2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
O2 (26-28)S1 (20-26)AH1 (31-47)S2 (50-56)TI1 (57-60)AH2 (60-68)3H1 (69-71)AH15 (335-345)EMPTYTVIII1 (75-78)S3 (77-81)TI'2 (270-273)AH4 (101-105)3H2 (82-84)AH3 (87-91)TIV2 (84-87)AH12 (306-316)AH11 (293-303)AH5 (109-115)S12 (262-265)AH9 (230-239)S4 (116-117)3H4 (249-251)TIV3 (116-119)S11 (242-247)S5 (120-121)TIV10 (225-228)S7 (132-136)TIV9 (202-205)AH10 (252-258)TI3 (137-140)TI2 (136-139)TIV4 (138-141)TIV5 (140-143)AH8 (206-221)AH6 (147-157)3H3 (160-162)S8 (165-168)TI4 (170-173)AH7 (177-183)S9 (189-190)AH16 (359-372)TVIII3 (187-190)TIV6 (191-194)TIV7 (192-195)TIV8 (193-196)S10 (197-201)AH14 (329-333)TIV11 (269-272)TI8 (287-290)TIV12 (290-293)AH13 (323-327)S14 (348-349)TI9 (353-356)3H5 (356-358)TIV1 (28-31)S6 (123-130)S13 (278-286)O1 (17-19)AH17 (377-395)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
3U94A 1P1QA 2E0SA 1SW1A 1H3DA 4ZE8A 4OENA 4WEPA 4X48A 2ESNA 4KCDA 3SEUA 3PUXE 1JW1A 4P11A 1ZBMA 4FATA 5TP9A 1R6ZA 4HCWA 3C4MA 4U23A 1XT8A 3PUYE 3TDJA 2DOJA 3TKDA 2VOZA 3TQLA 4O3CA 4GFRA 3TFLA 1MPDA 2FA7A 1YAEA 4XKNA 2XX8A 2O6AA 5L9MA 4MBPA 3CIJA 5CMBA 1URSA 2BJJX 2Q9TA 3CFXA 4QRZA 4U2RA 3BBRA 3RNNA 1USYE 5DEXB 4YKJA 4P0IA 1MPBA 1B05A 3UORA 5KDTB 1N3WA 1POTA 3T9UA 4BDNA 1D4NA 4GL0A 1PBQA 2RC9A 1B7HA 3ILTB 1FTLA 1IXGA 2O7IA 4OZ9A 4XTCQ 1HSEA 4AQ4A 1B2HA 3L6GA 1KWHA 3EHUA 3OEMA 5I58B 2I49A 1FQEA 5DTBA 5CMCA 3ONMA 3T9HB 1D9YA 3O28A 1QUIA 1UTHA 1RYXA 1Z7ME 1IIWA 2RCBA 2RF1A 3TTNA 4F19A 4F29A 2Q89A 2I3WA 1UIUA 3RGYA 3EHTA 2XXTA 4WXJA 2XXIA 4JSDA 3K1NA 3Q28A 1IZ1A 3FASA 4M4GA 1ZU0A 1LAFE 3KEIA 5B7DA 3ECRA 4ELOA 5JEIA 1B7UA 1JEUA 4FJPA 1VSOA 4TLMB 2Q2AA 5AA2B 4EXLA 1D3KA 2HFBA 2ABHA 2XHDA 4H67A 2DE3A 2H98A 5BUUA 1A8FA 5CMMA 2XXVA 4H65A 2RCAA 3GLBA 5B70A 2XD2A 2XX7A 4ZEFA 5HPQA 5H8NA 1DTGA 4H1XA 3DLNA 5ITOA 5H8FB 4NF6B 4R6HA 1SBPA 3MAMA 1MDP1 3KGCA 3UGWA 1N84A 5JTYA 3MP8A 2DWHA 1BLFA 2AL4A 1B4ZA 4ZEDA 2VD2A 1JVYA 2CZLA 3K6WA 5DVIA 3RY3A 3UP9A 2Y7IA 1MY3A 5M2VA 3O6IA 4QFOA 1FQBA 4YB5A 1MY4A 1IEJA 1SD3A 4R2FA 3W15C 3EN3A 4U1OA 4U21A 1ZLQA 3MQ9A 1LSTA 4QFLA 2RC8A 1MXVA 3OO9A 3U93A 1IQ7A 4PQJA 3G7WA 4I62A 1QUJA 3KBRA 5TPAB 1J1NA 5F1QA 4NF5A 3KOTA 2R9JA 5AA2D 4LZ8A 4F22A 4P0GA 4AB5A 3RN8A 1O64A 3A09A 3S4UA 4DE8A 3B7DA 3S9EA 4MF3A 2G29A 1B4HA 4BDLA 1S50A 2IA4A 1JQFA 2DWAA 2ZNSA 3CSGA 3LR1A 1LAXA 1BP5A 3VFJA 3UN6A 1P99A 4OXVA 2ONKE 1B52A 5I56A 3KN3A 4IY5A 3TAJA 3LSXA 5AA1A 4EQBA 3LBSA 3OD7A 1VR5A 1D9VA 2O7UA 2V93A 3ODBA 1A8EA 2DSFA 2UYFA 4DXUA 2O51A 2YLNA 1P1OA 4KD5A 4DCXA 2WKYA 4TQUQ 1UIVA 3OSRA 3K1MA 3VLWA 1HSJA 4GF8A 4NEDA 1DSNA 3TTLA 5ITPA 5I59A 5H8NB 5DVFA 2I6EA 2DXRA 2QS1A 2HQ0A 1SI0A 3SETA 2PBWA 3SKPA 3Q27A 4H0WA 1XVYA 2XXUA 2AYSA 2ALUA 4R9GA 4QFPA 5JTYB 4FE8A 2HAUA 4FEBA 3O2AA 1B58A 3GXAA 3MP6A 1Y3QA 3W9VA 3K2DA 1B1HA 3TODA 2F78A 3BKIB 3H6VA 4ELRA 1R1NA 2A5SA 1URDA 3IOVA 5I84A 4OESA 2REJA 5IAIA 4F3BA 1NNFA 3FGSA 1M5EA 5EHMA 2UVHA 1ANFA 3Q26A 3LSWA 1PDAA 2F34A 1MXZA 4F3GA 1OQHA 1GGGA 1FW0A 3FJ7A 3CR9A 4QSEA 3PUVE 1Y9UA 1S7YA 3FVOA 1SYIA 2VGQA 2ZNUA 1FQCA 3OO7A 3I6VA 4OFLA 4U4XA 4OETA 3HPIA 2NWJA 3C35A 2DVCA 1LFGA 3FJMA 4JB7A 3WAFA 3PV0E 2NXOA 4ZS9A 2GHBA 4LUBA 3VXBA 1JNFA 2YJPA 3IJXB 3B6QA 4U4SA 3TTMA 2ZYOA 3P7IA 4F18A 1M5DA 1ZMGA 3G3IA 2H99A 4MFIA 2X7QA 2YPNA 2ZYKA 1NKXA 1Y3NA 5H8HA 2QMXA 3FVNA 1SDXA 3TTKA 1PC3A 1AH5A 1NMUA 3CRBA 3H06B 3RTFB 3FD3A 4I1DA 2QS3A 1GR2A 1R9QA 5J1DA 5CBSA 1SQYA 3MVWA 3FJGA 4RJZA 4ISUA 3T22A 1QVSA 5K2YA 4AB6A 5I59B 3Q29A 4H5FA 5I2KB 1S9TA 2OWSA 3PMXA 2D3IA 4RPOA 3IOTA 1IUDA 3SESA 1BTJA 4FIMA 4ND9A 2ZYNA 4R6YA 4UACA 3SDFA 1MXYA 3RPWA 1RYOA 2OBGA 3OOAA 2B65A 4YKKA 4DXCA 1R9LA 2KLFA 1EU8A 2V3QA 2V25A 4IO2A 4TOZA 4O3BA 4C1TA 1JEVA 3R7XA 5L9SA 5I57B 4IO7A 4Q8RA 4G68B 3K00A 3EHSA 3G3GA 1POY1 1SYHA 4EUOA 3PPPA 1OQGA 4GWOA 3MVXA 1DTZA 3KJTA 3A3CA 3K4UA 3SERA 1MH4A 5FTIA 2RKMA 1Y20A 5H8QA 3MJNA 5IKBA 1US4A 3V8XB 1NNPA 5BWJA 1MDQA 3MPLA 4R75A 3KG2A 4PP0A 2E1SA 2Z23A 1DPPA 2DVZA 4FECA 1I6BA 4QHQA 5AE4A 2NOOA 2UYEA 4ZECA 4IGRA 2XXHA 3R6UA 4YKIA 2XXYA 4L17A 1OMPA 3IORA 3GBBA 2V84A 4ZEBA 3N6TA 5FTHA 3TPAA 4TLLB 2Z8DA 4PFWA 3CFZA 3E13X 3SEWA 3K01A 4R74A 4EXKA 1IXIA 1SW4A 4G8NA 3WAEA 3T96B 4KYSA 4DXBA 1US5A 2Q88A 5A5XB 2GH9A 3PUWE 4HW8A 2OCUA 3FVGA 3CI8A 4OEVA 1FQFA 5CMKA 4IGTA 4QFNA 4LZ7A 1O7TA 4G2ZA 3CVGA 4DZ1A 1NNKA 4XKQA 3C31A 4NF4B 2GHAA 5H8SA 3PD9A 1N04A 2HZKA 3FIRA 2XXPA 1B3EA 5FHNA 1I6AA 1P1UA 3H7MA 4GQOA 2Y7WA 4N13A 4JWXA 3USDA 2A5TA 4OQOA 3IO4A 3MW0A 1Y3PA 1GV8A 5CRYA 5JK4A 3S2VA 1LBCA 3H6TA 3IO6A 3M3KA 5KCJA 1TWYA 4R2BA 5TP9B 1AMFA 4POXA 4FAJA 1N7XA 3TCHA 4ONYA 4H8IA 3TCFA 3KN8A 4DLDA 1B0LA 3EQ1A 2X26A 3JV9A 4LATA 2Z8FA 3PPQA 4GXSB 5HM4B 2PT2A 1B3HA 3E4RA 1AL3A 2O84X 5F7VA 3A3UA 2PYYA 3ZKLA 2NUVA 1LFIA 2XXWA 3K6UA 4RNSA 5I2NA 5AA4A 3HO7A 4R72A 1ATGA 4NF8A 4OWDA 5FHMA 1EZOA 1FTOA 4EF1A 4NWDA 4M1VA 3DP8A 2FYIA 1MY2A 4Z0IA 2Z22A 3UA8A 3ZSFA 3KJ7A 3VXCA 2UVGA 4K3FA 4RYAA 1N76A 4BDRA 1UTHB 3K0VA 3OEKA 2RINA 4HTGA 4G4PA 3OENA 4YU0A 2F35A 1CB6A 3R26A 1B5IA 1LBBA 4JDFA 4LQ5A 3Q25A 2ONRA 3HCQA 2I4BA 3O29A 4LA9A 2F6GA 3LC8A 2UXAA 1ELJA 2G93A 3M3LA 4C0RA 2ZXTA 1B3FA 3QSLA 4IO4A 3QUFA 3U92A 4KI0E 1WODA 3L6HA 4Z7EA 3FXUA 3FV2A 4LP2B 4G8HA 4BDOA 2QJEA 3DP4A 4RK9A 3S9LC 3U72A 1M5CA 3RLFE 2R71A 2A5TB 2PMSA 4IB2A 4PE5B 3C9HA 3LSFB 3VVFA 3BFTA 3E9XA 2DWJA 4F2OA 1YTVA 1PB7A 1CE2A 1LB9A 4IO6A 2QS4A 1LAHE 3C32A 4KPTA 2O68A 3QXMA 2ANJA 1OIBA 1JW4A 2IEEA 2R6GE 2P2AA 1NH8A 1MRPA 3FATA 3KFMA 4QSCA 3C34A 4ZEKA 4DIGA 2I48A 1YCJA 4ZEIA 1QKAA 1N7WA 4ZDMA 1ZKBA 2Z8EA 3HHFA 4RA1A 4Q5TA 3MVZA 1A7LA 2QRYA 4OTEA 4NF8B 4NF5B 3VE1B 2B3FA 1LGBC 4NE4A 4BLAA 4EQ9A 4IY6A 1QKBA 4C1UA 1B32A 5ICTA 3MZBA 1B51A 4X1BA 3OO6A 1GTKA 1XHYA 3FV1A 1UQWA 2NVUB 1MG1A 3V5AA 4F1UA 1B5HA 5DEXA 2ONSA 1H43A 2HEUA 4YMBA 2F36A 1B40A 3O6HA 2VP1A 4WKMA 1EH3A 5ICQA 4XXUA 5I56B 4EDPA 3G3KA 2H25A 2Y7PA 1PB9A 1MQGA 5DT6A 1USYH 1VFDA 3F11A 5I58A 1HSLA 1MH3A 3VV5A 3N5LA 1UTBA 4JWOA 3TTRA 1AOVA 1Z7NE 3KSJA 3RTWB 3S9NC 3CFLA 1PB8A 1DOTA 3IX1A 4ZZAA 3ILUB 1B7ZA 1XOCA 1H76A 4G68C 4QFKA 4F31B 4GIZA 3FXQA 3T9VA 3K6VA 2F6PA 2M8CA 4PFYA 3T66A 5AA2A 3IAZA 4XKPA 3IOUA 3FUZA 5TU0A 4IO5A 4OFJA 3AXFA 1TFAA 2ZMBA 4PETA 2O69A 3C33A 1IITA 4GXAA 4I8CA 1WDNA 1BIYA 3N94A 2X7PA 1OVTA 3B6TA 3GZGA 4QF9A 1ZTYA 5H8FA 4N07A 4NF6A 4H8JA 4H5GA 2HCAA 3GBAA 4LVQA 4BDMA 4YICA 2VHAA 4F1YA 2B3BA 3N6UA 1TT1A 1FTKA 1QW0A 2ZNTA 3VLUA 4KCCA 1URGA 1EZPA 1NFTA 1MM7A 3QIMA 2DS9A 4OERA 3HSTA 1SI1A 1N0TA 2DE2A 1NL5A 1Y1ZA 4FORA 3SEVA 2H4IA 3THIA 2UVIA 3KSXA 1H44A 1P1NA 2QS2A 2GFEA 2OZZA 3TELA 1A99A 2QL3A 3OMBA 4Q30B 2I0CA 5AA3A 4THIA 4QSDA 4OMBA 4RPNA 1A40A 3H6UA 3MPKA 4I9DA 5TPAA 3T9XB 2XXQA 3O9PA 3OO8A 3RUMA 4GD5A 3KOSA 3QAXA 3PD8A 3D4CA 5H8HB 3ZS6A 1JW5A 3K6XA 4F1VA 3HV1A 1UTBB 1Y4TA 1VFEA 4G77A 2QPQA 3RT6B 4YB6A 3PUZE 3N26A 2D21A 4F3PA 2UVJA 3V83A 3U8QA 2F7AA 3OSQA 1MY0A 4YB7A 4LZ5A 2HAVA 5ELVA 3PPOA 4HCYA 1YPNA 3G3FA 4IO3A 1QJMA 4X1DA 1DPEA 2QSXA 3BFUA 4U22A 4ZZEA 4GVOA 4YKPA 2Y84A 1B9JA 2OWTA 4DCYA 2F97A 3O97A 5CI5A 5CBRA 4EF2A 3PPNA 2REGA 1N3XA 4ZE9A 3IB0A 2PT1A 2P0SA 1LCFA 1JETA 1A55A 3MBPA 3IB2A 3QK6A 2LAOA 1LAGE 3MP1A 4YAHX 3QUJA 3OELA 2QMWA 3B6WA 2I58A 3G3HA 3IB1A 4JSOA 4LQ2A 2XXRA 1NNTA 1Y4CA 3VVDA 5DYHA 1FQAA 1FCKA 1T0KA 3IOWA 1SW2A 4JWYA 1LCTA 3S9MC 3SEXA 4HS7A 3I5OA 5H8QB 2F7BA 4LONB 5LOMA 3IJOB 3U1OA 3HN0A 3W9WA 3C36A 1FTMA 1LLSA 2FNCA 3IR1A 3M8UA 1MM6A 4KR5A 4MLVA 4ECFA 1RKMA 2OLBA 3JZJA 1B0HA 2I3VA 4NTLA 3RT8A 4X9TA 4JBZA 3I3VA 1EZ9A 3MUQA 2DE4A 1A54A 1FQDA 3MZ1A 1DMBA 1NH7A 4PFTA 3EPEA 4OEUA 3PMWA 3CG1A 2DQVA 5CM6A 3RQTA 2CMOA 4GRKA 3H3GA 3O66A 1I6QA 3DP6A 3IK6B 1Q1KA 3TCGA 3H6WA 2F5XA 4MLQA 3TUSA 1PEBA 4O3AA 2V3TA 3VLVA 4YZZA 4XIGQ 2XX9A 3PMVA 1XC1A 1MQIA 1FTJA 2OJTA 2HXWA 3EF7A 4ELPA 3LSLA 4RY1A 2P1SA 4POWA 2Y7KA 1F9BA 2Q2CA 4WEDA 3PPRA 2XD3A 4ESWA 1B46A 1QULA 3K02A 3UK4A 4FEDA 4Q0CA 2D5WA 2VD3A 5L9OA 3CSBA 1GVCA 1XS5A 3VVEA 1LFHA 4N6PA 1B3GA 4ESXA 4ELQA 1II5A 1MXXA 4KFQA 4YMAA 2DYXA 1TFDA 3CG3A 3SEYA 4GL8A 5KCJB 5I2KA 3TYHA 4NWCA 1L5TA 1P1WA 4OFOA 2GRVA 3M3FA 1B1XA 4GOTA 1ZJLA 1MQJA 1SW5A 3MZ9A 3UIFA 1IXCA 3FXRA 3FZVA 3TQWA 1LB8A 3TMGA 3MVYA 3H4ZA 1MXWA 2I4CA 1VE4A 3HHGA 3PGFA 2DXYA 3FVKA 3TEPA 2PVUA 1B6HA 3LUYA 3VDFA 1M5BA 3DELB 1JVXA 4E0WA 5FHOA 1TXFA 1I69A 1PBPA 5I57A 3T93B 1Q35A 4MH5A 2RC7A 2Q8JA 2W7YA 2HZLA 4RK2A 1OLCA 1MPCA 2O1LA 4G68A 5I2NB 3PU5A 5AA4B 4F2QA 4KYDA 4OHNA 1B3LA 4U1ZA 5ISUA 1SVXB 5HBCA 1XVXA 3JYRA 5EHSA 2PX1A 2XXXA 5EYFA 2THIA 2DP8A 3K1PA 1MQHA 5KDTA 1OLAA 4DDDA 5KZTA 3V89B 1OVBA 1QUKA 4F3SA 4OVJA 3H03A 4G8MA 2ZYMA 1M5FA 2F8DA 4KYEA 5K2XA 5DVJA 2H5YA 4OYVA 2I0BA 3KZGA 1O63A 1ZIUA 2DWIA 3MC2A 3OXNA 4PFUA 3TZAA 3MWBA 2AIXA 4RXLA 1IXHA 1AIVA 4NMYA 1MQDA 4GLIA 3KN7A 2O1MA 1B5JA 5A5XA 2AL5A 2OK2A 4H6DA 4BDQA 3DM0A 1Y1MA 3ZKKA 2H9BA 4EQ7A 4JXIA 3D4GA 2V3UA 2Y7RA 3G3JA 3IL1B 5CC2A 3E3KA 5L8DA 4R73A 4KQPA 2F7CA 4NF4A 3QYTA 1MY1A 4R6KA 4E0XA 4XKRA 1WVJA 3O6GA 4KHZE 4UA8A 1MXUA 4F39A 1BKAA 1H45A 1MS7A 4R9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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