2Y7KA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. monoclinic crystal form
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
DPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Burkholderia sp. dnt
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 69
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA02
3E4RA 1PB9A 1SW5A 2GRVA 4JXIA 4GQOA 3HPIA 1FQEA 1Y1ZA 5ITOA 2RKMA 2UVIA 3OEMA 3K2DA 1GTKA 3MZBA 5H8NB 2GHAA 1CB6A 1LB8A 1JEUA 2ZYNA 4LATA 2ZNUA 4IO5A 3RQTA 4GOTA 2ZMBA 3MAMA 1D3KA 4XKQA 5L9OA 4BDNA 3U1OA 4Q5TA 4PFWA 4R75A 4FAJA 2Q89A 4RXLA 1OQHA 1GR2A 3LR1A 2DVZA 3FASA 4KCCA 1Q1KA 4KI0E 2V3UA 3LBSA 3B6WA 4R6HA 3KSXA 2KLFA 3OENA 2VOZA 3Q29A 3KN8A 3TTKA 5DVFA 4MFIA 3C33A 4ZS9A 3PPRA 5CBSA 1SI1A 3IB0A 2XXTA 4PFUA 2DOJA 1NH7A 1LAFE 4LQ2A 1LLSA 2ZXTA 3ZKLA 1ZU0A 3FATA 1D9YA 2F8DA 1FTMA 3OOAA 4JDFA 4GVOA 1FTJA 3L6HA 4EXLA 3PUYE 2QMWA 1QW0A 4BDLA 2CZLA 2I3VA 3C32A 5AE4A 2PYYA 2NXOA 1NNTA 3PUZE 4LZ5A 1IITA 4C1UA 4GIZA 4OETA 4BDRA 5I2NB 1FCKA 1JVYA 1AMFA 4R2BA 3C35A 5KDTB 3TTMA 5AA4A 1A55A 5CMBA 3GBBA 4ZEDA 2GFEA 1SQYA 2PMSA 1VR5A 1Q35A 1ZKBA 5H8SA 4GF8A 1OVBA 3GLBA 3T96B 4F3PA 4THIA 3FIRA 4JB7A 4XXUA 5EYFA 1SW2A 1EZPA 3IAZA 4R73A 4YB5A 5CI5A 2V25A 3R26A 1B58A 2ZNSA 4XKPA 2I0BA 2PVUA 2V3TA 3C4MA 2O1MA 3C34A 5L9SA 1OVTA 4F1UA 2DQVA 2G29A 2H5YA 1N76A 4RY1A 4ELRA 1P99A 3PPOA 1JETA 4JBZA 4F39A 3FVKA 2VD3A 1VE4A 5ITPA 1MM7A 2RC7A 4ZE9A 3V5AA 2DP8A 1Y4TA 1WODA 1JW4A 3VVEA 4IO4A 1HSJA 2Z22A 4OYVA 4BDOA 4R72A 1LAXA 1IXIA 3DP4A 1MH4A 4KHZE 1A40A 1B7ZA 1WVJA 4G8HA 5I2KA 2Q8JA 2RC8A 4EDPA 2VD2A 5I56B 4DXCA 2O69A 1MM6A 1OIBA 3ILUB 3VLVA 4F1YA 2XX8A 2HAUA 3RTFB 1B3EA 5A5XB 2UVGA 2UXAA 2DYXA 3K01A 3MP6A 2DE3A 3IO6A 3V89B 3VXBA 1B7HA 2H99A 2G93A 3N6TA 2X26A 4JSOA 3O29A 3OSRA 3RTWB 3KOSA 4IB2A 4NE4A 3FZVA 4AB6A 1AL3A 5I84A 3I3VA 3CSBA 2XXHA 3IOVA 3CFZA 4TLMB 4F18A 3MVZA 5I59A 1S50A 3USDA 3IJOB 2PBWA 4PFYA 2PT2A 1NNKA 3D4GA 2XXIA 3KOTA 4POWA 1NKXA 4YB7A 4KD5A 4ESXA 4R9FA 4EUOA 1PEBA 1URGA 3IX1A 4PP0A 4YAHX 1US4A 5I58A 3S4UA 1B32A 4F2OA 3EHTA 3P7IA 1JQFA 2QL3A 1QVSA 1WDNA 5HPQA 4G68B 1N0TA 1H45A 5I57A 1LCFA 4ZEFA 1P1WA 3VVFA 1LCTA 3RT8A 4F29A 2F34A 3OD7A 1LFGA 2DXYA 1R9LA 1URSA 4PQJA 2QS3A 4WEDA 2ONSA 2Q2AA 1P1UA 1VFEA 4DXUA 4I62A 4UA8A 2HCAA 3KN3A 4ELQA 3K6WA 4F19A 1DTZA 1IQ7A 5J1DA 1J1NA 4GL8A 4U1ZA 4R2FA 5H8QB 3VDFA 3FJMA 2RCAA 3D4CA 1DPPA 3QUJA 3LC8A 4Q30B 2REGA 1URDA 1ZTYA 1FTKA 5JK4A 3QSLA 2P2AA 5FHNA 4NWCA 5JTYA 3MZ9A 1LFIA 1MXWA 2O6AA 2H98A 4QFPA 1PDAA 3FVOA 4TLLB 2I58A 4OESA 1D9VA 3VLWA 4MLVA 1NFTA 1B3FA 3KGCA 1M5DA 1GV8A 2NVUB 2D5WA 3PGFA 2O1LA 5HBCA 4YICA 1R1NA 1NMUA 4L17A 3DLNA 3VV5A 4QRZA 3K02A 1B46A 3SDFA 3UA8A 5H8NA 1CE2A 1IXCA 3G3HA 1B3GA 2AL5A 1M5BA 4X1DA 3UGWA 1QKAA 4EXKA 4YB6A 1MXVA 3M3KA 1RYXA 5H8HB 4O3AA 2Y7PA 2P1SA 2DE2A 3RT6B 2I0CA 4H8IA 3U94A 1MQIA 4WXJA 3S9EA 1XS5A 1LAHE 3G3KA 3PD9A 3HN0A 3TFLA 4PETA 2GHBA 1DOTA 1SI0A 3GZGA 5JEIA 3TTLA 1USYH 2F97A 3U72A 1SW4A 4OEUA 3DM0A 1S7YA 4Z7EA 1XT8A 3MVWA 4Q8RA 2B65A 5K2YA 1BLFA 3KFMA 1SD3A 4Q0CA 1AOVA 4NF5B 4RA1A 1TFDA 2RINA 4NF6B 1A8EA 3C9HA 3TQWA 3T93B 3W15C 2XXQA 3MP1A 5I2NA 2IEEA 2O68A 3N5LA 4NEDA 5CBRA 5KDTA 5B70A 1A7LA 4H67A 4NWDA 1I6QA 1ELJA 1JVXA 2ONRA 1IIWA 4FATA 1PB7A 4RYAA 4F3GA 1IXGA 4FIMA 3TTRA 3O2AA 2F6PA 2QS2A 1VSOA 1IXHA 4LVQA 3V8XB 4QFKA 1OQGA 4XKNA 3I6VA 4YMAA 5KZTA 3RY3A 3Q25A 1SYIA 2A5TB 3H06B 4E0WA 1SVXB 1B0HA 1MY0A 1BTJA 3UP9A 2P0SA 1YCJA 3EF7A 3G3JA 5AA2D 3T9HB 3C31A 1RKMA 4DXBA 3THIA 4XKRA 3H6WA 1O64A 5ICQA 1B7UA 2R9JA 4NF8B 2ONKE 4DLDA 4EQBA 4OQOA 2I4CA 4M1VA 2X7QA 3KJTA 3SERA 2OLBA 1P1OA 4LA9A 3FXUA 1JW5A 4R6KA 2W7YA 1IEJA 2I3WA 4P11A 4DCYA 4QSCA 1VFDA 2OWTA 3O28A 2D21A 3S9MC 2Q88A 4OENA 3UIFA 2ZNTA 2ANJA 1XVXA 4H6DA 3Q26A 4H0WA 1L5TA 4OERA 3SEWA 2R71A 3IOUA 3H4ZA 2ZYOA 1A8FA 3SEYA 2DWAA 1DPEA 4F22A 5I56A 2FYIA 1EH3A 4FECA 4ONYA 3TODA 1SBPA 1FTLA 3MC2A 3IB2A 5A5XA 2I6EA 3A09A 4N13A 3MUQA 5FTHA 4NF4B 4AB5A 4OWDA 1A54A 2H9BA 1Y1MA 1B40A 5AA2B 4NMYA 2O7IA 3MZ1A 4LUBA 1ZMGA 1POY1 1B3LA 5H8FB 2QMXA 5ISUA 3S9LC 3DELB 2RCBA 3SEUA 5CMMA 4I1DA 2ALUA 3K4UA 2HQ0A 3CIJA 3PD8A 4FORA 1DMBA 4N6PA 5HM4B 3FUZA 3IL1B 2DSFA 1LBBA 1SYHA 4ISUA 3U92A 5KCJB 1AH5A 1HSEA 3R6UA 4Z0IA 2WKYA 1B4HA 3K00A 1EZOA 2F35A 1MQGA 2Z8FA 4G68A 1IUDA 4QSEA 1QUKA 4JWOA 1H3DA 1BIYA 4HCWA 1PC3A 4X1BA 3BKIB 4KYEA 1D4NA 3E13X 3AXFA 3WAFA 4QHQA 3MQ9A 4IO2A 4DE8A 4F31B 4U1OA 3MBPA 1O63A 1YTVA 2M8CA 4U22A 3B6TA 3MVXA 1HSLA 2QJEA 1Y3QA 3TMGA 4DDDA 4XTCQ 4WEPA 1LFHA 5H8QA 1M5EA 2V93A 2Y7WA 4U2RA 3E3KA 4FEBA 4ELPA 1UTBB 4I9DA 5DYHA 1IZ1A 3FVGA 1B6HA 3TYHA 5FTIA 2YLNA 3TCFA 2HZKA 1TT1A 4R74A 5DEXB 3HO7A 3VXCA 2RC9A 4YKPA 3K1PA 1EU8A 2XX7A 2I48A 2PT1A 4OTEA 1B9JA 4X48A 2VGQA 2CMOA 4FE8A 3ZS6A 1A99A 3QXMA 4U4XA 3HHFA 2H25A 3H6TA 3FD3A 4IGRA 1ATGA 4DZ1A 4GXAA 3RPWA 3MJNA 4HTGA 3O97A 4GWOA 2BJJX 3CG3A 1B52A 1PB8A 2GH9A 4XIGQ 5H8HA 4NTLA 3PMXA 5I2KB 1FQBA 3R7XA 2ZYKA 2ESNA 5TP9A 3OO9A 3O6IA 1UTHA 1MXUA 4OEVA 3UN6A 5CMKA 5ICTA 3TKDA 3ZSFA 4TQUQ 4YKIA 2REJA 1MY2A 3JV9A 1GGGA 1NH8A 4IY6A 5AA1A 3GBAA 2AIXA 2B3BA 1FQDA 3SESA 4JWXA 3W9VA 1B5JA 4TOZA 3O6HA 4X9TA 4ZEIA 4HS7A 3QK6A 2H4IA 1B5HA 2D3IA 3V83A 3TPAA 5L8DA 1F9BA 4NF5A 1B5IA 4LZ8A 4NF6A 4OFOA 2O51A 1B3HA 1XOCA 1DTGA 3O66A 3E9XA 2XXUA 5TU0A 3H7MA 1MPDA 5K2XA 4G2ZA 3FJGA 4N07A 4OFLA 2F36A 3PUWE 1GVCA 1B1XA 1EZ9A 4LP2B 5ELVA 3OXNA 1B05A 5I57B 4PE5B 3U8QA 3CSGA 1MY4A 3A3UA 4IGTA 2F7BA 3BBRA 5CM6A 5F7VA 3EHUA 3H03A 3UK4A 3PPPA 1SW1A 3K6UA 4K3FA 3LSWA 4KFQA 2XXWA 1YAEA 3T9XB 3IJXB 2THIA 3CFLA 4POXA 3CI8A 4P0IA 3TZAA 3IR1A 4E0XA 2A5TA 4BDQA 5CMCA 5FHOA 2UYFA 4KYSA 4M4GA 2FA7A 3OSQA 2A5SA 5IKBA 4ELOA 2OZZA 2Q2CA 1MY1A 5JTYB 4BDMA 4ECFA 4WKMA 5DTBA 1QKBA 1MDQA 2Y84A 1FQCA 4FEDA 3IORA 4H65A 4KYDA 3ODBA 4H8JA 4NF8A 3K6XA 4RPNA 1Y9UA 3CG1A 3CR9A 4ZECA 3PU5A 1MXYA 5TPAB 2Z23A 4ESWA 1H76A 2OWSA 5EHMA 1B51A 5F1QA 3MW0A 4G4PA 1M5CA 2QS1A 3MP8A 3O9PA 2DWIA 1LAGE 1POTA 1USYE 4AQ4A 3L6GA 4C0RA 5M2VA 3TELA 4I8CA 3Q27A 1QUJA 3FXQA 3I5OA 2O84X 1NNFA 5DVIA 2E1SA 4O3CA 3OO6A 2HXWA 4QFLA 1Y3NA 4NF4A 4PFTA 3W9WA 3TEPA 3TUSA 1MXXA 2HFBA 1B1HA 2UYEA 2UVHA 3FV2A 1JNFA 3ONMA 3BFUA 5AA2A 5FHMA 4QFOA 3K1NA 3QAXA 3QIMA 3F11A 3RUMA 4YMBA 3TDJA 1NL5A 5H8FA 4RJZA 1KWHA 3FXRA 1BKAA 4IY5A 2NWJA 3S9NC 4HW8A 4MLQA 3OO7A 3EQ1A 2DWHA 2B3FA 3GXAA 1MS7A 1MRPA 2AYSA 2UVJA 2HZLA 4ND9A 3SETA 4U23A 3JYRA 1QULA 5KCJA 4H5FA 1T0KA 3SEVA 4O3BA 1TFAA 3CVGA 3RGYA 1I6BA 4LZ7A 4EF1A 3IOTA 3BFTA 4KCDA 2Z8EA 1Y4CA 1AIVA 4QSDA 1OLCA 4RK2A 3SEXA 2F6GA 2XX9A 4GLIA 3FVNA 3S2VA 4IO6A 1MY3A 5IAIA 4IO3A 2IA4A 2ZYMA 3MWBA 1N3XA 1Y20A 3HSTA 1OMPA 3H6UA 3SKPA 4GXSB 1UIVA 4P0GA 1ZIUA 2DWJA 1MPCA 2QRYA 3OELA 1UTBA 4GRKA 3RLFE 1M5FA 2XXYA 1FTOA 1B0LA 2OBGA 1XVYA 1TXFA 1UQWA 2RF1A 1R9QA 5DEXA 3A3CA 3KSJA 1US5A 4ZEBA 1N84A 1MDP1 3M3LA 4G8MA 1YPNA 4OHNA 3MPKA 3Q28A 1I69A 2F78A 1FQFA 2I4BA 3N26A 4MF3A 4LQ5A 4GD5A 4R9GA 2OJTA 3EPEA 1MH3A 2DE4A 5AA4B 1N7XA 4YKJA 1I6AA 4DCXA 2O7UA 1OLAA 3LSFB 2Q9TA 3JZJA 3TAJA 1MQJA 4KPTA 3PUVE 4RPOA 1TWYA 2Y7IA 1RYOA 3IO4A 3OO8A 1ZBMA 2DXRA 2OK2A 1MG1A 3EHSA 2ABHA 2XD3A 2VHAA 2NUVA 3ECRA 1S9TA 3K1MA 2I49A 3RNNA 4JSDA 3ILTB 4OFJA 3PPNA 3QYTA 2E0SA 4GFRA 2XXXA 3H6VA 4H5GA 5EHSA 3VE1B 4DIGA 4EF2A 1B4ZA 3MVYA 1N04A 4EQ9A 5B7DA 4KQPA 1H44A 1PBQA 2DVCA 1BP5A 1ZJLA 1DSNA 3IB1A 2F7CA 1FW0A 1P1QA 1FQAA 2QPQA 2V3QA 2YPNA 1QUIA 1MPBA 2VP1A 3PMWA 3T9UA 1Y3PA 5DVJA 1PBPA 4ZZAA 4G77A 3G3IA 3HHGA 3LUYA 3HCQA 4U4SA 4GL0A 3G3GA 4H1XA 3FGSA 1Z7ME 1ANFA 3K0VA 2XD2A 2DS9A 4YZZA 1H43A 3KBRA 4MH5A 2QSXA 3T9VA 3WAEA 4OVJA 1LBCA 2XXPA 4F1VA 4ZZEA 1ZLQA 4F2QA 3KN7A 3G7WA 1MQDA 1UIUA 4KR5A 1Z7NE 3PV0E 3LSXA 2OCUA 3O6GA 2V84A 2Y7KA 2PX1A 2HAVA 2LAOA 3PUXE 3ZKKA 3VLUA 4FJPA 2F7AA 1O7TA 1LGBC 2XHDA 5BWJA 3CRBA 3H3GA 3VVDA 3K6VA 3C36A 1N3WA 4C1TA 3DP8A 3U93A 4QFNA 1JW1A 5I59B 3G3FA 1LB9A 3OMBA 5CRYA 3KJ7A 1NNPA 2HEUA 3UORA 5L9MA 1MXZA 1R6ZA 3FV1A 3T66A 3FJ7A 5LOMA 5DT6A 3KZGA 1QJMA 3IK6B 3PPQA 5I58B 3TQLA 1SDXA 3N94A 5TPAA 4HCYA 1MQHA 3TCHA 4YU0A 3KEIA 5AA3A 4ZE8A 3MPLA 2XXRA 4UACA 2QS4A 1XHYA 4LONB 2XXVA 3B7DA 1JEVA 1XC1A 3EN3A 4G68C 3N6UA 4OXVA 4IO7A 2Y7RA 3QUFA 4U21A 4RK9A 4OMBA 5TP9B 5BUUA 3OEKA 3LSLA 4OZ9A 3RN8A 5CC2A 4RNSA 1UTHB 1N7WA 2NOOA 2AL4A 4JWYA 3KG2A 4ZDMA 3M3FA 4QF9A 3B6QA 1II5A 4MBPA 4F3SA 3DP6A 4BLAA 3M8UA 4G8NA 2Z8DA 4R6YA 3T22A 3VFJA 3TCGA 2YJPA 4F3BA 1P1NA 2X7PA 3HV1A 1LSTA 4ZEKA 2F5XA 3CFXA 4YKKA 2FNCA 3IOWA 4EQ7A 3PMVA 2R6GE 3TTNA 1B2HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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