2Y7RA

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
molecule tags Transcription regulator
source organism Burkholderia sp.
total genus 63
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7rA02
1SBPA 2ABHA 2XD3A 2Z8FA 3OENA 2B3FA 3IOVA 4R73A 4F2QA 3W15C 4XIGQ 5H8HB 2KLFA 1XT8A 1MQIA 4NE4A 3PUYE 3THIA 4XKPA 2P1SA 1SI0A 4NF8B 1B40A 4R75A 1UQWA 2ZNTA 2FYIA 4JSDA 2A5TA 4I8CA 1USYH 1JNFA 2GHAA 4WEDA 1NNFA 1XHYA 3ECRA 1S7YA 3TTNA 3PU5A 3G3HA 4LQ2A 4MFIA 3MPLA 4OXVA 1LSTA 4M1VA 3MZBA 3DP8A 4R6HA 3MVZA 1LAHE 2XXWA 5JK4A 1QVSA 3H03A 3C31A 2QMWA 1FTOA 1MY0A 4Q30B 5ITPA 2AIXA 4F1UA 1B3LA 3HN0A 3PMWA 4H0WA 4G8NA 3VV5A 2DVCA 2RC8A 4E0XA 4IO5A 4QSEA 2I4BA 1SD3A 3QAXA 3U8QA 2ZYNA 2QRYA 3GBBA 3KSXA 2Y7PA 2F5XA 1AIVA 2RC7A 2REJA 3MUQA 3W9WA 2Q2AA 4RY1A 4PETA 3T93B 2A5TB 1NKXA 1I6QA 3MWBA 4OENA 4FE8A 2O68A 3PPOA 1H43A 4F2OA 2X26A 1LAXA 4RNSA 4G4PA 3QYTA 5FHNA 5EHMA 3VLWA 4EXLA 3KZGA 3USDA 3PGFA 4IY5A 2ANJA 1IITA 1B3GA 1P1OA 1VFEA 1QKBA 3MQ9A 4XTCQ 2A5SA 1DPEA 2XX8A 2PT2A 3CI8A 3IOTA 5L9OA 3PUWE 3I6VA 1BIYA 2XXXA 5I59A 1LCFA 3DM0A 4F3GA 3KBRA 3UORA 3MZ9A 3T66A 1FQDA 1QKAA 3QXMA 3CR9A 4U4XA 2Y7IA 4TOZA 3KJTA 3IR1A 4GXAA 2F6GA 1DTGA 5CMMA 3TEPA 4H5FA 3FJGA 2DE2A 5DVJA 4EQBA 1MG1A 4EDPA 1LB9A 3EHUA 1P1WA 4R72A 1SW2A 1M5EA 2XXYA 3PPQA 4KI0E 2ZMBA 1B3EA 4KD5A 4M4GA 4EQ9A 2H99A 3IB1A 2O51A 4Q0CA 3C35A 4ESXA 1Y20A 2ONRA 1Y3NA 4BDNA 2NWJA 2YPNA 1S9TA 4LP2B 4MH5A 4PE5B 2Q8JA 3VLVA 2QJEA 5TP9A 5F7VA 1B46A 3BKIB 3K6WA 1VSOA 5I59B 4QFPA 5FHOA 2FA7A 1T0KA 2V84A 2VOZA 2DXYA 3G3JA 2NVUB 4IO2A 5AA3A 2O7UA 3RY3A 1H3DA 1A55A 4E0WA 1B58A 2PT1A 3CVGA 1MDP1 2REGA 1B2HA 4JDFA 2UYFA 1N84A 4BDRA 3GXAA 1Z7NE 2OJTA 2DS9A 4QFLA 2HEUA 3N6TA 4DLDA 2QPQA 3K1NA 4GQOA 3RGYA 3FXUA 5K2XA 4EQ7A 2V93A 3O9PA 1PDAA 3R26A 3ZKKA 2GHBA 5BWJA 2RC9A 3FUZA 3OEKA 4KYSA 4P11A 1N0TA 3TODA 1PB9A 1ZU0A 3FVKA 2VP1A 1MQDA 1MH3A 2OWSA 2O84X 3U92A 5TP9B 3PUVE 3Q28A 3T9VA 4IO6A 4YMBA 4QF9A 1HSJA 3MPKA 2F6PA 2PYYA 3Q29A 2XXIA 1MM6A 3TUSA 3CFLA 4O3BA 2F36A 1GGGA 4LATA 3S2VA 2O6AA 2UVHA 1GTKA 2F78A 5L9SA 2P0SA 4AB5A 1OIBA 2Z8EA 1Y1MA 2UVIA 4PFUA 3RT6B 3ZSFA 3S4UA 3RTWB 3JYRA 4DZ1A 1MY3A 1AL3A 1N3XA 2DP8A 4GD5A 3TTRA 4QSCA 4YKIA 1MQJA 4OESA 2B3BA 3L6HA 5TU0A 4U1ZA 4U23A 5ISUA 3T9HB 3H6WA 2DE3A 2D3IA 2VHAA 3RT8A 1IXHA 3UN6A 5JEIA 3VLUA 1AMFA 4QFKA 2D21A 4F19A 1MXUA 1JETA 2I3VA 4XKRA 1N3WA 2ZYOA 2HXWA 2R9JA 4QRZA 1GV8A 2GH9A 1Y4CA 3LSLA 1WODA 3K2DA 2F7CA 1NH8A 2HAVA 4GFRA 5HPQA 1PBPA 3E13X 4KYEA 1NH7A 5ELVA 3FV2A 4ZECA 4GOTA 5CC2A 2M8CA 3S9LC 4OQOA 3N26A 3ZS6A 4YKKA 2I4CA 2YJPA 1URDA 1B3HA 4GVOA 3KN7A 1VR5A 1ANFA 1XVYA 2ALUA 4LONB 2I49A 3I5OA 4LA9A 4HTGA 2Y7RA 4IGTA 4QFNA 1URGA 4H67A 4F39A 1AOVA 5F1QA 4OMBA 3O6GA 4R9GA 4KHZE 2NOOA 3S9NC 3N94A 2F34A 3E9XA 5DYHA 4WEPA 1ZLQA 3BFUA 4THIA 1MXYA 4PFWA 1BTJA 3IOWA 1Q35A 1R6ZA 1JQFA 1LFIA 4POXA 1QUKA 5I57A 4U2RA 1P1NA 2ONSA 4QFOA 3HHGA 1MY4A 4FATA 4POWA 1JVYA 4R6KA 1XOCA 1ZTYA 1F9BA 2RCAA 5DVIA 3IJXB 4C1UA 1QW0A 5JTYA 4YAHX 4RPOA 1M5BA 3CSBA 4ZZAA 2HZKA 3SEYA 3G3GA 1OQGA 1QUIA 3SDFA 4JWXA 4G2ZA 1XC1A 4OETA 1CB6A 1KWHA 5AA2A 5CMBA 3KJ7A 1H44A 4ELOA 1SW5A 5IKBA 3MVWA 3TDJA 5I84A 1QULA 4GIZA 4GF8A 4X1BA 3CFZA 1B5HA 3T96B 1FTJA 4RYAA 3GLBA 2V3QA 3CG3A 4OHNA 3RQTA 1TXFA 4JB7A 3TMGA 3GBAA 4IO7A 4G77A 5DEXA 4N6PA 1B4ZA 1URSA 2Y7KA 1OVTA 3O66A 1BLFA 1TFDA 1SVXB 5I57B 1ZIUA 1OLAA 1LAGE 4ESWA 1POTA 3ODBA 4XKNA 1MM7A 5JTYB 2RINA 2PX1A 2ZXTA 4LZ8A 1PB7A 3E3KA 1JVXA 2UVJA 4OTEA 4QHQA 3SESA 3IL1B 5HBCA 4DCXA 3B7DA 1SYIA 2AL5A 2I0CA 1R9LA 5AA2B 3ZKLA 4G68A 4RJZA 3H6UA 1H76A 1Y1ZA 1TFAA 3KOSA 1JW4A 5CM6A 3UIFA 4RK2A 3O6HA 3TTKA 3TTLA 3TELA 4FECA 3GZGA 1SI1A 3MZ1A 1H45A 1B4HA 4HCWA 3PUZE 3Q26A 1SDXA 4ONYA 3FIRA 3T9XB 3EHTA 3V8XB 3R6UA 3LC8A 5H8SA 1XS5A 3L6GA 3G3KA 2QSXA 4H1XA 4I1DA 4NWDA 4P0GA 4FEBA 3LSXA 3CRBA 4LZ7A 3UA8A 3JV9A 2NUVA 2IEEA 1OMPA 3PUXE 3SEWA 1A99A 4YU0A 1MDQA 1J1NA 2THIA 2DWHA 2X7PA 3V83A 3FATA 4AB6A 4N13A 4KR5A 1XVXA 1TWYA 1I6AA 4TQUQ 4G68B 4NWCA 5K2YA 4BDOA 3IJOB 4KCCA 1MS7A 4PP0A 2G93A 4ELQA 4KYDA 3QIMA 3DP6A 3KEIA 1TT1A 4C0RA 4GWOA 1N7XA 4OVJA 5AA1A 3WAEA 2XX9A 3TCFA 1B0LA 1LCTA 2DWJA 2Q9TA 1A8FA 2XD2A 1EU8A 2RCBA 2AL4A 3VFJA 2DOJA 3D4CA 2XHDA 4LZ5A 4TLMB 4H6DA 1PC3A 3FASA 4R74A 4WXJA 4OERA 4PFTA 4Q5TA 2V25A 3C32A 1Y3PA 1O64A 4R2BA 3SEUA 3MP1A 4Q8RA 1IXIA 4IO4A 2QS2A 3HPIA 2I3WA 2YLNA 4ZE8A 4H8JA 5CBRA 4IO3A 4OEUA 2OK2A 5AA2D 1NNKA 1MRPA 4R9FA 3CSGA 4ISUA 3O6IA 4KCDA 1POY1 4NF6A 2F35A 1ZMGA 3TCGA 1DSNA 4DDDA 3G3FA 4AQ4A 1II5A 2PBWA 2E1SA 5HM4B 3FD3A 4ZS9A 1ZBMA 3P7IA 3B6QA 1SYHA 3U93A 3C34A 5L8DA 2PVUA 4G8HA 3WAFA 3KG2A 2HFBA 3U72A 3DELB 4YZZA 5I56A 1I6BA 4KPTA 1NNPA 3K01A 4IGRA 1D4NA 4O3AA 1S50A 1DTZA 4XXUA 4ZEKA 3VVDA 2VD3A 2O1MA 2IA4A 3N6UA 4IY6A 3A3CA 4ZE9A 1YCJA 3D4GA 4U1OA 1UIVA 4OFJA 2XXUA 2HQ0A 1MY1A 4DE8A 3DLNA 4X1DA 3G7WA 1DMBA 3HHFA 3LUYA 2ZYMA 4YICA 3IO4A 2Z8DA 4MF3A 5KDTA 4R2FA 4NF6B 1B5JA 2UXAA 3DP4A 3K4UA 1Y4TA 3M3LA 3H3GA 4F22A 3MVXA 1US4A 3K00A 3MJNA 4H65A 4YKPA 3FXRA 2W7YA 3PV0E 1P99A 5DT6A 4YMAA 2H98A 2FNCA 4FAJA 3T22A 4NF4A 1MXWA 2O7IA 2ZNUA 3IX1A 5I56B 2R6GE 2DE4A 3I3VA 5AE4A 4OWDA 3ILUB 3LR1A 3H4ZA 4MBPA 4GRKA 4C1TA 4OYVA 4XKQA 5H8FA 1B1XA 3OMBA 5CMCA 2XXTA 4JWYA 5CMKA 5H8QA 2BJJX 1IQ7A 1LLSA 1IXGA 1NNTA 1EZPA 4ELRA 2O69A 5FTHA 4X9TA 3O97A 3SKPA 4F18A 4NMYA 1D9YA 4ZDMA 4U22A 1M5FA 3W9VA 5KDTB 3MBPA 4I9DA 1Y3QA 3MP6A 2GFEA 3PPRA 1A40A 4G68C 4R6YA 1LFHA 1CE2A 4ND9A 1IUDA 4N07A 3TQWA 3VVFA 3A09A 3PMXA 3H7MA 4I62A 5EYFA 2AYSA 1LGBC 2I0BA 1MXXA 4NF4B 2Y7WA 5CI5A 3VE1B 3SEVA 2DWAA 3Q27A 3PD9A 3OO8A 4GL0A 3EHSA 3S9MC 2VD2A 4ZEBA 4BDMA 3H6TA 4LUBA 1GVCA 5H8FB 3ONMA 1VE4A 3K0VA 4IB2A 3TPAA 5H8NA 3IORA 3QSLA 1ZJLA 3LSFB 3UK4A 1RYXA 5H8QB 3BFTA 3A3UA 1A8EA 2G29A 1R1NA 3TAJA 2XXHA 3O28A 4Z0IA 3N5LA 3U1OA 1FQBA 2F7AA 1R9QA 4F31B 3LBSA 1YPNA 1FCKA 4H5GA 4YB6A 2DQVA 1IIWA 1HSLA 3PMVA 1FW0A 3OO6A 3HO7A 1PBQA 3OOAA 5AA4A 3TKDA 1EZ9A 4HW8A 4EF2A 1I69A 3K6UA 3KSJA 3MVYA 3U94A 3IOUA 4P0IA 3CFXA 4F1YA 1FTMA 1SW4A 1FQCA 2OCUA 4LVQA 1MY2A 2D5WA 3E4RA 4JSOA 1A54A 3B6TA 4NF5A 3QUJA 3V89B 1DOTA 5FHMA 3KFMA 2LAOA 3MP8A 3Q25A 1N7WA 1MPCA 2ESNA 5H8NB 4UA8A 4F1VA 1RKMA 4FEDA 4RA1A 2QS4A 1BKAA 2NXOA 1US5A 4MLVA 4F29A 2I48A 2DVZA 3RLFE 3H6VA 3TZAA 3SERA 3BBRA 5ICTA 2OWTA 3OD7A 1UTBA 2ZNSA 1P1QA 2XXVA 3G3IA 2H9BA 4OFLA 5AA4B 2R71A 4F3PA 4ZEFA 2DSFA 1PEBA 3HSTA 4JBZA 5DTBA 3IK6B 4YB5A 2B65A 2O1LA 3CG1A 3OELA 1MXVA 3OEMA 5TPAA 4NF5B 1NFTA 5DEXB 2RF1A 2DXRA 1MXZA 2XXQA 4GL8A 4RK9A 3C36A 1IEJA 1M5CA 5A5XA 4LQ5A 4F3SA 3K6VA 3JZJA 3EQ1A 5ICQA 1QUJA 1HSEA 3EN3A 1LBCA 1RYOA 4ZZEA 4OEVA 4RPNA 1B32A 4DCYA 3R7XA 5DVFA 3PD8A 3C33A 1SQYA 3FGSA 4RXLA 2XXRA 1UTBB 3MW0A 4HCYA 4K3FA 3H06B 1BP5A 4U4SA 1L5TA 1B5IA 3O2AA 2XX7A 3C4MA 5BUUA 1B3FA 1MH4A 5B7DA 3TYHA 5TPAB 4OFOA 1UIUA 1B7HA 3PPNA 3KN8A 4PQJA 5KCJA 3RPWA 1B05A 3KOTA 3SETA 4ELPA 1Z7ME 1FTLA 3OXNA 2Q89A 4GXSB 5A5XB 4OZ9A 5CBSA 3QUFA 4BLAA 1N04A 4F3BA 1P1UA 1LBBA 3K1PA 5ITOA 4WKMA 3SEXA 2RKMA 5FTIA 2HCAA 4PFYA 2V3TA 4YB7A 4HS7A 1EZOA 1B7UA 1GR2A 3VVEA 3IO6A 1D9VA 2P2AA 1OVBA 1UTHA 4O3CA 4DXCA 3RNNA 2OZZA 4FIMA 2VGQA 1SW1A 2ONKE 3TQLA 2UYEA 1LFGA 1MPBA 4TLLB 5L9MA 3HV1A 1DPPA 2GRVA 4DXUA 1JW1A 2H4IA 3QK6A 5M2VA 2X7QA 1EH3A 2QMXA 3FVGA 5KCJB 3KN3A 1ELJA 3EPEA 1AH5A 1Q1KA 1OQHA 1B52A 2UVGA 2Q88A 1B6HA 1PB8A 5J1DA 2F8DA 3AXFA 3TCHA 3O29A 3IAZA 4ZEIA 2V3UA 3FZVA 1UTHB 1Y9UA 3B6WA 4EXKA 4DXBA 3EF7A 3UGWA 1NL5A 2HZLA 4EF1A 5I2KA 3K6XA 1B1HA 1QJMA 3KGCA 3MAMA 2OLBA 1N76A 1VFDA 2CMOA 4KQPA 3UP9A 4ZEDA 3FXQA 4BDQA 5CRYA 2F97A 1FQAA 3ILTB 3FVNA 1JEUA 1NMUA 3C9HA 1ATGA 1LAFE 4UACA 2DWIA 3CIJA 3LSWA 3TTMA 5I2NA 3VDFA 1M5DA 2H5YA 2QS1A 3OO9A 4KFQA 3M8UA 5I58A 3M3FA 2QL3A 1FTKA 3K1MA 1IXCA 4EUOA 1YAEA 4MLQA 2PMSA 2OBGA 4NEDA 4U21A 2I6EA 1WVJA 1MPDA 3K02A 3PPPA 2QS3A 5I2KB 3OSQA 2ZYKA 3OO7A 1YTVA 4BDLA 1USYE 3RUMA 1LB8A 1A7LA 3T9UA 2Q2CA 5H8HA 3TFLA 4JWOA 2Z22A 3FV1A 4G8MA 2I58A 4QSDA 4NF8A 1FQEA 2WKYA 3HCQA 2Y84A 5KZTA 5B70A 1D3KA 5IAIA 1IZ1A 1MQGA 4YKJA 2H25A 1O63A 2CZLA 2XXPA 1B0HA 5I2NB 5EHSA 3S9EA 3V5AA 4H8IA 4JXIA 2HAUA 1O7TA 4FJPA 5I58B 1FQFA 2Z23A 1ZKBA 4DIGA 1B9JA 3FVOA 4Z7EA 1WDNA 5LOMA 1OLCA 3F11A 3VXCA 4FORA 2E0SA 1JEVA 3VXBA 3OSRA 4X48A 3IB0A 1JW5A 1MQHA 4NTLA 3FJMA 2F7BA 1B7ZA 3FJ7A 1B51A 3IB2A 4L17A 2DYXA 3M3KA 4ECFA 4GLIA 3RN8A 3MC2A 3RTFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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