2Z8EA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with galacto-n-biose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
total genus 142
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA02
4MBPA 1F9BA 3KEIA 3O6IA 1URGA 1QUIA 4KD5A 4FE8A 2V25A 1B05A 4U22A 1Z7ME 1Q35A 5F7VA 1B1HA 3PUVE 3LC8A 2E0SA 1GVCA 1M5DA 3FJMA 2QMXA 2ZNUA 2ABHA 4GXAA 5DTBA 3D4CA 4GL0A 3I3VA 3PV0E 5B7DA 1B32A 4NF6A 5EHSA 1R6ZA 1DPEA 4M4GA 1USYH 4PE5B 4ZE8A 4UACA 1TFDA 3DLNA 4EXKA 1QUKA 2M8CA 2QRYA 2PYYA 3HCQA 4KR5A 4H8IA 3D4GA 5CBRA 2D21A 2DE2A 2VP1A 3ILTB 1EH3A 3H6VA 3FV1A 2XXUA 4G4PA 1MXZA 4TLMB 2F78A 2ZYOA 1M5CA 3SEVA 3VLWA 3TDJA 1LB8A 1B3FA 3UP9A 4H5GA 5TPAA 5IKBA 5I2KB 4Z0IA 3KFMA 3O97A 4IO7A 3MP6A 1N3WA 3THIA 4F18A 4IO6A 4NF8B 2ZYNA 3C34A 1ANFA 4QF9A 1IIWA 2DWJA 2IEEA 3CIJA 3CSGA 3RUMA 5FHMA 3VVFA 3PPRA 3U8QA 4JWYA 1AIVA 4I8CA 3TTKA 2OBGA 2HZLA 4F3PA 2B3FA 1GR2A 4G68B 1MM6A 5I59A 3N6UA 4C1UA 1IXCA 4ESWA 2I3VA 1A7LA 4KYDA 4F3GA 1QVSA 3TPAA 4Q5TA 2XX8A 4H8JA 4DIGA 4JXIA 3TQWA 1H3DA 4I9DA 5HPQA 4GLIA 1I6AA 3IOTA 3QK6A 1USYE 3W9WA 4BDOA 4I1DA 2RC8A 2Y7KA 3OEMA 2XXPA 5J1DA 4K3FA 4OESA 3V89B 3RTWB 3IOVA 3I6VA 4G2ZA 4MFIA 1B5HA 3VDFA 3RT6B 1D9YA 3IR1A 4WXJA 4OWDA 2UVHA 2R9JA 1T0KA 2I49A 2NXOA 4MF3A 2KLFA 3IOUA 4LP2B 2RINA 1JW1A 5HBCA 5TP9B 4GFRA 4YKPA 4DCXA 2GH9A 3PGFA 2RC7A 3OXNA 3B6TA 1LGBC 2X26A 4HS7A 1EZ9A 2P1SA 2Y7PA 3K1MA 4QSEA 3LR1A 5BUUA 3EPEA 2YLNA 1Y3QA 2F7AA 4OFJA 3PPPA 4ECFA 3RLFE 2QL3A 3UN6A 1A8FA 1JW5A 1NNTA 2A5TA 2OLBA 1B5IA 3K6WA 1SI0A 2H99A 1M5FA 1MY3A 1JQFA 2GHBA 4DZ1A 2F7BA 3RY3A 3K1PA 2DE4A 3RT8A 1P1WA 4LQ5A 3HHGA 4ZEBA 4IGTA 2VD2A 1OLCA 2YPNA 2FNCA 3GLBA 2QSXA 2XXVA 4BDRA 1URSA 4NWCA 1TFAA 3TCGA 5I58B 1OVTA 2OJTA 3JYRA 5I56A 3OSRA 1NMUA 1FW0A 2ZXTA 2XHDA 1MXWA 1JETA 2PMSA 1BTJA 1I6QA 3C32A 1FTKA 4KYEA 3N94A 1S50A 5LOMA 5CMMA 4ZZAA 5FTHA 1B58A 4WEDA 1DPPA 1ZKBA 3FXUA 4AQ4A 1B46A 1SVXB 4OERA 5H8QA 1MQHA 2XXHA 4IGRA 3MVXA 4RK2A 2HAUA 1FQCA 4HW8A 3W15C 3MP1A 5ICTA 2REJA 3TELA 3IORA 3EN3A 2LAOA 3FATA 4OVJA 5FHNA 3HHFA 4G68C 4AB6A 1PB8A 5CRYA 1B40A 2O51A 4YB7A 2QS3A 3FVOA 3KG2A 4NF4B 1FQDA 1GGGA 3UGWA 5H8NA 5A5XA 4ONYA 1LB9A 1MS7A 3SESA 3KN7A 2AL5A 3G3IA 1FCKA 3RN8A 2DSFA 4POXA 1O64A 4H65A 4ISUA 4OEVA 3CFXA 4GD5A 2X7PA 2Y84A 1UIUA 1MDQA 2Z8EA 1LAXA 5DEXB 1GTKA 3H6UA 3KOTA 3OD7A 3V5AA 2V3TA 5L8DA 1HSJA 1IXIA 1SI1A 4QFOA 3CI8A 3IK6B 3H3GA 4QSDA 3ZKKA 3V8XB 1I6BA 1NKXA 4C1TA 4R9FA 2O7IA 5AA1A 3M3LA 4EXLA 1OVBA 1IXGA 3H03A 1P1NA 3KN3A 1MXUA 3L6HA 1Y3NA 1FQEA 5ELVA 3K2DA 1PB7A 1RYXA 2DP8A 1D3KA 2VD3A 4IO5A 4E0WA 3LSXA 4GIZA 1N7WA 1SDXA 3MBPA 5DVJA 5KZTA 3CVGA 2THIA 5K2YA 5H8FB 4XIGQ 4EF1A 4ZZEA 1MXYA 1OMPA 1Q1KA 4Q0CA 3ODBA 4RNSA 5CBSA 4H6DA 5H8SA 4IO3A 3T9XB 2B65A 2DE3A 3OO8A 4IO2A 3T9HB 3TCFA 2Z22A 2ZMBA 1PBPA 3OO6A 1B52A 3QXMA 4RPOA 1B7ZA 1A55A 1XHYA 2ZYKA 3C36A 3IAZA 4R2BA 1A99A 1JVXA 3S4UA 2DQVA 3FJ7A 2RCBA 4MLVA 1B3GA 2NOOA 4F29A 4RYAA 3VLVA 4HCYA 1QKAA 1Y3PA 3FD3A 3SKPA 4LZ8A 3E9XA 1QUJA 4AB5A 4BDNA 2V3UA 4KCCA 2I58A 4OETA 2UVIA 3M8UA 3CRBA 3N5LA 1LBCA 5M2VA 2FA7A 3TKDA 4YB5A 2GRVA 1A40A 1B4ZA 3EHUA 3FV2A 4G8NA 3LBSA 1B0LA 1Y1ZA 3G3HA 1B4HA 3O66A 4OZ9A 1BLFA 4ZE9A 1MRPA 1ATGA 1QKBA 3SEWA 2UXAA 4YMAA 3DP8A 1DMBA 5TP9A 3CG1A 4P11A 1R1NA 4LVQA 3PPOA 2UVJA 2HQ0A 3I5OA 5I2NB 3HO7A 4R9GA 1R9QA 3KSXA 2ZNTA 4ELQA 3ZS6A 3GZGA 1UTHA 4R6YA 5CC2A 3H4ZA 1Y4TA 1ZU0A 3O29A 4GQOA 1VFEA 2D3IA 1ZTYA 2DVZA 4OTEA 3FZVA 1OQGA 1IITA 2ZNSA 3DP4A 4F1VA 2O1LA 2I3WA 1SW1A 4EF2A 1NFTA 3MZBA 3KSJA 3TZAA 3KBRA 1UTBA 2ANJA 4YZZA 3E13X 1BP5A 3QUJA 2W7YA 1POTA 3Q27A 2FYIA 5JTYB 3IJOB 3MZ9A 4F39A 3SERA 4JSDA 2DWIA 2D5WA 3PD8A 3CSBA 5DYHA 4THIA 2I4BA 1SBPA 4KI0E 3U72A 3U94A 3GBBA 3O6GA 5AA2A 3Q26A 1Y1MA 1AL3A 3CG3A 4X1DA 2VGQA 4NF5A 4LUBA 3A3UA 5F1QA 1DOTA 2OWTA 2QMWA 1XVXA 2VHAA 3BFUA 1RKMA 1Z7NE 2RCAA 2ONRA 4F31B 4XKNA 3PUYE 2DOJA 4O3AA 3R6UA 2O69A 4ELPA 4X1BA 4XKPA 3O6HA 3VFJA 2E1SA 3EF7A 5H8HA 2NUVA 5CM6A 4DE8A 4F22A 3C4MA 5AA4B 1B6HA 2XX7A 3PD9A 5I57A 3Q28A 3KN8A 3LUYA 4KCDA 3VXBA 4JBZA 4YU0A 1NNPA 3UIFA 3HSTA 4DCYA 4NF6B 1MXXA 1JEVA 1MY0A 4EQ7A 4DDDA 5L9OA 2Q2AA 4F3SA 4POWA 4R74A 3V83A 4N07A 2AIXA 1DTZA 5K2XA 3EHSA 3QSLA 1P1OA 4LZ5A 1OLAA 4JSOA 4NEDA 3O9PA 2OWSA 2GHAA 4FJPA 3T9UA 4U23A 3VE1B 1UIVA 3QUFA 4U2RA 3QYTA 1J1NA 4YMBA 2XXWA 2F5XA 5TPAB 1JW4A 5L9SA 1M5EA 5EHMA 1LAHE 5IAIA 4ZECA 1LFIA 3G3KA 3QIMA 5KDTA 2B3BA 3TFLA 3GXAA 1BIYA 3VVEA 3OMBA 2ESNA 4XKRA 3CR9A 3K6VA 3AXFA 1O63A 1OIBA 2R6GE 3S9EA 5AA2D 3IL1B 3OO7A 1ZJLA 1MY4A 3BBRA 3TCHA 1ZMGA 1R9LA 3EHTA 3C9HA 3EQ1A 4PP0A 2RKMA 5I59B 2REGA 3TYHA 2UYFA 1BKAA 3PPNA 3R26A 2DVCA 2ONKE 2XD3A 3S9LC 4MH5A 4U1OA 5CI5A 1B3LA 1A54A 1XOCA 4L17A 2HZKA 3WAFA 3PUXE 4EDPA 1EU8A 2Z8DA 5KCJA 3JV9A 4N13A 5B70A 1QJMA 3IO6A 2HAVA 2IA4A 1NNFA 3RNNA 1MQJA 2V3QA 1N04A 1MM7A 3VVDA 4BDMA 2DXRA 3H7MA 2O7UA 2DYXA 3IJXB 4GXSB 2O1MA 4OENA 3TUSA 1N3XA 3C33A 3IO4A 3HPIA 3FXRA 1II5A 4H0WA 3M3KA 1WODA 2HXWA 3C31A 1FQAA 1MH4A 1WVJA 3WAEA 3ECRA 1NH8A 3MZ1A 1L5TA 4YAHX 5TU0A 3MPLA 1EZOA 4ESXA 1SD3A 1MDP1 2H4IA 2P2AA 1KWHA 3IB1A 4NMYA 2A5TB 2GFEA 3L6GA 3TQLA 3K6XA 5FHOA 1URDA 2WKYA 2PX1A 1H45A 2F36A 2I6EA 4NTLA 2XXTA 3MJNA 3TEPA 1I69A 1MG1A 4RY1A 3VLUA 4FATA 1DSNA 1POY1 4G8MA 3E3KA 4PQJA 2Q8JA 3UORA 4U4XA 3SEYA 3TTLA 3R7XA 2PBWA 3LSLA 1ZBMA 5I2KA 3RGYA 4QSCA 1M5BA 2F35A 4KQPA 3ONMA 5I56B 1B7HA 3K00A 1IQ7A 4R75A 1ELJA 1XT8A 2PVUA 4R2FA 4TOZA 1N76A 1MH3A 1NL5A 4R6HA 4NF8A 4RJZA 4RK9A 3B6WA 1FTLA 4X9TA 1MPDA 4ELOA 1SW4A 3FASA 2X7QA 1YPNA 4JB7A 4WEPA 4RXLA 3OO9A 3HN0A 3DM0A 4JDFA 4XXUA 2XXXA 1B2HA 4Z7EA 4G68A 5H8QB 5CMBA 3TODA 3LSWA 1B5JA 4H1XA 5DVIA 4LA9A 2F34A 4QFPA 4P0GA 1VR5A 2DS9A 2Y7IA 1FQFA 4I62A 4YKJA 2Q88A 3Q29A 2OCUA 2Q89A 2DWHA 3T66A 1LFHA 3S2VA 4YICA 1XS5A 4GL8A 2G93A 2ALUA 3T93B 1SYHA 4BDLA 1CB6A 1PDAA 3JZJA 3OEKA 4TLLB 3H6TA 5AA3A 3A09A 3FJGA 4U21A 2AYSA 5AA4A 5H8NB 1CE2A 4QRZA 5A5XB 2RF1A 2UYEA 3MC2A 3FIRA 4ZEKA 4FORA 1LLSA 5EYFA 2VOZA 2DWAA 4YB6A 1B9JA 1B0HA 4QFNA 1JVYA 1MPBA 1IZ1A 2HCAA 1JEUA 5HM4B 1PB9A 1YTVA 1IEJA 3HV1A 4E0XA 4OEUA 5ISUA 4N6PA 1B7UA 3T96B 4ZDMA 3LSFB 5I84A 4G8HA 1NH7A 1Y9UA 1PEBA 3MPKA 4KFQA 4KPTA 2CMOA 1MY2A 1Y4CA 1OQHA 4U1ZA 1B3HA 3K02A 3S9NC 1US4A 4H67A 3BKIB 2QJEA 2ZYMA 3SEXA 2XX9A 1A8EA 3PPQA 3PMXA 4FIMA 3T22A 4PFYA 2HFBA 3RPWA 4H5FA 3OSQA 4IB2A 4F1UA 4JWOA 3T9VA 2OZZA 3MVZA 1LCFA 1N7XA 2F6GA 4NE4A 1VE4A 3MVYA 1ZIUA 1B3EA 1JNFA 3MAMA 3ILUB 3IB2A 4FECA 5I58A 3PUWE 3S9MC 4GWOA 1MXVA 4LONB 5L9MA 1AH5A 3RQTA 4XTCQ 3G3GA 4F2QA 1IUDA 3IX1A 3TAJA 5DVFA 3OENA 4MLQA 3CFLA 1B51A 1MPCA 1DTGA 2H98A 1S7YA 3W9VA 2XXYA 1FQBA 2Z8FA 1QULA 4HCWA 4FEDA 2H5YA 1VSOA 4IY6A 3KJTA 3P7IA 3K6UA 2XXRA 1SYIA 4U4SA 4XKQA 4F19A 3TTMA 1NNKA 3TTNA 4JWXA 3SDFA 1PC3A 2V84A 3TMGA 2Q2CA 4EQBA 3SETA 2I48A 4G77A 2PT1A 2DXYA 4NF4A 1FTJA 2I4CA 2O6AA 3B7DA 5FTIA 1XVYA 5CMCA 4ZEIA 1TWYA 4IY5A 2QS4A 1PBQA 1LAFE 3ZSFA 4OYVA 3PUZE 5DEXA 3A3CA 3RTFB 1LAGE 1TT1A 1UTHB 4R6KA 1D4NA 1Y20A 3QAXA 1LBBA 1MQIA 3MUQA 4ZEFA 2YJPA 2OK2A 4BDQA 3U92A 3DP6A 3UK4A 1ZLQA 4OFOA 2P0SA 4YKKA 5DT6A 2XXIA 3FVKA 4Q30B 4LZ7A 2I0CA 3K4UA 1IXHA 1UTBB 3USDA 1H76A 4NWDA 4KYSA 1GV8A 3KGCA 1HSLA 1QW0A 2Q9TA 3FUZA 1YCJA 3M3FA 4GVOA 4KHZE 4ND9A 3KOSA 4DLDA 3FXQA 3G7WA 1RYOA 4QHQA 1FTMA 3MVWA 3K1NA 4GRKA 4OQOA 4RPNA 3MWBA 5ITOA 2RC9A 3OELA 3GBAA 3PMVA 3FVNA 5AA2B 5H8FA 4PFTA 1YAEA 3G3JA 1TXFA 3Q25A 4P0IA 2XD2A 1US5A 4QFLA 1P1UA 1P1QA 4PETA 4NF5B 1AMFA 2F7CA 2G29A 4GF8A 1MQGA 3F11A 3E4RA 1WDNA 3C35A 3TTRA 3FGSA 2H9BA 1SW2A 4OFLA 5H8HB 4C0RA 2F97A 1SW5A 1LFGA 5BWJA 5I57B 2F6PA 2QPQA 4HTGA 5JEIA 3VV5A 2QS1A 1AOVA 4OMBA 2UVGA 2A5SA 4FEBA 4LATA 4YKIA 3H06B 1MQDA 3CFZA 3O2AA 1XC1A 5JK4A 3IOWA 4DXUA 4F1YA 3N6TA 1D9VA 3BFTA 2NWJA 3K01A 4OHNA 4F2OA 4PFUA 1S9TA 4ZS9A 3DELB 4R72A 4O3CA 4TQUQ 2QS2A 3PMWA 3MW0A 3U1OA 3SEUA 4O3BA 2Y7WA 1UQWA 3H6WA 1VFDA 2NVUB 4UA8A 4EQ9A 2AL4A 2R71A 1P99A 4RA1A 2Z23A 2PT2A 4ZEDA 3IB0A 2O68A 3G3FA 2O84X 1H44A 4DXBA 5I2NA 3O28A 3UA8A 4WKMA 1LCTA 4R73A 3OOAA 4EUOA 4FAJA 3KZGA 5KDTB 4LQ2A 1HSEA 4IO4A 3B6QA 1SQYA 4Q8RA 3KJ7A 3VXCA 2H25A 3MQ9A 1O7TA 3K0VA 1H43A 4GOTA 2Y7RA 5CMKA 2V93A 3N26A 1B1XA 4F3BA 4X48A 5ICQA 3U93A 3FVGA 1MY1A 3ZKLA 3MP8A 1LSTA 2BJJX 5JTYA 1N0TA 4PFWA 4ELRA 2F8DA 1EZPA 5ITPA 3PU5A 4DXCA 4BLAA 1FTOA 2CZLA 1N84A 5KCJB 2I0BA 2HEUA 4OXVA 2ONSA 4M1VA 5AE4A 4QFKA 2XXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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