA 1NNPA 3THIA 2Y7RA 3K4UA 3RT6B 3FVNA 3RPWA 1MXZA 4Z0IA 1EU8A 3LC8A 5B70A 4GRKA 3CFXA 1XOCA 3B6QA 2GHAA 2B65A 3EHSA 3VXCA 2ONSA 4ONYA 5FHOA 2F6PA 4UACA 3TTMA 3R26A 4F18A 3KOTA 1Q1KA 1LBBA 3ZKLA 1SW2A 5L9SA 4G77A 2OBGA 3FASA 4FJPA 2RCBA 4YB7A 3LUYA 4XKPA 3CSBA 3T9HB 1MPBA 3WAFA 4YU0A 1ZTYA 1XC1A 4QFOA 4GL8A 1USYE 3TZAA 4HS7A 3VFJA 5TP9B 2ONRA 3BFTA 5I59B 4YMBA 4KHZE 3MAMA 1BP5A 4F1VA 1I69A 4F1YA 2A5TA 4MF3A 4U22A 4R75A 4IO4A 5H8HB 3M3FA 3FVGA 3LSFB 4RPOA 1Z7ME
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSCA 5DVJA 5AA4B 2WX9A 2QS2A 4KXPA 3FBPA 3KN3A 1B3EA 5ET6A 3E78A 4ZZEA 2XXTA 4YB5A 3KBZA 3MC2A 3PD9A 4HCYA 2CZLA 4QFLA 3UIFA 4DZ1A 3FXBA 4O3AA 3K6UA 1MM7A 3ISPA 3W15C 1JP4A 3K0VA 1FPLA 4BDOA 5I7IA 1FPDA 5DTBA 3PMXA 1B3HA 2ZYOA 3MVWA 1N7WA 4NF4A 2OJTA 1DK4A 2XXVA 4P9KA 2Q89A 4MNCA 4OVTA 3WAEA 5EYGA 1FTLA 1FQEA 1MPDA 2Z8DA 4NQ8A 1FPEA 4N6DA 4ZEDA 1SDXA 4QF9A 3U93A 4HE1A 4XXUA 4G68B 4LZ7A 2QS1A 4I8CA 2XXPA 3K00A 4I9DA 3RPLB 3UN6A 5EQ8A 3E79A 1BLFA 4IR8A 5DEXB 3O28A 4R2BA 3HV1A 3HFUA 1O7TA 1IITA 5I2KA 2QVRA 1NUZA 4G68C 1IXCA 2VD2A 2IA4A 1UTBA 4U23A 4TLMB 4GBVA 3HHFA 5LTCA 3BIHA 4XEQA 4MX6A 3H3GA 1Y3PA 2HHMA 1LBCA 3VE1B 4NEDA 3TTLA 2UVGA 1TWYA 4XKNA 1EZOA 4AS5A 1I6AA 1NFTA 1MS7A 2VOZA 3H6UA 3SEXA 2B3BA 3MWBA 2Y7KA 3OO6A 1NV4A 2ANJA 2WEFA 3MVYA 3IB0A 3ONMA 1GV8A 1DMBA 4U1OA 4MIJA 1LB8A 2ZMBA 4OEUA 2OZZA 3K1NA 1R9LA 3KSJA 3FVKA 5IGAA 1N7XA 4QFKA 5L9OA 3LUZA 4RPNA 1URGA 4GWUA 2F3DA 4G4PA 4ZEKA 1XHYA 1NNKA 4QRZA 1LBZA 3OELA 4N4UA 2ZZVA 4F19A 5IM2A 4F29A 5ET8A 4U4SA 4GF8A 4E0WA 1B52A 2AYSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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