2B3BA

Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
MKLEIFSWWAGDEGPALEALIRLYKQKYPGVEVINATVTGGAGVNARAVLKTRMLGGDPPDTFQVHAGMELIGTWVVANRMEDLSALFRQEGWLQAFPKGLIDLISYKGGIWSVPVNIHRSNVMWYLPAKLKGWGVNPPRTWDKFLATCQTLKQKGLEAPLALGENWTQQHLWESVALAVLGPDDWNNLWNGKLKFTDPKAVRAWEVFGRVLDCANKDAAGLSWQQAVDRVVQGKAAFNIMGDWAAGYMTTTLKLKPGTDFAWAPSPGTQGVFMMLSDSFGLPKGAKNRQNAINWLRLVGSKEGQDTSNPLKGSIAARLDSDPSKYNAYGQSAMRDWRSNRIVGSLVHGAVAPESFMSQFGTVMEIFLQTRNPQAAANAAQAIADQVGLGRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a thermophilic glucose binding protein reveals adaptations that interconvert mono and di-saccharide binding sites.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermus thermophilus hb27
molecule keywords glucose-binding protein
total genus 155
structure length 392
sequence length 392
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3bA02
3GBAA 3TUSA 1BKAA 3IOTA 4IO2A 4X48A 2E0SA 4QSCA 5DVJA 1SBPA 2YPNA 2HAUA 3FV1A 2QPQA 1RKMA 4E0XA 3W9VA 2F7AA 3KSJA 1LCTA 4M1VA 4DLDA 4I62A 4TLLB 4F2QA 4FECA 4XXUA 3IO6A 5ISUA 2Z8DA 2KLFA 3IJOB 1B5IA 2Q9TA 2NWJA 3RT8A 4YMBA 4GRKA 3K6UA 5L9MA 4AQ4A 1A55A 3IOUA 2DOJA 1IXIA 3KFMA 4LZ7A 5H8FB 1S9TA 4U22A 1N04A 5LOMA 4R73A 3O28A 1GGGA 3RT6B 1QULA 4R6YA 3T96B 4OEUA 1PDAA 5H8QA 2H9BA 2DP8A 5I58A 1MXUA 2Y7RA 1HSLA 2F36A 4UACA 4ZE9A 4U4XA 4RPOA 2ZYKA 4OZ9A 2DE4A 1MS7A 1FQCA 2ALUA 4Z0IA 4RA1A 1MQJA 3PUXE 4NTLA 4EQ7A 1B5JA 1SYHA 5CMMA 3OXNA 2RC8A 4G68C 3LSFB 4LZ8A 1ATGA 4LUBA 2NOOA 1USYH 4JWXA 4BDQA 3DM0A 1I69A 3OELA 3PMXA 3UK4A 4OTEA 5K2XA 4ZEIA 4OETA 4QSEA 2P1SA 1R1NA 3ODBA 4LA9A 1MDQA 1S7YA 1DPPA 4PQJA 3E3KA 2O6AA 4EQBA 1JETA 4IB2A 4HTGA 4HCWA 5I56B 3VVDA 3RUMA 1DTGA 3TTLA 4H5FA 4WXJA 4F1UA 4WEDA 2UYEA 2UXAA 1FQFA 2P0SA 2DS9A 2DXRA 3C31A 5B7DA 3QK6A 4AB5A 3ILTB 4EDPA 1F9BA 1UTBA 3O9PA 3FVOA 2FA7A 2G93A 5AA4A 1XS5A 4H65A 4KR5A 1GVCA 4RK9A 1CB6A 3TCFA 4R72A 2Z23A 2PX1A 4DCYA 2ONRA 1QUIA 1P1QA 3IB0A 4F22A 5L9OA 2AYSA 3VXBA 3HCQA 1FQAA 3VV5A 4POXA 4XIGQ 3ONMA 4ISUA 1N76A 2H98A 4QFOA 1B58A 1B1HA 4OQOA 3C36A 2ZXTA 3TTRA 3PD8A 4F29A 4KD5A 1MQGA 1B7ZA 4EXKA 1B40A 3ZKKA 3SETA 4RPNA 4NWCA 2HFBA 1GV8A 4DE8A 1B7HA 3C9HA 1IZ1A 4OFOA 3PU5A 1M5FA 4JB7A 1XVYA 3T66A 3IJXB 2QJEA 4Q8RA 3EHUA 1DSNA 3B7DA 1B2HA 3K6VA 2ZNUA 3K1PA 5IAIA 3TEPA 3EHSA 3MUQA 4KCDA 4PE5B 1P1OA 4FEBA 4PFTA 1Z7NE 2DWJA 3S4UA 4F18A 3G3IA 3HSTA 1JW4A 4GQOA 3MVWA 2D21A 1NFTA 2O84X 3H03A 2UVHA 1FTJA 3CFXA 2QMXA 4U1OA 5F7VA 5DYHA 1LAGE 3SERA 1UQWA 3L6GA 4ND9A 1D3KA 4QHQA 1IIWA 3IAZA 2DE2A 4IO7A 3BFUA 5I56A 1GTKA 1LLSA 1OMPA 2YJPA 4ZECA 2VGQA 1NL5A 2XD2A 4U4SA 4G8MA 4Q5TA 4JSOA 2I4BA 2O7IA 1QVSA 3FJ7A 1Y1MA 5TPAB 4GLIA 5CMKA 3PUWE 3M3FA 3I6VA 1A54A 1MXXA 4LP2B 3ECRA 2F6GA 1MY2A 1ZJLA 4JDFA 1DMBA 3IB1A 2REGA 5CBRA 3CFLA 3CSBA 3UA8A 2Q89A 2GRVA 1OVBA 5FTIA 3MVZA 1MXYA 4NF8A 4OERA 3G3KA 3T93B 4FJPA 4EXLA 2DWAA 2QS1A 1N0TA 3FXRA 4NF6A 2O69A 3MC2A 1PBQA 3PMVA 1IEJA 3QSLA 2HZKA 1QUKA 2ANJA 1FQEA 3S9LC 2VOZA 4FAJA 3Q28A 4C0RA 2DE3A 2ZYMA 1MXVA 1Y20A 2DQVA 4ECFA 1BLFA 4BDOA 3K2DA 5AA1A 1Y4CA 2Q2AA 3IORA 2F7CA 4HW8A 4GD5A 5CI5A 3PMWA 4QF9A 3OMBA 3KN7A 3WAFA 1MG1A 2RCAA 3JZJA 1LAFE 4QFPA 2V3QA 3O6GA 4ZEDA 5EHSA 1URSA 2F34A 3MVYA 3R7XA 2UVGA 4YU0A 1GR2A 3KN8A 3GZGA 3LSWA 3T9HB 5ICQA 2IA4A 1MPCA 3O2AA 1PB8A 3QIMA 5I57B 3KEIA 4F19A 3HO7A 3RGYA 3Q25A 3VLWA 3M8UA 3VLVA 3RQTA 3N6UA 2CZLA 1FQDA 3PV0E 1B3HA 4LQ5A 2HEUA 4F3PA 2VD3A 2UVJA 5L9SA 4RXLA 2P2AA 2DXYA 2QL3A 1MPBA 3PPPA 4H0WA 5I84A 3MPLA 1EZOA 3R6UA 2GFEA 1M5CA 1US4A 3FIRA 3OSRA 4MFIA 2Q88A 1OLAA 4MLVA 1A8EA 1MQDA 2V93A 4JXIA 3V8XB 4NF5A 3BFTA 1DTZA 2I3WA 1IXHA 4DZ1A 1B52A 5A5XB 3FUZA 1Y3NA 1SI0A 3FXUA 2F35A 4F3GA 1B32A 1MDP1 5JEIA 3O66A 3OEKA 1A40A 4EQ9A 4WEPA 4NE4A 2NUVA 2ZMBA 3VFJA 5TU0A 1B9JA 4H1XA 4F39A 1M5BA 4GFRA 1B3LA 3N6TA 2O68A 1LCFA 2R9JA 4H6DA 4YMAA 3OENA 4C1TA 1B7UA 1JVXA 2W7YA 3VE1B 1A7LA 3UN6A 3SEWA 5DEXA 5DTBA 5JTYA 3U1OA 1II5A 4ZDMA 3G3HA 5CRYA 1AMFA 1TWYA 3FJMA 2ZYOA 3PUZE 3EF7A 3Q29A 2GHBA 4ZEKA 1MY0A 3FVGA 4L17A 4PFWA 3SEVA 3G3FA 3TAJA 2H25A 4ELPA 1UTHA 1NH8A 4MBPA 3C32A 3QUJA 3TCGA 2GHAA 2PMSA 5HPQA 1NMUA 3AXFA 4HS7A 2UVIA 4N07A 2DVZA 2I48A 1JW5A 2HQ0A 1LAXA 1B3GA 3D4GA 2XXQA 1ELJA 4AB6A 1D9YA 3PUYE 1R9QA 2QMWA 3OO9A 4FATA 1IQ7A 5CC2A 4I9DA 3PPNA 4THIA 4F3BA 5ICTA 3TCHA 2ONKE 3K4UA 4TQUQ 1B3EA 3S2VA 4DIGA 1MY3A 2OCUA 2PYYA 4NF4B 2A5SA 4ELRA 1FTMA 4Q0CA 1RYXA 1VFDA 1FCKA 5I59B 4JSDA 2XXVA 1UIUA 2OK2A 1IUDA 2PVUA 1JW1A 2R71A 4G68A 1PEBA 4O3CA 3SKPA 4OHNA 3EHTA 1O63A 5TP9B 4ZEBA 5B70A 1Q1KA 2XXPA 1PBPA 4YAHX 2F78A 3LBSA 3THIA 1O7TA 1JQFA 3S9NC 3FVKA 3IK6B 3K6WA 4H8IA 3U92A 4E0WA 2E1SA 3SESA 3FXQA 2HAVA 4KHZE 2O7UA 1TFAA 2UYFA 3UGWA 5I2KB 2V3TA 4X9TA 2ZNSA 1TXFA 2ZYNA 4IGRA 4KCCA 3SEXA 3C34A 4X1BA 1AL3A 4DDDA 1J1NA 2V3UA 4R9FA 3H6VA 4MH5A 4X1DA 3DLNA 5H8FA 2XXTA 4DCXA 2PBWA 3GXAA 1AIVA 3OOAA 3A3UA 4KI0E 1JVYA 1Y1ZA 3VVEA 1EZPA 4GXAA 4IGTA 4ELOA 3BBRA 2I58A 3KZGA 1URDA 4H5GA 1PB9A 3T9UA 4RK2A 3HN0A 1ZLQA 4H8JA 4KYDA 1Y3PA 3C35A 2RF1A 4OWDA 1N7XA 2YLNA 5AA2B 1B0HA 1PC3A 4I1DA 4ZEFA 5H8HB 1N3WA 4OESA 2R6GE 4FIMA 4OFJA 4GVOA 3K02A 1UIVA 2WKYA 4OENA 1ZU0A 3TODA 3KBRA 4NF4A 2B3FA 4G8HA 4G8NA 3R26A 2OWTA 1CE2A 2XXWA 2XXXA 3RNNA 4YKPA 4YKIA 4DXBA 5KDTB 2THIA 5I59A 4LQ2A 1WODA 1JNFA 5HBCA 2RCBA 4JWYA 3HHGA 4KPTA 4YICA 4OFLA 3HV1A 3CI8A 3DP6A 1O64A 1VFEA 3LC8A 2O1LA 3T9XB 3PPRA 3CG3A 2XHDA 1ZBMA 1IXCA 3CSGA 3V89B 1ZMGA 2DVCA 3I3VA 3L6HA 3G3JA 4KQPA 4KYSA 3KN3A 1Y9UA 4TOZA 4PFYA 4G77A 4OXVA 1MXZA 2H4IA 2QS3A 3MQ9A 3KJ7A 4IO6A 1B1XA 1SW1A 2Q8JA 1ZTYA 4YB7A 2RC9A 3HHFA 2QSXA 1BIYA 4IO4A 4QSDA 1P1UA 1HSEA 1SW5A 1SDXA 4JWOA 2DWIA 2Z8EA 1OIBA 2XXUA 3Q27A 4GOTA 2ZNTA 4EF1A 1SW4A 3HPIA 4O3BA 1YTVA 1H3DA 4R74A 1NNPA 2OZZA 3EN3A 4LONB 3K6XA 3RTWB 2NXOA 5L8DA 1B4HA 1R6ZA 4MLQA 5AE4A 3MBPA 3LUYA 3TMGA 4FE8A 2BJJX 1FQBA 3RY3A 3MPKA 4ESWA 2F7BA 3U93A 3ZKLA 4R9GA 2ABHA 4OMBA 5H8QB 3Q26A 4XKPA 3M3KA 5DVIA 4XTCQ 3MJNA 1ANFA 3KOSA 4UA8A 1URGA 4N13A 1H76A 4LZ5A 1OVTA 4DXCA 4XKNA 1Y3QA 3A09A 1US5A 2V25A 3FGSA 3H06B 4IY6A 3FZVA 3I5OA 5DVFA 4IO5A 1LB9A 5ITPA 4YB5A 3H4ZA 3PPQA 2ESNA 3E4RA 4RY1A 2I0CA 5AA2D 3N26A 2O1MA 5CM6A 2DWHA 1B05A 1KWHA 3UIFA 1M5DA 4HCYA 3VDFA 2F97A 3IB2A 5TPAA 5CMBA 1QKAA 1LBCA 3PPOA 3T22A 3IX1A 3USDA 2I0BA 1EZ9A 1XC1A 5KCJB 3QAXA 1I6QA 1EU8A 2Y7KA 4LATA 5H8SA 2REJA 3U8QA 3N5LA 5EYFA 4K3FA 1MM6A 1JEVA 3TYHA 3QXMA 1Z7ME 4ESXA 1D4NA 1OLCA 4BDMA 1BTJA 4F2OA 2D5WA 4R2FA 3UORA 4P0GA 2OBGA 3KOTA 2XXYA 4QFNA 3TELA 4NWDA 4XKRA 1QUJA 4G2ZA 3MZ9A 3OO7A 1Y4TA 3FV2A 1UTBB 2G29A 1JEUA 1NH7A 1A8FA 2A5TB 5AA4B 3VXCA 4GF8A 3MZ1A 1RYOA 4FEDA 2X26A 3IOWA 3K1NA 1AH5A 3MP6A 3ZS6A 2Z8FA 1HSJA 4BLAA 4U1ZA 4R75A 4IY5A 1MQIA 1MQHA 1DPEA 3FD3A 3E9XA 1VR5A 2HZLA 1FTLA 1POY1 5M2VA 4F31B 4EF2A 1R9LA 2Y7WA 1XVXA 3KG2A 3CG1A 5I2NB 1LSTA 3TPAA 1LFIA 4GWOA 5I57A 2IEEA 2RINA 2QRYA 1FTOA 4FORA 1SI1A 5ITOA 2D3IA 4U21A 2VD2A 1USYE 1LGBC 1P1NA 2Q2CA 2DSFA 4POWA 4NMYA 4U2RA 1NNKA 3LR1A 3B6TA 2AL4A 1NKXA 2XXHA 3MP1A 2FNCA 5FHNA 4Z7EA 4R6KA 4RYAA 5DT6A 3FJGA 5A5XA 3CFZA 1P99A 1XHYA 3RN8A 1MH3A 3KJTA 3T9VA 5KCJA 1B6HA 3TTMA 4EUOA 1POTA 3MW0A 2RC7A 3TZAA 1S50A 3RPWA 4YZZA 3H6TA 3SDFA 4QFLA 1IITA 3B6QA 1YCJA 1H45A 5H8NB 5KZTA 3SEUA 3MP8A 3MWBA 1TT1A 3H6WA 3OO8A 1Q35A 3BKIB 1NNTA 4G4PA 3JYRA 3IOVA 3D4CA 1LB8A 3H7MA 5HM4B 3MAMA 2A5TA 3V5AA 4ELQA 1EH3A 3RLFE 5BWJA 4GL8A 1I6BA 4GXSB 5AA3A 4H67A 2XX8A 3GLBA 1B51A 1VE4A 4MF3A 4DXUA 1MPDA 4NF8B 1OQGA 4R6HA 1LBBA 1YAEA 2Y84A 1XOCA 3H6UA 2NVUB 1WVJA 4Q30B 3TKDA 4RNSA 4NF6B 4PFUA 4BDLA 2OLBA 4YB6A 4P0IA 4KYEA 3VVFA 1A99A 3MZBA 5I2NA 2DYXA 2AIXA 3G3GA 4I8CA 1T0KA 3O29A 3K01A 2VP1A 1OQHA 1VSOA 3EQ1A 4RJZA 2Y7PA 3F11A 4IO3A 4YKJA 3JV9A 1D9VA 3VLUA 2O51A 3PD9A 3G7WA 1N3XA 2AL5A 1WDNA 2HCAA 3W9WA 3B6WA 4NEDA 3IR1A 5K2YA 1ZIUA 4JBZA 3WAEA 4PP0A 3PUVE 1SD3A 3KSXA 1SW2A 3QYTA 1LFHA 3PGFA 5TP9A 2V84A 1B3FA 3CRBA 2PT2A 3C4MA 1N84A 1MY4A 3CVGA 1H44A 2QS2A 5H8NA 2HXWA 3K1MA 4NF5B 2I6EA 1B4ZA 2PT1A 5I2KA 2XX7A 3M3LA 3FATA 1MY1A 1P1WA 4F1VA 3RTFB 2OWSA 5JK4A 1YPNA 3ZSFA 4M4GA 3N94A 1M5EA 3H3GA 2X7PA 3LSXA 3S9EA 5CMCA 3DP8A 2B3BA 2Z22A 5FHMA 1L5TA 2ONSA 1SVXB 4OEVA 3CIJA 4QRZA 2XX9A 3K00A 3U94A 3TTNA 4ONYA 1SQYA 4XKQA 4QFKA 3SEYA 2FYIA 2VHAA 3O6HA 3C33A 2I49A 3OEMA 3UP9A 1LAHE 5FHOA 4ZE8A 3DELB 3TTKA 1H43A 5DEXB 4TLMB 4LVQA 5JTYB 3V83A 1SYIA 3TDJA 2XXIA 4OVJA 2M8CA 1QKBA 4C1UA 3O97A 3S9MC 3OD7A 1PB7A 1LFGA 5AA2A 1B5HA 1BP5A 4ZS9A 5F1QA 3GBBA 2H5YA 5H8HA 4ZZEA 1UTHB 3KGCA 4PETA 3DP4A 3U72A 1I6AA 3LSLA 2OJTA 3OSQA 2QS4A 5I58B 1FTKA 4BDRA 5BUUA 4GL0A 3E13X 4R2BA 4GIZA 4ZZAA 2F6PA 3IL1B 5ELVA 3ILUB 1TFDA 3W15C 1ZKBA 4N6PA 3TQLA 4BDNA 2XD3A 4F1YA 2X7QA 3TQWA 3TFLA 2GH9A 3FVNA 1B46A 3O6IA 3FASA 4OYVA 5KDTA 1MM7A 5IKBA 5J1DA 3QUFA 1MH4A 2XXRA 1QW0A 1FW0A 1MXWA 4KFQA 3IO4A 5FTHA 3MVXA 1B0LA 1XT8A 4WKMA 2CMOA 3CR9A 5EHMA 4U23A 2LAOA 1AOVA 3EPEA 3P7IA 3K0VA 5CBSA 1MRPA 4F3SA 4YKKA 1IXGA 1QJMA 1NNFA 3A3CA 2H99A 2Y7IA 2RKMA 1DOTA 4P11A 4G68B 3OO6A 4O3AA 2F5XA 2I3VA 2F8DA 2I4CA 2B65A 1N7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AS4A 3GBAA 3TUSA 1BKAA 3IOTA 4IO2A 4X48A 2E0SA 4QSCA 5DVJA 1SBPA 2YPNA 2HAUA 3FV1A 2QPQA 1FJ6A 1RKMA 4E0XA 3W9VA 2F7AA 3KSJA 1LCTA 4M1VA 5I3SA 4DLDA 4I62A 1NUZA 4TLLB 4F2QA 4FECA 4XXUA 3IO6A 5ISUA 2Z8DA 2KLFA 3IJOB 1B5IA 2CEXA 2Q9TA 2NWJA 3MSTA 3RT8A 4YMBA 4GRKA 3K6UA 5L9MA 4OVQA 4AQ4A 1A55A 4MJOA 4N8GA 3IOUA 2DOJA 1IXIA 3KFMA 1LBZA 4LZ7A 5H8FB 1S9TA 4U22A 1N04A 5LOMA 4R73A 3O28A 1GGGA 3RT6B 1QULA 2PFZA 4R6YA 3T96B 4OEUA 1PDAA 4GX4A 5H8QA 2H9BA 2DP8A 5I58A 1MXUA 2Y7RA 1HSLA 2F36A 1NV5A 4UACA 4ZE9A 4U4XA 4P3LA 4RPOA 4P1EA 2ZYKA 4OZ9A 4MMPA 1KA0A 2DE4A 1MS7A 1FQCA 2P3VA 2ALUA 4Z0IA 4RA1A 1MQJA 3PUXE 4NTLA 2WEFA 4EQ7A 1B5JA 1SYHA 4PTKA 5CMMA 3OXNA 2RC8A 4G68C 3LSFB 4LZ8A 1ATGA 4LUBA 2NOOA 1USYH 4JWXA 4BDQA 3DM0A 1I69A 3OELA 3PMXA 3UK4A 2QFLA 1LBYA 4OTEA 4MNIA 5K2XA 4ZEIA 4OETA 4KXPA 3RPLA 4QSEA 2P1SA 1R1NA 3ODBA 4LA9A 1MDQA 1S7YA 3T1BA 4MIJA 1DPPA 4PQJA 3E3KA 2Q74A 2O6AA 4EQBA 1JETA 4IB2A 4HTGA 1QGXA 4HCWA 5I56B 3VVDA 3RUMA 1DTGA 3TTLA 4H5FA 4WXJA 4F1UA 3FXBA 4WEDA 2UYEA 2UXAA 1FQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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