2Z8FA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-tetraose
Total Genus 146
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
146
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
total genus 146
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA02
4BDNA 2Y7RA 1FQEA 1H44A 5I56A 4R9GA 3PU5A 2PX1A 5AE4A 2DOJA 2QJEA 3K02A 1IQ7A 4KFQA 1LAGE 4H5FA 5AA4B 5I59B 3UGWA 2F6GA 2OJTA 4C1TA 2ESNA 1CB6A 1B4ZA 3FV1A 5ICTA 1QKAA 4OYVA 4RYAA 4FJPA 1A54A 3N5LA 1FTLA 1N76A 4JSDA 3U8QA 1VFDA 4ONYA 3R26A 4NTLA 2UVJA 3PPRA 4HTGA 5AA4A 1B4HA 5I59A 1TT1A 2KLFA 1AMFA 3OEMA 1DPPA 5HBCA 3MQ9A 1Z7ME 1PEBA 1B3EA 4GXAA 4IO7A 1D9VA 3B6TA 5CMKA 1EU8A 1B0LA 3Q26A 1YTVA 1FCKA 3H06B 5IAIA 4GFRA 1EZ9A 1D9YA 2F36A 4M1VA 2A5TB 1EZPA 1MQJA 2ABHA 1JW4A 1MQHA 1OLCA 3TQWA 2QSXA 1I6AA 2O68A 1RYOA 3OO6A 1FQCA 2FA7A 3TAJA 4OVJA 5AA3A 1OLAA 3U94A 3KFMA 4LVQA 1QULA 1JW5A 4THIA 3FJ7A 1UTHB 1M5FA 2HCAA 2A5TA 1IZ1A 2DVZA 4ESXA 4U4SA 2XX7A 3CSGA 3KOTA 4OQOA 2O7IA 1ZMGA 2V3TA 1LAHE 1WDNA 2VOZA 2ZNTA 3KJTA 1J1NA 4QRZA 3T9UA 2Z22A 2AIXA 1JETA 5CBRA 3O9PA 4MLQA 2O1MA 3HHGA 4C1UA 1UTHA 3DP6A 3CSBA 2HFBA 4RY1A 4POXA 1TFAA 2F7BA 4ZEKA 4OETA 1B58A 3SKPA 3M3KA 2RF1A 5F7VA 1RKMA 2V3UA 3Q28A 1P1WA 3VE1B 4FORA 3PD8A 1US5A 3QAXA 4YMBA 3LSXA 3H3GA 1DMBA 3MP8A 4KD5A 3GBAA 3LR1A 2Q2CA 3DM0A 4UACA 1FTMA 2XXRA 3QK6A 4MFIA 2REJA 3MZ1A 1B32A 5A5XB 3TCHA 1XS5A 3G3FA 3H6UA 4OTEA 4G77A 4FECA 2DP8A 2ZYNA 3HPIA 4G2ZA 3L6GA 2GRVA 3VV5A 5FTIA 5KCJB 2R71A 2GFEA 2ZYMA 5EHSA 3W9VA 5AA2B 1TFDA 4DXUA 2G29A 1OIBA 4R9FA 2PBWA 2ZMBA 3CRBA 2ZXTA 1I6BA 5A5XA 4XKRA 4NF8B 2RC9A 3OO7A 3VXBA 1SW1A 2NUVA 4F1VA 3IX1A 5KCJA 4KHZE 4G8HA 5AA1A 4M4GA 1IUDA 3QUFA 3RN8A 4H6DA 4ZZEA 4H1XA 1IEJA 2ONRA 4OENA 3HO7A 3TMGA 5DVIA 4U22A 4NF6B 4ZE9A 2DS9A 4NF8A 4F3SA 3A3UA 2H4IA 3GLBA 1H3DA 4XKNA 4FAJA 1NNTA 1D3KA 2H5YA 4OXVA 2Z8FA 3IK6B 3IL1B 1VR5A 5I57B 3UIFA 3KBRA 4JWOA 1ZJLA 4JDFA 3CI8A 4I9DA 4NF6A 3TDJA 4AB6A 4F3GA 4DE8A 3OD7A 1SDXA 1B05A 2WKYA 4XIGQ 5DEXB 1Y9UA 1MXYA 1YPNA 4PETA 3G3KA 3KZGA 5I57A 3PGFA 3LSFB 2UXAA 1BKAA 3B7DA 4BDOA 1GV8A 2V25A 1PBQA 3VVFA 3C36A 3OSQA 1RYXA 4JBZA 2Z8DA 4XTCQ 5DEXA 1Y1MA 4ECFA 4KR5A 1SD3A 4EXKA 3IR1A 5I58B 5M2VA 1P1UA 1H76A 5DVFA 2H25A 3BKIB 2Q2AA 2XXUA 4EQBA 3OOAA 5H8QB 1NH7A 4OFLA 2F5XA 3E3KA 3EPEA 3OXNA 2XXPA 1Y3NA 1POY1 3P7IA 4R6YA 3H6VA 3K6VA 1UTBB 5I58A 2DWIA 3S9LC 1DTGA 3K4UA 2YJPA 4E0WA 4GL0A 1L5TA 1MXXA 4GVOA 1IITA 5TU0A 3RGYA 5H8QA 3U93A 1LLSA 2XXYA 3TZAA 3TFLA 1SI1A 1DSNA 1LFIA 3DLNA 1PB9A 3E9XA 1UTBA 3KN3A 3K6UA 3DELB 2IEEA 2YPNA 2P1SA 4GRKA 1I6QA 4PE5B 4TQUQ 4G8MA 3S9EA 4GL8A 2O1LA 3RT8A 3N94A 2Y7IA 2Y7WA 1IXCA 3LC8A 1MY2A 3BFUA 3FV2A 4RPNA 1MH4A 1B5IA 1HSEA 2GHBA 4OEVA 3ILTB 2FYIA 5EYFA 5TP9B 5CMCA 4QFNA 4TOZA 2YLNA 2B65A 3IB1A 5JTYA 1B1HA 2DXRA 4Z0IA 1R6ZA 1ATGA 4GOTA 1IXHA 2I0CA 2F8DA 1N3WA 3M3FA 3ZS6A 3QSLA 4ELRA 4F22A 2PMSA 2Y7KA 4RNSA 4YU0A 2REGA 3KN7A 4ND9A 5H8SA 5TP9A 1SVXB 4NF4B 4OFJA 3SETA 4TLLB 5F1QA 3Q29A 4I8CA 5ICQA 3IORA 5CMBA 2ONKE 4FEBA 4DZ1A 4QFOA 5B7DA 2NOOA 2ZNSA 3QUJA 3THIA 1Y4CA 1MPCA 3A3CA 4Q30B 3VXCA 4PQJA 4KYEA 4ELPA 4NF4A 5ITOA 2Z23A 3UORA 2NXOA 3C4MA 3T9XB 5J1DA 4HS7A 3PPQA 4QSDA 4P0IA 4ZEDA 3Q27A 3FJGA 4EF2A 1B7ZA 4H65A 1B5HA 3PPNA 4AB5A 4X48A 1NMUA 2QPQA 1O63A 3WAFA 1M5EA 2CZLA 3GXAA 3FXUA 3GBBA 1USYE 1MQDA 3MPLA 1PB8A 3WAEA 3MPKA 4EUOA 5DT6A 1SI0A 1LBCA 3CIJA 5I84A 4ESWA 3G3JA 4NF5B 2OWSA 5B70A 4IO3A 4LQ2A 1DTZA 2RKMA 4OFOA 4TLMB 4L17A 1URGA 3EHTA 2DVCA 4YKKA 1H45A 1ZBMA 1MXUA 1B46A 4KCCA 4QFPA 3T96B 2QS1A 4RXLA 2PYYA 3OO8A 3W9WA 4R2FA 3H6TA 1S9TA 1N7XA 2OBGA 2PT1A 4C0RA 4DXCA 1GGGA 2XX8A 4MF3A 2XXHA 2XXXA 3KJ7A 4NF5A 4H5GA 2H98A 1OVTA 4LATA 3TTMA 1EZOA 5L9OA 3U92A 3I3VA 1S7YA 1OQHA 5HPQA 4U21A 4NWDA 4WKMA 1AOVA 3FVKA 1A40A 3K0VA 4YKPA 5CM6A 2XXVA 3PPOA 1VSOA 1XVXA 3SEYA 4RJZA 5FHMA 2P0SA 4P0GA 3G3IA 4X1BA 1MS7A 1B40A 3SEXA 2F34A 3H7MA 1QUIA 3FASA 5CRYA 3SESA 3UA8A 1URDA 3VLWA 2THIA 5CI5A 1KWHA 4IB2A 1QUJA 1XHYA 3K6WA 3HCQA 5FTHA 3BBRA 1LGBC 3ZKLA 1PDAA 4H0WA 3K6XA 3MAMA 3VLVA 1B51A 2XD2A 3PUWE 3TCGA 1Z7NE 3VVDA 2UVGA 2CMOA 1Y3PA 3EHUA 3TKDA 1HSJA 5BWJA 4U4XA 2RC7A 3F11A 4JWXA 1CE2A 2H99A 3TTKA 4YKIA 1M5CA 2OWTA 3C33A 2R9JA 2UYFA 4OESA 2F35A 1SYIA 3KOSA 3RY3A 2IA4A 3DP8A 1ZLQA 1R1NA 3PUZE 1MQIA 3OENA 3C32A 1FQBA 5BUUA 2F78A 4OMBA 3MWBA 4FIMA 1B9JA 3E4RA 5L8DA 5JK4A 3O6IA 1LFHA 2GH9A 3CFLA 5I2NB 3MUQA 5AA2A 1MH3A 4ZE8A 1MM6A 5K2YA 2VGQA 1LCFA 3SDFA 4F31B 4JSOA 3MVWA 4ELQA 4F18A 1NFTA 1LAFE 4RA1A 4H8JA 4R6HA 1T0KA 4GF8A 3C31A 2OK2A 1QUKA 3B6QA 4H8IA 3QYTA 4IO6A 2XHDA 3FXRA 5I2NA 1JEVA 3PUXE 4YICA 1LAXA 3HN0A 4YB5A 4EQ7A 1JVYA 1AL3A 4IGTA 3OEKA 3D4GA 1POTA 3KSXA 3RQTA 3O28A 1JNFA 2B3BA 5KZTA 3T66A 4LA9A 3ECRA 3D4CA 3TQLA 2Q9TA 1N7WA 3O66A 1WODA 3UK4A 3Q25A 2NVUB 3ZKKA 4EXLA 3RLFE 2I49A 4F2QA 5CBSA 2P2AA 4GLIA 4I62A 1MPDA 5CC2A 3IOTA 3SEWA 2RCBA 2HXWA 3RTFB 5H8NB 2VD3A 3MVYA 1YAEA 1JEUA 3FIRA 5ISUA 1Y20A 2ZYKA 1Y4TA 1I69A 4LP2B 3I6VA 5L9MA 3TTLA 1WVJA 5JEIA 4KYDA 1B7HA 2O69A 2OLBA 4RK9A 4MLVA 3PD9A 3TELA 3RUMA 4XKPA 1NL5A 5H8NA 3MBPA 3FUZA 3HSTA 4PFTA 1LBBA 1LB8A 1HSLA 3U72A 2F7CA 4MH5A 1FTJA 3L6HA 1N0TA 3O6HA 4I1DA 1PBPA 4O3BA 2M8CA 2QL3A 1XT8A 5H8HB 1MM7A 2F7AA 1N84A 1MPBA 4KCDA 1B3FA 3OELA 1N04A 2DE4A 3S4UA 2PT2A 3SEUA 1O7TA 1VFEA 2B3FA 3T93B 3MC2A 5HM4B 2XXWA 4WEDA 5L9SA 3OMBA 3S2VA 5I2KB 3B6WA 1D4NA 4DXBA 4OWDA 3N6TA 4Q5TA 3R7XA 5H8HA 1B2HA 4G68B 1B7UA 3SEVA 2RINA 3MVXA 4KI0E 1MXVA 2HEUA 1S50A 1LB9A 4FATA 1O64A 4U1OA 1ZKBA 4ZEFA 4QSEA 1IIWA 1R9LA 2Q89A 2ANJA 4WXJA 3UP9A 4GXSB 3PUVE 5H8FB 1F9BA 5I2KA 3JV9A 4QFLA 1UQWA 4GIZA 2E0SA 4LQ5A 4G68A 1QW0A 3IJOB 5K2XA 3H4ZA 5IKBA 2F6PA 3MP6A 3FD3A 3MP1A 3LSLA 3C9HA 1ZIUA 5H8FA 4LZ7A 4F29A 4IO5A 2X7QA 3TCFA 4U2RA 4F2OA 4UA8A 1FQDA 4R2BA 4MBPA 4Q8RA 3CR9A 4QFKA 4YMAA 1BP5A 4JWYA 2XX9A 4PP0A 1MQGA 4IY6A 2ONSA 2OZZA 4N6PA 1FQFA 1Y3QA 2UVIA 2RCAA 3MZBA 1UIVA 4ELOA 1M5BA 3IO6A 3EHSA 4XXUA 3G3HA 4AQ4A 1FW0A 1YCJA 4R72A 2VHAA 3K00A 2H9BA 4OHNA 2GHAA 3QIMA 4U23A 1NH8A 4H67A 2ALUA 1MY4A 3T9HB 1PB7A 3CVGA 3UN6A 1JVXA 4YAHX 4E0XA 3S9NC 4G68C 3V83A 3TTRA 1LFGA 3GZGA 2HAUA 4R75A 1SW5A 2FNCA 1QKBA 2D21A 1URSA 4JXIA 3VDFA 3TODA 3T22A 1B3GA 2Z8EA 3W15C 1GR2A 3MZ9A 1NNKA 3RT6B 3G7WA 3HHFA 2I48A 4ZEIA 4U1ZA 3LBSA 3FVGA 1P1NA 1ELJA 1XC1A 2O51A 4ISUA 1QJMA 4BDLA 4YB7A 1N3XA 2ZYOA 4DLDA 3I5OA 2I4BA 1DOTA 1MY0A 4EDPA 2V93A 2DSFA 2XXIA 3TYHA 1P1QA 3KSJA 3U1OA 4POWA 3QXMA 4YB6A 3FJMA 3PMWA 3JYRA 4F3PA 3N26A 1M5DA 3PMVA 2QMWA 2OCUA 1DPEA 3V5AA 1FQAA 5DYHA 4FEDA 1IXGA 1MXWA 2V84A 1Q35A 3K01A 1LSTA 5TPAB 1MY3A 2VD2A 1GTKA 3LUYA 2ZNUA 4ZEBA 3VFJA 3FXQA 1JQFA 1NKXA 3PUYE 4EF1A 2I3WA 3VVEA 2F97A 1B52A 3EF7A 5TPAA 4GD5A 4ZDMA 3V89B 3K2DA 4QSCA 1A7LA 4NE4A 1OMPA 3MJNA 4IGRA 3FATA 2Q88A 4R73A 4GWOA 1MDQA 2HZKA 4OEUA 4HCYA 4X1DA 5CMMA 2Y7PA 4ZS9A 4WEPA 1BIYA 4BDMA 1MG1A 2DXYA 3AXFA 4OZ9A 4Q0CA 1TWYA 5DTBA 5LOMA 1TXFA 4F3BA 1MDP1 1Q1KA 1B6HA 4OERA 3MVZA 3R6UA 2DQVA 1A99A 3FGSA 5ITPA 4IO4A 1EH3A 4G8NA 4F1UA 1XVYA 4QHQA 3O6GA 3G3GA 1NNFA 4KYSA 1OVBA 1A55A 3V8XB 4IY5A 4YKJA 1GVCA 3FVOA 2XXQA 1R9QA 4G4PA 2DWJA 2DWHA 3OO9A 3ZSFA 3FZVA 1Y1ZA 2AL5A 1P99A 4DIGA 2O84X 1UIUA 2Y84A 3PMXA 2R6GE 3TTNA 3K1NA 2AYSA 2QS3A 2I3VA 2DE3A 4LZ5A 1SW2A 3M3LA 4NWCA 2V3QA 5DVJA 1A8FA 1OQGA 2X26A 3E13X 1ZTYA 3KN8A 3IOVA 2AL4A 2QMXA 3TEPA 3VLUA 4LUBA 4DCYA 3PV0E 2DYXA 1FTKA 4BLAA 4ZECA 4FE8A 2LAOA 2HAVA 1USYH 1VE4A 2D5WA 3DP4A 4DCXA 1MRPA 3K1PA 1ANFA 4NMYA 4P11A 4NEDA 1AIVA 4KPTA 3A09A 4XKQA 3MW0A 3HV1A 4IO2A 4GQOA 2X7PA 3BFTA 1SQYA 3JZJA 3CG3A 3IAZA 1SW4A 1MY1A 4R6KA 4N13A 3H03A 2I4CA 2I58A 2O7UA 4YZZA 3IB2A 3KG2A 3SERA 1XOCA 1P1OA 4RK2A 4O3CA 2VP1A 2QS4A 3O97A 4LONB 3RPWA 1ZU0A 2G93A 1AH5A 3PPPA 1PC3A 4KQPA 4F1YA 2A5SA 2HQ0A 1B5JA 3C34A 3CFZA 3USDA 2UYEA 2UVHA 2D3IA 3OSRA 2I0BA 4EQ9A 3ONMA 5KDTB 1JW1A 3S9MC 1MXZA 3KEIA 3IO4A 3TUSA 4LZ8A 3T9VA 3O2AA 3FVNA 3IOUA 1B1XA 2XXTA 2BJJX 4O3AA 1BLFA 3CFXA 2I6EA 1B3HA 1US4A 3RNNA 3H6WA 2O6AA 3IB0A 5KDTA 1BTJA 1SYHA 4N07A 2E1SA 4RPOA 3N6UA 4JB7A 4DDDA 1II5A 3EN3A 4BDRA 1H43A 3TPAA 2HZLA 3ODBA 1NNPA 5FHOA 5JTYB 3M8UA 4BDQA 4PFUA 3O29A 2Q8JA 1IXIA 4PFYA 2PVUA 1B3LA 1QVSA 3KGCA 1SBPA 3IJXB 4Z7EA 4F39A 3LSWA 2NWJA 1A8EA 4X9TA 2DE2A 4PFWA 2XD3A 3ILUB 4HCWA 2DWAA 3CG1A 4R74A 4HW8A 5EHMA 4ZZAA 5I56B 5AA2D 3IOWA 1FTOA 3RTWB 2RC8A 1B0HA 3EQ1A 1LCTA 3C35A 2W7YA 2QS2A 4QF9A 5FHNA 5ELVA 4K3FA 3K1MA 2QRYA 4F19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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