2Z8FA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-tetraose
Total Genus 146
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
146
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
total genus 146
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA02
5F7VA 5AA3A 1B58A 1R9QA 3KSJA 4R2BA 3TQWA 1A40A 4C1TA 1XC1A 4Z7EA 3CG3A 1OLCA 5I2NA 4TOZA 4LZ5A 4XTCQ 2V84A 2ESNA 5KCJA 3KFMA 3TTKA 1RYXA 3JZJA 2AL4A 4Q30B 3T66A 2ZYMA 5ITOA 5I59A 1B7ZA 2B3FA 1DTGA 5KDTB 1SI1A 2ZYOA 4POWA 2LAOA 2GFEA 2F7CA 1H76A 3PMXA 4YU0A 3SKPA 4PFUA 2D5WA 3USDA 3O6HA 1CB6A 4GXAA 4DE8A 2Z22A 1S50A 1B7UA 1MY4A 2HQ0A 4ZZEA 3T93B 3EPEA 1IXIA 2QS2A 1VFDA 3K02A 1MDP1 3MW0A 4KYEA 4R74A 2XXIA 4H5FA 3H6VA 4WEDA 4GL8A 4LQ5A 1GV8A 2VHAA 1ZIUA 4JSDA 4ZE8A 1A99A 4HCWA 2DVZA 1SBPA 3Q26A 5CBSA 2XXPA 3K1MA 4X1BA 1LB8A 1I6BA 2NVUB 4XKNA 3E9XA 3VLVA 4I8CA 4PFYA 3IO4A 4GOTA 4U4XA 4LQ2A 1JW1A 5JTYA 1LAXA 4OFJA 3KBRA 4FATA 4AB6A 3IAZA 4C1UA 1AH5A 1M5CA 4C0RA 5AE4A 4ZEIA 1UTHA 1XS5A 4BLAA 4OZ9A 1SW2A 4F1UA 1WODA 4PE5B 3KN8A 1O64A 1SW4A 2F34A 2Y7WA 1ZJLA 1LCFA 4XKPA 2Q89A 3L6HA 1R9LA 4GWOA 4YKPA 1MY1A 2VD3A 3MQ9A 3TEPA 2Q2AA 3C31A 3M3FA 5AA2B 2NWJA 3RPWA 4YMAA 3MAMA 2RC9A 4PFWA 1M5DA 2F97A 1USYH 4M1VA 4DCXA 3C32A 4H8JA 4IO3A 4OENA 3IK6B 5TPAB 3TKDA 1MY2A 1PB8A 3D4CA 2RCBA 3KN7A 4IGTA 4QSDA 1SVXB 1US4A 2O68A 5FTIA 4ESXA 4M4GA 5CMBA 1OMPA 2DWHA 2UVJA 3N26A 3VDFA 3H7MA 1FTLA 2NUVA 4IO5A 3U1OA 1BP5A 1HSEA 1ZU0A 5I58A 3MJNA 4THIA 2QS3A 4BDLA 5K2XA 4YAHX 3N6UA 4JWOA 3H6UA 1MXUA 3AXFA 3G3JA 4P11A 1LFGA 4QFLA 3GBAA 3HSTA 1UTBA 2XXRA 3DP4A 3QYTA 3T9VA 4KCCA 5F1QA 4XXUA 4OFLA 2ONRA 5M2VA 1JEVA 2F7AA 2V93A 1SD3A 3V89B 3KN3A 5H8NA 1TT1A 2F78A 3LSXA 3N94A 1QULA 4ND9A 3TZAA 3OSRA 3U92A 4EUOA 1IZ1A 1SW1A 1AIVA 3S9LC 4BDRA 4IY6A 1NNKA 2F7BA 1A8EA 4X9TA 3M3LA 5I2KA 1P1OA 2I6EA 1B5IA 3G3GA 2OLBA 3IL1B 1S9TA 3IOWA 3EHSA 2ZXTA 2OBGA 5EHSA 4TQUQ 1BTJA 1LSTA 2D3IA 2I58A 1YCJA 1LBCA 5L9MA 3QUFA 1B32A 2DYXA 4OWDA 4TLLB 1Y9UA 5KZTA 3R6UA 4FAJA 4RPOA 3UN6A 4NF5B 1MM6A 1MXXA 2GRVA 4YB6A 5K2YA 1TWYA 3LSFB 4H67A 1XHYA 3MP8A 4QFPA 2F5XA 3C36A 2O6AA 4RY1A 3ODBA 1Y3PA 2REJA 3SEUA 1OQGA 3I5OA 2OWTA 4YKJA 5FHNA 4YKIA 1QJMA 4ZS9A 4ESWA 4EQBA 1EZ9A 1P1NA 4XIGQ 4QFNA 2HAVA 4XKQA 1NH7A 3SEVA 3TYHA 1UQWA 2O51A 5H8HB 3CSGA 3W9VA 3ILTB 3H3GA 2X7PA 3DP6A 1B1XA 2I4CA 1A8FA 1QKBA 4NE4A 3VE1B 3HN0A 3FJGA 5TP9B 1D3KA 4ZEKA 3VXCA 4FJPA 4IO7A 1DPPA 1Y3QA 4F3GA 3RT8A 3PU5A 3SETA 5KDTA 5HBCA 3FXUA 1B3FA 2NOOA 4H0WA 4MH5A 2H99A 3EN3A 1IITA 3LR1A 3MP1A 4HTGA 4ZE9A 3GLBA 1B3GA 1VE4A 1MPDA 1JVXA 2R9JA 5EHMA 5CC2A 1MY0A 2QRYA 1FQDA 2XXVA 1LAHE 4ISUA 3S4UA 3U72A 4RNSA 2GH9A 2F35A 5HPQA 1B3EA 2I0BA 1ZMGA 4O3BA 2Z23A 2I49A 1B05A 2O69A 3R26A 1S7YA 4R6HA 3FZVA 4WEPA 4BDNA 1SQYA 1TXFA 3QSLA 2X26A 2ZMBA 2THIA 1IXCA 1O7TA 1FTKA 5L9SA 3IB0A 3IJXB 4JDFA 4U21A 3C35A 4P0IA 1N7WA 1GGGA 4OVJA 1B1HA 2XXHA 5DEXB 3QXMA 1RKMA 4F1YA 2O84X 2I3VA 3K6WA 1EH3A 2QMWA 5A5XA 5DVFA 1VFEA 4GRKA 5I57B 4ZDMA 3PUWE 2E1SA 2W7YA 3K6XA 2Y7KA 3IJOB 3EHUA 3OO8A 1JQFA 4I62A 1N7XA 1DOTA 1EZPA 3KOTA 4ZEBA 4KQPA 4YKKA 3K2DA 1QUIA 3CSBA 1PEBA 1B4ZA 3CFXA 1US5A 3ZKKA 1IUDA 2Y84A 2Q2CA 4AB5A 3FATA 3LBSA 2Y7RA 1LLSA 2P0SA 3DP8A 3MZBA 4EF1A 3MZ1A 5CBRA 3BKIB 2DQVA 1LBBA 4EDPA 3ONMA 3OELA 5AA2A 2DE4A 4ELOA 1I6AA 4F2OA 4KI0E 4N6PA 1N84A 4YICA 3H03A 4NF8B 2VP1A 4F18A 2BJJX 3QK6A 3RTFB 2AL5A 5HM4B 3TPAA 2XX8A 1A7LA 5H8FB 4LP2B 1MXZA 1BLFA 1IXHA 2V3TA 3VVDA 2M8CA 3VLUA 2YJPA 3M8UA 3Q25A 3DELB 2Z8DA 2PMSA 1URDA 3K4UA 1Z7NE 1XVXA 4KYSA 2KLFA 3QUJA 2OWSA 4IO4A 4E0XA 3OOAA 2HZKA 4X48A 1NH8A 2XX7A 1HSLA 3MZ9A 3TQLA 1OVBA 4HS7A 4AQ4A 2GHBA 5ISUA 2QS4A 4ZZAA 2Q88A 5BWJA 1B4HA 4R2FA 3C33A 2FYIA 3KEIA 4GFRA 2RC7A 3O6IA 3UK4A 2Y7PA 3T96B 4GL0A 2H25A 1P99A 4QSCA 1MXVA 3MPLA 4DCYA 1B5HA 2ZYKA 4RXLA 2UYFA 3IO6A 2Z8FA 3O2AA 3PUXE 1N0TA 2DWIA 1MG1A 3MPKA 3DLNA 3UP9A 2IA4A 2P1SA 4U22A 2RC8A 4BDQA 2UXAA 4BDOA 2UVIA 1BIYA 3RTWB 5DT6A 1B6HA 4F1VA 2XXXA 4FEDA 3THIA 3RQTA 4GIZA 2I0CA 3H4ZA 3ZKLA 5I56B 1B7HA 5I2NB 3FVNA 3S9MC 3O66A 4UACA 5J1DA 5KCJB 4WXJA 1M5BA 2PVUA 1Y1ZA 3GXAA 3OMBA 1AMFA 2XHDA 4TLMB 1GTKA 2ONKE 3HCQA 4QFKA 1RYOA 3K0VA 5B7DA 2H4IA 5I59B 2V3UA 1H44A 4KHZE 2ZNTA 3WAEA 2F6GA 5JEIA 4OEVA 2YPNA 3LSLA 4NF6A 1AOVA 5TP9A 3RUMA 3FXRA 3RT6B 2XXWA 4FECA 4OESA 1NKXA 4MFIA 3LSWA 3VV5A 3TELA 2QSXA 5CMKA 4OETA 2YLNA 1B0LA 1JEUA 4QSEA 4LVQA 2REGA 2I4BA 3L6GA 4H5GA 2O1LA 2V3QA 1VSOA 3MC2A 2A5TA 4G2ZA 3QIMA 4K3FA 1KWHA 1PB7A 2VD2A 2QS1A 3TDJA 4G77A 4RJZA 2Y7IA 4PQJA 4JWXA 4R6KA 1IEJA 5IKBA 1ZTYA 4G68A 1USYE 3W15C 4NEDA 4P0GA 4GD5A 4KFQA 2DE3A 3FVOA 4OFOA 5JTYB 4FIMA 3SESA 1ATGA 1EU8A 3PUZE 3QAXA 2R6GE 3RN8A 4ONYA 3SEXA 3FGSA 1LCTA 1UTHB 1GVCA 3IB2A 3V5AA 4DXBA 2XXYA 4U1OA 3RY3A 1I6QA 1OVTA 3FD3A 1NL5A 2DP8A 3Q29A 3WAFA 5I57A 1P1QA 2OJTA 3BFTA 3TAJA 4ECFA 1FCKA 1H45A 3ZS6A 3CFLA 3OD7A 1LB9A 1EZOA 3PPQA 1XVYA 4OERA 2Q8JA 3C4MA 1MQDA 1FTOA 3U8QA 1IQ7A 4EF2A 3U94A 3VVEA 4H1XA 5TU0A 3K00A 1DPEA 4DDDA 1NMUA 1SI0A 2PYYA 5FHMA 3UA8A 1YAEA 4R6YA 3GBBA 2ANJA 3O97A 1SDXA 3PV0E 3IORA 3E3KA 4F39A 1IIWA 1M5EA 2PX1A 5I58B 3U93A 3O9PA 5I84A 4ZEFA 3S2VA 3EF7A 3D4GA 1H43A 3FIRA 4IO6A 2FNCA 2XX9A 1FQFA 3KSXA 4N13A 4R9FA 3PUVE 2DWAA 3O6GA 4U4SA 4ELQA 1MS7A 3PMWA 2PBWA 2ZNSA 1DSNA 3ZSFA 1JETA 1MXWA 3CG1A 1WVJA 3HO7A 4MF3A 1OIBA 1LFIA 2DWJA 1MQGA 1DMBA 1PC3A 1B2HA 4LUBA 5IAIA 1FQEA 4HCYA 4MBPA 4L17A 3TFLA 2XXQA 3VVFA 3B6QA 4JSOA 4FORA 2UYEA 2UVGA 1IXGA 3FVGA 3VFJA 1UIUA 3LUYA 1II5A 1B51A 4PFTA 3FV2A 4YZZA 3TCFA 3N5LA 3OO9A 1VR5A 5BUUA 2DE2A 2QPQA 4Z0IA 1D9YA 3SDFA 3SEWA 4HW8A 5CRYA 3E4RA 4U2RA 3S9EA 4LONB 1LAFE 3SERA 4LZ8A 5H8QB 4I9DA 1FQAA 3IX1A 4FE8A 2HXWA 3B7DA 3K1PA 1Y4CA 1J1NA 1YPNA 3CFZA 1POY1 4GXSB 1JNFA 1I69A 2Q9TA 3MVZA 4OTEA 3G3FA 1TFDA 3TTRA 4G8MA 3JYRA 4H65A 3R7XA 1MDQA 2Z8EA 1NFTA 5I56A 1B3LA 4F3BA 4RA1A 3TUSA 2VGQA 2RF1A 3T9XB 4U1ZA 2RINA 1B9JA 2VOZA 1POTA 5TPAA 3HPIA 3BBRA 4QF9A 4MLQA 3TTMA 2H5YA 4ZEDA 2OCUA 3TMGA 2IEEA 3RGYA 3LC8A 4F3PA 3G3HA 1OQHA 1JVYA 2CZLA 4O3CA 4R9GA 2B3BA 2RCAA 3IR1A 4POXA 1LAGE 1P1UA 3CIJA 2D21A 2GHAA 4JWYA 4PETA 3H6TA 3HV1A 4NMYA 2ABHA 3BFUA 2ONSA 2HCAA 4EQ7A 1B3HA 3FVKA 1N3WA 3FASA 5AA4B 3MWBA 3IOUA 2F8DA 1MPCA 4KR5A 4WKMA 2DVCA 5AA2D 3SEYA 3PUYE 4R72A 1A55A 4MLVA 4ZECA 3IOVA 2P2AA 2XXTA 5DTBA 3MP6A 1XOCA 4YMBA 5FHOA 3C34A 4IB2A 4NWCA 1DTZA 2ZYNA 5A5XB 2DS9A 3TTNA 3CI8A 1Y20A 3RNNA 1A54A 3I6VA 4OEUA 3ILUB 1R6ZA 1AL3A 5JK4A 4NF4B 3MVXA 4N07A 3RLFE 1MRPA 3KGCA 2QMXA 3VXBA 3KJTA 4H8IA 2DXYA 2XD2A 2AYSA 3EQ1A 3K6UA 2HAUA 4NF5A 1NNPA 4RPNA 3O28A 2G29A 3IOTA 1FQCA 3ECRA 1XT8A 1FW0A 3CR9A 4OQOA 2OZZA 3PD8A 4R75A 1B46A 4F2QA 1M5FA 5H8HA 1N3XA 5CM6A 1MY3A 3T9UA 2H98A 3UGWA 1MXYA 4Q8RA 3V8XB 4JB7A 5B70A 3FUZA 4NTLA 2V25A 2NXOA 1CE2A 1MQJA 1L5TA 1D9VA 5FTHA 2RKMA 1B40A 1FTJA 4GLIA 4IY5A 1SYHA 4IO2A 4OHNA 4F3SA 1MQIA 3PD9A 1URGA 1MH3A 2XXUA 3MVYA 3KOSA 1ELJA 3PPOA 3O29A 2HEUA 2WKYA 3HHFA 4OYVA 2E0SA 5H8SA 1MQHA 4DLDA 1OLAA 5LOMA 3S9NC 4G68C 3A3UA 3A3CA 3OEKA 1NNTA 3T22A 4Q5TA 4GF8A 4OMBA 1NNFA 2F36A 4Q0CA 1JW4A 1URSA 3MUQA 4ELRA 1ANFA 3FJ7A 1Q35A 1UIVA 1H3DA 3KG2A 3EHTA 3E13X 5DVIA 1D4NA 2AIXA 4UA8A 1B5JA 1SYIA 3TODA 1QKAA 1HSJA 1T0KA 4QFOA 4LZ7A 4G8NA 4KD5A 4DXCA 4KYDA 4F29A 3M3KA 4O3AA 4BDMA 4NWDA 4X1DA 3P7IA 2QJEA 3OO7A 3PPNA 5DEXA 1MM7A 5DYHA 3V83A 5AA1A 1P1WA 2I48A 3KZGA 1Q1KA 1PB9A 3W9WA 4U23A 3OEMA 3C9HA 1N04A 1Y3NA 4GVOA 3G3KA 2H9BA 4DZ1A 5CMMA 2B65A 3OO6A 5H8QA 2I3WA 2HFBA 2HZLA 3I3VA 2O7IA 4G4PA 5DVJA 3OSQA 2PT2A 4RYAA 1MH4A 1PBQA 5ICQA 4FEBA 3B6WA 5CI5A 4RK2A 4GQOA 3CVGA 3CRBA 4H6DA 2QL3A 2ALUA 3GZGA 1FQBA 3UIFA 5ELVA 4EXLA 4NF6B 3TTLA 3A09A 3KJ7A 5L9OA 4NF8A 4KPTA 4YB5A 1Y4TA 3MBPA 5L8DA 5ITPA 2DOJA 2X7QA 3FV1A 1LGBC 4RK9A 1B0HA 1YTVA 4EQ9A 2O1MA 3G3IA 2UVHA 3H06B 4DXUA 5CMCA 1Y1MA 1BKAA 3TCGA 1UTBB 5H8FA 4G8HA 3IB1A 1QUKA 3K01A 2A5TB 3PGFA 4R73A 1PDAA 2R71A 3VLWA 3TCHA 4KCDA 5H8NB 5EYFA 4EXKA 4F31B 1FTMA 3OENA 5ICTA 2OK2A 3F11A 3HHGA 4F19A 1QW0A 3FXQA 2DXRA 2DSFA 1ZBMA 2XD3A 5AA4A 2CMOA 3N6TA 4G68B 1JW5A 1ZKBA 4JBZA 5I2KB 2O7UA 4QHQA 2ZNUA 3JV9A 1ZLQA 3FJMA 4IGRA 3H6WA 1B52A 3MVWA 3K6VA 3PPPA 4OXVA 3DM0A 3PPRA 3T9HB 1N76A 3K1NA 3G7WA 1Z7ME 4PP0A 1LFHA 3Q28A 4LA9A 4F22A 1MPBA 4I1DA 1QVSA 2F6PA 4YB7A 3Q27A 1O63A 1PBPA 2PT1A 2G93A 3UORA 1QUJA 1WDNA 4JXIA 1R1NA 1GR2A 4ELPA 2FA7A 4QRZA 4LATA 4DIGA 3OXNA 3B6TA 1F9BA 4NF4A 2A5SA 3PMVA 4E0WA 1SW5A 1TFAA 4XKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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