2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
1YCJA 2O51A 2REGA 1MXVA 3KN7A 2B3BA 2DYXA 2RC8A 2F7AA 4NF4B 4QSCA 1SW1A 3O97A 5B70A 3TUSA 1LBBA 4ELOA 3MVXA 4M4GA 4QSDA 4NF6B 4H8IA 4OYVA 4ISUA 1PEBA 4ESXA 3SEYA 4ZE8A 2OBGA 5HM4B 4GVOA 4F39A 1B2HA 3IORA 4NF8B 4AB5A 4RJZA 1F9BA 4G68A 1N7XA 3SEWA 3M3FA 4U4SA 3IOUA 4U21A 1Y3QA 4RPNA 1LFGA 3CFLA 4YAHX 2ALUA 2I6EA 3A3UA 3KN3A 4JSDA 1TFDA 4HCYA 2P0SA 2XX9A 4BDNA 4GQOA 1H43A 1SQYA 5KCJA 3OO7A 4F1VA 3HV1A 1EZOA 1ZTYA 2O1MA 4KCCA 1H44A 2O68A 2Q9TA 4RK9A 3RQTA 5AA4B 1B32A 3L6HA 3C4MA 2XXVA 1O63A 4MFIA 4LA9A 2V25A 3T93B 3CFZA 3PUYE 5JTYA 3T9UA 4F2QA 2PBWA 1Y4TA 4JWOA 4DDDA 3OSRA 3EPEA 3WAEA 5KDTA 3K01A 2XXYA 3G3GA 5CMMA 1GTKA 4MH5A 3Q28A 3TQWA 4RA1A 2UYFA 5CRYA 4F1UA 1B3EA 5FTIA 2QJEA 4PFYA 1Z7ME 1QUIA 3VLWA 3S2VA 5JEIA 3SEXA 2X26A 3VLUA 1B0HA 1B3LA 4IO3A 1Y3PA 5I2KA 4H6DA 3U94A 3CG1A 2V93A 4R6HA 4X1DA 4DLDA 1UIVA 4C1UA 1IZ1A 4RK2A 1XHYA 2YJPA 2GFEA 3U72A 3KG2A 5DTBA 1IUDA 1YTVA 3K00A 4BDRA 4YKIA 2YLNA 1FTOA 5EHMA 1UTHA 3C36A 3K6WA 1MG1A 2NXOA 1QKBA 4KCDA 3C34A 2I4CA 3HSTA 5TP9A 3MJNA 2P1SA 1ZMGA 3RUMA 2WKYA 4MLQA 1ZU0A 3FV2A 1O64A 3V8XB 1MY0A 1SW2A 3TTNA 3E9XA 4Q5TA 4YU0A 2DE2A 4EXKA 4R2BA 4JXIA 4G68C 4OWDA 2OCUA 5DYHA 1LB9A 3RGYA 2ZNTA 2I58A 4HCWA 4XKQA 2ONRA 4EQ9A 1WODA 3F11A 1BTJA 5I58B 4FE8A 1DMBA 4BDMA 2GHBA 1LCFA 1IQ7A 3UIFA 5ICQA 1SYIA 1R6ZA 2IEEA 1FTKA 4EF1A 3LBSA 1DTZA 2DXYA 4KHZE 1MXYA 3K1PA 1FQEA 2KLFA 1YAEA 5JK4A 1CB6A 1FQDA 4H5FA 4KR5A 4NF4A 1MPBA 2Q89A 3JV9A 3S4UA 1A8FA 3MP8A 4ELQA 3RN8A 4NF6A 2VGQA 1FQAA 4OEUA 3FVNA 4KQPA 4NF8A 4QFOA 2YPNA 2Z8FA 5TPAB 1OLAA 3EHUA 1US4A 1B7UA 4JWXA 3OO8A 3MP1A 2QSXA 1MY2A 3UGWA 4R9FA 1FQFA 2VHAA 3SEUA 1N0TA 1NNKA 5ELVA 3H03A 2PVUA 3TCGA 1MXUA 3RTFB 2D3IA 1FW0A 3PUXE 4DCXA 5BUUA 2QS4A 4X48A 5DVFA 4U2RA 5AA4A 3V5AA 1RYOA 3TPAA 3E4RA 5ITPA 4OVJA 1FTLA 3P7IA 3JYRA 4ESWA 4I62A 1Y1ZA 3O6HA 1DPEA 4YMAA 4RPOA 3LSWA 2XD2A 5I2NB 3VVDA 3DM0A 4XKRA 2Y7KA 3IR1A 3VE1B 4U1ZA 2AL4A 4UACA 4RXLA 3IAZA 1RKMA 2QMWA 1SD3A 3MPLA 2DWIA 1OVTA 3ODBA 4H1XA 2OJTA 3K1NA 4QFLA 4POWA 1IXGA 3SEVA 3KJ7A 3M3KA 3S9EA 3EQ1A 3M8UA 3KFMA 2I49A 5EHSA 2F34A 1I6AA 2F5XA 2HAUA 1ATGA 3SKPA 1FQCA 2OWSA 3B6QA 4F29A 5H8QB 4ZEDA 1SW5A 2OWTA 3N6UA 1S7YA 1LAFE 4YMBA 1DPPA 1USYE 3IJXB 4LP2B 3RLFE 1P1WA 2UVGA 3B6WA 5F1QA 3M3LA 4KI0E 3MW0A 1KWHA 1GR2A 1Y3NA 1JQFA 3OSQA 2RF1A 3D4CA 3FGSA 4OFJA 4ZEBA 1ZBMA 1TT1A 4FORA 1SI0A 3PU5A 4O3BA 1MH4A 3H6TA 2UVHA 2DP8A 2QRYA 3C35A 1ELJA 3CR9A 3G3KA 3O6GA 1B0LA 3MZ1A 3KEIA 3FUZA 1XS5A 4F31B 3TELA 1LCTA 5A5XB 4FEBA 3LSLA 4ZEKA 1B5JA 5HBCA 4F22A 3TKDA 4P0IA 4LZ8A 4PFWA 2F6GA 4R6YA 2H4IA 3TQLA 5K2YA 5I58A 3FZVA 3W9VA 1A54A 3K2DA 1MXWA 3FJMA 1ZKBA 3OELA 3AXFA 1M5CA 1MM7A 3PPQA 1RYXA 3TCHA 4NF5A 2RINA 4NMYA 1JEVA 1IITA 3UA8A 3Q26A 1JW4A 3CFXA 3TCFA 2F78A 4F3SA 4TLMB 1VFDA 1A55A 2HAVA 3QAXA 4ZS9A 5FTHA 5DEXB 4QRZA 1M5EA 2OLBA 4P11A 3N94A 2Y84A 2CZLA 2B65A 1TFAA 3KOSA 3QK6A 3CRBA 3C9HA 4U1OA 1D3KA 3ONMA 4ONYA 5TPAA 3FXRA 2PYYA 5H8FB 4N6PA 3O28A 2QS3A 4IO2A 1FTJA 1OLCA 1Y1MA 4L17A 3R26A 4F2OA 4JSOA 1ZIUA 3K02A 3CIJA 1XT8A 5I56A 2QPQA 4JDFA 5FHNA 1SVXB 2XX7A 4DE8A 4GWOA 2O84X 3S9NC 2H99A 2A5SA 4IO5A 5IAIA 1HSEA 2QL3A 4H5GA 4GIZA 2I48A 5ITOA 3I3VA 1PDAA 1MDP1 3GLBA 4ND9A 3TTKA 4POXA 5AE4A 4BDQA 4OMBA 5I2NA 1NFTA 3MZBA 3T22A 3PD9A 1P1NA 3EHSA 3SDFA 2O6AA 2V3QA 2ONSA 2DWAA 3PUVE 3UN6A 3C31A 5AA2A 3OXNA 4DXCA 4RY1A 4FECA 4QFNA 3QUJA 3CG3A 1SDXA 5I84A 4GLIA 3HCQA 4BLAA 5CMKA 5KZTA 3DELB 1B4ZA 2H25A 3KGCA 3DP6A 2QS2A 2I4BA 4PFTA 1NNFA 4LZ5A 5H8QA 3IOTA 3U93A 3E3KA 1H3DA 1AL3A 1OQHA 1M5DA 1MQJA 3MVWA 2I3WA 3PMXA 2Y7PA 1MS7A 3K0VA 1M5FA 3PGFA 4YB7A 3MPKA 4OFOA 3VFJA 1IXCA 2V84A 4U22A 3G3IA 2RCBA 3FJ7A 1UTBA 1LAHE 1BLFA 2HFBA 4NTLA 1PB7A 3FVKA 3TYHA 4IO6A 2DQVA 5I59B 4OERA 3FATA 5CMCA 1MY3A 4R2FA 3HHGA 4Z0IA 4GXSB 4I9DA 2F36A 4KFQA 2THIA 4PP0A 2A5TB 1QVSA 2DWJA 4I8CA 3VDFA 3BFUA 1DSNA 3TEPA 1IXIA 3D4GA 2Y7IA 3KJTA 4EQ7A 2ZYMA 5A5XA 1BIYA 4E0XA 3IX1A 4YICA 2DXRA 4IGRA 4DIGA 3H6WA 2VD3A 3PPOA 4IO7A 3OO6A 3MC2A 3HN0A 3EHTA 3IOWA 3IL1B 4HS7A 1B7HA 3TMGA 4H67A 1LLSA 2M8CA 2XXRA 3MWBA 1OMPA 5IKBA 1MPDA 1N84A 4ZDMA 2HXWA 3FXQA 3TFLA 1B7ZA 2FYIA 1B3FA 2NOOA 4G68B 3EF7A 4R73A 4WKMA 1P99A 3KSJA 3SESA 2QMXA 5DEXA 4DXBA 3N6TA 4UA8A 2HQ0A 4O3AA 4U4XA 3IB0A 2ESNA 1URDA 1MY4A 5L8DA 1NL5A 3V83A 4PFUA 3O6IA 2DWHA 3KZGA 3IOVA 5H8SA 4O3CA 1SW4A 4QSEA 5H8FA 2ONKE 4YB6A 1PB9A 1R9LA 4FAJA 1LGBC 3R6UA 2X7PA 4N13A 3THIA 4MLVA 1S9TA 2F7CA 3PD8A 3MVZA 3QSLA 4Q0CA 2HCAA 3L6GA 4KYSA 2NVUB 4EXLA 2ZNUA 5JTYB 3LR1A 3KN8A 4GRKA 4F1YA 4GD5A 5L9MA 2XXHA 2GH9A 5CMBA 2DVCA 2VD2A 5I57B 3R7XA 4R74A 3OEMA 1JVXA 4PQJA 2ZXTA 3S9LC 1PBQA 3O66A 1VE4A 1B9JA 2NUVA 1UIUA 4FEDA 4OFLA 2F35A 1MM6A 4GXAA 2D5WA 1FQBA 4N07A 4M1VA 1B1XA 3OENA 5AA2D 1N3XA 1HSLA 5M2VA 4WEDA 4ECFA 1J1NA 1N3WA 4LATA 1WDNA 2Q2AA 3PMWA 3RT6B 2PT2A 3PMVA 4TOZA 4OHNA 3PPNA 5F7VA 3MVYA 1NNPA 5L9OA 1S50A 3LSFB 1B58A 3H6VA 3UORA 4KYDA 1MXXA 1N76A 2I3VA 4QF9A 3K4UA 3Q25A 1T0KA 4BDOA 4C1TA 2LAOA 3A09A 3GBAA 1IEJA 2HZLA 2Q2CA 1ZJLA 4U23A 3FVOA 2XXUA 3C33A 4DZ1A 1US5A 1GGGA 4FJPA 2X7QA 1MRPA 3VV5A 4XKNA 3IB1A 2R71A 2F6PA 3OMBA 3Q29A 1N7WA 4FATA 3FD3A 3CSGA 4OETA 3KBRA 4F3GA 3ILTB 4QFPA 1XVXA 2DOJA 3H3GA 4WXJA 3C32A 4YZZA 2E0SA 1TXFA 2XXIA 1NMUA 5K2XA 1L5TA 4ZEIA 3VXCA 2XXXA 2RC7A 1QULA 2V3TA 4EQBA 5AA3A 5L9SA 4KYEA 3PPRA 3GXAA 5CM6A 1NH7A 3BBRA 3TODA 2A5TA 1P1OA 3H7MA 2F8DA 2XXQA 3WAFA 1POY1 3CVGA 1O7TA 2F7BA 2ZYNA 5CBRA 4G8HA 2VOZA 1NKXA 1FTMA 3U92A 4K3FA 3CSBA 1GVCA 4H65A 3LSXA 1VSOA 1YPNA 4GF8A 4ZZEA 4JWYA 3K1MA 5CI5A 2V3UA 4YKKA 1QW0A 4TQUQ 4X1BA 3VVEA 1Q1KA 2Z8DA 3GZGA 4PETA 3T96B 2XX8A 1B5IA 4C0RA 1OIBA 4ZE9A 1H76A 1B3GA 3OEKA 2DE4A 1TWYA 4HTGA 4EF2A 1MQGA 2Z22A 1AIVA 1Q35A 3T66A 4LVQA 4F18A 1JW5A 3EN3A 4LONB 5EYFA 3TTLA 4R9GA 2Y7WA 3N26A 2UYEA 3DLNA 1VR5A 1B40A 1SBPA 2XHDA 4MBPA 3RT8A 4HW8A 3IO6A 1HSJA 4R72A 1D9YA 5H8NB 4IB2A 4PE5B 4BDLA 1ZLQA 1NH8A 4G8NA 1B6HA 3MBPA 4RYAA 2D21A 3TAJA 1UQWA 4G8MA 2NWJA 4XKPA 1NNTA 2G29A 3IK6B 3QIMA 3KOTA 1R9QA 3W15C 3S9MC 1B51A 1M5BA 4DXUA 3FJGA 3VXBA 3VLVA 2Q8JA 2ZMBA 5I57A 1A8EA 4Q30B 5DT6A 2XXTA 4F3PA 2RCAA 5H8HB 2ZYKA 4OESA 3B7DA 3USDA 5ISUA 4H8JA 3FXUA 4OENA 2O1LA 3BKIB 1LBCA 3PPPA 2HZKA 3G3FA 1LFHA 3RPWA 3QUFA 1QUJA 3UK4A 4IO4A 2UXAA 1EZPA 1SI1A 2RC9A 3ZSFA 1B5HA 1AMFA 2HEUA 2XXPA 3RTWB 4X9TA 2I0CA 3U1OA 1II5A 1P1UA 4LQ2A 3ZKLA 1MQHA 4Z7EA 1B3HA 5B7DA 4H0WA 3ZS6A 2CMOA 4THIA 4G4PA 4P0GA 4ELRA 3U8QA 3IB2A 2QS1A 2DSFA 1IIWA 3K6XA 1MY1A 3VVFA 4G2ZA 3HO7A 4ZEFA 2H98A 2AYSA 1CE2A 3Q27A 1R1NA 3RNNA 1P1QA 1D4NA 3G3HA 3MQ9A 3E13X 4LZ7A 3W9WA 5CC2A 2OK2A 1PBPA 3MUQA 2OZZA 1QUKA 2FNCA 1OVBA 4GFRA 3K6VA 3PUZE 3T9VA 1AH5A 3MZ9A 4TLLB 1XVYA 2GHAA 1PB8A 2ANJA 5LOMA 4F3BA 2XXWA 3DP4A 2O7UA 1JEUA 4KPTA 3O9PA 3T9HB 2REJA 2B3FA 4YKPA 1VFEA 3B6TA 3MP6A 1I6BA 3KSXA 4NE4A 2AIXA 3BFTA 3DP8A 4NF5B 3OD7A 3G3JA 2BJJX 3HPIA 2ZYOA 1PC3A 2UVIA 3G7WA 1EZ9A 4GOTA 4IGTA 4GL0A 2Z8EA 1H45A 3PV0E 3SETA 3JZJA 4XIGQ 5AA1A 2RKMA 3FIRA 1D9VA 3K6UA 3RY3A 4ELPA 3QXMA 1QKAA 2UVJA 5TU0A 2F97A 4EUOA 1DOTA 1B46A 1WVJA 1EU8A 1BKAA 3CI8A 1MXZA 3PUWE 1B05A 2O7IA 1LFIA 5KCJB 3I6VA 5DVIA 1B4HA 4DCYA 4IY5A 2DVZA 3N5LA 1GV8A 2P2AA 4LUBA 1Y20A 5FHOA 1JETA 1USYH 3FASA 3TZAA 4F19A 4E0WA 5HPQA 2Y7RA 4R6KA 1LSTA 5I56B 3IO4A 1SYHA 1B1HA 4IY6A 1QJMA 5H8NA 3FVGA 3TTRA 4QFKA 2XD3A 4KD5A 2R9JA 5KDTB 3V89B 4LQ5A 3H6UA 3QYTA 4JBZA 4RNSA 3H4ZA 2DE3A 1IXHA 1MPCA 1Y9UA 4R75A 4NWDA 4GL8A 4OZ9A 1XOCA 4ZZAA 1A7LA 1LAXA 2G93A 1POTA 4YKJA 1MQDA 4OTEA 4JB7A 1URSA 2PX1A 3OOAA 1A99A 1Z7NE 3SERA 2Q88A 2DS9A 1ANFA 1A40A 5AA2B 1B52A 2R6GE 1DTGA 5H8HA 5I2KB 2Z23A 3FV1A 2ABHA 5BWJA 2FA7A 3TTMA 4XTCQ 3O29A 3ZKKA 4OEVA 3O2AA 1MDQA 2E1SA 3MAMA 1AOVA 4XXUA 2PMSA 3I5OA 4OQOA 2ZNSA 1BP5A 2H5YA 3GBBA 3H06B 3ILUB 1UTHB 4MF3A 2VP1A 3HHFA 5TP9B 4YB5A 1LAGE 3IJOB 4OXVA 2GRVA 3LC8A 3UP9A 1OQGA 4I1DA 4G77A 1LB8A 1JNFA 1URGA 1UTBB 2H9BA 4WEPA 4NEDA 3OO9A 4ZECA 5ICTA 2I0BA 3T9XB 3A3CA 2O69A 1FCKA 5DVJA 5CBSA 4FIMA 1XC1A 5I59A 3LUYA 4QHQA 4NWCA 5FHMA 1EH3A 4Q8RA 1I6QA 4EDPA 5J1DA 3ECRA 3TDJA 1I69A 2W7YA 1MQIA 1JVYA 4AQ4A 1Y4CA 2PT1A 1N04A 1JW1A 1MH3A 2IA4A 2AL5A 4AB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N81A 1YCJA 2O51A 2REGA 1DBZA 1MXVA 3KN7A 2B3BA 2DYXA 2RC8A 4PBHA 2F7AA 4NF4B 4QSCA 1SPIA 1SW1A 3O97A 5B70A 3TUSA 1LBBA 4ELOA 3MVXA 4M4GA 4QSDA 2KR0A 4NF6B 4H8IA 4OYVA 4ISUA 4MMPA 1PEBA 4ESXA 3SEYA 4ZE8A 2OBGA 5HM4B 4GVOA 4F39A 1B2HA 3IORA 4NF8B 4NGUA 4AB5A 4RJZA 1F9BA 4G68A 1N7XA 3SEWA 3M3FA 4AS5A 4U4SA 3IOUA 4U21A 1Y3QA 4RPNA 1LFGA 3CFLA 4YAHX 4UABA 2ALUA 2I6EA 3A3UA 3KN3A 4JSDA 1TFDA 4HCYA 2P0SA 2XX9A 1Q9DA 4O7MA 4BDNA 4GQOA 1H43A 1SQYA 5KCJA 3OO7A 4F1VA 3HV1A 1EZOA 1ZTYA 2O1MA 1INPA 4KCCA 1H44A 4NG7A 2O68A 2Q9TA 4RK9A 3RQTA 5AA4B 1B32A 3L6HA 3C4MA 2XXVA 1O63A 1NV6A 4MFIA 4PFIA 4LA9A 2V25A 4GX6A 3T93B 1FPEA 3CFZA 1NUXA 3PUYE 4OVQA 5JTYA 4NN3A 3T9UA 4F2QA 2PBWA 1Y4TA 3KC1A 4JWOA 4GBWA 4I3EA 4DDDA 3OSRA 3EPEA 3WAEA 5KDTA 3K01A 2XXYA 4OANA 3G3GA 5CMMA 1GTKA 4N8YA 4MH5A 2VPOA 5EYGA 3Q28A 3TQWA 4RA1A 2UYFA 5CRYA 4F1UA 1B3EA 5FTIA 2QJEA 3BIGA 4PFYA 1Z7ME 1QUIA 1FSAA 1EYJA 3VLWA 3S2VA 5JEIA 4MNIA 3SEXA 2X26A 3VLUA 1B0HA 1B3LA 4IO3A 2DDKA 1Y3PA 5I2KA 4H6DA 3U94A 3CG1A 2V93A 4R6HA 4X1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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