2XXIA

Crystal structure of 1-((4-(3-(trifluoromethyl)-6,7-dihydropyrano(4,3- c(pyrazol-1(4h)-yl)phenyl)methyl)-2-pyrrolidinone in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 1.6a resolution.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 89
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxiA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxiA02
3TEPA 2Q88A 1GTKA 3SDFA 1PB9A 3QXMA 4BDMA 2XHDA 4IB2A 4EQ7A 4RK9A 1MXVA 2VD2A 3F11A 2QSXA 3VE1B 3PV0E 1ZJLA 2F97A 4GXAA 2FA7A 1JETA 3H3GA 4RYAA 1Y3NA 1B46A 1WDNA 4ZECA 1I69A 4H5FA 4ND9A 5HBCA 3OENA 3SEWA 3KSJA 2OLBA 2H99A 5DEXA 3TCHA 3VXBA 1ZTYA 3PPPA 1HSLA 4HW8A 2OBGA 3I5OA 1R1NA 4HCWA 4F2QA 4XKQA 1MM6A 2OWTA 5LOMA 3VXCA 3B6QA 2B65A 3IOVA 5I59A 4RJZA 1MY2A 2DE3A 1SW1A 4ZS9A 5TU0A 4G2ZA 3TYHA 4TLLB 3GLBA 1ATGA 1A7LA 4DLDA 3R26A 3N94A 4ESWA 2DSFA 1B4ZA 1QKBA 3USDA 4P11A 4YB6A 1EU8A 2XD3A 1A54A 2RF1A 1Y4TA 1UTHB 1SD3A 5FHOA 1QULA 3TTMA 3EN3A 3RLFE 1MXXA 3QSLA 5HM4B 2DVCA 2Z23A 1EZ9A 1SBPA 3DP8A 4U21A 1OLCA 4ZZEA 3SESA 2DWIA 2IA4A 4AB6A 3GBBA 4H8IA 3SERA 3G3GA 2GRVA 1MQIA 4XTCQ 2ALUA 4G77A 2QS4A 1USYE 1IITA 1MQDA 4YKKA 1SDXA 2QJEA 1UIUA 1A40A 3L6GA 4IO2A 3A09A 4XKRA 4ELOA 4FE8A 2AL4A 4KI0E 1D3KA 2A5TA 2I4BA 5I84A 2XXTA 4U22A 3KN7A 1OMPA 1LLSA 2XX8A 3RT6B 2F7CA 2M8CA 1SVXB 1FQFA 3CIJA 3A3CA 4X1BA 4H8JA 1D9YA 3SEVA 3BKIB 2HCAA 3CFZA 3OEKA 3KG2A 3MZ9A 3SKPA 1RYOA 2A5TB 4XKPA 1SYHA 1URSA 1B51A 5CMCA 3T9XB 3RTWB 3TELA 1B3HA 4E0XA 1NNFA 3VVFA 1BP5A 3EF7A 3FV1A 3IJXB 4RNSA 4GL8A 1B5JA 4I8CA 2I48A 5JTYA 1M5CA 1URDA 1NH8A 3C33A 3G3FA 3E4RA 3PPOA 1NNKA 3MVYA 3SEUA 1WODA 2DQVA 3G3IA 3TAJA 4OFOA 4NF6B 3MPLA 4QHQA 2GFEA 1XS5A 3N6TA 4NE4A 4X9TA 2H98A 1B40A 3C9HA 3K00A 3T93B 1IXCA 1QW0A 1P1QA 1LAGE 1RYXA 3IOTA 1P1NA 1ZLQA 3MVXA 2Z8DA 2I58A 2LAOA 4HTGA 2WKYA 1PB7A 1B3GA 1FTMA 4FIMA 3HSTA 2F36A 1N76A 4U2RA 1TFAA 3BBRA 3O97A 1PBPA 3PU5A 4G68A 1Y1ZA 4PFTA 3TQLA 2NVUB 3QAXA 5AA1A 1SYIA 4U23A 1MXWA 4KCCA 3PUWE 3JV9A 4C0RA 4MLQA 3TPAA 3HPIA 4G68B 1MG1A 4YMAA 1CB6A 1NMUA 1LAFE 2DVZA 2G29A 3C4MA 2IEEA 3H6WA 1ZIUA 1JQFA 1IQ7A 5L9OA 1URGA 2XXRA 1PBQA 2PT1A 3TODA 2X26A 1ELJA 2QMXA 4QSDA 2ZYKA 2R71A 3UORA 2X7QA 5CMKA 3RTFB 1LBCA 1BTJA 2REGA 3IB0A 1NFTA 3DP4A 1N04A 3MWBA 1MDQA 3JZJA 1QUKA 3LSWA 4YB7A 1Z7NE 3FVGA 4R6YA 5DYHA 4QFPA 1FTOA 1LGBC 2RCBA 3OO9A 1FQAA 5CRYA 4GLIA 3T9HB 2G93A 2QMWA 1MH3A 1NL5A 1XC1A 4KQPA 1DPEA 4ISUA 3U72A 4JB7A 4U4SA 5TP9A 3TTLA 3MP1A 1D9VA 4P0IA 1LBBA 3H06B 1H45A 2QS1A 2PMSA 4GL0A 4C1TA 4O3BA 4RPOA 4GIZA 3RUMA 2V3UA 2HFBA 1BIYA 2V3TA 5ITOA 1OLAA 4LONB 3KSXA 1MRPA 4NF5B 2Y7PA 1DMBA 5AA4B 2O84X 5TP9B 2OK2A 4MBPA 1UQWA 3OSRA 3ZS6A 1Y3PA 1H44A 1UIVA 3K6UA 2DE4A 1SQYA 4ESXA 1I6AA 4JDFA 1IZ1A 4LUBA 1S7YA 1B32A 4GWOA 1SW5A 4OETA 2F5XA 2H9BA 5KCJA 2ZMBA 1AIVA 3LBSA 3KGCA 2ZYNA 2P1SA 1TWYA 1B1XA 3MJNA 3FATA 3O29A 2D21A 2ONSA 4QRZA 4LZ7A 5H8FA 1US4A 1I6BA 2PX1A 4EQ9A 1FCKA 3IO6A 4YU0A 1DTZA 3RQTA 1SW2A 3FJMA 3HO7A 3R6UA 3UN6A 1ZU0A 2ZNUA 1DTGA 1GGGA 1JNFA 3CI8A 2V25A 3QUJA 1IXIA 3FGSA 3IB2A 1FQCA 3A3UA 3K6VA 4RY1A 3LSXA 2HAVA 2KLFA 1OIBA 3N5LA 4QSEA 4NWDA 1Y9UA 3K0VA 2ANJA 4POXA 1NNPA 4OVJA 3U8QA 3K1MA 5ISUA 3IJOB 1EZOA 1IXGA 2YPNA 2Q89A 4IO6A 2F7BA 4N13A 2I0CA 3M8UA 1MPBA 5FTHA 2PYYA 1TFDA 5AA2D 2QS2A 2PBWA 4DXBA 4ZE9A 3Q28A 2NXOA 2O6AA 3HHFA 3I6VA 1VFEA 4LZ5A 3KN8A 4IGRA 3S9EA 4PE5B 3N26A 4YKPA 1MM7A 4DXCA 4GXSB 3TTNA 4OTEA 2XXYA 5AA2B 4TOZA 2PT2A 3FD3A 4K3FA 3S9MC 5EHMA 4F2OA 5I2NB 3KZGA 2QS3A 4M4GA 1RKMA 1XT8A 3OSQA 4G68C 2XXWA 2UVGA 2Y84A 3IAZA 5TPAA 4PFYA 1UTHA 2DOJA 2VOZA 2R6GE 5H8NB 4MFIA 2CMOA 3FASA 1QKAA 1AMFA 1SI0A 4U4XA 2X7PA 4RXLA 2ONKE 1S9TA 3B7DA 1B05A 3JYRA 5AA3A 3E9XA 4F31B 5TPAB 4FJPA 4DZ1A 3IX1A 1MDP1 3VLUA 3DP6A 2XX9A 1JVXA 1FQBA 2RC8A 4UACA 4G8MA 3CSGA 4BDRA 4F3SA 4EQBA 3MUQA 4NWCA 3LC8A 5JK4A 3G3JA 1J1NA 2I4CA 1JW5A 4LQ5A 4F1YA 4F1VA 4DIGA 3N6UA 4KYSA 2FYIA 2VHAA 3C32A 4OWDA 4FAJA 2O68A 3ECRA 4RK2A 1MQGA 1ZBMA 1OVTA 3Q26A 3EHSA 3H6VA 1B5IA 3S9NC 1B4HA 3FVKA 3THIA 2UYEA 2Q2CA 3PUZE 1M5EA 2NUVA 2DE2A 4LA9A 5H8HB 1P99A 1B0LA 5J1DA 1QUJA 1YTVA 3CVGA 3I3VA 2VGQA 1A99A 1LFIA 4HS7A 3PD9A 3FXQA 3TKDA 1H3DA 1MPDA 4QFNA 3V8XB 5I58B 4NF6A 4QFOA 3DM0A 3PD8A 4OFJA 5FHMA 5I56A 3ZKKA 4TLMB 5DTBA 3W9WA 3C31A 2BJJX 1FTJA 4BDQA 3ODBA 1FTKA 1T0KA 4Q30B 4QFKA 4H5GA 4F1UA 1VR5A 4OEUA 2F6GA 1SW4A 5CM6A 4GVOA 1H43A 5I56B 3CFLA 1FW0A 3ONMA 2P0SA 3VV5A 1NKXA 3ZKLA 1N0TA 2Q8JA 2XXVA 4WEDA 2RINA 4WEPA 2HQ0A 2F35A 2HAUA 2P2AA 3VDFA 4UA8A 3SEXA 1MXUA 1PEBA 2ESNA 4IGTA 3MBPA 1R9QA 2DS9A 1POTA 5I2KA 1B6HA 3K1NA 3V5AA 4DCYA 1US5A 4ZEKA 1OVBA 1PDAA 1B0HA 2Y7IA 3IK6B 1DSNA 3Q29A 5CC2A 1N3WA 3QIMA 2H4IA 5I2KB 3M3LA 1ZKBA 1LFGA 1Y3QA 2V84A 1FTLA 4H1XA 1MS7A 3PMXA 2O1MA 2AYSA 4ELRA 3FZVA 4R6HA 3OEMA 4R2BA 1N7WA 2I6EA 4ZE8A 1I6QA 3G3HA 4IO5A 2I49A 2ONRA 1NH7A 2ZNSA 4LZ8A 4P0GA 2UVHA 1PC3A 4XXUA 4Q5TA 1LSTA 1B7HA 3B6TA 2H5YA 4NTLA 3CSBA 4NF4B 4MF3A 4DXUA 1MY1A 1Y4CA 4KHZE 3Q25A 1FQDA 4NF8B 3LUYA 4OEVA 1EZPA 4TQUQ 1HSJA 4YAHX 3MZ1A 5I57B 4XKNA 3H6UA 1A8EA 4QF9A 1N3XA 2XXHA 1ANFA 4OESA 3CFXA 4NF5A 4BLAA 3T9UA 5A5XA 5AA4A 3TZAA 4JWYA 4ZEIA 3VFJA 4EXLA 5EHSA 2UXAA 1JW1A 4HCYA 1DOTA 3CG1A 2I3VA 3KJTA 3T66A 1LAXA 3K01A 3T96B 5A5XB 3WAFA 1Y1MA 3U93A 1UTBB 4GF8A 3MZBA 3VLWA 5ITPA 2QL3A 4THIA 4F22A 2HEUA 4H67A 4KD5A 3RPWA 1YCJA 2XX7A 3V83A 3O6HA 2OZZA 5FTIA 2Z8EA 1VE4A 1POY1 2CZLA 4R74A 3K02A 3MP8A 2O7UA 4LVQA 2UVIA 3MW0A 3E13X 4Q8RA 3SEYA 2AL5A 5KDTB 4F3BA 4GFRA 1O64A 1TT1A 4OENA 4ZEBA 2Z22A 4PQJA 4RPNA 1BKAA 3SETA 5BUUA 3C35A 3PPRA 4EXKA 1CE2A 4AQ4A 3MVWA 3HHGA 3CR9A 4GOTA 4R72A 4H65A 4MLVA 4R73A 2QRYA 1B52A 5CBSA 2NOOA 1Z7ME 1A8FA 1IEJA 4FECA 1P1WA 2AIXA 3M3KA 3DLNA 2VP1A 4LATA 3S4UA 4QSCA 2VD3A 1Y20A 4E0WA 2OJTA 4DE8A 5FHNA 3C34A 3TDJA 4AB5A 3GZGA 4JWOA 3D4GA 5DVJA 2XXXA 3W9VA 4O3CA 4JWXA 3Q27A 5AA2A 4C1UA 3OXNA 4EF2A 4GD5A 2I3WA 2XXQA 3EHTA 3IL1B 5I2NA 3O66A 1VFDA 3KN3A 1N7XA 3QUFA 1USYH 1GR2A 5L9MA 3KEIA 5H8NA 2UYFA 5DVIA 4NEDA 4JBZA 2Y7WA 3AXFA 1MQHA 3K6WA 1P1UA 1B9JA 1O7TA 5DT6A 1XHYA 2I0BA 4DCXA 3ZSFA 4ELQA 3RT8A 3OO8A 1Q1KA 4ONYA 4KYEA 5CI5A 4BDNA 1FQEA 2RC9A 2Y7KA 2XXPA 1ZMGA 5IAIA 4Z7EA 3TCGA 1MPCA 5DEXB 1A55A 4G4PA 4FATA 3H4ZA 2XD2A 3PUYE 4YKIA 2UVJA 3U92A 4QFLA 5K2XA 2DWJA 2O69A 4OMBA 2XXUA 3P7IA 1MY4A 5I59B 3FV2A 3U94A 2ZNTA 4YKJA 4OYVA 1S50A 3LSFB 3S2VA 3U1OA 4BDOA 5L9SA 4PETA 3IOUA 3IR1A 3TMGA 4ZZAA 1WVJA 4YZZA 4YB5A 2H25A 2Q9TA 5H8HA 3WAEA 1BLFA 2B3BA 1NNTA 4YMBA 2RKMA 1MXZA 5IKBA 4R9FA 2F34A 4IO4A 3ILTB 3C36A 2NWJA 1LCFA 3CRBA 3O2AA 2V3QA 4O3AA 3GBAA 2F8DA 3HCQA 1AL3A 1LB8A 5H8SA 3KOSA 5I58A 4N6PA 4YICA 3UP9A 2F6PA 3LR1A 1O63A 3TTRA 4FORA 4XIGQ 4H6DA 2PVUA 4WKMA 3RNNA 3K6XA 3T22A 1JEVA 4OZ9A 3S9LC 5HPQA 3UA8A 1MH4A 3TQWA 1B3FA 3M3FA 1LAHE 3O28A 1YPNA 2GHBA 1B1HA 2QPQA 5CBRA 1MXYA 1M5BA 1XOCA 4KR5A 5F7VA 3K4UA 3MP6A 4G8HA 1GVCA 4PFWA 4EUOA 2R9JA 1H76A 1MQJA 4ZDMA 2O7IA 2Z8FA 3IO4A 3DELB 1IIWA 3MC2A 5JTYB 4FEDA 3VVEA 2E0SA 4EF1A 3D4CA 1AH5A 1AOVA 2FNCA 2RC7A 4KYDA 4KPTA 4FEBA 3KFMA 4GRKA 2THIA 3IORA 1JVYA 4X48A 4OERA 3O6GA 4JSOA 3O6IA 4MH5A 1B7UA 3FXRA 4I1DA 4KFQA 1QUIA 4I9DA 5CMMA 2GH9A 4F29A 4BDLA 5L8DA 3QK6A 4OXVA 4RA1A 2DXYA 3FJ7A 1Q35A 3KOTA 2OWSA 4NF4A 5B70A 4OHNA 5K2YA 3PPQA 4IO3A 3PUVE 4IY5A 4N07A 3UK4A 1MY0A 3GXAA 3OOAA 4F3GA 4NF8A 4PP0A 4H0WA 3OO6A 1JW4A 3ILUB 3OELA 1B2HA 3BFTA 4NMYA 3MQ9A 3VVDA 4GQOA 2HZLA 2DYXA 3PMWA 4JXIA 1LFHA 3QYTA 5I57A 4JSDA 1L5TA 3EHUA 3R7XA 1M5FA 3TUSA 2ABHA 2HZKA 1EH3A 2D5WA 3OO7A 3EQ1A 5CMBA 4F3PA 1OQHA 1II5A 3MPKA 2YJPA 2Y7RA 3FIRA 3UGWA 3EPEA 1B58A 1GV8A 4IY6A 4LQ2A 1B3EA 1LB9A 4Q0CA 5BWJA 1SI1A 4X1DA 2REJA 3H7MA 5DVFA 5ICTA 4ECFA 4KCDA 3RY3A 2DP8A 1R9LA 3PUXE 3MVZA 1UTBA 5H8QA 5M2VA 2D3IA 4F18A 3TCFA 4F19A 4EDPA 1VSOA 3HV1A 2XXIA 2ZXTA 1LCTA 1KWHA 3CG3A 5H8QB 2DWAA 4LP2B 4DDDA 5KDTA 3T9VA 3VLVA 3FXUA 3IOWA 4WXJA 3UIFA 3KBRA 3IB1A 3W15C 4R2FA 3FVOA 3RN8A 4I62A 4F39A 5B7DA 2B3FA 4OQOA 1IUDA 5AE4A 3LSLA 1N84A 1QJMA 2Q2AA 4POWA 3FUZA 2F78A 2OCUA 4L17A 4U1OA 1XVXA 3E3KA 3HN0A 5ICQA 1DPPA 4ELPA 2V93A 1QVSA 5KZTA 1P1OA 3G7WA 3FVNA 1YAEA 5EYFA 1D4NA 2DWHA 2A5SA 2YLNA 1IXHA 5F1QA 4M1VA 3OD7A 2E1SA 3H03A 1TXFA 5JEIA 4Z0IA 2W7YA 3RGYA 3L6HA 1XVYA 5KCJB 4ZEDA 2O51A 2DXRA 2ZYMA 4R75A 1OQGA 3TTKA 3H6TA 1MY3A 4ZEFA 3KJ7A 2HXWA 4G8NA 2GHAA 3BFUA 3O9PA 3OMBA 3PPNA 3PGFA 3B6WA 4OFLA 2F7AA 1R6ZA 1B7ZA 5ELVA 3V89B 5H8FB 1JEUA 1B5HA 1HSEA 4R9GA 3MAMA 4IO7A 1M5DA 2ZYOA 3K1PA 4R6KA 2RCAA 1B3LA 3G3KA 4U1ZA 4PFUA 3FJGA 1F9BA 1PB8A 3TFLA 3PMVA 3K2DA 2O1LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TEPA 2Q88A 1GTKA 3SDFA 1PB9A 3QXMA 4PBHA 4BDMA 2XHDA 4IB2A 4EQ7A 4RK9A 1MXVA 2VD2A 3F11A 2QSXA 3VE1B 3PV0E 1ZJLA 2F97A 3RPLA 4GXAA 1FBHA 3U65A 1FTAA 2FA7A 1JETA 3H3GA 4RYAA 1Y3NA 1B46A 1WDNA 4ZECA 1I69A 4H5FA 4ND9A 5HBCA 3OENA 1K9YA 3SEWA 3KSJA 2OLBA 4PTKA 3IFAA 2H99A 5DEXA 3TCHA 3VXBA 1ZTYA 1YXIA 3PPPA 1HSLA 4HW8A 2OBGA 3I5OA 1R1NA 4HCWA 4MX6A 4F2QA 4XKQA 3LUZA 1MM6A 2OWTA 2Y5LA 5LOMA 3VXCA 3B6QA 2B65A 3IOVA 5I59A 4RJZA 1MY2A 2DE3A 1SW1A 4ZS9A 5TU0A 4NN3A 4G2ZA 3TYHA 4TLLB 3GLBA 3T0JA 1ATGA 1A7LA 4DLDA 3R26A 3N94A 4ESWA 2DSFA 1B4ZA 1QKBA 3USDA 4P11A 4YB6A 1EU8A 2XD3A 1A54A 2Q74A 2RF1A 1Y4TA 1UTHB 1YZ0A 1SD3A 5FHOA 1QULA 3TTMA 3EN3A 3RLFE 1MXXA 3QSLA 5HM4B 2DVCA 2Z23A 1EZ9A 1SBPA 3DP8A 4U21A 1OLCA 4ZZEA 2WBDA 3SESA 2DWIA 2IA4A 4AB6A 2FIEA 3GBBA 4H8IA 3SERA 3G3GA 2GRVA 1FPJA 4PGPA 1MQIA 4XTCQ 2ALUA 4QBAA 4G77A 2QS4A 1USYE 1IITA 1MQDA 4YKKA 1AWBA 1SDXA 2QJEA 1UIUA 5EQ9A 1A40A 3L6GA 4IO2A 3A09A 4GX4A 4XKRA 4ELOA 4FE8A 2AL4A 4KI0E 1D3KA 2A5TA 4JVIA 2I4BA 5I84A 2XXTA 4U22A 3KN7A 1OMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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