2Y7PA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. trigonal crystal form
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
molecule tags Transcription regulator
source organism Burkholderia sp.
total genus 67
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA02
1VR5A 3BFTA 2AL4A 4IGRA 1D9VA 4GIZA 2QJEA 3FD3A 4F31B 4ZS9A 1LB8A 3OEKA 1TFDA 2F5XA 3FUZA 1OVTA 4NF6A 1JW5A 5H8SA 4RJZA 1XVYA 5ITPA 3R26A 2I3WA 1WODA 5A5XA 5AA1A 2PVUA 4POWA 3W9WA 4ZEKA 4EXLA 1B4ZA 4OENA 3FV2A 3U94A 2HAVA 4K3FA 4F3GA 4LP2B 3FV1A 3S9MC 5AA2D 2XX9A 4LATA 2Q9TA 3QYTA 2OZZA 4N6PA 2R9JA 3GBAA 3MVZA 2F34A 3MWBA 3PUWE 3VDFA 2VP1A 1OLAA 3TYHA 2HEUA 1B9JA 3C33A 3KBRA 2Y84A 4F19A 3TAJA 1FQEA 4XKNA 4ELQA 4JDFA 1N84A 5L9MA 2QMXA 3VV5A 1GVCA 3MP8A 1JNFA 4OFJA 3IOUA 4YMBA 4HS7A 1XT8A 1LSTA 5TP9B 4E0WA 3GZGA 4ZZEA 5AA3A 4I62A 5BWJA 4MH5A 4R9GA 3MZ1A 3OO8A 4BDNA 2M8CA 1DMBA 1WDNA 1DTGA 1B7UA 3LR1A 1HSJA 3DM0A 4BDQA 1USYH 4YKKA 2AIXA 2XXUA 2H25A 3ILUB 1QUIA 4QFKA 3CG3A 3M3LA 4ESXA 3MPKA 1M5DA 4R6HA 1NNKA 1B3FA 3PPQA 4XKPA 3O28A 4OHNA 3SEYA 3QK6A 4C1TA 5TPAB 4F22A 4IO6A 1SYIA 4BDOA 3U8QA 5CRYA 4F29A 4QRZA 2DQVA 5H8QB 4FEDA 3SEUA 3MQ9A 3LBSA 3KZGA 4I8CA 3H03A 4R2FA 1AMFA 3MAMA 4P11A 2DWJA 2ZNSA 5ICTA 4F3BA 4PFYA 1SW1A 1A54A 3UIFA 5HBCA 1UTBB 5I57A 2P2AA 1DPEA 3TUSA 3CG1A 4MFIA 4PETA 3H6TA 4KHZE 4LZ7A 5ISUA 1YCJA 2F35A 3TZAA 1MG1A 3K01A 3B6WA 4Q8RA 1MPDA 2CZLA 5DEXB 3OSRA 2GH9A 1A7LA 1FCKA 4ZZAA 2Y7PA 4NWDA 1VSOA 4NF5A 3OSQA 3H7MA 1Q35A 2R6GE 4LVQA 3N5LA 4YAHX 3OXNA 2XXIA 2YJPA 4I9DA 1MH3A 1MY0A 2GRVA 4IO5A 2Q88A 3O9PA 3UP9A 2E0SA 1FW0A 4TLLB 2DP8A 2NVUB 3Q26A 1SW2A 1H43A 5I2KA 3PMXA 4GOTA 2ZNUA 3ECRA 1XOCA 1M5BA 1IZ1A 2V25A 1SQYA 3VVDA 4OZ9A 2HXWA 4N07A 1EZOA 4JWXA 1MY3A 1B6HA 3ZS6A 3OMBA 5JTYA 1D9YA 5CBSA 2ZMBA 5AA4A 3KOSA 3U72A 5A5XB 1B51A 3Q27A 3TTMA 2O7UA 3TTLA 4THIA 4QFLA 1EZ9A 1M5CA 3IB1A 4UA8A 4Q0CA 2CMOA 4GXAA 1VFEA 1S9TA 1VE4A 1YTVA 1ZBMA 2DVZA 3MC2A 4JSDA 4R75A 4H5FA 4KYEA 2DXRA 1H76A 2REJA 4Z0IA 3ZKLA 2ANJA 3DP4A 1MS7A 5H8NA 3SETA 4GVOA 2RINA 2F7AA 3K1MA 1FQCA 4Z7EA 2UVJA 3THIA 1BLFA 1YAEA 3MW0A 1HSEA 3MZ9A 2H5YA 1OQGA 2VOZA 3QUFA 3IORA 1MQGA 4H1XA 3KSXA 4JXIA 3QXMA 3FGSA 1MM7A 4OTEA 1Y9UA 1XS5A 2NWJA 2THIA 2UVGA 3KEIA 1IITA 5CM6A 4XTCQ 5DYHA 5EHSA 2ZYNA 1MQIA 1M5FA 3PU5A 3V5AA 3G3FA 3TODA 3UA8A 1FTKA 3B7DA 4DDDA 3TQWA 1JQFA 3CFXA 4WKMA 1LB9A 3G3JA 4LUBA 4JBZA 4LZ8A 4R74A 3UN6A 3L6HA 1SVXB 4MLQA 2V93A 1P1WA 2VGQA 1A8FA 1LLSA 2H4IA 5EYFA 1A40A 2H99A 3SEWA 3HPIA 1FTJA 5I59A 3FJGA 2I3VA 5ELVA 4U22A 2Y7RA 4UACA 1GR2A 4OYVA 1JVYA 4QSCA 2WKYA 1UTHA 4OXVA 3RPWA 4XKRA 3SDFA 1BTJA 3A3UA 4O3AA 4RY1A 3FVNA 4PQJA 4G4PA 3T96B 1MQJA 5I57B 2IEEA 5CBRA 4YKIA 5KDTA 4M4GA 3SEVA 2Y7KA 4FIMA 4OEUA 2D5WA 2XHDA 3V83A 2RKMA 1I6AA 1Q1KA 3QUJA 4QSEA 2Z22A 2V3TA 3GBBA 1FQDA 1D4NA 3A09A 2F6PA 3FZVA 3RT8A 1H45A 4NF5B 3OO6A 3EN3A 5I58B 1A55A 3K1PA 3N6TA 4IO3A 2V3UA 2O69A 1L5TA 3MVXA 4P0GA 4QFNA 3MVWA 1B5HA 4ZEBA 5B70A 2DE4A 1N3XA 1H3DA 1PC3A 1MXYA 3MPLA 1SI1A 3H6VA 3I6VA 2HZKA 3QSLA 1PEBA 5I2KB 5DVIA 1B52A 3ZSFA 1MY2A 3N6UA 4WXJA 4KD5A 1B1HA 1Y1MA 3UGWA 4OWDA 2D21A 1ZMGA 2XXTA 5JTYB 3RNNA 1B05A 3CVGA 5AA4B 4OFLA 5KCJA 2GHBA 3KG2A 3O29A 3G3HA 5TU0A 2H9BA 3OO9A 1ZJLA 5HM4B 3UK4A 2I48A 4LONB 1ZKBA 1MQHA 3FVKA 4OFOA 2ZNTA 4IO4A 1B3HA 5CMMA 1UIUA 2P1SA 3FVGA 4H6DA 4H0WA 2AYSA 5BUUA 3C4MA 1MM6A 2I4CA 3B6QA 3VVEA 3FIRA 3TCHA 4ZECA 2QL3A 1OMPA 4IB2A 1AH5A 5CMCA 1F9BA 4G77A 3MZBA 4EDPA 4BDRA 5F1QA 1SYHA 1DOTA 3H4ZA 4G2ZA 2PX1A 4RXLA 3H06B 2XX7A 4YB6A 5B7DA 3ILTB 3K4UA 4YZZA 3TQLA 5FHNA 1US5A 3RY3A 3U1OA 2F97A 2OK2A 4PFUA 2ONSA 1RYXA 2ZYOA 3DP8A 3PPOA 1B4HA 3I5OA 3OD7A 3VLWA 3DP6A 2UXAA 3BFUA 3CI8A 4YB5A 2XX8A 3S9NC 1Y3QA 3B6TA 4OETA 4GLIA 1GGGA 4LQ5A 2DS9A 1R6ZA 4DIGA 3H6WA 1OQHA 2VD3A 1CB6A 2IA4A 3PD9A 4OERA 3IL1B 5CMBA 4DZ1A 5CMKA 3VLVA 1LBCA 2O1LA 1B3EA 1XVXA 1CE2A 1Y3PA 1LFHA 2XXHA 4NF4A 4AB5A 1MY4A 3EQ1A 4FJPA 4YKPA 1QW0A 5CC2A 2DVCA 3LSLA 4EQ9A 3CR9A 1B40A 2X7PA 4GFRA 4ELPA 2Q89A 1P99A 4GRKA 3O6GA 3S4UA 4F3PA 1JW4A 2A5TA 1MXWA 1Y4CA 3HCQA 2RCAA 1GTKA 5DVJA 3R7XA 1H44A 2FYIA 4PFWA 2OCUA 2Q8JA 4RYAA 1QKAA 2OJTA 1S50A 5DT6A 5FHOA 3O6HA 3W9VA 3FASA 2I0CA 1Y3NA 4L17A 4AB6A 1XHYA 3KN8A 3E3KA 1LCTA 3PGFA 3HO7A 1ZIUA 1UQWA 5I84A 3GLBA 3W15C 2F7CA 2O51A 1URDA 3JV9A 1MXXA 1Z7ME 2O6AA 1OIBA 3Q28A 3PUVE 3RT6B 1N3WA 3IO4A 3PPRA 3USDA 1POTA 3MVYA 1ANFA 1Y20A 3PPPA 1QJMA 3UORA 2QS1A 3HHGA 3KJTA 3M3KA 4KR5A 4YMAA 4FATA 1EU8A 4O3CA 4F1YA 1I69A 1OLCA 4OESA 5KCJB 4NF6B 1MY1A 1IXGA 3PUYE 3PMWA 1LFGA 3CSGA 4R9FA 4QSDA 2VHAA 2DE3A 1QULA 1KWHA 3L6GA 3N26A 5H8FA 5FTIA 1B5IA 4U1ZA 1LGBC 1J1NA 5L9OA 4NEDA 2KLFA 2XXRA 4NF8A 1FQAA 2O1MA 3IR1A 1ELJA 3I3VA 1P1UA 4F39A 2DOJA 4G8HA 3E4RA 4LQ2A 4O3BA 1MH4A 3JYRA 3OOAA 3FJMA 4GXSB 3T9HB 2OLBA 1II5A 4LZ5A 3WAEA 3U92A 3RGYA 5CI5A 3SERA 4ZEIA 1WVJA 3VXBA 4NMYA 4GD5A 1YPNA 2I0BA 3O66A 4ELOA 3FVOA 4DXUA 5L8DA 2OWSA 2BJJX 4DLDA 2DWAA 5FHMA 1A8EA 1B0HA 2RC7A 4G68A 2Z8EA 5DVFA 1I6BA 4ONYA 3T9XB 3T66A 2QS3A 1SD3A 2O7IA 3G7WA 4E0XA 3SEXA 1QKBA 3Q29A 3K1NA 2F6GA 3SKPA 1LAFE 4BDLA 4PFTA 2R71A 3K00A 2FNCA 5TP9A 3PUZE 4F2OA 2V84A 4OEVA 5ICQA 3T9VA 2DXYA 4POXA 5HPQA 3IX1A 1O64A 3PV0E 4R6YA 4FAJA 5AA2A 4F1VA 4KPTA 4G68C 1B5JA 3C36A 2ZXTA 4RPOA 4M1VA 5DTBA 4KCCA 4HCYA 5L9SA 2XD3A 3F11A 1URGA 2HFBA 4ISUA 4KFQA 4GWOA 4ZE9A 5TPAA 4G8NA 2YLNA 5I2NA 3HV1A 1MXZA 1N7WA 5IAIA 1ATGA 2A5TB 4Q30B 4R72A 4C0RA 1QUKA 2F36A 4WEDA 3K2DA 1BKAA 3M3FA 2B3BA 3HHFA 3TFLA 4YKJA 4R6KA 1Y1ZA 1MQDA 1BP5A 3HN0A 4RNSA 4KCDA 1N04A 2DE2A 3TDJA 4TLMB 3O97A 3DLNA 4C1UA 3RTFB 2HZLA 4X9TA 2HCAA 5K2XA 3IJXB 2V3QA 2E1SA 3G3KA 2I6EA 1MXVA 4G8MA 2I58A 1UTBA 4F3SA 1FTLA 3VVFA 4IO2A 3EHUA 1IQ7A 3TEPA 3P7IA 1DSNA 4ZE8A 4I1DA 4ESWA 4R73A 1PB8A 2Q2CA 2ZYMA 2DWHA 3IAZA 3BKIB 4FORA 4QFOA 3LSXA 1T0KA 3RLFE 4BLAA 4H5GA 1QVSA 2XXQA 2D3IA 3BBRA 5JEIA 2F7BA 4YB7A 3IO6A 1P1OA 3EHTA 4RK9A 1IXCA 4MBPA 3RTWB 2X26A 2UYEA 5AE4A 2RF1A 3RQTA 3VLUA 4H8IA 3IOTA 5H8FB 1IXIA 1LAHE 3GXAA 2F8DA 1PDAA 1AOVA 1MDQA 4NF8B 3MJNA 3TCGA 1HSLA 3G3IA 1MDP1 1I6QA 4U1OA 3D4GA 2PMSA 4IO7A 2W7YA 4LA9A 1R9QA 1TWYA 2B3FA 4H65A 1N76A 5H8NB 1EZPA 3T22A 1DPPA 4HCWA 2QMWA 3OEMA 1PB7A 4R2BA 3FXRA 1MRPA 4RA1A 1US4A 2RCBA 2QPQA 2NXOA 1P1QA 3FJ7A 3RUMA 4NE4A 4DXBA 2PT1A 3PD8A 3FXQA 3C31A 1B2HA 4G68B 2PBWA 4NWCA 4EQ7A 2FA7A 3TELA 3U93A 3IK6B 1IEJA 2YPNA 4GL0A 1RKMA 3CSBA 1FTMA 3KOTA 1AL3A 2OWTA 2Q2AA 3H6UA 1D3KA 2QSXA 2RC9A 3KFMA 3KGCA 4ZEDA 4X1DA 4TQUQ 2ONKE 4XIGQ 1FQBA 1JW1A 1ZU0A 2DSFA 1SDXA 3VE1B 2RC8A 3C32A 1ZTYA 3E9XA 1B3GA 1JVXA 5KZTA 4JWOA 1B7ZA 5AA2B 3WAFA 4MLVA 3OO7A 4PP0A 5F7VA 2G93A 2QRYA 5I59B 2Z8DA 3LSFB 3LC8A 4QF9A 4JSOA 1MPCA 3HSTA 4XKQA 4FE8A 3OENA 1SI0A 4PE5B 2QS2A 3S2VA 1AIVA 5I2NB 2LAOA 1UTHB 2UVIA 1PBPA 5H8HA 1TT1A 3KN3A 3K0VA 4ELRA 1USYE 5M2VA 1MPBA 1NNTA 3FXUA 2GFEA 1EH3A 3V89B 1A99A 1DTZA 2VD2A 4Q5TA 3S9EA 5KDTB 4AQ4A 2XD2A 4P0IA 4EF1A 4H8JA 4YU0A 4F1UA 3QAXA 3TCFA 2PT2A 1B32A 3R6UA 3TTKA 1IXHA 3CIJA 5J1DA 3EF7A 1Z7NE 4KQPA 3IB2A 1S7YA 1JEVA 5JK4A 2DYXA 1FTOA 2REGA 2ZYKA 1NH8A 3D4CA 1VFDA 1PB9A 2ALUA 5I58A 1O7TA 3V8XB 3MP6A 3S9LC 4JB7A 3H3GA 3K6UA 2GHAA 3K6XA 1PBQA 2HQ0A 3PMVA 4KI0E 5I56A 4OMBA 3ZKKA 3VXCA 1IUDA 1UIVA 1POY1 3IJOB 1MXUA 4FECA 5ITOA 4F18A 4U4XA 3ONMA 2XXXA 3IB0A 4OVJA 3TKDA 2A5SA 3IOVA 2H98A 3MP1A 3Q25A 4ZEFA 4QHQA 4X1BA 4DCYA 3TMGA 2Z23A 2Y7IA 4U21A 4BDMA 3E13X 2OBGA 4EXKA 4U2RA 3KJ7A 1NKXA 1XC1A 3KN7A 1URSA 1R1NA 3G3GA 4OQOA 4RPNA 3KSJA 1NH7A 1NNPA 1RYOA 3DELB 2ABHA 5K2YA 3QIMA 1B0LA 4ND9A 3CRBA 4U23A 2P0SA 1SW5A 1N7XA 4F2QA 4EQBA 4ECFA 1JEUA 1FQFA 1NMUA 3FATA 4N13A 3OELA 3PUXE 3C34A 4YICA 2Z8FA 4DXCA 4IGTA 1Y4TA 1NNFA 2F78A 4DCXA 2XXYA 3O6IA 4GL8A 3CFLA 5EHMA 4KYSA 4GF8A 3K6VA 1P1NA 3TTRA 4JWYA 4X48A 4IY6A 4RK2A 5FTHA 4NF4B 4FEBA 1B58A 3LUYA 1ZLQA 4IY5A 1BIYA 2ONRA 3O2AA 3C9HA 4GQOA 2XXPA 4NTLA 2O68A 2O84X 1TXFA 2UYFA 3C35A 2I4BA 4HW8A 3K6WA 3ODBA 3EPEA 5H8HB 1N0TA 4MF3A 1NL5A 1QUJA 1LCFA 2ESNA 3MBPA 4KYDA 3T9UA 5H8QA 3MUQA 1OVBA 3AXFA 1B1XA 2AL5A 2B65A 4WEPA 3EHSA 1SW4A 4TOZA 3A3CA 1NFTA 2G29A 1IIWA 1B46A 1TFAA 1B3LA 3TPAA 4HTGA 3SESA 1LFIA 1LAGE 2DWIA 4EF2A 2NUVA 4H67A 1SBPA 3PPNA 3N94A 3RN8A 2Y7WA 2HAUA 1R9LA 4DE8A 2NOOA 3VFJA 2I49A 3M8UA 2XXWA 3TTNA 5IKBA 1LAXA 2QS4A 1LBBA 3K02A 4ZDMA 1O63A 5DEXA 3IOWA 2PYYA 2UVHA 2XXVA 1M5EA 4XXUA 3JZJA 4EUOA 1B7HA 4QFPA 1JETA 3CFZA 1GV8A 2X7QA 4U4SA 5I56B 3LSWA 5LOMA 3T93B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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