2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
1M5EA 2HEUA 2P1SA 4BDQA 3IR1A 3FXQA 2O51A 5HM4B 1YTVA 2BJJX 1NH7A 4ZE8A 3UGWA 1T0KA 1UTHB 4F2OA 1QKAA 3QSLA 3TTNA 3C4MA 1FQFA 2DXYA 2VGQA 3QYTA 3OSRA 4LUBA 3MUQA 2Y7KA 3THIA 1PB7A 2RCAA 1ZTYA 4G8MA 2A5SA 1PC3A 4OMBA 3PPPA 5CRYA 1N3WA 2DXRA 2XXHA 4BDLA 1MY2A 1YAEA 3MPLA 1O63A 4EXLA 4ZS9A 2XD3A 2XXPA 1PB8A 1SDXA 2XX8A 5FHMA 3JZJA 3MQ9A 4F31B 2NVUB 5CMBA 1SVXB 4H1XA 3Q25A 1VR5A 1B4ZA 4U4XA 1OIBA 2O6AA 1FW0A 1B58A 4HW8A 3TKDA 1WVJA 2HAUA 3PMXA 4NWDA 3KN7A 1ZIUA 2M8CA 4BDMA 4JDFA 4IY6A 4DDDA 2ZNSA 3CFZA 1B4HA 3OO8A 2VP1A 1D9VA 4LZ7A 4NF8B 5JTYB 3K4UA 3S9NC 4FECA 4IO7A 1B0LA 4XKRA 1B05A 4G77A 3O6HA 3H6VA 1R9LA 1Y9UA 4ZDMA 3MC2A 4KPTA 2ZYOA 3FATA 1POY1 4F18A 3TTMA 2X7QA 4F39A 2UVJA 1B2HA 4G8NA 1BIYA 3H7MA 3TCGA 3FJMA 1JVXA 3FXRA 3CFXA 3O66A 2FNCA 3V8XB 2RKMA 4BDOA 3A09A 5L8DA 3K1PA 4RPNA 2LAOA 1MH4A 1IXHA 4G4PA 4BDRA 4QSDA 4NEDA 4YKJA 3U92A 4Q30B 1TT1A 1GTKA 2O1LA 3VXBA 1MXVA 3KBRA 4R2BA 1EZPA 2GH9A 3JYRA 3KN8A 4LA9A 4F1UA 2E1SA 1CE2A 3UIFA 4GWOA 4O3AA 3FV2A 1MQHA 4RK2A 4AB6A 3FUZA 3KJ7A 1N84A 3PV0E 3MVZA 2VD2A 1MQGA 4F3PA 4I62A 4ZECA 1H44A 4EQBA 3U8QA 1IIWA 1SYHA 3R26A 1FTJA 1Z7ME 1EH3A 4YMBA 3C34A 2QJEA 2QMWA 4XIGQ 5I57B 4H0WA 1B40A 5I2NA 5H8QB 4MBPA 4NWCA 3BBRA 3K6XA 1HSEA 1MS7A 2D3IA 4QFKA 2HCAA 5CM6A 1MH3A 3HHGA 2Q2AA 3TDJA 2ZXTA 3BFUA 3CRBA 2F6GA 4FORA 4F1VA 4OENA 4PFUA 2PBWA 2Q8JA 3EN3A 4FATA 5AA1A 3I3VA 2XXQA 1I6AA 2F36A 3WAEA 4OQOA 2A5TB 5DEXA 2B65A 2KLFA 3O9PA 1PEBA 1A54A 4I8CA 1D9YA 1LFIA 2O7UA 1SI0A 1ZBMA 1H45A 3N94A 3VVEA 4ELQA 1ATGA 1ELJA 3IOUA 4KYSA 4ZEKA 3IJOB 2QSXA 4LZ5A 5AA2D 2ZNUA 4GLIA 2OJTA 3CI8A 2O84X 3RLFE 3RPWA 1A7LA 4EUOA 3N26A 4YAHX 4YKIA 4G68A 4MLVA 2ZYNA 4OZ9A 3IO6A 4NF4A 2I4BA 1GGGA 1LBCA 3OEKA 2DSFA 4JSDA 1LAHE 1MDQA 1H3DA 1XT8A 5TPAB 4I9DA 1SI1A 3T96B 1HSJA 1N3XA 1YCJA 3W15C 1FTOA 1UTBA 2UYFA 1HSLA 1US4A 1MRPA 3ZSFA 3KOSA 4QFNA 4R73A 3FVNA 4GL8A 4K3FA 3C33A 1B5IA 1KWHA 3VLWA 2NXOA 3IB2A 2ONRA 3G3JA 4N13A 2O68A 4KCCA 5B70A 4NTLA 3S9EA 1DOTA 4XKPA 2I0BA 4C1TA 4R74A 2GHBA 1S9TA 3USDA 5I59B 4R75A 1H43A 4FAJA 2I4CA 1PBPA 2PT2A 1MPDA 4H65A 4LQ2A 5CI5A 2AIXA 5K2YA 2UVGA 2F97A 1N7XA 3SKPA 3DP6A 2GHAA 3FASA 5AA2A 3MZ9A 5ITOA 3MVWA 1IUDA 1ANFA 1I6BA 4KFQA 1XOCA 5L9SA 2I48A 3H3GA 2XXWA 2R71A 1MXYA 1EZOA 4POXA 2HFBA 3K1MA 3IL1B 4ZEFA 2NWJA 3SERA 2HZKA 4UA8A 1QUIA 1MY1A 2F8DA 4JWYA 3G3KA 3ODBA 2QS3A 4LP2B 4MFIA 2HXWA 2ESNA 3T9HB 2Z23A 1IXIA 5ITPA 1Y20A 5DT6A 5H8SA 2DWHA 2GRVA 2OZZA 4U4SA 1URDA 2P2AA 3FIRA 2ZMBA 4HS7A 4GQOA 3N6TA 4MLQA 3E9XA 2D5WA 3ZKLA 2QPQA 1D4NA 3TQWA 4F2QA 4ESXA 1OLAA 3PU5A 5AA4A 1IEJA 4JBZA 4U2RA 4ZE9A 3EHTA 2R9JA 4G8HA 5BUUA 1FTLA 3H6TA 4IO4A 3N6UA 2H99A 3M8UA 3HCQA 3L6GA 5DEXB 1TWYA 2DVZA 2REGA 5J1DA 5ELVA 3PMVA 4QFPA 4IO3A 5B7DA 3Q26A 2RC9A 5EYFA 4XXUA 1SD3A 3C31A 2X26A 2YPNA 4DZ1A 4Q5TA 1PDAA 4OVJA 3K1NA 3T66A 2XXXA 2E0SA 2F6PA 3VV5A 3PGFA 1SBPA 4OESA 4NF6A 3QAXA 4F19A 3TTLA 4GXAA 4RY1A 4XKQA 4G68B 5KDTA 1JEVA 1IXGA 4LONB 3PMWA 3T9XB 3K0VA 3UA8A 1Y3PA 3IK6B 1B3EA 4WXJA 3U94A 3H06B 1JW5A 1Q35A 2RC8A 1OVTA 5H8FB 4DE8A 4ELOA 2OCUA 2XX7A 2DWAA 3ILTB 1SW4A 1LB8A 5FTHA 1BLFA 4H6DA 1IITA 1Y3QA 3M3KA 1JNFA 5I58B 1R9QA 1PBQA 4RA1A 2F5XA 3B7DA 3SEUA 2Z22A 3ONMA 3CFLA 3H4ZA 4GXSB 2AL5A 3C9HA 4G68C 5K2XA 1P1QA 3MVYA 1B1HA 2I6EA 1A8EA 3KGCA 3KEIA 1QKBA 3O29A 4IY5A 2OWTA 4O3CA 4F1YA 3L6HA 4U1OA 3QUFA 3SEYA 4EXKA 4ZZAA 1OMPA 1XHYA 2Y7IA 4N6PA 5I2KA 3V5AA 2HAVA 4X9TA 5EHMA 3KG2A 3H03A 2DWJA 4OFJA 1B5HA 4RYAA 2F7CA 2I0CA 3TEPA 2OBGA 5I56A 2GFEA 5TU0A 3TYHA 3W9VA 2PMSA 3T22A 1NMUA 3VXCA 2QS2A 4QRZA 2VOZA 4WEDA 3PUYE 4FIMA 3OXNA 2Y84A 1MQJA 1JQFA 5TP9A 1B0HA 1JW1A 3P7IA 4HCWA 4PE5B 3PPQA 4PFYA 5CBSA 1NH8A 2Y7PA 1XS5A 4QHQA 1P1NA 1QVSA 2ALUA 5BWJA 1URSA 3N5LA 4JB7A 4KYDA 4QF9A 4TOZA 3VLVA 4Q8RA 4NF5B 1RYXA 2XXRA 4JWOA 3IJXB 1D3KA 2Q89A 1YPNA 1B52A 1DTZA 4Q0CA 4BDNA 4H8JA 3FJGA 3MP1A 3FGSA 3IOWA 5AA4B 5L9OA 2V25A 4JXIA 4GVOA 3O28A 3M3FA 5H8HA 2H4IA 3TTRA 4OEVA 4YKKA 3E3KA 3SESA 2H25A 2Z8FA 4THIA 5EHSA 3CSBA 4BLAA 2DYXA 2RC7A 4R9FA 1AMFA 2Y7RA 3IOVA 4KI0E 4POWA 4DXUA 5F7VA 2ONSA 3K2DA 1IQ7A 1LFGA 3VVDA 3HPIA 1DPEA 3SEWA 1BTJA 2ONKE 2DE4A 3K02A 3EPEA 1QUJA 4YMAA 1EZ9A 2I3WA 1P99A 3VE1B 1VE4A 3TELA 3RUMA 2P0SA 3QXMA 4RPOA 3VFJA 3R6UA 3A3CA 2NOOA 5KDTB 4PFWA 4IO5A 1FCKA 3RT8A 1ZMGA 3C35A 4ZEDA 1JEUA 2DQVA 4KCDA 4OERA 3RQTA 3RNNA 1I69A 4FJPA 3K00A 3PUXE 1NFTA 3C36A 4H67A 3G3FA 3CSGA 4HCYA 4F29A 5IKBA 4RK9A 1FTMA 1Z7NE 1J1NA 3O6IA 3LSXA 4PQJA 3IO4A 4QFLA 2PX1A 1CB6A 3D4CA 4KD5A 3QIMA 3IB1A 5FHOA 1USYE 1S7YA 4YZZA 4F3GA 4TQUQ 5CMCA 1MM7A 1GV8A 3OOAA 2OLBA 1FQEA 5F1QA 1N0TA 3IAZA 3Q28A 3EHUA 3M3LA 3TODA 3KFMA 4I1DA 1Q1KA 2NUVA 2RF1A 4H8IA 1ZU0A 2DVCA 4IB2A 5I2KB 3OMBA 4WEPA 4AB5A 2UVHA 3KN3A 2DOJA 3GXAA 4IGRA 4QFOA 2F78A 3EF7A 3VVFA 3MZBA 4KYEA 4EDPA 3IOTA 1WDNA 3LC8A 3B6QA 3A3UA 5CMMA 5HPQA 3PUZE 1B51A 2W7YA 4NE4A 2XX9A 5ISUA 4MH5A 5IAIA 1SW2A 4RXLA 1TFDA 1RKMA 1R6ZA 3IX1A 3T9VA 5LOMA 2IA4A 1MPBA 2X7PA 4DXBA 4EQ7A 2QRYA 5M2VA 4PFTA 1IZ1A 3KOTA 4E0WA 4NF8A 4YB6A 4DCXA 5JTYA 2O1MA 4QSCA 5FHNA 1LAFE 3WAFA 1LBBA 1ZJLA 3TFLA 2QMXA 3SETA 2CZLA 3LBSA 2UYEA 1NNFA 1WODA 2H5YA 3E4RA 4HTGA 3T9UA 3GBAA 4YB7A 1MG1A 4LVQA 4ZEIA 3RGYA 1NL5A 5DVFA 3EQ1A 3TPAA 2QS4A 2Y7WA 2F34A 1O64A 1S50A 3RTWB 4R2FA 2H98A 2I3VA 5I2NB 1VFEA 3MW0A 5H8HB 4JWXA 5KZTA 5A5XA 3PD9A 2XXTA 2UVIA 1LFHA 3HO7A 4P0GA 3JV9A 3GZGA 4JSOA 4O3BA 3Q27A 4U1ZA 4FEDA 3TUSA 4TLLB 1B3LA 1NNPA 1FQCA 4IO2A 3MAMA 3MP6A 1FTKA 3IB0A 5FTIA 1M5DA 1AH5A 1QULA 3KSXA 4ISUA 3TCHA 3G3GA 1US5A 3O6GA 3DP8A 3FV1A 5I57A 4E0XA 5DTBA 3FXUA 1B3HA 4OEUA 5CC2A 2XD2A 3MWBA 1A55A 4RJZA 4DLDA 1BKAA 3DP4A 3I6VA 4QSEA 4YB5A 1OLCA 1Y1ZA 5ICTA 2DE3A 4P11A 4YU0A 5HBCA 1SYIA 5KCJA 2AYSA 3K01A 1MXZA 3KJTA 4L17A 1AL3A 1F9BA 2Q2CA 2XHDA 2F35A 1MPCA 3FVGA 4FE8A 4EF2A 3C32A 3E13X 4GIZA 3CR9A 4NF4B 3SDFA 4C0RA 2V93A 2A5TA 3F11A 3LSLA 1LAXA 4YKPA 4GRKA 4F3BA 3Q29A 4OXVA 2VD3A 5AE4A 3EHSA 4ELRA 4IO6A 1UTBB 2XXYA 3U93A 2AL4A 4ESWA 3OO9A 1AOVA 2Q9TA 3TZAA 1M5CA 3OENA 3ZS6A 2UXAA 3DM0A 1UQWA 1II5A 4GOTA 4DCYA 5JEIA 3CG3A 1GVCA 4GFRA 1P1UA 4OHNA 3BFTA 4OYVA 3OSQA 4X1DA 2O7IA 3U1OA 3S9LC 4MF3A 4ELPA 1LCTA 4ECFA 5ICQA 4TLMB 2PVUA 3KSJA 4OTEA 3TAJA 4IGTA 5TPAA 3MJNA 4LZ8A 1BP5A 4Z0IA 1MY0A 5L9MA 3RY3A 2O69A 3ZKKA 2V3UA 2R6GE 1NNTA 3HHFA 5JK4A 3VLUA 5AA2B 3B6TA 1B6HA 1LCFA 2QL3A 1LLSA 3DLNA 3H6WA 3QUJA 3S2VA 4X1BA 1OVBA 4KR5A 2QS1A 1MY4A 3QK6A 2F7BA 3OEMA 4KHZE 1URGA 1MQIA 4U23A 5DVJA 5I59A 2V3QA 4M1VA 1DTGA 1TFAA 2DS9A 5DYHA 3VDFA 4U22A 3K6VA 5A5XB 2G29A 4AQ4A 3AXFA 3DELB 1LB9A 4GL0A 2B3FA 1DPPA 3MVXA 1AIVA 2RCBA 4OFOA 4P0IA 3H6UA 1Y3NA 4OETA 1EU8A 2CMOA 1FQAA 4H5GA 1P1WA 3I5OA 3LUYA 5CBRA 1A8FA 4F22A 1USYH 3FZVA 4ZZEA 1QUKA 3MPKA 4GF8A 1DSNA 3OELA 1A40A 2ZYMA 1B5JA 2V84A 3LSFB 3UN6A 4M4GA 1MQDA 4G2ZA 3BKIB 2B3BA 5KCJB 2ZNTA 2YJPA 4NMYA 1B32A 1Y1MA 3FVKA 1ZLQA 3ILUB 4NF6B 3G3IA 1XVXA 5H8NA 2OK2A 5AA3A 4PP0A 3TMGA 1NNKA 4F3SA 3UK4A 4R6YA 1B3FA 1DMBA 2PT1A 3LR1A 1MXXA 1SQYA 3SEXA 2YLNA 3S9MC 3KZGA 1TXFA 4EQ9A 2D21A 1N76A 4ONYA 1UTHA 1I6QA 4H5FA 4EF1A 1LAGE 3U72A 3ECRA 3T93B 1O7TA 1UIVA 3PD8A 1LGBC 2XXVA 3W9WA 4RNSA 4R6HA 4ND9A 1PB9A 2DWIA 1B1XA 2FYIA 4YICA 4FEBA 3RN8A 2F7AA 3PPNA 1L5TA 2OWSA 2DE2A 4KQPA 3V83A 4DIGA 1Y4TA 1H76A 1M5FA 2ANJA 1RYOA 1Y4CA 4Z7EA 3R7XA 3CIJA 1ZKBA 1JETA 2IEEA 4UACA 5DVIA 2RINA 3FJ7A 1N04A 3RT6B 3GLBA 3G3HA 3B6WA 1M5BA 4XTCQ 1UIUA 4R72A 1LSTA 5H8FA 3TTKA 1XVYA 3LSWA 3MZ1A 1P1OA 5I84A 3GBBA 4PETA 2H9BA 4WKMA 4U21A 4XKNA 3OO6A 3K6UA 2ZYKA 4X48A 1B9JA 2DP8A 1B7UA 5I58A 1B3GA 5I56B 3MBPA 1MM6A 1XC1A 3HSTA 2XXUA 4R9GA 3O97A 1GR2A 3G7WA 1N7WA 1MY3A 3PPOA 1B7ZA 5TP9B 2HZLA 2Q88A 3PPRA 4LATA 2VHAA 4C1UA 3UORA 1QJMA 3PUWE 1FQBA 1FQDA 2V3TA 1SW5A 3PUVE 3TQLA 2I49A 3UP9A 1MXUA 1R1NA 3HV1A 1MXWA 4ZEBA 3IORA 1NKXA 2PYYA 2XXIA 1VSOA 1A99A 3OD7A 3MP8A 1POTA 2ABHA 2WKYA 1QW0A 3K6WA 3HN0A 1SW1A 3CVGA 5CMKA 2Z8EA 4GD5A 3OO7A 4OFLA 3SEVA 1JVYA 4DXCA 2I58A 3CG1A 3FD3A 2G93A 3RTFB 1IXCA 2THIA 2FA7A 4LQ5A 4N07A 1MDP1 3D4GA 1OQHA 1B7HA 3S4UA 4NF5A 3O2AA 3V89B 1OQGA 4R6KA 1B46A 4OWDA 2REJA 2Z8DA 1JW4A 3FVOA 3TCFA 2HQ0A 5H8QA 1VFDA 5H8NB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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